应用基因芯片技术检测结核分枝杆菌耐药基因

目的应用基因芯片快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变和耐异烟肼katG、inhA基因突变,建立一种新的分子药敏试验方法。方法根据结核分枝杆菌rpoB、katG、inhA基因序列设计探针并制作DNA芯片,PCR掺入法荧光标记,结核分枝杆菌基因突变位点的目的片断与DNA芯片杂交,同时以传统药敏试验和DNA测序法为对照。结果 70株结核分枝杆菌临床分离株中,20株药物敏感株芯片杂交结果与标准株完全相同;30株耐RIF临床分离株均检测到rpoB基因突变;50株异烟肼耐药株中有41株检测到katG基因突变,9株检测到inhA基因突变,与测序结果完全一致。结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌分离株的rpoB、katG、inhA基因突变,可用于临床耐药性的检测,指导临床用药。     

结核分枝杆菌利福平耐药株rpoB基因突变特征研究

目的了解郑州市结核分枝杆菌耐利福平临床分离株的相关耐药rpoB基因突变特征。方法应用PCR方法对40株结核分枝杆菌利福平耐药、40株结核分枝杆菌利福平敏感临床分离株及1株H37Rv结核分枝杆菌标准株中包含"利福平耐药决定区(RRDR)"在内的rpoB基因片段(385bp)进行扩增,并将扩增产物进行测序,以H37Rv结核分枝杆菌标准株的DNA序列作为参比序列,分析结核分枝杆菌临床分离株的突变特征。结果 40株结核分枝杆菌利福平敏感临床分离株及1株H37Rv结核分枝杆菌标准株均未检测到突变,结核分枝杆菌耐利福平临床分离株中有36株检测到突变,突变率92.3%,且突变均位于RRDR区域内;突变位点为8个,共有8个突变类型;最常见的突变热点依次为531位点,该位点突变率为64.1%;526位点,其突变率为12.8%和516位点,其突变率为10.3%。结论 rpoB基因是郑州市结核分枝杆菌对利福平耐药的最相关基因,其中在RRDR内的531位点基因突变率最高,并可通过对rpoB基因的突变检测,对耐多药结核病进行预测。     

淮南矿区煤工尘肺结核患者耐多药结核分枝杆菌耐药基因rpoB序列分析

目的 分析淮南矿区尘肺结核患者感染的耐多药结核分枝杆菌(multiple drugs resistant bacillus tuberculosis,MDR-TB)利福平耐药基因rpoB突变特点.方法 收集结核分枝杆菌临床分离株114株,采用药敏试验鉴定MDR-TB,抽提MDR-TB DNA和H37Rv标准菌株DNA,PCR法扩增rpoB基因,并应用全自动DNA测序仪对rpoB基因的突变集中区域进行测序分析.结果 从114株结核分枝杆菌临床分离株中检出MDR-TB31株(27.19％,31/114),31株MDR-TB中rpoB基因突变率为93.55％(29/31),主要集中在531(45.16％,14/31)和526位点(29.03％,9/31)碱基置换突变,其次是516(3.23％,1/31)、535位点(3.23％,1/31);1株526位和531位同时突变,1株511位和526位同时突变,2株未发现rpoB基因突变.随机检测的10株利福平敏感株未见rpoB基因单链构象异常.结论 高度保守的rpoB基因突变是导致尘肺结核患者MDR-TB利福平耐药的分子基础,其突变位点呈多样性.     

