新疆喀什地区结核分枝杆菌分离株氧氟沙星耐药基因gyrA突变位点分析

目的了解新疆喀什地区、石河子地区及华东地区结核分枝杆菌临床分离株对氧氟沙星的耐药性,分析耐药相关基因gyrA喹诺酮耐药决定区(QRDR)突变的位置及类型,以比例法药敏试验为参照,评价DNA测序技术检测氧氟沙星耐药的效率。方法采用比例法药敏试验检测191株结核分枝杆菌临床分离株对氧氟沙星药物的耐药性;对喹诺酮类药物耐药相关基因gyrA的QRDR区进行扩增与测序,分析耐药相关突变位点。以药敏试验结果为标准,通过Kappa值评价DNA测序和药敏试验在结核分枝杆菌临床分离株氧氟沙星耐药检测的一致性。结果 191株临床分离株结核分枝杆菌中16株为氧氟沙星耐药株,氧氟沙星总耐药率为8.37%。对gyrA基因QRDR区域扩增后测序,共发现4个位点存在突变;分别是第56、74、90、94位密码子。其中,第56位密码子处由CTC→CTG,为同义突变。74位密码子突变均发生在喀什分离株,由GCC→GTA,氨基酸由Ala突变为Val;90位密码子由GCG→GTG,氨基酸由Ala突变为Val;94位密码子突变占临床分离株耐药位点突变的71%,共发现GAC→TAC、GAC→GCC、GAC→GGC3种突变类型,第94位氨基酸Asp分别突变为Thr、Ala、Gly。与药敏试验结果比较,DNA测序对结核分枝杆菌临床分离株氧氟沙星耐药检测具有高度一致性(Kappa=0.895)。结论 gyrA基因第74、90、94位密码子的突变与结核分枝杆菌对氧氟沙星药耐药有关,喀什分离株存在74位新突变位点。用DNA测序技术分析结核分枝杆菌gyrA基因氧氟沙星耐药相关突变对判断结核分枝杆菌氧氟沙星类药物耐药性具有较高的灵敏度和特异性,可为结核分枝杆菌氟沙星耐药性诊断提供依据。     

结核分枝杆菌耐喹诺酮临床分离株gyrA基因突变的研究

目的 了解结核分枝杆菌喹诺酮(quinolones)耐药株耐药基因突变情况，评价其应用价值。方法 通过16S rRNA聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术分析77株分枝杆菌临床分离株；通过PCR-SSCP和直接测序技术分析结核分枝杆菌的gyrA基因突变的情况。结果 75株为结核分枝杆菌复合群。30株喹诺酮敏感株的gyrA基因的SSCP图谱中，11株与H37Rv相同，19株与卡介苗相同；与卡介苗gyrA基因的SSCP图谱相同的敏感株95位密码子为ACC，与H37Rv该图谱相同的敏感株95位密码子为AGC。45株喹诺酮耐药株中，34株(75．6％)gvrA基因SSCP图谱泳动异常，对25株泳动异常、出现频率较高耐药株测序证实15株(44．1％)为94位密码子GAC→GGC突变；10株(29．4％)为90位密码子GCG→GTG的突变。结论 结核分枝杆菌耐喹诺酮与gyrA基因突变有关，PCR-SSCP可能成为测定结核分枝杆菌耐喹诺酮类药基因型的快速、简便的方法。     

