初步建立真核基因调控元件模块的搜索方法

依据基因调控知识对现有方法进行了综合及改进：(1)在序列搜索方面，结合多序列低分值查询与多个保守片段搜索两种方法获得匹配序列，然后序列相互打分，最后进行聚类分析；(2)在位点搜索方面，综合应用位置权重矩阵、成对寡核苷酸及Smith-Waterman等方法；(3)在分析系统方面，采用面向对象的程序设计方法建立跨平台、可扩展、基于数据库的分析系统。本方法对MHC基因家族的初步分析结果表明，能较准确地找到一些基因调控元件模块所在的区域。     

SLC22A3基因负性调控元件的定位

目的：拟寻找和确定人第6号染色体q26-q27区域的SLC22A3 基因intron7序列中具有重要负性调控功能的核心调控元件的具体序列位置。方法：用基因重组的方法,分别构建intron7截短型野生重组质粒,分段查找该负性调控元件的具体序列位置。以包含人SLC22A3基因全长序列的细菌人工染色体为模板,PCR 扩增所需截短型片段,分别插入荧光素酶报告基因载体pGL3-Promoter,将重组质粒与内参质粒pRL-SV40以50∶1的比例共转染HEK293T细胞,24 h后检测荧光素酶活性（lu－ciferase activity）,通过对比重组质粒和pGL3-Promoter荧光素酶活性,判断插入片段是否具有调控作用,并对发现的元件进行转录因子结合位点预测。结果：截短型野生重组质粒pGL3-pro-SLCi7-NO6,pGL3-pro-SLCi7-NO10,pGL3-pro-SLCi7-NO6.2,pGL3-pro-SLCi7-NO6.3,p-GL3-pro-SLCi7-NO10.2,pGL3-pro-SLCi7-NO6.21,pGL3-pro-SLCi7-NO10.22各组荧光素酶活性较pGL3-Promoter组降低（P<0.05）;而截短型野生重组质粒pGL3-pro-SLCi7-NO6.21-300 bp（P>0.05）和pGL3-pro-SLCi7-NO10.22-300 bp（P >0.05）组荧光素酶活性较pGL3-Promoter组无统计学差异。结论：人类第6号染色体q26-q27区域的SLC22A3基因intron7序列中存在2个负性调控元件,为今后进一步对SLC22A3基因蛋表达调控方面的研究提供了理论依据。     

大鼠谷胱甘肽S-转移酶P1基因顺式调控元件的搜寻

目的搜寻大鼠谷胱甘肽Ｓ－转移酶Ｐ１基因（ｒａｔｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅＳ－ｔｒａｎｓ－ｆｅｒａｓｅＰ１，ｒＧＳＴＰ１）上游３．０ｋｂ区域内顺式调控元件。方法采用高灵敏度的荧光素酶报告基因载体，以外切酶Ⅲ（ＥｘｏⅢ）、Ｓ１核酸酶对上述３．０ｋｂ片段进行删切后造成缺失，将所获得的一系列缺失质粒分别转染ＨｅＬａ细胞，测定转染细胞裂解液荧光素酶活性。结果当删切从－２．９ｋｂ进展至－２．３ｋｂ时，荧光素酶活性降低６７％（Ｐ＜０．０５），－２．５ｋｂ～－２．２ｋｂ区域能以不依赖于位置、方向性的方式增强基因表达强度，从－１．８ｋｂ缺失到－１．３ｋｂ时，荧光素酶活性升高４倍（Ｐ＜０．０５）。结论ｒＧＳＴＰ１基因上游在－２．５ｋｂ～－２．２ｋｂ及－１．８ｋｂ～－１．３ｋｂ区域内分别存在增强子元件和负调控序列。     

顺式串联双拷贝DuIFN一γ基因的真核表达

目的:以鸭γ-干扰素(DuIFN-γ)基因为目的基因,研究同一启动子调控下,不同拷贝数的目的基因的表达状况.方法:采用基因重组技术构建含DuIFN-γcDNA单拷贝和双拷贝重组质粒并转入真核细胞COS-7中进行表达.DuIFN-γ活性采用Griess试剂检测.结果:双拷贝重组质粒和单拷贝重组质粒50%最大活性稀释度分别为1:320和1:160.双拷贝重组质粒转染上清稀释10240倍后,仍保留DuIFN-γ活性,而单拷贝重组质粒转染上清经1280倍稀释后,即丧失活性.结论:在同一启动子作用下,顺式插入双拷贝目的基因可明显增强目的基因在真核细胞中的表达量.     

