国产MALDI-TOF MS系统microTyper MS对革兰阴性菌的鉴定性能评估

目的 评估国产基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)系统microTyper MS鉴定革兰阴性菌的性能.方法 使用国产MALDI-TOF MS系统microTyper MS与进口质谱系统VITEK MS系统同步鉴定该实验室储存的标准菌株及2018年6月至2019年6月临床分离的革兰阴性菌株.鉴定结...     

巴尔通体MALDI-TOF MS数据库的建立与鉴定方法的评价

目的 建立巴尔通体的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)数据库和质谱鉴定方法,利用野生菌株进行验证、评价.方法 应用MALDI-TOF MS采集巴尔通体ATCC标准菌株和国内流行菌株的质谱数据,每株菌采集24张的质谱图集,获得特定的蛋白指纹图谱,汇总成不同种巴尔通体的标准质谱图,建立巴尔通体MA...     

自建MALDI-TOF MS霉菌数据库的研究

目的 建立基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)霉菌数据库,提高引起临床相关感染的各种霉菌的鉴定能力.方法 收集临床标本来源的霉菌266株,纯培养后进行霉菌18S rDN A扩增测序,获得菌种鉴定结果.选取210株霉菌用于数据库的构建,通过甲酸萃取法提取蛋白,应用M A LDI-T O F MS配...     

MALDI-TOF MS在临床微生物鉴定中的常见问题及对策

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDITOF MS)是目前临床实验室中应用最为广泛的质谱技术之一。然而,MALDI-TOF MS微生物鉴定的上机前准备、检测分析及结果判读等方面均易出现各种问题,严重时会影响鉴定结果。经文献查阅及实验室长期经验总结、验证,该文对目前MALDITOF MS鉴定中存在的问题进行分析,并提出相应对策。     

MALDI-TOF MS鉴定马尔尼菲篮状菌的实验条件优化

目的 构建用于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF MS)鉴定马尔尼菲篮状菌的数据库,并探索用于MALDI-TOF MS鉴定马尔尼菲篮状菌的最佳培养条件和前处理方法 .方法 利用8株马尔尼菲篮状菌构建自建数据库,比较不同培养基[沙保弱葡萄糖琼脂培养基(SDA)、沙氏葡萄糖肉汤培养基(SDB)]、培养...     

MALDI-TOF MS在细菌耐药性检测中的应用进展

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)已经发展成为微生物实验室鉴定菌种的常规工具。MALDI-TOF MS在微生物学耐药性检测中的应用尚处于研究阶段。该文就MALDI-TOF MS在细菌耐药性检测中的方法及其适用病原体的研究现状做一综述。     

MALDI-TOF MS直接鉴定血培养阳性病原的临床应用

目的 了解基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)直接快速检测血培养报阳样本的可行性.方法 收集同济大学附属同济医院报阳血培养样本682例,从血培养瓶直接抽取血液至分离胶采血管离心富集细菌后,采用MALDI-TOF MS进行直接鉴定(快速质谱法).同时对报阳血培养标本进行涂片镜检及转种培养后,分别采...     

MALDI-TOF MS微生物鉴定数据库应用研究进展

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF MS)具有灵敏、准确、高通量等特点,已经逐步应用于临床、食品卫生、环境等方面的微生物鉴定。但目前MALDI-TOF MS数据库中收录的大多是较常见微生物种类,对于新发现及罕见微生物以及来自不同地域和环境的微生物收录不足甚至缺乏,导致微生物鉴定的准确性受到影响。该文对MALDI-TOF MS的工作原理和应用领域、数据库的现状以及扩展数据库的重要性、基本步骤及其注意事项作一综述。     

MALDI-TOF MS微生物鉴定的室内质量控制体系建立

基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDITOF MS)具有快速、准确、低成本、操作简单的特点,是临床微生物鉴定的首选技术之一。MALDI-TOF MS的准确鉴定依赖于良好的仪器状态、有效的菌株蛋白质抽提及规范的操作与结果判读原则,任一环节的失误均直接影响鉴定结果的准确性。因此,严格的室内质量控制对MALDI-TOF MS微生物鉴定至关重要。该实验室根据6年的应用经验及研究,建立了一套较为完整的MALDI-TOF MS微生物鉴定室内质量控制体系,覆盖硬件、软件及人工操作各个环节,内容包括仪器参数设置、维护与校准,菌株与试剂的准备以及谱图采集与结果判读分析,使鉴定结果异常时可迅速溯源并及时处理。     

