人前列腺癌cDNA文库的构建和筛选

目的:PC1基因是与前列腺癌相关的新基因,在雄激素非依赖和转移的前列腺癌晚期细胞系C42中高表达。为了进一步研究PC1基因的功能及作用机制,构建C42细胞的cDNA文库,寻找与前列腺癌相关基因PC1相互作用的蛋白。方法:从前列腺癌细胞系C42中提取总RNA,进而分离poly(A)+RNA,用poly(A)+RNA进行反转录并以SMARTⅢTM和CDSⅢoligo(dT)为引物进行PCR扩增,得到两端具有同源臂的PCR片段,以此同源臂为基础在酵母中实现同源重组。通过文库片段、线性化的pGADT7Rec和诱饵质粒pGBKT7PC1C共转化酵母AH109菌株,在文库构建的同时进行与PC1相互作用蛋白的筛选;或先将文库片段,线性化的pGADT7Rec转化AH109,再利用AH109和Y187两种酵母菌株的接合生殖进行筛选。最后用Far Western印迹方法进一步从体外论证了PC1蛋白可与自身相互作用形成二聚体。结果:构建了具有基因多样性和库容量足够大的人前列腺癌cDNA文库,双链cDNA片段的长度大小范围为250～5000bp。共转化的效率为4.3×105,重组效率为1.9×106,筛选的克隆数为4.3×105。接合法筛选时的接合效率为32%,筛选的克隆数为1.0×106。筛选到4个与PC1蛋白相互作用的阳性克隆。从体外证明了PC1蛋白可形成二聚体。结论:此文库的多样性和库容量均符合筛选需求。可用于前列腺癌相关基因     

人源性大肠癌cDNA噬菌体库的构建及PCR鉴定

为构建人源性大肠癌cDNA噬菌体表达文库 ,从人大肠癌组织中提取总RNA ,纯化mRNA ,用RT PCR反转录合成cDNA第一链 ,用LD PCR合成cDNA第二链 ,除去小于 5 0 0bp的小片段 ,与λTriplEx2噬菌体连接 ,体外包装。转化E .coliXL1 blue大肠杆菌 ,滴定文库的滴度 ,用IPTG和X gal测定重组率。用PCR鉴定插入cDNA片段大小。构建成含 2 .0 7× 10 6 pfu/ml重组子的人大肠癌cDNA噬菌体表达文库 ,重组率为 94.5 % ,插入外源cDNA片段大小从 60 0bp～ 4kb ,平均约 1.4kb。文库合符要求 ,适合于大批量筛选cDNA克隆的大肠癌相关抗原基因     

IRM-2小鼠全长cDNA文库的构建及鉴定

目的 分离和鉴定IRM-2小鼠辐射抗性相关基因。方法 采用SMART技术构建IRM-2小鼠全长cDNA文库,提取雄性IRM-2小鼠脾脏总RNA,以此为模板,通过逆转录酶PowerScript反转录合成第1链cDNA,通过长距离PCR合成并扩增双链 cDNA。该扩增产物经纯化、Sfi Ⅰ酶切、去除小于500 bp片段后,将cDNA连接到Sfi Ⅰ消化过的PDNR-LIB质粒载体中,用电转化法将重组质粒转化到大肠杆菌DH5α,得到IRM-2小鼠cDNA原始文库并用PCR法对文库的质量进行鉴定。随机从cDNA文库挑选130个阳性克隆进行测序,与GenBank基因库进行同源性比较。结果 构建的cDNA文库的容量为2.25×10⁶个克隆,重组率达95%,平均插入片段长度约1.2 kb,全长基因比例为55%。从cDNA文库挑选的阳性克隆中有21条EST序列与小鼠已知基因不同源,在GenBank的EST数据库的注册号为DW474856~DW474876。结论 成功构建了IRM-2小鼠全长cDNA文库,21条EST提示IRM-2小鼠体内可能存在辐射抗性相关基因,为进一步分离和鉴定辐射抗性相关基因奠定了基础。     

