江苏省2006年新发现感染者的HIV-1分子流行病学研究

目的:了解人类免疫缺陷病毒在江苏省的亚型分布特点,初步探讨传播途径与病毒亚型间的关系.方法:收集2006年新发现HIV-1者的流行病学资料;用EDTA-K3抗凝的全血,提取病毒RNA,用逆转录巢式PCR扩增env基因的C2-V3区和gag基因.先用ClustalX对所得序列和参考株序列进行比对,然后用MEGA3.1构建进化树和亚型分析.结果:江苏省共发现CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B、C、CRF02_AG、A1 7种亚型,其中主要流行的亚型是CRF01_AE,占31.6%(24/76);其次为CRF07_BC,占25%(19/76);B亚型占19.7%(15/76).在异性性传播途径中,共发现CRF07_BC、B、CRF01_AE、C、CRF08_BC5种亚型,其中CRF07_BC、B、CRF01_AE分别占32.6%、23.3%、20.9%.在同性性传播途径中,共存在CRF01_AE、CRF07_BC、B、CRF08_BC 4种亚型,主要流行株均为CRF01_AE,占63.6%.在静脉吸毒者中,共发现CRF07_BC、B、CRF01_AE、A1、CRF02_AG 5种亚型,CRF01_AE是该类人群的主要流行株,占58.4%.结论:流行于江苏省的HIV-1亚型种类较多;除CRF02_AG和A1亚型外,其余5种亚型均存在于性传播途径中;经性传播途径感染HIV-1可能是我省HIV-1亚型日趋复杂化的主要原因.     

深圳市2010年HIV-1分子流行病学调查

目的了解2010年艾滋病病毒-1型（HIV-1）毒株亚型在深圳市的流行情况,为预防和控制HIV在本市的流行提供有价值的资料。方法收集2010年深圳市HIV-1确认为阳性的样本150例,应用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）技术,对该样本膜蛋白基因（env基因）和核心蛋白（gag基因）进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果共有128份样本获得分型结果,其中CRF01_AE重组株占63.3%（81/128）,B’亚型占14.1%（18/128）,CRF07_BC重组株占13.3%（17/128）,CRF08_BC重组株占7.0%（9/128）,C亚型占0.8%（1/128）,A1亚型占1.6%（2/128）;CRF01_AE重组株以吸毒传播、异性性传播和同性性传播为主,分别占其感染人群的23.5%、45.7%和30.9%,CRF07_BC、CRF08_BC重组株以异性性传播和同性性传播为主,分别占各感染人群的41.2%、58.8%和66.7%、33.3%%,B’亚型主要分布在性传播、献/输血和母婴传播人群。本文首次在吸毒人群中发现A1亚型。结论 2010年深圳市的HIV-1是以CRF01_AE重组株、B’亚型、CRF07_BC和CRF08_BC重组株为主要流行毒株,也存在A1和C亚型;CRF01_AE重组株是各传播途径人群中的主要流行株,并且CRF01_AE重组株在各人群中所占的比例高于国内其他地区。     

江苏省连续3年HIV-1耐药警戒线及流行亚型的调查研究

目的:了解江苏省艾滋病新近感染者在开展艾滋病抗病毒治疗以来HIV-1耐药株的传播水平及亚型分布情况?方法:采用WHO的截断序贯抽样法,连续3年在江苏省部分地区采集16~25岁HIV-1新近感染者的血样本各65?66和49例,提取病毒RNA,采用RT-PCR和巢式PCR扩增HIV-1pol区片段并测定pol区编码蛋白酶和逆转录酶基因的序列,提交到斯坦福大学HIV在线耐药数据库中鉴定耐药位点?用MEGA4.0软件构建进化树,分析亚型?结果:根据采样时间对样本排序,2009—2010年前47例未检出耐药样本数,2011年第28个序列出现1例耐药传播相关的耐药突变,后续一直到第44例均未有耐药样本出现,按传播水平判别表,属HIV耐药株的低度传播水平,采集的样本按pol区分型,2009?2010?2011年调查对象成功获得序列的前47例(2011年为44例)的亚型结果看,亚型以CRF01_AE为主,分别占40.40%?46.80%和56.80%,其次为CRF07_BC,分别为29.80%?25.50%?27.30%,其余还有CRF08_BC?C?B?URFA/B?结论:2009—2011年江苏省HIV-1新近感染者中HIV-1耐药株传播水平属低度,主要亚型流行情况与2006年本省调查结果类似,但与2003年前调查的HIV-1流行亚型比还是发生了显著变化?     

