贵州仡佬族和苗族人群30个插入/缺失位点遗传多态性分析

目的 调查贵州仡佬族和苗族人群30个插入/缺失(InDel)位点的遗传多态性,并评估其在法医学中的应用价值.方法 用Investigator?DIPplex试剂盒分别对贵州220例仡佬族和207例苗族无关个体外周血样进行30个InDel分型检测,统计分析各位点的频率数据、群体遗传学参数,并与其他地区人群已有数据进行比较.结果 30个InDel位点经Bonferroni校正,其基因型分布在贵州仡佬族和苗族群体均符合Hardy-Weinberg平衡,且不存在连锁不平衡现象;各位点在贵州仡佬族和苗族人群中的累积个体识别率分别为0.99999999934和0.99999999686,三联体累积非父排除率均≥0.9956;30个InDel位点在贵州仡佬族和苗族中均有4个位点的期望杂合度<0.3.通过Genepop 4.2软件计算Fst值,除D111(0.1375)和D118(0.0911)外,其余位点均小于0.06.从Nei's DA遗传距离矩阵分析发现,贵州仡佬族与成都汉族的遗传距离最小(0.0010),贵州苗族与新疆哈萨克族的遗传距离最大(0.0264).结论 Investigator?DIPplex试剂盒中包含的30个InDel位点在贵州仡佬族和苗族人群中具有较好的遗传多态性,可作为个体识别等特殊检案有效的补充体系.     

中国汉族群体36个Y-STR基因座的遗传多态性及突变研究

目的 调查36个Y-STR基因座在中国汉族群体的遗传多态性及突变情况。方法 收集1 137名中国汉族无关男性个体血样和1 075对父子血样(由多实验室搜集自全国22个省市自治区),采用SureID~? PathFinder扩增体系对标本进行扩增,并进行毛细管电泳检测与分型,统计相关遗传多态性参数,观察Y-STR基因座突变情况。结果 在1 137名无关男性个体中共观察到1 130种单体型,其中1 123种单体型为唯一单体型,7种单体型分别出现2次。单体型多样性(HD)为0.999 989 1,系统识别能力(DC)为0.993 843 4。36个Y-STR基因座基因多态性(GD)在0.399 6(DYS391)～0.967 7(DYS385a/b)之间。在1 075个父子对共38 700次等位基因传递中共观察到142次突变事件,其中137次突变事件为一步突变,5次突变事件为二步突变。10个父子对观察到2个基因座同时突变,1个父子对发生3个基因座同时突变。平均突变率为3.7×10~(-3)(95%,CI:3.1×10~(-3)～4.3×10~(-3))。结论 本文36个YSTR基因座中大多数在中国汉族人群中具有较高的遗传多态性,适合法医学应用,高突变率基因座在Y-STR数据库家系查询与父系鉴定应用中应予以关注。     

13个STR基因座在四川人群遗传多态性分布

目的 对四川人群的13个短串联重复（short tandem repeat,STR）基因座进行遗传多态性调查。方法 310份血样采自四川地区无血缘关系个体。Chelex法提取DNA,PCR复合扩增,自动基因分析仪电泳收集电泳结果数据,基因分型软件进行样本基因型分型。结果 13个STR基因座的基因型分布符合Hardy Weinberg平衡。累计非父排除率和累计个人识别率为0.999 991 728和〉0.999 999 999。结论 上述13个STR基因座的累计非父排除率和累计个人识别率较高,适合作为四川人群的遗传标记,用于法医学亲权鉴定和个体识别等领域的研究。     

中国南方汉族非亲缘男性个体Y-STR基因座的遗传多态性

目的了解中国南方汉族非亲缘男性个体ABI YfilerTM系统中17个Y-STR基因座的遗传多态性。方法采用AmpFlSTR YfilerTM PCR复合扩增试剂盒和ABI PrismTM3100基因测序仪基因扫描检测方法,对132份非亲缘男性个体血样的17个Y-STR基因座,进行Y-STR基因检测,统计和分析等位基因频率、单倍型频率以及单倍型多样性。结果在132名非亲缘男性个体中,17个基因座的GD值的分布在0.3554—0.9137之间。检出的单倍型共有131种,其中130种单倍型仅出现1次,单倍型15/12/23/28/16/15/13,13/13/10/11/20/14/12/14/10/18出现2次,单倍型多样性达0.9998。结论中国南方汉族无非亲缘男性个体中17个Y-STR基因座具有丰富的遗传多态性。     