人甲胎蛋白基因转录调控元件的改造

目的 为构建高效利用甲胎蛋白（ＡＦＰ）基因转录调控元件（ＴＲＥｓ）,驱动治疗基因在肝癌细胞中特异性表达的基因治疗载体,对天然人ＡＦＰＴＲＥｓ进行改建和鉴定。方法 采用亚克隆技术,删除了天然人ＡＦＰＴＲＥｓ中含有沉默子活性的－０．８７－－３．０６ｋｂ区域,将具有增强子活性的－３．０６－－５．１ｋｂ片段和调控ＡＦＰ基因表达的启动子“核心”区域＋２９－８７０ｂｐ片段连接,获得经人工改造后的基因转录调控元     

组织特异性表达基因PLUNC调控元件的生物信息学分析

目的 分析组织特异性表达基因PLUNC的调控元件.方法 采用进化足迹法,结合生物信息学工具,预测PLUNC基因的顺式作用元件和反式作用因子.结果 预测的PLUNC基因的转录起始位点位于-1～+10 bp区域间、-29 bp存在TATA盒子,启动子集中在-490 bp～+89 bp内,在人和小鼠PLUNC基因的启动子保守区内存在29个共同的转录因子结合部位及5个增强子.结论 PLUNC基因调控元件的分析可为探讨上呼吸道特异性表达基因的调控机制提供模型.生物信息学技术结合进化足迹法,在基因表达调控机制的研究中具有重要的应用价值.     

人NaDC1基因启动子序列转录调控元件的初步分析

目的 对hNaDC1基因启动子序列转录调控元件进行初步分析.方法 构建hNaDC1基因5'侧翼序列系列缺失质粒,以双荧光素酶报告基因检测系统检测hNaDC1基因5'侧翼区(-2 232/ 136)的转录调控元件与转录调控蛋白之间的相互作用.结果 pGL3-hNaDC1A质粒的转录活性最高,为(2.98±0.45);pGL3-hNaDC1D的转录活性最低,为(0.45±0.14).以pGL3-hNaDC1A质粒的转录活性为基准(100%),其他4种质粒相应的转录活性分别为:pGL3-hNaDC1B 86.7%,pGL3-hNaDC1C 89.4%,pGL3-hNaDC1D 15.8%,pGL3-hNaDC1E 61.2%.MatInspector 5.0软件预测结果显示hNaDC1基因5'侧翼启动子序列共含有22个14种转录因子结合位点.结论 hNaDC1基因5'侧翼区-1 084/-254和-12/ 136区域可能存在有正性作用转录因子的结合位点.     

预测转录调控模块的数学模型

真核生物转录调控的一个重要特征是基因受多个转录因子的联合调控,在联合调控过程中多个位点结合在一起形成调控模块(module).对调控模块的识别是真核基因转录调控机制研究的一个主要任务.利用系统生物学和数学建摸的方法是预测转录调控模块的一种策略,本文对预测转录调控模块中应用的一些数学模型作综述.     

人血栓调节蛋白基因真核表达质粒的构建

目的：构建人血栓调节蛋白(human thrombomodulin，hTM)基因的真核表达质粒，为研究hTM在抗血栓、抗炎症、抗血管增生等方面的作用及其临床应用奠定基础。方法：用PCR法扩增出hTMcDNA表达片段。把载体质粒pcDNA3．1( )／neo和hTM片段用EcoRⅠ HindⅢ双酶切，T4DNA连接酶进行连接。结果：重组质粒在大肠杆菌菌株DH5α内扩增。提取、纯化后用HindⅢ、EcoRⅠ酶切鉴定及测序鉴定证明hTMcDNA表达片段已被完整、正确的插入到pcDNA3．1( )／neo质粒中。结论：成功构建了hTM基因的真核表达质粒pcDNA-hTM。     

Endostatin基因真核表达载体的构建及活性鉴定

目的：构建endostatin基因的真核表达载体,并将其转染C6脑胶质瘤 细胞,探讨其体外抑制血管内皮细胞生长的活性。方法：利用PCR将大鼠血清蛋白分泌信号连接在endostatin基因的碳末端,构建成真核表达载体pcDNA3-Sendostatin,利用Lipofectamine法将其转染C6脑胶质瘤细胞,采用细胞增殖实验进行endostatin表达蛋白体外活性鉴定。结果：成功构建了endostatin基因真核表达载体,转染该载体的C6脑胶质瘤细胞可分泌表达抑制血管内皮细胞增生的endostatin蛋白。结论：endostatin是一种有效的血管生成抑制剂,可进一步用于在体肿瘤的抗血管生成治疗。     

抑癌基因FHIT真核表达质粒的构建

目的 构建抑癌基因FHIT真核表达质粒pHCMVsp1A-FHIT。方法 用限制性内切酶EcoRⅠ酶切抑癌基因FHIT的克隆载体pGEM-FHIT获得FHIT基因片段,长度为0.9kb,将其插入真核表达载体pHCMVsp1A CMV启动子的下游,用HindⅢ酶切鉴定FHIT基因插入方向。结果 PCR扩增及EcoRⅠ、HindⅢ酶切鉴定证实FHIT基因以正确方向插入表达质粒pHCMV1A中。结论 成功构建抑癌基因FHIT真核表达质粒pHCMVsp1A-FHIT,为研究FHIT的抑癌作用提供有效的分子工具。     

