成年大鼠小脑差异表达基因的克隆

目的 分析成年大鼠小脑基因与新生大鼠小脑基因的差异表达并获取新的表达序列标签。方法 成年大鼠小脑来源的cDNA为受检者（tester）,新生大鼠小脑的cDNA为驱动者（driver）,进行差减杂交,经克隆、获得成年大鼠小脑差减杂交为。结果 共挑选出54个阳性克隆质粒,测序得到56个不同基因片段序列,其中有16个是大鼠中首次测得的表达序列标签,并被GenBank收录（BG946773～BG946788）。结论 用差减杂交法建立差异表达基因文库可快速筛选未知表达序列标签。     

新生大鼠脊髓损伤修复差异表达基因的筛选

目的探讨新生大鼠半横切后再生时运动皮层神经元基因表达变化及其机制.方法新生大鼠脊髓单侧横断后即刻局部接受胚胎脊髓移植,术后3 d用抑制性消减杂交技术筛选大鼠双侧运动皮层神经元差异表达基因,构建差减cDNA文库,通过蓝白斑实验和RNA斑点杂交验证差异表达基因真阳性克隆,测序分析.结果在Genbank中检索出11个上调表达的基因分别与11个不同的蛋白基因有明显同源性,7个下调表达的基因分别与7个不同的蛋白基因有明显同源性.结论新生大鼠运动皮层神经元轴突中断后的再生过程中有基因表达变化,变化基因可能与神经元再生及轴突延长有关.     

乳腺癌特异基因1在乳腺癌表达的意义

目的 检测乳腺癌特异基因1(BCSG1)在乳腺癌中的表达，评价其表达与乳腺癌临床病理因素的相关性。方法 利用逆转录—聚合酶链反应(RT—PCR法)检测28例乳腺癌、7例乳腺增生症及5例乳腺纤维瘤中BCSG1的表达。结果 28例乳腺癌中有BCSG1表达12例(42．9％)，其中Ⅲ／Ⅳ期乳腺癌的表达率为69.2％(9／13例)，乳腺良性病变中BCSG1无一例表达。BCSG1的表达与乳腺癌分期密切相关(P=0．02)，与患者年龄、月经、肿瘤部位以及雌激素受体、孕激素受体、核增殖抗原、C—erbB2的表达等无相关性。结论 BCSG1可能是与肿瘤恶性进展有关的肿瘤标记物，是乳腺癌发生过程中的中晚期事件，为判定乳腺癌预后的新指标。     

SSH法获取大鼠小脑特异表达cDNA片段

目的获取大鼠小脑特异表达的cDNA序列,比较SSH方法的特点。方法以大鼠大脑和脑干mRNA逆转录cDNA作为driver(驱动)cDNA,大鼠小脑mRNA逆转录cDNA作为Tester(测试)cDNA,经抑制性消减杂交法,去除与大脑及脑干相同的cDNA,从而获得大鼠小脑特异表达基因.然后克隆制备成大鼠小脑特异表达cDNA文库.结果经消减杂交、克隆,挑选出32个阳性质粒.最后用反Northern杂交去除假阳性,筛选出8个有意义的差异表达cDNA基因片段.同时,将测序结果进行同源性比较,发现其中6个cDNA是新EST序列.结论用SSH方法筛选差异表达序列非常有效,特异表达序列分析有助于从分子水平探讨小脑功能.     

1个新的胰腺癌相关基因的筛选和初步鉴定

目的 筛选和鉴定胰腺癌相关基因.方法 提取胰腺癌和癌旁正常胰腺组织中的RNA和mRNA,应用抑制消减杂交技术(SSH)构建消减cDNA文库.采用随机数字表法挑选有插入片段的阳性克隆进行测序及同源性分析.应用RT-PCR和Northern blot检测新基因在12例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织以及4种胰腺癌细胞株(PaTu8988、SW1990、BxPC-3、AsPC-1)中的表达情况.结果 随机挑取50个直径＞1 mm的白色克隆进行PCR扩增分析,其中47个克隆有插入片段,克隆阳性率为94%.对47个有插入片段的阳性克隆进行测序, 得到42个可用序列.同源性分析发现41个为已知基因,1个为无任何功能线索的未知基因,可能代表了新基因.RT-PCR显示新基因在12例胰腺癌组织和4种胰腺癌细胞株中均表达,而在正常胰腺组织中未见表达.Northern blot分析得到相同的结果.结论 应用SSH技术成功构建了人胰腺癌抑制消减cDNA文库,并筛选出1条新的胰腺癌相关基因.新基因与胰腺癌的发生、发展密切相关,可作为胰腺癌诊断和基因治疗的分子靶标.     