中国汉族人群9个STR基因座的遗传多态性

目的了解STR基因座的多态性,评价其在法医鉴定中的应用价值。方法应用荧光标记试剂盒,对963例中国汉族无关个体的血样DNA进行D18S1364、D12S391、D13S325、D6S1043、D2S1772、D11S2368、D22-GATA198B05、D8S1132和D7S3048 9个基因座的复合扩增,用AB I 3100遗传分析仪对扩增产物进行电泳,GeneM apper 3.1分析软件指定等位基因型。并计算各个基因座的等位基因频率,统计其遗传学参数。结果 9个STR基因座共检出126个等位基因、536种基因型。各个基因座的等位基因数为11~20个,基因频率为0.001~0.289,杂合度为0.818~0.891,三联体非父排除率为0.633~0.777,二联体非父排除率为0.325~0.578,个人识别率为0.927~0.971。9个STR基因座的累积个人识别率为0.999999999999676,三联体累积非父排除率为0.99997665,二联体累积非父排除率为0.99752。经Hardy-W e inberg平衡检验,9个STR基因座均为P>0.05。结论该9个STR基因座在中国汉族人群中均属于多态性程度高的遗传标记,可以作为COD IS系统的补充。     

哈萨克族和土家族人群19个X-STR基因座的遗传学调查及法医学应用

目的调查19个X-STR基因座在新疆哈萨克族和湖北土家族人群中的遗传多态性,评估其法医学应用价值。方法收集211名新疆哈萨克族和456名湖北土家族无关个体外周血样,提取DNA,采用Microreader TM19XID System试剂盒进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,采用3500XL遗传分析仪进行电泳分析,GeneMapper ID-X分析等位基因片段大小。统计分析19个X-STR基因座的等位基因频率和群体遗传学参数,对2个民族之间的分布差异进行分析,并与其他地区已有人群数据进行比较。结果经Bonferroni修正,19个X-STR基因座基因型分布在新疆哈萨克族和湖北土家族群体中符合Hardy-Weinberg平衡定律;基因座之间不存在连锁不平衡现象。这19个X-STR基因座在女性群体的累积个人识别率均大于0.999 999 999 99,在男性群体的累积个人识别率均大于0.999 999 999 94,在三联体中的累积非父排除率均大于0.999 999 999 31,在二联体中的累积非父排除率均大于0.999 999 50。通过Arlequin v3.5软件计算P值,不同人群间X-STR基因座的频率分布差异有统计学意义(P0.05)。结论 19个X-STR基因座在新疆哈萨克族和湖北土家族人群中具有较高的多态性,能达到较高的个体识别能力,可以作为现有STR检验体系的补充。     

中国北方汉族人体肘MTHFR和CBS基因多态性与脑梗死及脑出血遗传相关性的研究

背景：关于MTHFR和CBS基因是否为脑血管病易感基因存在争议。目的：研究人体MTHFR和CBS基因多态性与脑梗死及脑出血的遗传相关性。设计：病例对照研究。地点和对象：中国北方汉族人群中选取54例脑梗死患者(脑梗死组)、27例脑出血患者(脑出血组)及96例健康人(对照组)。干预：采用限制性内切酶片段长度多态性方法(PCR-RFLP)。对人的MTHFR基因C677T多态性位点、CBS基因T27796C进行检测。主要观察指标：MTHFR,CBS基因PCR与限制性酶切结果。3组MTHFR,CBS的基因型及等位基因频率分布。结果：MTHFR基因的C677T位点与脑梗死及脑出血均有显著相关，脑梗死组(47．2％)、脑出血组(44．4％)与对照组(60．9％)之间T／C等位基因频率存在差异(r=5．28，4．69，P&;lt;0．05)。TT等位基因型较CC型患脑梗死、脑出血的风险高(OR=2．53；OR=3．0)。CBS基因T27796C多态性位点与脑梗死及脑出血无明显相关(P&;gt;0．05)。结论：MTHFR基因C677T突变位点与脑梗死及脑出血有相关性，MTHFR基因可能是脑卒中的一个易感基因。CB5基因T27796C多态性位点与脑梗死、脑出血无明显相关。     