结核分枝杆菌利福平耐药基因突变的研究

目的评价检测rpoB基因突变在结核分枝杆菌耐利福平（I肝）耐药性测定中的应用价值。方法采用DNA序列分析法和聚合酶链反应-单链构象多态性（PER—SSCP）法对91株结核分枝杆菌临床分离株（其中药物敏感株35株，耐RFP或含耐RFP耐多药株56株）rpoB基因核心区域的突变情况进行检测。结果以结核分枝杆菌H37RV为对照，所有35株药物敏感株的rpoB基因均无突变，用DNA序列分析方法检测56株耐药株中53株发生突变，敏感性为94．6％（53／56），其中最常见的突变位点是531位丝氨酸和526位组氨酸。PER—SSCP检测56株耐RFP分离株中，52株rpoB基因SSCP图谱异常，其敏感性为92．9％（52／56）。结论DNA序列分析对判断结核分枝杆菌耐利福平非常有价值。PER—SSCP可初步筛选结核分枝杆菌RFP耐药性。     

合肥地区结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征研究

目的:了解合肥地区结核分枝杆菌利福平(RFP)耐药株rpoB基因突变特点。方法:应用PCR-直接测序法对合肥地区肺结核病人痰液中分离的90株结核分枝杆菌的rpoB基因629 bp(包括rpoB基因利福平耐药决定区(RRDR)的81 bp)序列进行测定分析。结果:90株结核分枝杆菌中69株对RFP耐药,21株对RFP敏感;69株耐利福平临床分离株中53株发生rpoB基因突变,突变率为76.8%;突变发生在531位丝氨酸的31株,发生率为44.9%,发生在526位组氨酸的8株,发生率为11.6%;还有6株发生了联合突变,发生率为8.7%。21株敏感株中1株rpoB基因发生突变,突变位点是533位亮氨酸。结论:合肥地区结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB基因的RRDR发生了突变,其中531位丝氨酸和526位组氨酸是最常见的突变位点。     

DNA芯片联合检测耐利福平与异烟肼结核分枝杆菌及其临床应用

目的 开发快速检测耐利福平与异烟肼结核分枝杆菌rpoB、katG、inhA基因突变的DNA芯片.方法 根据结核分枝杆菌rpoB、katG、inhA基因序列设计探针并制作基因芯片,从临床样品中分离出结核分枝杆菌的基因组DNA,PCR扩增含有上述几个基因突变位点的特异DNA片段,并事先在PCR引物的5′端作生物素标记,然后与膜条芯片上的检测特异突变位点的寡核苷酸探针进行杂交,通过生物素-链霉亲和素-过氧化物酶体系显色,直接观察突变情况,以此来判断耐药结果 .结果 35个利福平和异烟肼单耐药或多药耐药的结核分枝杆菌中有82.9%用芯片法检出的结果 与药敏培养法一致;其中利福平耐药样品突变检出率为100.0%;有20.0%异烟肼耐药的样品芯片未检出突变,可能是突变发生在芯片检测位点范围之外.结论 用DNA芯片检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性,具有较高的特异性和敏感性,可用于临床结核分枝杆菌耐药性检测.     

焦磷酸测序技术在利福平rpoB基因突变检测中的应用评价

目的 应用焦磷酸测序技术检测结核分枝杆菌rpoB基因突变,并探讨其在结核分枝杆菌利福平耐药性检测中的应用价值.方法 利用焦磷酸测序技术,测定150株结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因81个碱基的利福平抗药性决定区(RRDR),分析rpoB基因突变特点,并与绝对浓度法和MIC法药敏结果进行比较.结果 150株结核分枝杆菌中66株耐药84株敏感,54株为耐多药菌株,rpoB基因突变涉及6个密码子12种突变基因型,最常见的突变位点及突变形式分别为531位TCG突变为TYG,占60.6%,526位CAC突变为TAC、GAC,占22.7%.耐药性检测结果表明,焦磷酸检测法与绝对浓度法二者的符合率为92.7%,与MIC法的符合率为97.8%.结论 焦磷酸测序检测技术不仅是一种快速、准确、高通量的利福平分子药敏检测方法,同时也是结核分枝杆菌耐药性研究的有用工具.     

