应用基因芯片筛选人高、低转移肺巨细胞癌细胞株差异表达基因的初步探讨

目的应用基因芯片探讨人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C的基因表达差异,筛选肺癌转移相关基因。方法提取人高转移肺巨细胞癌细胞株95D和人低转移肺巨细胞癌细胞株95C的mRNA并反转录为cDNA,分别用Cy5-dUTP和Cy3-dUTP进行标记后与基因芯片杂交,然后用Scan Array 3000扫描仪及Im aGene3.0软件处理杂交信号得到95D和95C的表达差异基因。对部分有差异表达的基因进行RT-PCR分析鉴定。结果在被检测的人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C中,共有466条基因出现表达差异,其中具有同一GenBank ID号的Doub le基因共108对,包括上调基因47对,下调基因61对。有表达差异的F ln29、RUVBL2、C14orf3等基因RT-PCR结果与基因芯片一致。结论多基因参与了肺癌的转移过程,基因芯片技术是筛选肺癌转移相关基因的有效方法。     

应用基因芯片技术筛选小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ转移相关基因

目的应用基因芯片技术对小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ高侵袭转移瘤株和母瘤株的基因表达谱进行对比分析并筛选出差异表达基因,以期从基因水平上探讨肿瘤的转移机制。方法L-Ⅱ瘤细胞接种小鼠胁部皮下,取其肺转移灶制成细胞悬液接种另一小鼠体内,再取其肺转移灶传代,如此数代后,建立L-Ⅱ肺高转移模型,筛选出L-Ⅱ高侵袭转移瘤株。用基因芯片检测筛选前后的L-Ⅱ瘤株表达有差异的基因,并用RT．PCR对部分差异表达基因进行分析鉴定。结果用体内转移灶连续传代法筛选小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ至第9代,筛选出L一Ⅱ高侵袭转移瘤株。用肿瘤转移基因芯片杂交筛选出传代前后L-Ⅱ瘤细胞的差异表达基因共21个,其中上调基因17个．下调基因4个。对其中有代表意义的基因,如Kras．2、IGF-1、MMP．10、Brms．1进行RT-PCR验证,结果证实所选基因在筛选前后瘤细胞中的表达差异均有统计学意义,与基因芯片的表达情况一致。结论小鼠组织细胞肉瘤L-Ⅱ的侵袭转移是一个涉及Kras．2、IGF．1、MMP．10、Brms-1等重要基因和其他相关基因等多个基因共同参与的复杂过程。     

肝细胞黏附分子对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响

目的利用Affymetrix基因表达谱芯片探讨肝细胞黏附分子(hepaCAM)对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响及作用的分子机制。方法运用Affymetrix Human plus 2.0全基因组芯片检测膀胱移行癌细胞株EJ细胞腺病毒-绿色荧光蛋白-hepaCAM感染组与腺病毒-绿色荧光蛋白感染组的基因表达谱,用SAM法进行差异基因分析、DAVID软件进行基因本体论分析及wikiPathway分析,并用RT-PCR和Western blot验证芯片结果。结果 hepaCAM能引起EJ细胞系基因表达谱的广泛变化,表达差异超过2倍以上的基因共2469个,其中上调基因1602个、下调基因867个。这些差异表达的基因功能主要涉及细胞周期、细胞增殖调节等方面。用RT-PCR对差异基因DNA修复蛋白,肝脏激酶B1和细胞周期蛋白D1进行验证,结果与基因芯片相符;进一步在3细胞株中用Western blot佐证DNA修复蛋白、肝脏激酶B1变化与芯片结果一致。结论 hepaCAM能够诱导EJ细胞基因表达谱的广泛变化,在基因水平通过多条通路作用于膀胱癌细胞。     

应用基因芯片研究E2F-1过表达对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响

目的利用基因表达谱芯片技术筛选过表达E2F-1的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因,初步探讨E2F-1对胃癌细胞免疫功能影响的机制。方法分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA．纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出与免疫相关的差异表达基因,半定量RT-PCR方法验证差异表达基因。结果在21522条基因中,两组细胞间差异表达的免疫相关基因有10条,其中上调基因2条,下调基因8条。上调基因中有1条功能信息不明。其中myc的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性。结论利用基因芯片技术筛选出E2F-1过表达影响胃癌细胞免疫功能的相关基因,为今后更深入的研究E2F-1对胃癌免疫功能的影响奠定了基础。     

