相同来源HIV-1 Env、Gag基因序列变异和宿主基因多态性与疾病进展关系的分析

目的探讨HIV—1基因序列变异和宿主基因多态性与疾病进展的关系。方法PCR方法从外周血细胞中扩增HIV—1 Env、Gag区片段和测序，分析序列变异、糖基化，超突变等指标。RFLP法确定宿主基因多态性。结果未治疗组中，env基因区PCR和克隆序列平均离散率分别为0．1和0．06，差异有统计学意义，治疗组内差异没有统计学意义。V3环顶端序列在未治疗和治疗组中均以GPGQ比例最大（61．5％和39％），治疗组出现稀有多肽序列如GPGH、GQGR、GLGR、12位I／V和21位Y／H变异与疾病快速进展相关。Env区段上进展较快速组（RRP）比典型进展组（TP）的糖基化程度高（平均值分别为14．56和13．20个），差异有统计学意义。Env区段上RRP比TP组GA取代百分率和绝对数平均值都高（8．7％／6．9％和10．1／7．6），差异也有统计学意义。TP组中SDF1—3’A和CCR2V62I基因频率均高于RRP组，但差异没有统计学意义。CX3CR1 V249I／M280T与疾病快速进展没有显著相关性。结论V3区序列主要位点的氨基酸变异、Env区段糖基化程度、GA取代与疾病进展相关。SDF1—3’A、CCR2V641和CX3CR1 2491／280M与疾病进展均无显著相关性。     

细胞色素P4501A1基因多态性与肺癌遗传易感性的研究

探讨细胞色素Ｐ４５０１Ａ１基因型和异亮氨酸－缬氨酸基因型与肺癌易感性的关系。方法以病例－对照的研究方法，采用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ和ＡＳＡ技术检测５９例原发性肺癌、５９例名住院对照和７３名健康对照ＣＹＰ１Ａ１ＭｓｐⅠ和Ｉｌｅ－Ｖａｌ基因型。     

广州地区汉族人群和白血病患者Rb基因P68RS2.0区的遗传多态性

为了解Ｒｂ基因在正常人群和白血病患者中的遗传多态性，作者采用３２Ｐ－标记的Ｒｂ基因Ｐ６８ＲＳ２．０探针分别与４种限制性内切酶消化的广州地区汉族人群和白血病患者ＤＮＡ进行了分子杂交，发现一个新的多态位点：正常人ＥｃｏＲ１３．２ｋｂ和３．４ｋｂ，等位基因频率分别为０．７４和０．２６，杂合子频率为０．３７；白血病患者ＥｃｏＲⅠ３．２ｋｂ和３．４ｋｂ，等位基因频率分别为０．８４和０．１６，杂合子频率为０．２４．为白血病的病因学研究提供了资料。     

大连地区汉族人群HLA-DRB1的遗传多态性研究

目的通过对3387名大连汉族人群人类白细胞抗原(HLA)-DRB1位点进行分型,扩充了大连地区人群的HLA分型数据库,为群体遗传学提供数据积累。方法采用SSO分型试剂盒对HLA-DRB1进行分型,Luminex 100 IS分析系统全自动结果判读和基因分析,所得数据进行统计学分析。结果大连汉族3387人的HLA-DRB1位点共检测到HLA-DRB1等位基因13种,基因型90种。HLA-DRB1最常见的等位基因为HLA-DRB1*15,占16.33%,最常见的基因型为09/15。大连汉族HLA-DRB1等位基因频率与北方汉族比较无显著性差异,与南方汉族、欧洲人、日本人、喀麦隆人之间的比较都具有显著性差异。结论大连地区汉族人群的HLA-DRB1等位基因频率有其独特的分布方式,HLA有地区差异。     

云南九个少数民族人群红细胞PGM_1亚型的遗传多态性

应用超薄层聚丙烯酰凝胶等电聚焦技术，调查了云南９个少数民族（阿昌、德昂、苗、怒、布依、壮、景颇、藏和独龙族）人群红细胞葡萄糖磷酸变位酶－１（ＰＧＭ_１）亚型的多态分布。９个民族ＰＧＭ_１亚型的基因频率范围为：ＰＧＭ_１~（１＋）０．４８９１～０．６７４５，ＰＧＭ_１~（１＋）０．０５６６～０．１７７９，ＰＧＭ_１~（２＋）０．１５３８～０．２４５２，ＰＧＭ_１~（２－）０．０１９０～０．１４８６。除常见的１０种亚型外，在６个民族人群中还发现了１８例变异型。变异型等位基因在布依族和藏族人群中均以多态频率出现，还对被调查群体间的表型分布进行了比较，结果表明，ＰＧＭ_１亚型的分布在上述９个民族中存在着明显的民族间差异。     

