低氧诱导小胶质细胞代谢进程紊乱的转录组测序分析

目的 利用转录组测序技术和生物信息学分析方法研究低氧对小胶质细胞系BV₂细胞基因表达水平的影响,探讨低氧诱导BV₂细胞代谢紊乱的分子机制。方法 分别对1%(体积分数)低氧和21%(体积分数)常氧处理12 h和24 h的BV₂细胞进行转录组测序,采用生物信息学分析方法筛选显著差异表达基因(DEGs),并对显著DEGs进行聚类分析、基因本体(GO)功能注释分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及蛋白质相互作用网络(PPI)分析。使用Cytoscape软件筛选与代谢相关的排名前10位的关键基因。利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)对关键基因进行验证。结果 低氧处理12 h共筛选860个显著DEGs(|log₂FC|≥1,Q≤0.05),其中672个上调基因,188个下调基因。KEGG和GO分析发现低氧处理后显著DEGs显著富集在细胞周期、HIF-1信号通路、Rap1信号通路、碳代谢、糖酵解/糖异生、果糖和甘露糖代谢、淀粉和蔗糖代谢及氨基酸等代谢进程。低氧组处理24 h共有587个显著D...     

基于GEO和TCGA数据库对肺腺癌差异表达基因的生物信息学分析

目的：采用生物信息学方法筛选影响肺腺癌（LUAD）的关键基因,分析其生物学功能及其对LUAD预后的影响。方法：于高通量基因表达（GEO）数据库下载GSE118370和GSE136043芯片数据,癌症基因组图谱（TCGA）数据库筛选LUAD相关数据。采用R软件分析共同表达的差异表达基因（DEGs）。采用clusterProfile R包对DEGs进行基因本体（GO）功能富集分析,DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络。采用Cytoscape筛选连接度排名前10位的关键基因,GEPIA数据库和人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析正常肺组织和LUAD组织中关键基因mRNA和蛋白表达情况及不同分期LUAD组织中关键基因表达情况。关键基因免疫浸润分析和生存分析获取关键基因表达与患者生存期的相关关系。结果：共筛选DEGs 428个。GO分析,LUAD的DEGs在主要富集于上皮-间质转化（EMT）等生物过程（BP）方面、细胞基部等细胞组分（CC）方面和细胞外基质（ECM）结构形成等分子功能（MF）方面。KEGG分析,...     

骨肉瘤关键基因及免疫浸润的生物信息分析

目的 通过生物信息学方法筛选骨肉瘤潜在的关键基因,并分析其免疫浸润模式。方法 从基因表达综合数据库(GEO)获取与骨肉瘤相关的基因表达谱GSE16088和GSE12865,采用生物信息学方法筛选与骨肉瘤相关的差异表达基因(DEGs),并进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析、免疫细胞浸润分析。通过蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出骨肉瘤潜在的关键基因,利用癌症基因组图谱数据库(TCGA)验证关键基因在骨肉瘤和正常组织样本中的表达情况。结果 共筛选出108个DEGs。GO功能注释和KEGG富集分析显示,DEGs主要富集在整合素结合、细胞外基质(ECM)结构成分、ECM受体相互作用和磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路。巨噬细胞是骨肉瘤最主要的免疫浸润细胞。分泌型磷蛋白1(SPP1)、基质金属肽酶2(MMP2)、赖氨酰氧化酶(LOX)、V型胶原蛋白α(II)链(COL5A2)、黑色素瘤细胞黏附分子(MCAM)5个关键基因在骨肉瘤和正常组织样本中的表达存在差异(P均<0.05)。结论 SPP1、MMP2、LOX、COL5A2、MCAM在骨肉瘤中均上调,可能是骨肉瘤潜在的生物标志物。巨噬细胞是骨肉瘤最主要的免疫浸润细胞,可为骨肉瘤的治疗提供新的方向。     

