基于多重数据库的肾癌转移相关基因生物信息分析及功能初探

［摘要］目的: 通过生物信息学技术探讨肾癌转移瘤细胞与原发性肾癌细胞基因表达差异，寻找关键的差异基因及与其可能相关的分子机制。方法: 从GEO基因芯片数据库中下载人肾癌转移瘤和原发性肾癌的相关基因芯片数据GSE85258，用GCBI在线工具分析肾癌转移瘤和原发性肾癌的差异表达基因。分析差异表达基因GO及Pathway；筛选出既符合GO又符合Pathway的差异基因；将差异基因之间的相互作用及共表达关系构建基因网络图；构建差异基因Pathway网络图。通过体外细胞侵袭实验验证差异基因在肾癌细胞中的功能。结果： GSE85258数据集中共筛选出3 000个差异基因，其中表面活性蛋白2(SFTPA2)升高最显著，SLC17A3降低最明显。GO分析显示，差异基因主要参与DNA依赖性转录，信号转导，小分子代谢过程等多个生物学功能。Pathway分析显示，差异基因主要参与内质网蛋白质加工，代谢途径，癌症途径等生物学过程。差异基因相互作用分析显示MAPK1为核心信号传递中介，PRKCA、NRAS、NOS1等基因与其直接作用。差异基因间共表达既有正相关也有负相关，其中与周围基因关系最多的10个基因，互为正相关。Pathway网络分析显示MAPK信号通路是上下游通路最多的信号通路，其包含细胞周期、细胞凋亡、P53信号通路、癌症途径等与肿瘤发生相关的信号通路。侵袭实验显示，抑制SFTPA2表达可降低肾癌细胞的侵袭能力(t=18.44，P <0.01)。结论： 肾癌转移瘤细胞与原发性肾癌细胞存在表达差异基因，其中SFTPA2、MAPK1、PRKCA、NOS1可能是关键差异基因，其可能参与MAPK信号通路等，促进肾癌转移。     

基于GEO数据库对颅内动脉瘤形成与破裂相关基因的挖掘与分析

目的:基于GEO数据库挖掘与颅内动脉瘤(IA)形成和破裂相关的潜在基因。方法:从GEO数据库中收集IA人群研究的mRNA基因芯片共计133例。在GEO2R平台内对各组的数据做差异mRNA基因分析,筛选出共同差异基因并完成基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。将筛选出的差异基因导入String在线数据库,获得差异基因所编码的蛋白质之间的相互作用。结果:筛选出共同差异基因42个,主要参与的生物学过程包括RNA聚合酶Ⅱ启动子对氧化应激反应的转录调控、趋化因子产生的正向调节、巨细胞自噬的阳性调节;主要发挥的分子功能包括蛋白质结合、RNA聚合酶Ⅱ转录辅阻遏活性、转录激活因子活性和蛋白激酶C结合;在细胞组分方面不呈现富集状态。主要覆盖的信号通路包括缺氧诱导因子-1信号通路、胰高血糖素信号通路和代谢途径信号通路。结论:初步筛选出IA的形成与破裂可能与偕胺肟还原组件1、肿瘤坏死因子-α诱导蛋白6、结合珠蛋白、肥大细胞膜表达蛋白1、 ZAK、磷脂酶Cβ4以及血液和神经系统表达因子1等蛋白所介导的生物学功能过程相关,除了既往已知的IA机制外,细胞自噬和HIF-1通路可能也参与了IA的形成。     

Hedgehog及Wnt信号通路交互作用与宫颈癌发生的关系

目的探讨宫颈癌发生的可能机制。方法对2例宫颈癌、2例癌旁组织及1例正常宫颈组织进行人全基因组芯片检测,使用RT-PCR方法验证芯片结果,并分析其中主要的信号传导通路及关键基因、转录因子。结果通过对芯片差异基因筛选及信号通路分析,发现FORKHEAD转录因子家族为差异基因重要调控因子。癌旁组织与正常组织比较中Hedgehog信号通路激活（=0.018,包含7个差异基因）;癌组织和正常组织比较Wnt信号通路出现激活（=0.032,包含7个差异基因）。宫颈癌患者Hedgehog通路中Gli-1表达下调;Wnt信号通路抑制基因SFRP-1基因表达静默,Fra-1基因表达上调。结论Wnt和Hedgehog信号通路差异性激活及两者的信号交互在宫颈癌发生过程中起着重要作用。     