中国北方汉族人体MTHFR和CBS基因多态性与脑梗死及脑出血遗传相关性的研究

背景关于MTHFR和CBS基因是否为脑血管病易感基因存在争议.目的研究人体MTHFR和CBS基因多态性与脑梗死及脑出血的遗传相关性.设计病例对照研究.地点和对象中国北方汉族人群中选取54例脑梗死患者(脑梗死组)、27例脑出血患者(脑出血组)及96例健康人(对照组).干预采用限制性内切酶片段长度多态性方法(PCR-RFLP).对人的MTHFR基因C677T多态性位点、CBS基因T27796C进行检测.主要观察指标MTHFR,CBS基因PCR与限制性酶切结果.3组MTH-FR,CBS的基因型及等位基因频率分布.结果MTHFR基因的C677T位点与脑梗死及脑出血均有显著相关,脑梗死组(47.2%)、脑出血组(44.4%)与对照组(60.9%)之间T/C等位基因频率存在差异(x2=5.28,4.69,P＜0.05).TT等位基因型较CC型患脑梗死、脑出血的风险高(OR=2.53;OR=3.0).CBS基因T27796C多态性位点与脑梗死及脑出血无明显相关(P＞0.05).结论MTHFR基因C677T突变位点与脑梗死及脑出血有相关性,MTH-FR基因可能是脑卒中的一个易感基因.CBS基因T27796C多态性位点与脑梗死、脑出血无明显相关.     

中国辽宁锡伯族群体3个短串联重复位点的遗传多态性分析

背景:对常染色体STR基因座的多态性的研究可为法医学亲权鉴定提供基础数据.目的:探索辽宁锡伯族D16S539,THO1,D13S317 3个常染色体基因座的遗传多态性,建立锡伯族群体的遗传学基础数据.方法:采集辽宁省沈阳市新城子区黄家乡锡伯族中小学的150名中小学生口腔黏膜细胞,Chelex 100法提取DNA,进行荧光标记PCR扩增,产物在Li-COR 4300基因分析仪上进行电泳,E-seq分析软件计算扩增产物片段相对大小,进行基因型分型.调查辽宁地区锡伯族群体 3个 STR基因座等位基因频率,进行遗传多态性分析.结果与结论:辽宁锡伯族群体中3个STR基因座具有遗传多态性,其基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律.辽宁锡伯族群体中3个STR基因座的杂合度分布在0.769~0.810;个人识别力分布在0.824~0.929,累积个人识别能力为0.999;多态信息量分布在 0.650~0.790;非父排除率分布在0.565~0.790,累积非父排除率为0.979.说明辽宁锡伯族群体3个常染色体STR基因座有较高的非父排除率和个体识别能力,可为法医学亲子鉴定和个体识别及移植配型等遗传学研究提供依据.     

中国辽宁锡伯族群体3个短串联重复位点的遗传多态性分析

背景：对常染色体STR基因座的多态性的研究可为法医学亲权鉴定提供基础数据。目的：探索辽宁锡伯族D16S539,THO1,D13S3173个常染色体基因座的遗传多态性,建立锡伯族群体的遗传学基础数据。方法：采集辽宁省沈阳市新城子区黄家乡锡伯族中小学的150名中小学生口腔黏膜细胞,Chelex100法提取DNA,进行荧光标记PCR扩增,产物在Li-COR4300基因分析仪上进行电泳,E-seq分析软件计算扩增产物片段相对大小,进行基因型分型。调查辽宁地区锡伯族群体3个STR基因座等位基因频率,进行遗传多态性分析。结果与结论：辽宁锡伯族群体中3个STR基因座具有遗传多态性,其基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。辽宁锡伯族群体中3个STR基因座的杂合度分布在0.769~0.810;个人识别力分布在0.824~0.929,累积个人识别能力为0.999;多态信息量分布在0.650~0.790;非父排除率分布在0.565~0.790,累积非父排除率为0.979。说明辽宁锡伯族群体3个常染色体STR基因座有较高的非父排除率和个体识别能力,可为法医学亲子鉴定和个体识别及移植配型等遗传学研究提供依据。     