大鼠肺泡巨噬细胞酵母双杂交cDNA文库的构建与筛选

目的构建脂多糖(LPS)和地塞米松(Dex)作用后的肺泡巨噬细胞(AMs)酵母双杂交cDNA文库,探寻炎症条件下与糖皮质激素受体(GR)相互作用的蛋白质分子。方法用LPS(10mg/ml)和Dex(10-5mol/L)作用于原代培养的肺泡巨噬细胞4h后,从肺泡巨噬细胞中提取总RNA,再以SMARTⅢTM和CDSⅢoligo(dT)为引物进行PCR扩增,得到两端具有同源臂的双链cDNA,后者纯化后,与线性质粒pGADT7-Rec共转化感受态酵母菌AH109,二者在酵母细胞中同源重组成环形的有复制活性的cDNA文库质粒,收集在缺亮氨酸(Leu)培养板上筛选出所有克隆,即为AMs酵母双杂交文库菌。进而通过诱饵质粒pGBKT7-GR转化构建成功的文库菌,筛选与GR相互作用的蛋白分子。结果构建了具有基因多样性和库容量足够大的AMscDNA文库,共获得1.07×106个转化子,插入的双链cDNA片段的长度在0.3~1.5kb之间。筛选文库获得1个真阳性克隆,经测序和同源性比较证实该克隆为BAG-1。结论利用ClontechSMART技术成功构建了肺泡巨噬细胞的酵母双杂交cDNA文库;GR与BAG-1在酵母细胞中存在着相互作用。     

应用抑制性消减杂交技术克隆丙型肝炎病毒核心蛋白反式激活基因

应用抑制性消减杂技术构建丙型肝炎病毒（HCV）核心蛋白反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,克隆HCV核心蛋白反式激活相关基因。以HCV核心表达质粒pcDNA3.1(-)-core转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为对照,制备转染后的细胞裂解液,从中提取mRNA并逆转录为cDNA,经Rsa I酶切后将实验组cDNA分成2组,分别与2种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行2次消减杂交及2次抑制性PCR,将产物与T/A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果显示,成功构建人HCV核心蛋白反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。文库扩增后得到233个白色克隆,进行菌落PCR分析,其中213个均得到100～1000bp插入片段。挑取63个插入片段测序分析,其中6个cDNA片段为未知序列,通过生物信息学分析获得其全长序列,已被GenBank收录。提示6个新的cDNA全长序列,可能是HCV核心蛋白反式激活靶基因。     

重组人白介素10基因的克隆和序列测定

目的 :提取正常人IL 10基因。方法 :利用RT PCR方法 ,自行设计并合成一对引物。结果 :成功地从活化的正常人外周血单个核细胞扩增出hIL 10cDNA ,并定向克隆入pUC18中 ,经过序列测定证实 ,为IL 10成熟肽cDNA基因。结论 :IL 10基因的获得 ,为进一步在大肠杆菌中高效表达有活性的重组hIL 10 ,更深入地研究其作用机理 ,以及临床应用奠定了基础。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因的克隆化研究

应用抑制性消减杂交技术构建丙型肝炎病毒非结构蛋白5A（HCV NS5A）反式激活基因差异表达的cDNA消减文库，克隆HCV NS5A蛋白反式激活相关基因。以HCV NS5A表达质粒pcDNA3.1(－）-NS5A转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3.1(－）为对照，制备转染后的细胞裂解液，提取mRNA并逆转录为cDNA，经RsaI酶切后，将实验组cDNA分成两组，分别与两种不同的接头衔接，再与对照组cDNA进行消减杂交及两次抑制性PCR，将产物与T／A载体连接，构建cDNA消减文库，并转染大肠杆菌进行文库扩增，随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。文库扩增后得到121个阳性克隆，经菌落PCR分析，得到115个200－1000bp的插入片段，对其中的90个片段测序，并进行同源性分析，显示31种在基因编码蛋白和15种未知功能基因序列，包括一些与细胞周期、细胞凋亡、信号传导及肿瘤发生等细胞生长调节密切相关的蛋白编码基因，可能是NS5A反式激活靶基因。结果提示，成功构建了HCV NS5A反式激活基因差异表达的cDNA消减文库，该文库的建立为进一步阐明HCV NS5A反式调节的靶基因及致肝细胞癌发生的分子生物学机制提供了理论依据。     