KIAA0101基因在人非小细胞肺癌中的功能预测

目的应用生物信息学分析方法对肺癌组织中高表达的基因KIAA0101进行功能预测与分析。方法通过dChip软件对人肺癌基因表达谱数据集中癌旁组织与癌组织两组样本进行比较,筛选出与KIAA0101基因共表达的差异基因。运用DAVID、GO、STRING等生物信息学软件对筛选基因进行生物学功能分析,并通过GATHER转录因子预测软件预测该组基因的共同转录因子。结果与癌旁正常组织比较,肺癌组织中KIAA0101等9个基因表达水平升高两倍以上,并且具有相似表达变化趋势;转录因子预测发现该组多数基因启动子区含有转录因子E2F1结合位点。结论筛选出人非小细胞肺癌组织中与KIAA0101基因共表达的一组基因,其中BUB1B、CDC20、CCNB2等基因与细胞周期的调节密切相关,推测KIAA0101基因可能参与肺癌细胞周期的调节,并且该组基因转录水平表达升高可能受转录因子E2F1的调控。     

转录组测序分析急、慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞基因变化

目的 筛选急性乙型肝炎(acute hepatitis B,AHB)和慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)外周血单个核细胞中异常表达基因。方法 收集在右江民族医学院附属医院就诊的3例AHB与3例CHB外周血,分离单个核细胞,提取RNA后进行转录组测序,根据P<0.05且|log2FC|>1计算两组样本的表达差异,绘制差异基因热图。对差异基因进行GO功能与KEGG信号通路聚类。结果 AHB组和CHB组两组间满足P<0.05且|log2FC|>1差异条件的基因共计725个,其中上调372个,下调353个。差异基因主要富集的GO功能：微管发生功能、内源性刺激反应功能、组织发生功能、细胞增殖调控功能与细胞增殖功能和细胞外区域功能。差异基因主要富集的KEGG信号通路：PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、硫胺素代谢通路、癌症转录失调和IL-17信号通路。结论 提供了AHB和CHB外周血单个核细胞中差异表达基因变化的一般情况与可能调控功能和通路,可能有助于阐明AHB和CHB的发展机制。     

尼洛替尼和伊马替尼对慢性粒细胞 白血病表达谱的影响

目的 探索尼洛替尼和伊马替尼对慢性粒细胞白血病（CML）细胞基因表达谱的影响,阐明酪氨酸 激酶抑制剂（TKI）抑制白血病的分子机制。方法 从在线基因表达数据库中下载表达谱数据集GSE19567, 利用BRB-ArrayTools 软件进行质量控制并筛选差异表达基因（DEGs ）,然后分别对差异基因进行GO 功能 富集分析、KEGG 通路富集分析、pathway 互作网络和基因互作网络分析。结果 共筛选出差异基因519 个, 其中177 个上调表达,342 个下调表达。GO 富集分析发现DEGs 主要涉及小分子代谢、血液凝固、转录调控、 细胞增殖与凋亡调控等生物过程,发挥的分子功能集中在蛋白结合、蛋白二聚化、序列特异性DNA 结合和 ATP 结合等。KEGG 富集分析发现代谢通路、PI3K-Akt 信号通路、Jak-STAT 信号通路和HIF-1 信号通路 等pathway 显著富集。网络分析挖掘出的核心基因有SHMT 2、CBS 、CTH 、HK 2,核心pathway 包括MAPK 信号通路、细胞周期和细胞凋亡等。结论 酪氨酸激酶抑制剂影响了CML 细胞代谢通路和信号转导通路的相 关基因,通过细胞周期阻滞和诱导凋亡等机制抑制白血病,为白血病的靶向治疗提供了基础。     

羟自由基调控血管平滑肌细胞蛋白变化的生物信息学研究

目的 通过对羟自由基(·OH)诱导血管平滑肌细胞差异表达蛋白的系统生物信息学分析，探讨·OH调控血管平滑肌细胞的相关分子机制。方法 对485个差异表达蛋白(337个上调和148个下调蛋白)进行功能和通路富集、亚细胞定位预测、蛋白-蛋白互作(PPI)和信号网络构建，以及基因-miRNA、转录因子-基因和蛋白-化学品互作分析。结果 ·OH诱导的血管平滑肌细胞差异表达蛋白显著富集在一系列细胞核和细胞质中及与蛋白质活动有关的通路上；在PPI网络中，连环蛋白β1、组蛋白脱乙酰酶1和部分核糖体、蛋白酶体蛋白可能是·OH调控的关键节点蛋白。此外，发掘出一批miRNA(例如mir-181a-5p)、转录因子(例如上游结合转录因子)和化学品(例如四氯二苯二氧芑),亦可能参与·OH对血管平滑肌细胞的调控。结论 预测·OH可调控多种分子，影响血管平滑肌细胞功能。     

