基于表型性状和SSR标记的半夏遗传多样性分析及分子身份证构建

目的 研究半夏种质间遗传多样性，解析种质间的亲缘关系，为半夏种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。方法 该研究以27份半夏作为实验材料，测定其株高、叶长、叶宽等7个表型性状，并基于半夏转录组数据开发设计简单重复序列（SSR）引物，对27份半夏进行聚合酶链式反应（PCR）扩增，利用POPGENE32、PowerMarker V3.25和NTSYS-PC 2.10e软件对半夏种质进行遗传多样性分析。结果 共筛选出10对具有高度多态性的引物（PIC>0.5），4对中度多态性的引物（0.25<PIC<0.5）。平均检出等位基因3.928 6个，平均Nei''s多样性指数（H）和Shannon''s指数（I）分别为0.557 8和1.002 9，表现出较高的遗传多样性水平。聚类分析将半夏种质分为7个亚类，同一省份的半夏聚类在相同亚类。采用14对引物构建了27份半夏种质的SSR分子身份证，实现了对每个地区半夏的快速鉴别。结论 研究结果可为后续半夏的遗传多样性和居群结构研究奠定基础，并为半夏种质资源的鉴定、图谱构建和分子辅助育种提供科学依据。     

基于SSR分子标记的灯盏花遗传多样性分析

目的 研究灯盏花Erigeron breviscapus居群遗传多样性,为灯盏花资源的合理利用与保护提供科学依据。方法 采用12对简单重复序列（SSR）分子标记对灯盏花16个野生居群共243个样品进行遗传多样性研究,计算遗传多样性参数,并进行主坐标分析和结构聚类分析。结果 共检测到209个等位基因,平均每个位点的等位基因数为17.417个;基于12对SSR引物和16个灯盏花居群,观测杂合度（H₀）分别为0.603,0.613,期望杂合度（H_e）分别为0.658,0.659,香浓（Shannon）信息指数（I）分别为1.443,1.446,遗传分化系数（F_st）0.123,基因流（N_m）2.077;分子方差分析（AMOVA）与遗传分化分析结果显示主要变异来源于居群内个体间变异;居群间遗传距离和遗传一致度分别为0.107（YA和XY）~0.713（SZ和XZD）,0.490（SZ和XZD）~0.899（YA和XY）;主坐标分析和结构聚类分析分别将16个居群分为2组。结论 SSR分子标记结果显示,灯盏花居群遗传多样性较高,居群内和居群间具有一定的遗传分化和N_m;遗传变异主要存在于居群内个体间。该实验结果可为灯盏花后续的优良种质选育等研究提供参考依据。     

云南草果种质资源的遗传多样性及亲缘关系的SSR分析

目的评价云南草果居群的遗传多样性及亲缘关系。方法运用7对微卫星引物对24个草果居群进行分析;首先应用GenALEx计算遗传多样性参数,并进行PCoA和AMOVA分析;采用NTsys软件绘制居群聚类图;最后利用Structure软件计算出最佳的K值。结果 24个草果居群的Shannon多样性指数(H)的平均值为0.49,期望杂合度(He)的平均值为0.32;遗传分化系数(Fst)为0.090,基因流(Nm)为2.930。24个草果居群的遗传分化有81%存在于居群内,仅有19%存在于居群间;黄花草果23个居群的遗传一致度(I)为0.631 8～0.982 4,遗传距离(D)的范围为0.017 7～0.459 2,而白花草果居群(MG5)与其他23个黄花草果居群一致度均较小,为0.3697～0.6090;而居群聚类分析,在遗传距离0.49处,明显地把白花草果与黄花草果分开;Structure聚类得出K=4时,209份黄花草果资源可被分为4个类群。结论云南黄花草果居群的遗传多样性水平平均偏高;遗传变异主要存在于居群内,而非居群间。根据基因型,黄花草果和白花草果被明显地划分成2类,遗传距离很远;而黄花草果大致被分为4个类群。     

