应用基因芯片技术研究非毒性结节性甲状腺肿基因表达的初步研究

目的筛查非毒性结节性甲状腺肿（NTNG）相关基因,探讨NTNG发生机制。方法分别抽提NTNG患者甲状腺组织及正常甲状腺组织总RNA,逆转录合成相应以Cy5和Cy3标记的探针与基因表达谱芯片进行杂交,扫描芯片荧光信号图像,用对扫描图像进行数字化处理和分析。利用实时荧光定量PCR技术对筛选出的部分表达差异明显的基因进行验证。结果筛选出表达差异明显的基因48个,其中NTNG组中表达上调的基因36条,表达下调的基因12条。荧光定量PCR结果与基因芯片一致。结论NTNG患者甲状腺组织与正常甲状腺组织之间存在明显的基因表达差异,为NTNG患者提供相当数量的与细胞外基质、细胞因子、受体信号转细胞信号传递等相关的差异表达基因,为NTNG早期诊断和治疗提供了线索。     

基因芯片在肾癌相关基因研究中的应用

目的 :通过研究人肾癌组织和癌旁正常组织中差异表达的基因 ,寻找肾癌相关基因以用于诊断和治疗。方法 :以包含8000个cDNA基因表达谱芯片研究一组肾癌组织样本的基因表达谱。按一步法抽提肾癌和对照组癌旁正常组织的总RNA并纯化mRNA ;将等量的对照组组织和肾癌组织mRNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA—链做探针 ,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像 ,计算后分析比较两种组织中差异表达的基因。结果 :共筛选出差异表达基因95条 ,其中未知基因44条。结论 :基因芯片在筛选肾癌相关基因的改变具有快速、高通量、灵敏的特点 ,肾癌在细胞代谢、信号转录、蛋白合成的相关基因方面有异常表达     

抗癌活性肽对胆囊癌GBC-SD细胞作用前后的基因表达谱研究

目的研究抗癌活性肽对人胆囊癌细胞系GBC-SD细胞作用前后的基因表达谱,筛选与抗癌活性肽作用相关的基因表达改变。方法将1152条人类全长基因的PCR产物按微矩阵排列点样于特殊处理的玻片上制备成表达谱芯片;按一步法抽提抗癌活性肽作用前后体外培养的胆囊癌细胞的RNA并纯化mRNA,通过逆转录用两种荧光cy3-dUTP和cy5-dUTP标记对照和实验组胆囊癌细胞cDNA,制成cDNA探针并与表达谱芯片杂交,用ScanArray4000扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,计算机分析判定差异表达的基因。结果在1152条基因中筛选出有差异表达的基因245条,其中上调的121条,下调的124条。结论利用本基因表达谱芯片可同时研究数以千计的基因表达水平,从而在基因水平上探讨抗癌活性肽对胆囊癌GBC-SD细胞作用的机制。     

肝硬化及肝癌组织共同差异基因表达的筛选

目的 筛选肝硬化和肝细胞癌(HCC)共同表达的差异基因.方法 按TRIzol法分别抽提2例肝硬化、2例HCC和1例正常肝组织总RNA,逆转录合成掺人生物素标记cDNA合成探针,应用基因芯片进行肝硬化及HCC的相关基因表达谱差异分析,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较三种组织基因表达谱差异.结果 发现2例肝硬化组织中共有1424条基因(9.82%)表达差片;2例HCC组织中共有2756条基因(19.01%)表达差异;而2例肝硬化与2例HCC组织中有851条基因(5.87%)共同表达差异,其中共同上调基因有649条,共同下调基因有202条.结论 基因芯片技术能快速筛选肝硬化及HCC相关基因,分析这些共同差异性表达的基因,为阐明肝硬化及HCC复杂的生物学特性与基因表达之间的内在联系,寻找识别肿瘤的标记物提供了可能.     