TIAM1基因与大肠癌EMT的相关性及其相关miRNA的生物信息学分析

目的：对TIAM1基因进行生物信息学分析,探讨TIAM1基因在大肠癌细胞中的生物学功能及其在细胞信号网络中的作用。方法：通过miRNA预测工具预测与TIAM1相互作用的miRNA,通过TIAM1基因敲除的大肠癌细胞株SW480表达谱数据分析与TIAM1基因缺失相关的miRNA。综合两种分析,挑选出最可能与TIAM1相关的miRNA。预测此miRNA的靶基因,并对靶基因进行通路富集,富集结果与TIAM1相互作用蛋白通路富集结果进行比较。将TIAM1缺失的SW480表达谱数据比野生型SW480表达谱数据中对数比大于1的基因集进行通路富集。对TIAM1相互作用蛋白网络中的蛋白进行通路富集。对TIAM1间接作用于EMT标志物E-cadherin和vimentin的中间传递蛋白进行通路富集。结果：直接预测与间接预测均表明microRNA hsa-mir-340 最可能能够与TIAM1相互作用,通过通路富集结果的比较也发现hsa-mir-340功能上与TIAM1协同。对TIAM1缺失的SW480表达谱数据分析发现,TIAM1缺失后P53信号通路、DNA损伤的应答反应、Toll样受体信号通路等表达上调,表明TIAM1缺失可能与抑瘤作用增强相关。对TIAM1相互作用蛋白的通路富集可以发现TIAM1相互作用蛋白参与了细胞黏附,细胞骨架重构,细胞增殖与生长等信号通路,与肿瘤的发生发展密切相关。对TIAM1与EMT标志物E-cadherin和vimentin的中间传递蛋白分析发现其主要由TGF-β受体、雄激素受体、NF-kB、MAPK等信号通路的成员构成。说明这些信号通路可能与TIAM1促进大肠癌EMT的发生相关。结论：预测hsa-mir-340能够调控TIAM1的表达,TIAM1的缺失可能导致抑瘤作用增强,TIAM1相互作用蛋白与肿瘤的转移密切相关。TIAM1可能通过TGF-β受体、雄激素受体、NF-kB、MAPK等信号通路影响EMT标志物E-cadherin和vimentin的功能,进而促进大肠癌EMT的发生和转移。     

TIAM1基因与大肠癌上皮间质转化的相关性及其相关miRNA的生物信息学分析

目的：对TIAM1基因进行生物信息学分析,探讨TIAM1基因在大肠癌细胞中的生物学功能及其在细胞信号网络中的作用。方法：通过miRNA预测工具预测与TIAM1相互作用的miRNA,通过TIAM1基因敲除的大肠癌细胞株SW480表达谱数据分析与TIAM1基因缺失相关的miRNA。综合2种分析,挑选出最可能与TIAM1相关的miRNA。预测此miRNA的靶基因,并对靶基因进行通路富集,富集结果与TIAM1相互作用蛋白通路富集结果进行比较。将TIAM1缺失的SW480表达谱数据比野生型SW480表达谱数据中对数比大于1的基因集进行通路富集。对TIAM1相互作用蛋白网络中的蛋白进行通路富集。对TIAM1间接作用于上皮间质转化（epithelial mesenchymal transition,EMT）标志物E-cadherin和Vimentin的中间传递蛋白进行通路富集。结果：直接预测与间接预测均表明miRNA hsa-mir-340最可能与TIAM1相互作用,通过通路富集结果的比较也发现hsa-mir-340功能上与TIAM1协同。对TIAM1缺失的SW480表达谱数据分析发现,TIAM1缺失后P53信号通路、DNA损伤的应答反应、Toll样受体信号通路等表达上调,表明TIAM1缺失可能与抑瘤作用增强相关。对TIAM1相互作用蛋白的通路富集可以发现TIAM1相互作用蛋白参与了细胞黏附、细胞骨架重构、细胞增殖与生长等信号通路,与肿瘤的发生发展密切相关。对TIAM1与EMT标志物E-cadherin和Ｖimentin的中间传递蛋白分析发现其主要由转化生长因子－?茁（transforming growth factor-?茁,TGF-β）受体、雄激素受体、核因子－?资B（nuclear factor-?资B,NF-?资B）、丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase,MAPK）等信号通路的成员构成。说明这些信号通路可能与TIAM1促进大肠癌EMT的发生相关。结论：预测hsa-mir-340能够调控TIAM1的表达,TIAM1的缺失可能导致抑瘤作用增强,TIAM1相互作用蛋白与肿瘤的转移密切相关。TIAM1可能通过TGF-β受体、雄激素受体、NF-?资B、MAPK等信号通路影响EMT标志物E-cadherin和Ｖimentin的功能,进而促进大肠癌EMT的发生和转移。     

