基于网络药理学与分子对接探究复方鱼腥草合剂抗COVID-19的作用机制

目的 利用网络药理学与分子对接探究复方鱼腥草合剂抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能作用机制.方法 在中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)收集并筛选复方鱼腥草合剂组方中各味药材的成分及对应的靶标.采用Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶标网络,对靶标进行GO和KEGG富集分析,最后借助计算机虚...     

基于分子对接和网络药理学技术预测银翘解毒合剂防治新型冠状病毒肺炎的可行性

目的:利用分子对接和中药网络药理学技术预测银翘解毒合剂防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可行性。方法:借助TCMSP、Pubchem等数据库检索银翘解毒合剂中金银花、连翘、桔梗、荆芥、薄荷、牛蒡子、淡豆豉、淡竹叶和甘草的化学成分。以银翘解毒合剂中成分为配体,利用分子对接技术探讨可能作用于人血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的活性成分,进而运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点(基因)网络,通过DAVID数据库对活性成分靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果:获得银翘解毒合剂中化合物1060个,分子对接结果显示有301个化合物与ACE2具有较好的亲和作用(其中18个化合物优于参照药物洛匹那韦和瑞德西韦),进一步通过吸收、分布、代谢、排泄(ADME)参数从中优选出关键活性成分55个。关键成分靶点生物功能富集分析得到GO条目2080个(P0.05),其中生物过程(BP)条目1862个,细胞组成(CC)条目88个,分子功能(MF)条目130个;KEGG通路富集分析得到152条信号通路(P0.05),主要涉及与COVID-19感染源类似(病毒感染)的疾病,以及与肺炎和免疫、炎症反应相关的信号通路。结论:银翘解毒合剂中具有潜在作用于ACE2蛋白的活性物质,其有可能通过多靶点、多通路发挥防治COVID-19的作用。     

基于网络药理学方法和分子对接探讨人参败毒散干预COVID-19的潜在机制

  目的：采用网络药理学方法筛选人参败毒散的有效成分及靶点,探讨其与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的内在联系,为阐释人参败毒散干预COVID-19的有效性提供理论依据。  方法：利用中药系统药理学数据库(TCMSP)查找并筛选人参败毒散的有效成分及其对应靶点,并采用Cytoscape3.7.2对其进行网络构建与分析,在DAVID和STRING数据库中进行富集分析和PPI网络构建。将Degree值前3位的有效成分与血管紧张素转化酶2(ACE2)进行分子对接。  结果：通过检索与分析,共获得有效成分191个,对应靶点302个,与COVID-19有交集的靶点共75个,GO分析条目共439个,KEGG通路共122个。分子对接结果显示,槲皮素、木犀草素、山奈酚均能与ACE2高效结合。  结论：人参败毒散可能通过多成分、多靶点发挥抗COVID-19的作用,对ACE2具有潜在的抑制作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨寒湿阻肺方治疗COVID-19 的作用机制

目的利用网络药理学数据挖掘分析和分子对接的方法,探讨寒湿阻肺方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法在中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)等获取寒湿阻肺方的有效成分和靶点,使用GeneCards等数据库检索冠状病毒肺炎的靶点,借助Cytoscape软件构建和分析有效成分-靶点网络,开展基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,使用Autodock Vina进行分子对接。结果筛选出寒湿阻肺方治疗冠状病毒肺炎的48个有效成分和48个潜在作用靶点;GO富集主要集中在脂多糖反应、细胞因子受体结合等条目;KEGG主要涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素17(IL-17)等信号通路;分子对接显示柚皮素等多个有效成分与刺突糖蛋白及血管紧张素转化酶2(ACE2)的亲和力高于参考药物。结论寒湿阻肺方治疗COVID-19主要通过调控AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路,抑制过度的炎症反应,减轻肺损伤。     

