基于网络药理学及分子对接研究消渴清颗粒治疗糖尿病前期的作用机制

目的 利用网络药理学及分子对接探究消渴清颗粒治疗糖尿病前期的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库搜索有关于消渴清颗粒中中药的有效成分与靶点,在GeneCards数据库、OMIM数据库搜索糖尿病前期的基因靶点,进而获得药物-疾病交集靶点,将交集靶点导入String蛋白质相互作用数据库和Cytoscape构建蛋白质相互作用（PPI）网络图,并筛选核心靶点,再将药物-疾病交集靶点导入DAVID数据库,对其分别进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,筛选出与疾病相关的通路,通过Cytoscape得出“通路-靶点”网络图,再通过插件分析得出“通路-靶点”网络核心靶点,取二者度值排名前7位的靶点交集作为消渴清颗粒治疗糖尿病前期的关键靶点,最后选择关键靶点与有效成分用AutoDock与Pymol软件进行分子对接及可视化。结果 筛选出消渴清颗粒中药活性成分36种,其中筛选出6种关键活性成分,分别为槲皮素、山柰酚、小檗碱、β-谷甾醇、花生四烯酸、知母皂苷C,靶点基因232个;筛选出糖尿病前期靶点685个,交集靶点93个,关键靶点5个,分别为肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-1β（IL-1β）、环加氧酶2（PTGS2）。GO通路富集主要涉及内容有炎症、药物反应,细胞生长凋亡等;KEGG通路富集分析显示糖尿病并发症中的晚期搪基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、TNF信号通路、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、IL-17信号通路、胰岛素抵抗通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路等,分子对接结果显示关键靶点与有效成分具有较稳定的结合能力。结论 消渴清颗粒中各种药物成分通过多靶点、多通路协同治疗糖尿病前期的作用机制,为进一步研究治疗糖尿病提供了线索。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨三黄糖肾康治疗2型糖尿病的分子作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨三黄糖肾康治疗2型糖尿病（T2DM）的分子作用机制。方法 利用TCMSP、SymMap、TCMID和TCM Databases@Taiwan数据库采集三黄糖肾康的有效成分,通过检索文献来补充水蛭的有效成分,在上述数据库及Swiss Target Prediction数据平台获取对应的靶点。借助GeneCards、OMIM、TTD数据库获取T2DM相关靶点。将药物–疾病共同靶点利用String 11.5和Cytoscape 3.9.0构建蛋白互作网络（PPI）图,筛选出核心靶点,通过DAVID数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。利用Autodock tools 1.5.7将PPI网络图前3位靶点和对应的有效成分进行分子对接。结果 三黄糖肾康治疗T2DM的有效成分有63个,159个潜在靶点,通过筛选得到STAT3、INS、AKT1等54个核心靶点,槲皮素、小檗碱、木犀草素、大黄酸等58个关键成分。核心靶点主要涉及HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等115条通路。STAT3与大黄酸、AKT1与槲皮素和木犀草素、INS与小檗碱分子对接良好。结论 三黄糖肾康可通过多个靶点、多条通路对2型糖尿病发挥调控作用。     

基于网络药理学和分子对接的四妙凉血颗粒质量控制研究

目的： 通过网络药理学和分子对接筛选四妙凉血颗粒(SMLXC)对急性痛风性关节炎(AGA) 的潜在有效成分,并测定SMLXC中3个成分的含量方法： 通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库,获取 SMLXC中药材的活性成分,同时检索TCMSP、Swiss Target Prediction、STITCH数据库进行靶点预测。 使用OMIM、GeneCards数据库查找AGA疾病靶点,通过Venny 2.1软件筛选成分靶点和疾病靶点的交集作为SMLXC治疗AGA的作用靶点。通过David数据库进行GO和KEGG富集分析。通过靶点网络分析,寻找相关通路的关键靶点。使用Discovery Studio进行分子对接,筛选抗炎核心成分,通过高效液相色谱法测定其中3个成分的含量结果： 筛选出与SMLXC相关的活性化合物102个,药物相关靶点239个;SMLXC 与AGA的共同靶点30个;GO富集分析显示,SMLXC治疗痛风主要与细胞因子的活性调控、炎症反应等 109条生物过程有关;KEGG富集分析显示,SMLXC可能通过TNF、NLRs和TLR等信号通路治疗痛风; 可视化分析显示,PTGS2、MAPK14、MAPK1、IL-6等12个靶点可能是SMLXC治疗AGA的关键靶点;分子对接结果显示,小檗碱、落新妇苷等5个化合物与PTGS2有良好的对接活性。含量测定实验结果表明, SMLXC中含量测定结果由高到低依次为小檗碱(2.0008 mg·g^-1)、落新妇苷(1.6583 mg·g^-1)、山奈酚(1.5428 mg·g^-1)结论： SMLXC通过干预炎症、细胞因子的活性调控等相关通路达到治疗AGA的作用,建立的SMLXC的含量测定方法准确、稳定,为控制SMLXC的质量提供实验依据。     

