肺腺癌失巢凋亡相关lncRNA预后模型的建立与验证

目的：构建基于失巢凋亡相关长链非编码RNA(lncRNA)的肺腺癌(LUAD)预后模型,探究LUAD潜在的治疗靶点。方法：从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载LUAD转录组和临床数据,从GeneCards网站获取失巢凋亡相关基因,利用共表达分析、差异分析筛选差异基因。通过Cox回归分析及Lasso回归分析构建预后模型,并进一步检验其有效性。对样本进行基因集富集分析(GSEA)及免疫相关性分析。结果：基于800个差异表达基因构建了一个由8个失巢凋亡相关lncRNA组成的预后模型,生存分析结果显示,高风险组总生存期比低风险组低(P<0.05);Cox回归分析和ROC曲线验证了该模型的准确性;GSEA分析表明,低风险组多富集于免疫相关信号通路;免疫相关性分析结果显示,该预后模型与多种免疫细胞、免疫功能和免疫检查点有关。结论：基于8个失巢凋亡相关lncRNA构建的LUAD预后模型有良好的预测效能,并为LUAD的治疗提供了参考。     

基于TCGA数据库的肺腺癌G2/M检查点基因预后模型的建立与应用

目的 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库建立肺腺癌(LUAD)的G2/M检查点相关基因风险预后模型。方法 通过TCGA数据库获取并整合了LUAD基因表达数据及临床数据，根据Reactome定义的G2/M检查点相关基因集筛选出影响预后的G2/M检查点相关基因，通过单因素和多因素COX分析建立风险预后模型，对模型高、低风险组进行生物学标志基因集和KEGG通路富集的差异分析并进行免疫相关性分析。结果 预后模型由7个基因组成，该模型生存预测性能的AUC值为0.726。高风险组的总体生存率明显低于低风险组(P<0.05)。细胞增殖的相关通路在高风险组中富集。风险评分的增高与多种免疫细胞的浸润比例存在一定相关性(P<0.05)。结论 由7个基因组成的风险预测模型可作为独立预测因子来有效预测LUAD的预后。     

肺腺癌免疫微环境特征基因对患者生存时间及ICB疗效的预测价值

目的 探讨肺腺癌免疫微环境特征基因以及相关基因对患者生存时间及免疫检查点抑制剂（ICB）疗效的预测价值。方法 使用非负矩阵分解（NMF）聚类分析在癌症基因图谱（TCGA）数据库肺腺癌患者测序数据集（TCGA-LUAD）中鉴定不同的免疫亚型，并对免疫亚型进行肿瘤纯度评估、免疫应答评分（TIDE评分）、肿瘤突变负荷（TMB）分析以及基因组DNA拷贝数变异（CNV）分析。对GSE136961数据集和TCGA-LUAD数据集中的基因表达进行加权基因共表达网络分析（WGCNA）。使用R语言中ClusterProfiler包对获得的基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组数据库（KEGG）通路分析；利用Cytoscape的regulon模块进行转录调控网络分析；使用SPSS 25.0统计软件绘制Kaplan-Meier曲线进行生存分析。结果 TCGA-LUAD数据集中鉴定出C1、C2 2种免疫亚型。2种免疫亚型中，C2免疫亚型的免疫应答评分显著高于C1免疫亚型（P <0.05）;C2免疫亚型TIDE评分、TMB低于C1免疫亚型（均P <0.05）。对GSE136961数据集...     

