修复基因XRCC1、XPD和XRCC3多态性与苯致DNA损伤修复能力关系的研究

目的探讨XRCC1、XPD、XRCC3基因多态性与苯致DNA损伤修复能力的关系。方法以确诊并已脱离苯作业的80名慢性苯中毒患者作为病例组,以同期接苯的62名苯作业工人为对照组,应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析技术,检测XRCC1 C26304T(Arg194Trp)、G27466A(Arg280His)、G28152A(Arg399Gln)、G36189A(Gln632Gln)和XPD C22541A(Arg156Arg)、C23591T(Asp312Asn)、A35931C(Lys751Gln)以及XRCC3 C18067T(Thr241Met)位点的多态性,采用细胞阻滞微核试验和碱性彗星试验分别从细胞水平和分子水平检测DNA修复能力。结果携带XPD35931 AC+CC变异基因型的个体、携带XPCC318067C/T变异基因型的个体均比携带相应野生基因型个体的苯致DNA损伤修复能力强。结论     

氯乙烯致DNA损伤的遗传易感性研究

目的 探讨氯乙烯(VCM)致DNA损伤与DNA修复基因和代谢酶基因多态性的关系.方法 彗星试验检测DNA损伤,并按DNA损伤情况将接触VCM的研究对象分为DNA损伤组(75人),采用病例对照设计方法选择对照组(75人),用聚合酶链反应-限制性酶切片段多态性技术(PCR-RFLP)和PCR测XRCC1(Arg194Trp,Arg280His和Arg399Gln)、XPD(Ile199Met,Asp312Asn和Lys751Gln)和代谢酶(CYP2E1、GSTT1和GSTM1)基因多态性.结果 单因素分析结果表明,CYP2E1c1c2、c2c2和XPD 751 Lys/Gln、Gln/Gln基因犁携带者DNA损伤风险明显增高,而XRCC1 399 Arg/Gln、Gln/Gln基因型携带者DNA损伤风险明显降低,差异均有统计学意义(P<0.05,P<0.01).logistic回归分析发现,XRCC1 194、XRCC1 399、XPD751和CYP2E1多态与DNA损伤有关.累积接触剂量分析表明,具XRCC1 399Arg/Gln、Gln/Gln基因型个体即使在累积接触剂量高的情况下DNA损伤发生率仍明显降低(OR:0.35,95%CI:0.12～1.01);具CYP2E1 c1/c2、c2/c2基因型个体,无论累积接触剂量高低,其DNA损伤发生率均明显高于对照(OR:2.57,95%CI:1.01～6.59和OR:2.57,95%CI:0.99～6.87).结论 VCM累积接触剂量和CYP2E1、XRCC1 194、XRCC1 399及XPD751基因型与VCM诱导的DNA损伤有关.     

XRCC1基因和ERCC2基因多态与胃癌的研究

目的探讨DNA损伤修复相关基因XRCC1 Arg399Gln和ERCC2 Lys751Gln多态单独或联合与胃癌发病风险的关系。方法采用病例-对照研究设计,利用聚合酶链反应(PCR)结合限制性片段长度多态性(RFLP)方法,对300例病例和300例对照进行基因型分析,采用多因素logistic回归模型因素分析各基因型以及基因之间交互作用与胃癌发病风险的关系。结果 XRCC1 Arg399Gln多态与胃癌发病风险无关;与携带751 Lys/Lys基因型的个体相比,携带751Gln/Gln基因型的个体胃癌发病的风险增加(OR=2.39,95%CI:1.47~3.89;P0.001)。XRCC1基因型和ERCC2基因型存在交互作用,携带XRCC1 399Arg/Gln和ERCC2 751Gln/Gln基因型者患胃癌的风险增加(OR=4.63,95%CI:2.11~10.16;P0.001),携带XRCC1 399Gln/Gln和ERCC2 751 Lys/Gln基因型者患胃癌的风险增加(OR=2.77,95%CI:1.48~5.19;P=0.001)。结论 XRCC1 Arg399Gln和ERCC2 Lys751Gln多态可能是胃癌的遗传易感因素。     

