燃煤污染型砷中毒肝损伤患者血清差异蛋白质的筛选

目的 对比分析燃煤污染型砷中毒肝损伤患者和健康人血清中差异表达的蛋白,筛选与燃煤污染型砷中毒致肝损伤发生密切相关的血清蛋白质.方法 6例血清标本来自于贵州省兴仁县交乐病区燃煤型砷中毒肝损伤患者及病区健康人(对照组),采用双向凝胶电泳(2-DE)分离血清中总蛋白,硝酸银染色后经图像分析识别差异表达的蛋白质,基质辅助激光解吸电离飞行时问质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定差异表达的蛋白质点,寻找与燃煤污染型砷中毒致肝损伤有关的蛋白质.结果成功地建立了血清2-DE图谱.差异蛋白分析显示,砷中毒肝损伤组平均蛋白点数为(824±31)个,对照组为(782±42)个,两组血清2-DE图谱的匹配率为94.9%(782/824).筛选出两组间的差异蛋白点49个,对其中表达量差异3倍以上的30个蛋白点进行MALDI-TOF-MS分析,鉴定出相关蛋白10个.与对照组比较,其中α2-巨球蛋白、B细胞受体相关蛋白31、细胞角蛋白1、载脂蛋白A-I在砷中毒肝损伤组表达上调,触珠蛋白、α2-HS-糖蛋白、细胞外信号调节激酶4、锌指蛋白323、ZAP-70、SP40表达下调.结论成功地建立了分辨率高、重复性较好的燃煤污染型砷中毒肝损伤患者血清2-DE图谱,并筛选出一些与健康人血清中差异表达的蛋白质,这些蛋白质能否作为燃煤污染型砷中毒肝损伤诊断的血清标志物还有待于进一步验证.     

双向凝胶电泳与质谱技术分析Dukes B期大肠癌肿瘤与癌旁组织的差异蛋白质组学

目的研究Dukes B期大肠癌肿瘤与癌旁组织差异蛋白质组学。方法①应用双向凝胶电泳(2-DE)和质谱技术对大肠癌肿瘤与癌旁组织分离分析。②在鉴定出具有差异蛋白质中,选出2个蛋白质烯醇化酶(Enolase)、血红蛋白(Hemoglob in)行蛋白印记实验,验证2-DE结果。结果通过2-DE和质谱技术对大肠癌肿瘤与癌旁组织进行分离分析,21个蛋白质点在组织中的表达量差异显著。通过免疫蛋白印记实验进一步证明2-DE结果的准确性。结论 Dukes B期大肠癌肿瘤与癌旁组织蛋白质具有差异性,其中14个蛋白质点在肿瘤组织上调,7个下调。     

APP转基因小鼠与正常小鼠脑蛋白质组双向电泳图谱的比较

目的探讨APP转基因小鼠与正常C57小鼠脑蛋白质组双向电泳(2-DE)图谱差异,从蛋白质水平初步探索老年性痴呆发病机制。方法APP转基因小鼠与正常C57小鼠脑组织经蛋白提取后,分别以固相pH梯度等电聚焦为第一向,SDS-PAGE垂直电泳为第二向进行2-DE。图像分析软件ImageMaster 2D Elite分析电泳图谱。结果APP转基因小鼠与正常小鼠脑组织2-DE图谱分别检测出976和947个蛋白点。对两张电泳图进行匹配后,发现有16个蛋白点仅在APP转基因小鼠脑蛋白2-DE图谱检测到表达,而有7个蛋白点只在正常小鼠检测到。部分蛋白在2组小鼠脑组织中含量发生了明显变化。结论差异点的发现初步建立了差异表达蛋白质组学的技术方法;为研究阿尔茨海默病机制及研发新药提供了有益的线索。     