吉林省耐多药结核分枝杆菌rpoB基因突变特征分析

目的分析吉林省耐多药结核分枝杆菌利福平耐药相关基因rpoB的突变特征,为耐多药结核病快速诊断方法的建立提供科学依据。方法采用DNA测序技术对吉林省287株耐多药结核分枝杆菌进行rpoB基因序列检测,分析检测菌株rpoB基因突变特征。结果 287株耐多药结核分枝杆菌中201株耐多药结核分枝杆菌rpoB基因发生突变,突变率为70.03%(201/287)。碱基突变发生在前3顺位的是rpoB 531(39.72%)、rpoB 526(18.82%)、rpoB 516(5.92%)。287株耐多药结核分枝杆菌rpoB基因共发现碱基突变、缺失、插入等40种基因突变类型。其中,单位点碱基突变、双位点碱基突变、多位点碱基突变、碱基缺失、碱基插入的发生率分别为60.63%(174/287)、6.27%(18/287)、1.39%(4/287)、1.39%(4/287)、0.70%(2/287)。结论吉林省耐多药结核分枝杆菌利福平耐药相关基因最常见突变为rpoB 531、rpoB 526和rpoB 516。     

反向杂交膜片检测结核菌耐利福平基因突变

目的利用一种新型的反向点杂交膜片,快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变.方法根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计寡核苷酸探针并固定于尼龙膜上,用生物素标记的引物增扩结核分枝杆菌rpoB基因片断,与膜片上探针杂交,膜片检测结果与常规药敏试验结果和测序结果进行对照.结果对63株临床分离株进行检测,10株利福平敏感株未检测到突变,53株耐利福平株,其中48株检测到突变.灵敏度为90.6%,特异度为100%,阳性预测值100%,阴性预测值66.7%.用反向点杂交膜片检测27份肺结核患者的痰标本,17份非结核的痰液标本.12份耐利福平的痰标本中,11份检测到突变,膜片检测与药敏结果的符合率为92.3%;15份利福平敏感的痰标本中,膜片检测结果有6份出现突变信号;17份非结核病的其他患者的痰液标本中有1份检测到突变.检测痰标本的灵敏度为91.7%,特异度为78.1%,阳性预测值61.1%,阴性预测值96.1%.结论反向点杂交膜片可简便、快速、较准确地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变.     

利用基因芯片技术检测结核分支杆菌耐利福平分离株rpoB基因突变的研究

目的利用基因芯片技术对我国结核分支杆菌耐利福平(RFP)分离株rpoB基因突变进行研究,建立大规模快速检测结核分支杆菌耐药基因型的基因芯片分子药敏试验方法. 方法利用寡核苷酸基因芯片技术分析19株结核分支杆菌临床分离株的rpoB基因突变,并经PCR-直接测序法(PCR-DS)验证,以结核分支杆菌H37Rv标准株为对照. 结果 7株结核分支杆菌药物敏感株芯片检测和PCR-DS分析均未见rpoB突变,12株RFP耐药株中,1株芯片检测和PCR-DS分析均未见rpoB突变;11株rpoB基因有突变,其中5株为531位TCG→TTG或TGG突变,5株为526位CAC→TAC或GAC或CGC突变,531位和526位突变占耐药菌株rpoB突变的83.3%,其余为502、505、506、507、516、518、522、538位突变;芯片检测和PCR-DS分析结果符合率达100%. 结论大多数结核分支杆菌耐RFP是由于rpoB基因突变所致,采用基因芯片技术可以快速、准确、大规模地确定结核分支杆菌RFP耐药突变的部位和性质,是一种有前途的结核分支杆菌分子药敏试验方法.     

