SARS恢复期患者血液与排泄物中SARS-CoV RNA的检测

目的应用巢式逆转录聚合酶链反应(RT—PCR)检测严重急性呼吸综合征(SAILS)恢复期患者血液与排泄物中的病毒RNA。方法对连续3次收集的23例确诊SARS恢复期(病程≥21天)患者的血、尿、痰、粪便标本进行核酸提取，设计特异性内外引物，使用巢式RT—PcR的方法进行病毒RNA检测。结果通过巢式RT—PCR，共检测到6份阳性标本，其中粪便标本中检测到4份，检出率为5．8％；痰标本中检测到2份，检出率为2．9％。在尿液和血液标本中未检测到病毒．RNA。结论个别SARS恢复期患者排泄物中有SARS病毒RNA存在，因此对恢复期患者的排泄物应慎重处理，对其引起SARS的再次传播的危险性需要进一步评估。     

实时荧光定量RT-PCR对新型冠状病毒3种不同生物学样本检出率的比较

目的用实时荧光定量RT-PCR(Real-time RT-PCR)方法对新型冠状病毒肺炎患者的鼻咽拭子样本、粪便样本、痰液标本进行病毒核酸检测,并比较其检出率。方法采用成都市公共卫生临床医疗中心确诊的处于病程前期的新型冠状病毒患者的鼻咽试子样本(242份)、粪便样本(78份)、痰液标本(230份),其中包括同一时间采集患者的两种不同生物学样本(55份)和同一时间采集患者三种不同生物学样本(44份),均应用Real-time RT-PCR方法对病毒核酸进行检测,比较3种标本单独和联检的阳性检出率。结果鼻咽拭子样本、粪便样本、痰液样本中SARS-CoV-2核酸阳性检出率分别为32.64%、39.74%和68.26%,差异有统计学意义(P<0.05)。三种样本类型联合检测的总阳性率(95.45%)大于两种样本联合。结论本研究中三种生物学样本单独检测阳性率以痰液检出率最高,粪便样本次之,鼻咽拭子样本最低,三种样本联合检测将大大提高COVID-19的检出率,为COVID-19实验室检测样本的选择和提高核酸检出率提供参考。     

2011-2013年成都地区腹泻患儿鼻病毒监测资料分析

目的了解2011-2013年成都地区腹泻患儿中鼻病毒(Human Rhinovirus,HRV)检出率、型别分布以及VP4/VP2基因特征。方法应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对2011年1月-2013年12月从693例腹泻患儿病例粪便标本提取的病毒核酸进行HRV-5’NCR筛检,筛检阳性标本扩增HRV-VP4/VP2基因并对阳性扩增产物测序,通过序列的比对分析鉴定病毒型别及同源性。结果 693份腹泻患儿粪便标本中HRV核酸检出率为9.24%(64/693)。获得VP4/VP2有效序列31条,HRV-A型18例,HRV-B型4例,HRV-C型9例。结论成都地区腹泻患儿粪便样本中鼻病毒检出率较高,不同基因型均有检出并且以HRV-A亚型为主。     

用逆转录聚合酶链反应方法检测SARS冠状病毒

目的 应用双位点逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和改良巢式实时RT-PCR方法检测临床标本中SAILS冠状病毒(SAILS-CoV)核酸,以提高检测的可靠性和灵敏度。方法 对2003年杭州市3例严重急性呼吸综合征(SARS)临床确诊患者、4例疑似和27名医学观察者的咽拭子标本用巢式实时RT-PCR检测SAILS-CoV核酸,对阳性扩增产物进行核酸序列测定,同时对3例患者的标本应用半巢式RT-PCR检测另一位点SARS-CoV核酸片段,并应用常规实时RT-PCR技术及改良实时RT-PCR技术进行检测。结果 3例患者的巢式RT-PCR检测结果2例阳性,4例疑似和27名医学观察者均为阴性;阳性扩增产物的核酸序列与SAILS-CoV基因组相应部分序列完全一致。3例患者标本的另一位点的半巢式RT-PCR及实时RT-PCR结果均相同。在检测低拷贝数标本时,常规实时RT-PCR技术在约35个循环后出现弱阳性信号,但改良的巢式实时RT-PCR技术可使强阳性信号在10个扩增循环后出现。结论 双位点RT-PCR方法是提高检测准确性的有效方法,改良巢式实时RT-PCR技术较常规实时RT-PCR技术具有更高的灵敏度。     