网络药理学联合GEO测序数据和分子对接探索大黄素治疗急性胰腺炎的作用机制

目的 利用网络药理学联合GEO测序数据、分子对接技术探索大黄素治疗急性胰腺炎的潜在作用机制。方法 借助PubChem、SwissTargetPrediction、DrugBank、PharmMapper、TTD、CTD数据库获取大黄素作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DrugBank、CTD数据库以及GSE194331数据集差异分析结果获取急性胰腺炎疾病靶点,二者取交集得到大黄素治疗急性胰腺炎靶点。使用String数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络,R软件ClusterProfiler包对靶点功能富集分析,Cytoscape的CytoNCA插件筛选核心靶点。使用PyMOL和Autodock软件进行分子对接和结果可视化。结果 大黄素治疗急性胰腺炎的潜在作用靶点有246个,主要涉及脂质与动脉粥样硬化、P13K-AKT信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路以及IL-17信号通路等。其中20个核心靶点与大黄素均有结合潜力,CTNNB1、HIF1A和IL1B等9个靶点与大黄素有良好的结合潜力。结论 大黄素通过多靶点、多通路发挥治疗急性胰腺炎的作用。     

藏药三果汤治疗糖尿病作用机制的网络药理学与分子对接技术分析

目的 基于网络药理学及分子对接对三果汤治疗糖尿病靶点及通路进行分析，并通过分子对接进行验证，为基础研究及临床用药提供科学依据。方法 通过中药系统药理学数据库与分子平台（TCMSP）、有机小分子生物活性数据库（PubChem）及文献查阅筛选三果汤中诃子、毛诃子、余甘子的活性成分及作用靶点，使用Genecard数据库、DRUGBANK数据库筛选糖尿病相关靶点，构建“药物-成分-靶点-疾病”网络，取药物疾病靶点交集，使用STRING构建蛋白PPI网络，运用Matescape数据库对交集靶点基因进行GO、KEGG富集分析。将筛选出的有效成分与靶点进行分子对接验证。结果 通过网络药理学收集三果汤及糖尿病靶点信息，采用GO富集分析和KEGG通路分析发现，三果汤和糖尿病共同作用靶点共269个，靶点作用最为突出的为AKT1、HAS2、MAP2、CDH1、PRKCG、PLAT，三果汤作用于糖尿病的通路主要在癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、MAPK信号通路。分子对接结果显示，鞣花酸和没食子酸对AKT1、HAS2、MAP2存在亲和力，鞣花酸对HAS2亲和力最好。结论 通过本研究中网络药理学分析及分子对接分析，三果汤中鞣花酸、没食子酸对AKT1、HAS2、MAP2通路靶点具有亲和力，为后续实验提供研究思路。     

