应用实时荧光RT—PCR方法检测流感病毒（甲和乙型）

多数眼部病毒性疾病是由疱疹病毒组引起的,尤其是非典型的疱疹性角膜炎、虹膜睫状体炎和眼内炎症,这些感染常表现出重叠的临床症状从而引起误诊。传统的诊断方法费时并且敏感性低,分子生物学技术可以为此类病例提供准确而快速的诊断。该研究运用多重聚合酶链反应(PCR)检测眼部标本中的单纯疱疹病毒(HSV),水痘一带状疱疹病毒(VZV)和巨细胞病毒(CMV)。 该研究共检测了146份标本,通过系列稀释HSV、VZV和CMV标准株的方法来决定该检测方法的敏感性。结果发现该方法的敏感性     

多重RT-PCR方法检测甲型流感病毒

目的建立一种快速、敏感、特异的多重RT-PCR,同时检测甲型流感病毒中的3个分型:甲型H1N1流感病毒,季节性H1N1流感病毒,季节性H3N2流感病毒,并将此方法应用到实验室流感病毒核酸检测技术中。方法利用甲型流感病毒3个分型病毒的引物,在同一个RT-PCR反应体系中,对疑似流感咽拭子标本进行检测。结果多重RT-PCR对甲型流感病毒中分型病毒有较高的灵敏度和特异性,可直接从疑似流感标本中同时进行甲型流感病毒分型检测。结论此实验中采用的多重RT-PCR具有与常规RT-PCR一样的特异性和敏感度,而且比普通RT-PCR和病毒分离法更快速,也更简便。     

荧光定量RT-PCR在流感病毒检测上的应用

目的　探讨实时荧光定量RT PCR检测方法在流行性感冒检测诊断上的意义。方法　收集集体暴发疑似流感、SARS患者的咽拭子标本 16起 2 0 7份和双份血清标本 10 4份 ,应用荧光定量RT PCR检测方法、MDCK细胞培养法和血凝抑制试验进行病原学和血清学检测。结果　 2 0 7份集体暴发疑似流感、SARS患者的咽拭子标本中用荧光定量RT PCR检测 ,阳性 79份。阳性率 38 16 % (79 2 0 7)。MDCK细胞培养 ,16起中有 13起共 14 5份咽拭子有 6 2份标本阳性。阳性率 2 9 95 % (6 2 2 0 7)。两者的阳性率差异有显著意义 (χ2 =8.6 4 ,P <0 0 0 5 )。有 9起 10 4份成功的采集了双份血清 ,经HI试验有 6 4份双份血清与H3N2亚型抗原产生血抑 4倍增长 ,阳性率 6 1 5 4 % (6 4 10 4 )。结论　荧光定量RT PCR方法检测流感病毒能够在 3～ 4h内得出结果、且操作方便、特异性强、灵敏度高。因此我们认为实时荧光定量RT PCR方法 ,可作为一种快速的流感病毒检测诊断方法。     

甲型流感病毒荧光RT-PCR检测方法的设计和检定

目的　设计甲型流感病毒TaqMan荧光RT-PCR检测方法并对其进行检定。方法　用DNAStar和PrimerPremier5. 0软件设计甲型流感病毒荧光PCR检测所用引物和探针 ;在GenBank中进行Blast以及电子对比证明其具有高度的特异性和保守性 ;和标准RT-PCR进行比较 ,检测此方法的灵敏度。结果　所设计的引物和探针高度特异和保守 ,灵敏度比标准RT-PCR方法高 3～ 27倍 ,并且反转录和PCR可合并为一步。结论　设计了甲型流感病毒TaqMan检测方法 ;该方法具有特异、灵敏和简便的特点     

实时荧光定量RT-PCR法定量检测手足口病病原体的探讨

目的了解北京市门头沟区手足口病患儿感染病毒的型别,探索用荧光定量RT—PCR法对手足口病患者咽拭子标本中肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A16（CoxA16）型病毒载量进行定量检测的可行性。方法采用实时荧光RT—PCR体外扩增法对81例手足口病患儿咽拭子标本提取的RNA进行检测。结果28例手足口病患者体内CoxA16病毒载量〉10^3 copies·ml-1。实时荧光定量RT—PCR法构建的标准曲线显示,样本阈值环数（Ct）值与病毒拷贝数的对数（10g10）之间的相关系数为0．9998,相关性良好。4例手足口病患者咽拭子标本中EV71型病毒载量〉10^3 copies·ml-1。实时荧光定量RT-PCR法标准曲线显示,Ct值与病毒拷贝数的对数之间的相关系数为0．9996,相关性较好。结论门头沟区手足口病病原谱以CoxA16型为主,34．6％的手足口病患儿CoxA16型病毒载量〉10^3 copies·ml-1,4．9％的患儿EV71型〉10^3 copies·ml-1。实时荧光定量RT-PCR法对咽拭子标本中CoxA16、EV71核酸定量检测比较简便快速、结果直观、稳定性强,为进一步探讨患者体内病毒载量与临床症状的关系打下了良好的基础。     