XRCC1399与XPD751基因多态性与苯乙烯致周围血淋巴细胞损伤关系

目的探讨DNA修复基因X线修复交叉互补基因1(XRCC1)399与人类着色性干皮病基因D(XPD)751基因多态性与苯乙烯致周围血淋巴细胞损伤的关系。方法 选取山东省某机车外壳生产厂126名苯乙烯作业人员为接触组,150名非苯乙烯作业人员为对照组。应用限制性片段长度多态性聚合酶链反应技术检测患者XRCC1 399位点和XPD 751位点的基因多态性,分析其与苯乙烯致周围血淋巴细胞损伤的关系。结果 XRCC1 399 Arg/Gln分布主要以Gln/Gln和Arg/Gln基因型为主,Arg/Arg基因型仅出现在少数人群中。XPD 751 Lys/Gln主要以Lys/Lys基因型为主,未发现Gln/Gln基因型者,2种基因的基因型均符合Hardy-Weinberg平衡。接触组携带XRCC1 399 Arg/Gln和Gln/Gln基因型的个体周围血淋巴细胞双核微核率低于Arg/Arg基因型者,差异有统计学意义(P<0.05),携带XPD 751 Lys/Gln基因型的个体周围血淋巴细胞双核微核率高于Lys/Lys基因型者,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 XRCC1 399和XPD751基因多态性可能与苯乙烯致周围血淋巴细胞损伤有关系。     

DNA修复基因XRCC1和XRCC3多态性与慢性苯中毒易感性的关系

目的探讨DNA修复基因XRCC1、XRCC3多态性与慢性苯中毒遗传易感性的关联及其与慢性苯中毒潜伏期的关系。方法采用病例-对照研究方法,以确诊并已脱离苯作业的80名慢性苯中毒患者为病例组,以同期接苯的62名苯作业工人为对照组,应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析技术,检测XRCC1基因C26304T(Arg194Trp)、G27466A(Arg280His)、G28152A (Arg399Gln)、G36189A(Gln632Gln),位点和XRCC3基因C18067T(Thr241Met)位点的多态性,并采用生存分析方法对慢性苯中毒的潜伏期进行分析。结果携带XRCC3 18067C／T基因型的个体发生慢性苯中毒的危险性低于携带XRCC3 18067C／C基因型的个体(OR=0．233,95％CI:0．085～0．639,P=0．0046);携带XRCC1 27466G／G基因型的个体发生慢性苯中毒的潜伏期比携带27466G／A或A／A基因型的个体长6年。结论在相同的苯作业暴露环境下,携带XRCC3 18067T变异等位基因的个体发生慢性苯中毒的危险性降低;在慢性苯中毒患者中,携带XRCC1 27466 G／G基因型的个体发生慢性苯中毒的潜伏期较长。     

多因子降维法在人群散发性结直肠癌交互作用分析中的应用

目的 探讨DNA修复基因多态性与中国南方汉族人群散发性结直肠癌发病的相关性,验证多因子降维法(MDR)应用于多因子疾病基因-基因、基因-环境交互作用分析的可行性.方法 采用自然人群为基础的病例对照研究设计,运用PCR-RFLP方法对206例结直肠癌病例和845例正常对照开展OGG1 Ser326Cys,XRCC1 Arg194Trp、Arg280His和Arg399Gln,XPD Lys751Gln和XRCC3 Thr241Met等DNA修复体系常见单核苷酸多态性(SNP)的检测分型.结果 个体特征与结直肠癌的关联分析表明,年龄与结直肠癌的发病正相关,高年龄组(≥61岁)与低年龄组(≥42岁至＜61岁)相比,结直肠癌患病风险增高有统计学意义(校正OR=2.04,95%CI:1.49～2.80);家族肿瘤史同样与结直肠癌的发病存在有统计学意义的正相关关系(校正OR=1.51,95%CI:1.05～2.17).前述各SNP的等位基因和基因型分布频率在正常对照组和病例组间差异均无统计学意义(P＞0.05).采用MDR对基因-基因、基因-环境交互作用模型的筛选分析表明,最佳的交互作用模型包含了年龄分布、饮酒史、XRCC1 Arg194Trp和OGG1 Ser326Cys等4个因子(平均检验准确度=0.616,交叉验证一致性=10/10,P=0.011);进一步以筛选出的低风险组合为参照,logistic拟合分析发现高风险组合可以使结直肠癌的患病风险增高并有统计学意义(OR=2.72,95%CI:1.66～4.47).结论 DNA修复基因多态性对中国人散发性结直肠癌风险的遗传影响符合低外显性特征,并与环境因子可能存在着复杂的联合作用.     