2型大麻受体的克隆及真核表达体系的构建

目的 克隆人2型大麻受体(hCB2)基因,并构建相应的稳定表达细胞株.方法 利用人T淋巴细胞株HPB-ALL的总RNA,以RT-PCR及酶切、连接等分子生物学方法克隆hCB2基因于质粒载体pFlag-CMV-3内,以HEK293细胞构建稳定表达细胞株,以Western blot方法利用蛋白标记Flag的单克隆抗体(Anti-Flag)和CB2多克隆抗体(Anti-CB2)同时检测质粒的表达.结果 酶切及测序结果表明hCB2基因克隆成功,Western blot检测结果表明Anti-Flag和Anti-CB2都能检测Flag-hCB2蛋白.结论 成功克隆hCB2基因,并获得稳定表达细胞株,同时证实Anti-CB2多克隆抗体有效.     

人碱性成纤维细胞生长因子基因真核表达质粒的构建

目的：构建人碱性成纤维细胞生长因子（ｈｂＦＧＦ）基因真核表达质粒,为深入研究ｈｂＦＧＦ在组织修复中的分子调节机制及临床应用提供物质基础。方法：含ｈｂＦＧＦ ｃＤＮＡ的ｐＵＣ１８－ｈｂＦＧＦ质粒于大肠杆菌ＪＭ１０９内扩增;提取及纯化ｐＵＣ１８－ｈｂＦＧＦ质粒;经ＤＮＡ序列分析所含ｈｂＦＧＦ ｃＤＮＡ;限制性酶切ｈｂＦＧＦ ｃＤＮＡ片段,连接酶连接到真核表达质粒ｐｃＤＮＡ３－ｎｅｏ内,克隆出真核表达质     

bFGF荧光真核表达载体构建及表达

目的 构建可在哺乳细胞中表达碱性成纤维细胞生长因子(basic fibroblast growth factor,bFGF)的荧光真核表达载体，以便进一步转染成骨细胞，研究bFGF基因转移在骨组织工程学中的应用。方法 应用基因重组技术，将已经克隆的bFGF基因从PBR322－bFGF载体上亚克隆到荧光真核表达载体pEGFP-C3，构建的重组质粒经脂质体介导转染3T3细胞，36h后观察瞬时表达情况。结果 ①酶切、PCR和DNA序列鉴定均证实插入片段的正确性。②荧光显微镜下观察GFP的表达情况，观察到部分经转染的细胞发出绿色荧光；免疫组化检测bFGF的表达分泌情况，结果显示部分经转染的细胞呈阳性（棕色颗粒）。结论 成功地构建了bFGF荧光真核表达载体pEGFP-C3-bFGF，并在3T3细胞中表达了bFGF。     

人乙酰肝素酶基因真核表达载体的构建与表达

目的 构建人乙酰肝素酶基因（HPA）的真核表达载体pEGFP-N1/HPA,初步探讨其在人胚肾细胞293T中的表达情况.方法 以pOTB7/HPA质粒为模板,PCR扩增HPA基冈,经限制性内切酶酶切后,连接到pEGFP-N1载体上,并对重组表达载体pEGFP-N1/HPA进行酶切与测序鉴定.用脂质体lipefectmi...     

三叶因子2基因真核表达载体的构建

目的：构建TFF2-pcDNA3．1真核表达载体．方法：应用体外基因拼装方法合成TFF2,然后TA克隆于pGM—T easy载体中．阳性克隆经测序鉴定．再经双酶切消化后,插入真核表达载体pcDNA3．1上,经酶切鉴定与测序证实．结果：合成的TFF2经TA克隆后,筛选得到的阳性克隆,经测序鉴定,与设计的TFF、2基因序列完全一致．经酶切连接并成功插入pcDNA3．1上．结论：成功构建了TFF2基因的真核表达载体,为以后的胃溃疡研究奠定了基础．     

人KiSS-1基因克隆及其真核表达载体的构建

目的:克隆转移抑制基因KiSS-1的不含信号肽的表达序列,构建人KiSS-1基因的真核表达载体.方法:从人正常胰腺组织中提取总RNA,经RT-PCR得到KiSS-1基因开放阅读框cDNA序列,并将其克隆到真核表达载体pcDNA3中,构建真核表达质粒pcDNA3/KiSS-1.结果:经PCR、酶切鉴定和基因序列测定,证实重组入载体pcDNA3的片段为目的基因开放阅读框的核苷酸序列.结论:重组质粒pcDNA3/KiSS-1的成功构建,为该基因相应蛋白质的表达和其抗体的制备研究提供基础.