结核分枝杆菌耐喹诺酮临床分离株gyrA基因突变的研究

目的　了解结核分枝杆菌喹诺酮 (quinolones)耐药株耐药基因突变情况,评价其应用价值。方法 通过 16SrRNA聚合酶链反应-单链构象多态性 (PCR SSCP)技术分析 77株分枝杆菌临床分离株;通过PCR SSCP和直接测序技术分析结核分枝杆菌的gyrA基因突变的情况。 结果 75株为结核分枝杆菌复合群。 30株喹诺酮敏感株的 gyrA基因的SSCP图谱中,11株与H₃₇R_v相同,19株与卡介苗相同;与卡介苗 gyrA基因的SSCP图谱相同的敏感株 95位密码子为ACC,与H₃₇R_v该图谱相同的敏感株 95位密码子为AGC。 45株喹诺酮耐药株中,34株 (75.6%) gyrA基因SSCP图谱泳动异常,对 25株泳动异常、出现频率较高耐药株测序证实 15株 (44.1%)为 94位密码子GAC→GGC突变;10株 (29.4%)为 90位密码子GCG→GTG的突变。结论 结核分枝杆菌耐喹诺酮与 gyrA基因突变有关,PCR SSCP可能成为测定结核分枝杆菌耐喹诺酮类药基因型的快速、简便的方法。     

左氧氟沙星对结核分枝杆菌耐氧氟沙星临床分离株的抗菌活性分析

为了解左氧氟沙星对结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)耐氧氟沙星临床分离株的抗菌活性,我们对2008年1月至6月上海市肺科医院收治的肺结核患者痰MTB耐氧氟沙是星临床分离株行左氧氟沙星最低抑菌浓度(MIC)测定.现将结果报道分析如下.     

青岛地区左氧氟沙星耐药结核分枝杆菌gyrA基因突变特征分析

目的 分析青岛地区左氧氟沙星耐药结核分枝杆菌gyrA基因突变特征.方法 DNA测序法收集来自青岛地区46株左氧氟沙星耐药的结核分枝杆菌和14株左氧氟沙星敏感的结核分枝杆菌,应用PCR-DNA测疗法对其gyrA基因片段（包含90～94位点）进行分析.结果 14株左氧氟沙星敏感菌株中均未发生gyrA基因90～94位点突变;46株左氧氟沙星耐药菌株中有42株发生了gyrA基因90 ～ 94位点突变,突变率为91.30％ （42/46）,90位点突变率21.74％ （10/46）,91位点突变率8.70％ （4/46）,94位点突变率47.83％ （22/46）,90位点与94位点联合突变率13.05％（6/46）.结论 青岛地区左氧氟沙星耐药结核分枝杆菌gyrA基因中90～94位点突变对,其中以94位点突变为主.     

耐异烟肼结核分枝杆菌临床分离株耐药相关基因突变研究

目的阐明结核分枝杆菌耐异烟肼临床分离株katG、inhA、ahpC、kasA及oxyR基因突变特点。方法对144株结核分枝杆菌临床分离株(耐异烟肼菌株101株;异烟肼敏感株43株)的katG、inhA、kasA、ahpC及oxyR基因进行DNA片断扩增及DNA序列分析,与GeneBank中结核分枝杆菌标准序列进行比较。结果(1)耐异烟肼菌株中未发现katG完全缺失,81株耐药株(80.2%)katG存在点突变、缺失或插入,其中16个突变位点未见报道;39株(38.6%)耐药株第315位点突变,低耐药菌株(1μg/ml)第315位点突变率显著高于高耐药菌株(10μg/ml;χ2=9.31,P<0.05);58株(57.4%)耐药株第463位点突变。23株(53.3%)敏感株第463位点突变。(2)5株(4.9%)耐药株inhA发生突变。敏感株inhA无突变。(3)3株(2.9%)耐药株ahpC发生突变。敏感株ahpC无突变。(4)17株(16.8%)耐药株kasA发生突变。敏感株中3株菌株Gly312Ser突变。(5)在全部菌株中未发现oxyR基因突变。(6)综合本项研究中各基因的突变情况,共有91株耐异烟肼菌株发生与异烟肼耐药相关的突变。结论本项研究进一步证实了结核分枝杆菌耐异烟肼与katG、inhA、ahpC及kasA基因突变之间的关系,并且提示还有其他机制参与异烟肼耐药。     