cAMP反应元件结合蛋白磷酸化参与学习记忆过程的分子机制

磷酸化是细胞信号通路中转录因子活性调控的主要机制.cAMP反应元件结合蛋白(cAMP responsive elementbinding protein,CREB)是最早证实由磷酸化调控其活性的转录因子之一,在脑内所有细胞中均有表达,定位于核内并在多种信号分子诱导下调控大量下游靶基因的表达.     

hsa-miR-335靶基因预测及生物信息学分析

目的对hsa-miR-335进行系统的生物信息学分析,预测hsa-miR-335可能参与的生物学过程,为本研究小组深入研究其在脂肪细胞分化中的功能和机制奠定基础。方法通过miRbase获取并分析hsa-miR-335序列特征;应用TargetScan,PicTar及miRanda预测hsa-miR-335的靶基因,并结合已证实的靶标基因,进行功能注释（Gene Ontol-ogy）和Pathway富集分析（Pathway Enrichment）。应用NCBI Mapviewer、UCSC Genome Browser等工具对hsa-miR-335进行启动子相关预测。结果 miR-335在各物种之间具有高度保守性,其靶基因功能富集于胰腺外分泌、脂质激酶活性调控、wnt受体信号的调控、细胞周期等生物学过程（P〉0.01）,其靶基因信号通路富集于促性腺激素释放激素信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、细胞周期等信号转导通路（P〈0.05）。启动子预测提示hsa-miR-335为基因内miRNA,在基因组上下游10kb以内存在CpG岛,转录起始位置（TSS）、Poly A信号、转录因子结合位置（TFBS）。结论 hsa-miR-335预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,与肥胖密切相关,并可能存在其独立的转录调控机制。为后续miR-335在肥胖人脂肪细胞中生物学功能研究奠定基础。     

HOXB6在裸鼠大肠癌肝转移模型抑癌机制的实验研究

目的 研究HOXB6在裸鼠大肠癌肝转移模型抑癌机制及其前临床意义.方法 采用基因重组质粒pcDNA6-HOXB6转染的HT29大肠癌细胞株建立裸鼠肝转移模型,随机分为两组,即HOXB6组和对照组.制模30 d后观察两组间转移瘤形成情况及生存情况.结果 HOXB6组平均体质量、肝质量、肝转移评分及血性腹水生成率明显低于对照组,差异均有统计学意义(分别为20.04 g与23.08 g,P<0.01;1.54 g与2.22 g,P<0.01;0.60与3.80,P<0.01;0与80.0%,P<0.05);两组生存曲线分析显示,HOXB6组生存率明显高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05).结论 HOXB6可抑制裸鼠大肠癌肝转移的形成,且可作为肿瘤转移的评判指标.     

加权基因共表达网络挖掘并验证调控前列腺癌转移的枢纽基因

目的 通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）挖掘并验证前列腺癌转移的关键枢纽基因。方法 对前列腺癌全基因组芯片GSE6919进行主成分分析（PCA）,通过R语言分析差异表达基因（DEGs）;利用WGCNA构建基因共表达网络并筛选关键基因;在 TCGA 公共数据中分析基因表达量及其与患者预后的关系;设计和验证针对转移相关的关键基因HNRNPA2B1的小分子干扰片段,通过MTT、流式细胞术、克隆形成、Transwell等实验验证其对前列腺癌细胞系生长、凋亡、克隆形成、迁移和侵袭的影响。结果 PCA分析显示癌转移组和原位及癌旁组明显分开聚类,基因表达差异显著。WGCNA分析得到与癌转移组密切相关的模块,与干细胞分化、氨基酸代谢及免疫反应密切相关。进一步筛选得到与前列腺癌发生相关的（BDH1、PAK4、EXTL3）和转移相关的（NKTR、CTBP2、HNRNPA2B1）6个枢纽基因,在TCGA数据库中有表达差异,且与患者的总生存期相关。Western blotting结果显示HNRNPA2B1小分子干扰成功;干扰片段转染PC3及LNCap细胞,MTT实验结果显示沉默HNRNPA2B1可抑制前列腺癌细胞的生长,流式细胞术结果显示沉默HNRNPA2B1可诱导细胞凋亡,克隆形成实验显示沉默HNRNPA2B1可抑制其克隆形成,Transwell实验显示沉默HNRNPA2B1显著抑制前列腺癌细胞的迁移和侵袭（P<0.05）。结论 发现前列腺癌发生相关的BDH1、PAK4、EXTL3和转移相关的NKTR、CTBP2、HNRNPA2B1 6个枢纽基因,为前列腺癌调控机制的研究提供了新思路。     