基于网络药理学与分子对接探究化湿宣肺合剂抗新型冠状病毒的潜在药效物质基础

目的：通过网络药理学和分子对接探寻化湿宣肺合剂用于防治新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的活性化合物、作用靶点及通路,探索其可能的作用机制。方法：借助TCMSP、ETCM等数据库检索化湿宣肺合剂中药物的化学成分和作用靶点,使用Cytoscape软件构建其“中药-活性成分-相关靶点”网络图,通过GO富集和KEGG通路注释分析预测潜在的作用机制,并将化湿宣肺合剂中的核心成分与SARS-CoV-2、血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2）进行分子对接验证。结果：经筛选获得化湿宣肺合剂共280个活性化合物与4713个作用靶点,关键靶点涉及病毒感染、AKT1、TNF、MAPK及VEGF等。GO富集分析得到细胞组成（CC）功能条目599个,KEGG通路获得113条（P<0.05）,主要涉及甲型流感（Influenza A）信号通路、TLR(Toll-like receptor)信号通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路等。分子对接结果显示化湿宣肺合剂中连翘苷、绿原酸、阿魏酸、木犀草素等核心成分与核心蛋白的亲和力较强。结论：化湿宣肺合剂中的连翘苷、绿原酸、木犀草素等核心成分可能通过与ACE...     

基于网络药理学和分子对接法探寻黄连解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物的研究

目的:基于网络药理学和分子对接技术,探寻黄连解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础和作用机制。方法:利用TCMSP和Stitch及文献资料的检索,得到黄连解毒汤的化学成分和作用靶点。通过Cytoscape 3.3.0构建化合物-靶点网络图,Cludterirofiler对药物与疾病相同靶蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用Autodock Vina软件进行分子对接,根据结合能和药物主要成分选择最佳的结合靶点。结果:研究共筛选出66个化合物和相应靶点239个,关键化合物主要有槲皮素、豆甾醇、山柰酚、汉黄芩素、谷甾醇、黄芩素、甲基黄连碱等,靶点涉及PTGS1、PTGS2、HSP90AA1、PRKACA、SCN5A等。GO功能富集分析生物过程主要集中于氧化应激、脂多糖、细菌的反应和凋亡信号通路的调节等。KEGG通路富集筛选信号通路(P<0.05),涉及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、疱疹病毒感染、IL-17信号通路、TNF信号通路和甲型流感等。分子对接结果显示小檗碱、槲皮素、黄连碱、黄芩素主要化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶的结合能...     

基于网络药理学与分子对接探究荆芥-防风药对防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制

目的:采用网络药理学与分子对接法探究荆芥-防风药对防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:借助中药系统药理学分析平台TCMSP检索荆芥与防风的化学成分与作用靶标,采用Uniprot数据库查询各靶标对应的基因.通过String进行GO富集分析与KEGG通路富集分析,预测其作用机制.通过Omicshare...     

基于网络药理学和分子对接技术的藏药三味龙胆花片用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制探讨

目的:初步探寻藏药三味龙胆花片治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物及作用机制。方法:通过文献及中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索藏药三味龙胆花片中白花龙胆、甘草、蜂蜜干膏的化学成分。通过Swiss Target Prediction数据库查询化学成分对应靶点,采用Cytoscape3.7.2构建化合物-靶点网络;结合DAVID基因本体GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制;对核心成分与抗COVID-19药物靶点进行分子对接验证。结果:化合物-靶点网络包含101个化合物,共对应168个靶点。GO功能富集分析得到GO条目291个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目186个,细胞组成(CC)条目33个,分子功能(MF)条目72个。KEGG通路富集筛选得到56条信号通路(P<0.05),涉及钙离子信号通路、花生四烯酸代谢通路、MAPK信号通路等相关信号通路。分子对接结果显示,甘草香豆酮、槲皮素、山柰酚等核心成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点的亲和力可能较推荐用药更强。结论:藏药三味龙胆花片可通过多成分、多靶点、多通路的协同作用发挥疗效,从而起到抗COVID-19的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术预测黄连解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在靶点及作用机制

目的 本研究通过网络药理学和分子对接技术预测黄连解毒汤(HLJDD)治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在靶点和作用机制.方法 在中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、SymMap v2、中药百科全书(ETCM)、高通量中医药实验和参考指导数据库(HERB)、中医药综合数据库(TCMID)中检索HLJD...     