阿瓦朗病毒和休斯病毒实时荧光RT-PCR检测方法研究

目的建立可以检测阿瓦朗病毒(Avalon virus,AVAV)和休斯病毒(Hughes virus,HUGV)两种内罗病毒的实时荧光定量RT-PCR检测方法,并进行初步的评价。方法收集、整理、比对、分析在公共数据库发布的两种病毒基因组核苷酸序列,确定检测靶标,设计特异性引物、探针,优化检测程序,建立实时荧光定量RT-PCR检测方法。利用体外转录技术制备的模拟样本、其他病毒感染标本、病毒株和正常人血标本比较评价所建方法的检测限、特异性、重复性特征。结果所建实时荧光定量RT-PCR检测方法可有效扩增检测AVAV和HUGA靶标RNA,检测限分别约为20拷贝/μl和70拷贝/μl,检测科萨努尔森林病毒、乙型流感病毒BV和BY型、甲型流感病毒H3N2、黄热病毒、乙型脑炎病毒、克里米亚-刚果出血热病毒、发热伴血小板减少综合征、内罗毕羊病毒和塔西那病毒样本无非特异性扩增,两种内罗病毒相互间无交叉反应,重复性比较分析显示变异系数小于2%。结论本研究建立的检测AVAV和HUGV的实时荧光定量RT-PCR方法,可用于临床样本检测和媒介生物、宿主动物标本筛查,便于病原的快速识别和疾病诊断。     

套式RT-PCR方法检测SARS冠状病毒

采用世界卫生组织推荐的套式RT PCR引物 ,建立了较稳定、重复性好的实验室检测方法。病理检测的肺组织 3份 ,取自广州非典死亡病例 ;咽拭子和漱口水 2 0份 ,取自广州非典临床确诊病例 ;SARS冠状病毒 ,本室保存。Vero E6、大肠杆菌DH5α为本实验室保存。提取质粒试剂盒用QIAGEN公司的QIAampViralRNAMiniKit,逆转录及第一次PCR用QIAGEN公司的QIAGENOneStepRT PCRKit。第二次PCR所用Taq酶和核酸凝胶回收试剂盒为TaKaRaTaqTM和PCRFragmentRecoveryKit,均购自宝生物工程有限公司 ,dNTP购自Pharmacia公司 ,克隆载体p…     

登革热病毒RNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定登革热病毒（DV）及DV病毒的RNA拷贝数。方法利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对登革热病毒RNA定量外标准品的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果该方法检测灵敏度可达1×103copies/mL,特异性及重复性良好,对同一样品进行5次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为0.792。结论TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定登革热病毒及DVRNA载量。     

实时RT-PCR检测西尼罗病毒

目的建立西尼罗病毒快速、敏感和特异的实时RT-PCR法,用于西尼罗病毒疾病的早期诊断。方法对Vero细胞增殖的西尼罗病毒分别进行常规RT-PCR和实时RT-PCR法扩增,以PFU／ml为参考标准,比较二者的敏感性和特异性。并用实时RT-PCR法检测西尼罗病毒感染的小鼠组织标本。结果采用所建立的实时RT-PCR法和常规RT-PCR法可分别检测到0．02PFU／ml和2PFU／ml的西尼罗病毒RNA,前者的敏感性比后者高100倍。而对其他黄病毒科成员的检测均为阴性,表明该方法是特异的。采用这种实时RT-PCR法可从西尼罗病毒感染小鼠的血液、脾脏、肾脏和脑组织标本中检测出病毒核酸,且在感染后第2天最先自血液和脾脏中检测到病毒,在感染后1周的脑组织中的病毒滴度最高。结论本研究建立的实时RT-PCR法具有很高的敏感性和特异性,因此该方法可用于西尼罗病毒疾病的早期监测和流行病学研究。     

扎伊尔型埃博拉病毒的实时荧光RT-PCR检测方法研究

目的 建立扎伊尔型埃博拉病毒的核酸检测方法,以期用于埃博拉出血热临床标本的检测.方法 针对扎伊尔型埃博拉病毒核蛋白和糖蛋白基因设计引物和探针,建立单重和双重实时荧光RT-PCR检测方法,利用体外转录病毒RNA和埃博拉病毒系列参考品RNA评价其敏感性,利用马尔堡病毒、健康人、登革热患者和发热伴血小板减少综合征患者血清评价其特异性.结果 所建立的实时荧光RT-PCR检测方法扩增效率在95％～105％,可特异性地检测扎伊尔型埃博拉病毒核蛋白和糖蛋白基因,与马尔堡病毒、登革热和发热伴血小板减少综合征病毒均无交叉反应,体外转录的病毒RNA可检出10～100拷贝/μl.双重检测方法通过细胞培养的扎伊尔型埃博拉病毒RNA验证,可检出100 pfu/ml病毒.结论 本研究建立的检测扎伊尔型埃博拉病毒的实时荧光RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可用于埃博拉出血热临床标本的检测.     

