猴副流感病毒SV5 PCR检测方法的建立与初步应用

目的建立检测SV5的PCR方法并加以初步应用。方法根据GenBank中报道的SV5序列,针对其中的SH基因设计引物进行PCR反应,扩增产物进行测序并用BLAST软件进行同源性比对,同时利用限制性内切酶的酶切反应以证实此PCR反应的特异性。在此基础上设计巢式PCR提高此方法的灵敏度。利用此方法对20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本进行检测。结果利用设计的引物扩增出的序列测序结果证实与报道的SV5SH基因相对位置的序列一致。AccⅢ限制性内切酶可对PCR产物进行特异性酶切。巢式PCR比一次PCR的敏感度有所提高。用此方法检测的20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本结果为阴性。结论初步建立了检测SV5病毒的PCR方法,排除实验室用20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本SV5的污染。     

猴副流感病毒SV5的PCR检测方法建立及初步应用

[目的]建立检测SV5的PCR方法并加以初步应用。[方法]根据Genbank中报道的SV5序列,针对其中的SH基因设计引物进行PCR反应,扩增产物进行测序并用BLAST软件进行同源性比对,同时利用限制性内切酶的酶切反应以证实此PCR反应的特异性。在此基础上设计巢式PCR提高此方法的灵敏度。利用此方法对20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本进行检测。[结果]利用设计的引物扩增出的序列测序结果证实与报道的SV5SH基因相对位置的序列一致。AccIII限制性内切酶可对PCR产物进行特异性酶切。巢式PCR比一次PCR的敏感度有所提高。用此方法检测的20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本结果为阴性。[结论]本文首次初步建立了检测SV5病毒的PCR方法,排除实验室用20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本SV5的污染。     

实时荧光PCR方法在A型流感病毒检测中的应用

目的比较流感病毒实时荧光PCR检测(FQ-PCR)方法与常规细胞培养、血凝试验及分型鉴定在流感病毒鉴定中的优劣,以期建立能快速简便、特异地从临床标本中检测并鉴定流感病毒的新方法。方法对76株不同型别的流感病毒分离株进行鉴定,比较两种检测方法的敏感性和特异性;对2倍梯度稀释的A型流感病毒(H1N1亚型、H3N2亚型,各1株)用FQ-PCR方法进行灵敏度检测,同时用常规细胞培养法进行病毒增殖,用血凝试验判断病毒滴度。另外,对临床采集的684份咽拭子样本直接检测,并同时进行常规培养、血凝试验及Quidel试剂检测,综合比较两种监测方法之间的差异。结果在76株流感病毒阳性细胞培养液中,FQ-PCR方法检出A型60份,同分型结果相吻合。FQ-PCR方法的灵敏度约高出常规培养法的25～26倍,无非特异性反应。结论流感病毒FQ-PCR方法具有简便快捷、特异、敏感的特点。     

猫疱疹病毒Ⅰ型实时荧光定量PCR方法的建立及初步应用

目的建立猫疱疹病毒I型(FHV-1)实时荧光定量PCR检测方法,应用于实验用猫及临床患猫FHV-1的快速检测。方法根据已发表的FHV-1 TK基因序列设计特异引物和Taq Man探针,使用分子生物学方法制备质粒标准品,建立FHV-1实时荧光定量PCR方法,并对方法的线性、特异性、敏感性、及稳定性等进行测定。用建立的方法对48份猫临床样品进行检测。结果成功建立FHV-1实时荧光定量PCR方法;该方法的线性范围为(1×102~1×109)copies/μL,与单纯疱疹病毒Ⅰ型(HSV-1)、犬疱疹病毒(CHV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猫细小病毒(FPV)均无交叉反应,检测灵敏度可达到10 copies/μL。批内变异系数均小于5%。应用该方法从48份猫临床样本中检测出33份FHV-1核酸阳性。结论建立的FHV-1PCR检测方法具有特异、敏感及稳定的特点,适合于临床FHV-1的快速定量检测。     