应用抑制性消减杂交筛选大鼠不同程度肝纤维化的上调基因

目的 应用抑制消减杂交技术,筛选大鼠正常肝脏组织、轻度肝纤维化和重度肝纤维化组织中差异表达的上调基因.方法 利用抑制消减杂交技术,构建大鼠轻度肝纤维化和重度肝纤维化2个差异cDNA文库,并挑选36条上调显著的基因进行测序鉴定.结果 获得1 152个克隆,其中有1 036个含有插入片段.挑选32个克隆测序,与GenBank数据库进行初步比较,其中28条与已知基因的部分序列高度同源.结论 用抑制消减杂交技术成功构建了轻度肝纤维化和重度肝纤维化差异表达基因的cDNA削减文库,为进一步研究肝纤维化发生、发展和逆转的机制奠定了理论基础.     

应用抑制性消减杂交筛选大鼠不同程度肝纤维化的上调基因

目的应用抑制消减杂交技术,筛选大鼠正常肝脏组织、轻度肝纤维化和重度肝纤维化组织中差异表达的上调基因。方法利用抑制消减杂交技术,构建大鼠轻度肝纤维化和重度肝纤维化2个差异cDNA文库,并挑选36条上调显著的基因进行测序鉴定。结果获得1152个克隆,其中有1036个含有插入片段。挑选32个克隆测序,与GenBank数据库进行初步比较,其中28条与已知基因的部分序列高度同源。结论应用抑制消减杂交技术成功构建了轻度肝纤维化和重度肝纤维化差异表达基因的cDNA削减文库,为进一步研究肝纤维化发生、发展和逆转的机制奠定了理论基础。     

正加速度重复暴露大鼠脑差异表达基因的筛选

目的 筛选大鼠经正加速度(Gosiliveacceleration， Gz)重复暴露后脑的差异表达基因，探讨 Gz重复暴露致脑损伤的分子机制。方法 应用抑制性消减杂交技术，构建高消减效率的 Gz重复暴露大鼠脑cDNA消减文库；用差异筛选技术筛选阳性克隆；用序列分析确定阳性克隆的性质；用RT—PCR证实阳性克隆的可靠性。结果 从消减库中获得70个阳性克隆；经差异筛选后，选取其中10个阳性克隆，序列分析表明，7个克隆与已知基因高度同源，3个为新的候选基因。RT—PCR证实了差异表达基因在 Gz重复暴露大鼠脑中高表达。结论 用抑制性消减杂交技术筛选发现的3个新的cDNA可能在 Gz脑损伤的病理过程中起重要作用。     

乳腺癌相关差异表达基因的筛选及分析

目的构建乳腺癌组织与癌旁正常乳腺组织差异表达的cDNA消减文库,筛选乳腺癌相关基因并进行分析。方法应用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术对15对乳腺癌组织及正常癌旁乳腺组织进行差异基因的消减,构建cDNA消减文库,并转化大肠杆菌进行文库扩增,采用数字表法随机挑选克隆经PCR鉴定后,对200个阳性克隆插入片段的序列进行测定及同源性分析。结果建立了乳腺癌差异表达片段cDNA消减文库;通过测序和同源性分析,得到173个差异表达基因,其中26个与肿瘤发生发展相关;26个基因中有15个已被文献明确报道在乳腺癌组织或细胞中有差异表达。结论应用SSH技术成功建立了乳腺癌差异表达基因cDNA消减文库,为乳腺癌的发病机制研究及寻找潜在的治疗靶点提供了有力的支持。     