基于TCGA数据库探究m7G相关基因在肺腺癌的表达及预后意义

目的 应用生物信息学分析N7-甲基鸟苷(m7G)相关基因对肺腺癌(LUAD)的诊断和预后价值，探究治疗LUAD新的分子靶点。方法 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的LUAD数据集，使用R软件运用LASSO回归与Cox回归进行模型的构建与检验，并进行差异基因功能分析及免疫细胞浸润和药物敏感性分析。结果 成功构建15个m7G相关基因的LUAD预后模型，且风险评分可作为独立预测因子；功能相关性分析表明，模型核心基因细胞免疫和药物敏感性密切相关。结论 本次研究成功建立m7G相关的LUAD预后模型，对LUAD的预后和免疫相关以及药物敏感性的研究具有一定提示作用。     

基于生物信息学方法分析 GPCR116基因与肺腺癌的相关性及其作用机制

目的 通过生物信息学分析方法,探讨GPCR116基因与肺腺癌发生、发展的相关性及其作用机制。方法 从GEO数据库下载GSE68465数据集(包含442例肺腺癌组织样本和20例正常组织样本的mRNA数据及基本临床资料)。分析正常组织与肺腺癌组织中GPCR116基因表达量的差异,以及GPCR116基因表达量对肺腺癌患者预后的影响及其与临床特征的相关性;使用基因集富集分析(GSEA)预测GPCR116基因在肺腺癌中参与的信号通路;筛选出差异表达基因(DEGs)进行基因本体论(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,对GPCR116基因与上调和下调最显著的40个DEGs进行相关性分析;构建PPI网络,分析PPI网络的中心节点蛋白,筛选出肺腺癌的关键基因。结果 (1)与正常组织相比,GPCR116基因在肺腺癌组织中的表达量明显升高;GPCR116表达量是肺腺癌患者预后的独立影响因素,GPCR116高表达组的预后较好,且GPCR116基因的表达量与T分期、N分期及吸烟史相关(均P<0.05)。(2)GPCR116基因高表达组主要富集在溶酶体,低表达组主要富集在细胞周...     

基于GEO和TCGA数据库对肺腺癌差异表达基因的生物信息学分析

目的：采用生物信息学方法筛选影响肺腺癌（LUAD）的关键基因,分析其生物学功能及其对LUAD预后的影响。方法：于高通量基因表达（GEO）数据库下载GSE118370和GSE136043芯片数据,癌症基因组图谱（TCGA）数据库筛选LUAD相关数据。采用R软件分析共同表达的差异表达基因（DEGs）。采用clusterProfile R包对DEGs进行基因本体（GO）功能富集分析,DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络。采用Cytoscape筛选连接度排名前10位的关键基因,GEPIA数据库和人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析正常肺组织和LUAD组织中关键基因mRNA和蛋白表达情况及不同分期LUAD组织中关键基因表达情况。关键基因免疫浸润分析和生存分析获取关键基因表达与患者生存期的相关关系。结果：共筛选DEGs 428个。GO分析,LUAD的DEGs在主要富集于上皮-间质转化（EMT）等生物过程（BP）方面、细胞基部等细胞组分（CC）方面和细胞外基质（ECM）结构形成等分子功能（MF）方面。KEGG分析,...     

基于生物信息学分析WNT7B基因在肺腺癌中的表达及其临床意义

目的:基于生物信息学分析WNT7B基因在肺腺癌(LUAD)中的表达及其临床意义。方法:应用生物信息学方法评价WNT7B在LUAD中的诊断和预后预测价值。通过TCGA、GEO数据库研究WNT7B基因在肺癌中表达情况,并分析WNT7B基因在肺癌和非癌组织中表达差异及其表达与生存率、免疫细胞浸润之间的关系。应用STRING数据库筛选共表达基因并构建调控网络,将共表达基因进行基因本体论(GO)以及京东基因和基因组(KEGG)富集分析,同时应用cBioportal探究WNT7B基因突变对肺癌患者生存期的影响。结果:与正常肺组织相比,LUAD组织中WNT7B基因表达水平明显升高(P<0.01),WNT7B基因作为标志物的灵敏度为0.628。K-M生存分析显示,高表达WNT7B组预后较差(P<0.05)。GSEA揭示了5条与WNT7B基因相关的信号通路,WNT7B基因突变的LUAD患者总生存期(P=0.035 8)的预后预测作用不佳。此外,还发现WNT7B基因表达与免疫显著相关。结论:WNT7B基因有望成为LUAD诊断、预后评估和治疗的新靶点,但仍须进一步开展临床相关研究。     