溃疡性结肠炎血清差异蛋白的筛选研究

目的 应用蛋白质组学寻找溃疡性结肠炎(UC)血清差异蛋白,初步探索UC可能的生物标志物.方法 收集UC患者30例和健康对照者30名的血清标本,双向凝胶电泳(2-DE)分离等量混合血清的蛋白质,运用图像分析软件进行比较和分析,识别差异表达蛋白质.应用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定部分差异蛋白质点.结果 UC组和对照组之间年龄、体重指数、吸烟情况和饮酒量的差异均无统计学意义(P值均＞0.05).初步筛选出UC患者与健康对照者存在明显差异的39个蛋白点,选择其中9个点,经质谱分析发现触珠蛋白、热休克转录因子2、受体酪氨酸激酶、醛脱氢酶、载脂蛋白C-Ⅲ、中心粒旁物质1在UC患者中表达水平升高,角蛋白1、细丝蛋白A结合蛋白1、肌球蛋白3在UC患者中表达水平降低.结论 采用蛋白质组学2-DE和质谱技术,筛选并鉴定出与UC相关的9个血清蛋白质,为提供新的UC生物学行为研究分子标志物奠定基础.     

肝纤维化患者血清差异蛋白质的筛选

目的: 对比分析肝纤维化患者和健康人血清中差异表达的蛋白质, 筛选与肝纤维化发生密切相关的血清蛋白质.方法: 肝纤维化患者和健康人空腹血清标本各6例分别等量混合成2个样本, 去除血清中的白蛋白和IgG. 利用双向凝胶电泳(2-DE)分离肝纤维化血清和健康人血清总蛋白质后, 硝酸银染色, 经图像分析筛选差异表达的蛋白点. 应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDITOF-MS)鉴定差异表达的蛋白点, 并用ELISA法对其中部分差异蛋白的表达水平进行验证.结果: 筛选出2组间的差异蛋白点共517个, 对其中表达量差异3倍以上的24个蛋白点进行MALDI-TOF-MS分析, 鉴定出包括触珠蛋白、载脂蛋白A-Ⅳ、转铁蛋白、T细胞受体b链、血清白蛋白及血清白蛋白前体等8个蛋白质, 其中3个蛋白质在肝纤维化血清中表达上调, 5个蛋白质在肝纤维化血清中表达下调. 与健康人血清比较, ELISA法检测肝纤维化血清中触珠蛋白、载脂蛋白A-Ⅳ表达均下调, 结果与双向凝胶电泳一致.结论: 肝纤维化血清与健康人血清的蛋白质表达谱表现出一定差异, 这些差异表达的血清蛋白质有望成为肝纤维化诊断与判定预后的血清标志物.     

HGF及其受体c-met在肝衰竭与部分肝切除模型中表达差异性研究

目的研究HGF及其受体c-met在肝衰竭和部分肝切除两种动物模型肝组织的表达差异。方法分别采用D-GalN/LPS腹腔注射和70%肝脏外科切除术建立肝衰竭和部分肝切除模型,同时以健康大鼠作为对照组。采用ELISA法检测血清HGF水平,采用Real-time PCR和Western-blot法分别检测肝组织c-met基因和蛋白的表达水平。结果与对照组比,部分肝切除模型大鼠血清HGF及其受体c-met表达水平均有明显升高（P〈0.01）,而在肝衰竭模型大鼠血清HGF水平虽有升高,但c-met蛋白表达水平却明显降低（P〈0.01）。结论肝细胞c-met表达水平的降低是D-GalN/LPS诱导肝衰竭大鼠肝细胞再生障碍的主要原因。     

