胶质母细胞瘤基因表达谱及相关基因的聚类研究

目的探讨人脑胶质母细胞瘤发生、发展中相关基因的表达及功能.方法用含13 939种人类基因的BioStarH140S型表达谱芯片,以正常成人脑及不同级别胶质瘤组织总RNA制备的探针杂交芯片;ScanArray 4000扫描芯片荧光信号,提取脑及胶质瘤组织差异基因并进行生物信息分析;用Hierarchical聚类对胶质瘤差异基因进行特征提取;用Northern杂交验证及进行初步功能研究.结果正常脑与18例不同级别胶质瘤组织间筛选出多类差异表达基因,通过生物信息学和Hierarchical聚类,发现α-连环素、微型染色体维护蛋白7、细胞周期素B2、FBX05、着丝粒蛋白F基因与胶质母细胞瘤密切相关,该类基因在低级别胶质瘤中表达差异不明显,但胶质母细胞瘤中表达明显上调.Northern杂交显示该类基因与胶质母细胞瘤密切相关,与芯片结果一致.结论基因表达谱芯片可快速、高效地筛选胶质瘤相关基因,发现的5条基因与胶质母细胞瘤侵袭性强密切相关,可成为判断胶质瘤预后的分子生物学指标.     

胶质母细胞瘤放射治疗前后免疫相关基因研究

目的研究人脑胶质母细胞瘤组织放射治疗后基因表达谱的变化。方法采用BioStarH-141s（2004）型含13929条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,对两例胶质母细胞瘤组织在直线加速器（60Gy）放射治疗前后相关基因表达情况进行检测,并分析它们之间的基因表达差异。结果胶质母细胞瘤放射治疗后与放射治疗前比较,组织表达差异基因共17个,其中上调10个,下调7个。表达差异基因中改变最明显的功能群是免疫系统相关的基因,如SPARC、ID3、HLA-DQA1和HLA-DOA等上调。细胞增殖、细胞调亡、细胞周期、DNA修复系统也有部分基因发生明显变化,如MLL5上调和POLR2B下调等。结论对胶质母细胞瘤组织经直线加速器照射（60Gy）后基因表达谱改变的研究可以更好地阐明其放射敏感性差异机制,为放射治疗前或放射治疗早期寻找预测肿瘤放射敏感性分子标志物提供理论依据。     

胶质母细胞瘤氧化应激相关基因的表达分析

目的 探讨胶质母细胞瘤（GBM）氧化应激关键基因的表达变化。方法 从UCSC Xena数据库下载167例GBM基因表达谱数据（TCGA-GBM）,从GeneCards数据库下载氧化应激基因集（168个氧化应激相关基因）;通过富集分析确定差异表达基因（DEGs）,建立蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络识别关键基因,利用Spearman相关系数对免疫因子和免疫检查点与关键基因进行相关性分析。结果 鉴定出两种与氧化应激相关的GBM分子亚型（Cluster1和Cluster2）,Cluster1型GBM生存期明显高于Cluster2型（P<0.05）。共筛选出54个DEGs,在细胞因子/趋化因子相关功能中显著富集。PPI网络鉴定出10个关键基因,即CSF2、CSF3、CCL7、LCN2、CXCL6、MMP8、CCR8、TNFSF11、IL22RA2和ORM1。大多数免疫因子和免疫检查点与关键基因呈正相关。结论 本文基于氧化应激相关基因将GBM划分为两个亚型,并且筛选出10个氧化应激基因,可能在GBM的发生、发展过程中起重要作用,也可能对GBM预后评估具有一定的价值。     

侵袭性泌乳素腺瘤相关基因及研究方法学进展

垂体腺瘤在颅内肿瘤中发病率仅低于胶质瘤和脑膜瘤,约占所有颅内肿瘤的16.7%。泌乳素(prolactin,PRL)腺瘤是最常见的功能性垂体腺瘤,约占垂体腺瘤总数的25%～41%。侵袭性垂体PRL腺瘤具有侵袭性生长和高PRL分泌的特征。侵袭性垂体PRL腺瘤在发现时通常体积巨大,侵犯重要的神     

胶质母细胞瘤9号染色体肿瘤抑制基因的研究

目的寻找胶质母细胞瘤(GBM)9号染色体上可能存在肿瘤抑制基因的杂合性丢失(LOH)区域,为发现和定位肿瘤抑制基因(TSG)提供线索和依据.方法应用聚合酶链反应(PCR)方法,采用荧光标记引物和377型DNA序列自动分析仪,分析2l例GBM9号染色体上20个微卫星多态性标记的LOH.结果21例GBM中,在14例的9号染色体上检测到LOH,33.0%(93/282)可提供信息位点存在LOH.在9p和9q上存在LoH的GBM分别有14例和10例.在位于9p21-23的D9S286位点以及9p21的D9S285～D9S157位点间区域检测到较高LOH率,分别为52.6%、43.8%～46.7%.结论染色体9p上等位基因的丢失可能在GBM分子水平发病机制中起着重要作用.在9p21-23的D9S286位点、9p21的D9S285～D9S157位点间区域可能存在与GBM相关的多个TSG,可能包括位于9p21上的p16和p15基因,在p16、p15所在染色体区域的远端9p21-23可能存在其他未知的TSG.     

