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1.
目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(TCMIP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMANTCM)筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果:银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A~D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS...  相似文献   

2.
目的:通过数据挖掘和网络药理学的方法探讨治疗2型糖尿病气阴两虚证型的方剂,并筛选出关键药物,运用网络药理学的方法分析其作用机制。方法:使用专业检索式在知网和万方数据库中检索符合条件的治疗2型糖尿病气阴两虚证型的文献并提取方剂,使用中医传承计算平台(TCMSP)对方剂中的药物进行分析。筛选出关键药对黄芪-地黄后,通过TCMSP平台搜寻黄芪成分,文献收集地黄有效成分,并运用Pubchem数据获得地黄成分,SMILES导入到结构相似度预测靶点数据库Swiss Target Prediction预测靶点。并通过herb平台补充地黄有效靶点。运用Cytoscape 3.8.2软件进行网络拓扑学分析,构造“中药-成分-靶点”的网络图。运用GeneCards、OMIM平台获取疾病相关靶点,使用“VLOOKUP”函数匹配靶点基因名,筛选药物和疾病交集基因。应用Venny软件获取中药活性化合物作用靶点与糖尿病的交集靶点,通过String平台构建交集靶点之间蛋白互作关系。通过Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。用AutoDock软件通过分子对接验证活性成分与核心靶点的结合能力。结果:...  相似文献   

3.
目的:通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁(Post-stroke Depression, PSD)的潜在活性成分和可能的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和蛋白质序列数据库(Uniprot)筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果:共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...  相似文献   

4.
目的通过网络药理学方法联合GEO 数据库预测黄芪治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的核心 活性成分及靶点,并通过分子对接初步验证。方法利用中药系统药理分析平台(TCMSP)提取黄芪的活性成分 及对应靶点,借助Uniprot 数据库对靶点进行规范化,通过GEO 数据库提取溃疡性结肠炎的差异表达基因,并 利用R 语言筛选药物与疾病的交集基因,分别通过DAVID 数据库、STRING 数据库对交集基因进行富集分析 和蛋白互作分析;通过Cytoscape 软件构建黄芪“活性成分-药物靶点”网络、黄芪治疗溃疡性结肠炎“活性 成分-疾病靶点”网络及蛋白互作网络筛选出核心成分及靶点,借助Auto dock Vina 软件进行分子对接验证, PyMol 软件绘制对接结果图。结果共获得黄芪16 个活性成分,对应189 个作用靶点;GEO 数据库提取获得 溃疡性结肠炎差异表达基因1 355 个;药物与疾病交集基因44 个;富集分析显示多与炎症相关;筛选得到核 心活性成分异鼠李素(Isorhamnetin)和毛蕊异黄酮(Calycosin),核心靶点前列腺素G/H 合成酶2(PTGS2);分子 对接结果表明其核心活性成分与核心靶点之间均有较强的结合活性。结论黄芪中的异鼠李素、毛蕊异黄酮等 主要活性成分可能通过参与炎症相关信号通路及生物功能作用于PTGS2 等疾病靶点,从而发挥治疗溃疡性结 肠炎的效用。  相似文献   

5.
目的:基于网络药理学及分子对接技术分析四神煎治疗膝骨关节炎活性成分及药物分子的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及ETCM数据库筛选四神煎的有效药物成分及对应的靶点基因,使用GeneCards数据库获取膝骨关节炎的疾病靶点,使用R语言Limma包筛选差异表达的基因,接着对药物靶点与疾病靶点、差异表达基因取交集,并使用R语言ClusterProfiler包进行基因本体论(GO)/京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用Cytoscape软件绘制关键靶点-功能、关键靶点-通路的调控网络图;对交集基因、药物活性成分绘制中药药理调控网络;针对交集靶点绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图,并采用Cytoscape进行可视化;最后针对蛋白质-蛋白质相互作用网络中排名居前5位的基因及其对应的活性成分进行分子对接。结果:通过TCMSP及ETCM数据库筛选出药物靶点取并集,去重复后得到四神煎的药物靶点491个,膝骨关节炎的疾病靶点共1 477个;在膝骨关节炎/正常样本之间共存在2 988个差异表达的基因,其中1 539个基因在膝骨关节炎样本中为上调表达,1 449个基...  相似文献   