基于网络药理学及分子对接的五子衍宗丸治疗肝纤维化作用机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨补肾复方五子衍宗丸治疗肝纤维化的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmspsearch.php)数据库预测五子衍宗丸有效成分的靶点并通过Uniprot数据库进行靶点名称标准化;通过OMIM、Gene Cards、DisGeNET数据库收集肝纤维化靶点,通过韦恩图筛选活性成分靶点和疾病靶点基因的交集,获取五子衍宗丸治疗肝纤维化的潜在靶点;运用Cytoscape 3.9.0构建有效成分-靶点-肝纤维化网络,预测核心靶点,构建基于STRING平台的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用微生信平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDockTools软件,结合PPI网络及GO功能、KEGG通路分析,将核心靶点与有效成分进行对接验证。结果 获得五子衍宗丸活性成分84个,筛选出有效成分作用靶点179个,肝纤维化靶点798个,五子衍宗丸与肝纤维化交集靶点81个,经拓扑属性分析筛选得到五子衍宗丸26个活性成分、37个治疗肝纤维化关键靶点;根据“活性成分-靶点-通路”网络图,预测槲皮素、山柰酚、苦参碱、黄豆黄素为五子衍宗丸作用于肝纤维化的重要活性成分;RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL6)、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等为核心靶点。GO功能富集分析的生物学过程(BP)主要与RNA聚合酶II启动子转录的正调控、基因表达的正调控等关联;细胞组分(CC)主要与细胞外空间、细胞核等关系密切;分子功能(MF)主要与大分子复合物结合、蛋白激酶活性、RNA聚合酶II核心启动子近端序列特异性DNA结合等相关。五子衍宗丸治疗肝纤维化途径主要包括化学致癌-活性氧信号通路、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。核心成分槲皮素、山柰酚、苦参碱、黄豆黄素与核心作用靶点AKT1、TNF、IL6、VEGFA、CASP3等对接结合稳定,分子对接初步证明关键成分自发地与多个核心蛋白结合,可对多个关键靶点进行调控。结论 通过网络药理学及分子对接初步揭示补肾复方五子衍宗丸影响凋亡过程的正负调控、氧化应激、炎症因子、血管生成等反应过程,具有多成分、多靶点、多通路等作用特点,可为临床肝纤维化治疗中重视补肾法提供参考依据。     

基于网络药理学探讨“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的重要靶标。方法 通过中药系统药理学数据库（TCMSP）检索“酸枣仁-当归”药对活性成分及相应靶点;通过GeneCards数据库检索失眠相关靶点;在Cytoscape3.7.2软件中构建“酸枣仁-当归”药对-活性成分-靶点网络图;构建韦恩图得到该药对与疾病的交集靶点。构建蛋白质互作（PPI）网络筛选核心靶点,通过Autodock等软件进行分子对接。借助R studio对交集靶点进行GO富集和KEGG通路分析。结果 得到“酸枣仁-当归”药对有效成分11个,靶点88个,失眠相关靶点1 348个,交集靶点20个,6个核心靶点。分子对接分析发现丁子香萜与MAOB结合能力最强。GO富集和KEGG通路分析得到,肾上腺素能受体信号通路、神经递质受体的活动等,通过神经活性配体受体相互作用、5-羟色胺能突触等达到治疗失眠的作用。结论 “酸枣仁-当归”药对可能通过MAOB、ACHE、SLC6A4等靶标调控胆碱能突触、多巴胺能突触、钙信号通路、5-羟色胺能等信号通路来起到多因素共同治疗失眠的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨石榴皮治疗腹泻的作用机制

目的 基于网络药理学结合分子对接技术探究石榴皮治疗腹泻的作用机制。方法 通过TCMSP数据库获取石榴皮的活性成分和潜在作用靶点；GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库进行检索获得腹泻的潜在作用靶点，筛选两者交集靶点；应用Cytoscape软件构建蛋白相互作用（PPI）图并筛选核心靶点。通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，最后采用AutoDock软件进行分子对接验证。结果 获得7个石榴皮主要化学成分，石榴皮与腹泻共同靶点114个。PPI分析显示，肿瘤抗原p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、胱天蛋白酶33（CASP）等可能为治疗关键靶点。通过KEGG分析表明，石榴皮可能通过癌症通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路等起到治疗腹泻的作用。分子对接表明关键活性成分与核心靶点均可自发结合。结论 通过网络药理学和分子对接技术揭示石榴皮可以通过多成分、多靶点、多途径治疗腹泻，为后续研究提供理论依据。     