苦玄参转录组EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析

目的研究18个苦玄参种群的遗传多样性及亲缘关系,为苦玄参的资源评价及开发利用提供依据。方法采用EST-SSR引物开发技术,利用SSR分子标记,分析18个种群的遗传多样性,并基于遗传距离对其进行聚类分析,明确各种群间的亲缘关系。结果从100对EST-SSR标记中,筛选出具有多态性的引物48对。随机抽取20对具有多态性的引物对18个种群进行扩增,共扩增出71个等位基因,平均每对引物3.55个。各引物间多态位点百分数(P)为0～40.7%,平均19.9%;多态信息含量(PIC)为0～0.794 1,平均0.397 7;Shannon信息指数(I)为0～1.814 3,平均0.808 4。观测杂合度(Obs_Het)为0～0.442 3,平均值0.212 7;预期杂合度(Exp_Het)变化范围0～0.826 9,平均值0.455 8。18个种群群内近交系数(Fis)值为-0.095 3～0.663 9,平均0.159 2;总群体内亚群间近交系数(Fit)值为0.062 6～0.858 7,平均0.537 2;遗传分化系数(Fst)为0～0.686,平均0.449 6。基因流(Nm)在0.114 4～0.759 4,平均值为0.306 1。各种群基因多样性指数(Nei)为0～0.401 6、I为0～0.620 9,广西梧州最高,云南普洱龙潭乡最低。云南景洪勐龙镇和云南景洪景哈乡遗传距离最近,仅0.031 9;广西龙州和云南勐海县打洛镇遗传距离最大,为0.963 8。在遗传距离0.321 3处,可将18个种群分成4个群体,其中广西3个种群归入同一群体,云南勐满镇、勐伦镇及勐遮镇归为同一个群体,第3个群体为云南勐海县勐宋乡,其余种群归入第4个群体。结论 18个种群遗传分化水平不一致,各种群杂合度差异较大。种群间Nm较小,群体基因交换不大;群体内存在一定的近交率,种群亲缘关系受地理隔离影响较大。     

三叶青种质资源遗传多样性的SSR荧光标记分析

目的研究三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系。方法利用SSR荧光标记对其进行PCR扩增,利用POPGENE32软件分析三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系,利用UPGMA法构建其亲缘关系树状图,利用NTSYS软件构建其主成分分析二维图和三维散点图。结果从14对引物中筛选出8对条带清晰、重复性好的引物,对64份供试材料的基因组DNA进行扩增。8个SSR标记的观察等位基因数(Na)变化范围为3～13,均值为7.875 0;有效等位基因数(Ne)变化范围为1.424 9～6.087 4,均值3.605 2;Shannon信息指数(I)变化范围为0.689 5～2.082 4,均值1.424 0;观测杂合度(Ho)变化范围为0.206 3～0.734 4,均值0.524 7;期望杂合度(He)变化范围为0.300 6～0.842 4,均值0.658 4;Nei’s基因多样性(H)0.298 2～0.835 7,均值0.653 2;多态信息含量(PIC)变化范围为0.288 0～0.817 5,均值0.614 5,遗传相似系数变化范围为0.115 4～0.954 5,遗传距离变化范围为0.000 0～3.218 1,说明64份三叶青种质亲缘关系较远,遗传分化程度较大。在遗传距离1.018 9处,64份三叶青种质可分为5大组。结论地理差异与种质遗传差异无必然联系。三叶青种质资源具有丰富的遗传多样性,SSR荧光标记分析结果可为三叶青种质资源的利用和品种选育提供一定的参考。     

应用SCoT标记分析玄参种质资源的遗传多样性

目的:研究玄参种质资源的遗传多样性及亲缘关系。方法:应用目标起始密码子多态性(SCoT)技术对来源于全国各地的48份玄参种质进行遗传多态性分析。遗传距离采用TREECONW软件计算,UPGMA方法构建亲缘关系树状图。结果:28条引物共检测到279个位点,其中214个为多态位点,占76.7%。遗传距离变化范围在0.150 7～0.493 3。聚类结果显示栽培玄参亲缘关系较为复杂:有的种质具明显的地理相关性;有的种质聚类混杂,与地理分布无明显相关性;也有来源于同一地区的种质仅部分聚在一起,呈现出一定的地域性分布规律。结论:栽培玄参的遗传多样性水平较高,为优良品种的培育提供了丰富的遗传基础。     