基于囊性纤维化疾病分子特征及其作用机制的生物信息学分析

目的：筛选囊性纤维化（CF）特异性相关基因,预测其靶基因,并探讨其作用机制。方方法法：从基因表达汇编（GEO）数据库获取CF样本和正常对照样本的高通量芯片数据集GSE71799、GSE24206、GSE98925和GSE69764,并分为CF组和对照组。采用R软件limma包筛选CF组和对照组差异表达基因（DEGs）,使用基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）对DEGs进行功能和通路富集分析,使用基因集富集分析（GSEA）获取DEGs显著富集的基因集,采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络,采用Cytoscape软件可视化并筛选hub基因。结果：GEO数据库获取并筛选共429个DEGs （|log2 (FC)|>1, P<0.05）, CF组中显著高表达DEGs 105个,对照组中显著高表达DEGs 324个。GO富集分析,DEGs主要富集于中性粒细胞介导的免疫、趋化因子活动和细胞黏附分子结合等方面;KEGG通路分析,DEGs主要富集于白细胞介素17 (IL-17)信号通路（P<0.05）。GSEA分析,DEGs主要富集于信号通...     

成人重症哮喘诱导痰差异表达基因生物信息学分析

目的 通过生物信息学技术分析与成人重症哮喘发病可能相关的重要信号通路并筛选出关键基因,以期为重症哮喘的精确诊断及早期干预提供新的理论依据。方法 采用生物信息学方法对重症哮喘患者诱导痰差异表达基因(DEGs)进行筛选和分析。从美国国立生物中心的基因表达汇总(GEO)数据库(https:∥www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)筛选重症哮喘诱导痰样本(GSE137268)数据集,GEO2R工具获取DEGs,R语言ClusterProfiler包用于富集分析,后使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络并用其筛选出关键基因。结果 获得GSE137268数据集,包含33例重症哮喘诱导痰样本(嗜酸性粒细胞哮喘13例,非嗜酸性哮喘20例)和15例正常对照诱导痰样本。共检测到22185个基因,差异表达101个(矫正后P＜0.05及|log₂(差异倍数)|≥0.58),其中70个表达上调,31个表达下调;重症哮喘与正常对照之间的DEGs被富集在42个不同的基因本体(GO)子集中,包括HIF-1通路、果糖与甘露糖代谢、PHC2与造血细胞系统等。5个关键基因为JARID、HIST2H2AC、HIST2H2AA3、HIST2H2BE、PHC2。结论 重症哮喘的发生、发展主要与HIF-1通路、果糖与甘露糖代谢、PHC2与造血细胞系统等关键通路及JARID、HIST2H2AC、HIST2H2AA3、HIST2H2BE、PHC2等关键基因密切相关。     

基于生物信息学对成人与青少年皮肌炎差异表达基因及关键通路的分析

目的 通过生物信息学方法筛选成人皮肌炎(adult dermatomyositis, ADM)和青少年皮肌炎(juvenile dermatomyositis, JDM)肌肉组织的核心基因和关键通路，为DM的研究提供新的理论依据。方法 从GEO(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库下载符合筛选标准的基因表达芯片数据，分为ADM组和JDM组。利用R语言的相关软件包对两组数据进行处理，获得差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)并对其进行功能富集分析；利用STRING数据库及Cytoscape软件筛选核心基因并通过ROC曲线加以验证；借助CIBERSORT算法分析ADM组和JDM组免疫细胞浸润情况，使用Spearman相关性分析研究两组核心基因表达量与免疫浸润细胞丰度之间的相关性。结果 ADM组共筛选出552个DEGs,其中上调基因402个，下调基因150个。这些基因主要与信号转导、细胞质和蛋白质结合等方面有关，并富集在Epstein-Barr病毒感染、甲型流感和钙信号等通路上。JDM组共筛选出235个DEGs,上...     