6.
目的:通过网络药理学和分子对接方法探讨五苓散治疗肝硬化腹水的作用机制。方法:使用R软件结合中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt、GeneCards、OMIM、TTD和DrugBank数据库收集五苓散治疗肝硬化腹水的活性成分和相关靶点。采用Cytoscape 3.8. 0软件筛选关键活性成分并构建中药-活性成分-靶点网络,结合STRING数据库对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析并筛选出核心靶点,使用R软件进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用AutoDock Vina 1.1. 2对核心靶点和度值排名前3位的关键活性成分进行分子对接。结果:五苓散治疗肝硬化腹水有17个靶点,涉及23个活性成分,Cytoscape 3.8. 0软件筛选出β-谷甾醇、(+)-儿茶素、花旗松素、表儿茶素、常春藤皂苷元、3β-乙酰氧基苍术酮等关键活性成分,以及胱天蛋白酶3 (CASP3)、CASP8、热休克蛋白90α (HSP90AA1)、环氧合酶2 (PTGS2)、过氧化氢酶(CAT)和雌激素受体1 (ESR1)等核心靶点。GO分...  相似文献   

7.
目的 运用网络药理学方法和分子对接技术分析脑脉泰胶囊治疗脑梗死(Cerebral infarction,CI)的潜在作用机制。方法 通过TCMSP、TCMIP数据库检索、筛选脑脉泰胶囊的活性成分及其作用靶点,通过DrugBank、OMIM、PharmGkb、TTD、DisGeNET数据库筛选脑梗死疾病相关靶点,获取二者的交集靶点,作为脑脉泰胶囊治疗脑梗死的潜在作用靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-潜在作用靶点”网络,并分析网络中的关键活性成分;将交集靶点导入STRING数据库中进行蛋白互作(PPI)网络分析,筛选出潜在核心靶点;同时使用R 4.0.3软件对交集靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析。利用AutoDock Vina软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到140个活性成分及111个潜在作用靶点(交集靶点);获得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、白藜芦醇等关键活性成分;筛选得到IL6、TNF、CXCL8、PTGS2、STAT3、JUN、MAPK1等核心靶点;潜在作用靶点主要富集在IL-17、TNF、HIF-1、MAPK...  相似文献   

8.
目的 基于网络药理学及分子对接探讨灯盏细辛治疗原发性开角型青光眼(POAG)的活性成分、作用靶点、基因功能及信号通路,并结合Meta分析验证灯盏细辛在POAG的有效性。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对灯盏细辛的有效成分及作用靶点进行初步预测,使用Uniprot数据库对靶点信息进行标准化;通过GeneCards、DrugBank、OMIM、DisGeNET、TTD数据库对POAG靶点进行筛选,将药物靶点及疾病靶点进行整合取交集得到灯盏细辛治疗POAG的关键靶点信息,并用Venn图表示;通过String数据库与Cytoscape软件对关键靶点构建蛋白互作网络(PPI),运用R语言对关键靶点进行分析得到核心靶点,并对交集靶点进行基因本体功能分析(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。选取灯盏细辛中的木犀草素、槲皮素等5种关键活性成分和核心靶点通过Discovery Studio2019(DS2019)软件进行分子对接验证;基于Meta分析验证灯盏细辛治疗慢性高眼压模型动物模型在眼压、视网膜神经节细胞(RGC)凋亡的影响。结果(1)靶点:灯盏细辛治疗PO...  相似文献   