猴免疫缺陷病毒(SIV)实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立快速、敏感、特异的猴免疫缺陷病毒(SIV)TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法,对SIV病毒核酸进行定量检测。方法 RT-PCR扩增SIVmac251保守gag基因序列796 bp片段,进行TA克隆,构建标准品质粒pMD-SIVgag。通过对SIV定量外标准品的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果所建立的SIV QPCR检测方法,质粒DNA模板在107～102拷贝之间表现较好线性和相关性,标准曲线所得斜率为-3.26,相关系数为0.999。检测灵敏度达到200拷贝,方法重复性测试,检测25份临床样品CV%均小于1%。结论建立的SIV QPCR检测方法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒(SIV)核酸拷贝量。     

实时荧光PCR检测B型流感病毒方法的建立及病毒培养法验证

目的建立B型流感病毒实时荧光PCR检测(FQ-PCR)法,并与常规病毒培养法比较,判断二者结果的相关性,确定两种检测方法各自更适合的应用领域。方法建立FQ-PCR法并对76株经Quidel胶体金试纸条鉴定型别的流感病毒分离培养株进行检测,比较其敏感性和特异性。21～223梯度稀释的B型流感病毒分别用FQ-PCR法和病毒培养法进行检测,记录FQ-PCR的Ct值及培养物的血凝效价,并对FQ-PCR阳性但血凝无效价的梯度进行盲传,再次检测HA效价,比较二法的灵敏度及相关性。对临床采集的881份咽拭子标本做FQ-PCR检测,同时进行病毒培养并盲传、血凝试验及Quidel胶体金试纸条分型,综合比较两种检测方法之间的差异。结果在76株已知流感病毒标本中,FQ-PCR方法检出B型16份,与Quidel胶体金分型结果相符。FQ-PCR方法的灵敏度约高出常规培养法的25～26倍。FQ-PCR法对临床咽拭子的检测灵敏度高,无非特异性反应。结论流感病毒FQ-PCR法具有与组织培养法一致的特异性,前者操作简便快捷,灵敏度更高,在流感病毒临床快速检测和鉴定中具有更广阔的应用前景。     

高致病性禽流感通用和H5亚型荧光定量PCR方法的建立

目的:建立高致病性禽流感H5亚型荧光定量PCR方法.方法:根据禽流感病毒(AIV)M基因和H5-HA基因分别设计AIV通用和H5亚型特异荧光定量PCR引物和探针,优化反应体系和反应条件,分析该试剂的敏感性、特异性、重复性等.结果:经优化反应体系和反应条件后,AIV通用试剂和AIV-H5试剂的敏感性达到1×101.25EID50水平;与细胞培养比较,AIV-H5试剂Kappa吻合系数κ为0.991(P<0.01),统计学显示两种检测结果的吻合度很强;批内和批间精密度CT值的CV值均远小于10%,可重复性良好.结论:本项目研制的AIV通用试剂和AIV-H5试剂的敏感性、特异性、重复性均好,适合在禽流感疫情和疑似H5禽流感病例中检测使用.     

鸭疱疹病毒1型实时荧光定量PCR方法的建立

目的建立检测鸭疱疹病毒1型(鸭瘟病毒)的实时荧光定量PCR方法,为快速诊断、致病机理研究及抗病毒药物筛选等奠定基础。方法根据病毒DNA聚合酶基因的序列,设计引物和探针,采用TaqMan探针技术进行实时荧光定量PCR,用含有125bp扩增产物的pMD18-T载体质粒为阳性对照,构建标准曲线,对该方法的特异性、可重复性、敏感性进行评价,同时与传统PCR方法进行比较研究。结果标准曲线表明在2.3×105~2.3×10拷贝数之间有很好的线性关系(r=0.999);实时荧光定量PCR最少可检测到23个阳性质粒,说明有很好的敏感性;试验内及试验间变异系数分别为1.22~6.69以及2.09~8.84,说明有较好的重复性;对非鸭瘟病毒DNA无扩增,说明有很好的特异性;在对病毒DNA的检测方面,比传统PCR的敏感性高出104倍。结论成功建立了针对鸭瘟病毒的特异、敏感、重复性强且可准确定量的实时荧光定量PCR方法。     