2015年江苏省HIV耐药警戒线调查

目的:了解2015年江苏省的免疫缺陷病毒(HIV)耐药株传播水平和亚型分布?方法:采用WHO的截断序贯抽样法,在江苏省获得性免疫缺陷综合征(艾滋病)疫情主要发生地南京采集47例当年新报告25岁以下HIV感染者血样,提取病毒RNA,采用RT-PCR和巢式PCR扩增HIV-1 pol区片段,并进行传播型耐药基因型分析?结果:2015年调查对象的序列成功获得率为100%(47/47),亚型以CRF01_AE亚型为主(59.6%),其次依次为CRF07_BC(25.5%)?C亚型(6.4%例)和B亚型(2.1%),并在亚型分析中发现3例URFs?江苏省HIV耐药传播水平为低流行,47份样本中发现1份样本存在传播型耐药位点突变,为蛋白酶区耐药位点突变(M46I)?该例耐药个体感染途径为同性传播,亚型为CRF01_AE?此次抽样调查发现学生所占比例最大,为46.8%(22/47),已超过商业服务人员29.8%(14/47)的比例?传播途径除1例异性传播外,其余均为同性传播?结论:江苏省首次发现传播型耐药1例,说明耐药株已开始传播?虽仍为低流行,但应密切关注耐药株传播水平的趋势变化?学生逐渐成为25岁以下感染者的主要群体,扩大对该人群的检测咨询干预工作应成为艾滋病防控工作的重点?对男男性行为做好预防措施,是控制耐药株传播的关键?     

广东省HIV/HCV共感染者及单纯HIV感染者HIV-1基因亚型分析

目的了解广东地区HIV/HCV共感染患者和单纯HIV感染患者的感染途径及HIV-1病毒基因亚型分布特征,为艾滋病的治疗与预防提供实验室数据。方法采用巢式RT-PCR对广东地区51例HIV/HCV共感染患者和48例单纯HIV感染患者HIV-1 ENV基因c2v3区域及GAG基因p17区域进行扩增,PCR产物测序后所获得序列进行HIV-1病毒基因亚型分析。结果 HIV/HCV共感染患者主要感染途径为静脉注射毒品,约占82%,其HIV-1有4种基因亚型,不同亚型以及比例分别为CRF01_AE(54.9%)、CRF07_BC(33.3%)、CRF08_BC(4%)和B’型(7.8%),CRF01_AE亚型为经静脉注射毒品感染的HIV/HCV共感染患者的主要HIV-1基因亚型,约占54.7%;单纯HIV感染患者主要感染途径为性,约占77%,其HIV-1有5种基因亚型,不同亚型及比例分别为CRF01_AE(77.1%)、CRF07_BC(10.4%)、CRF08_BC(6.2%)、B’型(4.2%)和B型(2.1%),CRF01_AE亚型为经性途径感染的单纯HIV感染患者的主要HIV-1基因亚型,约占78.4%。结论广东省HIV/HCV共感染患者和单纯HIV感染患者中流行的HIV-1病毒基因亚型呈现多样性,尽管HIV/HCV共感染患者的主要感染途径与单纯HIV感染患者的不同,但HIV-1病毒主要基因亚型相同。     

柳州市60株HIV毒株pol区亚型分布和原发性耐药情况

目的了解柳州市HIV亚型分布和原发性耐药情况。方法招募未经抗病毒治疗的柳州HIV感染者66名,采集外周静脉血,从血浆中提取HIV RNA,扩增pol基因并测序,将序列进行系统进化树分析和耐药性分析。结果获得60株序列,47株为CRF01_AE,占78.3%,12株为CRF07_BC,占20.0%,1株不能判断亚型。9株发生耐药性相关突变,其中2株可产生耐药性,原发性耐药的发生率为3.3%。结论当前柳州主要的HIV流行亚型是CRF01_AE和CRF07_BC,HIV原发性耐药的发生率处于国内一般水平。     