广州地区非洲籍群体17个Y-STR基因座遗传多态性及群体遗传分析

目的:研究广州地区居住的非洲籍男性无关个体的17个Y染色体上的短串联重复序列(Y-STR)基因座遗传多态性,为法医学DNA检验、鉴定提供基础数据并进行群体遗传分析。方法:使用AmFISTR YfilerTM试剂盒对104份广州地区的非州籍男性无关个体样本进行检测,获得以上样本DYS456,DYS389Ⅰ,DYS389Ⅱ,DYS390,DYS458,DYS19,DYS385a/b,DYS393,DYS391,DYS439,DYS635,DYS392,GATA_H4,DYS437,DYS438,DYS448等17个Y-STR基因座的遗传资料,并与中国汉族和国外有关群体进行群体遗传距离比较,并绘制遗传距离多维尺度分析图。结果:在104个男性无关个体样本中,共检验出98种单倍型,其中有5种单倍型出现了2次,单倍型多样性达0.9991。广州非洲籍群体群体与中国汉族遗传距离RST值最大为0.3576,与纳米比亚人群RST值最小为0.0512。结论:AmFISTR YfilerTM试剂盒所包含的17个Y-STR基因座,在广州地区非洲籍男性群体中具有较高的遗传多态性,所获得的Y-STR数据,在对该群体的法医学个体识别、父权鉴定以及群体遗传分析中具有重要的指导意义。     

壮族非亲缘男性个体中9个短片段Y-STR基因座遗传多态性的研究

本研究探讨中国最大少数民族壮族Y染色体特异短串联重复序列（Y-STR）单倍型的遗传多态性。采用多重PCR扩增和ABIPrism^TM3100基因测序仪荧光检测方法，对85名壮族非亲缘男性个体的9个短片段长度Y—STR基因座，进行基因频率和单倍型频率的调查。结果表明：在85名非亲缘男性个体中，除DYS426基因座多态性较低，其余8个基因座的GD值的分布在0．4387—0．8129之间。9个Y—STR基因座的单倍型共有70种．单倍型多样性达0．9926。结论：壮族非亲缘男性个体Y—STR单倍型的遗传多态性丰富，与我们以往的南方汉族非亲缘男性群体遗传资料相比较，具有显著的差异。     

河南汉族群体3个STR基因座遗传多态性研究

目的:获得中国河南汉族群体D8S384、D21S1409、D16S539 3个短串联重复序列基因座的群体遗传学资料,评价其在法医鉴定的应用价值。方法:收集150例河南地区汉族无关个体的静脉血,EDTA抗凝,采用Chelex法提取DNA,应用聚合酶链反应技术,扩增基因座的短串联重复序列,聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳,银染显色分型。结果:D8S384、D21S1409、D16S539的杂合度分别为0.6850,0.6480,0.8031,个体识别力分别为0.8496,0.7988,0.9397,多态性信息含量分别为0.6321,0.5838,0.7977,非父排除率分别为0.3601,0.5807,0.6020。基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。结论:这3个基因座具有高度遗传多态性,具有较高的应用价值。     

Genetic polymorphisms in MDR1 and CYP3A5 and MDR1 haplotype in mainland Chinese Han, Uygur and Kazakh ethnic groups

