多参数预测人巨细胞病毒UL144基因B细胞表位

目的预测广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代UL144基因B细胞表位。方法应用生物信息学方法,改进型自我优化预测结构(SOPMA),Garnier-Osguthorpe-Robson(GOR),人工神经网络预测法(HNN)预测二级结构,隐马尔可夫模型(TMHMM)预测跨膜结构,分别用HoppWoods、Zimmerman、Janin、Welling、Flexibility预测亲水性、极性、可及性、抗原性、柔韧性。结果预测HCMV UL144编码产物包含176个氨基酸残基,等电点为8.97。二级结构预测结果显示:β-转角及无规则卷曲主要位于31-42、57-63、71-78、87-93、96-100、127-131氨基酸区域。TMHMM预测UL144氨基酸序列为一次跨膜蛋白,其跨膜区域为134-156氨基酸区域,胞外及胞内区域分别为:1-133、157-176氨基酸区域。亲水性位于39-47、108-117、124-131、157-164区域;表面可及性区域为22-30、39-50、94-103、105-132、156-164;极性区域位于17-37、39-54、69-77、81-89、94-104、106-136、156-164;抗原性区域位于21-26、97-102、107-125、127-136;柔韧性区域位于27-47、56-71、85-95、101-106、108-118、123-131、156-172。结论综合各项参数,UL144基因106-125、94-102、21-30氨基酸区域抗原指数(AI)较高,预测该区域内或其附近为B细胞表位的位点。     

人巨细胞病毒UL144基因序列分析及B细胞表位预测

目的了解引起新生儿晚期黄疸的人巨细胞病毒(HCMV)UL144基因多态性,预测UL144基因各型编码蛋白的B细胞优势表位。方法应用荧光定量PCR法检测晚期黄疸新生儿标本HCMV-DNA含量,采用巢式聚合酶链反应扩增阳性标本HCMV UL144基因开放读码框(ORF),结果进行双向DNA测序,绘制种系进化树对HCMV感染患儿UL144基因进行分型。结合亲水性参数、可及性参数、抗原性参数、柔韧性参数及二级结构方案对HCMV UL144基因编码各型蛋白的B细胞表位进行预测,参照已建立的预测方法综合评价B细胞优势表位。结果①30例晚期黄疸新生儿荧光定量PCR检测阳性,其中28例UL144基因扩增阳性。②28株UL144基因与Toledo株进行同源性比较,核苷酸水平为80.4%~99.2%,氨基酸水平为78.9%~98.8%。种系进化树分析显示感染患儿标本UL144基因可分为3个基因型,G1型7株(25%),G2型7株(25%),G3型14株(50%)。③HCMV UL144基因G1型和G2型B细胞表位均位于编码蛋白N段109-119位,G3型于氨基酸116位缺失一个谷氨酰胺,B细胞表位位于编码蛋白N段109-118位。结论①HCMV UL144基因的DNA序列呈高度多态性,但B细胞表位预测高度保守;②UL144 G3型氨基酸N段116位(Q)位点缺失可能改变该抗原表位的抗原性。     

人巨细胞病毒临床低传代病毒株D2的UL140基因B细胞表位生物信息学特征

目的探讨广东省妇幼保健院分离鉴定的人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代病毒株D2(以下简称为HCMV D2)的UL140基因B细胞表位的生物信息学特征。方法采用2016年3月至2017年3月,于广东省妇幼保健院新生儿科确诊感染HCMV的10例新生儿新鲜尿液标本中,分离鉴定的HCMV D2为研究材料。采用生物信息学方法,包括隐马尔可夫模型(TMHMM)预测HCMV D2 UL140基因跨膜结构,ExPASy在线序列分析平台预测基因的亲水性、表面可及性、极性、柔韧性及抗原性参数,以及GOR(Garnier-Osguthorpe-Robson)、人工神经网络预测法(HNN)、改进型自我优化预测结构(SOPMA)预测UL140基因二级结构。综合分析上述预测结果,并计算UL140基因的氨基酸残基抗原指数(AI),总结UL140基因B细胞表位的生物信息学特征。结果来自广东省妇幼保健院感染HCMV新生儿的HCMV D2 UL140基因的氨基酸包含191个氨基酸残基,相对分子质量为21.5×103,等电点为5.12。UL140基因B细胞表位的生物信息学特征包括:(1)TMHMM预测UL140基因存在1个跨膜区域,为26-48aa,细胞外区域为1-25aa。(2)ExPASy在线序列分析平台预测UL140基因的亲水性位于14-22、66-72、76-95、113-125、136-148、55-160、167-176aa;表面可及性位于5-22、50-60、64-96、132-160、167-187aa;极性位于5-22、45-98、103-128、132-187aa;柔韧性位于16-26、75-100、104-113、136-160aa;抗原性位于9-18、53-58、82-88、115-124、136-146、164-187aa。(3)UL140基因二级结构预测结果为,无规则卷及β-转角主要位于1-8、13-25、79-95、103-113、153-159aa。(4)计算UL140基因氨基酸残基的AI较高区域的结果显示,5-10、14-22aa区域的AI较高。结论 HCMV D2 UL140基因B细胞表位,可能位于的区域为5-10、14-22aa或其附近。     