WD40重复蛋白43在肺腺癌中的表达及其对细胞紫杉醇耐药的影响

目的·分析WD40重复蛋白43 (WD 40 repeat protein 43, WDR43) mRNA在肺腺癌（lung adenocarcinoma,LUAD）细胞中的表达及其与LUAD患者预后的相关性,并探讨WDR43对LUAD细胞发生紫杉醇耐药的影响。方法·通过癌症治疗反应门户网站（Cancer Therapeutics Response Portal,CTRP）,下载LUAD细胞的紫杉醇敏感性与其基因表达的相关性系数,筛选紫杉醇耐药相关基因,行基因本体数据库（Gene Ontology,GO）功能分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome,KEGG）通路分析,并以相关基因WDR43作为研究对象行后续分析及验证。检索人类蛋白图谱（Human Protein Atlas,HPA）数据库,分析WDR43蛋白在LUAD组织中的表达和定位。检索癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库,分析WDR43 mRNA在LUAD组织和正常肺组织中的表达差异、LUAD患者的WDR43突变情况...     

基于整合生物信息学构建的肺腺癌内质网应激相关预后模型

目的 通过整合生物信息学建立内质网应激风险模型,预测肺腺癌(LUAD)患者的预后。方法 本文从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载数据集,采用单因素、多因素Cox回归分析和Lasso回归分析等方法,筛选和LUAD预后有关的内质网应激相关基因,建立预后风险模型。结果 本研究筛选出8个关键基因,其中,MBTPS2、SEC61G、FURIN和PKP2表达水平与LUAD预后良好呈负相关(P<0.05),EIF2AK3、CAV3、SELENOK和NLRP1表达水平与LUAD预后良好呈正相关(P<0.05)。结合临床特征建立内质网应激风险模型并绘制受试者工作特征曲线,预测1、2、3 a总生存期的曲线下面积分别为0.75、0.75和0.77,提示模型对患者总生存期的预测准确性。结论 本研究提出了1个可作为LUAD独立预后因素的内质网应激风险模型,有助于了解LUAD的致病分子机制及开发新的治疗靶点。     

肺腺癌中CDK1的生物信息学分析

目的:分析基于生物信息学对CDK1在肺腺癌(LUAD)中的表达和临床意义。方法:通过GEPIA分析CDK1的表达,在UALCAN数据库中分析肺腺癌分期、淋巴结转移等临床特征与CDK1表达的关系,GEPIA分析CDK1表达与肺腺癌预后的关系,Oncomine数据库挖掘CDK1的共表达基因,WebGestalt对共表达基因进行G0和KEGG通路富集分析。String数据库整合基因蛋白互作网络(PPI),并进行Cytoscape可视化分析,CytoHubba挑选核心基因。Kaplan-Meier plotter和GEPIA数据库对筛选出的hub基因进行了更多的分析和验证。结果:在肺腺癌中,CDK1表达明显高出正常组织(P<0.01)。UALCAN数据库分析表明肺腺癌患者的分期、性别等临床特征与CDK1的表达没有显著相关性。GEPIA分析显示,与CDK1高表达的肺腺癌患者相比,CDK1低表达患者的总生存率增加(P<0.05)。Oncomine数据库筛选出CDK1的共表达基因有TOP2A、MCM4等18个基因。GO分析显示,CDK1共表达基因主要与染色体定位、染色体凝集、ATP酶活性...     