基于网络药理学和分子对接法探究麻杏苡甘汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法,探究麻杏苡甘汤对SARS、MERS的作用机制,从而预测麻杏苡甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索麻杏苡甘汤4味中药的所有化学成分并筛选作用靶点;通过GeneCards、GAD、DisGeNET等数据库查询S...     

基于网络药理学及分子对接探讨半夏-藿香抗新型冠状病毒肺炎作用机制

目的:基于网络药理学筛选半夏-藿香药对治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分、核心靶点、信号通路。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选半夏-藿香药对活性成分和靶点,与GeneCards、NCBI数据库中COVID-19基因集相互映射获取关键靶点,同时通过STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建关键靶点相互作用网络。利用DAVID数据库进行基因本体（GO）-生物过程(BP)及KEGG通路富集分析,获得分子对接证据支持。结果:半夏-藿香药对有效活性成分24个,关键靶点45个,共富集出生物过程、细胞组分和分子功能条目443条,通路103条。分子对接结果显示在半夏-藿香药对中,与3CLpro结合最好的是β-谷甾醇;与血管紧张素转换酶2结合最好的为槲皮素。结论:半夏-藿香药对关键化合物可能从结构上作用于严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)入侵及从多成分多靶点多通路抑制细胞因子风暴,广谱抗病毒、抑菌及免疫调节,干预网状激活系统起到治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接法探索化湿败毒方治疗COVID-19的分子机制研究＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术方法探索“化湿败毒方”抗新型冠状病毒肺炎（Coronavirus Disease 2019， COVID-19）的分子机制。方法 通过多个在线中药数据库检索化湿败毒方中 14 味中药的归经、化学成分和作用靶点。通过STRING数据库对化湿败毒方药物靶标和疾病靶标之间靶蛋白相互作用关系进行分析并通过Circos Tableviewer、Cytoscape软件进行药物-归经网络、药物-靶点网络和药物靶向蛋白-疾病蛋白（PPI）等网络的构建。接着通过FunRich和DAVID数据库进行基因本体（GO）功能富集分析并基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析，通过在线绘图软件OmicShare进行可视化。最后运用CB-Dock分子对接网站软件对新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的3CL水解酶（Mpro）以及宿主蛋白ACE2和类药性 > 0.8的活性成分分别进行对接分析。结果 研究发现，化湿败毒方14味中药里有10味中药都相对特异性的归属于肺经，从复方中共筛选出来240个符合标准的化学成分，主要包括常见化合物如黄酮类化合物槲皮素（quercetin）和木犀草素（luteolin）、醇类化合物如豆甾醇（stigmasterol）和β-谷甾醇（beta-sitosterol）以及有机酸如没食子酸（gadelaidic acid）等。其它成分还有酯类、酰胺类和萜类等化学成分；通路富集分析表明，候选靶标富集的通路主要包括与癌症相关的多条通路、B细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、HIF-1信号通路、TGF-beta信号通路等；分子对接结果显示，化湿败毒方中kanzonol F、xambioona dehydroeburicoic acid、cavidine 等成分与SARS-CoV-23CL水解酶和 ACE2均有较好的亲和作用。结论 本文运用网络药理学和分子对接的方法初步探索了化湿败毒方可能通过多成分作用于病毒复制相关靶点和关键宿主蛋白，进而调节机体免疫和代谢通路等多种途径，最后发挥预防和治疗COVID-19的药效作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎的分子机制