实时荧光定量RT-PCR检测肝细胞癌中删基因的表达

目的探讨PTCH基因在肝细胞癌组织中的表达及其与肝癌病理分级的关系。方法提取手术切除18例不同病理分级的人肝癌、癌旁组织和6例胆管结石手术切除的正常肝组织中的总RNA并逆转录为cDNA。应用实时荧光定量RT-PCR法观察人肝细胞癌组织与癌旁组织中PTCH基因的相对表达水平,以及观察人正常肝组织中PTCH基因的表达水平。结果PTCH在所测18例肝细胞癌组织与癌旁组织中均有表达,在6例正常肝组织中不表达，且在病理分级为Ⅰ和Ⅱ级的癌组织中PTCH的mRNA表达水平显著高于癌旁组织（P〈0．01），而在病例分级为Ⅲ级的癌组织中PTCH的mRNA表达水平显著低于癌旁组织（P=0．024）。结论随着肝癌恶性程度的增加PTCH的mRNA表达量呈递减趋势，提示PTCH可能参与了肝细胞的早期癌变过程。     

实时荧光RT-PCR检测活性单核细胞增生李斯特菌方法的建立

目的 采用逆转录结合实时荧光定量PCR技术,建立一种快速、准确、特异甄别单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes,简称单增李氏菌)死活状态的定量方法.方法 根据单增李氏菌hlyA基因序列设计引物和探针;对实时荧光PCR反应体系进行优化后,提取菌体mRNA,通过随机引物进行逆转录反应;产生的cDNA通过实时荧光定量PCR进行鉴定.进一步评价逆转录结合实时荧光定量PCR方法的特异性、灵敏度、重复性后,对20份模拟双盲样本进行检测.结果 本实验所建立的逆转录结合实时荧光定量PCR方法可准确、特异地检测单增李氏菌,其他菌株和失活的单增李氏菌均无阳性结果出现;该方法检测纯菌和模拟样本的灵敏度分别可达到10 CFU/ml和1000CFU/ml;定量检测的批间和批内的变异系数均小于5%;对20份模拟样本进行检测,其中10份含有活性单增李氏菌样本的检测结果均为阳性,其他含有失活单增李氏菌的5份样本和其他致病菌的5份样本检测结果为阴性.结论 本文建立的检测活性单增李氏菌实时荧光定量PCR方法快速、准确,结果可靠,实用性强,可进行定量分析,为食品安全监测和现场流行病学调查提供较好的分析手段和完整的数据.     

实时荧光定量RT-PCR检测胃癌患者外周血hTERT mRNA表达水平

目的:检测胃癌患者外周血中端粒酶催化亚基hTRT mRNA的表达水平,探讨其作为胃癌早诊标志物的可行性.方法:应用实时荧光定量RT-PCR技术检测108例原发性胃癌、100例良性胃溃疡和120例健康献血员血清hTRT mRNA表达水平.结果:胃癌组hTRT mRNA表达水平(13.48±0.83 copies/ml)显...     

人端粒酶催化亚单位mRNA的实时荧光RT-PCR定量检测

目的 :建立可定量测定人端粒酶催化亚单位 (hTERT)mRNA的实时荧光反转录PCR方法。方法 :用Trizol 试剂从HepG2细胞中分离总RNA ,然后反转录为cDNA。利用一对基因特异引物和一条TaqManMGB探针 ,以实时荧光PCR定量hTERT的cDNA。同时定量测定人 β 肌动蛋白 (hBA)的mRNA作为内对照。用梯度稀释的克隆的人 β 肌动蛋白基因制作标准曲线。结果 :标准曲线的相关系数为 1.0 0。实时荧光反转录PCR方法的平均变异系数为 7.1%。HepG2细胞hTERTmRNA与hBAmRNA的比值为 (1.3± 0 .3)× 10 -4。结论 :建立了可定量测定人端粒酶催化亚单位 (hTERT)mRNA的实时荧光反转录PCR方法。本方法的建立将有助于研究端粒酶的生物功能     