基于生物信息学方法分析 GPCR116基因与肺腺癌的相关性及其作用机制

目的 通过生物信息学分析方法,探讨GPCR116基因与肺腺癌发生、发展的相关性及其作用机制。方法 从GEO数据库下载GSE68465数据集(包含442例肺腺癌组织样本和20例正常组织样本的mRNA数据及基本临床资料)。分析正常组织与肺腺癌组织中GPCR116基因表达量的差异,以及GPCR116基因表达量对肺腺癌患者预后的影响及其与临床特征的相关性;使用基因集富集分析(GSEA)预测GPCR116基因在肺腺癌中参与的信号通路;筛选出差异表达基因(DEGs)进行基因本体论(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,对GPCR116基因与上调和下调最显著的40个DEGs进行相关性分析;构建PPI网络,分析PPI网络的中心节点蛋白,筛选出肺腺癌的关键基因。结果 (1)与正常组织相比,GPCR116基因在肺腺癌组织中的表达量明显升高;GPCR116表达量是肺腺癌患者预后的独立影响因素,GPCR116高表达组的预后较好,且GPCR116基因的表达量与T分期、N分期及吸烟史相关(均P<0.05)。(2)GPCR116基因高表达组主要富集在溶酶体,低表达组主要富集在细胞周...     

骨关节炎的关键通路与免疫细胞浸润模式及中药预测分析

目的 利用生物信息学的方法分析骨关节炎(osteoarthritis, OA)的关键通路与免疫细胞浸润模式及潜在治疗中药。方法 从基因表达综合数据库(GEO)中下载GSE55235基因表达芯片,运用GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因(DEGs)。使用DAVID在线数据库对DEGs进行基因本体富集分析(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书信号通路分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG),通过STRING在线数据库构建蛋白相互作用网络(PPI)。使用Cytoscape软件中的cytoHubba插件筛选核心基因,Coremine Medical数据库预测治疗OA的潜在中药。通过CIBERSORT数据库对人类22种免疫细胞亚型的表达矩阵进行去卷积,分析OA组与对照组免疫细胞浸润情况。结果 共筛选出235个差异基因,其中101个为上调基因,134个为下调基因。GO富集分析主要涉及免疫反应、炎症反应、细胞粘附和凋亡过程等生物过程。KEGG主要富集在TNF信号通路、破骨细胞分化、MAPK信号通路、NF-kappa...     

乙型肝炎病毒相关肝细胞癌关键基因筛选及其与预后关系的生物信息学分析

目的：采用生物信息学方法识别与乙型肝炎病毒相关肝细胞癌（HBV-HCC）的早期诊断和不良预后相关的关键基因,阐明HBV-HCC发生发展的潜在分子机制。方法：从基因表达综合数据库（GEO）中检索“hepatitis Binduced HCC”,下载基因数据集GSE121248,通过R软件中的“limma”数据包筛选差异表达基因（DEGs）,采用“clusterProfiler”数据包对DEGs进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,采用STRING数据库和Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络并筛选关键基因。采用基因表达水平值的交互式分析（GEPIA）、Kaplan Meier-Plotter和人类蛋白质图谱（HPA）数据库验证关键基因及其蛋白质表达水平,采用“CIBERSORT”数据包分析免疫细胞的浸润情况。结果：共筛选出574个DEGs,其中上调基因173个,下调基因401个。GO功能富集分析,DEGs主要富集于小分子代谢、信号转导、免疫应答和炎症反应等生物学过程;KEGG通路富集分析,DEGs主要富集于视黄醇代谢、细胞...     

基于生物信息学分析动脉粥样硬化的关键基因及潜在中药

目的：基于生物信息学预测与动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)相关的关键基因及中药,为AS诊断、药物干预提供新思路。方法：从高通量基因表达(gene expression omnibus, GEO)数据库下载GSE13985和GSE6088的基因表达数据集,在AS和健康样本之间鉴定差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)。随后进行基因本体(Gene Ontology, GO)功能富集分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析,并将筛选出的DEGs排列成蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,利用COREMINE数据库对关键基因进行中药预测。结果：在GSE13985数据集中总共鉴定出2 135个DEGs(744个上调,1 391个下调),在GSE6088数据集中鉴定出1 725个DEGs(773个上调,952个下调)。富集分析涉及98个GO条目(52个BF,28个CC,18个...     

