珠海登革病毒分离株的型别鉴定与序列分析研究

[目的]了解珠海市部分人群和入境船员中登革热的流行情况和珠海市流行的登革病毒株的型别和序列特征。[方法]分别采用胶体金快速法、酶联免疫吸附试验(ELISA)对登革热抗体进行检测；采用细胞培养和逆转录一聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行病毒鉴定,并对其结构蛋白基因序列进行克隆、测序及同源性分析。[结果]来自东南亚国家船舶的船员血清中登革病毒IgM抗体检出率为4．40％,IgG抗体为20．33％,其阳性样本经RT-PCR扩增,结果为阴性。而对本室保存的2001年珠海散发的登革热患者阳性血清,经用C6/36细胞培养分离出1株登革病毒,用登革病毒通用引物和Ⅱ型特异性引物,扩增出相应的片段,证实为登革Ⅱ型病毒；该分离株(DV2-1)的基因序列与其他9株登革Ⅱ型病毒进行系统发育关系的分析,结果显示分离株(DV2-1)与GD08/98株、FJ11/99株、16681株位于相近的分支,其中与1998年广东流行株GD08/98株系统进化关系最近。[结论]2001年珠海地区登革热的散发流行为登革Ⅱ型病毒所致,推测其可能是输入性传染。     

登革病毒的分离与鉴定

登革热(Dengue Fever,DF)和登革出血热(Dengue Hemorrhagic Fever,DHF)是由登革病毒引起,经埃及伊蚊和白纹伊蚊传播的急性、热性传染病。临床上前者以高热、剧烈头痛、肌肉痛、关节痛、淋巴结肿大、皮疹和白细胞减少为特征,后者以发热、皮疹、出血、休克等为特征。本病传播迅速,常引起大规模流行。 典型病例临床诊断标准:凡在流行区或到过流行区,在流行季节有突起发热、剧烈肌     

三株登革2型病毒广东分离株结构蛋白E基因序列测定及分析

目的对广东省分离的3株登革2型病毒(DEN2)的结构蛋白E基因扩增、克隆、测定及分析,了解流行株之间的相互关系及基因型.方法应用RT-PCR技术扩增广东省不同年份流行的3株DEN2型病毒的结构蛋白E基因.分别克隆到PMD18 T载体,转化JM109宿主菌,挑取阳性克隆进行鉴定及序列测定.结果3株DEN2病毒结构蛋白E基因序列长度均为1 485 bp,编码495个氨基酸.其核苷酸(氨基酸)的同源性分别是GD06/93与GD19/2001为98%(98%)、GD06/93与GD08/98为92%(95%)、GD08/98与GD19/2001为91%(94%).3株DEN2与国际参考株比较表明GD06/93与澳大利亚TSV01株共享序列非常接近,核苷酸(氨基酸)的同源性为99%(99%);GD19/2001和澳大利亚TSV01株核苷酸(氨基酸)的同源性为98%(98%);GD08/98与泰国株ThNH-P28/93核苷酸(氨基酸)同源性为98%(98%).结论GD06/93、GD19/2001与TSV01亲缘关系较近,属同一基因型.GD08/98与TnNH-P28/93共享序列非常接近,属同一基因型.     

从登革出血热病人血清分离到一株登革病毒

从登革出血热病人血清分离到一株登革病毒左丽１程明亮２刘乐和３郭辉玉３丁一生２凌天翼１１贵阳医学院免疫学教研室（５５０００４）２贵阳医学院传染病学教研室３广州中山医科大学微生物学教研室近年来，由登革病毒（ＤＶ）引发的登革出血热（ＤＨＦ）和登革休克...     

广东省SARS冠状病毒分离株S基因全序列分析

目的 测定并分析广东省传染性非典型肺炎病人标本中分离到的严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒的S基因全序列。方法 选取3株来自中山市、广州市、江门市传染性非典型肺炎病人的SARS冠状病毒分离株，设计8对相互嵌套的S基因特异引物扩增病毒的S基因，直接进行PCR产物测序，将所测的序列与从GemBank上获得的世界各地10株SARS冠状病毒分离株的S基因序列用DNASTAR软件包进行基因变异分析。结果 3株毒株经P(R扩增后，均可获得大小分别为513、589、527、509、621、501、578、678bp的基因片段，测序并拼接可获得一长3768个碱基S基因全基因序列，编码1256个氨基酸；基因序列比对结果显示，与世界各地10株毒株比较，核苷酸和氨基酸的最大同源性在99．7％～100．0％和99．2％～99.9％之间，其变异主要发生在S蛋白的S1片段。结论 SARS冠状病毒的S蛋白是比较保守的．但S1片段上某些位点的变异可能是病毒的毒力不同的主要原因。     