BACKGROUND AND OBJECTIVE: The drug transporter MDR1 and the drug metabolizing enzyme CYP3A are the two major biological factors determining the pharmacokinetics of many drugs. The functional MDR1 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and a prevalent CYP3A5 SNP show marked interethnic variation among Orientals, Caucasians and Africans. In this study, we investigated the distribution of MDR1 and CYP3A5 SNPs among mainland Chinese Han, Uygur and Kazakh ethnic groups. METHODS: Genotypes of the MDR1 C1236T, G2677T/A and C3435T, and CYP3A5*3, CYP3AP1*3 SNPs were determined in 434 unrelated healthy subjects (165 Chinese Han, 161 Chinese Uygur and 108 Chinese Kazakh) using polymerase chain reaction followed by restriction fragment length polymorphism analysis. RESULTS AND DISCUSSION: A significantly higher MDR1 3435T variant frequency was observed in Uygur (52.8%), than in Kazakh (39.8%) and Han (37.9%) Chinese (P < 0.01, Fisher's exact test). There was no significant difference in MDR1 1236T and 2677T/A variant frequencies between Han, Uygur and Kazakh. CYP3A5*3 (G) allele was observed at intermediate frequencies in Uygur (84.8%) and Kazakh (86.6%), relative to Han (72.7%) and values previously reported in Caucasians (91.7%). The CYP3AP1*3 (A) allele was strongly linked to CYP3A5*3 in Chinese Han, Uygur and Kazakh. CONCLUSION: Significant interethnic differences in MDR1 haplotype and CYP3A5 variant frequencies exist between mainland Chinese Han and Caucasians, and the intermediate frequencies observed in Chinese Uygur and Kazakh might be due to the genetic admixture of Eurasians and Orientals.     

中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1及-DQA1基因多态性的研究

目的调查中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1等位基因多态性。方法 2017年6月-12月应用PCR-SBT测序分型法对1 000名健康无血缘关系的南方汉族人群外周血样(于2016年8月-2017年5月收集)进行HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因测序分型。HLA-DPA1和-DPB1基因采用自行设计的引物同步扩增检测第2、3外显子,HLA-DQA1检测第1～4外显子。电泳序列导入uTYPE 7.2 HLA分析软件判定基因型。采用直接计数法计算等位基因的分布频率。结果在1 000人份南方汉族无关个体HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1测序分型所获的序列中,无背景信号和杂峰。共检出6种HLA-DPA1等位基因,频率由高到低依次为DPA1~*02∶02 (0.541)>DPA1~*01∶03 (0.340)>DPA1~*02∶01 (0.095)>DPA1~*04∶01 (0.021)>DPA1~*02∶07 (0.003)>DPA1~*01∶04 (0.002);共检出HLA-DPB1等位基因33种,频率较高的前4种等位基因依次为DPB1~*05∶01(0.401)、DPB1~*02∶01(0.165)、DPB1~*04∶01(0.085)、DPB1~*02∶02(0.071);共检出19种HLA-DQA1等位基因,频率较高的前4种等位基因依次为DQA1~*01∶02(0.196)、DQA1~*03∶02(0.144)、DQA1~*01∶03(0.087)和DQA1~*06∶01(0.085)。结论本文获得了南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因多态性数据,可为人类学、群体遗传学、疾病关联研究等提供重要参考数据。     

四川汉族人群15个短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的获得15个短串联重复(short tandem repeat,STR)基因座在四川汉族人群中的群体遗传学数据。方法654份血样采自四川地区无血缘关系的汉族个体。Chelex法提取DNA,PCR复合扩增,自动基因分析仪电泳,收集电泳结果数据,基因扫描分析软件计算扩增产物片段相对大小,基因分型软件进行样本基因型分型。结果全部样本的每个STR基因座都获得了清晰的基因型分型结果。15个STR基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。15个STR基因座的杂合度介于0.6101—0.8654之间。累计非父排除率和累计个人识别率为0.999998766和>0.999999999。结论经1次扩增电泳可获得15个STR基因座的基因型分型结果,累计非父排除率和累计个人识别率较高,适合作为四川汉族人群的遗传标记,用于人类学、疾病连锁分析、法医学亲权鉴定和个体识别等领域的研究。     