Flag-Tinagl1真核表达载体的构建及功能验证

目的 构建带Flag标签的肾小管间质性肾炎抗原样蛋白1(Tinagl1)基因真核表达载体,检测其对肝癌细胞HepG2 ERK/AKT磷酸化、生长和迁移的影响.方法 以人乳腺cDNA文库为模板,PCR扩增Tinagl1基因片段,将其插入pcDNA3.0载体,经双酶切和测序验证后,将重组质粒转染到肝癌HepG2细胞中,采用...     

应用抑制性消减杂交技术筛选膦甲酸钠免疫调节基因

目的 应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建膦甲酸钠(PFA)处理的人T淋巴细胞Jurkat差异表达基因的cDNA消减文库,筛选并克隆PFA免疫调节相关基因,阐明PFA免疫调节的分子生物学机制。方法 以PFA处理Jurkat细胞,同时以生理盐水处理的相同细胞作为对照;24h后制备细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经Rsa1酶切后,将实验组cDNA分成两组．分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行2次消减杂交及2次抑制性多聚酶链反应(PCR)扩增,将产物与T／A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果 成功构建了PFA处理淋巴细胞差异表达基因的cDNA消减文库。文库扩增后得到46个阳性克隆,进行菌落PCR分析,均得到200～1000bp插入片段。挑取含有插入片段的14个克隆进行测序,并通过生物信息学分析获得11种已知基因序列和3个未知基因。结论 应用SSH技术成功构建了PFA处理的淋巴细胞差异表达基因的cDNA消减文库,为进一步阐明PFA的免疫调节机制及深入了解PFA防治病毒性肝炎的药理作用机制提供了依据。     

应用抑制性消减杂交技术研究甘草甜素免疫调节靶基因

目的应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建甘草甜素刺激的人T淋巴细胞Jurkat差异表达基因的cDNA消减文库，筛选并克隆甘草甜素免疫调节靶基因，阐明甘草甜素免疫调节的分子生物学机制。方法以甘草甜素刺激Jurkat细胞，同时以生理盐水刺激的相同细胞作为对照；24h后提取mRNA并逆转录为cDNA，进行抑制性消减杂交分析并构建cDNA消减文库，随机挑选文库克隆，PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果文库扩增后得到28个阳性克隆，进行菌落PCR分析，均得到200～1000bp插入片段。挑取含有插入片段的22个克隆进行测序，并通过生物信息学分析获得11种已知蛋白基因编码序列。主要包括IL-12、IL-18、胸腺素等免疫调节基因。结论应用SSH技术成功构建了甘草甜素处理的淋巴细胞差异表达基因的cDNA消减文库。为进一步阐明甘草甜素的免疫调节机制及深入了解甘草甜素用于防治病毒性肝炎的药理作用机制提供了依据。     

卒中大鼠脑组织抑制性差减文库的构建

目的：建立抑制性差减文库为获得差异表达基因提供方法。方法：提取正常组及卒中发作组大鼠全脑组织总RNA，分离出mRNA。两组mRNA反转录合成cDMA。实验组称为tester，对照组称为driver。限制性内切酶RaaI消化产生平端。将tester cDNA分成两份，分别连接不同的接头(Adaptor)，driver cDNA不连接接头。tester cDNA连接好接头以后，再和driver进行两轮杂交。第一次PCR时仅有连接不同接头的双链cDNA分子可以呈指数扩增。然后采用巢式引物进行第二次PCR，进一步减少PCR产物的背景，强化差异表达序列。结果：总RMA经甲醛变性凝胶电泳紫外光下可见28s、18s条带清晰，28s:18s比值约为1．5：1，未见降解。双链cDMA经RsaI消化，cDNA片段变小。已经扣除的cDMA，GAPDH晚5个--15个循环出现条带，说明差减文库得到了有效扣除。结论：建立大鼠卒中发作及正常大鼠脑组织两个抑制性差减文库，为我们下一步研究卒中相关基因提供了方便。     