早期SARS患者血清中SARS病毒核酸检测

目的 建立特异、快速、准确的SARS冠状病毒检测方法,并探讨其临床应用价值。方法 根据WHO公布的SARS冠状病毒的基因序列,采用套式RT-PCR方法对127份SARS患者不同病程的血清标本中SARS病毒核酸进行扩增,用敏感度,特异度,阳性预测值(PPV),阴性预测值(NPV),准确度等对该方法诊断SARS的效果进行评价。结果 病程在10d以内的32份血清标本中,13份阳性,敏感度40．6％,特异度100．0％,阳性预测值100．0％,阴性预测值66．1％,准确度72．5％。结论 本研究建立的套式RT-PCR方法可作为发病早期SARS病人的辅助诊断。     

荧光定量PCR检测传染性非典型肺炎冠状病毒的分析

目的 探讨荧光定量PCR在检测传染性非典型肺炎(SARS)冠状病毒(SARS—CoV)中的应用。方法 对2003年1～4月广州市各大医院送检的临床确诊或疑似的SARS病例以及密切接触的咽漱液和咽拭子进行荧光定量PCR检测。结果 从57份确诊患标本中检出SARS-CoV阳性38份，检出率为66．7％。14份密切接触标本中检出阳性7份。59份疑似患标本中检出阳性12份。SARS发病10～12d时SARS—CoV检出率最高，达87．5％。结论 荧光定量PCR能早期、快速检出SARS—CoV，临床符合率达66．7％，采样时间在发病1～12d最佳。     

某小学一起诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情的病原学分析

目的确定某小学一起急性胃肠炎暴发疫情的病因。方法采集病例粪便标本和环境涂抹标本,采用实时荧光定量PCR方法检测病毒核酸。阳性标本采用一步法RT-PCR扩增诺如病毒衣壳蛋白区部分基因,将PCR产物直接测序。采用MEGA 5.0软件进行序列比对和进化分析。结果 12份粪便标本中9份呈诺如病毒阳性,检出率为75.0%,7份环境涂抹标本呈诺如病毒阴性。6份粪便标本诺如病毒衣壳蛋白区RT-PCR扩增呈阳性,其基因序列同源性为100%,均为GⅠ.6型。进化分析显示GⅠ.6型诺如病毒有2个分支,本研究命名为GⅠ.6A和GⅠ.6B。本研究所得毒株位于GⅠ.6B,与日本2012年(Gen Bank登录号AB901031)、2013年(Gen Bank登录号AB779748)报告的毒株相比同源性最高。结论该起暴发疫情由GⅠ.6型诺如病毒引起,其与日本近年同型流行株亲缘关系较近。     

淮南市新型冠状病毒核酸检测结果分析

目的建立新型冠状病毒SARS-CoV-2核酸检测方法,比较新型冠状病毒感染肺炎患者上下呼吸道标本核酸检测结果的差异,为临床诊断SARS-CoV-2感染,如何选择标本类型以及提高核酸阳性检出率提供参考。方法采集31例疑似新冠肺炎患者呼吸道标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法对新型冠状病毒感染者的咽拭子和痰液标本进行双靶标(ORF1ab基因和N基因)核酸检测,应用卡方检验分析不同类型标本新型冠状病毒核酸阳性率的差异。结果 31份新型冠状病毒病例的咽拭子标本中,26份阳性,5份阴性,阳性率为83.8%;31份痰液标本中,29份阳性,2份阴性,阳性率为93.5%;两种标本检测结果差异无统计学意义(χ~2=1.449,P0.05)。不同发病时间患者咽拭子阳性率和痰液阳性检出率差异均无统计学意义(P=0.669)。比较咽拭子和痰液ORF1ab基因平均CT值(荧光信号达到设定的阈值时所经历的循环数),咽拭子较痰液高3.04; N基因CT值咽拭子较痰液高3.33。1例患者呼吸道标本阴性,肛拭子新冠病毒核酸阳性。结论咽拭子和痰液标本,均可用于SARS-CoV-2核酸检测。痰液ORF1ab基因和N基因CT均值低于咽拭子,更易检出,用于检测SARS-CoV-2更具优势。此外,呼吸道标本核酸检测阴性的患者,进一步检测消化道标本,对患者临床判断和疾病防控具有重要意义。     