非毒性结节性甲状腺肿蛋白质表达差异的初步研究

目的：比较非毒性结节性甲状腺（NTNG）组织和正常甲状腺组织整体蛋白质表达,以研究非毒性结节性甲状腺组织蛋白质表达差异。方法提取NTNG甲状腺组织和正常甲状腺组织总蛋白,利用双向凝胶电泳技术分离各组总蛋白;经MALDI- TOF / TOF质谱分析,搜索数据库,寻找匹配的相关蛋白质,鉴定蛋白质,获得差异蛋白质的信息。结果经过初步筛选和质谱分析共获得9个具有统计学意义的表达差异蛋白点,其中4个在非毒性结节性甲状腺高表达,5个低表达。结论 NTNG与正常腺体组织间存在多种差异表达的蛋白质,可能通过细胞外基质、细胞因子、受体信号转细胞信号传递等参与NTNG的发生和发展。     

高密度Oligo基因芯片检测榄香烯对胶质瘤U251细胞凋亡相关基因的影响

目的应用高密度Oligo基因芯片技术检测榄香烯对胶质瘤U251细胞凋亡相关基因的影响。方法实验分2组,实验组用含有终浓度为0.062mg/ml榄香烯作用于U251细胞24h,对照组为未行任何处理的U251细胞。抽提2组U251细胞的总RNA并逆转录合成Cy5、Cy3标记的cDNA,混合后杂交含22000个人类基因的人类高密度Oligo基因芯片,经过洗片和扫描,获得荧光信号图像并用计算机分析,随机抽取4种差异表达基因用PCR验证。结果按差异显著性标准,从22000条基因中筛选出差异表达基因179条,其中11个凋亡相关基因表达上调,15个凋亡相关基因表达下调。主要包括细胞周期蛋白、细胞凋亡、细胞骨架和运动蛋白等相关基因。结论榄香烯能够影响胶质瘤细胞相关凋亡基因的改变,而基因芯片技术有效分析其基因表达谱,有助于认识胶质瘤药物治疗的机制。     

四氯化碳损伤小鼠肝脏基因表达谱的变化四氯化碳损伤小鼠肝脏基因表达谱的变化

目的研究CCl₄肝损伤小鼠肝脏的基因表达谱，筛选与CCl₄肝损伤相关的基因网络，探讨其肝损伤机制。方法提取小鼠的肝组织总RNA，经反转录分别用Cy3和Cy5荧光标记，制备用于芯片杂交的cDNA探针；cDNA探针与联合基因公司BioStarM-141S小鼠基因表达谱芯片进行杂交，结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果 在CCl₄肝损伤小鼠的基因表达谱中，有379条基因发生了差异性表达(2.69％)。其中，163条基因表达量明显上调，另外216条基因表达量明显下调。结论CCl₄引起小鼠肝脏基因表达谱变化，利用小鼠基因表达谱芯片能大规模、高通量筛选与CCl₄肝损伤相关基因，对进一步阐明CCl₄及类似的化学肝毒物对肝脏的损伤机制有十分重要的意义。     

增殖诱导配体基因在桥本氏病中的表达

目的探讨APRIL基因在桥本氏病中的表达与临床意义。方法采用实时荧光定量PCR(RFQ-PCR)技术检测正常甲状腺组织和桥本氏病甲状腺组织中APRILmRNA的表达情况,分析APRIL基因表达与桥本氏病之间的关系。结果APRILmRNA在桥本氏病甲状腺组织中的表达水平显著高于正常甲状腺组织(P<0.01)。结论APRIL基因在桥本氏病的发生过程中可能具有重要功能。     

盐酸小檗碱致大鼠肝脏代谢相关基因表达变化的基因芯片研究

目的　研究小檗碱对大鼠肝脏基因表达谱的影响。方法　大鼠予以盐酸小檗碱灌胃 6d ,摘取肝脏提取总RNA。用Cy3和Cy5两种荧光物质分别标记阴性对照组和盐酸小檗碱组肝组织cDNA ,制备成探针与表达谱芯片进行杂交 ,获得的荧光信号图像用计算机扫描后进行数据分析 ,计算每点的Cy5和Cy3信号强度比值。结果　在被检测的 4 0 96个基因中 ,盐酸小檗碱组差异表达基因 2 36个 ,与代谢相关的差异表达基因共 32个 ,其中表达上调的代谢相关基因 8个 ,包括大鼠环核苷酸磷酸二酯酶、异柠檬酸脱氢酶 3、心肌黄酶和葡萄糖 6 磷酸酶等。表达下调的代谢相关基因 2 4个 ,包括尿苷二磷酸 葡糖醛酰转移酶、细胞色素P4 5 0 2E1、谷胱甘肽S 转移酶 1、16 α 碳腈孕烯醇酮诱导的细胞色素P4 5 0酶和S 腺苷 L 甲硫氨酸脱羧酶等。结论　小檗碱的降血糖、抗肿瘤作用以及与其他药物的相互作用可能与一系列代谢相关基因的表达变化有关     