人骨形态发生蛋白12基因重组腺病毒载体的构建

目的:构建及制备人骨形态发生蛋白12(BMP12)基因重组腺病毒,证明其可感染脂肪组织来源干细胞并表达蛋白。方法:将包含有BMP12cDNA全长序列的BMP12-pED6质粒用限制性内切酶EcoRI进行酶切,得到一个1260bp大小的含有BMP12cDNA的目的基因片段。将目的基因片段插入质粒pcDNA3.1后,用KpnI和PmeI进行双酶切,插入pAdtrack-CMV。插入目的基因片段的穿梭质粒pAdtrack-CMV-BMP12用PmeI进行酶切线性化后与腺病毒骨架载体pAdEasy-1一起电转化入感受态BJ5183菌株。用PCR及多种酶切方法鉴定重组体。最终将线性化的重组质粒利用脂质体转入293A细胞中进行病毒包装。BMP12基因随着重组腺病毒在感染的293A细胞中扩增而得到复制,并通过CsCl梯度离心法得以纯化。Elisa法检测Ad-BMP12感染脂肪组织来源干细胞后BMP12的蛋白表达。结果:pAdtrack-CMV-BMP12经酶切证实有1260bp的插入片段。酶切及PCR鉴定证实BMP12基因重组腺病毒载体构建成功。GFP(green fluorescent protein)表明重组腺病毒扩增成功并制备出高滴度重组病毒。该重组病毒可成功感染脂肪来源组织干细胞并表达BMP12蛋白。结论:BMP12基因能够重组于腺病毒载体,可以进行有效扩增,产生高浓度的重组腺病毒,从而用于BMP12基因治疗的研究。     

PCGF1过表达慢病毒载体的构建及稳定过表达A549细胞系的建立

目的 构建人多梳家族环指蛋白1(PCGF1)基因的慢病毒载体,建立稳定表达PCGF1基因的细胞系.方法 根据人PCGF1序列设计并合成引物,以A549细胞cDNA为模板,PCR扩增目的基因.双酶切目的基因并插入pLVX-IRES-puro质粒,对重组质粒进行慢病毒包装,用包装好的病毒感染A549细胞系,通过嘌呤霉素筛选阳性表达细胞,Western blotting验证PCGF1表达情况.结果 重组质粒经测序分析正确,瞬时转染293T细胞后,Western blotting验证PCGF1表达明显升高.包装慢病毒颗粒后感染A549细胞,经嘌呤霉素筛选后,Western blotting验证得到PCGF1稳定过表达的A549细胞系.结论 成功构建了pLVX-IRES-PCGF1-puro慢病毒过表达载体和PCGF1稳定过表达的A549细胞系,为进一步研究PCGF1的功能奠定了基础.     

应用噬菌体展示技术筛选乙型肝炎病毒表面抗原基因启动子Ⅱ结合蛋白

目的 通过筛选乙型肝炎病毒(HBV)表面抗原基因启动子Ⅱ(SPⅡ)结合蛋白,为HBV复制机制的研究探索新的途径。方法 应用噬菌体展示技术,以HBV的表面抗原基因启动子Ⅱ的聚合酶链反应(PCR)产物DNA作为固相筛选分子,对噬菌体人肝细胞cDNA文库进行5轮“吸附-洗脱-扩增”筛选过程,经噬斑的PCR扩增后,构建克隆载体,最后对所筛选克隆进行DNA序列测定和同源性分析。结果 噬菌体经富集后,从随机筛选的20个克隆中得到4个阳性克隆,成功构建了克隆载体。序列测定后经过同源性分析,确定了和HBV SPⅡ结合的肝细胞蛋白——尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶4(NADHDH4)。结论 用噬菌体人肝cDNA文库筛选得到了HBV SPⅡ的结合蛋白,分析了该蛋白的编码基因,为进一步研究HBV的复制、转录、调节机制开辟了新的徐径。     