3株登革病毒1型广东分离株NS 1基因序列测定

登革热 (Ｄｅｎｇｕｅｆｅｖｅｒ ,ＤＦ)是一种急性虫媒传染病 ,严重者表现为严重的登革出血热或登革休克综合征 ,后者死亡率可达 5 %。广东省自 1978年以来 ,先后有 10多次登革热暴发流行。目前认为 ,我国登革热为传入性 ,但登革热的病原登革病毒 (ＤＶ)流行株的来源还不明确。我们通过测定我国广东省ＤＦ病人血清中分离的 3株ＤＶ - 1的ＮＳ 1基因序列 ,比较其核苷酸及其编码氨基酸的差异 ,探讨 1999、1997和 1995年在广东流行的登革热的可能来源。1　材料和方法　 (1)材料 :试剂为ｐＵＣｍＴ载体、3ＳＧｅｌＰｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎＫｉ…     

2型登革病毒基因部分序列测定及氨基酸分析

目的 对登革病毒(DEN)-2贵州分离株的NS1、E基因部分序列进行测定并作氨基酸序列的预测分析。方法 碘化钠-异硫氰酸胍-氯仿法提取RNA，用DENNSl基因区通用引物和DEN-2E基因区特异性引物经逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增登革病毒核酸，用纯化PCR产物测序后，用DNASIS软件进行氨基酸序列的预测。结果 DEN-2贵州分离株部分基因测序及氨基酸序列预测结果与DEN-2NGC株比较。分离株的NSl基因区有8个碱基发生点突变和2个位点氨基酸改变，E基因区有1个碱基的插入和1个位点氨基酸改变。结论 DEN-2贵州分离株和NGC株NS1、E基因区基因序列存在差异。     

浙江省蚊虫中乙型脑炎病毒的分离及鉴定

目的 对2007年浙江省采集的蚊虫标本进行病毒分离与鉴定.方法 2007年在浙江省采集蚊虫标本,用金黄地鼠肾细胞(BHK-21)分离病毒,对新分离的病毒进行血清学和分子生物学鉴定.结果 采集到4735只蚊虫,分离到2株致BHK-21细胞病变的病毒,经免疫荧光和RT-PCR试验鉴定为乙型脑炎病毒(JEV),利用病毒PrM区段进行基因分型分析,新分离的2株病毒属于基因Ⅰ型JEV.对这2株病毒的E基因区段进行分析,核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.0%和98.8%.与疫苗株SA14-14-2相比,核苷酸同源性在87.7%,氨基酸同源性在96.4%以上,共有14个共同的氨基酸位点差异.结论 在浙江省采集的蚊虫标本中分离到2株病毒,经鉴定为基因Ⅰ型JEV,是浙江省近年来首次分离.     

2019年珠海市登革病毒流行情况及E基因演化分析

目的 通过对2019年珠海市登革热流行病学数据及及登革病毒包膜蛋白基因（E基因）序列进行分析,了解珠海市登革热流行规律和病毒遗传进化特点。方法 2019年珠海疾病预防控制中心采集登革热临床诊断病例的血液标本,对病例进行流行病学调查,磁珠法提取病毒核酸,用Real-time RT-PCR进行检测,阳性标本用RT-PCR扩增E基因并进行测序分型获得的基因序列,采用MEGA6.0软件进行系统进化分析。结果 共收集登革热临床诊断病例185例,实验室诊断病例99例,实验室诊断病例较2018年同期增长154%。其中输入性病例53例,本地感染病例46例,男性61例,女性38例,进入9月份本地感染病例增多,以散发状态为主,其中本地暴发疫情2起;75例成功测序,以DENV-1型为主,占88.00%,全部属于基因Ⅰ亚型,分布在3个不同分支上,分别与2017年越南、2015柬埔寨、2014年马来西亚、新加坡,2012、2014年斯里兰卡等流行株高度同源;DENV-2和DENV-3病例均为输入病例。结论 珠海市登革热主要由东南亚输入,极易发生输入性病例引起本地暴发流行,定期对流行的登革病毒进行序列分析有利于分析该病毒的基因进化方向。     

登革2型病毒深圳分离株的鉴定及E基因序列分析

分支上,核苷酸同源性最高,达99.8%,氨基酸同源性为100%,与Indonesia-76、Somalia-84和Sri Lanka-90同属基因Ⅳ亚型.结论 首次从深圳市登革热患者血清中分离到1株登革2型病毒,证实该毒株可能来源于马来西亚.     