220株结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型研究

目的了解结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据。评价两种分型方法在北京地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集北京市结核分枝杆菌临床分离株,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)二种分型方法进行基因分型,结果聚类分析采用BioNu-merics(Version5.0)软件。结果共在北京地区收集到220株结核分枝杆菌临床分离株。采用Spoligotyping分型方法,220株菌可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(non-Beijing family),20种基因型。其中北京家族含有202株菌,占91.82%。北京家族菌株中,典型北京家族菌株占95.05%(192/202),非典型北京家族占4.95%(10/202)。北京家族菌株的耐药率为22.55%(22/98),非北京家族菌株的耐药率为16.67%(1/6),两者间的差异无统计学意义(fisher analysis,P=0.5835>0.05)。采用MLVA分型方法,202株菌可分成5个基因群59种基因型,主要为Beijing family、China2和China3,分别占91.37%、2.73%和4.55%。结论北京地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与耐药性无明显相关性。     

安徽省391株结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型研究

目的 初步探讨安徽省结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的分型及分布特征。方法 选取安徽省结核分枝杆菌391株临床分离菌株,常规培养、收集菌体,提取基因组DNA,采用聚合酶反应（PCR）对15个VNTR位点进行检测分析,基因分型聚类分析采用BioNumerics 5.0软件。结果 经基因聚类分析,可分4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群和Ⅳ群),分别为Ⅰ群占3.32%（13/391）,Ⅱ群占3.07%（12/391）,Ⅲ群所占89.00%（348/391）,Ⅳ群占4.60%（18/391）;共含183个基因型,其中149株为独特类型,余242株分为34簇,其中最大的一簇包含64株（基因型为424343357333544）;研究显示明显的基因多态性,Mtub21和MIRU26位点显示较高多态性（h）,分别为0.591和0.527;ETR-B、ETR-C、ETR-D和MIRU23显示较低多态性,h分别为0.125、0.08、0.124和0.137;基因群分布与药敏间的差异无统计学意义(χ²值分别为0.22、0.00、0.01、0.07,P值均>0.05)。结论 初步证实安徽省结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,以Ⅲ型菌株为主,应加强对此型菌株流行的监控。     

用变性高压液相色谱技术检测耐氧氟沙星的结核分枝杆菌临床株

目的利用变性高压液相色谱（DHPLC）技术快速检测结核分枝杆菌gyrA基因的突变，从而对结核分枝杆菌是否耐受氟喹诺酮类药物做出初步判断。方法提取试验菌株基因组DNA，扩增gyrA基因的氟喹诺酮药物耐受决定区（QRDR）核酸片段；分别与H37Rv标准株（或者含有单纯Ser284突变的临床分离株作为标准）的相应PCR产物混合、杂交后，利用WAVE核苷酸片段分析系统对各杂交产物进行DHPLC检测；序列测定结果与相应的DHPLC检测结果进行比较以验证DHPLC检测的准确性。采用2mg/L的药物浓度进行氧氟沙星（OFLX）药物敏感性试验，确定101株结核分枝杆菌临床分离株对OFLX的敏感性，通过比较药物敏感性和DHPLC检测结果，建立两者之间的对应关系。结果利用DHPLC检测QRDR突变与序列测定具有同样的检出率（100％），两者都能够很好地检测QRDR突变。采用单纯含有Ser284突变的临床分离株代替H37Rv作为标准进行DHPLC检测，可以检测出除Ser284突变点外所有的点突变形式。在101株结核分枝杆菌临床分离株中，有49株对2mg／L OFLX敏感；52株耐受。52株耐药菌株中，有27株能够通过序列测定和DHPLC法得到准确判定。采用含有单纯Ser284突变的临床分离株作为标准进行DHPLC检测菌株的耐药性，检测结果更准确。结论DHPLC法是快速检测出结核分枝杆菌gyrA基因碱基突变的好方法，但是碱基突变与结核分枝杆菌是否耐受氟喹诺酮类药物存复杂的关系，因此该方法应用于临床检测尚需进一步验证。     

