基于网络药理学探讨金钗石斛和霍山石斛治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 基于网络药理学探讨及比较金钗石斛Dendrobium nobile Lindl.和霍山石斛D. huoshanense活性成分治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法 基于中国知网、万方和PubMed数据库收集金钗石斛、霍山石斛的有效成分;PubChem平台查询活性成分结构;SwissADME平台筛选金钗石斛、霍山石斛活性成分的靶点;SwissTartgetPrediction平台预测各活性成分的作用靶点;GeneCards和OMIM数据库检索阿尔茨海默病相关靶点;Cytoscape 3.9.1构建“活性成分–疾病–靶点”网络图;String数据库分析并构建药物与疾病的蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 共获得金钗石斛有效成分84个,核心成分为crepidatin、N-isopentenyl-6-hydroxydendroxinium、3-O-methylgigantol等;霍山石斛有效成分56个,核心成分为erianin、dendrocrepine、dendrocandin U等;金钗石斛...     

骨肉瘤相关基因富集分析

目的富集分析骨肉瘤相关基因,深层次挖掘基因信息,阐明骨肉瘤发病的基因机制。方法利用在线基因富集分析工具DAVID,针对(在线人类孟德尔遗传数据库)OMIM、系统分析基因功能(KEGG disease)、遗传协会数据库(Genetic Association Database)及PAGED数据库(PAged Data Soune)4个疾病相关基因数据库中检索得到的骨肉瘤相关基因进行分子功能、生物学途径及Pathway富集分析。结果骨肉瘤疾病在基因损伤、损伤应激生物学途径及细胞周期信号通路等方面表现异常。结论骨肉瘤是一种多基因病变疾病,富集分析可以深入阐述骨肉瘤发病的基因机制。     

甲状腺癌相关基因生物信息分析

目的:通过分析甲状腺癌文献基因报道频率、COSMIC数据库中基因突变频率、文献基因差异表达情况以及蛋白质相互作用,评价基因对甲状腺癌的重要价值。方法:检索甲状腺癌相关文献,检索COSMIC数据库甲状腺癌基因突变频率,计算已经发表相关文献数据中的差异表达基因,计算基因的蛋白质作用次数,利用这些信息计算基因关注指数。结果:共找到382个与甲状腺癌密相关的基因,其中282个基因未被文献报道。结论:利用生物信息学方法多方面分析甲状腺癌切相关基因,能找到一些新的对甲状腺癌十分重要的基因。     

竭香定痛胶囊治疗冠心病网络药理学作用机制研究

目的 利用网络药理学方法分析竭香定痛胶囊治疗冠心病的作用机制.方法 在中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选竭香定痛胶囊的有效成分及作用靶点,在OMIM数据库及GeneCards数据库中检索冠心病基因靶点,应用R语言映射竭香定痛胶囊-冠心病共有基因,应用Cytoscape软件和STRING数据库建立中药调控和蛋白质相互...     

中美两国药品GMP合规检查信息及相关数据库的比较研究

目的:为进一步完善我国药品生产管理规范(GMP)合规检查信息及相关数据库的建设提供参考。方法:汇总中美两国药品监管部门相关网站上关于药品GMP合规检查的相关信息,从检查报告格式及内容、年度报告和数据库建设等方面进行比较分析,对我国药品检查信息及相关数据库的完善提出建议。结果与结论:我国国家药品监督管理局的合规检查信息及数据库功能与美国FDA相比存在较大差距。对于药品GMP合规检查信息,美国FDA建有比较专门的数据库,并具有高级检索功能,便于公众使用检索信息;而目前我国数据库专栏并不完善,只能按序浏览,几乎不具备检索功能,并非真正意义上的信息数据库。美国FDA在药品GMP合规检查信息内容中,对缺陷的阐述、给企业提供的建议或帮助及关键数据的保密等措施都较为科学和人性化,且公布较为及时;而我国食品药品审核查验中心发布的与药品GMP合规检查相关的飞行/跟踪检查通报内容详细程度略差,缺陷归类划分不明晰,从检查结束到通报发布的周期较长。建议我国药品GMP合规检查信息及数据库功能应从扩大药品GMP检查信息收录种类及范围、完善检索功能、提供数据库配套使用说明书、细化报告内容等方面进行完善。     

