生物医学文献的知识发现与数据整合

通过整合生物医学文献与科学数据,创建数据和文献能够交互操作的开放式环境,充分发现生命科学领域新的知识,已经成为当前数据密集型科学发现的研究热点之一。系统分析和阐述了国内外生物医学文献挖掘与科学数据整合领域的整合方式和研究内容,调研了不同整合方式的对应系统,展望了生物医学文献与科学数据整合领域的发展趋势。     

基于多案例研究的生物医学科学数据开放共享策略分析

目的/意义 提出生物医学科学数据开放共享的策略性建议,为科学数据可持续发展提供理论支撑。方法/过程 采用多案例研究方法,分析英国生物样本库(UK Biobank)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)、全球流感共享数据库(GISAID)、Cortellis药物研发情报平台(CDDI)4个国际典型生物医学科学数据平台的开放共享实践。结果/结论 基于数据共享前、中、后3个环节提出建议,数据资源建设方面应确定数据权利和权利主体的划分,数据开放使用方面应依据数据属性实行差异化管理,数据生态营造方面应制定促进数据增值的机制和措施。     

国际生物医学大数据研究可视化分析

以WOS数据库为数据源,全面采集生物医学大数据相关文献,以CiteSpace和VOSViewer软件绘制科学知识图谱,对当前生物医学大数据研究力量、研究热点及演进趋势进行分析。     

生物医学科研数据管理服务的研究

基于生物医学领域科研人员对科研数据管理服务的需求,分析国外生物医学领域学科馆员的为科研用户提供研究数据管理服务,重点分析美国NIH生物医学学科馆员支持科研课题研究数据管理服务的模式、内容和效果,探讨我馆学科馆员如何参与生物医学数据管理服务。     

大数据在生物医学信息学中的应用

大数据在生物医学信息学研究中的作用日益重要,介绍大数据在生物信息学、临床医学信息学、影像信息学和公共卫生信息学4个领域的应用,列举并总结一些最近的工作进展,对未来大数据在生物医疗领域的发展进行展望。     

欧洲ELIXIR生物医学数据工具服务平台体系实践与启示

目的/意义满足生物医学领域海量数据分析和应用迫切需求,解决数据分析利用工具缺乏规范化管理等问题。方法/过程全面分析和总结ELIXIR生物医学数据工具服务平台体系工具标准化汇集、管理和共享利用方面的建设思路、方法和技术实现等,在生态系统构建、管理规范、运行环境管理、基准测试与验证、技术更新策略及社区驱动创新等方面对我国开展相关研究和实践提出建议。结果/结论汲取ELIXIR数据工具服务平台体系建设有益经验,可为我国生物医学数据分析利用相关工具规范化管理和服务平台建设提供综合性参考。     

生物医学大数据中的隐私计算

分析生物医学数据流通难点、传统隐私保护手段缺陷,介绍隐私计算优势及其主流技术路线,阐述生物医学中隐私计算的典型应用场景和有关案例,为该领域相关研究提供参考。     

数据挖掘在生物医学数据分析中的应用

随着信息技术的发展,采集、存储和管理数据的手段日益完善,数据挖掘学科应运而生。文章阐述数据挖掘的概念;通过给出各种数据挖掘方法在生物医学研究领域中的应用实例,分析数据挖掘与生物医学领域中统计学的关系,并就国内生物医学数据挖掘的应用现状、需要解决的问题以及今后研究的发展方向等进行综述。     

数据挖掘在生物医学数据分析中的应用

随着信息技术的发展,采集、存储和管理数据的手段日益完善,数据挖掘学科应运而生。文章阐述数据挖掘的概念;通过给出各种数据挖掘方法在生物医学研究领域中的应用实例,分析数据挖掘与生物医学领域中统计学的关系,并就国内生物医学数据挖掘的应用现状、需要解决的问题以及今后研究的发展方向等进行综述。     