9.
目的 通过网络药理学、分子对接技术和体外实验验证研究淫羊藿及其活性成分治疗肝癌的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选淫羊藿的活性成分和作用靶点,利用GeneCards、DrugBank等5个数据库筛选肝癌相关靶点。筛选二者共同的潜在功能靶位,运用Cytoscape 3.9. 0软件构建肝癌-淫羊藿活性成分-靶点网络图,使用R语言进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结合STRING数据库和Cytoscape3.9. 0对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。运用AutoDock、Vina和PyMOL软件对淫羊藿关键成分与核心靶点进行分子对接验证。最后通过体外细胞实验验证网络药理学结果。结果 分析获得19个淫羊藿主要活性成分,淫羊藿与肝癌共同靶点139个,靶点经富集分析得到2 347个GO生物学功能和171条信号通路;分子对接结果显示核心成分与关键靶点均有较高的结合能力。体外实验结果表明核心成分淫羊藿素能显著抑制肝癌细胞系MHCC97H和MHCC97L的增殖,并抑制Bcl-2凋亡调节因子(Bcl-2)和...  相似文献   

10.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨白头翁汤抗结直肠癌的作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选白头翁汤的活性成分和对应靶点,利用疾病靶点数据库查找结直肠癌靶点,并通过venny2.1.0软件得到交集靶点,通过STRING数据库构建靶点互作网络图;采用Cytoscape软件构建方剂-药物-成分-靶点网络,对交集靶点进行GO和KEGG富集分析,最后采用分子对接技术对主要活性成分和关键靶点的结合能力进行验证。结果:白头翁汤包括白头翁、黄连、黄柏、秦皮4个主要活性成分以及182个潜在作用靶点,GO富集分析显示基因富集于2226条生物过程(BP)、70个细胞组成(CC)及197种分子功能(MF);KEGG富集分析提示共同靶点富集于171条通路,分子对接提示主要活性成分与关键靶点具有较好对接活性。结论:白头翁汤对结直肠癌的治疗作用发挥可能与槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇等成分调控TP53、MAPK1、MAPK14、RELA等基因以及影响TNF、IL-17等信号通路相关。  相似文献   

11.
刘瑶  李伟 《中草药》2021,52(18):5599-5607
目的基于微小RNA (microRNA,miRNA)高通量测序技术,探讨黄芪-丹参药对通过调控miRNA改善高血压肾损害的作用机制。方法以9只WKY大鼠作为对照组,将自发性高血压大鼠随机分为模型组和黄芪-丹参药对(3.4 g/kg)组,每组9只;黄芪-丹参药对组给予黄芪-丹参药对进行干预,观察各组大鼠血压及肾组织病理变化,并对各组大鼠肾组织进行miRNA测序。结果经黄芪-丹参药对干预4周后,与模型组比较,大鼠血压显著降低(P0.01),大鼠肾小球分叶不明显,系膜区增生减轻。与对照组相比,模型组共筛选出115个差异表达miRNA,其中68个差异表达miRNA上调、47个差异表达miRNA下调;与模型组相比,黄芪-丹参药对组筛选得到91个差异表达miRNA,其中67个差异表达miRNA上调、24个差异表达miRNA下调。差异表达miRNA的qRT-PCR验证结果显示,各组大鼠肾组织miRNA-142-5p、miRNA-3585-5p、miRNA-219a-5p、miRNA-122-5p和miRNA-125b-1-3p表达与miRNA测序结果趋势一致。差异表达miRNA的靶基因预测及功能富集结果显示,基因本体(gene ontology,GO)功能主要富集于阴离子跨膜转运、突触前、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性等方面;京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路主要富集于哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、自噬、单磷酸腺苷活化蛋白激酶(adenosine monophosphate-activated protein kinase,AMPK)信号通路等途径。结论miR-219a-5p、miR-3585-5p和miR-142-5p可能是黄芪-丹参药对延缓高血压肾损害进程的直接靶点。  相似文献   

12.
目的 利用生物信息学方法筛选湿性年龄相关性黄斑变性(wet age-related macular degeneration,w AMD)的氧化应激相关差异表达基因及靶向中药,以期为wAMD的预防和治疗提供新思路。方法 从GEO数据库中筛选数据集,利用R软件limma包筛选差异基因,从Genecard数据库筛选氧化应激差异基因,并利用韦恩图得到共有基因。应用Metascape对氧化应激差异基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,并通过String数据库构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,再通过Cytoscape软件筛选出wAMD中氧化应激的关键(Hub)基因。采用GSE103060数据集验证Hub基因的差异表达。利用Coremine Medical预测靶向中药。结果 经筛选共得到差异表达基因1 874个,其中上调基因747个,下调基因1 127个。KEGG富集分析表明,差异表达基因主要富集于细胞外基...  相似文献   