基于UHPLC-Q-TOF-MS技术和网络药理学的金莲花抗炎药效物质基础及作用机制研究

目的 基于超高效液相色谱–四级杆–飞行时间串联质谱（UHPLC-Q-TOF-MS）法、网络药理学和分子对接验证探讨金莲花抗炎的药效物质及机制。方法 根据质谱信息结合对照品、文献和数据库指认金莲花中化学成分信息;借助Swiss ADME平台及查询文献来筛选金莲花潜在活性成分;通过Swiss Target Prediction数据库预测金莲花活性成分的作用靶点;采用OMIM、GeneCards、DrugBank、DisGeNET数据库获取炎症的相关靶点;利用Venn图取药物活性成分靶点与疾病靶点交集后,用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI）;用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;借助Cytoscape软件构建“活性成分–炎症靶点–富集通路”网络;采用分子对接技术进行初步验证。结果 从金莲花中共鉴别出38个化合物,包括黄酮类23个,有机酸类10个,香豆素类1个,单糖2个以及苯乙素类2个;网络药理学研究表明,金莲花可能通过鼠尾草素、蓟黄素、香叶木素、阿魏酸、槲皮素和芹菜素等成分,作用于肿瘤坏死因子（TNF...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨十九畏药对“郁金-丁香”抗肝纤维化作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨郁金-丁香药对抗肝纤维化的作用机制。方法 于2022年1月8日检索中药系统药理学数据平台（TCMSP）获取郁金和丁香的有效活性成分及相关靶点并进行筛选和预测;肝纤维化相关靶点的数据通过NCBI基因数据、OMIM数据库和Genecards数据库获取;运用软件Venny 2.1绘制药物-疾病靶点韦恩图,得到药物抗肝纤维化的作用靶点;运用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-活性成分-靶点相互作用网络并分析其拓扑结构;运用String数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络图;利用David和Metascape数据库对关键靶点分别进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;利用PubChem和RCSBPDB数据库对关键成分和靶点进行分子对接。结果 筛选得到郁金-丁香药活性成分44个,对应作用靶点200个,肝纤维化候选靶点3 951个,药物与疾病交集靶点155个。药物-活性成分-靶点网络和PPI网络分析显示槲皮素、山柰酚、柚皮素、β-谷甾醇等是药对治疗肝纤维化的关键成分,蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素（IL）-6、IL-1...     

基于网络药理学研究薏苡仁活性成分在乳腺癌中的作用及其机制

基于网络药理学探索中药薏苡仁治疗乳腺癌的活性成分、潜在靶点及分子机制研究.在TCMSP数据库筛选薏苡仁的有效成分,Swiss Target Prediction数据库检索有效成分对应的靶点,同时检索Genecards、OMIM、TTD、Drugbank获得乳腺癌的相关基因,经交集后可获得薏苡仁作用于乳腺癌的候选靶基因....     

Drugs@FDA、FDA Online Label Repository和DailyMed 三大开放获取药品说明书数据库的比较研究

目的:为药学工作人员根据不同需求选择不同的药品说明书数据库提供参考。方法:搜集Drugs@FDA、FDA Online Label Repository和DailyMed三大开放获取药品说明书数据库的信息组织方式,从检索功能设置、检索结果显示内容、数据来源与服务目标三个方面进行比较分析。结果与结论:在检索功能上,以DailyMed最丰富;在检索结果显示内容上,DailyMed的数据格式化程度最高,FDA Online Label Repository次之,而Drugs@FDA只进行了部分格式化;3个数据库都提供页面复制和打印的功能,其中DailyMed的界面更为友好、内容更开放、提供了全部下载功能;在数据来源与服务目标上,Drugs@FDA和FDA Online Label Repository的系统开发者都为FDA,DailyMed为美国国立医学图书馆,Drugs@FDA采用的数据来源为经过FDA严格审批之后的药品说明书,对某一药品信息的描述最全面;FDA Online Label Repository则为厂商提交给FDA的原始说明书,其内容最新,甚至有未上市的药品;DailyMed采用的数据来源取自于已上市的药品包装盒上的信息,还包括很多上市但未经过严格审批的说明书信息,其覆盖药品最全。     

基于网络药理学和分子对接技术探究健神糖浆治疗失眠症的作用机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接技术分析健神糖浆治疗失眠症的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、中医药整合药理学网络计算研究平台（Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP）、中国知网（China National Knowledge Infrastructure,CNKI）检索搜集健神糖浆所含中药的化学成分和潜在作用靶点,借助Genecards数据库和OMIM数据库检索失眠症的人类相关靶点基因。使用Cytoscape 3.8.2软件构建网络图,筛选出核心成分。利用STING数据库制作蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络图,并使用Cytoscape-Cyto NCA拓扑分析筛选核心靶点基因。基于Metascape数据库进...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨京尼平苷治疗脑缺血的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接方法研究京尼平苷治疗脑缺血潜在作用机制。方法 通过PubChem、PharmMapper、GeneCards、OMIM数据库分别对京尼平苷和疾病的靶点进行预测,借助Venny 2.1.0工具将二者取交集获取共有靶点,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,随后通过Cytoscape 3.7.2软件对核心靶点进行网络拓扑分析;基于核心靶点基因开展基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）基因富集分析。利用AutodockTool软件对所筛选的核心靶点分别与京尼平苷进行分子对接。结果 通过STRING数据库构建交集靶点的PPI网络,获得173个交集靶点,包括酪氨酸蛋白激酶（SRC）、蛋白激酶B1(AKT1)、热休克蛋白90α家族A级成员1(HSP90AA1)、PIK3R1、表皮生长因子受体（EGFR）等。京尼平苷治疗脑缺血可能通过调控磷脂酰肌醇-3-羟激酶（PI3K）–蛋白激酶B(Akt)信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末化产物（AGE）–晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、...     