栀子全基因组SSR标记开发及遗传多样性分析

目的 揭示栀子基因组的SSR分布规律,开发SSR标记引物,探究不同栀子居群间的遗传差异。方法 利用MISA软件对栀子全基因组序列进行SSR位点搜索分析,Primer 3.0软件设计SSR引物,然后对引物进行有效性和多态性检测,并利用筛选到的多态性引物对6个居群的57份栀子材料开展遗传多样性分析。结果 栀子基因组共鉴定到232 880个SSR位点,每2.3 kb有1个SSR位点,其中83.02%的SSR位点分布于基因间区域,外显子区域SSR位点最少,单核苷酸为栀子的优势重复基序,占总SSR的64.60%。从设计的SSR引物中挑选80对进行PCR扩增,85%的引物能够扩增成功。利用筛选出的9对高多态性SSR引物,对6个栀子居群进行遗传多样性分析,共检测到64条扩增条带,其中多态性条带62条,居群总遗传多样性(Ht)为0.246,居群内遗传多样性(Hs)为0.210,Nei’s基因分化系数(Gst)为0.146,基因流(Nm)为2.923。聚类分析结果显示,地理位置相邻的重庆、贵州、四川居群聚为一类,福建、浙江、江西居群聚为另一类。结论 基于全基因组序列开发栀子SSR标记是一种高效的途径,可...     

苦豆子ISSR标记的遗传多样性分析

目的 通过对产白宁夏、甘肃、青海、新疆和内蒙的苦豆子遗传多样性和亲缘关系的分析,为野生苦豆子资源的驯化和保护等提供依据.方法 采用ISSR分子标记技术,对22个苦豆子居群的DNA进行扩增,对其扩增条带进行遗传多样性分析,在所得遗传距离的基础上进行UPGMA聚类和主成分分析(PCA),并绘制亲缘关系树状聚类图.结果 51条ISSR引物共检测到433个位点,每条引物5～12个,平均8.49个;平均多态性位点百分率(PPB) 93.30％; Nei's遗传多样性指数(H)和Shannon信息指数(Ⅰ)分别为0.335 1、0.499 8;遗传距离变幅范围0.173 6～0.650 2.结论 22个苦豆子居群间具有较高的遗传多样性,各居群间遗传距离与地理距离没有明显关系.     

不同产区黄芩SSR分子标记鉴别研究

目的 采用简单重复序列（SSR）分子标记技术鉴定不同产区黄芩种质资源。方法 基于黄芩基因组数据设计SSR引物,并对来自河北、东北（辽宁、吉林地区）、内蒙古、山东、山陕（山西和陕西）地区共计5个产区的黄芩进行遗传多样性分析及聚类分析。结果 引物组合Sb2、Sb16、Sb22、Sb23、Sb26可以对产地为辽宁、吉林的黄芩进行鉴定区分;引物组合Sb21、Sb22、Sb28可以对产地为内蒙古的黄芩进行鉴定区分;引物组合Sb5、Sb13、Sb16、Sb22可以对产地为陕西、山西的黄芩进行鉴定区分。结论 研究结果可为不同产区黄芩种质资源的鉴定提供一种准确、高效的技术方法。     

基于SSR分子标记的裸花紫珠种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 研究裸花紫珠Callicarpa nudiflora种质资源遗传多样性,为其种质资源鉴定及优异种质筛选提供依据。方法 采用SSR分子标记技术,探究103份裸花紫珠种质遗传多样性,基于遗传距离进行UPGMA聚类分析,以SSR扩增条带为基础建立供试材料扩增条带DNA指纹图谱。结果 14对引物共扩增出92个等位基因（number of alleles,Na）,有效等位基因（effective number of alleles,Ne）占比39.37%。平均多态性信息含量（polymorphism information content,PIC）为0.468 2,6对引物具有高度多态性（PIC>0.5),6对具有中度多态性（0.25相似文献   

基于AFLP分子标记的广藿香遗传多样性分析

目的:采用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记方法研究广藿香的种质遗传多样性.方法:采用12对引物对14个品种共212个样本进行AFLP分析;利用POPGENE 32,Arlequinver 3.5,MEGA7,NTSYSpc 2.10e等生物学分析软件进行多态性参数计算、主坐标分析以及聚类分析.结果:12对引物共扩...     