实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片方法分析食管癌组织中基因的表达

目的:采用实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片2种技术分析食管癌细胞基因表达的特征。方法:应用cDNA基因芯片筛选15例食管癌基因表达谱,用实时荧光定量RT-PCR验证其中16个基因的表达变化。结果:实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片技术对16个基因的检测结果一致,不仅变化方向相同,而且表达值非常接近。结论:cDNA基因芯片和实时荧光定量RT-PCR分析基因表达变化都是可信的,基因芯片筛选基因表达谱具有高通量大规模的特点,而实时荧光定量RT-PCR则适合单个基因表达变化的研究,两者互为补充和印证。     

人胃癌细胞MKN-28母亚两系转移相关基因的筛选

目的采用基因芯片技术比较筛选前后的人胃癌细胞母系MKN-28和亚系MKN-28S之间的基因表达谱,利用生物信息学方法筛选出与胃癌侵袭和转移相关的差异基因。方法用肿瘤转移基因芯片筛选出人胃癌细胞MKN-28母亚两系的转移相关基因,对部分有差异表达的基因用RT-PCR和Western blot进行分析鉴定。结果用肿瘤转移基因芯片筛选出两系的差异表达基因共20个,其中上调基因13个,下调基因7个。选择其中有代表意义的2个基因利用RT-PCR和Western blot进行验证,证实所选基因在筛选前后瘤细胞中均有差异表达,与基因芯片的表达情况一致,说明基因芯片结果可信度较高。结论基因芯片技术是筛选胃癌转移相关基因的有效方法;多基因参与了胃癌的侵袭和转移的过程,包括一些基因如Flt-4、SRC等基因和其它相关基因的改变。     

奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞全基因表达谱的影响及机制分析

目的研究奥美拉唑对体外培养人脐静脉内皮细胞(EA.hy926)基因表达谱的影响,探讨奥美拉唑对内皮细胞作用的分子机制。方法 10-5mol/L奥美拉唑与人脐静脉内皮细胞株共培养48 h,运用Affymetrix U133 plus 2.0全基因组表达芯片,检测奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞基因表达谱的影响,分子注释系统MAS3.0软件进行聚类分析。RT-PCR验证基因表达谱结果,Western blotting验证相关蛋白水平的变化。结果奥美拉唑作用内皮细胞48 h后,基因芯片分析筛选出差异表达大于1.5倍的基因282个,其中上调基因236个,下调基因46个,包括转录调节、炎症反应、免疫反应、细胞粘附、抗凋亡、信号转导等相关基因,RT-PCR和Western blotting结果与基因芯片结果一致。结论奥美拉唑在基因水平通过多条通路调节内皮功能。     

奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞全基因表达谱影响及生物信息学分析

研究奥美拉唑对体外培养人脐静脉内皮细胞（EA.hy926）基因表达谱的影响,初步探讨奥美拉唑对内皮细胞作用的分子机制。 方法 10-5mol/L奥美拉唑与人脐静脉内皮细胞株共培养48 h,运用Affymetrix U133 plus 2.0全基因组表达芯片,检测奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞基因表达谱的影响,分子注释系统MAS3.0软件进行聚类分析。RT-PCR验证基因表达谱结果,Western blotting验证相关蛋白水平的变化。结果奥美拉唑作用内皮细胞48 h后,基因芯片分析筛选出差异表达大于1.5倍的基因282个,其中上调基因236个,下调基因46个,包括转录调节、炎症反应、免疫反应、细胞粘附、抗凋亡、信号转导等相关基因,RT-PCR和Western blotting结果与基因芯片结果一致。结论奥美拉唑在基因水平通过多条通路调节内皮功能。     