应用抑制消减杂交技术筛选动脉粥样硬化相关基因

目的　筛选动脉粥样硬化 (AS)相关基因。方法通过菌落原位杂交技术筛选用抑制消减杂交法构建的传代培养前后牛主动脉内皮细胞差异表达基因消减cDNA文库 ,用聚合酶链反应方法进一步筛选出有插入片段的阳性克隆 ,将阳性克隆进行DNA测序和同源性比较分析。建立兔AS模型 ,采用RNA点杂交技术鉴定部分筛选到的cDNA序列的AS相关性。结果　从消减文库中随机挑取的 75 0个白色克隆中筛选出 88个阳性克隆 ,DNA测序获得 6 1个cDNA序列 ,其中 2 6个为已知牛基因序列 ,19个与已知人基因具有高度同源性 ,其他 16个是未知基因片段。通过基因同源性分析 ,选择部分cDNA序列进行组织表达差异及其与AS病变的关系分析 ,结果表明 ,转录调节因子DEAD box ,Ⅻa因子抑制蛋白 ,淋巴调适蛋白和转位复合蛋白 β基因为AS相关基因。结论　这 4种基因为本文首次报道的AS相关基因。     

小建中汤治疗抑郁症作用机制的网络药理学研究

目的基于网络药理学探讨小建中汤治疗抑郁症多靶点、多通路的作用机制。方法采用计算机检索TCMSP,PubChem,Swiss TargetPrediction数据库,筛选小建中汤治疗抑郁症的潜在活性成分及作用靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建潜在活性成分-靶点网络;检索GeneCard,OMIM,DisGeNET数据库,获取与抑郁症相关的靶点,通过Uniport数据库校对靶点基因名;运用String数据库确定核心靶点;使用Metascape在线分析工具,并通过GO富集分析和KEGG通路分析构建蛋白互作网络。结果从小建中汤中筛选出68个活性成分,包括荷叶碱、可可碱、左旋千金藤啶碱等;共得到144个与抑郁症相关的重合靶点,根据网络节点自由度筛选出核心作用靶点基因36个,包括雌激素受体1、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、乙酰胆碱酯酶、单胺氧化酶B等;通过生物过程GO富集分析获得信号通路630条,包括化学突触传递、G蛋白耦联受体信号通路、与环状核苷酸第二信使耦联等;通过KEGG通路分析获得核心靶点的相关通路31条,包括神经活性配体-受体相互作用、血清素能突触、钙信号、多巴胺能突触、环磷酸腺苷(cAMP)等通路。结论小建中汤治疗抑郁症具有多靶点、多途径、多通路的特点,可能通过神经活性配体-受体相互作用、血清素能突触、钙信号、多巴胺能突触、cAMP等通路发挥抗抑郁作用。     

基于网络药理学的青风藤治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的 应用网络药理学研究方法,探讨青风藤治疗类风湿关节炎(RA)的可能作用机制.方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选青风藤的化学成分,并依据TCMSP数据库的口服生物利用度(OB)和类药性指数(DL)筛选出主要有效活性成分.借助DRAR-CPI分子对接服务器得到有效活性成分的潜在作用靶点.通过Ge...     

Evolutionary Relationships Among Proteins Probed by an Iterative Neighborhood Cluster Analysis (INCA). Alignment of Bacteriorhodopsins with the Yeast Sequence YRO2