早老素1基因多态性与Alzheimer病的相关研究

目的探讨中国人群中早老素１（ＰＳ１）基因多态性与Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ病（ＡＤ）的相关情况。方法应用聚合酶链式反应（ＰＣＲ）和限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）方法,观察了５８例早发性ＡＤ患者、６５例迟发ＡＤ患者、１５７名正常人中的ＰＳ１多态性分布,并对ＡＤ与ＰＳ１基因的各等位基因和基因型进行关联分析。结果（１）早发ＡＤ患者中,ＰＳ１基因２／２型频率显著降低（Ｐ＜０．０５）;等位基因１频率显著升高,等位基因２频率显著降低（Ｐ＜０．０５）。迟发ＡＤ患者与正常对照之间不存在ＰＳ１等位基因和基因型分布的差异。（２）早发ＡＤ与ＰＳ１等位基因１正关联（ＲＲ＝２．２９,Ｐ＜０．０５）,与等位基因２（ＲＲ＝０．４４）和２／２基因型负关联（ＲＲ＝０．２３,Ｐ＜０．０５）;迟发ＡＤ与ＰＳ１各等位基因及等位基因型之间无明显关联。（３）ＡｐｏＥε４型、早发性及女性ＡＤ患者与ＰＳ１基因的相关性尤为显著。结论中国人群中ＰＳ１基因多态性可能仅与早发ＡＤ之间具有关联,而与迟发ＡＤ无关;这种关联具有年龄、性别差别     

中国汉族群体五个STR基因座遗传多态性研究

目的了解中国人５个ＳＴＲ基因座等位片段结构特征,获得汉族群体ＦＧＡ、Ｄ５Ｓ８１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７和Ｄ１６Ｓ５３９基因座的群体遗传数据。方法ＥＤＴＡ抗凝血样采自成都地区无血缘关系汉族个体。Ｃｈｅｌｅｘ法提取ＤＮＡ,ＰＣＲ扩增,非变性聚丙烯酰胺凝胶不连续缓冲系统水平电泳分型,自动激光荧光测序仪测定ＤＮＡ序列。结果序列分析显示,中国人Ｄ５Ｓ８１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７和Ｄ１６Ｓ５３９基因座具有简单重复序列,而ＦＧＡ基因座具有复杂重复序列。５个ＳＴＲ基因座在成都汉族群体中均具有遗传多态性。结论揭示了我国汉族人群５个ＳＴＲ基因座的等位片段结构特征,为人类群体遗传研究提供了数据,建立的不连续缓冲系统水平电泳分型方法为检测这五个ＳＴＲ基因座提供了简便技术。     

中国蒙古族群体六个短串联重复序列位点的遗传多态性

目的　研究6个短串联重复序列(short tandem repeat,STR)位点(VWA、FGA、PENTAE、D6 S10 4 3、D2 S1772、D7S30 4 8)在内蒙古农区蒙古族人群中的基因型及等位片段频率分布,获得相应位点的群体遗传学数据。方法　采用PCR扩增技术及聚丙烯酰胺凝胶电泳方法,对2 93名蒙族个体的6个STR位点的等位基因频率进行了分析。结果　共检出80种等位基因,335种基因型,基因频率分布在0 .0 0 17～0 .2 82 8之间。6个STR位点基因型分布均符合Hardy- Weinberg平衡(P>0 .0 5 ) ,杂合度大于0 .794 5 ,个人识别能力大于0 .916 0 ,非父排除率大于0 .5 919,多态信息含量大于0 .76 17。结论　研究结果对人类群体遗传学及法医学研究具有重要价值,对建立蒙古族民族基因库和进一步研究群体的遗传变异具有重要意义。     

乙型肝炎病毒C区基因多态性的检测分析

目的 探讨乙型肝炎患者和健康携带者乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）C区基因变异规律及其临床意义。方法采用实时荧光定量PCR检测乙肝患者和HBV健康携带者外周血HBV DNA载量;PCR结合DNA测序对HBV C区基因进行多态性检测,并应用DNAstar软件进行比对和分析。结果①与标准株相比,所有标本C区基因序列均出现变异。在≥2例标本中出现的突变31处,包括PreC基因3处,C基因28处;其中9处为错义突变,1处为终止突变,其余21处均为同义突变。nt 1827 c→a和nt 2221 c→t出现在所有标本,有6处同义突变出现于较多标本中。4例乙肝患者标本在nt1896位发生g→a突变,另有4例乙肝患者在HBcAgCTL识别表位84～101处发生2处突变即S87G和I97F或197L。②DNA扩增及测序的成功与否与HBV的DNA拷贝数密切相关,本次研究DNA扩增及测序成功的标本其DNA拷贝数多大于40 193/ml,DNA拷贝数较低的标本不易获得成功。结论HBV基因组极易发生突变,C区基因有2个位点的突变见于所有扩增成功标本,为此研究标本所特有,提示这些突变热点可能具有地域特异性。C区基因变异可引起HBeAg和HBcAg的结构及功能改变,进而导致病毒逃逸机体对病毒的免疫清除作用,或影响HBeAg的检出。     