国外生物医学科研数据管理服务与启示

基于生物医学领域科研人员对科研数据管理服务的需求,分析了国外生物医学领域学科馆员为科研用户提供的数据管理服务,美国NIH生物医学学科馆员支持科研课题研究数据管理服务的模式、内容和效果,探讨了国外生物医学数据管理服务对我馆学科化服务的启示。     

caCORE——美国癌症研究的生物信息核心框架

近十年来基因组学和蛋白质组学的快速发展为医学生物学的研究提供了前所未有的机遇.一方面,大规模、高通量的基因和蛋白质的测定工作产生了大量有价值的各类数据;而另一方面,因数据标准的缺乏、数据兼容和整合的艰难而妨碍了人们去充分有效地共享数据,进而更好地促进各自领域的发展.生物信息学也因此成为当今生物医学研究发展必不可少的一个手段.本文就美国国家癌症研究所(National Cancer Institute,NCI)以癌症研究为试点所建立的一个生物信息核心框架caCORE(cancer Common Ontologic Reference Environment)作一简短介绍.     

Leading Knowledge Producers Within the Biomedical Informatics Community

Objectives: To present findings on academic leadership within the biomedical informatics community based upon the number of research articles produced by authors, institutions, and countries within five biomedical informatics journals. Methods: Five biomedical informatics journals were analyzed for the most producing author, institution, and country for two time periods: 1995–1999 and 2000–2004. Results: Results show that an overall trend exists whereby the academic leadership for author, institution, and country is the U.S. The results exist for both time periods of 1995–1999 and 2000–2004. Conclusions: Even though individual institutional and author rankings may have fluctuated within the two time periods (1995–1999 and 2000–2004), U.S. dominance at the institutional and author level remains significant within the five biomedical journals selected for this study.     

医学研究生《生物医学软件应用》课程设置的探讨

正确运用生物医学软件可以培养医学研究生科学缜密的思维方式,提高其科研和创新能力。按需定位课程目标和内容,结合现代化的教学手段和实用性的考核形式,对《生物医学软件应用》课程设置进行探索。使研究生更全面掌握生物医学软件的相关知识与技能,为其顺利开展科研工作奠定良好基础。     

生物医学科学专业课程体系的比较

上海交通大学于2016年增设中国内地首个生物医学科学专业,借鉴其他学校的成功经验,将有助于该专业的更好发展。对于生物医学科学专业的培养方案和课程设置的比较及分析显示,牛津大学注重学生多元化发展,悉尼科技大学着眼于基础与临床的结合,香港大学则强调临床、科研及转化的多方面整合。而对于上海交通大学生物医学科学专业的课程体系的详细剖析则揭示了其夯实基础、强化综合、激发兴趣、能力拓展、创新提高等五大创新点。基于上述案例的分析也显示,开展生物医学科学教育还需解决课程体系整合、科研实践教育等问题,最终促进优秀生物医学科学人才的培养,推动未来生物医学科学领域的蓬勃发展。     

生物审编组织管理模式及证据源质量控制和评价

阐述国内外生物审编工作开展现状,从审编组织管理模式、证据源质量控制和评价两方面分析生物审编工作当前面临的主要挑战,提出我国发展生物审编相关建议,推进生物审编工作科学开展。     

面向生物医学影像研究的信息共享交换平台设计

介绍了面向生物医学影像e-Science平台共享交换架构研究,给出了详细的设计方案。采用基于IHEXDS的影像文档共享交换系统,能够为e-Science平台用户提供一个简单易用的影像文档共享平台。该研究项目将向多学科生物医学影像研究者提供一个影像信息和文档共享交换协同平台,是一个结合了信息学、生物医学的跨学科e—Science创新工程。     

基于PubMed数据源的生物医学文献检索工具应用特点

从检索方式和检索结果处理两个方面比较12种基于PubMed数据源的医学文献检索工具的应用特点,并从改变检索界面、相关性排序和检索结果聚类3个方面总结这类检索工具的创新之处,指出Entrez/PubMed自身新的改进。     

组织芯片技术在生物医学研究应用中的新进展

组织芯片技术可将数十个乃至数以千计不同来源的组织粘贴到同一张固相载体如玻璃片或硅片上,形成组织微阵列。组织芯片技术可以同时进行多个标本的同一个指标的研究,具有体积小、耗材少、快速、含生物学信息量大并可根据不同的需要进行组合和设计等优点。当今生物医学研究中,组织芯片技术已经在肿瘤研究中广泛应用,且在其他生物医学研究领域中不断进行着新的尝试。组织芯片技术有良好的应用价值和广阔的应用前景。本文就近年来组织芯片技术在生物医学研究中的应用现状进行综述。