人巨细胞病毒UL144基因序列分析及T细胞CTL表位预测

目的了解引起新生儿晚期黄疸的人巨细胞病毒（HCMV）UL144基因多态性,预测UL144基因各型编码蛋白的T细胞CTL表位。方法应用荧光定量PCR法检测晚期黄疸新生儿标本HCMV-DNA含量,采用巢式聚合酶链反应扩增阳性标本HCMV UL144基因开放读码框（ORF）,结果进行双向DNA测序,绘制种系进化树对HCMV感染患儿UL144基因进行分型。应用SYFPEITHI和NetCTL方案预测HCMV UL144基因编码蛋白各临床株T细胞CTL表位。结果①30例晚期黄疸新生儿荧光定量PCR检测阳性,其中28例UL144基因扩增阳性。②28株UL144基因与Toledo株进行同源性比较,核苷酸水平为80.4%~99.2%,氨基酸水平为78.9%~98.8%。种系进化树分析显示感染患儿标本UL144基因可分为3个基因型,G1型7株（25%）,其中G1a3株,G1b3株,G1c1株,G2型7株（25%）,G3型14株（50%）。③初步筛选出UL144基因各型T细胞CTL表位：G1a：YTYFSTPGV或HTYFSTPGV;G1b：HTYFSTPGV;G1c：YTSFSISGV;G2：TLCPNGTYL或TLCPNGTYL和HTLFSTPGV;G3：TLCPNGTYV。结论①HCMV UL144基因的DNA序列具有高度多态性,晚期黄疸新生儿中HCMV感染以G3型为主。②各型编码蛋白的T细胞CTL表位存在差异。     

人巨细胞病毒临床分离株的鉴定及UL148基因分析

目的:研究广州地区先天性感染患儿体内人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离株的鉴定及其UL148基因的序列特征分析。方法:收集广州地区感染HCMV的新生儿尿液标本,从中分离低传代临床病毒株,应用多重PCR方法鉴定,对其进行UL148基因全序列扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体后进行序列测定及分析。结果:成功分离出3株HCMV低传代病毒株(D2、D3、D52),经鉴定后的UL148基因序列被GenBank收录,序列号为:DQ180380,DQ180363和DQ180354。序列分析显示,3株临床分离株中UL148序列高度保守;在UL148全基因序列951个核苷酸中,所有变异均为碱基替换,无插入及缺失突变;编码蛋白由316个氨基酸残基组成,氨基酸序列也比较保守,各分离株中变异率为0.3%～1.9%;编码蛋白翻译后修饰位点包括细胞黏附相关的特征序列、PKC磷酸化位点、酪氨酸激酶II磷酸化位点、cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点等;其编码蛋白等电点为9.17～9.37。结论:广州地区HCMV UL148基因核苷酸序列及其编码的氨基酸序列极为保守,但仍具有一定的多态性,提示UL148 ORF可能是一个重要的功能基因。     

广州地区人巨细胞病毒临床低传代病毒株UL142基因的序列特征分析

目的探讨广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代病毒株UL142基因的序列特征。方法选取2014年3月至2015年12月在广州医科大学附属广东省妇儿医院儿科就诊的10例HCMV症状性感染患儿的尿液标本为研究对象。将从HCMV症状性感染患儿尿液标本中分离出的病毒株进行多重PCR鉴定,对UL142基因全序列克隆到pMD18-T载体上扩增并将产物进行测序,将测序结果提交GenBank并与GenBank收录的其他10株HCMV病毒株的UL142基因进行比对分析。结果从广州地区HCMV症状性感染患儿尿液中成功分离2株HCMV临床病毒株,分别命名为HCMV D2和D3;克隆测序后由GenBank收录,收录号分别为DQ180384和DQ180370。各HCMV病毒株的UL142基因同源性比对分析发现:UL142基因序列较保守,有69处碱基发生变异,且均为点突变,无插入及缺失突变;编码蛋白的氨基酸残基为306个,序列也较保守,其中28处点突变导致编码氨基酸的改变,其余点突变均未导致编码氨基酸改变。不同HCMV病毒株中UL142基因所编码的氨基酸变异率为0.9%~6.5%。各HCMV病毒株UL142基因编码蛋白的二级结构的氨基酸数目不同,但所有HCMV病毒株UL142基因编码蛋白的等电点均在6.48~8.27。结论广州地区HCMV临床低传代病毒株ULl42基因序列及其编码产物的氨基酸序列均较为保守,但仍存在一定的多态性,这提示UL142基因在HCMV感染与致病机制的研究中可能具有重要作用。     