DNA修复基因XRCC1和XPC多态性与胰腺癌风险关联研究

目的探讨碱基切除修复相关基因XRCC1及核酸切除修复基因XPC基因多态与胰腺癌发病风险的关系。方法采用病例-对照研究(胰腺癌新发病例101人,对照337人)方法,分析XRCC1Arg399Gln、Arg194Trp及XPC第9内含子的AT双核苷酸的插入/缺失(PAT)多态与胰腺癌风险的关系。结果经年龄、性别及吸烟、饮酒状态调整后,携带XRCC1399Arg/Gln及Gln/Gln基因型的个体较399Arg/Arg者发生胰腺癌的风险有所降低,OR值分别为0·83(95%CI,0·52~1·34,P=0·41)和0·64(95%CI,0·21~1·66,P=0·30),但没有达到统计学显著水平。携带PAT+/+基因型者发生胰腺癌的风险为XPC/PAT-/-基因型者的0·30倍(95%CI,0·10~0·76,P=0·02)。结论XPC-PAT多态可能在胰腺癌的发生中起着一定的作用。     

南京市人群DNA修复基因XRCC1多态性与肺癌易感性的关系

[目的]研究碱基切除修复基因XRCC1多态性与南京市人群肺癌易感性的关系。[方法]采用配对病例．对照研究，收集南京籍原发性肺癌患者104例为病例组，同时按1：1配对选择非肿瘤、非呼吸道疾病患者104例为对照组，并进行流行病学调查。应用PCR-RFLP方法分析了病例组和对照组的XRCC1基因Arg194Trp和Arg399Gln两个位点的多态性，比较不同基因型与肺癌易感性的关系，以及基因多态性与吸烟之间对肺癌易感性的交互作用。[结果]携带399Gln等位基因的个体其肺癌危险性增高(OR=1．790，95％CI=1．033～3．103，P=0．038)，且主要增加患鳞癌的危险(OR=2．426，95％CI=1．123～5．237，P=0．023)；并与吸烟指数≥20的有一定的协同作用(OR=2．536，95％CI=1．043～6．165)。Arg194Trp与肺癌危险性之间未见显著性相关(0R=1．040，95％CI=0．600～1．805)。[结论]碱基切除修复基因XRCC1的多态性可能会对肺癌易感性产生影响，并可能与吸烟量之间存在一定的协同作用。     

XRCC1多态性与子宫内膜异位症及卵巢癌易感性的Meta分析

目的研究X射线交错互补修复基因1(X-ray repair cross-complementing group 1,XRCC1)多态性与子宫内膜异位症(Endometriosis,EMS)和卵巢癌易感性的关系。方法全面检索数据库,收集有关XRCC1多态性与EMS和卵巢癌发病相关的病例对照研究,采用Stata12.0进行Meta分析。结果共纳入9项研究(EMS:病例561例,对照557例;卵巢癌:病例1 087例,对照1 446例)。XRCC1 Arg194Trp多态性与EMS和卵巢癌易感性无关;XRCC1 Arg399Gln多态性与EMS和卵巢癌易感性有关(隐性模型AA vs.GG:OR=1.65,95%CI:1.02~2.67,P=0.042和纯合子模型AA vs.AG+GG:OR=1.76,95%CI:1.03~3.02,P=0.039)。亚组分析提示,XRCC1 Arg194Trp多态性与EMS易感性有关(等位基因模型T vs.C:OR=1.48,95%CI:1.03~2.14,P=0.036);XRCC1 Arg399Gln多态性与EMS易感性有关(隐性模型AA vs.GG:OR=2.16,95%CI:1.19~3.93,P=0.011和纯合子模型AA vs.AG+GG:OR=2.37,95%CI:1.07~5.23,P=0.033);但是XRCC1两位点基因多态性与卵巢癌易感性无关。结论 XRCC1 Arg399Gln多态性与EMS和卵巢癌易感性有关。     