基于长链非编码RNA数据构建肺腺癌预后风险评估模型

目的 肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)预后相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)标志物的筛选及预后风险模型的构建.方法 下载癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中LUAD患者的lncRNA表达数据和相关临床数据,随后将肿瘤样本和正常样本的lncRNA表达数据进行差异分析,并将差异lncRNA与临床信息合并,进行单因素和多因素Cox回归分析,筛选出与LUAD预后相关的lncRNA,构建预后风险模型.并运用Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估模型的预后价值.结果 肿瘤样本与正常样本相比,差异表达的lncRNA有727个,其中277个上调,450个下调.单因素和多因素Cox回归分析,筛选出的8个lncRNA作为预测LUAD预后的生物标志物,以上特征的预后价值良好且与其他临床因素无关.结论 筛选出的8个lncRNA可以作为预测LUAD患者生存的独立预后生物标志物.     

基于肿瘤基因组图谱数据库分析血管活性肠肽受体1基因在肺腺癌组织中的表达及其临床意义

目的 基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库分析血管活性肠肽受体1(VIPR1)基因在肺腺癌组织中的表达及临床意义.方法 下载TCGA数据库中肺腺癌组织和正常肺组织的转录组数据及临床数据,分析VIPR1在肺腺癌组织和正常肺组织中的表达差异以及高、低表达水平对患者预后、临床病理特征的影响.采用基因集富集分析(GSEA)软件...     

FAM72D与肺腺癌筛查、预后及生物学机制分析

目的 探讨FAM72D在肺腺癌(LUAD)中的表达变化及其与预后的关系,并进行生物学机制的预测.方法 从TCGA获取原始数据,采用Kaplan-Meier生存分析、单变量Cox分析、多变量Cox分析、表达差异分析、临床相关性分析FAM72D在评估LUAD患者预后中的作用;采用基因集富集分析预测FAM72D的潜在作用机制,并利用TIMER数据库分析FAM72D与LUAD免疫浸润之间的相关性.结果 FAM72D的高表达与LUAD患者的预后不良有关(P＜0.05),是LUAD患者的独立预后指标.与正常肺组织比较,FAM72D表达在LUAD组织中明显上调,FAM72D高表达与高龄呈负相关,与男性、临床分期、T分期呈正相关,差异有统计学意义(P＜0.05).GSEA结果显示细胞周期、同源重组、剪接体、RNA降解、DNA复制、P53通路等相关基因集明显富集于FAM72D高表达.TIMER数据库分析显示,LUAD患者FAM72D表达水平与B细胞、巨噬细胞渗透水平呈负相关,与中性粒细胞的渗透水平呈正相关,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 FAM72D可作为LUAD早期诊断和预测预后的生物标志物.     

基于TGGA数据库构建肺腺癌自噬相关基因预后风险模型

目的 基于TCGA数据库,结合人类自噬数据库构建预测肺腺癌患者预后的风险模型,探讨自噬相关基因预后风险模型对肺腺癌患者预后的预测性能及与免疫微环境的相关性。方法 从癌症基因组图谱数据库下载肺腺癌患者临床信息和转录组数据,结合人类自噬数据库筛选出232个自噬相关基因。通过Cox回归分析筛选出4个独立与预后相关的自噬基因,并采用风险评分构建肺腺癌预后预测模型,用ROC曲线评价预测模型性能。使用ESTIMATE和CIBERSORT在线网站(https://cibersort.stanford.edu/)探索风险评分与肿瘤免疫微环境之间的关系。结果 肺腺癌中有30个差异表达的自噬相关基因,其中4个自噬基因(BIRC5、ERO1A、ITGB4、NLRC4)具有预测患者预后的功能。依据风险评分进行分组,Kaplan-Meier分析表明高风险组生存率低于低风险组(P <0.000 1)。ROC曲线表明风险评分模型判断肺腺癌预后的准确性(AUC=0.757)。ESTIMATE和CIBERSORT分析提示风险评分模型与肿瘤微环境中的多个免疫细胞亚群浸润相关。结论 自噬相关基因预后风险模型较临床数据...     