结核分枝杆菌102株临床分离株的磷脂酶C编码基因多态性

目的 分析临床分离的结核分枝杆菌中磷脂酶C(PLC)编码基因plcABCD的突变情况,以进一步了解结核分枝杆菌的致病力.方法 102株菌株均分离于结核病患者并准确鉴定.增菌后提取DNA,并对plcABCD 4个基因同时扩增,扩增产物经电泳后分析基因的突变或缺失.结果 根据plcABCD 4个基因的存在或缺失情况,102株菌可以分为13个基因型,其中31株含有完整的plcABCD所有基因.为plc野生株,占30.39%;71株菌有不同plc基因的缺失,为plc突变株,突变率为69.61%.71株突变型菌株中,只缺失任意1个plc基因的有48株,发生任意2个plc基因缺失或突变的共有14株,发生任意3个plc基因缺失或突变的共有8株,plcABCD基因全缺失的菌株1株.61株菌plcD基因发生了突变,占全部菌株的59.80%,而plcABC基因发生突变则相对较低,分别为全部菌株的15.69%(16/102)、9.80%(10/102)和16.67%(17/102).结论 临床分离的结核分枝杆菌中plcABCD基因存在多态性,其中plcD基因缺失的最多.

Abstract：

Objective To explore and analyze genetic mutations of phospholipase C (PLC)-encoding genes plcABCD among clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis and to provide scientific basis for understanding virulence and pathogenesis of Mycobacterium tuberculosis. Methods A total of 102 isolates from patients with active tuberculosis were identified. Bacterial DNA was extracted. All plcABCD genes were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and checked for deletions or mutations by agarose gel electrophoresis. Results According to presence or absence of plcABCD genes, 102 isolates were divided into 13 genotypes. Thirty-one (30.39%) isolates were plc wild genotype with all plcABCD genes; 71(69. 61%) isolates were plc mutant type with different plc gene deletions. Of 71 plc mutant isolates, 48 missed only one of four plc genes, 14 had deletions of 2 plc genes, 8 were triple mutants and 1 was quadruple mutant. There were 61 (59. 80%) isolates with plcD gene mutation, while the mutation rates of plcA, plcB and plcC genes were lower, which were 15. 69%(16/102), 9. 80%(10/102) and 16. 67%(17/ 102), respectively. Conclusion This study shows great diversity in plcABCD genes among clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis, with the most common of plcD.     

结核分枝杆菌部分耐药相关基因的突变特点

目的分析结核分枝杆菌耐药相关基因的突变特点，评价DNA序列分析用于结核分枝杆菌快速耐药性检测的应用价值。方法利用DNA序列分析检测结核分枝杆菌的KatG、rpoB和gyrA基因片段。结果8681％（79／91）异烟肼耐药株存在katG基因的点突变和／或单碱基插入，最常见的突变形式为R463L，占76．92％（70／91）。90．38％（94／104）的利福平耐药株rrpoB基因耐药决定区（RRDR）发生突变，突变类型有26种，涉及11种氨基酸，突变集中在密码子507～533位。70．49％（86／122）氧氟沙星耐药株在gyrA基因耐药决定区（QRDR）发生突变，突变主要形式为A90V、D94Y、D94N、D94H及S91P。结论耐药相关基因突变的检测可作为临床快速检测结核分枝杆菌耐药性的方法之一。     