转移力不同的肺癌克隆细胞中nm23-H1基因产物NDPK的表达

【目的】比较转移抑制基因nm2 3 H1表达产物核苷酸二磷酸激酶 (nucleosidediphosphatekinase ,NDPK)在转移力不同的肺癌克隆株中的表达。【方法】通过单细胞克隆技术及裸鼠接种筛选出高转移及低转移的人肺巨细胞癌克隆细胞株及高转移的人肺腺癌克隆细胞株 ,用LSAB免疫组化法检测nm2 3 H1基因产物NDPK的表达。【结果】NDPK在高转移及低转移的人肺巨细胞癌克隆细胞移植瘤及转移瘤中均有表达 ,高转移株的阳性细胞数目及强度均高于低转移株和裸鼠正常肺组织 ;NDPK在高转移的肺腺癌克隆细胞移植瘤中有表达 ,表达强度低于裸鼠正常肺组织。【结论】nm2 3 H1基因对肺巨细胞癌并不具转移抑制基因的功能 ,而可能促进肿瘤的发生、发展和转移。     

Pokemon基因在非小细胞肺癌细胞系中的表达

目的 探讨pokemon基因在非小细胞肺癌细胞系中的表达情况.方法 采用RT-PCR、Western blot检测pokemon基因在5种人非小细胞肺癌细胞系中的表达.结果 pokemon基因在肺腺癌细胞系A549和AGZY83-a、肺鳞癌细胞系HE-99、肺巨细胞癌细胞系95D中呈高表达,在肺腺癌细胞系PAa中未见表达.结论 非小细胞肺癌细胞系中存在pokemon的表达.     

应用荧光染色mRNA差异展示方法从人肺腺癌细胞系中分离差异表达基因

报道一种快速，简单地从癌细胞中分离差异表达基因的改进的ｍＲＮＡ差异展示技术。选择两株具有相同的细胞来源，但具有不同转移能力的人肺腺癌细胞系ＡＧＺＹ８３ａ和Ａｎｉｐ９７３作为研究材料，利用一种灵敏度极高的ＳＹＢＲ ＾ＴＭ ＧＲＥＥＮ Ｉ荧光染料凝胶直接染色方法进行ｍＲＮＡ差异显示，对这两个细胞系的基因表达差异情况进行分析，发瑞这两个细胞染色方法进行ｍＲＮＡ差异显示，对这两个细胞系的基因表达差异情况进     

利用mRNA差异显示和基因芯片技术联合筛选乳腺原发癌与淋巴结转移癌患者的差异表达基因

目的 通过乳腺原发癌与配对的淋巴结转移癌基因表达谱的比较研究筛选乳腺癌转移相关基因。方法 首先利用mRNA差异显示（mRNA DD）技术筛选乳腺原发癌与其配对的淋巴结转移癌的差异表达基因片段,将差异基因片段克隆、测序并与GenBank同源性比较;然后利用同位素标记的反向斑点杂交和荧光标记的基因芯片杂交方法验证筛选得到的差异基因;采用实时定量逆转录聚合酶链反应（real-time RT—PCR）方法检测差异表达基因在7个不同生物学行为乳腺癌细胞系的mRNA表达。结果 乳腺癌的淋巴结转移癌与其原发癌的基因表达谱具有高度一致性,但也有少量差异表达的基因;mRNADD筛选得到16个差异基因,包括4个未知基因并已登录在GenBank,序列号为BG518428、BG518429、BM005520、BM005521,4个已知序列未知功能基因和8个已知基因。其中驱动蛋白样DNA结合蛋白（KNSL4）和二氢嘧啶脱氢酶（DYPD）为在同位素标记的反向斑点杂交和基因芯片杂交的验证结果中证实在转移癌中的表达较原发癌下调的基因。KNSL4 mRNA在7个不同生物学行为乳腺癌细胞系的表达,随着细胞转移能力的增强呈下调趋势。结论 乳腺原发癌与配对的淋巴结转移癌基因表达谱的相似性证实,淋巴结转移癌是其原发癌的转移亚克隆,二者的差异表达基因可能与细胞的转移表型相关;KNSL4和DYPD为3种方法均证实的在转移癌中表达下调的基因,是潜在的乳腺癌转移相关基因;KNSL4与乳腺癌细胞转移的生物学行为相关,提示其可能在乳腺癌转移中起重要作用。     