前列腺癌相关基因及功能的生物信息学分析

目的: 利用生物信息学方法和体外实验,寻找前列腺癌发生的关键基因。方法: 从GEO 数据库下载基因芯片数据 GSE60502,其中包括48例正常前列腺组织样本和47例前列腺癌组织样本。利用Morpheus(https:∥software.broadinstitute.org／morpheus／)在线工具分析前列腺癌组织和正常前列腺组织的差异表达基因,然后使用GCBI(https:∥www.GCBI.com.cn)在线进行差异表达基因的基因本体富集论(gene ontology,GO)分析、Pathway分析,对同时参与GO分析和Pathway分析的差异基因取交集,构建基因共表达网络和基因相互作用网络。最后通过CCK8实验进行验证。结果： 共筛选出6 903个表达差异的基因,差异最大的前15个基因中,有上调基因9个,下调基因6个,其中表达差异最大的基因为CRISP3。GO分析提示差异基因主要参与的分子生物学过程包括小分子代谢过程、信号转导、DNA依赖的转录过程、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节等。Pathway分析提示差异基因主要参与的通路包括PI3K-Akt信号通路、代谢途径、MAPK信号通路以及Wnt信号通路等。CACNA1A基因位于共表达网络的核心位置,而ADCY5、PIK3CB基因位于基因相互作用网络的核心位置。 体外CCK8实验证实下调CACNA1A表达可明显抑制前列腺癌细胞增殖能力。 结论： CRISP3、CACNA1A、ADCY5、PIK3CB基因可能是影响前列腺癌发生的关键基因。     

精神分裂症病人外周血差异表达miRNA-181b的生物信息学分析

目的对精神分裂症病人外周血中差异表达的miRNA-181b进行靶基因、转录因子和信号通路的分析。方法采用DIANA-TarBase数据库分析miRNA-181b靶基因,应用DIANA-miPath V.3软件对miRNA-181b的靶基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,运用DIANA-miRGen v3.0数据库分析miRNA-181b的转录因子。结果miRNA-181b靶基因共1 344个,其中显著表达的共有靶基因是ARHGAP11A、PPA1、YY1和ZC3H12B;miRNA-181b的靶基因广泛参与生物学过程的调节,包括分子功能、RNA结合、细胞组成等过程;KEGG生物信息学分析发现miRNA-181b的靶基因富集了12条信号通路,包括hippo信号通路、p53信号通路、HIF-1信号通路、赖氨酸的降解等;与miRNA-181b显著关联的转录因子有7个,其中JUN、EGR1、MEF2C与精神分裂症有显著关联。结论对精神分裂症病人外周血中差异表达的miRNA-181b进行生物信息学分析,发现了多个靶基因、信号通路和转录因子与精神分裂症的发病有密切关联。     

同源盒基因B7在乳腺癌组织中的表达及其临床意义

目的探讨同源盒基因B7（homeoboxB7,HOXB7）在乳腺癌组织中的表达及其意义。方法应用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（Real—timeRT—PCR）方法检测20例乳腺癌及其配对正常乳腺组织中HOXB7mRNA的表达;应用免疫组织化学SP法检测57例乳腺癌及其配对正常乳腺组织中HOXB7蛋白的表达水平。结果乳腺癌组织和正常乳腺组织中HOXB7基因扩增的△Ct值分别为（3．58±1．44）和（6．47±1．27）,正常乳腺组织中HOXB7mRNA表达明显低于乳腺癌组织（P〈0．001）;HOXB7蛋白在乳腺癌组织的表达水平明显高于正常乳腺组织（P〈0．001）,淋巴结转移阳性的乳腺癌病例中HOXB7的表达水平高于淋巴结转移阴性组,两者差异具有统计学意义（P=0．043）。结论HOxB7高表达可能促进了乳腺癌的发病过程。并与乳腺癌淋巴结转移相关。     