蛋白芯片筛查卵巢癌与正常卵巢组织间的差异表达蛋白

目的采用蛋白抗体芯片筛选上皮性卵巢癌的差异表达蛋白。方法选取7例卵巢上皮性癌混合样品及其配对的正常卵巢组织混合样品,经Cy3和Cy5双色荧光标记后与含有512种已知蛋白质的单克隆抗体芯片杂交,根据杂交荧光信号强度计算内源标准化信噪比（INR）,以INR〉2.0或〈0.7为临界值,筛查出卵巢癌与正常卵巢组织间的差异表达蛋白群。结果发现31种卵巢癌与正常卵巢组织间明显差异表达的蛋白质,多数参与了细胞的转录、增殖、信号传导和凋亡等过程,其中17种为高表达,14种为低表达。结论卵巢癌的发生是一系列分子变化积累的结果,涉及到多个分子和信号通路的异常改变。     

基因芯片技术筛选宫颈癌相关基因

目的:利用基因芯片技术对原发性宫颈癌标本进行分析,以期探讨宫颈癌基因组中存在的癌基因表达的变异,确定与宫颈癌相关的候选原癌或抑癌基因,为宫颈癌致病机理的研究提供新的线索和依据。方法:对原发性宫颈癌标本组织和正常对照组织进行mRNA抽提,分别给予荧光素Cy5和Cy3标记以制备cDNA探针,并与基因芯片进行杂交和分析。结果:在原发性宫颈癌标本组织中共筛选出存在表达差异的原癌或抑癌基因共11条,占候选基因的3.4%,其中表达明显下降的基因7条,上调基因4条。结论:运用基因芯片技术筛选出与宫颈癌相关的候选原癌或抑癌基因,为宫颈癌致病机理的研究提供新的线索和依据。     

应用基因芯片研究盐酸小檗碱对大鼠肝脏肿瘤及免疫相关基因表达的影响

目的：研究小檗碱对大鼠肝脏肿瘤及免疫相关基因表达谱的影响.方法：大鼠予以盐酸小檗碱灌胃 6 d,摘取肝脏提取总RNA.用Cy3和Cy5两种荧光物质分别标记阴性对照组和盐酸小檗碱组肝组织mRNA,制备成探针与表达谱芯片进行杂交,获得的荧光信号图像用计算机扫描后进行数据分析,计算每点的Cy5和Cy3信号强度比值.结果：在被检测的4 096个基因中,盐酸小檗碱组差异表达基因236个,与肿瘤及免疫相关的差异表达基因共22个,其中表达上调的相关基因9个,包括细胞色素P450 17、KAI1基因、结合蛋白/细胞粘附样分子（Opcml）、白介素6、肾特异性蛋白、白介素2受体、α2-巨球蛋白等.表达下调的相关基因13个,包括细胞色素 P450 2E1、睾丸细胞粘附分子1、S-腺苷-L-甲硫氨酸脱羧酶、去唾液酸糖蛋白受体、肿瘤蛋白翻译调节因子1 （Tpt1）、特异性细胞毒性靶抗原、S100 钙结合蛋白A9等.结论：小檗碱的抗肿瘤和免疫调节作用可能与一系列肿瘤及免疫相关基因的表达变化有关.     