江苏省传染性非典型肺炎病原学检测研究

目的:建立传染性非典型肺炎(SARS)实验室检测方法,为SARS病例诊断和现场防治提供依据。方法:用逆转录套式PCR、实时荧光定量PCR检测SARS病毒核酸;酶联免疫法检测血清标本SARS病毒IgM抗体;部分PCR检测阳性或SARS病毒IgM抗体阳性病例的标本进行直接电镜观察;简并引物PCR检测冠状病毒属病毒核酸;鉴别诊断IFA检测血清中肺炎支原体等9种常见呼吸道感染病原IgM抗体,PCR检测军团菌以及甲、乙型流感病毒核酸。结果:检测各类临床标本506份。2003年全省报告临床诊断病例7例,5例检测结果阳性;逆转录套式PCR检测各类标本132份,阳性8份;对其中4份PCR扩增产物(108bp)进行了序列分析,与SARS病毒序列100%同源;实时荧光定量PCR检测各类标本30份,阳性3份;酶联免疫法检测血清标本101份,SARS病毒IgM抗体阳性4份;3个诊断病例的各类标本电镜检查发现冠状病毒样颗粒;IFA检测血清标本75份,嗜肺军团菌IgM抗体阳性9份,乙型流感IgM抗体阳性11份,两者同时阳性3份,其他病原体IgM抗体均为阴性。不明发热病例的标本21份简并引物PCR检测冠状病毒,2份咽拭子标本阳性;漱口液、尿液标本各15份PCR检测军团菌、漱口液25份PCR检测甲、乙型流感病毒结果均为阴性。结论:本研究建立的检测方法与临床诊断有比较好的符合性,对于临床诊断和防治工作具有重要的参考价值。PCR检测SARS-CoV特异性较好,而敏感性有待提高。     

南宁市散发性腹泻病例中星状病毒的检测分析

目的研究南宁市散发性腹泻病人中,星状病毒的感染情况以及基因特征。方法 2007年2月～2008年3月,收集南宁市某医院门诊腹泻患者粪便标本346份。选择针对星状病毒核糖核酸聚合酶[Ribonucleic Acid(RNA)-dependent RNA Polymerase,RdRp]基因的两对半引物,应用半巢式聚合酶链反应(Heminested Polymerase Chain Reaction,HPCR)扩增目的片段,纯化后连接至克隆载体,测定核苷酸序列。应用ClusterW进行序列同源性比对,用MEGA3.1按照邻接法构建系统进化树。结果在检测的346份粪便标本中,HPCR检出6份阳性,经进化树分析证实它们均为人星状病毒,检出率为1.73%。6株病毒RdRp基因的氨基酸序列呈高度保守。结论南宁市散发性腹泻病例中存在星状病毒感染。     

101例严重急性呼吸综合征患者粪便中SARS冠状病毒RNA的检测

目的　研究严重急性呼吸综合征 (SARS)患者粪便中排出SARS冠状病毒 (SARS CoV)RNA的情况。方法　采用荧光定量聚合酶链反应法 (FQ PCR)检测 10 1例病程为 10～ 5 5d的SARS患者、2 7例非SARS患者和 4 0 0名健康体检人群粪便中SARS CoVRNA。结果　 10 1例SARS患者的粪便标本中 5 8例 (5 7 4 % )SARS CoVRNA阳性 ;2 7例非SARS患者和 4 0 0名健康体检人群的粪便标本均为阴性。SARS患者发病后 10～ 19、2 0～ 2 9、30～ 39和 4 0～ 5 5d ,粪便中SARS CoVRNA阳性率分别为 10 0 % (8/ 8)、6 7 7% (2 1/ 31)、4 7 4 % (2 7/ 5 7)和 4 0 0 % (2 / 5 )。粪便中SARS CoVRNA载量对数值分别为 6 0 6± 2 0 5、4 5 1± 1 2 3、3 82± 1 4 4和 3 5 7± 1 2 5。结论　SARS患者急性期粪便中SARS CoVRNA阳性率和载量对数值最高 ,且随病程延长而下降     

Detection of SARS coronavirus in patients with suspected SARS

Cases of severe acute respiratory syndrome (SARS) were investigated for SARS coronavirus (SARS-CoV) through RNA tests, serologic response, and viral culture. Of 537 specimens from patients in whom SARS was clinically diagnosed, 332 (60%) had SARS-CoV RNA in one or more clinical specimens, compared with 1 (0.3%) of 332 samples from controls. Of 417 patients with clinical SARS from whom paired serum samples were available, 92% had an antibody response. Rates of viral RNA positivity increased progressively and peaked at day 11 after onset of illness. Although viral RNA remained detectable in respiratory secretions and stool and urine specimens for >30 days in some patients, virus could not be cultured after week 3 of illness. Nasopharyngeal aspirates, throat swabs, or sputum samples were the most useful clinical specimens in the first 5 days of illness, but later in the illness viral RNA could be detected more readily in stool specimens.     