13.
丹参因含丹参酮类、丹酚酸类、挥发油类、多糖类和含氮化合物等化学成分,具有抗凝血、抗炎、抗氧化、抗纤维化、抗肿瘤、保护脏器的作用,并在中药复方配伍和相关制剂中成为常用中药.在丹参化学成分和药理活性的基础上,从成分特有性、有效性、可测性、可入血成分及网络药理学预测5个不同角度对丹参质量标志物(quality marker,...  相似文献   

14.
15.
丁昕瑶  包永睿  王帅  李天娇  孟宪生 《中草药》2023,54(22):7287-7292
目的 建立以对照药材为基准物质的定性和不依赖多种对照品定量的丹参药材“质-量”双标控制方法。方法 采用HPLC法,以对照药材为基准物质建立丹参特征图谱,通过四极杆-飞行时间质谱(quadrupole-time of flight mass spectrometry,Q-TOF-MS)技术鉴定共有峰的化学成分,以对照药材和供试药材特征峰的相似度,明确药材真伪,即“质”;对内标成分丹酚酸B进行准确定量,以内标成分计,计算不同批次供试品中各特征峰的相对含量,取“平均数-标准差”作为特征峰化学成分相对于内标物质化学成分的相对含量下限,依据特征峰相对含量下限明确丹参药材优劣,即“量”。结果 建立的特征图谱及含量测定方法符合方法学考察要求;确定了6个共有色谱峰,分别为迷迭香酸、紫草酸、丹酚酸B、隐丹参酮、丹参酮I、丹参酮IIA,各供试药材与对照药材的相似度均大于0.90;确定了丹参药材特征峰化学成分相对含量下限。结论 该方法不依赖多种对照品,能清晰、快速地判断药材的真伪优劣,为丹参的质量控制提供参考。  相似文献   

16.
目的 探究肝癌患者的差异基因表达量与预后的相关性,以及差异基因在多种癌症的调控作用,并寻找潜在的治疗靶点以及对应中药,为临床中药的使用、中医药组方及加减用药提供依据.方法 从TCGA数据库下载肿瘤患者的转录组数据以及相应临床数据,使用R语言的edgeR包分析得出差异表达基因,并筛选、分析关键基因在泛癌的表达量及共表达情...  相似文献   

17.
目的 通过生物信息学技术分析皮肤黑色素瘤患者皮肤组织与非癌皮肤组织的基因表达微阵列数据,筛选出皮肤黑色素瘤的差异表达基因,预测可用于诊断和治疗皮肤黑色素瘤的生物标志物及潜在中药。方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)提取GSE3189、GSE114445、GSE46517基因芯片,使用GEO2R工具筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析;使用String数据库构蛋白-蛋白互作网络,应用Cytoscape软件及其插件筛选PPI网络中关键基因,应用GSCA数据库进行关键基因的突变分析。通过Gepia 2.0数据库结合癌症基因组图谱数据集(Cancer Genome Atlas,TCGA)对关键基因进行生存分析。根据度(degree)值和生存分析结果综合筛选出核心基因(集),应用GSCA数据库对核心基因(集)进行泛癌分析和免疫浸润分析,并使用TIMER 2.0数据库对核心基因分别进行免疫浸润分析。使用Coremine Medical数据库预测作用于关键基因的潜在中药。结果 共筛选出DEGs 114个,其中上调基因36个,下调基因78个。上调DEGs主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用、Toll样受体信号等通路,下调DEGs主要富集在细胞黏附、细胞增殖的正调控等方面。15个关键基因为EGFRKPNA2GATA3AURKATYMSPKP1SPP1MMP1KLF4EPCAMKIF23DTLCLDN1LCP2FGFR2,其中共3个基因KPNA2AURKADTL被视为核心基因(集)。潜在治疗中药有丹参、人参、构皮、高良姜、甘草、蓖麻子、油桐叶等。结论 皮肤黑色素瘤中关键基因的突变以FGFR2的错义突变为主,突变方式多为胞嘧啶(C)向胸腺嘧啶(T)的转换。EGFRKPNA2GATA3AURKAPKP1DTLLCP2对皮肤黑色素瘤的生存预后存在显著影响。核心基因集在多种癌症中显著上调,并与自然调节性T细胞(natural regulatory T-cells,nTreg)细胞、树突状细胞、单核细胞等免疫细胞的浸润有关。潜在调控中药包括补虚药、清热解毒药、拔毒生肌药、消肿拔毒药、温里药、健脾利湿药、利水渗湿药、活血化瘀药、安神药9类,在相关古籍中存在对应的中医内外治经验记载,其中药活性成分亦被证明对皮肤黑色素瘤存在一定的调控和抑制作用。  相似文献   