JAZF1对胶质母细胞瘤侵袭和迁徙的影响及分子机制研究

目的探讨JAZF1对脑胶质母细胞瘤（GBM）细胞侵袭、迁徙的作用及相关作用机制。 方法通过挖掘TCGA数据库中不同级别胶质瘤患者JAZF1的转录水平差异以及患者生存曲线差异,然后通过科内收集的胶质瘤样本提取总蛋白进行Western blot实验研究JAZF1蛋白水平在胶质瘤不同级别中的差异,通过Trans-well实验、细胞划痕实验研究JAZF1对胶质瘤细胞侵袭和迁移的影响,通过Western blot实验研究JAZF1对胶质瘤细胞侵袭和迁徙能力的关键分子的影响。 结果（1）Ⅳ级胶质瘤中JAZF1的mRNA、蛋白水平的表达上相较于Ⅱ级和Ⅲ级胶质瘤明显更高,差异具有统计学意义（P<0.05）;（2）JAZF1高表达组患者的中位生存期为13.0个月,而低表达组中位生存期为30.2个月,差异具有统计学意义（P<0.05）;（3）JAZF1表达下降后,U87M细胞的侵袭和迁徙能力均显著下降,差异具有统计学意义（P<0.05）;（4）干扰JAZF1的表达后,p-Akt、MMP9、MMP2的表达水平显著下调,差异均具有统计学意义（P<0.05）,而Akt的表达变化不明显,差异无统计学意义（P>0.05）。 结论JAZF1在GBM中高表达且显著缩短了患者的中位生存期,通过调控Akt的磷酸化水平进一步调控相应信号通路下游的MMP9、MMP2的表达影响GBM的侵袭和迁徙能力。     

MicroRNA与胶质母细胞瘤的相关性研究

MicroRNA(miRNA)是小的非编码RNAs,是各种生物进程的关键调节因子,能够负性调节转录后水平的基因表达。最新的研究证据表明,miRNA在人类恶性肿瘤发展过程中起到了非常重要的作用。近年来,miRNA与脑胶质母细胞瘤(glioblastoma multiforme,GBM)的相关性研究已经取得了很大的进展,如细胞的增殖入侵、胶质瘤干细胞的性能和血管生成等。同时miRNA的发现为治疗提供了新的干预措施,为诊断和判断预后提供了新的工具。本文就GBM中相关miRNA的研究进展进行综述。     

蛋白酶在胶质细胞瘤侵袭性生长中的作用

胶质细胞瘤是颅内发病率最高的肿瘤,临床上胶质细胞瘤侵袭和转移常为患者肿瘤复发、预后欠佳、治疗失败和死亡的首要原因[1].     

侵袭性垂体腺瘤与非侵袭性垂体腺瘤的基因差异表达谱

目的 利用基因芯片研究侵袭性垂体腺瘤与非侵袭性垂体腺瘤的基因差异表达谱.方法 应用Illumina人全基因组基因表达芯片检测6例侵袭性垂体腺瘤以及6例非侵袭性垂体腺瘤组织的基因表达谱,并选择其中差异表达的两个基因进行逆转录一聚合酶链反应RT-PCR验证.结果 基因芯片筛选出差异表达基因153条,包括63条上调表达基因和90条下调表达基因,其中部分差异表达基因是细胞粘附、癌基因、信号传导等的相关基因.对上调基因CDH12(N-cadherin 2)和下调基因KLF4 (Kruppel-like factor 4)行RT-PCR验证结果与芯片结果相符.结论 侵袭性垂体腺瘤与非侵袭性垂体腺瘤的基因表达谱存在差异,其中差异表达基因SERPINE1 (serpin peptidase inhibitor,clade E,member 1)与KLF4可能通过作用于细胞生理过程在垂体腺瘤的侵袭性中发挥着一定作用.     