结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征初步分析

目的 阐明结核分枝杆菌利福平耐药株rpoB基因突变特点。方法 对110株结核分枝杆菌临床分离株包括rpoB基因利福平耐药决定区（RRDR）81个碱基在内的286bp片段进行聚合酶链反应．单链构象多态性（PCR．SSCP）分析，并对经检测显示有突变的结核分枝杆菌rpoB基因此扩增区域进行序列测定。其中利福平耐药株73株，非利福平耐药株11株，敏感株26株。结果 PCR—SSCP检测显示利福平耐药株中有47株有突变存在，经直接测序分析其中76．6％的菌株存在rpoB基因的单位点突变，主要集中在531位（61．1％）和526位（25．0％）；联合突变发生率为23．4％。此外，经PCR—SSCP检测，11株非利福平耐药株中2株有突变存在，26株敏感株中1株有突变存在。经直接测序分析突变涉及位点为511位、526位和535位。结论 rpoB基因耐药决定区发生突变是结核分枝杆菌利福平耐药的主要原因，其中531位丝氨酸和526位组氨酸是最常见的突变位点。     

利福霉素耐药结核分枝杆菌rpoB突变与利福布丁耐药水平的关系

目的研究利福霉素耐药结核分枝杆菌 rpoB基因突变与利福布丁耐药水平的相关性。方法倍比稀释法测定64株利福霉素耐药及6株敏感菌株对利福布丁的最低抑菌浓度(MIC),并分析其对异烟肼的耐药情况。同时对rpoB全基因扩增后测序,分析rpoB突变位点和突变性质与利福布丁MICs高低及多重耐药的关系。结果6株敏感株rpoB未突变,MICs为 0.25～0.50 mg/L。64株耐药株rpoB突变率为100％。37株利福布丁高度耐药(MICs≥4 mg/L)株中,S531L突变27株,H526R突变和Y389C突变各2株,S531W、H526Y、Q513K、V176F、D516Y联合Q253R突变与D516G联合L511P突变各1株。17株中度耐药 (MICs 2～4 mg/L) 株中,S531L突变16株,D516G联合L511P和S509R突变1株。10株低度耐药（MICs 0.25～1 mg/L）株中,L533P、H526L、H526S、D516V、D516Y单点突变各2株。93.75％(60/64)的利福霉素耐药株对异烟肼耐药。结论检测rpoB突变即可初步筛选多重耐药结核分枝杆菌;中、高水平利福布丁耐药株以S531L突变占绝对优势,rpoB突变位点及突变类型与利福布丁耐药水平有一定相关性。     

某院结核分枝杆菌利福平和异烟肼耐药基因特征

目的了解某院结核分枝杆菌(MTB)利福平耐药相关基因rpo B及异烟肼耐药相关基因kat G、inh A的突变特征,为耐药结核病的预防和治疗提供科学依据。方法收集83例结核病患者痰标本,分离培养MTB,采用BD960液体法检测利福平、异烟肼耐药性,提取菌株DNA,采用聚合酶链反应扩增rpo B、kat G、inh A全基因,对扩增产物进行测序分析。结果 83株样本中,39株对利福平耐药,51株对异烟肼耐药。耐利福平菌株rpo B基因突变率为97.44%(38/39),531位点突变率60.53%(23/38),526位点突变率23.68%(9/38),32株出现多位点联合突变。耐异烟肼菌株kat G基因突变率为98.04%(50/51),共发现16种突变类型,其中以kat G 315位点突变为主,占70.00%(35/50),1株为kat G与inh A联合突变。结论该院耐多药MTB产生耐药性与rpo B和kat G基因突变相关,检测MTB耐多药相关基因突变可为早期快速诊断耐药结核病提供参考依据。     