目的:从网络药理学角度探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制,为其临床治疗、新药开发提供参考。方法:在TCMSP数据库中筛选出化湿败毒方的药物有效活性成分,并提取其作用靶点,在GeneCards数据库检索COVID-19相关疾病靶点,将药物及疾病的共同靶点导入STRING数据库获取靶标蛋白互作网络关系,通过Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络、"中药-潜在活性成分-潜在靶标-疾病"网络,并利用Cytoscape3.7.2软件、R软件及相应程序包进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。同时进行分子对接验证。结果:检索得到269个药物活性成分和2 629个药物靶标,其中药物疾病共同靶标49个,GO功能富集分析涉及对脂多糖的反应、氧化应激反应及γ-干扰素介导的信号通路调控等条目,KEGG通路富集分析涉及AGE-RAGE通路、TNF信号通路、NF-κB通路、RIG-I样受体信号通路等。分子对接结果表明槲皮素、木犀草素和山柰酚与COVID-19相关蛋白及作用靶点具有较强的结合活性,可能起到类似于抗病毒药物的治疗效果。结论:化湿败毒方含槲皮素、木犀草素和山柰酚等多种活性成分,可能通过作用于多个靶点、多种通路,从抗炎、抗病毒、抗氧化、调节免疫等方面治疗COVID-19。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨柴胡达原饮治疗新型冠状病毒肺炎的可行性

目的:基于网络药理学探讨柴胡达原饮治疗新型冠状病毒肺炎的分子机制。方法:通过TCMSP数据库收集柴胡达原饮的有效成分及靶点,按照OB值和DL值进行筛选,将所获得靶点蛋白名称输入Uniprot数据库将其转换成基因名,然后将得到的基因名导入Cytoscape v3.6.0构建网络,STRING数据库构建蛋白相互作用的网络图,最后采用DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG富集分析,按P<0.05和FDR<0.05进行筛选,对"有效成分-靶点"拓扑分析所得度值较高的有效成分,进行分子对接。结果:采用Cytoscape软件对网络进行拓扑分析,其中节点度值前10的有效成分为槲皮素,靶点分别为PTGS2,AR,ESR1,PTGS1,PRSS1,NCOA2,PPARG,NOS2,ESR2。STRING数据库构建蛋白互作网络,网络中共包含230个节点,906条边,将网络信息数据导入Cytoscape软件进行拓扑分析可得出节点度值位于前十的靶基因,分别为STAT3,JUN,AKT1,MAPK1,MAPK3,APP,RELA,IL-6,CXCL8,MAPK14,表明上述靶点可能在疾病的治疗中发挥关键作用;使用DAVID数据库进行富集分析,对上述靶点所获得的230个基因进行分析,共得到30个富集的生物过程聚类,分为175个条目,最终得到30条;通路富集分析共获得29个富集的通路聚类,分为357条通路,最终得到通路57条;度值最高的有效成分槲皮素与ACE2受体进行分子对接,结果显示该成分与ACE2的结合能分布在-5 kcal/mol左右。结论:柴胡达原饮治疗新冠肺炎具有较好的理论基础,具有临床实践意义。     

基于网络药理学和分子对接的京制咳嗽痰喘丸治疗新冠肺炎机制研究

目的：基于网络药理学和分子对接探讨京制咳嗽痰喘丸治疗新冠肺炎的潜在分子机制。方法：使用TCMATCOV V1.0数据库,获得京制咳嗽痰喘丸中的活性化合物和潜在治疗靶点;通过R语言软件进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;利用Cytoscape 3.6.1软件构建化合物-靶点网络、重要化合物-靶点-通路网络;使用AutoDock软件进行活性成分和核心靶点的分子对接。结果：京制咳嗽痰喘丸的活性成分主要作用于TNF、IL-10、IL-6、IL-2、CCL2、CCL3、TLR7、LFNG等32个靶点,参与调节细胞因子-细胞因子受体相互作用（Cytokine-cytokine Receptor Interaction）通路、T细胞受体信号通路（T Cell Receptor Signaling Pathway）、IL-17信号通路（IL-17 Signaling Pathway）、C型凝集素受体信号通路（C-type Lectin Receptor Signaling Pathway）、JAK-STAT信号通路（JAK-STAT Signaling Pathway）、Toll样受体信号通路（Toll-like Receptor Signaling Pathway）、Th17细胞分化（Th17 Cell Differentiation）、TNF信号通路（TNF Signaling Pathway）等多条可能与治疗COVID-19有关的信号通路。分子对接结果显示甘草次酸、薄荷烯酮均与关键靶点有较好的自发结合效果。结论：本研究通过网络药理学初步探究了京制咳嗽痰喘丸多成分、多靶点、多通路治疗新冠肺炎的作用机制。     