深圳市HIV-1毒株的流行状况

目的了解深圳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株亚型及流行情况,分析其传染来源和传播规律。方法应用巢式聚合酶链反应技术,对122例在深圳市发现的HIV-1感染者外周血单个核细胞中的env基因和gag基因进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果122份样本中共存在CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC3种重组毒株以及B'、B、C3种亚型,其在所有分析样本中的比例分别为45.1%(55/122)、31.1%(38/122)、6.6%(8/122)、14.8%(18/122)、1.6%(2/122)和0.8%(1/122)。CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC、B和B'亚型间的组内离散率分别为(4.455±1.478)%、(2.997±1.345)%、(4.380±2.024)%、(5.186±2.487)%和(4.869±2.638)%,与部分国内和国际参考株01AE.TH.90.CM240、97CNGX-9F、CN.97.C54A、B.US.83.JRFL、RL42核苷酸序列间的离散率分别为(5.228±0.823)%、(3.634±1.073)%、(4.233±1.119)%、(4.950±2.564)%、(5.795±2.198)%。CRF07_BC和CRF08_BC亚型以吸毒人群为主,CRF01_AE重组亚型以性途径和吸毒人群为主,B和B'亚型主要分布在静脉吸毒、性传播和献/输血人群。结论深圳地区有3种亚型和3种重组亚型HIV-1毒株流行,CRF01_AE、CRF08_BC重组亚型和B'亚型为主要流行毒株,CRF01_AE是性传播人群中的主要流行毒株,CRF08_BC和CRF01_AE是静脉吸毒人群中的主要流行毒株。     

辽宁省阜新市抗病毒治疗患者HIV-1 DNA耐药情况及亚型分析

目的 了解阜新市已接受HAART患者HIV耐药株的发生及基因亚型分布情况。方法 采集全血标本进行白细胞富集和前病毒DNA提取,巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因并测序,使用MEGA以及斯坦福大学HIV耐药数据库等工具对序列信息进行分析。结果 在112份全血标本中获得101例有效基因序列,CRF01_AE亚型占84.16%(85/101),CRF07_BC 亚型占8.91%(9/101),B亚型占3.96%(4/101),CRF65_cpx亚型占1.98%(2/101),G亚型0.99%(1/101);耐药分析显示27例患者发生耐药位点突变,其中,19例对核苷类逆转录酶抑制剂耐药,主要耐药突变位点为M184I/V,14例对非核苷类逆转录酶抑制剂耐药,主要耐药突变位点为G190S,对两类逆转录酶抑制剂同时耐药的样本有6例,尚未出现蛋白酶抑制剂耐药突变患者;治疗时间以及基线CD4水平的差异对耐药突变具有统计学意义。结论 阜新市HIV-1存在5种亚型,CRF01_AE为主要流行亚型;耐药情况的研究为更科学有效地指导艾滋病防治工作提供参考依据,应继续加强耐药监测,掌握基线数据,严防耐药株的流行。     

北京市2018—2019年献血筛查发现的HIV-1毒株分子特征研究

目的 分析北京市献血者中筛查出的人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者流行毒株及分子传播特征,为献血人群的艾滋病防治工作提供数据。方法 对2018—2019年献血筛查HIV-1阳性而报废的血液样本118份,针对病毒pol区部分片段进行基因扩增和测序,运用系统进化分析技术构建贝叶斯（Bayesian inference, BI）和最大似然（Maximum Likelihood, ML）系统进化树,确定HIV毒株亚型,并与从NCBI数据库下载来自中国各省份的23 823条HIV-1序列应用HyPhy2.2.4与Cytoscape3.7.2软件构建分子传播网络。结果 从收集HIV-1阳性报废血液样本成功获得pol区基因序列118条,系统进化分析显示,主要亚型为CRF01_AE 54份（占45.8%）和CRF07_BC 48份（占40.7%）。CRF01_AE中的Cluster 4和Cluster 5簇和CRF07_BC的MSM簇,所占比例分别为25.4%（30/118）、20.3%（24/118）和34.7%（41/118）。在0.5%基因距离阈值下,共有14条序列与数据库中序列发生关联;进入分子网络中HIV-1毒株亚型包括CRF01_AE（6例）、CRF07_BC（6例）、B（1例）和CRF67_01B（1例）。献血人群中的HIV感染者在分子网络中与12个省的HIV感染人群病毒序列相关联,重点关联的依次为来源于北京、上海、深圳三个大城市MSM人群的感染毒株。结论 北京市献血者筛查出的主要HIV-1流行毒株为CRF01_AE和CRF07_BC,在MSM人群占据优势的CRF01_AE Cluster 4、CRF01_AE Cluster 5和CRF07_BC MSM簇,在献血筛查HIV-1阳性人群中同样属于主要流行簇。分子网络分析未发现该人群中大规模的聚集性传播,进入分子网络的毒株主要与北京、上海、深圳三个大城市来源于MSM人群感染毒株相关联。提示强化献血人群健康教育,有效阻断有高危行为的MSM人群参与献血。     

Gene analysis of HIV-1 gag gene in blood donors in Guangzhou.