中国北方汉族HLA基因C位点遗传多态性研究

目的：研究北方汉族人群HLA(人类白细胞抗原)基因c位点的遗传特征。方法：采用序列特异性引物扩增(Polymerase Chain Reaction-Sequence-Specific Primers PCR-SSP)方法对205个样本进行HLA-C及-A、-B基因特异性分析。结果：检出C位点特异性14个，其中Cw*01、*07基因表现频率最高，分别为30．73％和27．80％；血清学方法检测不出的HLA-Cw*12、*14、*15表现频率分别为13．17％、4．88％、8．78％。统计显示显著性连锁不平衡的HLA-B-C单倍型24个，HLAs-A-C单倍型5个。结论：作为中国北方人HLA遗传多态性群体调查，提供了一套比较完整准确的基因频率和连锁不平衡参数，为人类学及疾病相关性等研究提供了较为完整的正常参考数据。     

中国汉族两群体HLA-DQA1基因的遗传构成及有关15群体DQA1基因频率的比较分析

以HLA基因的PCR-RFLP分型方法研究了哈尔滨地区(Hans-H,71例)和上海地区(Hans-S,98例)两个汉族群体HLA-DQA1座位的遗传多态性。共检出8种等位基因。两群体均以DQA1*0301频率最高,而*0401最低(哈尔滨群体未检出),频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。综合分析华人12群体及日本人、高加索人和尼格鲁人等3群体的HLA-DQA1的基因频率显示:卡方总体检验Hans-H及Hans-S与北方华人其它4群体(除维族)间相互无显著差异(P>0.05)),但逐项检验群体间多存在一个至几个基因频率的显著差异(P<0.05～0.001)。总体检验北方华人6群体(包括Hans-S)与南方5群体间均有显著差异(P<0.05～0.001),但满族与南方汉人3群体总体检验无显著差异(P>0.05),而维族与北方华人6群体则有显著差异(P<0.05～0.001)。另外,华人与异族间总体均有非常显著差异(P<0.001),但相对而言,华人(尤其是北方人)与日本人最为接近,华人与高加索人相似性较大,与尼格鲁人差异最大,而高加索人与尼格鲁人差异也较小。并对上述结果进行了讨论。     

中国湖南地区汉族人Y染色体特异性短重复序列多态性研究

为了解中国汉族人群Ｙ染色体特异性短重复序列多态性分布，作者应用聚合酶链反应（ＰＣＲ），用两个Ｙ染色体特异性微卫星：Ｙ－２７Ｈ３９和ＹＣＡⅡ，分析中国湖南地区１３８例汉族人等位基因分布规律，并与北非突尼斯和意大利撒丁岛白种人之等位基因分布情况进行比较。结果显示：（１）Ｙ２７Ｈ３９除已报道的Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ５个等位基因外，又发现２个新的等位基因。湖南地区汉族人以Ｃ占多数，其频率为０．５５９（ｎ＝１１８）；撒丁岛白种人以Ｂ、Ｃ和Ｅ为主，分别为０．２５３，０．２５３和０．２８６（ｎ＝９１），突尼斯人则Ａ和Ｂ居多，分别为０．３８８和０．４０３（ｎ＝６７）；（２）ＹＣＡⅡ在１３８例汉族人中，以３Ｎ，ｂⅠ、ａⅤ，ｂⅣ和ａⅢ、ｂⅠ居绝大多数，其基因单体型频率分别为：０．２８３、０．１８８和０．１８８（ｎ＝１３８），尚未与其他人种的大样本量比较。提示：湖南地区汉族人与其它白种人、黑种人之间Ｙ特异性微卫星等位基因分布特点有明显差别。本研究结果，为人类遗传学提供了资料和研究手段。     