武汉地区耐异烟肼结核分枝杆菌临床分离株KatG基因突变的分子特征分析

 结核病是由Mtb感染所致的慢性传染性疾病。近年来，随着MDR和XDR的不断产生，结核病以更严峻的形式威胁着人类的健康。异烟肼（isoniazid，INH）是一个不可或缺的抗结核一线药物。文献报道，异烟肼耐药主要与KatG基因突变密切相关。同时不同分型技术的研究结果显示全世界结核病的流行主要是由几种特殊的Mtb家族所引起，并且不同的基因家族具有独特的分子特征、地区性分布和致病性，其中北京基因型菌株具有更强的毒力、传播力，且与耐药性有关。因此，Mtb北京基因型菌株可能与耐药表型存在一定的联系，但不同区域的研究结果又有所不同。笔者旨在探讨武汉地区Mtb临床分离株耐异烟肼KatG基因突变特点，为进一步研究Mtb耐药机制及耐药结核病的快速检测提供依据；通过对武汉地区Mtb临床分离菌株的基因分型，初步分析北京基因型菌株在武汉地区的流行趋势，并探讨耐异烟肼KatG315基因突变与北京基因型之间的相关性。     

新报道非结核分枝杆菌临床分离株

本文综述了近5年来新报道的24种非结核分枝杆菌所致疾病及分离、鉴定情况,其中5种分别属于快生长分枝杆菌中的2个群,3种属于未分群的快生长分枝杆菌;7种分别属于慢生长分枝杆菌中的4个群,5种属于未分群的慢生长分枝杆菌;另外4种为新命名非结核分枝杆菌。本综述为非结核分枝杆菌病的临床诊断及防控提供了参考。     

新疆结核分枝杆菌临床分离株VNTR基因型的初步研究

目的研究新疆结核分枝杆菌可变数目串联重复序列（variable number tandem repeats,VNTR）基因分型,初步了解其基因型多态性状况及主要流行株。方法在新疆维吾尔自治区胸科医院收集一个连续时间段的结核分枝杆菌临床分离菌株,采用多位点可变数目串联重复序列分析（the Multiple Loci VNTR Analysis, MLVA）方法进行基因分型研究。基因聚类分析采用BioNumerics 5.0数据库软件。结果共收集到结核分枝杆菌临床分离菌株175株,运用MLVA 175株菌可分为8个基因群（分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ）119种基因型,其中Ⅰ群所占比例最大,达69.14%,经与Spoligotyping结果综合分析,I群即是北京家族,Ⅱ群为CAS家族。结论新疆结核分枝杆菌临床菌株存在明显的VNTR基因多态性,主要流行菌株为VNTR Ⅰ群（北京基因型）,首次发现新疆临床菌株中存在CAS家族。     

Spoligotyping对广西地区208株结核分枝杆菌临床分离株的基因分型

目的用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)对广西地区结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,并分析北京家族菌株与耐药的相关性。方法收集广西地区结核分枝杆菌临床分离株,应用Spoligotyping进行基因分型研究和比例法进行药物敏感性检测。基因聚类分析采用BioNumerics软件。统计分析采用χ2检验。结果共在广西地区收集到208株结核分枝杆菌临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)或称北京基因型(Beijinggenotype),和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占55.3%(115/208)和44.7%(93/208),47种基因型,其中36株为独特类型,剩余172株分为11簇。北京家族菌株中,90.4%(104/115)为典型北京家族(TypicalBeijingfamily),非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为39个基因型,31株为独特的基因型。有耐药结果的205株菌株中,北京家族菌株,76.25%(76/113)表现为全敏感,而23.75%(37/113)表现为耐药;非北京家族菌株,75%表现为全敏感,而25%表现耐药,经卡方检验(Chi-SquareTests)(表2),两者间的差异无统计学意义(χ2=2.9721,P>0.05)。结论广西结核分枝杆菌存在明显的基因多态性。本研究证实北京基因型与耐药无明显相关性。     