目的 了解广州地区献血人群中人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)亚型的流行规律及其与国际参考株的同源性.方法 从32例经疾控中心用蛋白印迹法确认为HIV-1阳性的无偿献血者的血浆中提取核酸,用RT-PCR进行gag基因扩增,并对扩增产物进行测序和序列分析.结果 32例标本中有3种HIV-1亚型:14例(43.8%)为CRF01_AE重组亚型,其中12例与国际标准株01_AE.CN.2005.05GX156最接近,平均基因距离为0.043 54;2例与国际标准株01_AE.VN.1998.98VNBG6最接近,平均基因距离为0.056 00;13例(40.6%)为CRF07_BC重组亚型,与国际标准株07_BC.CN.2007.07CNBJ550最接近,平均基因距离为0.026 69;5例(15.6%)为01B型,与国际标准株01B.CN.2008.08CYM003最接近,平均基因距离为0.060 42.结论 广州地区献血人群中HIV-1亚型以CRF01_AE和CRF07_BC为主.     

深圳市龙岗区新确证HIV/AIDS病例的亚型分布及耐药分析

目的 了解深圳市龙岗区新增确证艾滋病病毒感染者(HIV)/艾滋病病人(AIDS)的流行病学特征、HIV-1亚型分布及耐药株流行状况,为当地的艾滋病防控提供参考依据.方法 对深圳市龙岗区2016-2019年新报告HIV/AIDS病例开展流行病学横断面研究,按年分层随机抽取432例HIV/AIDS患者血清并提取病毒RNA,...     

深圳市龙岗区老年HIV/AIDS人群流行病学特征及原发性耐药分析

目的 了解深圳市龙岗区新增确证≥50岁老年艾滋病病毒感染者（HIV）/艾滋病病人（AIDS）的流行病学特征及耐药状况,为制定老年艾滋病防控策略提供参考数据。方法 对龙岗区2016—2019年新报告≥50岁老年HIV/AIDS开展流行病学横断面研究,对随机选取的血清样本提取病毒RNA,采用巢式RT-PCR法扩增HIV-1 pol区基因片段并测序,以邻接法（Neighbor-Joining method, NJ）构建系统进化树确定基因亚型,并将测序结果上传至美国斯坦福大学HIV耐药数据库进行耐药分析。结果 龙岗区 2016—2019年新报告≥50岁HIV/AIDS数253例,2016—2018年各年≥50岁病例构成比分别为14.41%、17.34%、18.41,呈上升趋势。男性占比最高（77.47%,196/253）,外省户籍居多（71.54%,181/253）,传播途径以非婚异性传播为主（75.10%,190/253）。对扩增成功的48份pol基因序列分析共发现CRF01_AE、CRF07_BC、CRF55_01B、B及G 5种基因亚型,以CRF01_AE和CRF07_BC为优势亚型;4例感染者携带耐药突变位点,总耐药率为8.33%,8例感染者具有潜在耐药突变位点,。结论 深圳市龙岗区新增确证老年HIV/AIDS患者的原发性耐药率处于中度流行水平,且潜在耐药突变较高,有必要加强HIV耐药监测。     

广西崇左市4个边境市县抗病毒治疗HIV感染者耐药情况及基因型

目的 了解广西崇左市4个边境市县（大新县、宁明县、凭祥市、龙州县）接受抗病毒治疗的艾滋病病毒（HIV）感染者的基因型耐药情况及其影响因素,为该地区艾滋病治疗人群的抗病毒治疗（ART）方案调整和优化提供科学依据。方法 纳入2018年1月—2018年9月371例来自崇左市4个边境市县年龄≥18岁的HIV感染者,收集研究对象抗病毒治疗信息和pol区基因序列进行基因亚型和耐药情况分析。结果 获得371例患者的HIV pol区序列,对抗病毒药物产生耐药有62例,总体耐药率16.7%,耐药患者基因亚型以CRF01_AE为主,占72.6%,其次是CRF08_BC,占22.6%;耐药类型以非核苷类药物为主,占75.8%,耐药突变位点以K103N为主,主要对EFV和NVP产生耐药。多因素Logistic回归分析结果显示,地区来源于龙州县（OR=3.392,95%CI：1.093~10.525）、基因亚型为08BC(OR=9.431,95%CI：3.296~26.985),更换过治疗方案（OR=2.662,95%CI：1.241~5.708）与检出基因型耐药密切相关。基因距离分析显示CRF01_AE>CRF08_BC>CRF07_BC;不同亚型中,耐药组基因距离均大于非耐药组。结论 广西边境部分地区HIV/AIDS 患者抗病毒治疗耐药率较高,且高度耐药占比较高,需加强合理用药、HIV耐药检测,提高患者服药依从性。     