基于分子对接与网络药理学预测防治新冠肺炎高频藏药潜在活性成分及其作用机制＊

目的 基于分子对接和网络药理学方法，探究西藏自治区、青海地区高频藏药防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分及作用机制。方法 从西藏自治区、青海省级卫生健康部门发布的防治COVID-19藏医方剂中筛选高频藏药，在TCMSP等数据库中搜集整理高频藏药成分及作用靶点，在GeneCards数据库检索整理COVID-19相关蛋白。通过pubchem数据库下载高频藏药成分3D结构，采用AutoDock Vina将其与新型冠状病毒SARS-CoV-2、血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2）两种蛋白结构进行分子对接。其次，通过STRING富集分析潜在活性成分与疾病交集蛋白、疾病自身相关蛋白的GO功能和KEGG通路，预测其防治COVID-19的可能机制。最后，预测潜在活性成分的药代动力学（ADME）特征，分析其研究应用价值。结果 筛选出26个高频藏药中与SARS-CoV-2结合能 < -35 kJ·mol^-1或与ACE2结合能 < -44 kJ·mol^-1的38个成分。其中Leptocarpinine、Dianthramide B、Tiliroside（银锻苷）等12个成分与两种蛋白的亲和力较强，可能防止或抑制新冠病毒蛋白入侵机体。且与COVID-19有31个交集蛋白，可能通过免疫调节、抗炎、提高细胞增殖功能、发挥抗病毒抗菌、抗凋亡等作用而防治COVID-19。结论 西藏自治区、青海地区藏医推荐治疗新冠肺炎方剂中高频藏药具有防治COVID-19的潜在活性成分，其可能作用机制涉及多靶点、多通路，说明了藏医药抗SARS-CoV-2的可行性和科学性，为藏医药广泛用于治疗新型冠状病毒肺炎提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术研究复方芩兰口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制＊

目的 通过网络药理学方法和分子对接技术研究复方芩兰口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在靶点和作用机制，为其临床应用及科研提供理论依据。方法 利用TCMSP数据库和Swiss数据库筛选复方芩兰口服液中活性化学成分及作用靶点；通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点；成分靶点与COVID-19靶点映射后应用Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点”（herb-component-target， H-C-T）调控网络；使用STRING数据库构建PPI网络并筛选出核心靶点；采用Omicshare软件进行GO和KEGG分析，进一步挖掘复方芩兰口服液对COVID-19的多维药理作用机制；采用SYBYL-X 2.1.1软件将关键活性成分与治疗COVID-19的潜在靶点进行分子对接；最后，采用实时荧光RT-PCR技术检测复方芩兰口服液对肺损伤小鼠肺组织TP53基因表达的影响，进一步证实网络药理学分析的结果。结果 从复方芩兰口服液中筛选出82个活性成分和309个靶点，获取新型冠状病毒肺炎靶点259个，复方芩兰口服液与COVID-19有20个共表达靶点，主要核心靶点为TP53、CCND1、JUN、EGFR、MAPK3。GO富集分析得到886个生物过程（P value<0.01且FDR<0.01），KEGG分析得到112条信号通路（P value<0.01且Q value<0.01）。分子对接表明，复方芩兰口服液中汉黄芩素为degree最高的活性成分与5个主要核心靶点均具有较强的结合能力。实时荧光定量RT-PCR结果显示复方芩兰口服液能显著降低肺损伤小鼠TP53的表达（P<0.05）。结论 复方芩兰口服液可能作用于病毒感染、抑制细胞因子风暴和炎症反应相关靶点及通路，以多成分、多靶点、多通路发挥对COVID-19的治疗作用。