基于生物信息学分析乳酸脱氢酶A在肺腺癌中的表达及其临床意义

目的 探讨乳酸脱氢酶A(LDHA)在肺腺癌(LUAD)中的表达及其临床意义.方法 利用GE-PIA2和Oncomine数据库挖掘LDHA基因在LUAD中的表达信息;人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库分析LDHA蛋白表达;Ucalcan平台分析LDHA与LUAD临床病理特征的关系;Kaplan-Meier法分析该基因与LUAD患者预后的关系;LinkedOmics和Metascape工具进行基因本体(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测LDHA潜在分子调控机制;STRING-DB网站构建可视化蛋白互作网络(PPI).结果 LUAD组织中LDHA mRNA表达水平是正常肺组织的2.44倍(P<0.05).免疫组织化学结果表明,LDHA蛋白在LUAD组织中高表达.LDHA mRNA的表达与LUAD的病理分级和淋巴结转移数量呈正相关(P<0.05),与种族、性别、年龄和吸烟习惯无关(P>0.05),LDHA高表达者总生存期(OS)低于低表达者(logrank P<0.01,H R=1.9).GO分析显示LDHA主要参与细胞分裂、细胞周期相变和嘌呤核糖核苷三磷酸代谢等过程,主要富集于中心颗粒体、微管、线粒体包膜等区域,主要与钙粘蛋白结合、单糖结合和激酶结合等功能相关;KEGG分析表明,LDHA共表达基因主要涉及糖酵解、磷酸戊糖途径、嘌呤代谢和糖异生等信号通路,26个LUAD相关基因编码的蛋白与LDHA存在互作关系.结论 LDHA在LUAD组织中高表达,影响LUAD的发生、发展和预后,有望成为LUAD诊断和药物治疗的重要靶点.     

PHF19在肺腺癌中的表达及对免疫微环境的影响

目的：探讨PHD锌指蛋白19(PHF19)在肺腺癌中的表达水平、临床预后、遗传改变、甲基化值、生物学功能和免疫调节作用。方法：基于癌症基因组图谱（TCGA）数据库肺腺癌的RNA队列数据，通过TIMER数据库、UALCAN数据库分析PHF19在肺腺癌和正常组织之间的表达差异及其表达水平与患者预后之间的关系，cBioPortal数据库、TIMER数据库分析PHF19在肺腺癌中的基因突变情况，UALCAN数据库分析PHF19在肺腺癌中的启动子甲基化水平，LinkedOmics数据库、KEGG数据库进行PHF19共表达基因的富集分析，TIMER数据库探索PHF19在肺腺癌中的表达与免疫浸润水平的相关性。结果：PHF19在肺腺癌组织中的表达上调，其高表达与肺腺癌患者的临床病理分期、淋巴结转移和总生存期缩短显著相关，0.9%的患者出现遗传变异，扩增和错义突变是最常见的突变，TP53突变可导致PHF19高表达，PHF19的启动子甲基化水平在肺腺癌中显著降低，PHF19的功能集中于细胞有丝分裂过程和细胞周期，PHF19表达水平与肿瘤免疫细胞浸润和免疫检查点表达呈显著相关。结论：PHF19可作为肺腺癌预...     

基于公共数据库分析LDHA、LDHB基因在肺腺癌中的表达及其预后

目的 探究乳酸脱氢酶A/B(LDHA/LDHB)在肺腺癌(LUAD)中的表达及其预后。方法 使用R语言和韦恩图从基因表达谱交互式分析(GEPIA)数据库、UALCAN数据库和人类蛋白图谱(HPA)数据库中筛选出LUAD的潜在遗传生物标记物并验证,使用受试者工作特征(ROC)曲线、Kaplan-Meier生存曲线评估LDHA/LDHB在LUAD中的诊断及预后价值。通过富集分析LDHA/LDHB影响LUAD预后的潜在分子机制及与免疫细胞浸润之间的关系。结果 LDHA和LDHB在LUAD组织中高表达,在正常组织中低表达;LDHA/LDHB表达与LUAD发生、进展及转移密切相关;ROC曲线分析表明,LDHA和LDHB在LUAD患者中具有较高的诊断价值;生存曲线显示,LDHA/LDHB表达较高的患者常存在预后不良;富集分析表明,LDHA和LDHB与LUAD的多条恶性肿瘤相关通路有关;LDHA和LDHB表达与免疫细胞浸润具有相关性(P<0.05),与Th2细胞呈显著正相关(P<0.05)。结论 生物信息学综合分析表明,LDHA和LDHB在LUAD中表达增加,可能成为LUAD诊断和预后的...     