非酒精性脂肪性肝病差异表达基因的筛选和生物信息学分析

目的 应用生物信息学方法筛选和分析非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD)差异表达关键基因,为NAFLD的预防和治疗提供新的思路。方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)中下载2个NAFLD相关的表达矩阵,分别是GSE48452和GSE63067,利用GEO2R在线分析工具分别筛出健康样本和NAFLD样本差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)(P<0.05,｜log₂FC｜>0.5)。采用R4.1.0软件分别筛选出差异表达上下调基因,做出火山图和热图,对共同的差异表达上下调基因做出Venn图。为了了解DEGs的生物学功能和通路,使用DAVID在线工具分别进行基因本体功能(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)信号通路富集分析,以P<0.05为判定标准。使用String 11.5网站对DEGs进行蛋白质相互作用分析,使用Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白质相互作用网络图,筛选功能模块和关键基因。结果 经筛选共获得25个DEGs,其中上调基因7个,下调基因18个。基因本体分析提示,DEGs在中性粒细胞激活、对细胞外刺激的反应、核受体辅助因子的活性、ATP酶活性、细胞-基质交界处、细胞-细胞交界处、细胞周期、内吞作用等方面富集。利用Cytoscape筛选出的关键基因分别是MMP9、IGF1、CHI3L1、CXCL10、CDKN1A、CCL20、IGFBP2、NRG1。结论 通过生物信息学分析获得的8个NAFLD疾病相关特征差异表达关键基因,旨在为更深入研究NAFLD的发病机制及潜在治疗靶点提供方向。     

与肺腺癌发病相关的关键基因筛选及其功能分析

目的 采用美国肿瘤与癌症基因组图谱(Tumor and Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库分析肺腺癌的组织与正常人体组织的差异基因,寻找与肺腺癌发病相关的关键基因,为临床早期诊断肺腺癌提供参考。方法 在R语言环境下,用limma包处理从TCGA数据库下载的肺腺癌mRNA转录组数据与临床数据,其中mRNA转录组数据包含正常组织59例,肺腺癌组织535例,共594例样本。对数据进行差异表达分析,筛选log₂FC排名前200位的基因,并对其进行GO和KEGG富集分析。对FDR值排序,选取排名前200位的mRNA差异基因并构建蛋白互作网络图。将网络节点降序排列并寻找关键基因,以关键基因中位值为界将其分为低表达组与高表达组,并进行生存分析。将生存分析中差异有统计学意义的关键基因根据Stage分期进行分组,并进行差异分析以明确关键基因在临床早期与随疾病分期进展的表达情况。结果 筛选出5526个差异表达基因。GO富集分析结果表明,其生物过程主要在多细胞生物过程等功能富集。KEGG富集分析结果则显示,其生物过程主要在神经活性配体-受体相互作用等方面发挥作用...     

区分肺腺癌和肺鳞状细胞癌的潜在基因分析

目的 对非小细胞肺癌(NSCLC)潜在基因进行分析,寻找区分肺腺癌(LUAD)和肺鳞状细胞癌(LUSC)的相关基因,探索NSCLC诊断与治疗的更有效方法。方法 利用3个基因表达综合(GEO)数据库(GSE4882、GSE7339和GSE40275)分析LUAD和LUSC组织样本中的差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)富集分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络来寻找关键枢纽基因。最后在临床样本中验证关键枢纽基因的差异表达。结果 在GSE4882、GSE7339和GSE40275数据集中发现22个LUAD和LUSC的DEGs,通过构建PPI网络发现了6个关键枢纽基因(KRT18、RAN、NME1、NME2、MIF和CFB),进一步在肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中分析枢纽基因表达与生存之间的关系,发现KRT18可能是区分LUAD和LUSC的潜在基因,同时构建了KRT18基因突变与LUAD和LUSC患者预后的风险预测模型。最后采用新乡医学院第一附属医院临床组织样本对KRT18表达进行验证。结论 KRT18可能是区分LUAD和LUSC潜在基因。     