医院污水中SARS冠状病毒核酸的检验

目的　了解收治SARS病人的定点医院污水中是否含有病毒和病毒核酸。方法　采用载阳电荷滤材吸附浓集污水中的SARS冠状病毒 ,消毒前浓集污水 2 5L ,消毒后 2 5～ 5 0L ;采用VERO细胞培养及RT -PCR技术检测SARS冠状病毒。结果　建立的阳电荷浓集方法对污水中加标f2 噬菌体回收率平均 12 7% ,而SARS冠状病毒回收率只有 1 0 2 %。消毒前在 30 9医院和小汤山医院污水的6d监测中均检测出SARS冠状病毒核酸 ;消毒后 ,在 30 9医院只有 3d监测出病毒核酸 ,其余样品均未检出病毒核酸 ;两医院所有的污水回收液中均未检出活病毒或具有感染性的病毒。结论收治SARS病人医院污水中含有SARS冠状病毒核酸 ,但没有检出活病毒或具有感染性的病毒 ,因此 ,在当时条件下 ,医院污水 ,尤其是消毒后污水传播SARS冠状病毒可能性较小。     

Virus-specific RNA and antibody from convalescent-phase SARS patients discharged from hospital

Severe acute respiratory syndrome (SARS) is caused by a novel coronavirus (SARS-CoV). In a longitudinal cross-sectional study, we determined the prevalence of virus in bodily excretions and time of seroconversion in discharged patients with SARS. Conjunctival, throat, stool, and urine specimens were collected weekly from 64 patients and tested for SARS-CoV RNA by real-time polymerase chain reaction; serum samples were collected weekly and tested for SARS-CoV antibody with indirect enzyme immunoassay and immunofluorescence assay. In total, 126 conjunctival, 124 throat swab, 116 stool, and 124 urine specimens were analyzed. Five patients had positive stool samples, collected in weeks 5-9. Two patients seroconverted in weeks 7 and 8; the others were seropositive at the first serum sample collection. In this study, 5 (7.8%) of 64 patients continued to shed viral RNA in stool samples only, for up to week 8 of illness. Most seroconversions occurred by week 6 of illness.     

间接免疫荧光抗体试验在传染性非典型肺炎诊断中的应用

目的：评价应用间接免疫荧光抗体试验(IFA)在传染性非典型肺炎[严重急性呼吸综合征(SARS)]诊断中的可靠性，探讨SARS患者发病后血清抗体在体内的产生规律。方法：采用IFA方法检测不同发病时间的临床确诊SARS病例、疑似病例和其他人群的血清SARS病毒抗体，同时对每一个研究对象采用调查表进行一般情况调查。结果：在发病10天内，SARS患者血清IgG阳性率为55.1％，IgM阳性率为16．3％；发病10天后SARS患者IgG阳性率达89．8％，IgM阳性率达65．3％；发病25天以后SARS患者IgG、IgM阳性率均为90．9％。对发病时间与抗体阳性率采用趋势x^2检验，结果：显示SARS患者血清IgG、IgM抗体阳性率随着发病时间而上升(IgG趋势检验x^2＝16．376，P＝0．00005；IgM趋势检验x^2＝28．736，P＝0．000 00)。IFA法用于检测SARS患者发病10天后血清抗体，结果：显示灵敏度、特异度及与临床诊断的符合率均在90％以上。结论：IFA法适于SARS发病10天后作为实验室辅助诊断方法。     

小汤山医院SARS病房内外空气中SARS病毒及其RNA的检测

目的：了解小汤山医院病区空气中的SARS病毒污染情况。方法：2003年6月4日-8日采用FA-Ⅱ型空气微生物采样器在病房、内走廊、护士站和病房排气口下风向5m处4个地点连续采样4d。之后进行空气样本的洗脱、Vero-E6细胞培养、RT-PCR及序列测定。结果：小汤山医院每天采集19个空气样品，4d共采集76个空气样品。病房、内走廊、护士站和病房排气口下风向5m处4个地点均有病毒核酸检出，其中以病房排气口下风向5m处的阳性率最高(58．3％)，护士站相对较低(25．0％)；病房(52．1％)和内走廊(50．0％)的阳性率相当。结论：小汤山医院空气中SARS病毒的污染比较严重，急性后期的病患仍然从呼吸道大量排毒；但在病房室内外的空气中没有检测到活的SARS病毒，初步评估认为，SARS病人病房采取通风和消毒的措施对降低室内污染程度是非常有益的；而空气消毒和环境因素对SARS病毒的存活有较大的影响，故SARS病人病房排出的空气对周边环境造成的危害很小。     

SARS in hospital emergency room

Thirty-one cases of severe acute respiratory syndrome (SARS) occurred after exposure in the emergency room at the National Taiwan University Hospital. The index patient was linked to an outbreak at a nearby municipal hospital. Three clusters were identified over a 3-week period. The first cluster (5 patients) and the second cluster (14 patients) occurred among patients, family members, and nursing aids. The third cluster (12 patients) occurred exclusively among healthcare workers. Six healthcare workers had close contact with SARS patients. Six others, with different working patterns, indicated that they did not have contact with a SARS patient. Environmental surveys found 9 of 119 samples of inanimate objects to be positive for SARS coronavirus RNA. These observations indicate that although transmission by direct contact with known SARS patients was responsible for most cases, environmental contamination with the SARS coronavirus may have lead to infection among healthcare workers without documented contact with known hospitalized SARS patients.