云南边境地区登革1型病毒非结构蛋白编码区序列测定及进化分析

登革病毒有4个血清型,可引起登革热和登革出血热/登革休克综合征.登革病毒包括5'和3'非编码区(UTR)及一个单一的开放阅读框(ORF),该ORF编码一个聚蛋白前体,经蛋白酶裂解加工成3种结构蛋白(C、PrM和E)和7种非结构蛋白(NS1、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B和NS5)[1].     

云南边境地区登革1型病毒非结构蛋白编码区序列测定及进化分析

登革病毒有4个血清型,可引起登革热和登革出血热/登革休克综合征.登革病毒包括5'和3'非编码区(UTR)及一个单一的开放阅读框(ORF),该ORF编码一个聚蛋白前体,经蛋白酶裂解加工成3种结构蛋白(C、PrM和E)和7种非结构蛋白(NS1、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B和NS5)[1].     

福建口岸输入登革I型病毒E基因序列分析

目的研究分析福建口岸输入登革I型病毒E基因序列,为登革热诊断的分子溯源提供参考。方法收集2012—2013年福建口岸截获的7例入境Ⅰ型登革热病例资料及血清标本,用C6/36细胞培养分离病毒,提取病毒RNA,用RT-nested-PCR扩增包含E基因全长的核酸片段,扩增产物经纯化、测序,用生物学软件进行DNA序列比对分析。结果用C6/36细胞从7例登革热病例血清中成功分离出7株登革病毒株,经RT-nested-PCR证实均为DENV-Ⅰ型,构建E基因全长进化树分析发现,分离株与新加坡、越南和菲律宾等地的病毒株同源性最高,与病例入境时进行的流行病学调查资料完全吻合。结论从分子水平证明登革热病例血清中分离到的毒株为DENV-Ⅰ型病毒,结合流行病学调查资料,证实均为输入性感染病例,最有可能来源于东南亚一带。     

宁波登革热患者血清病毒分离及其E/NS基因片段序列分析

目的：从病人血清中分离登革热病毒，分析其与国际不同地区流行代表毒株之间的遗传关系。方法：利用C6／36细胞培养方法从早期病人血清中分离登革热病毒，利用RT—PCR方法进行鉴定，扩增E／NS基因片段并测序，将结果与GENBANK中其他登革热1型病毒E／NS基因片段的240bp核苷酸进行比较，用计算机软件分析结果。结果：从早期病人血清中分离到两株登革热1型病毒，其核苷酸片段与亚洲流行株系的GD0599、GZ80、Djibouti和Taiwan87的同源性较高，分别为99．6％、97．5％、95．4％和95％。结论：引起此次宁波登革热疫情的登革热1型病毒属于亚洲株系。     

云南省中缅边境2015年一起登革热暴发的分子特征分析

目的 对2015年云南省中缅边境一起登革热暴发查明病因,对流行的登革病毒(DENV)进行分子特征分析,为疾病防控提供病原学证据。方法 采用半巢式RT-PCR方法检测2015年7月云南省耿马县孟定镇DENV NS1抗原阳性血清中的DENV特异核酸(CprM基因),对阳性标本用DENV E基因特异引物进行扩增,并将PCR产物送测序,经拼接剪切后的序列在NCBI网站进行BLAST比对,在Megalign中计算核苷酸相似性;在GenBank中选出不同国家和地区不同年度的DENV E基因序列作为参考序列,在Mega 5.05 软件中采用邻接(NJ)法构建系统进化树。结果 对25份中国云南省耿马县孟定镇本地病例和14份缅甸输入病例DENV NS1抗原阳性的血清标本进行DENV特异核酸检测,共有21份本地和10份缅甸输入病例标本为DENV-1阳性,其余8份为DENV阴性。测序得到13株(8株来源于本地病例,5株来源于输入病例)1 485 bp的E基因序列,核苷酸相似性为100%,12株(9株来源于本地病例和3株来源于输入病例)406 bp的CprM基因序列,核苷酸相似性为100%。系统进化分析显示,13株E基因序列均属于DENV-1的基因Ⅰ型,位于独立的进化分支。结论 本次登革热暴发由DENV-1的基因Ⅰ型引起,该病毒与相邻缅甸区域流行的DENV进化关系最近,当地需加强对登革热防控的综合措施,以防止登革热疫情的进一步扩散。     

云南边境地区登革1型病毒非结构蛋白编码区序列测定及进化分析

登革病毒有4个血清型,可引起登革热和登革出血热/登革休克综合征.登革病毒包括5'和3'非编码区(UTR)及一个单一的开放阅读框(ORF),该ORF编码一个聚蛋白前体,经蛋白酶裂解加工成3种结构蛋白(C、PrM和E)和7种非结构蛋白(NS1、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B和NS5)[1].     