基于相对和绝对定量同位素标记技术对肥胖大鼠海马区差异蛋白组学的研究

目的筛选及鉴定肥胖大鼠海马区的差异蛋白表达。方法将24只SD大鼠随机分为单纯肥胖组(Ob,n=14)及正常对照组(NC,n=10)。予高脂高糖饮食制备单纯肥胖大鼠模型,采用相对和绝对定量同位素标记技术(iTRAQ)联合二维液相色谱-串联质谱(2D-LC-MS/MS)法鉴定肥胖大鼠海马区差异蛋白表达,对所获蛋白行生物信息学分析,Western blot法对筛选的部分差异蛋白进行验证。结果成功建立单纯肥胖大鼠模型,共鉴定出310种差异蛋白表达。于KEGG数据库检索筛选出26个差异蛋白显著富集的代谢通路。选取位于蛋白功能相互作用网络交叉点的4种差异蛋白行Western blot验证,发现蛋白表达水平与质谱结果一致。结论采用iTRAQ结合2D-LC-MS/MS技术,能有效筛选肥胖大鼠海马区差异蛋白表达,为研究肥胖对中枢神经系统损伤机制提供依据。     

大鼠局灶性脑缺血再灌注早期非嘌呤非嘧啶核酸内切酶/氧化还原因子-1表达的研究

目的　探讨大鼠大脑中动脉阻塞再灌注 (MCAO/R)后 ,DNA修复酶非嘌呤非嘧啶核酸内切酶 /氧化还原因子 1(APE/Ref 1)的表达变化及其意义。方法　采用免疫组织化学方法检测APE/Ref 1在缺血再灌注早期损伤脑组织中的变化。结果　自再灌注 2h起 ,损伤侧APE/Ref 1表达阳性细胞数较相应的假手术对照组和正常组显著下降(P <0 .0 1) ,至 48h各手术组间APE/Ref 1表达并无明显差异 (P >0 .0 5 ) ,72h时损伤区域APE/Ref 1表达较其他手术组减少 (P<0 .0 1) ;2～ 48h ,损伤侧及损伤对侧相应区域部分APE/Ref 1的表达出现于胞质 ,72h时损伤对侧恢复为胞核表达 ,且无细胞减少。结论　局灶性大鼠脑缺血再灌注早期 ,DNA修复酶APE/Ref 1在损伤区域的表达水平降低 ,并出现该蛋白的胞质滞留现象 ,说明再灌注早期DNA修复功能下降可能促进缺血再灌注区域细胞的损伤     

IL-1beta致乙酸性胃溃疡复发大鼠的比较蛋白质组学分析

目的筛选胃溃疡复发相关的蛋白质,进一步揭示胃溃疡复发的分子机制.方法以乙酸制备胃溃疡模型,并用IL-1β诱导复发.采用二维凝胶电泳(2-DE)技术分离胃溃疡复发大鼠胃溃疡处组织及正常大鼠相应处胃组织的总蛋白质,图像分析识别差异表达的蛋白质点,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)得到相应的肽质量指纹图(PMF),搜索数据库鉴定蛋白质.结果获得分辨率较高、重复性较好的胃溃疡复发大鼠和正常大鼠胃组织的2-DE图谱,质谱分析共鉴定了12个差异蛋白质点,其中7个表达上调,含热休克蛋白27(HSP27)、葡萄糖调节蛋白(GRP78)、L-乳酸脱氢酶轻链、磷酸甘油醛脱氢酶、血红蛋白β链、过氧化物酶2、过氧化物酶1;5个表达下调,含膜联蛋白A2、热休克蛋白60、氯离子通道蛋白1、黏着斑蛋白、凝溶胶蛋白.随即采用免疫组化法检测差异蛋白质HSP27和GRP78在两类组织中的表达,结果显示胃溃疡复发组HSP27和GRP78阳性细胞百分率均显著高于正常对照组(HSP2727.90%±5.34% vs 22.10%3.67%,P＜0.05;GRP7843.00%±4.52% vs 26.30%±3.95%,P＜0.01).结论差异蛋白如HSP27和GRP78等可能以不同的方式参与了胃溃疡的复发过程,为揭示胃溃疡复发的机制提供了线索.     