应用抑制性消减杂交筛选失血性休克所致大鼠心肌差异表达基因

目的：失血性休克可导致大鼠心肌的缺血，缺氧，进而对心肌细胞造成严重损伤，本实验将利用抑制性消减杂交技术（Suppression subtractive hybridization SSH)研究失血性休克大鼠心肌的差异表达基因，以期通过基因线索寻找其损伤机制，方法：建立失血性休克大鼠模型，选其心肌，提取总RNA，构建cDNA文库，应用抑制性消减杂交技术筛选其差异表达基因，通过反向Northern杂交验证差异表达基因阳性克隆，并进行测序分析，登陆Genbank寻找同源性基因。结果：获得42个阳性结果，25个为高表达基因，17个为低表达基因，其中发现5个新的cDNA片段，结论：SSH技术是一种高效的筛选差异基因的方法，本实验发现失血性休克可导致大鼠45S rDNA基因转录起始区域，鼠半胱氨酸富含蛋白61及鼠血清诱导激酶等基因的差异表达，今后的工作中我们将进一步研究它们与失血性休克所致损伤的关系。     

抑制性消减杂交法构建甲状腺癌差异表达基因文库

目的：筛选并克隆在甲状腺癌组织与正常甲状腺组织之间差异表达的基因。方法：(1)应用抑制性消减杂交(SSH)进行基因差示表达分析,构建人甲状腺癌组织与正常甲状腺组织之间差异表达的cDNA消减文库;(2)克隆、鉴定甲状腺癌组织特异性高／低表达的基因;(3)登录Genbank,运用Blastn程序进行同源性分析。结果：成功构建了高消减效率的人甲状腺癌cDNA消减文库,对其中数个克隆的插入cDNA片段进行测序,经检索Genbank表明,正向SSH产物中有3个片段与来源于结肠上皮腺癌和Lung Epidermoid carcinoma的EST有100％同源性,提示它们来自恶性肿瘤相关基因。反向SSH产物中有5个片段为未知新序列,提示它们可能来自于在甲状腺癌中特异性低表达的新基因。结论：通过抑制性消减杂交技术,构建了人甲状腺癌cDNA消减文库,为下一步筛选鉴定甲状腺癌特异性基因及其全长克隆、功能研究等工作打下了基础。     

用抑制性消减杂交方法筛选人肾癌相关基因

目的 应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌差异表达基因文库并进行差异表达基因筛选.方法 以肾癌细胞株RLC-310和肾近曲小管细胞株HK-2互为实验组和对照组,提取mRNA,应用抑制性消减杂交技术进行正反两向消减杂交,获得人肾癌细胞差异表达基因文库,结合反向Northern斑点印迹杂交,筛选差异基因克隆,并进行测序分析.结果 正向和反向文库共包含1200多个阳性克隆,经斑点杂交筛选后,对213个差异克隆进行测序并经BLAST分析,得到144个差异表达基因,与肾癌相关的高表达基因67个,低表达基因77个,其中新EST 14个,未知功能基因21个;对测序基因进行聚类分析发现与细胞生长、黏附、凋亡等肿瘤细胞生物学行为相关.结论 该文库质量可靠,所筛选出的差异基因和新的基因为进一步筛选肾癌特异性相关基因,绘制肾癌差异基因表达谱,最终阐明肾癌发生、发展、转移机制提供了实验材料和研究靶点.     

辐射抗性小鼠与其亲代差异基因的表达序列标签

目的寻找IRM-2小鼠体内存在的与辐射抗性相关的基因。方法提取IRM-2小鼠和其亲代小鼠脾细胞总RNA,利用mRNA差异显示技术挑选差异表达片段,对每一条差异带进行特异PCR扩增、克隆和测序。结果获得IRM-2小鼠独有而亲代小鼠均无的cDNA差异带75条,经测序获得52条差异cDNA序列。与GenBank基因库同源性比较,得到21条与小鼠已知基因不同源的表达序列标签（EST）。结论21条EST提示IRM-2小鼠体内可能存在辐射抗性相关基因,为进一步分离和鉴定辐射抗性相关基因奠定了基础。     