利用基因芯片筛选藜芦定碱对SH-SY5Y细胞神经毒性相关基因

目的利用基因芯片技术研究藜芦定碱对SH-SY5Y细胞相关基因表达的影响。方法体外培养神经细胞SH-SY5Y,不同浓度的藜芦定碱作用8 h后,提取细胞总RNA,纯化mRNA后逆转录制备目标序列,与含有29000种人cD-NA的表达谱芯片HOA 5.1杂交,以AXON4000B荧光扫描仪扫描芯片上的荧光信号,获得的荧光信号的强度应用Rosetta ResolverSystem软件进行差异表达谱分析。结果与正常对照组相比,SH-SY5Y细胞受藜芦定碱50,200,800μmol.L-1作用后,显著差异表达基因分别有71,182,77条,其中上调基因分别有45,81,45条,下调基因分别为26,101,32条。差异表达基因涉及细胞物质与能量代谢、线粒体功能相关基因,细胞周期、细胞分化、细胞凋亡及细胞信号传导相关基因。结论采用基因芯片技术筛选藜芦定碱对SH-SY5Y细胞毒性相关基因,寻找藜芦定碱毒性作用的靶基因,可能为藜芦定碱对神经毒性机制研究提供新思路。     

二苯乙烯苷对D-半乳糖拟痴呆小鼠海马基因表达的影响

目的　应用cDNA芯片探索二苯乙烯苷(TSG)干预D 半乳糖皮下注射的拟痴呆 (AD)小鼠海马的靶基因。方法　D 半乳糖 (5 0mg·kg- 1·d- 1,6 0d)皮下注射为模型组 ,造模加TSG (0 .1g·kg- 1·d- 1)灌胃为TSG组 ,对照组只注射相同体积的生理盐水。每组 6只小鼠用Morris水迷宫测试学习记忆能力。取海马组织抽提RNA ,掺入荧光分子Cy3和Cy5逆转录合成cDNA探针。以模型比正常组和TSG比正常组为组合混合探针 ,与两张小鼠 4 0 0 0点cDNA芯片杂交 ,经荧光信号扫描及GenePixPro3.0分析TSG组AD疾病相关基因调控得到改善的基因。结果　TSG可缩短小鼠游至目标的距离和时间 ,说明改善了学习记忆能力。TSG组与模型组表达差异的基因有 2 9条上调 ,12条下调 ,其中与AD相关的有 11条。结论　基因表达结果说明 ,TSG可能使能量代谢与神经营养作用增强 ,炎性反应和转录整体水平下降。     

三七总皂甙对异丙肾上腺素诱导大鼠心肌缺血基因表达谱影响的探讨

目的　研究并阐述三七总皂甙防治冠心病心肌缺血损伤的分子作用机制。方法　应用异丙肾上腺素 (ISOP)复制心肌缺血损伤的动物模型 ,采用光、电镜技术和基因表达芯片技术验证三七总皂甙的作用并探索其分子作用机制。结果　三七总皂甙能够显著减轻异丙肾上腺素所致的大鼠心肌缺血病理损伤程度 ;在基因表达谱的研究中共筛选出 80条差异表达基因 ,其中模型 /正常基因表达谱中筛选出 58条差异表达基因 ,模型 /治疗基因表达谱中筛选出 2 4条差异表达基因。结论　三七总皂甙可能是通过多条途径对多基因的表达进行调控 ,从而发挥其显著抗心肌缺血损伤的作用     

应用基因微矩阵芯片筛选胰腺癌的相关基因

目的 应用基因微矩阵芯片筛选胰腺癌的相关基因.方法 按一步法提取胰腺正常组织及胰腺癌组织总RNA,以包含4096个DNA的基因微矩阵芯片对正常胰腺组织及胰腺癌基因表达谱进行分析.结果 胰腺癌与正常胰腺组织中表达差别有显著意义的基因共有949条,其中胰腺癌下调基因468条,上调基因381条,按其功能分类共有15类.结论 基因微矩阵芯片可有效筛选出胰腺癌的相关基因;胰腺癌的发生发展由多个类型的基因参与调控,而非单一因素所致.     