DNA修复基因XRCC1多态性及EB病毒感染与鼻咽癌易感性的关联

目的 研究X射线交错互补修复基因1(XRCC1)多态性及EB病毒(EBV)感染与鼻咽癌(NPC)易感性的关系,为临床筛查、预防和诊治提供参考依据。方法 选取2018年4月-2021年4月济南市人民医院97例初治NPC患者和92名健康体检人群分别为NPC组和对照组,比较两组EBV-DNA水平,分析XRCC1基因Arg194 Arg/Trp、Arg280 Arg/His和Arg399 Arg/Gln多态性。结果 NPC组吸烟史、家族史和EBV-DNA阳性占比均高于对照组(P<0.05); NPC组和对照组XRCC1基因Arg194 Arg/Trp、Arg280 Arg/His和Arg399 Arg/Gln位点基因型分布均满足Hardy-Weinber平衡定律(P>0.05),且NPC组Arg194 Trp/Trp基因型和Trp等位基因分布频率分别为(6.19%和31.44%)低于对照组,Arg399 Gln/Gln基因型和Gln等位基因分布频率分别为(28.87%和52.58%)高于对照组,比较差异均有统计学意义(P<0.05)。结论 XRCC1基因多态性和EBV感染可能导致NPC发病风险升高。     

DNA微阵列(DNA microarrays)

一种mRNA表达得高通量差异筛选工具。将cDNA或寡核苷酸文库高密度地固定在微芯片上 ,与由 2种不同细胞群体产生的荧光标记cDNA混合物进行杂交 ,最后由激光共聚焦扫描仪分析结果。DNA微阵列可用于监测不同生理与病例状态下的基因表达谱 ,研制新药和研究药理与毒理 ,研究环境因素与基因的交互作用 ,以及临床检验等等用途。DNA微阵列(DNA microarrays)@方福德!100005北京$中国医学科学院基础医学研究所     

多环芳烃DNA加合物对DNA合成的影响

采用人类原癌基因（Ｈ－ｒａｓ）部分同源序列做模板，在此序列的突变热点上以多环芳烃进行化学修饰，形成多环芳烃ＤＮＡ加合物。以含有加合物的模板在ＮＤＡ聚合酶催化下进行ＮＤＡ合成。结果表明：多环芳烃ＮＤＡ加合物影响ＤＮＡ合成及其酶动力学特征，从分子水平为多环芳烃类物质的致癌及致突变研究提供了重要依据。     

RAPD技术对表皮葡萄球菌DNA分型

目的对表皮葡萄球菌进行DNA分型并分析其多态性,为临床提供采用RAPD分析表皮葡萄球菌同源性的方法。方法用随机引物RAPD1,对眼科病房分离到的21株表皮葡萄球菌菌株DNA做RAPD并对其做药敏试验。结果以电泳图谱条带的差异对分离株的DNA分析后,21株表皮葡萄球菌分5个型别,其中属Ⅰ型的菌数占71%。结论RAPD技术能在DNA水平上对表皮葡萄球菌分型,其方法快速、简易、特异、可靠,适用于该菌致医院感染的追踪及流行病学研究。     