人PD-1分子基因克隆及其在COS-7细胞中表达的研究

目的：克隆人PD—1分子的编码序列cDNA，将其重组进真核表达载体中，并表达于COS—7细胞。方法：从活化的人T细胞cDNA文库中以PCR方法克隆编码人PD—l的编码cDNA序列，将其克隆进真核表达载体pcDNA3．1( )，构建成重组表达载体。并测序证实。用脂质体法转染COS—7细胞，流式细胞仪检测PD—1分子的膜表达。结果：PCR方法扩增出—880bp左右的基因片段，插入pcDNA3．1( )载体后构建成重组表达质粒，经测序证实扩增的片段为人PD—l编码序列。将重组质粒转染COS—7细胞，流式细胞仪检测显示有21．10％的细胞表达人PD—1分子。结论：本研究为进一步研究PD—1分子在免疫耐受、自身免疫性疾病中的作用奠定了基础。     

从大肠癌组织cDNA表达文库筛选肿瘤抗原基因

目的利用肿瘤患者血清筛选大肠癌cDNA噬菌体表达文库,寻找肿瘤特异性抗原基因。方法采用SMART技术构建中国人大肠癌cDNA噬菌体表达文库。用SEREX方法筛选中国人大肠癌组织cDNA噬菌体表达文库。对获得的阳性克隆片段进行测序、鉴定和BLAST同源性比较,并对其生物信息进行分析。结果成功地构建了大肠癌cDNA噬菌体表达文库,原始文库含2.39×106个重组子,重组率达到97.5%,文库扩增后滴度达到4.1×1010pfu/ml。插入外源性cDNA片段的大小为0.5～4.0kb。SEREX筛选共获得16个阳性克隆,代表12个不同抗原基因,其中10个基因片段为已知抗原基因,如IFITM1、CD24、Survivin、KLK6等,2个为未知EST片段。根据序列分析,筛选出的抗原基因有结构基因、调节基因、代谢相关基因等。结论利用SEREX方法筛选出大肠肿瘤相关抗原基因并获得2个肿瘤抗原候选基因。     

pEGFP-N1-UCH-L1重组质粒的构建

目的 构建pEGFP-N1-UCH-L1重组质粒,并进行鉴定。方法提取Wistar乳鼠大脑组织总RNA,逆转录合成cDNA,经PCR扩增UCH-L1基因,定向克隆至载体pEGFP-N1,构建重组质粒,经测序进行鉴定。结果 UCH-L1基因重组质粒经测序鉴定证明构建正确。结论成功构建了UCH-L1基因重组质粒,可用于神经细胞转染,进行后续研究。     

肝细胞内人类次要组织相容性抗原-HA8蛋白反式激活基因的筛选

目的应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学技术筛选肝细胞内人类次要组织相容性抗原-HA8(HLA-HA8)的反式激活基因。方法以HLA-HA8基因表达质粒pcDNA3.1(-)-HLA-HA8和空载体pcDNA3.1(-)转染HepG2细胞,提取mRNA并反转录合成双链cDNA(dscDNA),分别标记为Tester和Driver;经RsaI酶切后,将Tester cDNA分成两组,分别与两种不同的接头adapter 1和adapter 2衔接,再与Driver cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应,将产物与pGEM-T easy载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠埃希菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果成功构建HLA-HA8反式激活基因差异表达cDNA消减文库。扩增后得到101个阳性克隆,菌落PCR分析均得到200~1000bp的插入片段。随机挑选其中28个阳性片段测序,同源分析结果显示,共获得16种编码基因,其中4个功能未知。结论 HLA-HA8基因反式调节基因与细胞结构和生长、物质及能量代谢、物质转运和信号转导密切相关,为HLA-HA8的功能以及HBV感染慢性化机制研究提供了新的思路。