PFKL在口腔鳞状细胞癌中的表达及其对预后的影响

目的 探究肝型磷酸果糖激酶(PFKL)在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的表达情况及其对患者临床预后的影响。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)中下载OSCC患者的转录组数据和临床数据,使用R软件对癌组织和正常组织的基因表达差异进行统计分析。通过Lasso和多因素回归分析筛选出5个与PFKL共表达的预后相关基因,并以此构建预后模型。对模型中高、低风险组的差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果 TCGA数据分析结果显示,PFKL在OSCC肿瘤组织中显著上调且与患者的不良预后相关;由PFKL相关基因构建的预后模型对OSCC患者的生存期有着良好的预测效果;KEGG富集结果显示在高风险组显著富集的通路集中在细胞增殖和促癌相关基因集。结论 PFKL在OSCC患者肿瘤组织中高表达,其表达水平与临床分期、N分级和G分级有关,并且是OSCC预后不良的独立危险因子,可能通过多种信号途径促进OSCC的发生发展。     

生物信息学方法探讨VPS72在肺腺/鳞癌中的表达及潜在作用机制

目的 通过多种数据库分析空泡蛋白72同源物(VPS72)在肺腺/鳞癌中的表达水平、预后关系及潜在作用机制。方法 基于肿瘤基因组图谱(TCGA)的数据集结合TIMER数据库和R语言数据包分析VPS72在肺腺/鳞癌的表达水平,Kaplan-Meier Plotter结合ROC曲线在线软件评估VPS72的预后关系和诊断价值,采用STRING和LinkedOmics筛选VPS72的互作蛋白和共表达基因,并通过LinkedOmics进行GO/KEGG功能富集分析,利用TIMER分析VPS72的表达与免疫细胞浸润之间的相关性,通过TISIDB数据库分析VPS72表达与不同免疫亚型的相关性。结果 VPS72在肺腺/鳞癌中高表达,高表达VPS72的肺腺癌患者总生存期明显缩短(P=0.01),但高表达VPS72的肺鳞癌患者总生存期差异无统计学意义(P=0.17)。PPI分析发现,VPS72与H2AFZ、RUVBL1、DMAP1等10个蛋白存在相互作用。功能富集分析发现,VPS72主要参与剪接体和核糖体合成等过程。在肺腺癌中,VPS72表达与多种免疫细胞(包括B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细...     

CCNA2在泛癌中的表达及其与预后和免疫浸润的关系

目的 通过生物信息学技术分析细胞周期蛋白A2 (CCNA2)在泛癌中的表达和预后价值，并深入探索CCNA2与免疫浸润的关系。方法 从UCSC Xena数据库下载癌症基因组图谱计划数据库中33种肿瘤的数据，分析CCNA2在33种肿瘤中的表达和预后价值。利用TISIDB数据库计算免疫浸润丰度，分析CCNA2与免疫检查点基因的相关性及其与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的相关性。利用GEPIA数据库获取肿瘤中与CCNA2相关的基因，进行基因本体以及京都基因和基因组数据库富集分析。结果CCNA2在多种肿瘤中普遍高表达，且CCNA2表达与生存率显著相关。同时，CCNA2表达与肿瘤免疫浸润和免疫检查点基因相关。CCNA2表达与不同类型肿瘤的肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性明显相关。结论 CCNA2可作为肿瘤不良预后和免疫浸润的生物标志物，为癌症治疗提供了新的思路。