铁皮石斛种质资源DNA身份证的构建及遗传相似性分析

该研究利用中国中医科学院中药资源中心筛选出的4对简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)引物对铁皮石斛主产区9个产地29个居群的铁皮石斛样品进行检测,4对SSR引物分别扩增出5,7,4,3条多态性带,根据不同居群的SSR指纹图谱构建DNA身份证。聚类分析可将来自29个居群样本分成四大类,且表现出较好的地域相关性,其中来自云南、贵州、四川的铁皮石斛样品聚为一类,来自安徽和广西的铁皮石斛单独聚为一类,来自广东丹霞、浙江永康、浙江乐清及泰宁的样品聚为一类。采用PopG ene(version 1. 32)软件包对29个铁皮石斛居群进行遗传相似性分析,相似系数变异在0. 403 4～1. 0。基于遗传相似系数可将不同居群铁皮石斛的遗传一致性分成A,B,C共3个等级,地理位置相近或生长地貌相似的居群遗传相似性系数较高,表明其遗传背景较为一致。本研究为铁皮石斛的品种鉴别及优良品种选育提供参考信息。     

桂郁金EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发

目的:分析桂郁金EST中SSR位点分布规律,开发桂郁金EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于桂郁金品种遗传多样性的可行性。方法:从NCBI公共数据库下载姜黄属EST序列(expressed sequence tag,EST)12 678条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,选出符合条件的序列,采用Primer 5.0软件设计EST-SSR引物,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳研究这些EST-SSR引物PCR扩增的特点,进一步验证开发结果的合理性与有效性。结果:下载得到的12 678条EST序列中,共有926条序列包含SSR位点,占整个EST数据库的7.30%,其中SSR位点所占比例最大的是二核苷酸重复序列,三核苷酸和四核苷酸次之,分别为623(50.90%)个,388(31.70%)个和125(10.21%)个。根据筛选得到的微卫星序列共设计了165个EST-SSR引物对,选择其中92分以上的24个合成。PCR检测表明,21个引物对(87.50%)可以扩增出稳定清晰的带型;在6份不同种质桂郁金中检测到13对EST-SSR引物有多态性,占设计引物的54.17%。利用13对验证的EST-SSR引物对20个桂郁金品种进行了亲缘关系分析。结论:桂郁金EST-SSR标记开发的效率较高,是桂郁金SSR标记开发的重要措施,对于桂郁金品种鉴定和遗传多样性分析以及育种等方面具有重要的意义。     

新疆民族药多伞阿魏挥发油成分与遗传多样性相关性研究

目的:通过对多伞阿魏挥发油成分与其遗传多样性相关性研究,为多伞阿魏种质资源与品质评价提供重要科学依据。方法:测定不同产地多伞阿魏挥发油成分含量,采用ISSR分子标记技术和聚类分析对来自省内8个县的176份多伞阿魏样品的遗传多样性进行研究,运用灰色关联法分析多伞阿魏遗传多样性对挥发油成分含量的影响。结果:用所筛选的15条引物对多伞阿魏样品进行ISSR分析,共扩增出126条清晰的条带,其中多态性位点93个。8个居群中遗传多样性水平最高的是裕民县[多态性位点百分率(PPB)=29.37%,Nei’s多样性指数(H)=0.110 4,Shannon’s信息指数(I)=0.164 3)],最低的是青河县(PPB=19.05%,H=0.070 5,I=0.105 4)。其中沙湾县与富蕴县的多伞阿魏居群间遗传距离最大(0.219 9),两者的遗传一致度最低(0.802 6),表明两者之间的亲缘关系最远,遗传差异较大。由H,I,PPB计算的多伞阿魏居群间的遗传多样性与人参新萜醇、龙脑、γ-桉叶油醇及挥发油成分总含量关联性较大。结论:多伞阿魏居群间的遗传变异为63.08%,居群内的遗传变异为36.92%,多伞阿魏地理分布与遗传多样性具有显著关系,多伞阿魏3个遗传多样性因子中的Nei’s多样性指数对多伞阿魏挥发性成分含量有着较大的影响。     