高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异，筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA，逆转录成cDNA探针，经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交．用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异，其中有104个基因的表达值有意义，包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的，高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。     

人肺癌高转移细胞系的转移相关基因观察

目的 观察人肺癌高转移细胞系SPC-A-1sci的转移相关基因表达,同时验证该细胞系的体内高转移特性.方法 通过Western blot,FICC、IHC等方法检测转移相关基因CD44,OPN,MMP-9,EGFR在高、低转移细胞系间的差异表达;采用尾静脉注射方法观察高、低转移细胞系的转移特性.结果 与低转移细胞系相比,转移促进基因CD44,OPN,MMP-9,EGFR在高转移细胞中的表达均显著上调.体内实验表明,8周时高转移细胞系的肺转移率为100%（12/12）,而低转移细胞系的肺转移率仅为16.67%（2/12）.结论 人肺癌高转移细胞系SPC-A-1sci在转移相关基因表达和动物体内均表现出典型的高转移特性,为该细胞系的推广应用提供了参考依据     

Over-Expression of the RAB5 Gene in Human Lung Adenocarcinoma Cells with High Metastatic Potential

The objective of this study is to better understand the molecular mechanism of tumor invasion and metastasis, and isolating tumor metastasis-related genes. Two human lung adenocarcinoma cell lines AGZY-83a and Anip973 were studied, Anip973 was derived from AGZY 83a ,but it manifested a very much higher metastatic potential than the parent lirie. Differential cDNA fragments were isolated by oslag the techniques of mRNA differential display, and analyzed by means of molecular cloning and sequencing. The expression of RABSA gene in clinical samples of non-small cell lung cancer was determined by RT-PCR. There were significant differences between AGZY-83a and Anip973 in gene expression, part of the differential cDNA fragments were cloned and sequenced. We found that there was over-expression of RABSA gene in the Anip973 cell line. And there was over-expression of RABSA gene in those samples of ehnlcal lung cancer showing metastasis. In conclusion, the expression or over expression of RABSA gene was associated with the metastatic phenotype of Anip973. Probably, over-expression of RABSA gene in ncaa-trmall lung cancer may serve as a diagnostic marker for metastasis.     

Pokemon基因与顺铂作用关系的初步探讨

目的 探讨Pokemon基因与顺铂作用机制的相关性.方法 体外培养人肺腺癌细胞株(A549、AGZY83-a),人肺鳞癌细胞株(HE-99),人肺巨细胞癌细胞株(95D)等4种肺癌细胞株,实验组在培养过程中加入顺铂,对照组在培养过程不加入顺铂;应用RT-PCR、Western印迹检测两组Pokemon基因mRNA和蛋白表达的情况.结果 4种细胞株中Pokemon mRNA及蛋白均呈较高表达.实验组中细胞株经顺铂作用后Pokemon基因表达没有明显变化,与对照组相比差异无统计学意义(均P>0.05).结论 顺铂对A549、AGZY83-a、HE-99、95D细胞株中Pokemon基因的表达没有明显影响.     

人肺腺癌转移相关基因的初步筛选及验证

目的 利用建立的人肺癌高转移细胞系筛选转移基因,为研究肺癌转移的分子标志奠定基础. 方法 人肺癌细胞系SPC-A-1和相应的高转移细胞系SPC-A-1sci常规培养后提取总RNA,采用cDNA芯片技术检测两种细胞中差异表达基因,对部分有差异表达的基因进行蛋白免疫印迹（Western blot）分析验证. 结果 通过基因芯片技术筛选出了7 649个可能与肺癌转移相关的基因,其中上调基因3 891个,下调基因3 758个,功能涉及细胞黏附、凋亡、转录、信号传导、细胞周期和代谢等.经过Western分析,CD44与CDC42EP3在SPC-A-1sci中的表达明显高于SPC-A-1,而FNI的结果则相反.这与基因芯片的结果相一致. 结论 基因芯片高通量筛选提示7600余条基因可能与人肺癌转移相关,为进一步研究肺癌的转移机制和发现新的转移相关基因提供了较为有价值的线索.     

高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异,筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA,逆转录成cDNA探针,经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交,用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异,其中有104个基因的表达值有意义,包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的,高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。