DNA条形码识别——DNA条形码与DNA芯片识别蚊媒准确性的比较

〔目的〕比较DNA条形码和DNA芯片这2种技术平台在口岸医学媒介蚊类识别中的准确性。〔方法〕以20种媒介蚊类的线粒体COI基因序列信息为分析对象,采用NJ邻接法计算公认的DNA条形码区域在物种识别中的准确性,采用DNA芯片技术分析2种长度探针在物种水平识别中的差异。〔结果〕DNA条形码的准确性为98.5%,数据集中95%物种的唯一序列最短长度为50bp左右;DNA芯片的准确性为90%～98.4%,25bp探针比55bp探针更具优势。〔结论〕DNA条形码和DNA芯片都能够准确地识别20种媒介蚊类,DNA条形码芯片技术有望在口岸出入境检验检疫领域得到应用。     

DNA tags

Amplification methods could be used to develop tests so that very small protein amounts could be detected. A piece of DNA--a DNA tag--could be coupled to an antibody, and this could then be used to detect a protein antigen by amplification of the DNA tag.     

Ribosomal DNA fingerprinting of Listeria monocytogenes using a digoxigenin-labeled DNA probe

A nonisotopic ribosomal DNA fingerprinting technique was developed for the characterization of Listeria monocytogenes. Plasmid pKK3535 (a pBR322-derived plasmid containing rrnB ribosomal RNA operon of Escherichia coli) was labeled with digoxigenin-II-dUTP by random priming and used to probe EcoRI fragments of L. monocytogenes chromosomal DNA on nylon filters. The method was successfully applied to the characterization of two sets of patient and food isolates of L. monocytogenes.Corresponding author.     

Association of Global DNA Methylation and Global DNA Hydroxymethylation with Metals and Other Exposures in Human Blood DNA Samples

Background: The association between human blood DNA global methylation and global hydroxymethylation has not been evaluated in population-based studies. No studies have evaluated environmental determinants of global DNA hydroxymethylation, including exposure to metals.Objective: We evaluated the association between global DNA methylation and global DNA hydroxymethylation in 48 Strong Heart Study participants for which selected metals had been measured in urine at baseline and DNA was available from 1989–1991 (visit 1) and 1998–1999 (visit 3).Methods: We measured the percentage of 5-methylcytosine (5-mC) and 5-hydroxymethylcytosine (5-hmC) in samples using capture and detection antibodies followed by colorimetric quantification. We explored the association of participant characteristics (i.e., age, adiposity, smoking, and metal exposure) with both global DNA methylation and global DNA hydroxymethylation.Results: The Spearman’s correlation coefficient for 5-mC and 5-hmC levels was 0.32 (p = 0.03) at visit 1 and 0.54 (p < 0.001) at visit 3. Trends for both epigenetic modifications were consistent across potential determinants. In cross-sectional analyses, the odds ratios of methylated and hydroxymethylated DNA were 1.56 (95% CI: 0.95, 2.57) and 1.76 (95% CI: 1.07, 2.88), respectively, for the comparison of participants above and below the median percentage of dimethylarsinate. The corresponding odds ratios were 1.64 (95% CI: 1.02, 2.65) and 1.16 (95% CI: 0.70, 1.94), respectively, for the comparison of participants above and below the median cadmium level. Arsenic exposure and metabolism were consistently associated with both epigenetic markers in cross-sectional and prospective analyses. The positive correlation of 5-mC and 5-hmC levels was confirmed in an independent study population.Conclusions: Our findings support that both epigenetic measures are related at the population level. The consistent trends in the associations between these two epigenetic modifications and the characteristics evaluated, especially arsenic exposure and metabolism, suggest the need for understanding which of the two measures is a better biomarker for environmental epigenetic effects in future large-scale epidemiologic studies.Citation: Tellez-Plaza M, Tang WY, Shang Y, Umans JG, Francesconi KA, Goessler W, Ledesma M, Leon M, Laclaustra M, Pollak J, Guallar E, Cole SA, Fallin MD, Navas-Acien A. 2014. Association of global DNA methylation and global DNA hydroxymethylation with metals and other exposures in human blood DNA samples. Environ Health Perspect 122:946–954; http://dx.doi.org/10.1289/ehp.1306674