基因芯片在筛选结肠癌5-Fu、MMC联合用药体外敏感性相关基因中的应用

目的：探讨氟尿嘧啶（5-Fu）联用丝裂霉素（MMC）治疗大肠癌体外发生协同作用或拮抗作用时基因群的表达差异。方法：用TRIzol法抽提5-Fu＋MMC体外存在拮抗作用和协同作用的肠癌组织的总RNA，反转录荧光标记cDNA探针，与人17K基因表达谱cDNA芯片杂交，经严格洗片后扫描芯片荧光信号图像，计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果：在17101条基因中，5-Fu＋MMC体外拮抗作用和协同作用的肠癌组织之间存在差异表达的基因共300条（1．8％），其中上调240条（1．4％），下调60条（0．4％）。表达异常的基因与细胞染色质组蛋白的组成，细胞增殖、转化、癌变，人体免疫功能等相关。结论：微矩阵基因芯片技术具有快速、高通量、高敏感度等特点，结肠癌5-Fu＋MMC体外存在拮抗作用和协同作用的基因差异表达谱的分析为揭示其分子机制提供了新的思路与线索。     

聚类分析在苯中毒患者肿瘤相关基因表达谱研究中的应用

目的:探讨聚类分析方法在苯中毒基因表达谱研究中的应用价值。方法:从7组正常对照及苯中毒患者外周血提取总RNA,逆转录合成cDNA后,体外转录合成生物素标记的mRNA,与含有2780个cDNA克隆的微阵列肿瘤相关基因芯片杂交,经荧光染料标记后,用芯片扫描仪进行图像扫描,经M IDA S分析软件将扫描的图像信息转化为数据,对样本和基因做聚类分析。结果:重度苯中毒和再障患者的基因表达谱和轻、中度中毒的表达谱明显不同,且具有相似功能的基因具有相似的表达模式。结论:聚类分析方法能根据基因表达谱,将样本进行疾病类型分类,将基因进行功能分类,为苯中毒的早期诊断和预后评估的生物标记物研究提供科学依据。     

AnnexinⅡ在肝细胞癌中的表达

目的研究钙磷脂结合蛋白Ⅱ(AnnexinⅡ)在肝细胞癌中的表达意义。方法以肝细胞癌组织和非肿瘤肝组织进行抑制差减杂交技术(SSH),构建正、反向差减杂交文库,差减片断的PCR产物制备c DNA芯片,筛选出肝细胞癌组织中差异表达基因。使用荧光实时定量技术验证芯片结果 ,免疫组化方法分析AnnexinⅡ在肝细胞癌和正常肝组织中的表达。结果 AnnexinⅡ在肝细胞癌中呈现高表达,在肝细胞癌和癌旁肝硬化组织中也呈现高表达,正常肝脏组织没有表达,低分化肝细胞癌中具有增高的趋势。结论在肝细胞癌的检查和诊断期间,AnnexinⅡ可以作为检测标准之一,观察患者肝细胞恶化或转移、侵袭的情况。     

玉米赤霉烯酮对MCF-7细胞肿瘤相关基因表达的影响

目的观察真菌类环境雌激素玉米赤霉烯酮(zearalenone,ZEA)对雌激素依赖性乳腺癌细胞MCF-7肿瘤相关基因表达的影响,初步探讨ZEA与乳腺癌发生、发展的关系及其作用机制。方法在同等条件下,溶剂对照组(ethanol,EtOH)和32×10-9mol/L ZEA对MCF-7细胞分别处理72h,收集细胞并提取细胞总mRNA,用Cy5和Cy3两种不同荧光染料通过逆转录反应将mRNA分别标记成两种探针,并与载有一组靶基因的人肿瘤相关基因表达谱芯片进行杂交,经计算机扫描分析得出这些基因在经ZEA处理前后的表达差异。结果筛选出包括与细胞增殖、细胞凋亡、细胞转化、应激反应、肿瘤逃逸等相关表达差异的基因共15条,其中4条基因下调(主要是抑癌基因和调节细胞增殖、凋亡相关的基因等),11条基因上调(主要是热休克蛋白基因、雌激素反应基因、内源性逆转录病毒基因、HPK/GCK激酶基因及与肿瘤发生、发展密切相关的原癌基因等)。结论ZEA上调基因数目多于下调基因数目,且上调基因多数是促进细胞增殖的基因,还有两个是与肿瘤发生有关的基因,提示ZEA对相关肿瘤的发生发展起着促进作用并具有一定的致癌性。