Rapid identification of pathogens directly from blood culture bottles by Bruker matrix-assisted laser desorption laser ionization-time of flight mass spectrometry versus routine methods

The use of matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) for identification of microorganisms directly from blood culture is an exciting dimension to the microbiologists. We evaluated the performance of Bruker SepsiTyper kit™ (STK) for direct identification of bacteria from positive blood culture. This was done in parallel with conventional methods. Nonrepetitive positive blood cultures from 160 consecutive patients were prospectively evaluated by both methods. Of 160 positive blood cultures, the STK identified 114 (75.6%) isolates and routine conventional method 150 (93%). Thirty-six isolates were misidentified or not identified by the kit. Of these, 5 had score of >2.000 and 31 had an unreliable low score of <1.7. Four of 8 yeasts were identified correctly. The average turnaround time using the STK was 35 min, including extraction steps and 30:12 to 36:12 h with routine method. The STK holds promise for timely management of bacteremic patients.     

副溶血性弧菌快速检测方法研究

目的 以检测toxR基因作为副溶血性弧菌种水平上的特异性基因鉴定,建立一种快速、准确、简便的副溶血性弧菌(VP)筛选方法.方法 根据toxR基因序列设计合成引物,扩增被检VP所含的相应基因.分别用标准株及地方株做对照,同时与常规鉴定方法比较.结果 对浙江省2005年收集的286株来自临床病人和海产品的可疑VP鉴定,用常规方法鉴定出VP占总数的62.24%;用toxR基因检测,鉴定率占所有菌株的61.54%;两者差异无统计学意义(x2=0.03,P＞0.05),对40份海产品增菌液直接检测toxR基因与常规增菌分离鉴定法,均有37份标本检出VP,检出率为92.5%.结论 该检测方法快捷、特异性好、敏感性高,可以作为VP快速筛选方法.     

Rapid identification of Gram-negative organisms from blood culture bottles using a modified extraction method and MALDI-TOF mass spectrometry

The application of matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) directly to blood culture broth has potential to identify bloodstream infection earlier and facilitate timely management. We prospectively tested a novel, rapid, and inexpensive in-house spin-lysis protocol with formic acid extraction and compared MALDI-TOF MS identification of Gram-negative bacteria with traditional phenotypic methods (Phoenix™) directly from 318 BACTEC™ (Becton Dickinson, Franklin Lakes, USA) blood cultures. The MS score was ≥1.7 in 268 (91.8%) monomicrobial broths, with concordance to genus and species level of 100% and 97.0%, respectively. MALDI-TOF MS still has limited capacity to detect all species in polymicrobial broths.     

Multicenter validation of the VITEK MS v2.0 MALDI-TOF mass spectrometry system for the identification of fastidious gram-negative bacteria

The VITEK MS v2.0 MALDI-TOF mass spectrometry system's performance in identifying fastidious gram-negative bacteria was evaluated in a multicenter study. Compared with the reference method (DNA sequencing), the VITEK MS system provided an accurate, species-level identification for 96% of 226 isolates; an additional 1% were accurately identified to the genus level.     

Comparison of three preparatory methods for detection of bacteremia by MALDI-TOF mass spectrometry

We evaluated 3 preparatory methods for processing positive blood culture bottle broths prior to matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) analysis-differential centrifugation, 10% sodium dodecyl sulfate (SDS), and the Sepsityper kit. Initial evaluation used genus and species level cutoff scores of 1.700-1.999 and ≥ 2.000, respectively. Processing of an initial 79 blood bottle cultures by differential centrifugation yielded correct identifications of 51 (65%) to the genus and 34 (43%) to the species levels. One hundred and one different blood bottles were simultaneously processed with 10% SDS and Sepsityper. Both yielded genus-level identifications for 77 (76%), and the 2 yielded species-level identifications for 49 (49%) and 54 (54%) of bottles, respectively. Adjustment of the score cutoff criteria for genus (1.500-1.699) and species (≥ 1.700) improved identification percentages, particularly for species-level identifications (P < 0.05).     