rpoB基因突变与结核分枝杆菌利福平耐药相关性研究

目的 探讨临床患者痰标本中分离的结核分枝杆菌rpoB基因突变与利福平耐药之间的关系. 方法 对115株结核分枝杆菌应用L-J药敏培养法,检测对利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、氧氟沙星的耐药情况;根据rpoB基因序列设计包含利福平耐药决定区（RRDR）的扩增引物,PCR法进行扩增,运用生物信息学方法对耐药决定区扩增产物序列进行比对分析,对耐药株与非耐药株基因突变率进行统计学分析. 结果 115株结核分枝杆菌经比例法药敏试验,RIF耐药株53株,占所有菌株的46.09％;53株RIF耐药株中39株rpoB基因存在不同位点的变异,突变率为73.58％,突变位点包括531、526、522、516、513、511,最主要的突变位点集中在531位,引起氨基酸呈Ser531Gln、Ser531Leu、Ser531Trp 3种形式改变;RIF敏感株62株,其中有2株检测到rpoB基因的突变,敏感株与耐药株突变率经McNemar统计检验,差异有统计学意义（P＜0.05）. 结论 岳阳地区rpoB基因变异与利福平耐药呈高度相关,rpoB基因最主要的突变位点位于531位和526位.     

煤矿工尘肺结核患者结核分枝杆菌L型耐药基因rpoB序列分析

目的 探讨淮南矿区尘肺结核患者感染结核分枝杆菌L型利福平耐药基因rpoB突变特点.方法 收集结核分枝杆菌L型临床分离株42株,其中利福平耐药株31株,敏感株11株,抽提临床分离株DNA和H37Rv标准菌株DNA,PCR法扩增rpoB基因,并应用全自动DNA测序仪对rpoB基因的突变集中区域进行测序分析.结果 42株结核分枝杆菌L型中,31株耐药株rpoB基因突变率93.55%(29/31),主要集中在531位点(51.61%,16/31)和526位点(32.26%,10/31)碱基置换突变,新发现516位点突变目前在国内外研究中未见报道.11株敏感株未见rpoB基因单链构象异常.结论 高度保守的rpoB基因突变是导致结核分枝杆菌L型利福平耐药的分子基础,其突变位点呈多样性.     

乌鲁木齐市耐多药结核分枝杆菌基因突变特征分析

目的 了解耐四种一线抗结核药物结核分枝杆菌的有关基因突变特征。方法 对19例耐多药结核病患者和254例全敏结核病患者痰液标本中分离的结核分枝杆菌进行药物敏感性试验,提取其DNA进行PCR扩增,对扩增产物测序并与标准株H37Rv进行比对。结果 19株耐多药结核杆菌和254株全敏结核杆菌均未检测到耐异烟肼基因inhA突变;耐多药组突变率最高的为耐异烟肼katG基因,突变位点为315;耐利福平的突变基因是rpoB,耐药位点为526和531,531位点突变率高于526位点;耐乙胺丁醇的突变基因是embB,耐药位点为206;耐链霉素的突变基因是rpsL和rrs,耐药位点分别为43和1401,rpsL基因的突变率高于rrs基因。结论 耐多药结核分枝杆菌耐异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素的突变基因分别为katG、rpoB、embB、rpsL和rrs,这对今后乌鲁木齐市耐多药结核病的快速诊断和控制提供了理论依据。     

云南省结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征分析

目的 分析云南省结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征。方法 应用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）法对1株H37Rv结核分枝杆菌标准株及102株结核分枝杆菌临床分离株中包含"利福平耐药决定区"在内的rpoB基因片段进行扩增,并将扩增产物进行直接基因测序,测序结果用MEGA 5软件进行分析。结果 利福平耐药基因型与表型的符合率为92.00%（69/75）,突变类型11种,涉及氨基酸11种,均为碱基的点突变,单位点突变占92.96%,联合突变占7.04%,突变率最高的位点依次是rpoB531（43.66%）、rpoB526（26.76%）、rpoB516（9.86%）,前3个位点的突变占总突变的80.28%。初复治患者临床分离株rpoB耐药突变位点构成差异无统计学意义（（口恶）2=7.653,P=0.354）;耐多药结核与单耐利福平临床分离株rpoB突变位点构成差异有统计学意义（（口恶）2=16.917,P=0.010）。结论 对rpoB的突变的检测在云南省可作为利福平耐药筛查的重要指标。rpoB基因突变可能不受是否使用过利福平和使用时间长短的影响,但是异烟肼可能会影响结核分枝杆菌rpoB基因突变的分子机制。