Purpose. Searching the existing databases for homologous sequences is essential to understanding a protein's structure and function. For a query sequence, its nearest neighbors can be identified by BLAST (basic local alignment search tool). However, a single query sequence is insufficient to define the entire neighborhood of related sequences, and multiple BLAST queries are needed. We describe here a program which permits automated and iterative BLAST analysis of an entire neighborhood of sequences and apply this to search for homologs of the bacteriorhodopsins outside the archaea phylum. Methods. We have developed a Java program, 'Iterative Neighborhood Cluster Analysis' (INCA), which performs iterative BLAST searches, beginning with a single starter sequence, and proceeding with any other sequence achieving a predefined minimum alignment score. This results in a cluster of sequences where each sequence is related to at least one other sequence by the cutoff score, and additional lists of more distantly related sequences for each member of the cluster. Results. Bacteriorhodospins had not been previously aligned with any other protein family with scores indicative of probable homology. Using INCA, we identified a probable homolog in yeast, YRO2_YEAST, also containing seven putative transmembrane domains. A finding of probable homology was supported by additional alignment strategies. Conclusions. INCA is a useful tool to assess complete protein neighborhoods. With an increasing database, INCA can serve to detect the emergence of evolutionary links between even the most distantly related protein families. Identifying a homolog of the bacteriorhodopsins in yeast illustrates this approach but at the same time highlights the vast evolutionary distances between polytopic membrane proteins, such as the bacteriorhodopsins.     

中药复方网络药理学研究的文献分析

目的:综述网络药理学方法在中药复方研究中的应用进展,为中药复方现代化研究提供参考与借鉴.方法:以"网络药理学""中药复方"为关键词,在中国知网、万方数据以及维普网等数据库中组合查询2006年5月-2020年5月发表的文献,筛选文献,对其所用数据库、分析平台、软件进行统计汇总;在进行计量分析的基础上,对网络药理学在中药复...     

如何利用观察性医药数据库进行药物流行病学的安全风险管理研究

摘 要 目的:回顾和比较观察性医药卫生数据库的特性,并讨论如何应用它们进行药物流行病学的药品安全风险管理研究。方法：通过美国医学索引Medline, PubMED, 国际药学文摘等公开出版物作为信息来源,检索相关信息和药物流行病学文献,查找其相关的观察性医药数据库,讨论和分析这些数据库的主要特性,回答如何利用观察性医药数据库来进行药物流行病学研究,为药品安全风险管理服务;介绍作者个人的独特研究经验。结果：通过本次回顾总结,从选择的公开发表文献中可找到几十种公众或机构专有的医药数据库。每种医药数据库都具有其特性、优势和局限性。将这些数据库分类为自发性报告系统数据、电子病历数据、医保数据、健康医疗相关的调查数据、疾病病种随访注册数据和其他数据等五大类。对如何应用医保数据进行特殊的药物流行病学研究进行了专项案例讨论,同时也阐述了常见的一些典型医保数据及其可链接性、数据有效性、患者隐私保护等问题。结论：本次回顾研究发现多种专业医药数据库均可用于药物流行病学研究,并为读者提供了针对特定研究目的选用和比较潜在数据库的多种有用信息。     

基于网络药理学的益母草治疗神经损伤的潜在分子机制研究

目的 探讨益母草治疗神经损伤的作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学数据库(BATMAN-TCM)获取益母草的活性成分,然后从SwissTargetPrediction(STP)和TCMSP数据库中收集和预测候选化合物的作用靶点.利用疾病靶点标准化数据库(Uniprot)获取益...     

CHAP抗生酶数据库的构建及其信息分析

目的 建立CHAP抗生酶数据库，对已知的CHAP抗生酶信息进行收集整理，为研究其功能机制，和设计研发新型CHAP抗生酶提供帮助。方法 收集公共数据库和科学文献中的CHAP抗生酶信息，使用UniProtKB，InterPro，PDB，GO和BioPerl进行信息关联和信息注释；使用Apache， MySQL，PHP，Perl和jQuery构建数据库及WEB页面。结果 构建了基于WAMP架构的CHAP抗生酶数据库(http://biotechlab.fudan.edu.cn/database/chap)，包含来自于263种来源的1572种CHAP抗生酶，WEB界面提供浏览、搜索和统计信息等功能，允许用户以自定义的搜索标准快速获取数据，并对CHAP抗生酶的序列、结构、来源、功能、物化性质等信息进行分析。结论 本研究建立的CHAP抗生酶数据库作为抗生酶研究的一个独特工具，具有多种潜在的应用，为进行CHAP抗生酶研究的研究者提供了一个极有用的研究平台。     

Managing core resources for genomics and proteomics

Recent years have seen an explosive growth in biological data, which is often not published in a conventional sense but rather deposited in a database. This trend and the need for computational analyses of the data make databases essential tools for biological research. Data from a variety of sources, covering a wide range of biological information, are stored in different, often quite specialized, databases. The provision of such databases as useful resources for the scientific community is a demanding task since the data not only have to be stored in a consistent way, but also have to be easily accessible and highly integrated with other databases. Furthermore, it is necessary to provide users with effective tools to search the databases and to analyze the data. At the European Bioinformatics Institute (EBI), we develop and maintain a number of biological databases and provide a variety of bioinformatics tools to facilitate database and similarity searches and data analysis. In this review, we will provide examples of the core resources maintained at the EBI and summarize important issues of database management of such resources.