荧光定量RT—PCR快速检测A、B型流感病毒的研究

目的利用荧光定量RT-PCR技术建立一种快速检测A、B型流感病毒的方法。方法根据A型流感M基因和B型流感HA基因的相对保守序列,分别设计一对引物及其相应的Taqman探针,建立、优化单一和双重反应体系后,利用10倍稀释法对已知滴度的流感病毒进行梯度稀释,检验方法的灵敏度并建立相对定量标准曲线。结果A、B型流感病毒双重反应的灵敏度为分别为2·56×10-5和5·0×10-5TCID50,标准曲线相关系数分别为0·997和0·998,扩增效率分别为114·1%和107·8%,说明双重反应中A、B型的引物、探针、模板之间无相互干扰,具有很好的稳定性和重现性。结论研究建立的荧光定量RT-PCR技术可以准确同时检测A、B型流感病毒,不仅灵敏度高、稳定性好,而且可以对病毒滴度进行定量检测。     

实时荧光定量PCR的研究进展及其应用

随着PCR(聚合酶链反应)技术的飞速发展,实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR)技术以其特异性强、灵敏度高、自动化和重复性好、定量准确、污染少等优点,成为分子生物学和其它领域的重要技术工具,并广泛应用于遗传病、病原体和肿瘤等方面的检测和诊断.本文就实时荧光定量PCR技术的主要原理、定量方法及目前在研究领域中主要的应用进行了概述.     

猴腺病毒(SAdV)PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立SAdV特异的PCR检测方法并研究实验猴群和猴源性生物制品中SAdV感染或污染情况。方法比对分析多株SAdV序列,设计SAdV特异引物,优化PCR实验条件,建立的PCR方法经验证后检测实验猴群和猴源性生物制品,阳性产物测序并构建进化树。结果经特异性和敏感性鉴定,在设计的5对引物中确定一对最佳引物,可以区分SAdV和MAD,ICH,CELO且可以检测到的最小DNA量为47.9 pg/mL。PCR方法检测实验猴群,阳性率49.2%,测序及进化分析表明,SAdV感染型别呈广泛基因多样性。主要分布在G亚属和以SAdV-49为代表的分支。结论经测序验证,PCR检测方法具有很好准确性,初步应用表明我国实验猴群中SAdV高度流行,应加强实验猴群及相关生物制品中SAdV的监测,避免人类感染SAdV的潜在风险。     

荧光定量PCR检测土拨鼠肝炎病毒核酸方法的建立

目的建立土拨鼠肝炎病毒(woodchuck hepatitis virus,WHV)核酸的荧光定量PCR(Real-time PCR)检测方法,应用于土拨鼠肝炎病毒模型的研究。方法分别根据土拨鼠肝炎病毒核心抗原(WHcAg)和表面抗原(WHsAg)的DNA序列设计13对扩增引物,从中筛选无非特异性扩增及引物二聚体且灵敏度高的引物,用于土拨鼠血清中WHV DNA的Real-time PCR检测。建立感染土拨鼠肝炎病毒的土拨鼠血清中WHV核酸的Real-timePCR检测方法。结果根据WHsAg基因的5’端设计的一对引物WHVSF1与WHVSR1,检测灵敏度可达1×101拷贝/μL,病毒拷贝数与Real-time PCR Ct值的标准曲线的R2值为0.997,且电泳未见明显非特异性条带及引物二聚体。结论建立了土拨鼠血清中WHV DNA的Real-time PCR检测方法,该方法为进一步研究土拨鼠肝炎病毒模型奠定了基础。     

兔出血症病毒RT-PCR方法的研究

目的建立检测兔出血症病毒的RT-PCR方法。方法自感染RHDV致死的兔肝脏组织中提纯病毒，提取病毒总RNA，以RT-PCR方法扩增出368bp的基因片段。将RT-PCR产物克隆到T载体中，并对重组质粒测序。结果PCR产物的测序结果与文献报道的序列一致，敏感性试验结果表明，可检测到10^-7病毒滴度。结论建立的检测RHDVRT-PCR方法具有很高的特异性和敏感性。     