IL-1β致乙酸性胃溃疡复发大鼠的比较蛋白质组学分析

目的:筛选胃溃疡复发相关的蛋白质,进一步揭示胃溃疡复发的分子机制.方法:以乙酸制备胃溃疡模型,并用IL-1β诱导复发.采用二维凝胶电泳(2-DE)技术分离胃溃疡复发大鼠胃溃疡处组织及正常大鼠相应处胃组织的总蛋白质,图像分析识别差异表达的蛋白质点,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)得到相应的肽质量指纹图(PMF),搜索数据库鉴定蛋白质.结果:获得分辨率较高、重复性较好的胃溃疡复发大鼠和正常大鼠胃组织的2-DE图谱,质谱分析共鉴定了12个差异蛋白质点,其中7个表达上调,含热休克蛋白27(HSP27)、葡萄糖调节蛋白(GRP78)、L-乳酸脱氢酶轻链、磷酸甘油醛脱氢酶、血红蛋白β链、过氧化物酶2、过氧化物酶1;5个表达下调,含膜联蛋白A2、热休克蛋白60、氯离子通道蛋白1、黏着斑蛋白、凝溶胶蛋白.随即采用免疫组化法检测差异蛋白质HSP27和GRP78在两类组织中的表达,结果显示胃溃疡复发组HSP27和GRP78阳性细胞百分率均显著高于正常对照组(HSP27:27.90%±5.34% vs 22.10%3.67%,P＜0.05;GRP78:43.00%±4.52% vs 26.30%±3.95%,P＜0.01).结论:差异蛋白如HSP27和GRP78等可能以不同的方式参与了胃溃疡的复发过程,为揭示胃溃疡复发的机制提供了线索.     

肝癌发生不同病理阶段血清蛋白质组的比较

目的 比较肝癌发生不同病理阶段血清蛋白质组的表达变化情况,从中寻找特异性标志物.方法 用双向凝胶电泳分离正常人,慢性肝炎、肝硬化和肝癌患者的血清蛋白质,结合质谱技术对差异点进行鉴定; Western blot检测结合珠蛋白β链以验证蛋白质水平的表达.计量资料数据以均数±标准差(x±s)表示,采用方差分析和LSD检验进行两两比较.结果 4组血清的双向电泳图谱经软件匹配分析,并与基质辅助激光解析电离飞行时间质谱相结合,成功鉴定出结合珠蛋白,SAA1、SP40等30个差异蛋白质点,K cluster聚类分析不同的变化模式.在差异蛋白质点中,7个蛋白质点均为结合珠蛋白,呈现由正常→肝炎→肝硬化持续下调、到肝癌又上调的模式.Western blot证实结合珠蛋白β链的表达与双向电泳表达相一致.结论 在肝癌发生的动态过程中各疾病阶段的血清蛋白质差异表达有4种明显变化模式,可能为肝癌的早期诊断和预后提供依据,与肝癌发生发展相关的结合珠蛋白很可能是肝硬化发展到肝癌的一个潜在早期诊断标志物.     

Separation and identification of differentially expressed nuclear matrix proteins between human esophageal immortalized and carcinomatous cell lines

AIM: To separate and identify differentially expressed nuclear matrix proteins (NMPs) between the immortalized human esophageal epithelial cell line (SHEE) and the malignantly transformed esophageal carcinoma cell line (SHEEC), and to provide new ways for finding specific markers and the pathogenesis of esophageal carcinoma.METHODS: SHEE and SHEEC cell lines were used to extract NMPs. The quality of NMPs was monitored by Western blot analysis including DNA topoisomerase Ⅱα, proliferation cell nuclear antigen (PCNA) and histone. NMPs of SHEE and SHEEC were analyzed by two-dimensional electrophoresis (2-DE), silver staining and PDQuest6.2 image analysis software. Three spots in which the differentially expressed NMlPs were more obvious, were selected and analyzed with matrix-assisted laser desorption/ionization time of flying mass spectrometry (MALDI- TOF-MS) and database search.RESULTS: Western blot analysis revealed that DNA topoisomerase Ⅱα and PCNA were detected, and the majority of histones were deleted in NMPs of SHEE and SHEEC. After 2-DE image analysis by PDQuest6.2 software, the 2-DE maps were detected with an average of 106±7.1 spots in SHEE and 132±5.0 spots in SHEEC. Most of them were matched one another (r=0.72), only 16 protein spots were found differing in intensity. Three NMPs including cytoskeletal tropomyosin,FK506bindingprotein6,similartoretinoblastoma binding protein 8 were preliminarily identified by MALDI- TOF-MS.CONCLUSION: These differentially expressed NMPs may play an important role during malignant transformation from SHEE to SHEEC. Their separation and identification will contribute to searching for specific markers and probing into the pathogenesis of esophageal carcinoma.     