胃癌相关关键基因的筛选及临床价值分析

目的 利用生物信息学筛选胃癌相关关键基因,并探讨关键基因的临床价值。方法 (1)从GEO数据库中获取与人类胃癌相关的3个基因芯片数据集,利用在线分析工具GEO2R获取差异表达基因(DEGs)。针对3个数据集共有的DEGs,利用DAVID数据库进行富集分析,利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络后通过Cytoscape 3.9.1软件筛选关键基因。(2)收集20例胃癌患者的癌组织及癌旁正常组织,利用实时荧光定量PCR法检测关键基因的表达水平。利用GEPIA2数据库分析关键基因在胃癌组织与癌旁正常组织的表达差异,以及在不同病理分期胃癌患者中的表达差异。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析不同关键基因表达水平的胃癌患者的生存情况。结果 (1)共获得461个共同DEGs,包括190个上调DEGs、271个下调DEGs。DEGs主要参与细胞外基质形成、胶原纤维、细胞-基质黏附等生物过程,主要富集在细胞外基质-受体相互作用、蛋白质消化吸收、黏着斑等信号通路。共筛选出5个关键基因,即COL4A1、COL4A2、LUM、COL6A3和SPARC。(2)实时荧光定量...     

基于生物信息学分析痤疮关键基因和免疫浸润机制及潜在的中药干预

目的 通过生物信息学方法探讨痤疮的分子机制及免疫浸润情况,预测治疗痤疮的潜在中药。方法 从基因表达综合数据库(Gene expression omnibus, GEO)数据库中下载微阵列数据集GSE6475和GSE65914,通过分析获得了差异表达基因(Differentially expressed genes, DEGs)。然后对DEGs进行加权共表达分析及基因本体论(Gene Ontology, Go)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析,利用STRING在线网站和R语言对关键基因进行排名;并使用CIBERSORT评估了痤疮中免疫细胞的浸润情况。最后将关键基因映射到Coremine数据库中,筛选出治疗痤疮的潜在中药,并通过古今医案云平台分析现代文献中治疗痤疮的用药规律,对预测的中药进行验证。结果 共获得了363个DEGs,根据KEGG通路富集和GO富集分析,这些关键基因主要参与了免疫和炎症过程。主成分分析也显示痤疮与正常组织之间的免疫浸润有显著差异。最终我们确定了6个核心基因(S100A7...     

综合生物信息学方法识别银屑病免疫抑制相关的潜在生物标志物

目的 通过生物信息学方法寻找银屑病的潜在生物标志物,为探讨其发病机制提供理论依据。方法 采用加权基因共表达网络分析和基因集富集分析(GSEA)算法筛选银屑病皮损和非皮损活检样本之间的差异表达基因(DEGs)。基于STRING 11.0数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络并验证DEGs的表达水平。运用CIBERSORT算法分析DEGs与免疫浸润细胞特征基因表达量的相关性。结果 交集得到89个与银屑病发病相关的DEGs。基因本体富集结果显示,DEGs主要与体液免疫反应、能量代谢过程以及趋化因子活性有关。GSEA获得的6条交集通路均受到抑制,分别是嘧啶代谢、利什曼原虫感染、亚油酸代谢、细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路和嘌呤代谢。DEGs与22种免疫细浸润胞的特征基因表达量的相关分析显示,单磷酸胞嘧啶-N-乙酰神经氨酸羟化酶假定蛋白、LOC100506990、神经前体分化调节同系物、原肠(胚)形成糖蛋白、蛋白酪氨酸磷酸酶非受体21、排斥导向分子B、维甲酸相关孤儿受体α、盐诱导激酶1、Wnt家族成员2和锌指蛋白273的表达量均与免疫细胞浸润呈显著负相关(P<0.05)...     