基于网络药理学的升麻治疗乳腺癌作用机制研究

目的 通过构建升麻Cimicifugae Rhizoma化学成分-靶点-代谢信号通路网络，探讨其治疗乳腺癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和PharmMapper获取升麻化学成分与作用靶点，将其与乳腺癌疾病靶点取交集得到升麻治疗乳腺癌的作用靶点，进一步利用靶点-成分反向筛选得到治疗乳腺癌的升麻潜在活性成分；通过GeneMANIA数据库获取间接靶标和“蛋白-靶点”互作网络，并通过蛋白-蛋白相互作用筛选关键靶标；采用Cytoscape构建“成分-靶点”网络图，使用分子对接将潜在活性成分和关键靶标配对，以证实前期靶标筛选和反向药效团匹配的可靠性；通过DAVID网站对作用靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，利用R语言和在线绘图网站（omishare tools）将结果可视化。结果 获得升麻潜在活性成分共68个，与乳腺癌相关疾病靶点48个，关键靶点为ESR1、SRC和HRAS。GO功能富集分析得到生物过程（BP）条目484条，细胞组成（CC）条目7条，分子功能（MF）条目75条。KEGG通路富集筛选获得到21条信号通路。分子对接结果显示关键靶标与升麻潜在活性成分匹配性较好。结论 升麻主要通过作用于ESR1、SRC、HRAS等靶点，调节癌症通路、蛋白多糖通路和雌激素信号通路等起到治疗乳腺癌的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪干预腹膜纤维化的机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪干预腹膜纤维化的可能机制。方法 利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索黄芪的主要化学成分及靶点,并补充文献报道相关药理作用的成分作为潜在活性成分。以"peritoneal fibrosis"为关键词分别在OMIM、Genecards获取目前已知的与腹膜纤维化相关的疾病靶点,后取两者的交集靶点;对交集基因通过STRING数据库与Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络及蛋白互作(PPI)网络并筛选核心网络。基于R软件使用Bioconductor生物信息软件对核心靶点进行GO及KEGG富集分析,最终采用AutoDock软件将主要有效成分与核心靶点进行分子对接,得出其结合能力。结果 筛选出20个黄芪活性成分及文献报道有相关药理作用4个, 457药物作用靶点,与674个腹膜纤维化病靶点取交集,得到86个共同靶点。GO功能富集分析提示黄芪拮抗腹膜纤维化主要参与了蛋白激酶B信号转导的调节、细胞对化学的应激反应、炎症反应的调节等通路; KEGG通路富集分析主要涉及调控肿瘤、磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、晚期糖基化终末产物/晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、人类巨细胞病毒感染、HIF-1信号通路等;分子对接结果显示关键靶点与活性成分具有较好的结合能力。结论 黄芪治疗腹膜纤维化的分子机制,可能与抑制炎症及氧化应激反应、调节多种信号通路等相关。     

基于网络药理学探讨蒙药苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的作用机制

目的 运用网络药理学探讨苏龙嘎-4颗粒的多成分、多靶点、多途径的抗腹泻作用机制。方法 通过TCMSP平台、BATMAN-TCM数据库及文献检索收集苏龙嘎-4颗粒中4味中药的全部化学成分和作用靶点，同时利用GeneCards数据库和OMIM数据库获取腹泻的已知治疗靶点。构建韦恩图，得到苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的作用靶点。采用Cytoscape 3.7.1软件，将活性成分与潜在靶点构建“药物-成分-靶点”网络；通过String 10.0数据库建立PPI网络，并获得核心靶点。采用R软件对交集基因进行GO功能分析和KEGG通路分析。结果 根据数据库检索，结合所制定的筛选标准，得到苏龙嘎-4颗粒34个活性成分和110个靶点，其中74个靶点为苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的潜在靶点。GO生物学过程分析得出87个条目，KEGG通路分析得出117条通路，主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、p53信号通路、凋亡通路等。推测苏龙嘎-4颗粒可能通过抗炎、影响细胞凋亡、修复肠粘膜损伤而起到抗腹泻的作用。结论 苏龙嘎-4颗粒的活性成分主要通过CASP-3、EGFR、IL-6、VEGFA、MAPK8等靶点抑制炎症因子的产生阻断炎症反应、影响细胞凋亡的同时对肠粘膜损伤的进行修复，最终发挥抗腹泻的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获取儿脾醒颗粒的主要活性成分及对应靶点;检索GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库得到小儿厌食症相关靶点基因;取药物靶点与疾病靶点的交集,得出儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的有效靶点并绘制Venn图;运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物与小儿厌食症疾病靶点互作网络图;利用STRING数据库绘制蛋白质相互作用（PPI）的可视化网络图,并进行网络拓扑分析;通过Bioconductor数据库和R语言对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,了解儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症可能的生物过程及通路;最后运用SYBYL-x2.0软件实现分子对接验证。结果 获得儿脾醒颗粒主要活性成分46个、药物靶点蛋白236个;检索小儿厌食症疾病相关靶点共1 372个,活性成分与疾病交集靶点118个;发现儿脾醒颗粒通过作用于转录因子AP-1(JUN)、V-Rel网状内皮增生病毒癌基因同源物A(RELA)、肿瘤坏死...     