深圳登革热患者血清中2型病毒株的分离鉴定

目的:对深圳市2004年-2006年登革热病原体进行分离鉴定。方法:采用酶链免疫吸附试验和胶体金免疫层析法检测疑似登革热患者血清中的特异性IgM、IgG抗体。用C6/36细胞对早期病例血清进行病毒分离,以MGB荧光PCR方法鉴定。并用逆转录-半套式PCR(RT-semi-nested-PCR)方法和荧光PCR方法对其进行型别鉴定。结果:从10份抗体阳性的病人血清标本中成功分离到一株登革病毒,经鉴定为登革2型病毒,将其命名为DEN2-SZ0521。结论:首次从深圳市登革患者血清中分离到一株登革2型病毒,为进一步研究和控制该地区登革热提供了科学依据。     

2019年广西7份本地感染登革病毒E基因特征分析

目的 了解2019年广西本地感染登革病毒(Dengue virus,DENV)E基因特性,探索可能的输入来源。方法 采用实时荧光定量PCR（real - time fluorescence quantitative PCR,RT - qPCR）方法对广西本地感染登革热病例急性期血清样本进行病毒核酸检测并分型,扩增登革病毒 E基因后测序,测序结果与不同地区和国家的参考株进行同源性比较和系统进化分析。结果 53份登革热病例血清标本经RT - qPCR分型,结果42份（79.2%,42/53）登革病毒核酸阳性,其中南宁9份、梧州10份、玉林17份、崇左6份,均为DENV - 1型,其余11份为登革病毒核酸阴性,42份DENV - 1型阳性核酸样本经过E基因扩增共得到7份,其中南宁市1份、梧州市1份、玉林市2份、崇左市3份,进化分析结果显示7份样本均为DENV - 1型Genotype Ⅰ基因型,其中DENV1/GXNN/007/2019、DENV1/GXWZ/009/2019、DENV1/GXYL/011/2019、DENV1/GXYL/012/2019与2019年广东株（序列号:MN921500）同源性99.94%～100.00%,DENV1/GXCZ/015/2019、DENV1/GXCZ/016/2019、DENV1/GXCZ/017/2019与 2015年印度尼西亚株（序列号:MG894852）同源性达99.60%,与1945年夏威夷参考株（序列号:AF425619）比较存在12处氨基酸位点变异。结论 2019年广西登革病毒是Genotype Ⅰ基因型,推测病毒从广东和东南亚国家输入导致的本地流行,应加强登革热跨省、跨境传播的防控。     

广东省2006年登革热流行病学分析

目的通过分析广东省2006年登革热的流行特点和流行因素,为今后进行有针对性的预防控制提供依据。方法通过广东省登革热疫情监测报告系统收集广东省2006年登革热的流行资料,并进行描述性流行病学分析。实验室资料来自广东省、广州市疾病预防控制中心微生物实验室。结果2006年广东省疫情监测报告系统共报告登革热病例1 010例,年发病率为1.10/10万,无死亡病例,其中发生10例以上的暴发疫情共14起。疫情涉及广州、汕头、佛山等7个市。全省从8月下旬至11月上旬共经历3个发病高峰,3个高峰依次降低。病例无明显性别差异,年龄以20~39岁为主(41.5%),职业以家务及待业人员、工人、农民、学生为主。14例输入性病例的输入地来自柬埔寨、越南、印尼、马来西亚等7个国家。实验室检测发现,2006年广东省登革病毒的流行株均为登革Ⅰ型,各1例输入性病例分别分离出登革Ⅰ、Ⅲ型毒株,其与本地检测的流行株无关联。结论广东省2006年登革热流行呈波及面广、输入病例与本地传播并存、散发与多点暴发并存及季节性等特点,尚无明确证据表明广东省已成为地方性登革热流行区。