反向斑点杂交检测甲/乙型流感病毒及其基因分型的方法研究

目的建立一种特异、灵敏的检测甲/乙型流感病毒并对其进行基因分型的反向斑点杂交方法。方法应用生物软件针对甲/乙型流感病毒的膜蛋白（Matrix Protein）基因和血凝素（Hemagglutinin,HA）基因的保守区域设计引物及探针,通过优化PCR和杂交的反应条件,建立检测甲/乙型流感病毒并对其进行基因分型的反向斑点杂交方法,验证方法的特异性和敏感性,并与直接免疫荧光法分别对相同的临床咽拭子标本进行检测,比较两者的检测结果,以评价该方法的临床应用价值。结果该方法对甲/乙型流感病毒的检测具有特异性,对呼吸道合胞病毒、柯萨奇病毒A型、副流感病毒3型、鼻病毒和腺病毒3型均无交叉反应,检测灵敏度为102～103copies/μL。在111例发热门诊病人的咽试子标本中,免疫荧光检测出3例甲型流感病毒、0例乙型流感病毒,阳性率为2.7%;反向斑点杂交检测出3例甲型流感病毒,其中1例H1、2例H3、0例H5、0例H9,4例乙型流感病毒,阳性率为6.3%。结论初步应用结果表明,本研究建立的检测甲/乙型流感病毒并对其进行基因分型的反向斑点杂交方法具有特异、灵敏的特点,为该方法的后续临床应用奠定基础。     

用实时荧光定量PCR方法检测母血中的胎儿SRY基因

目的　从孕妇外周血浆中分离出胎儿DNA ,并加以鉴定 ,预防X连锁遗传病患儿的出生。方法　从孕早期、中期共 3 0 0名孕妇外周血浆中分离胎儿DNA ,用实时荧光定量聚合酶链反应 (fluorescencequantitativepolymerasechainreaction ,FQ PCR)的方法检测其中的Y性别决定区 (sex determiningregionY ,SRY)基因。结果　孕早期怀男胎的孕妇 82名 ,70名SRY基因阳性 ,其平均浓度为 ( 5 8.82± 2 0 .90 )拷贝 /ml,中位数为 5 8.5 0拷贝 /ml。孕中期怀男胎的孕妇 90名 ,SRY基因均为阳性 ,平均为 ( 15 2 .0 8± 62 61)拷贝 /ml,中位数为 14 9.3 5拷贝 /ml。怀女胎的孕妇均为阴性。结论　用实时荧光定量PCR的方法最早在孕42天的孕妇外周血浆中就可以检测到胎儿SRY基因 ,随孕周的增加 ,母血中胎儿DNA的量也在逐渐增加。实时荧光定量PCR技术在进行无创伤性产前性别诊断中有重要的价值。     

双重荧光定量RT-PCR快速检测流感病毒H1、H3亚型的研究

目的利用荧光定量RT-PCR技术建立一种快速检测流感病毒H1、H3亚型的方法。方法根据H1、H3亚型流感病毒HA基因的相对保守序列,设计两对引物及其相应的Taqman探针,利用一步法RT-PCR试剂盒建立优化反应体系后,将荧光定量RT-PCR的产物采用10倍稀释法,即107～100copies/μl,再次用荧光定量PCR方法检验建立体系的灵敏度和重复性,并建立相对定量标准曲线;利用多种流感病毒和具有相似临床症状的呼吸道病毒检验建立体系的特异性。结果 H1和H3亚型流感病毒的检测灵敏度为102copies/μl,扩增效率分别为101.35%和113.28%,标准曲线相关系数大于99%,重复性良好,特异度实验未发现有非特异性扩增。结论本研究建立的双重荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确地检测H1、H3亚型流感病毒。     

不明原因肺炎监测中SARS-CoV实时荧光RT-PCR检测方法的建立

Objective To develop and evaluate a real-time RT-PCR method for detecting SARS-CoV, based on TaqMan hybridization probe technology in order to provide a laboratory diagnosis for the examination of SARS-CoV infection during the surveillance of unexplained pneumonia. Methods Two pairs of primers and probes were designed to identify 1b and NP gene of SARS-CoV respectively. The two probes were 5'end labeled with FAM and 3'end labeled with TAMRA. The PCR reaction conditions were optimized according to the reaction conditions for detecting H5N1 which was set up by the National Influenza Center. Different concentration of plasmid DNA containing the target gene, 12 kinds of other respiratory viruses, mycoplasma pneumoniae and legionella pneumophilia were tested using this method to evaluate the specificity, sensitivity and reproducibility of the assay. Results All kinds of the viruses, mycoplasma pneumoniae and legionella pneumophilia tested were negative. The sensitivity of this assay for 1b gene was 10-9μg/ml DNA/reaction and for NP gene was 10 -7μg/ml DNA/reaction. The coefficients of variation (CV) value were 0.2% -0.9% during the reproducibility test. The whole process takes 2.5h including the extraction of RNA from the sample, and could be completed in the same machine, under the same condition with the detection of H5N1.Conclusion This real-time RT-PCR setting up based on TaqMan probe is a specific, rapid and sensitive method for detecting SARS-CoV. The establishment of this method will provide a strong support for quick examination of SARS-CoV infection during the unexplained pneumonia surveillance.