基于网络药理学和分子对接技术清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）分子机制研究

目的 利用网络药理学技术探讨清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 使用TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库预测清咳平喘颗粒的主要成分和其作用靶点,再与CTD、GeneCards数据库得到的COVID-19的疾病靶点交集整合,获得清咳平喘颗粒治疗COVID-19的潜在靶点。借助String平台绘制蛋白质相互作用（PPI）网络及筛选核心靶点,并开展基因本体（GO）注释功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。依托Cytoscape软件绘制“成分-靶点-通路”的网络图。采用Autodock分子对接技术将关键靶点与清咳平喘颗粒中关键成分进行验证。结果 共获得261个药物-疾病共同靶点,包括TNF、IL6、ALB、AKT1、VEGFA在内的91个核心靶点。GO富集分析、KEGG富集分析分别共得到条目1 508个、152个,涵盖Toll-like receptor（TLR）信号通路、IL-17信号通路和HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,麻黄碱、苦杏仁苷是清咳平喘颗粒抗COVID-19主要活性成分。结论 运用网络药理学得到了清咳平喘颗粒抗COVID-19的作用靶点和通路,为进一步探讨清咳平喘颗粒治疗COVID-19的作用机制提供依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨西黄丸治疗宫颈癌的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接的方法研究西黄丸治疗宫颈癌的分子机制。方法 采用计算机检索TCMSP、BATMAN-TCM数据库,并筛选西黄丸的有效活性成分及作用靶点。检索OMIM、GeneCards数据库,获得宫颈癌的疾病靶点,合并去重后,与西黄丸获得的有效成分靶点取交集。运用String数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络图。利用Cytoscape3.9.1软件进行可视化,并采用DAVID数据库对交集基因进行（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后运用AutoDock Vina、Pymol软件进行分子对接验证。结果 筛选得到西黄丸70个主要活性成分,包括表雄酮、槲皮素、雄甾酮等。与宫颈癌相关的靶点有116个,核心靶点有肿瘤蛋白P53(TP53)、表皮生长因子受体（EGFR）、蛋白激酶B1(Akt1)、白细胞介素（IL）-6、原癌基因（MYC）、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、IL-1B、肿瘤坏死因子（TNF）、雌激素受体1(ESR1)、B淋巴细胞2(Bcl-2)、低氧诱导因子-1A(HIF-1A)、基质金属蛋白酶9(M...     

基于网络药理学结合GEO数据库多芯片分析法探讨糖痹外洗方治疗糖尿病足的作用机制

目的 基于网络药理学结合GEO数据库多芯片研究糖痹外洗方治疗糖尿病足相关疾病的潜在治疗靶点及可能作用机制。方法 采用TCMSP、TCMIP、TCMID、HERB数据库筛选糖痹外洗方化学成分及作用靶点。在GEO数据库中检索糖尿病足及相关疾病差异表达基因,汇总得到糖尿病足靶点。使用微生信在线作图平台对疾病靶点和化学成分靶点取交集,并构建交集靶点蛋白互相作用（PPI）网络。采用Metascape平台工具对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。根据分析结果,选取度值排名靠前的化合物和蛋白,使用AutoDock Vina进行分子对接。结果 共得到糖痹外洗方活性成分99个,成分靶点427个,糖尿病足靶点2 217个,交集靶点64个。关键靶点蛋白主要有表皮生长因子受体（EGFR）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、环加氧酶2(PTGS2)、Janus激酶2(JAK2)、基质金属蛋白酶1(MMP1)等,关键成分有槲皮素、山柰酚、木犀草素等。GO功能富集分析得到665个生物过程、30个细胞组分、80个分子功能。KEGG通路富集分析共得到100条通路信息...     