6个Y染色体STR基因座遗传多态性及其在亲子鉴定中的应用

目的为研究中国南方汉族人群DYS393等6个Y-STR基因座的遗传多态性并用于法医学鉴定。方法采用PCR复合扩增和基因测序仪荧光检测方法,检查204个无关男性个体,调查南方汉族的6个Y-STR基因座的单倍型频率,并对93对真父子和38对非父子的亲子鉴定样本进行检测。结果DYS393基因座检出5个等位基因,DYS19基因座检出6个等位基因,DYS385Ⅱ基因座检出8个等位基因,DYS390基因座检出6个等位基因,有1DYS391基因座检出4个等位基因,DYS385基因座检出44个等位基因,共检出177种单倍型。93对真父子中,观察到2例分别有1个基因座突变。检测38对非父子,有1个或2个Y-STR基因座排除的案例各有1例(2.6%);有3个和3个以上的Y-STR基因座可以排除父子关系的案例为35例(92.1%);6个Y-STR基因座不能排除父子关系的为1例。结论本研究中的6个Y-STR基历座具有丰富的遗传多态性,可用于法医学个体识别和亲子鉴定。     

6个Y染色体STR基因座遗传多态性及其在亲子鉴定中的应用

目的为研究中国南方汉族人群DYS393等6个Y-STR基因座的遗传多态性并用于法医学鉴定.方法采用PCR复合扩增和基因测序仪荧光检测方法,检查204个无关男性个体,调查南方汉族的6个Y-STR基因座的单倍型频率,并对93对真父子和38对非父子的亲子鉴定样本进行检测.结果 DYS393基因座检出5个等位基因,DYS19基因座检出6个等位基因,DYS385Ⅱ基因座检出8个等位基因,DYS390基因座检出6个等位基因,有1DYS391基因座检出4个等位基因,DYS385基因座检出44个等位基因,共检出177种单倍型.93对真父子中,观察到2例分别有1个基因座突变.检测38对非父子,有1个或2个Y-STR基因座排除的案例各有1例(2.6%);有3个和3个以上的Y-STR基因座可以排除父子关系的案例为35例(92.1%);6个Y-STR基因座不能排除父子关系的为1例.结论本研究中的6个Y-STR基历座具有丰富的遗传多态性,可用于法医学个体识别和亲子鉴定.     

中国汉族人群维生素D受体基因3′区域单核苷酸多态性与前列腺癌基因危险性的关系

背景前列腺癌发病率有显著的种族差异,近来已有研究报告显示维生素D受体基因(vitamin D receptor gene,VDRG)多态性与前列腺癌的发病危险性有关,但大多集中在高发病的欧美人群.目的研究低发病的中国汉族人群VDRG单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与前列腺癌的关系,探讨前列腺癌发病种族差异的原因.设计非随机对照研究.地点和对象329受试者(103例前列腺癌患者、112例前列腺增生及114例对照者)外周血标本,采集自北京大学第一医院.所有受试者来自北方地区的汉族人群,均知情同意.干预收集中国北方地区汉族人群103例前列腺癌患者、112例前列腺增生及114例对照者外周血标本,应用基于PCR的限制性酶切片段长度多态(restriction fragment length polymorphism,RFLP)和变性高效液相色谱(denaturing high performance liquid chxomatograpy,DHPLC)方法,检测VDRG 3′区域三个单核苷酸多态位点TaqI,BsmI和ApaI,并对该位点SNP分布进行分析.主要观察指标VDRG 3′区域三个单核苷酸多态位点TaqI,BsmI和ApaI在病例与对照组中的分布,VDRG SNP分布与中国汉族人群前列腺癌发病危险及疾病进展的关系.结果VDRG 3′区域三个SNP位点基因型和等位基因在北方地区汉族前列腺癌患者及对照中的分布频率无显著差异(P＞0.05),但TaqI和BsmI位点基因型频率分布与高发患者群相比有显著不同.器官局限性前列腺癌组(T1～T2)Tt基因型以及携带等位基因A的纯合子(AA)或杂合子(Aa)的频率明显高于对照组(P＜0.05),此外,在低分级组(Gleason＜7)携带等位基因A的纯合子(AA)或杂合子(Aa)的频率明显高于对照组(P=0.031).结论结果显示VDRG 3′区域多态性在低发病的中国汉族人群与前列腺癌发病危险无关,但VDRG多态性在预测前列腺癌疾病进展有一定作用,TaqI和BsmI位点基因型频率分布与高发患者群有明显差异,可能是前列腺癌发病种族差异的原因之一.