结直肠癌组织中同源异型盒基因B7蛋白的表达及临床意义

目的 探讨同源异型盒基因B7(HOXB7)蛋白在结直肠癌中的表达及其与患者临床病理因素和预后的关系.方法 回顾性分析结直肠癌患者87例,采用RT-PCR法和免疫组织化学法分别检测结直肠癌组织中HOXB7 mRNA和HOXB7蛋白的表达,分析其表达与患者临床病理参数和预后的相关性.结果 HOXB7 mRNA在结直肠癌组织中的相对表达量为(42.4±16.3),显著高于癌旁正常组织的(19.4±7.6),差异有统计学意义(P＜0.05);HOXB7蛋白在结直肠癌组织中表达的阳性率为73.9％,显著高于癌旁正常组织的10.3％ (P＜0.05);HOXB7蛋白表达与患者TNM分期、淋巴结转移和远处转移有显著相关性(P＜0.05),且HOXB7蛋白阳性表达的患者具有更差的预后.结论 HOXB7蛋白在结直肠癌组织中表达上调,其高表达与结直肠癌患者的临床病理因素和预后相关.     

基因芯片筛选早期子宫颈鳞癌淋巴转移相关基因

目的应用基因芯片技术筛选早期子宫颈鳞癌淋巴转移相关基因。方法利用代表人类全基因组的Affymetrix U133 plus 2．0基因表达谱芯片筛查淋巴转移的早期子宫颈鳞癌组织、未转移子宫颈鳞癌组织及正常子宫颈上皮之间的基因表达差异,并进行生物信息学分析。结果与未转移子宫颈鳞癌相比,淋巴转移宫颈癌2倍以上差异表达的基因322条,其中表达上调的基因182条,表达下调的基因140条;4倍以上差异基因37条,其中在淋巴转移组织中上调基因21条,下调基因16条。差异表达基因的功能分类包括：DNA依赖的转录调节基因、发育基因、免疫反应基因、蛋白质水解基因和细胞问信号传导基因等。而三组间两两比较发现,在正常子宫颈与无转移宫颈癌组织中表达无差异的基因中,发现转移组和未转移组表达水平具有2倍以上差异的基因有23条,其中在转移组中,上调基因16条,下调基因7条。与正常子宫颈相比,未转移组中表达上调的基因中有8条基因在转移组表达下调;与正常组相比。未转移组中表达下调的基因中有6条基因在转移组表达上调。在所有未转移宫颈癌组织较正常宫颈组织表达上调的基因中,未发现在转移组有进一步表达上调的基因;在所有未转移宫颈癌组织较正常宫颈组织表达下调的基因中,也未发现在转移组有进一步表达下调的基因。结论早期子宫颈鳞癌淋巴转移是复杂的多基因作用的结果。本实验初步提供了宫颈癌发生淋巴转移的总体基因表达改变图谱。     

结直肠癌中O-型糖基化相关差异基因的筛选及分析

目的 通过鉴定得出正常和异常O-型糖基化结肠癌细胞之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,即O-型糖基化相关差异基因,并探讨其促进肿瘤发生发展的潜在机制。方法 运用单色标记表达谱芯片技术对经Cosmc表达质粒或其空白对照质粒稳定转染的LS174T Tn（+）细胞进行检测,采用RNA杂交获得基因表达谱数据,通过Wegstalt平台的基因通路富集（gene set enrichment analysis,GESA）方法行GO基因本体（gene ontology,GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）肿瘤相关通路分析,R语言行热图聚类分析,STRING在线软件对蛋白网络进行差异及整合分析。结果 通过分析获得了1 474个符合条件的DEGs,其中有502个基因上调,972个基因下调;GO分析显示DEGs主要参与细胞外基质组织及生长因子活性相关的生物学过程;KEGG分析DEGs主要富集在磷脂酰肌醇-3激酶（phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K）、转化生长因子-β（transforming growth factor-β,TGF-β）和Wnt等经典信号通路上。结论 本研究首次着眼于结肠癌细胞中由O-型糖基化引起的转录组学变化,有助于揭示O-型糖基化修饰的结直肠癌分子特征,并为科学研究和临床治疗提供新的方向。