基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究

目的 运用网络药理学和反向分子对接技术探讨西红花抗肿瘤的作用机制。方法 通过检索文献和从中药系统药理学数据库（TCMSP）获取西红花的主要化学成分,利用PharmMapper服务器预测西红花活性成分的潜在靶点,通过UniProt数据库将西红花潜在靶点转换为对应的靶标基因,与GeneCards、OMIM和TTD数据库获得的肿瘤相关靶点进行映射分析,得到西红花抗肿瘤的潜在作用靶点。采用Cytoscape软件构建西红花“活性成分-靶点-疾病”相互作用网络,通过String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,并利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用AutoDock、Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出西红花中槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ等9个活性成分,可能作用于AKT1、CCND1、MMP9、EGFR、TP53等37个关键靶点,涉及P53信号通路及TNF信号通路等。分子对接显示可通过氢键、疏水作用等产生稳定结合。结论 初步探讨了西红花抗肿瘤的主要活性成分、关键靶点及通路,提示可通过诱导细胞凋亡等方式发挥抗肿瘤作用,为后...     

基于网络药理学和分子对接探讨肤疾洗剂治疗瘙痒症的分子机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法探究肤疾洗剂治疗皮肤瘙痒症的活性成分、关键作用靶点及潜在的分子机制。方法 运用TCMSP、Swiss Target Prediction、GeneCards数据库及文献报道对肤疾洗剂中活性成分、作用靶点及疾病靶点进行检索,Cytoscape软件进行成分–靶点网络图构建,通过DAVID数据库,进行基因本体（GO）功能分析与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后通过分子对接预测活性成分与靶点蛋白的结合能力。结果 获得肤疾洗剂61种有效成分和1 049个作用靶点,瘙痒症疾病靶点1 621个,其中肤疾洗剂146条信号通路,主要富集在癌症通路、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)等。分子对接结果显示核心成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 肤疾洗剂具有抑制炎症、免疫调控作用,其发挥作用的主要活性成分为生物碱类、柠檬苦素类和黄酮类等,涉及的主要靶点有蛋白激酶1(Akt1)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、黏着连接蛋白β1(CTNNB1)、表皮生长因子受体（EGFR）、肿瘤坏死因子（TNF）等,符合中药复方多成分、多靶点、多途径的特点,...     

基于网络药理学和分子对接探讨褪黑素治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探讨褪黑素治疗多囊卵巢综合征的作用机制。方法 使用PubChem、Swiss Target Prediction、Pharm Mapper、DrugBank、TCMSP数据库筛选褪黑素作用靶点,GeneCards、OMIM、DisGeNET数检索多囊卵巢综合征相关靶点,使用韦恩图工具取交集,获得褪黑素与多囊卵巢综合征的共同靶点。构建靶点蛋白互相作用（PPI）网络,并筛选核心靶点,并进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,使用Cytoscape3.7.1构建褪黑素治疗多囊卵巢综合征的“靶点–信号通路”网络图。选择主要靶标与褪黑素进行分子对接评价结合性。结果 褪黑素中109个有效靶点作用于多囊卵巢综合征,关键核心靶点为SRC、PIK3R1、PIK3CA、EGFR、HRAS、RHOA、ERBB2、IGF1、MET、JAK2。富集的GO生物过程主要包括腺体发育、磷脂酰肌醇介导信号素、蛋白激酶B信号传导等,富集的KEGG通路主要包括黏着斑、胰岛素信号通路、趋化因子信号通路、孕酮–介导卵母细胞成熟等。分子对接结果显示,褪黑素与核心靶...     

基于网络药理学与分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒（HPV）感染作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索二妙散的有效成分和作用靶点;GeneCards、OMIM数据库检索宫颈HPV感染相关疾病靶点。将药物有效成分作用靶点与疾病靶点取交集;利用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.8.2软件对PPI进行拓扑分析;将潜在作用靶点导入DAVID数据库进行基因本体功能（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用AutoDock Tools 1.5.7软件和Pymol软件对核心作用靶点与有效成分进行分子对接及可视化。结果 获得二妙散有效成分28个,作用靶点为221个,筛选出核心靶点5个,包括蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、雌激素受体α(ESR1)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)。GO富集分析显示,潜在作用靶点与细胞增殖的正向调节、细胞凋亡过程的负调控、转录的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程有关;KEGG富集分析结果包括磷脂酰肌醇...