H5N1禽流感病毒实验室检测方法灵敏性比较

目的 比对实验室常用的H5N1禽流感病毒检测方法灵敏性.方法 增殖H5N1病毒,蚀斑技术定量待检病毒,应用细胞接种、血凝实验、RT-PCR、Real-time RT-PCR等方法检测稀释的病毒悬液,比较检测的最低滴度.结果 细胞接种、Real-time RT-PCR、RT-PCR及血凝实验能检测病毒的最低滴度为10 PFU/mL、10 PFU/mL、10(3)PFU/mL及3.52 × 10(5)PFU/mL.结论 几种检测方法比较而言,细胞接种与Real-time RT-PCR枪测灵敏性最高;血凝实验用时最短,但灵敏性低,结果 需要进一步确认;RT -PCR用时较较短,检测灵敏性较高.     

猴泡沫病毒间接免疫荧光检测方法的建立及初步应用

目的建立检测血清中猴泡沫病毒(SFV)抗体的间接免疫荧光方法,为检测实验用猴群中SFV的感染情况提供参考依据。方法用SFV-1病毒感染BHK-21细胞,待50%细胞出现病变时,用胰蛋白酶消化细胞后以2×107/mL浓度40μL的细胞滴到10孔镀膜的玻片上,丙酮固定。利用制备的抗原片通过间接免疫荧光法对34份猴血清标本进行检测。结果建立了检测SFV抗体的间接免疫荧光染色方法,SFV抗体阳性19例,15例血清检测为阴性。结论本方法具有良好的特异性,可作为SFV检测的可靠方法。     

仙台病毒RT-PCR检测方法的建立及灰仓鼠中流行情况调查

目的建立仙台病毒(SV)RT-PCR检测方法,并对灰仓鼠仙台病毒感染情况进行调查。方法根据NCBI发表的SV(gi:9627219)基因组序列设计引物,建立RT-PCR方法,对方法的特异性和灵敏性进行验证,并用该方法检测60份灰仓鼠的肺脏样本。结果建立的SV RT-PCR方法显示有较好的敏感性和特异性:以仙台病毒为模板扩增产生197 bp的单一目的条带,经测序比对与NCBI数据库中SV相关序列的一致率为98%,而以猴副流感病毒(SV5)、犬瘟热病毒、小鼠肺炎病毒、呼肠孤病毒III型及腮腺炎病毒为对照无任何条带产生;能检出的SVcDNA最低浓度是96.8 ng/mL;用该方法检测60份灰仓鼠,SV的感染率为3.33%(2/60)。结论建立的SV RT-PCR方法可用于实验类啮齿动物动物SV的常规检测,自然条件下灰仓鼠感染SV的问题不容忽视。     

长爪沙鼠小鼠肝炎病毒（MHV）RT-PCR检测方法

目的 建立长爪沙鼠小鼠肝炎病毒（MHV）RT-PCR检测方法,应用于长爪沙鼠、小鼠等实验动物MHV的检测。方法 根据已发表的小鼠肝炎病毒（MHV）S基因序列,设计合成引物。提取MHV细胞毒RNA,以其为模板,进行PCR扩增。优化反应条件,进行特异性、敏感性、稳定性、重复性试验。并对65只长爪沙鼠及12只小鼠进行检测。结果 建立的MHV RT-PCR检测方法特异、敏感、稳定。以MHV RNA逆转录产物为模板,所能检测RNA最小模板浓度为3.1pg/μl,可检测病毒最小滴度为10-3.ml-1。65只沙鼠经RT-PCR检测,均为阴性,12只小鼠经RT-PCR检测,有3只MHV阳性,测序结果与GenBank中MHV核酸序列同源性均为97%。结论 建立的长爪沙鼠小鼠肝炎病毒（MHV）RT-PCR检测方法可用于长爪沙鼠、小鼠等实验动物MHV的检测。