18.
王爱云  陶丽  陆茵  林依平  陈文星  周梁 《中草药》2015,46(9):1399-1404
血管异常增生的疾病如肿瘤治疗要抗血管生成,而缺血性疾病的治疗要促血管生成。肿瘤与缺血后新生血管主要区别在于血管的成熟度和稳定性不同,而血管生成是个复杂的过程。活血化瘀代表中药丹参普遍应用于肿瘤和缺血性疾病。综述近年来对丹参及其水溶性和脂溶性成分影响血管生成的研究进展,丹参各种成分表现出抗血管生成和促血管生成双重调控作用。丹参对血管生成表现出的调控效应可能与实验条件的不同,丹参成分的多样性,血管生成的复杂性,以及不同病理状态下体内分布的差异有关系。  相似文献   

19.
目的 通过数据挖掘、网络药理学及分子对接技术分析含三七的保健食品的组方规律并对其潜在的机制进行研究。方法 通过检索国家市场监督管理总局及药智网含三七的保健食品,采用频数统计和关联规则等方法分析基本信息及组方规律。通过检索TCMSP等数据库、整理相关文献获得三七相关化学成分及潜在靶点;根据保健功能频次分析结果,从GeneCards等数据库中筛选相关的潜在靶点信息;借助R语言相关软件包、String数据库、Cytoscape软件等筛选出关键成分和关键靶点。随后进行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,根据度(degree)值筛选出核心靶点,并进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。最后,利用分子对接技术验证核心靶点和关键成分的作用亲和力。结果 共收集含三七保健食品345个,保健功能频次出现最多的是有助于增强免疫力。获得三七相关化学成分684个,其中有效成分339个及靶基因2 078个,获得免疫力相关的...  相似文献   

20.
刘青松  李微  张怡  陈双兰  谢子妍  李斌 《中草药》2022,53(14):4428-4436
目的 基于数据挖掘分析含柴胡经典方剂的配伍规律,并阐明“柴胡劫肝阴”和配伍高频药物对柴胡“解毒存效”的分子机制,为其临床应用及新药研发提供思路。方法 通过药智数据库、中国期刊全文数据库(CNKI)、万方数据库(Wanfang)和中文科技期刊全文数据库(VIP)对含柴胡方剂进行检索,运用Excel 2019、IBM SPSS Modeler18.0和IBM SPSS26.0软件进行频数分析和聚类分析。利用网络毒理学对“柴胡劫肝阴”的毒性成分、毒性靶点和调控网络进行分析。通过网络药理学构建高频配伍中药和柴胡肝毒性成分-靶点网络图。结果 共筛选82首含柴胡方剂涉及205味中药,共897频次,关联规则分析得到13组关联规则。网络毒理学结果显示,柴胡皂苷和挥发油作为柴胡潜在的毒性成分,得到柴胡潜在毒性靶标298个,肝毒性靶点198个,柴胡致肝毒性潜在靶点20个,相关信号通路61条。网络药理学结果显示甘草和柴胡肝毒性共有靶点5个、通路17条,白芍和柴胡肝毒性共有靶点9个、通路49条,当归和柴胡肝毒性共有靶点2个、通路38条,黄芩和柴胡肝毒性共有靶点5个、通路33条。结论 柴胡分别与甘草、白芍、当归...  相似文献   

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