侵袭颅内嗅神经母细胞瘤

目的 探讨侵袭颅内嗅神经母细胞瘤临床特点及治疗方法。方法 对我院神经外科从2001年7月．2005年8月收治的5例侵袭颅内嗅神经母细胞瘤病人的临床表现、影像学特点、病理学特点，手术治疗进行分析，1例行内镜下经鼻活检，4例手术治疗，分别选择经额入路和经额扩展入路，应用不同方法进行颅底重建。全部病人术后行放疗，1例辅助化疗。术后6-45个月进行随访。结果 4例侵袭颅内肿瘤全部切除，术后鼻塞全部改善，3例术前视力下降者术后视力均有一定程度的改善，术后均未发生脑脊液漏，2例术后出现腰骶段椎管内转移，分别为术后6-8个月。其中1例手术，死亡1例。结论 侵袭颅内的嗅神经母细胞瘤治疗仍然需要多手段进行干预，对侵袭到颅内肿瘤要争取全切除，术后应辅以放疗。     

采用基因芯片技术获取人脑胶质瘤差异表达的基因及一条全长新基因的研究

目的：运用基因芯片技术获取正常成人脑组织与人脑胶质瘤中差异表达的基因,并对其中一条基因进行了初步的研究。方法：抽提正常成人脑组织与人脑胶质瘤组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机二者表达谱的差异情况,对436F11克隆子进行了northern blot,原位杂交和生物信息学分析。结果：通过四次基因芯片筛选,获得15条与胶质瘤相关的新基因,经northern blot证实436F11基因在人正常脑组织中高表达,而在人脑胶质瘤中低表达。原位杂交得到相同的结果。BLASTn和BLASTx分析显示,436F11基因为全长新基因,其编码78个氨基酸,其理论分子量为8648Da,等电点为4．69,与鼠PKIβ69%同源,命名为人PKIβ。结论：基因芯片筛选正常脑组织与人脑胶质瘤差异表达的基因具有样品用量少、高质量、高速度、高敏感等特性。人PKIβ可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因,这为脑胶质瘤的基因治疗提供了一条新思路。     

应用cDNA微阵列分析脊髓损伤后基因表达的差异☆

背景：基因芯片可以大规模地平行检测分析上千个基因的表达模式,克服了传统的一次实验仅能对单个或数个基因表达水平进行分析的局限。 目的：应用含有1 176条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,对大鼠急性脊髓损伤模型中基因表达水平的变化进行动态观察。 方法：雌性SD大鼠70只随机分成正常对照组、手术对照组、损伤4 h,24 h,3 d,7 d,10 d组7组。损伤组切除T7、T8的椎板,并用钢棒从高处自由落下致脊髓损伤。手术对照组仅进行T7、T8椎板切除。正常组和各损伤组于伤后各时间段,手术对照组于术后3 d取T6~T10段脊髓,提取总RNA,运用AtlasImageTM 2.01软件(Clontech)对放射自显影基因表达谱进行分析,各个处理组与正常组相比,灰度值差异超过3倍的基因定为有表达差异。 结果与结论：结果显示共有显著表达差异基因81条,其中表达上调的基因有46条,表达下调的基因有35条,并在国内外首次观察到神经激肽B、神经肽Y、垂体后叶加压素V2受体等数个基因在脊髓损伤中的变化。结果表明利用基因芯片技术结合实验动物模型能大规模、高通量地观察急性脊髓损伤继发性损伤的基因表达谱,筛选疾病相关基因,对进一步阐明疾病在基因水平上的发病机制,有重要的意义。     

Differential gene expression in neural stem cells and oligodendrocyte precursor cells: a cDNA microarray analysis

The use of neural stem cells (NSCs) or their progeny oligodendrocyte precursor cells (OPCs) represents a promising repair strategy for many neurological disorders. However, the molecular events and biological features during the transition from NSCs to OPCs remain unclear. In the present study, we isolated NSCs from the embryonic rat forebrain and induced them into OPCs by using B104 conditioned medium (B104CM) in vitro. We then employed cDNA array technology to compare changes in gene expression between the two cell populations. Among 1,176 genes examined, 40 were differentially expressed, and some of them may be involved in OPC differentiation from NSCs. Our findings thus provide new insights into the molecular basis of differentiation of OPCs from NSCs.     