中国汉族人强直性肌营养不良基因CTG重复序列多态性的初步研究

强直性肌营养不良是由于ＭＴ－ＰＫ基因３＇非编码区ＣＴＧ三核苷酸重复序列的过度扩增。文献报道一般正常人ＣＴＧ的拷贝数为５～３５次，而患者在５０次以上，且有民族差异。目前尚无我国人群的资料。为了解中国汉族人群ＣＴＧ三核苷酸重复序列的分布情况，采用ＰＣＲ聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染等技术，对成都地区１５９例正常汉族人该重复序列进行了分析，发现汉族与其它民族ＣＴＧ重复序列的拷贝数分布不尽相同，在分析的３１８条染色体中，共发现１４种等位基因，其中ＣＴＧ拷贝数以５的频率最高，占３９．３％，其余依次为１１拷贝（２０．７５％）、１２拷贝（１８．２４％）、１３拷贝（１１．３２％）及１０拷贝（４．０９）．拷贝数大于１４的等位基因很少，占４．０８％，拷贝数大于１９的等位基因更少，仅占０．９４％。此外拷贝数为６～９的等位基因很少，仅６拷贝和８拷贝的等位基因各一个。共发现纯合子４０例，其中：２６例５／５，６例１１／１１，５例１２／１２和３例１３／１３，杂合率为７４．８％，本系统的多态信息容量值为０．７６。     

江浙沪地区汉人HLA－DQA1基因对重症肌无力的遗传易感性研究

采用一种新的多聚酶链反应－限制性片段长度多态性（ＰＣＲ－ＲＦＬＰ）基因分型法，研究了江浙沪地区中国汉人重症肌无力（ｍｙａｓｔｈｅｎｉａｇｒａｖｉｓ，ＭＧ）４５例和对照组９８例的ＨＬＡ－ＤＱＡ１等位基因。发现ＭＧ的胸腺瘤型和非胸腺瘤型ＤＱＡ１基因遗传背景有所不同，ＨＬＡ－ＤＱＡ１＊０３０１基因参与非胸腺瘤型ＭＧ（尤其是男性组）的遗传易感作用（ＲＲ＝３．６３，Ｐ＜０．０５），家系分析支持群体研究结果。推测了中国汉人ＭＧ可能的ＨＬＡ易感单体型：ＤＱＡ１＊０３０１ＤＱＢ１＊０３０３－ＤＲＢ１＊０９０１和ＤＱＡ１＊０３０１－ＤＱＢ１＊０３０３－ＤＲＢ１＊０４０６．结果从基因分型的角度统一了关于华人ＭＧ与ＨＬＡ相关抗原提法不一致的报道，并揭示了ＭＧ的其它ＨＬＡⅡ系统易感基因ＤＱＢ１＊０３０１、ＤＲＢ１＊０９０１及ＤＲＢ１＊０４０６或ＤＢＲ＊０４０５存在的极大可能性。为进一步分析ＭＧ的遗传易感机理提供了重要依据。     

用PCR－RFLP方法研究江浙沪籍汉族人HLA－DQA1基因多态性

用ＰＣＲ技术扩增了９８例江浙沪籍汉族人ＨＬＡⅡ类ＤＱＡ１基因的第二个外显子，扩增产物经ＡｐａＬＩ，ＢｓａＪＩ，ＦｏｋＩ，ＨｐｈＩ，ＭｂｏⅡ和ＭｎｌＩ酶切分型，测定了江浙沪籍汉族人群８个ＤＱＡ１等位基因的分布频率，ＤＱＡ１＊０３０１为最常见等位基因。     

中国人肺鳞癌nm23H1基因遗传不稳定性的研究

目的 研究nm23H1基因5'端非转录区微卫星位点的微卫星不稳定(MSI)和杂合性缺失(LOH)对肺鳞癌(SLC)nm23H1蛋白表达的影响,以探讨nm23H1基因遗传不稳定性与肺鳞癌进展的关系,为肺鳞癌临床治疗和预后提供实验依据.方法 采用新鲜组织标本抽提DNA,应用荧光PCR-单链构象多态性(FPCR-SSCP)方法、免疫组织化学染色法,Leica-Qwin计算机图像分析等方法,进行nm23H1基因遗传不稳定性的研究.结果 在能提供信息(杂合子)的44例肺鳞癌患者中,MSI、LOH检出率和nm23H1蛋白阳性表达率分别为11.36%、25.00%和50.00%.在TNM Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期中,MSI的检出率分别为8.70%、10.00%和18.18%,而LOH分别为30.43%、20.00%和18.18%;MSI和LOH在淋巴结转移组的检出率为10.00%和20.00%,而无淋巴结转移组则为12.50%和29.17%.然而,以上各组在统计学上均无显著差异(P＞0.05).本研究中所有MSI(共5例)全部发生在分化良好(G1为2例和G2为3例)的存活患者(1年生存率)中,但MSI的检出率与肺鳞癌分化程度及患者生存状态并无统计学上的相关性(P＞0.05).nm23H1蛋白阳性表达率在TNM Ⅰ期(65.22%)、无淋巴结转移组(66.67%)显著高于TNM Ⅲ期(18.18%)、淋巴结转移组(30.00%)(P＜0.05).另外,统计学分析表明,MSI和LOH的检出率与nm23H1蛋白表达无关(P＞0.05).计算机图像定量分析显示,在各临床病理参数影响下,各组nm23H1蛋白的表达强度也没有差异(P＞0.05).结论 nm23H1蛋白可能对抑制肺鳞癌淋巴结转移有重要作用.nm23H1基因5'端非转录区微卫星的MSI和LOH对nm23H1蛋白的表达无影响,也未发现其与肺鳞癌发生、发展具有相关性.     