812株非结核分枝杆菌临床分离株流行病学特征分析

目的探讨非结核分枝杆菌的流行病学特征,为非结核分枝杆菌病防治策略的确立提供依据。方法对广州市结核病肺部肿瘤防治所2004-2009年分枝杆菌培养的实验室资料进行统计分析。结果 (1)6年间,共进行分枝杆菌培养32 906例,6 083例培养阳性。其中:对4 207例进行了结核分枝杆菌复合群与非结核分枝杆菌分群,812株为非结核分枝杆菌,占19.3%。(2)对558株非结核分枝杆菌进行了菌种或复合群鉴定,种群分布达22种,菌种分布前5的顺位为:龟-脓肿分枝杆菌复合群、鸟-胞内分枝杆菌复合群、偶然分枝菌、戈登分枝杆菌和耻垢分枝杆菌。(3)荷菌者男女比例约为3∶2,多为15~74岁患者,其中15~54岁患者占67.3%。结论与广州市前10年相比,非结核分枝杆菌临床分离率有上升趋势,感染人群年龄前移,且以致病性菌种居多,值得重视。     

结核分枝杆菌耐乙胺丁醇分离株emb B基因突变研究

目的探讨结核分枝杆菌对乙胺丁醇（EMB）产生耐药的分子机制,建立直接快速检测结核分枝杆菌EMB药物敏感性的实验方法。方法采用聚合酶链反应（PCR）扩增技术对临床耐乙胺丁醇结核分枝杆菌进行PCR扩增,扩增产物经纯化后,直接进行DNA测序分析。结果 54例临床分离株中,19例为EMB敏感株,35例为EMB耐药株。35例耐药株中13例（37.1%）发生基因突变。13例基因突变皆为错义突变,且有1例同时发生310位和313位突变。结论 embB306位氨基酸Met被置换是结核分枝杆菌对乙胺丁醇产生耐药性的重要机制,测序分析可以确认耐药基因的突变位点,是快速检测耐乙胺丁醇结核分枝杆菌的快速、有效的方法。     

210株结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征研究

目的了解结核分枝杆菌利福平耐药株rpoB基因突变特点。方法对结核分枝杆菌临床分离株包括rpoB基因利福平耐药决定区(RRDR)81个碱基在内的286bp的片段进行PCR-SSCP分析,并对经检测显示有突变的结核分枝杆菌的rpoB基因此扩增区域进行序列测定。结果共对210株结核分枝杆菌临床分离菌株进行了研究,其中利福平耐药株110株,非利福平耐药株40株,敏感株60株。PCR-SSCP检测显示110株利福平耐药株中有75株有突变存在,经测序分析,77.3%(58/75)的菌株发生rpoB基因的单位点突变,主要集中在456位60.3%(35/58)和451位25.9%(15/58);22.7%(25/110)的菌株发生了联合突变。此外,经PCR-SSCP检测,40株非利福平耐药株中有3株发生突变,60株敏感株中有2株发生突变。经直接测序分析突变涉及位点为436位、451位和460位。结论结核分枝杆菌利福平耐药的主要原因是rpoB基因耐药决定区发生突变,其中456位丝氨酸和451位组氨酸是最常见的突变位点。     

重庆市耐多药结核分枝杆菌gyrA与rrs基因突变特征分析

目的分析重庆市耐多药结核分枝杆菌gyrA、rrs基因突变特征及其与氧氟沙星(ofloxacin,Ofx)、卡那霉素耐药(kanamycin,Km)的关系。方法对89株耐多药结核分枝杆菌的Ofx耐药相关基因gyrA和Km耐药相关基因rrs进行序列测定,分析其基因突变特征。结果89株MDR结核分枝杆菌中有50株对Ofx耐药,其中46株(92.00%,46/50)gyrA基因发生突变,突变位点包括74、89、90、91和94位密码子;22株耐Km菌株中,19株(86.36%,19/22)发生rrs基因突变,突变类型均为A1401G。Ofx、Km耐药株的gyrA、rrs基因突变率明显高于相应敏感株的基因突变率,两者之间的差异有统计学意义(χ²=62.937,P<0.001;Fisher双侧P<0.001)。结论gyrA基因90、91、94位密码子突变是重庆市耐多药结核分枝杆菌Ofx耐药的主要机制;rrs基因A1401G突变则是Km耐药的主要原因。