淡色库蚊性别差异表达cDNA文库的构建和分析

目的为探讨媒介与病原、媒介与宿主的相互作用,建立传播疾病的淡色库蚊性别差异表达cDNA文库。从而筛选阻断疾病传播的疫苗候选分子。方法以淡色库蚊雌蚊成蚊为检测方（Tester）、雄蚊成蚊为驱动方（Driver）,进行正向抑制性消减杂交;以雄蚊成蚊为Tester、雌蚊成蚊为Driver,进行反向抑制性消减杂交。将获得的正向抑制性消减杂交产物克隆入pGEM-T easy vector,并以菌液PCR扩增鉴定插入片段。随机抽取100个阳性克隆进行DNA序列分析,并将所得ESTs序列进行在线BLAST分析。结果从100个阳性克隆中测得98个ESTs序列,在测定的序列中与已知基因具有同源性的有57个,其余41个ESTs与已知基因不具有同源性。结论抑制性消减杂交技术建立雌蚊特异性基因文库,发现了淡色库蚊雌蚊新的ESTs序列,为性别相关基因的功能及性别调控。探讨媒介与病原、媒介与宿主的相互作用及其筛选传播阻断疫苗候选分子的研究奠定了基础。     

高甘油三酯血症大鼠高血凝相关基因的筛选

目的：筛选实验性高甘油三酯血症诱发大鼠高血凝的相关基因。方法：采用抑制性消减杂交技术构建大鼠高血凝cDNA消减文库，并用半定量RT-PCR初步鉴定差异表达基因。结果：成功构建了大鼠高血凝cDNA消减文库，20个阳性克隆的序列测定和同源比较表明这些克隆代表了19个基因，其中8个为已知基因但首次发现与高血凝相关，11个为新的ESTs，已被GenBank收录。半定量RT-PCR证明3个ESTs(HC002、HC057和HC067)为表达上调基因。结论：所构建的消减文库消减效率高，为进一步筛选、克隆大鼠高血凝相关的新基因奠定了基础，HC002、HC057和HC067可能与高甘油三酯血症诱发的高血凝相关。     

心脏圆锥动脉干发育相关基因的筛选研究

目的检测剔除心脏神经嵴心脏组织与正常心脏组织之间表达差异基因,筛选心脏圆锥动脉干发育相关基因。方法用电刺激方法建立鸡胚实验模型;用抑制消减杂交法筛选出实验组和对照组心脏组织之间存在的差异表达基因;构建减数杂交文库,用cDNA基因芯片技术验证,并进行测序。结果31.8％克隆在实验组表达显著减少。经检验确定13种不同基因片段．有7种与已知鸡基因序列完全匹配,分别为心脏α-actin、DEAD-box RNA解旋酶、核糖体蛋白L7a、线粒体基因组、GAPDH、肽延长因子-1;有4种基因片段与人、鼠等种属已知基因俘在83％～89%的同源性,分别为核糖体蛋白S3、L10a、SNX1、CIRBP等;有2种在公共数据库未查到同源序列。结论有多种基因参与心脏圆锥动脉干胚胎发育;抑制消减杂交和基因芯片技术是筛选差异表达基因的有效方法。     

新生大鼠缺氧缺血性脑损伤后差异性表达基因的生物信息学分析

目的 分析新生大鼠缺氧缺血性脑损伤（hypoxic-ischemic brain damage,HIBD）后7周大脑皮层与对照组脑皮层的基因表达差异,探讨其生物学意义。 方法 从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus database,GEO）中获取新生Wista大鼠缺氧缺血性脑损伤后7周大脑皮层基因表达芯片数据集GSE37777。该数据集共8个样本,4个样本为HIBD组,4个样本为对照组。采用R软件包对数据做预处理和差异性表达基因（differentiallyexpressed genes,DEGs）的筛选,应用Cytoscape 插件ClueGO+Cluepedia构建DEGs功能分组通路网络。通过相互作用基因库检索工具（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING）数据库和Cytoscape软件进行DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络分析。结果 HIBD组共发现 973 DEGs,其中599个基因表达上调,374个基因表达下调。DEGs功能分组通路网络分析显示Hedgehog信号通路是最显著的差异性表达基因通路。HIBD组中Hedgehog通路相关基因Shh及Dhh表达上调,Wnt通路相关基因Wnt1、Wnt2B及Wnt5表达上调。PPI网络分析显示Ccnd1、Shh、 Ret及Gli3是主要的中心蛋白,Shh和Ret表达上调,Ccnd1和Gli3表达下调。 结论 生物信息学分析显示,新生大鼠HIBD后7周脑皮层可能存在Hedgehog和Wnt信号通路的激活,与细胞修复相关的蛋白Shh及Ret的表达上调。新生大鼠HIBD 7周后脑皮层可能存在持续修复过程。