基于SSR标记的党参属部分药用植物的遗传多样性和遗传结构评价

目的:采用简单重复序列(SSR)标记技术对来自中国6个省市的党参属4种药用植物进行分析,为党参核心种质资源构建和分子标记辅助育种积累资料。方法:利用10对SSR分子标记引物对党参的遗传多样性和分化程度进行分析,并对党参属的3种药用植物(党参、素花党参、川党参)居群进行聚类分析和遗传结构评价。结果:党参10对SSR引物各位点平均等位基因数(Na)和多态性位点百分率(PPL)分别为4. 1和100%;观察杂合度(Ho),期望杂合度(He),平均杂合度(Ha),Shannon's信息指数(I)的平均值分别为0. 431 9,0. 486 2,0. 410 3,0. 853 7。党参居群水平上的Na,I,He和Ho分别为1. 9~3. 2,0. 44~0. 90,0. 28~0. 57和0. 27~0. 61;其中甘肃陇西德兴家种居群遗传多样性最丰富。遗传相似度的聚类分析将供试党参、素花党参、川党参和秦岭党参共38个居群划分为3类,秦岭党参居群单独为一类(类群Ⅰ),川党参居群和素花党参居群为第二类(类群Ⅱ),党参居群为第三类(类群Ⅲ)。党参、素花党参、川党参的遗传结构分析分为2个基因池,过渡类型少。结论:党参具有丰富的遗传多样性,这一特性与其迁地引种的历史以及自身生物学特性相关;党参居群间存在较高程度的遗传分化,这可能源于自然地理隔离以及近期人类活动引起的生态环境片段化。本文为党参遗传多样性、遗传结构和资源保护等方面的研究提供了理论依据。     

不同产地野生金荞麦SSR标记鉴定

目的 开发简单重复序列（simple sequence repeats,SSR）标记用于鉴定不同产地野生金荞麦种质资源。方法 基于金荞麦全基因组数据设计SSR标记引物,对来自云南、贵州、四川的野生金荞麦样本进行遗传多样性分析及聚类分析。结果 引物组合JQM03、JQM04、JQM07、JQM19、JQM21可以对产地为四川的野生金荞麦进行鉴定;引物组合JQM04、JQM07、JQM19、JQM21可以对产地为贵州的野生金荞麦进行鉴定区分。结论 开发的金荞麦SSR分子标记可成功鉴定四川、贵州产地的野生金荞麦种质资源。     

不同生产期苦玄参中苦玄参苷IA含量测定

目的:测定同一产地不同生长期的苦玄参药材不同药用部位叶、茎、根中苦玄参苷IA的含量.方法:采用高效液相色谱法(HPLC),C18柱分离分析,以乙腈-0.1％冰醋酸溶液(36∶64)为流动相,流速1 mL·min-1,检测波长264 nm,柱温25℃.结果:苦玄参叶中苦玄参苷IA的平均含量从头年6月份到次年1月份分别为0.37％,0.66％,0.59％,0.45％,0.35％,0.34％,0.31％,0.23％;苦玄参茎中苦玄参苷IA的平均含量从头年6月份到次年1月份分别为0.24％,0.38％,0.36％,0.24％,0.13％,0.08％,0.03％,0.02％;苦玄参根中苦玄参苷IA的含量在7月份最高,为0.18％,其余月份均未检测到.结论:以苦玄参苷IA的含量为参考,苦玄参不同药用部位的苦玄参苷IA均在7,8月份的含量最高,可初步确定苦玄参的最佳采收时间为7,8月份,结果为苦玄参药材的采收加工和规范化种植提供了科学依据.     

基于SSR标记与化学成分构建十堰地区天师栗核心种质库＊

目的 利用筛选出十堰的天师栗中高多态性SSR位点评价天师栗种质资源的遗传多样性，结合有效药用成分含量，构建十堰地区天师栗核心种质库。方法 收集十堰地区114份天师栗种质资源，以七叶树基因组为参考，采用荧光毛细管电泳筛选出高多态性SSR位点，对天师栗种质资源进行遗传多样性分析。利用HPLC测定不同种质干燥娑罗子中七叶皂苷的含量。采用最小距离逐步聚类取样策略（LDSS），根据遗传多样性保留程度初步筛选出核心种质，并对该核心种质与原始种质的遗传多样性参数进行T检验，选择与原种质差异不显著的核心种质为最佳核心种质。结果 筛选出13对高多态性SSR分子标记，遗传多样性评价结果表明十堰地区天师栗种质资源遗传多样性较高，遗传分化较小，存在着较大的基因流，114份种质资源未分为不同的亚群，周家坝和辽叶居群间具有较近的遗传亲缘关系，且周家坝居群娑罗子中的七叶皂苷A及七叶皂苷B含量普遍较高。最终筛选出的核心种质共23份，占总种质资源的20.17%，其中周家坝12份样本、辽叶6份样本、普龄5份样本。结论 将SSR分子标记与主要有效药用成分结合，采用LDSS取样策略构建十堰地区天师栗种质资源核心种质库的方法具有可行性，能够有效的保存与管理天师栗种质资源，也为当地天师栗品种改良、新品种选育研究等提供了研究基础。