PLAU与MMP1在头颈鳞状细胞癌中的表达及临床预后意义

目的：基于生物信息学方法分析头颈鳞状细胞癌(Head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)关键基因PLAU与MMP1及其临床预后意义。方法：首先，通过基因表达总库(Gene Expression Omnibus,GEO)的GEO2R筛选4组HNSCC基因芯片数据的差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)，并利用Metascape数据库对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Gene and Genome,KEGG)通路富集分析；其次，采用String数据库和Cytoscape软件CytoHubba插件的MCC算法进行蛋白互作网络(Protein-protein interaction,PPI)分析和HUB基因筛选；再次，利用GEPIA数据库分析前10个HUB基因表达量与HNSCC患者预后和临床分期关系；最后，利用TIMER、GEPIA和TISIDB数据库分析关键基因与免疫细胞浸润水平的关系以及临床生信...     

基于生物信息学分析软骨肉瘤的关键基因及发病机制

目的 基于生物信息学分析软骨肉瘤的关键基因及发病机制。方法 从GEO数据库获取人类软骨肉瘤相关基因芯片数据集GSE48418和GSE30835,包含17例软骨肉瘤患者样本和7例健康对照者样本。应用R语言软件进行差异表达基因(DEGs)分析。应用DAVID数据库对两个数据集共同的DEGs进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用STRING数据库及Cytoscape软件，针对共同DEGs构建蛋白-蛋白相互作用网络，并利用Cytoscape软件筛选关键基因。结果 两组芯片数据集的共同DEGs有62个，包含28个表达上调基因和34个表达下调基因。GO功能富集分析结果显示，共同DEGs富集在细胞与基质黏附、细胞与基质黏附的调节、肌细胞迁移、小梁形态发生、小梁组成等生物学过程，富集在含胶原的细胞外基质(ECM)、内质网腔、胶原三聚体等细胞组分，涉及糖胺聚糖结合、ECM结构成分提供的抗压支持、含硫化合物结合等分子功能。KEGG通路富集分析结果显示，DEGs与黏着力、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)、ECM-受体相互作用等信号通路...     

小细胞肺癌潜在治疗靶基因的生物信息学分析

目的:寻找与小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)相关的关键基因和信号通路,筛选SCLC潜在的治疗靶基因.方法:利用基因表达综合数据库中SCLC相关数据集筛选差异表达基因(differential expressed genes,DEGs),并进行功能和通路富集分析.应用STRING和Cytoscape软件构建蛋白互作网络,筛选关键DEGs,并对DEGs进行表达验证及生存分析.结果:筛选出的81个DEGs主要参与有丝分裂、细胞周期和DNA复制等信号通路,通过蛋白互作网络筛选出8个关键DEGs:AURKA、CENPF、BUB1B、RACGAP1、NUSAP1、KIF11、KIF20A和PBK,这些关键DEGs均为有丝分裂相关基因且相互关联,其中CENPF高表达与SCLC不良预后相关.结论:CENPF等基因是SCLC发生发展的关键DEGs,有望成为SCLC的潜在治疗靶点.     

基于生物信息学分析银屑病基因表达差异及潜在中药

目的：通过生物信息学技术分析银屑病皮损与正常组织的基因芯片数据,筛选银屑病的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),探讨银屑病的病理机制,预测治疗银屑病的潜在中药。方法：从基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)提取数据集GSE161683、GSE193128、GSE137218原始数据,使用R语言Limmar包筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行功能和信号通路的富集分析,通过String数据库构建蛋白互作网络,Cytoscape软件及其插件筛选关键基因。将关键基因与Coremine Medical相互映射,筛选治疗银屑病潜在的靶向中药。结果：筛选出DEGs 474个,其中上调DEGs的通路主要富集在白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)、核苷酸寡聚化结构域样受体(nucleotide oligomerization domain like receptor, NLR)、病毒感染等信号通路。STAT1、RSAD2、IFIT3、IFI44L、IFIT1、CXCL10、MX...