Identification of cholesterol gallstone with two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry

Background and rationale. We aimed to provide novel information to better understand the molecular mechanisms underlying gallstones formation and explore the potential protein markers for gallstones progression. The gallbladder tissues were collected from 20 patients with cholesterol gallstone and 10 liver transplant donors from November 2010 to April 2011. The proteomics were compared between gallstone patients and controls by two-dimensional gel electrophoresis (2-DE). The differentially expressed proteins were identified and validated by western blotting and real-time PCR.Results. Total 19 protein spots were found to be different between two groups and 11 proteins were identified, among which 4 ones (such as Peroxiredoxin 3/Prdx3) were down-regulated and 7 (such as Tropomyosin 4/TPM4, Transgelin/SM22, Transthyretin/TTR) were up-regulated in gallstone group. Results of western blotting and RT-PCR were consistent with the 2-DE results. Conclusion. The differentially expressed proteins of TTR, TPM4, SM22 and Prdx3 may play key roles in gallstone formation and may be markers for gallstone progression.     

Comparative proteomics analysis of human gastric cancer

AIM： To isolate and identify differentially expressed proteins between cancer and normal tissues of gastric cancer by two-dimensional electrophoresis （2-DE） and matrix-assisted laser desorption/ionization time-of- flight mass spectrometry （MALDI-TOF-MS）. METHODS： Soluble fraction proteins of gastric cancer tissues and paired normal tissues were separated by 2-DE. The differentially expressed proteins were selected and identified by MALDI-TOF-MS and database search. RESULTS： 2-DE profiles with high resolution and reproducibility were obtained. Twenty-three protein spots were excised from sliver staining gel and digested in gel by trypsin, in which fifteen protein spots were identified successfully. Among the identified proteins, there were ten over-expressed and five under-expressed proteins in stomach cancer tissues compared with normal tissues. CONCLUSION： In this study, the well-resolved, reproducible 2-DE patterns of human gastric cancer tissue and paired normal tissue were established and optimized and certain differentially-expressed proteins were identified. The combined use of 2-DE and MS provides an effective approach to screen for potential tumor markers.     

结核分枝杆菌广泛耐药株与耐多药株菌体蛋白质组学比较研究

目的比较和分析结核分枝杆菌广泛耐药（XDR）与耐多药（MDR）菌株在菌体蛋白质表达水平上的差异,并寻找与XDR相关的蛋白质点。方法利用双向凝胶电泳分离XDR、MDR菌株以及H37Rv标准菌株菌体蛋白质,通过计算机图像分析软件分析各菌株之间在菌体蛋白质表达水平上的差异性,并进行质谱分析。结果 XDR与MDR以及H37Rv菌株之间在菌体蛋白质表达水平上存在明显差异;与XDR相关的28个差异（新增、缺失、上调、下调）表达的蛋白质点中,质谱分析鉴定出5个相关的蛋白质点。结论结核分枝杆菌XDR与MDR菌株在菌体蛋白质表达水平上存在明显差异,为进一步研究XDR菌株耐药机理奠定了基础。     