青浦区水产品中副溶血性弧菌污染状况与分子分型特征

目的了解副溶血性弧菌在青浦区部分市售水产品中的污染情况及分子分型。方法于不同季度,分别从酒店、农贸市场和大型超市采取鱼类、虾和贝类等标本,参照GB 4789.7,采用稀释培养计数(MPN)法进行副溶血性弧菌定量检测,并完成分离菌株毒力基因和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型的检测。结果 144份水产品中共检出副溶血性弧菌68份,阳性率为47.00%,虾类、贝类和鱼类中副溶血性弧菌几何平均数分别为465.2、291.0、146.1MPN/g;所检出菌株均不携带TDH和TRH 2种毒力基因,68株副溶血性弧菌PFGE共分为63种带型,呈现明显多态性。结论青浦区市售水产品中副溶血性弧菌污染较严重,应采取有效措施防止由水产品引起的副溶血性弧菌食源性疾病,该地区菌株间遗传同源关系较远。     

MALDI-TOF MS结合短时培养法在阳性血培养病原菌鉴定中的临床应用

目的评估基质辅助激光电离解析-飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)结合短时培养法在阳性血培养病原菌鉴定中的应用价值。方法前瞻性收集北京友谊医院2017年3月至10月的162例单一病原菌血培养阳性标本,取3 ml培养液离心后刮取分离胶表层浓集的病原菌,血平板培养1~4 h,直接用菌膜涂靶板,MALDI-TOF MS菌株鉴定,同时与常规培养后再鉴定的传统方法比较菌种鉴定结果的准确性。结果共收集革兰阳性细菌73株,革兰阴性细菌89株。与传统培养法相比,MALDI-TOF MS结合短时培养法的鉴定时间由1~2 d缩短至1~4 h,革兰阳性细菌和革兰阴性细菌的鉴定准确率分别为87.7%和98.9%。结论用MALDI-TOF MS结合短时培养法可以大大缩短阳性血培养病原菌鉴定时间,尤其适用于革兰阴性杆菌所致的血流感染。该方法操作简单,结果可靠,有良好的临床应用价值。     

沙门菌、志贺菌和副溶血性弧菌的多重PCR快速检测技术的建立与应用

目的建立快速同时检测沙门菌、志贺菌和副溶血弧菌的多重聚合酶链反应（PCR）技术。方法根据沙门菌hilA基因、志贺菌ipaH基因及副溶血性弧菌tdh基因序列设计引物,进行PCR扩增及电泳检测。同时优化反应体系,测定特异性和灵敏度。结果该多重PCR技术能在8h内同时检测3种目的菌,通过检测其他9种常见食源性致病菌,结果表明该方法特异性好,多重PCR检测灵敏度分别为：沙门菌10^4cfu／mL,志贺菌10^2cfu／mL,副溶血性弧菌10^4cfu／mL。并进行了人工模拟食品和粪便样品的检测。结论初步建立能在8h内快速、灵敏、特异地同时测定沙门菌、志贺菌和副溶血性弧菌的多重PCR检测技术。     

沙门菌、志贺菌和副溶血性弧菌的多重PCR快速检测技术的建立与应用

目的建立快速同时检测沙门菌、志贺菌和副溶血弧菌的多重聚合酶链反应(PCR)技术。方法根据沙门菌hilA基因、志贺菌ipaH基因及副溶血性弧菌tdh基因序列设计引物,进行PCR扩增及电泳检测。同时优化反应体系,测定特异性和灵敏度。结果该多重PCR技术能在8 h内同时检测3种目的菌,通过检测其他9种常见食源性致病菌,结果表明该方法特异性好,多重PCR检测灵敏度分别为:沙门菌104cfu/mL,志贺菌102cfu/mL,副溶血性弧菌104cfu/mL。并进行了人工模拟食品和粪便样品的检测。结论初步建立能在8h内快速、灵敏、特异地同时测定沙门菌、志贺菌和副溶血性弧菌的多重PCR检测技术。