Molecular markers of extracellular matrix remodeling in glioblastoma vessels: microarray study of laser-captured glioblastoma vessels

Glioblastoma multiforme (GBM) are the most malignant and vascularized brain tumors. The aberrant vascular phenotype of GBM could be exploited for diagnosis or therapeutic targeting. This study identified new molecular markers of GBM vessels, using a combination of laser capture microdissection (LCM) microscopy, RNA amplification, and microarray analyses to compare vessels from nonmalignant human brain and GBM tumors. Forty-two genes were differentially expressed in GBM vessels compared to nonmalignant brain vessels. Validation of differentially expressed genes was performed by literature mining, Q-PCR, and immunohistochemistry. Among the differentially expressed genes, only 64% were previously associated with vessels, angiogenesis, gliomas, and/or cancer. The upregulation of genes encoding secreted extracellular proteins IGFBP7 and SPARC was confirmed by Q-PCR in LCM-captured vessels. Whereas SPARC and IGFBP7 protein were absent in nonmalignant brain vessels, a distinct immunoreactivity patterns were observed in GBM sections whereby SPARC was strongly expressed in perivascular cells adjacent to GBM vessels while GBM endothelial cells were immunostained for IGFBP7. IGFBP7 immunoreactivity was also detected on the abluminal side of GBM vessels deposited between strands of vascular basal lamina. The study discerns unique molecular characteristics of GBM vessels compared with nonmalignant brain vessels that could potentially be used for diagnostic or therapeutic purposes.     

牙釉质细胞型颅咽管瘤基因表达的基因芯片研究

目的建立牙釉质细胞型颅咽管瘤的基因表达谱，筛选差异表达基因，并探讨其与牙釉质细胞型颅咽管瘤的关系。方法采用cDNA微阵列分析牙釉质细胞型颅咽管瘤组织与正常垂体柄组织基因表达谱的变化，应用实时荧光定量PCR技术验证cDNA微阵列检测出差异基因的可靠性，分析牙釉质细胞型颅咽管瘤组织相关基因的差异表达。结果发现釉质细胞型颅咽管瘤与正常垂体组织之间差异性表达基因453条，其中前者表达下调258条，表达下调195条。结论牙釉质细胞型颅咽管瘤的发生可能涉及到细胞转录、细胞增殖、细胞凋亡等诸多方面，其相关基因表达的变化及其临床和病理学意义尚需进一步验证。     

Gene expression in retinoic acid-induced neural tube defects A cDNA microarray analysis

BACKGROUND:Neural tube defects can be induced by abnormal factors in vivo or in vitro during development.However,the molecular mechanisms of neural tube defect induction,and the related gene expression and regulation are still unknown. OBJECTIVE:To compare the differences in gene expression between normal embryos and those with neural tube defects. DESIGN,TIME AND SETTING:A neural development study was performed at the Department of Neurobiology,Third Military Medical University of Chinese PLA between Ja...     

基因芯片在人脑星型细胞瘤基因研究中的初步应用

目的:探索基因芯片在人脑胶质瘤基因表达研究中的应用。方法:通过ＲＴ－ＰＣＲ反转录、同位素标记、基因芯片方法研究５例星型胶质瘤和４例正常脑组织ｍＲＮＡ的表达差异。结果:在 １４ ８９２个可表达顺序片断(ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｔａｇ,ＥＳＴ)中,对照与２个胶质瘤样品间有１０２个差异表达。对照与３级样品间共有３９个显著差异表达基因,与４级样品间共有７８个显著差异表达基因,３级和４级肿瘤有５个共同异常表达基因。结论:基因芯片发现了胶质瘤的异常基因表达谱。     

Identification of maze learning-associated genes in rat hippocampus by cDNA microarray

Long-term memory formation requires de novo RNA and protein synthesis. To assess gene-expression changes associated with learning and memory processes, we used cDNA microarray to analyze hippocampal gene expression in male Fischer-344 rats following training in a multiunit T-maze. Here, we report the identification of 28 clones (18 known genes and 10 ESTs) for which expression increased after the maze learning. Some of the known genes appear to be involved in Ca²⁺ signaling, Ras activation, kinase cascades, and extracellular matrix (ECM) function, which may regulate neural transmission, synaptic plasticity, and neurogenesis. The geneexpression profile presented here provides the groundwork for future, more focused research to elucidate the contribution of these genes in learning and memory processes.     

利用全基因组芯片初步筛选亚类垂体腺瘤特异性相关基因

目的 探讨人类垂体腺瘤发生、发展中相关基因的表达与功能.方法 应用人全基因组寡核苷酸芯片HG-U133A2.0检测8例垂体腺瘤组织(生长激素腺瘤、泌乳素腺瘤、促性腺激素腺瘤以及裸细胞激素腺瘤各2例)和2例混合的正常垂体组织的基因表达谱.差异表达基因进行筛选和生物信息学分析.芯片结果予以qRT-PCR验证.结果与正常对照组比较,与垂体腺瘤发生关联的基因功能上主要涉及分子结合、凋亡或肿瘤相关、代谢、信号传导、细胞周期、物质运输等多个牛物过程.数个差异基因的表达特异性与亚类腺瘤的发展相关.结论 垂体腺瘤的发生、发展是一多基因、多分子、多通路的网络调控过程.但对于各亚类腺瘤,其分子机制不尽相同.