免疫性和酒精性肝纤维化大鼠肝脏细胞质膜的蛋白质组学研究

目的 研究肝纤维化的发生机制,寻找新的与肝纤维化相关的生物学标志物. 方法将48只大鼠分为乙醇组、免疫组和对照组,分别进行乙醇灌胃、猪血清注射与等渗盐水注射处理.采用James's网状染色法染色并检测处理后第2、4、6、8周大鼠肝脏的病理学变化.将处理后第2、4、6、8周的各组大鼠分别处死4只后取肝,并将肝脏组织作匀浆处理,通过2次蔗糖密度梯度离心获得细胞质膜组分,用Western blot法检测细胞质膜的纯度.提取肝脏细胞质膜蛋白质,通过双向凝胶电泳分析各个时期的大鼠肝脏细胞质膜蛋白质,差异蛋白质点在酶解后经戴安纳升级液相色谱Ultimate 3000串联布鲁克高容量离子阱质谱HCT进行鉴定.并对被鉴定的差异蛋白质进行功能和定位的分类分析. 结果大鼠肝脏细胞质膜得到了有效富集.双向凝胶电泳分析第2周和第8周的大鼠肝细胞质膜蛋白质,共找到87个差异蛋白质点,这些蛋白质点经过质谱鉴定后对应于30个非冗余蛋白质,包括膜联蛋白A2,细胞支架角蛋白8和18. 结论膜联蛋白A2、细胞支架角蛋白8和18等蛋白质可成为肝纤维化诊断的新标志物.     

肺巨细胞癌细胞与支气管上皮细胞分泌蛋白质的差异分析

目的：分析肺巨细胞癌细胞株95C与支气管上皮细胞株16HBE分泌蛋白质的差异。方法利用双向电泳（2-DE）分离肺巨细胞癌细胞株95C、支气管上皮细胞株16HBE分泌的蛋白质,寻找其分泌的蛋白质的差异。结果通过2-DE建立了较稳定的肺巨细胞癌细胞株95C、支气管上皮细胞株16HBE分泌的蛋白质2-DE图谱。经分析,两细胞株共有7个差异蛋白质点,肺巨细胞癌细胞株特有的差异点4个,量下调的差异点3个。结论差异蛋白质的鉴定为确定肺癌早期诊断相关蛋白标志物奠定了基础。     

Comparative proteomic analysis of juvenile and adult liver fluke, Opisthorchis viverrini

We used comparative two-dimensional gel electrophoresis to highlight proteins that are differentially expressed in the maturation stage of the parasite Opisthorchis viverrini (OV). The proteins differentially expressed in the juvenile/adult forms of the parasite are thought to be important for survival and pathogenesis. We used a nonlinear gradient pH ranged 3-10 strips for isoelectric focusing to resolve soluble proteins from four different maturation periods of OV from 1 week juvenile to 4 week adult. Approximately 210-240 protein spots were resolved by 2-DE in two ranges of pI (4.5-5.8 and 6.0-8.0). At least 35 protein spots were differentially expressed in 4 week adult compared to 1 week juvenile fluke. These proteins may involve in sex organ development and egg production. Comparative analysis of the OV proteome of different aged parasites during maturation may help to better understand parasite biology, pathogenesis/carcinogenesis related to this parasite and lead to the identification of new targets of vaccines and drugs.     

双向凝胶电泳及质谱分析法在筛选人胃癌标记物中的应用

目的初步筛选人胃癌相关抗原,为进一步认识胃癌的发生、发展机制及其早期诊断、靶向治疗提供依据。方法采用双向凝胶电泳及免疫印迹法分离人胃癌组织的总蛋白质,以PD Quest 8.0软件分析图谱;用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱及蛋白质数据库搜索对差异蛋白点进行鉴定。结果获得分辨率高、匹配性好的人胃癌组织总蛋白双向凝胶电泳图谱,图像分析显示3块胶的点数为789±27、匹配点数为684±21、匹配率为86.7%;获得高分辨率的免疫印迹反应图谱,图像分析找出差异反应蛋白质19处,质谱鉴定共得到11种蛋白质(包括结蛋白、β微管蛋白、波形蛋白及胶转蛋白等)。结论利用血清蛋白质组分析可初步筛选、鉴定11种人胃癌相关抗原,此对进一步认识胃癌的发生、发展机制及其早期诊断、靶向治疗提供了依据。