Machado—Joseph病四个家系的基因连锁定位分析

为了缩短Ｍａｃｈａｄｏ－Ｊｏｓｅｐｈ病（Ｍａｃｈａｄｏ－Ｊｏｓｅｐｈｄｉｓｅａｓｅ，ＭＪＤ）致病基因在第１４号染色体上的定位范围。采用１４号染色体上１３个微卫星ＤＮＡ标记物对４个临床诊断为ＭＪＤ的家系进行连锁定位分析。两点连锁分析表明：ＭＪＤ致病基因与Ｄ１４Ｓ４８（Ｌｏｄｓ＝３．０３，θ＝０．００），ＡＦＭ３４３ｖｆ１（Ｌｏｄｓ＝３．１３，θ＝０．０１），Ｄ１４Ｓ８１（Ｌｏｄｓ＝４．９１，θ＝０．００）呈紧密连锁。多点连锁分析表明，最大峰值位于Ｄ１４Ｓ２８０－ＡＦＭ３４３ｖｆ１之间（Ｚｍａｘ＝８．３７２４，θ＝０．００）。因此，ＭＪＤ基因位于Ｄ１４Ｓ２８０和Ｄ１４Ｓ８１之间，图距为３分摩。     

A major Y-chromosome haplogroup R1b Holocene era founder effect in Central and Western Europe

The phylogenetic relationships of numerous branches within the core Y-chromosome haplogroup R-M207 support a West Asian origin of haplogroup R1b, its initial differentiation there followed by a rapid spread of one of its sub-clades carrying the M269 mutation to Europe. Here, we present phylogeographically resolved data for 2043 M269-derived Y-chromosomes from 118 West Asian and European populations assessed for the M412 SNP that largely separates the majority of Central and West European R1b lineages from those observed in Eastern Europe, the Circum-Uralic region, the Near East, the Caucasus and Pakistan. Within the M412 dichotomy, the major S116 sub-clade shows a frequency peak in the upper Danube basin and Paris area with declining frequency toward Italy, Iberia, Southern France and British Isles. Although this frequency pattern closely approximates the spread of the Linearbandkeramik (LBK), Neolithic culture, an advent leading to a number of pre-historic cultural developments during the past ≤10 thousand years, more complex pre-Neolithic scenarios remain possible for the L23(xM412) components in Southeast Europe and elsewhere.     

Separating the post-Glacial coancestry of European and Asian Y chromosomes within haplogroup R1a

Human Y-chromosome haplogroup structure is largely circumscribed by continental boundaries. One notable exception to this general pattern is the young haplogroup R1a that exhibits post-Glacial coalescent times and relates the paternal ancestry of more than 10% of men in a wide geographic area extending from South Asia to Central East Europe and South Siberia. Its origin and dispersal patterns are poorly understood as no marker has yet been described that would distinguish European R1a chromosomes from Asian. Here we present frequency and haplotype diversity estimates for more than 2000 R1a chromosomes assessed for several newly discovered SNP markers that introduce the onset of informative R1a subdivisions by geography. Marker M434 has a low frequency and a late origin in West Asia bearing witness to recent gene flow over the Arabian Sea. Conversely, marker M458 has a significant frequency in Europe, exceeding 30% in its core area in Eastern Europe and comprising up to 70% of all M17 chromosomes present there. The diversity and frequency profiles of M458 suggest its origin during the early Holocene and a subsequent expansion likely related to a number of prehistoric cultural developments in the region. Its primary frequency and diversity distribution correlates well with some of the major Central and East European river basins where settled farming was established before its spread further eastward. Importantly, the virtual absence of M458 chromosomes outside Europe speaks against substantial patrilineal gene flow from East Europe to Asia, including to India, at least since the mid-Holocene.