辽宁省99例人类免疫缺陷病毒1感染者gag-pol区基因序列分析

目的 研究辽宁省人类免疫缺陷病毒／艾滋病（HIV／AIDS）患者gag-pol区的基因序列特征。方法采集辽宁省99例HIV-1感染者外周静脉血,提取前病毒DNA,经巢式PCR方法扩增gag—pol区2．6kb片段,与HIVS序列数据库中亚型参考序列共同构建系统进化树以区分亚型,并计算gag—pol区不同编码区域的基因离散率和Ks／Ka比值。结果 在辽宁省99例HIV-1感染者中发现A、B’、B、C、G5种亚型,循环重组型CRF01_AE、CRF03_AB、CRF06_cpx、CRF07_BC、CRF08_BC5种循环重组型和循环重组型间的重组ICR07／08。以B’亚型最多见,其次为CRF01_AE。在gag—pol区内,p17区、p2-p6区基因离散率高于p24区、蛋白酶及逆转录酶编码区。但B亚型p24区基因离散率处于较高水平。CRF07_BC和CRF08_BC在gag-pol各区基因离散率及同义替换、错义替换普遍处于较低水平。各亚型毒株的p2-p6区的Ks／Ka值最低,其均值〈1,而CRF01_AE毒株RT区的Ks／Ka值高达10．45。结论 辽宁省流行的HIV-1 gag—pol区亚型十分复杂。p24、蛋白酶及逆转录酶编码区是更为保守的区域。B亚型毒株的p24区承受较大的正向选择压力,CRF01_AE毒株RT区承受了较大的负向选择压力。CRF07_BC和CRF08_BC传入辽宁省的时间较短,奠基者效应明显。     

无偿献血人群中HIV-1感染者env基因序列特征研究

目的 分析我国无偿献血人群艾滋病病毒I型（HIV-1）感染者病毒亚型及env基因C2-V4区序列特征。方法 针对我国13个省市献血人群筛选的115例HIV-1阳性标本,扩增HIV-1的env基因C2-V4区片段并测序;构建最大似然树（Maximum Likelihood）分析不同亚型env基因序列的进化关系;分析该基因区序列变异以及2G12、PGT135、PGT128中和表位特征。结果 从115例HIV阳性标本中成功扩增C2-V4区76份,经测序分析发现HIV-1基因亚型7种,其中,亚型CRF01_AE和CRF07_BC所占比例最高,分别占46.0%（35/76）和39.5%（30/76）,其他亚型CRF08_BC、B、CRF65_CPX、CRF59_01B、CRF61_BC所占比例分别为5.3%（4/76）、5.3%（4/76）、1.3% （1/76）、1.3% （1/76）、1.3% （1/76）。V3环顶端四肽存在GPGQ、GPGR、GPGK、GQGR四种类型,辅助受体以CCR5（90.8%）为主。97.1%的CRF01_AE毒株分别缺失2G12和PGT135抗体识别的相关糖基化位点,而CRF07_BC毒株100%缺失2G12抗体识别相关的糖基化位点,80%毒株未缺失PGT135抗体识别相关的糖基化位点。结论 我国献血人群HIV-1感染者以CRF01_AE和CRF07_BC为主要流行毒株;各毒株亚型V3顶端四肽以GPGQ变异型为主,且主要使用CCR5为辅助受体;2G12、PGT135及PGT128中和抗体表位呈现不同程度的变异。该研究为进一步开展针对献血人群的艾滋病预防与控制提供了参考数据。     

HIV-1B’亚型及CRF07_BC重组毒株感染者中和反应特征分析

目的探讨我国主要流行的HIV～1B’和CRF07-BC重组毒株感染者中和反应特征。方法采用基于Env假病毒的以表达CD4及CCR5／CXCR4的TZM-bl细胞系为靶细胞的中和抗体测定方法,测定40例感染时间在3年左右的HIV—CRF07-BC重组毒株感染者及31例感染时间在10年以上的HIV-1B’亚型毒株感染者血浆对11株包括B（4株）、CRF07BC（3株）、CRF01-AE（3株）及中和敏感毒株（1株）Env假病毒的中和反应,并分析感染者血浆的中和宽度和中和强度。结果B’亚型毒株感染者在中和宽度及亚型交叉中和强度方面均高于感染时间相对较短的CRF07BC重组毒株感染者,B’亚型感染者对CRF01-AE亚型病毒的中和活性显著高于CRF07-BC重组型感染者：而CRF07-BC重组型感染者对同亚型病毒的中和强度则显著高于B’亚型感染者。结论HIV-1感染者中和抗体宽度以及对异源病毒的中和活性与感染时间正相关,适度的病毒抗原刺激有助于广谱中和活性的产生。