人巨细胞病毒临床株US3基因HLA-A*0201限制性CTL表位预测

目的分析晚期黄疸新生儿人巨细胞病毒(HCMV)感染患儿临床株US3基因序列,预测HCMV US3基因HLA-A*0201限制性CTL表位。方法应用巢式PCR法检测20例HCMV感染新生儿标本US3基因,结果进行双向DNA测序。SYFPEITHI和NetCTL方案预测HCMV临床株US3基因HLA-A*0201限制性CTL表位。结果①以Towne作为参考株,序列比对分析显示,20株临床分离株US3的ORF长度均与参考株相同,为561 bp,编码186个氨基酸蛋白。US3氨基酸序列高度保守,仅几个位点在少数分离株中存在变异,变异主要集中在序列的N端,大部分是同义突变。②通过预测获得5个HCMV US3基因HLA-A*0201限制性CTL表位:FTEKHFVSV、RMDYSSQTI、RMDYSSHTI、SIRDDNWGL和SMRDDNWGL。不同临床株US3基因HLA-A*0201限制性CTL表位存在差异。结论初步筛选出人巨细胞病毒临床株US3基因HLA-A*0201限制性CTL表位,为进一步研究HCMV感染的免疫机制提供实验依据。     

广州地区人巨细胞病毒临床低传代病毒株<i>UL142</i>基因的序列特征分析

目的探讨广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代病毒株UL142基因的序列特征。 方法选取2014年3月至2015年12月在广州医科大学附属广东省妇儿医院儿科就诊的10例HCMV症状性感染患儿的尿液标本为研究对象。将从HCMV症状性感染患儿尿液标本中分离出的病毒株进行多重PCR鉴定,对UL142基因全序列克隆到pMD18-T载体上扩增并将产物进行测序,将测序结果提交GenBank并与GenBank收录的其他10株HCMV病毒株的UL142基因进行比对分析。 结果从广州地区HCMV症状性感染患儿尿液中成功分离2株HCMV临床病毒株,分别命名为HCMV D2和D3;克隆测序后由GenBank收录,收录号分别为DQ180384和DQ180370。各HCMV病毒株的UL142基因同源性比对分析发现：UL142基因序列较保守,有69处碱基发生变异,且均为点突变,无插入及缺失突变;编码蛋白的氨基酸残基为306个,序列也较保守,其中28处点突变导致编码氨基酸的改变,其余点突变均未导致编码氨基酸改变。不同HCMV病毒株中UL142基因所编码的氨基酸变异率为0.9%～6.5%。各HCMV病毒株UL142基因编码蛋白的二级结构的氨基酸数目不同,但所有HCMV病毒株UL142基因编码蛋白的等电点均在6.48～8.27。 结论广州地区HCMV临床低传代病毒株ULl42基因序列及其编码产物的氨基酸序列均较为保守,但仍存在一定的多态性,这提示UL142基因在HCMV感染与致病机制的研究中可能具有重要作用。     

人巨细胞病毒UL123基因外显子2,3诱饵质粒的构建与鉴定

目的构建和鉴定人巨细胞病毒(HCMV)UL123基因外显子2,3(ie1-exon2,3)的诱饵质粒,并评价其用于筛选胎儿脑文库的可行性。方法以重组质粒pTW IN1/ie1为模板扩增ie1-exon2,3,克隆入pBT质粒,转化E.coli XL1-B lue MRF'Kan,经PCR、限制性酶切和测序鉴定阳性重组子,提取阳性重组质粒转化入细菌双杂交系统报告菌株,诱导表达重组融合蛋白,用SDS-PAGE和W estern B lot对表达产物进行鉴定,并进一步鉴定重组子自身激活作用。结果在细菌双杂交系统中成功构建了细菌双杂交诱饵质粒pBT/ie1-exon2,3,并在报告菌株中表达了重组融合蛋白rIE1-N85/λC1,且pBT/ie1-exon2,3无自身激活作用。结论成功构建了无自激活作用的诱饵质粒pBT/ie1-exon2,3,可用于筛选胎儿脑文库。     

广州地区先天性感染婴儿人巨细胞病毒UL145基因多态性研究

目的:研究广州地区先天性感染患儿体内巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离株UL145基因序列的特异性和多态性。方法:从广州地区先天性HCMV感染患儿体内分离HCMV临床病毒株。应用多重PCR方法鉴定HCMV后,对UL145基因扩增、克隆、鉴定及测序;应用生物信息学技术对临床HCMV病毒株的UL145基因进行序列分析,并分析UL145编码蛋白的理化性质及翻译后修饰位点。结果:成功地从先天性患儿体内分离出2株HCMV低传代病毒株(D2、D3),经鉴定后的UL145基因序列被GenBank收录,序列号为:DQ180367,DQ180381。分析显示,UL145的DNA和氨基酸序列的变异率分别是0.7%～1.5%和0.7%～2.2%;其编码蛋白等电点为6.35～6.64;该基因存在1个PKC磷酸化位点和2个CKⅡ磷酸化位点。结论:来自广州感染婴儿的HCMVUL145基因及其编码的氨基酸序列极为保守,但仍具有一定的多态性,这在HCMV临床感染与致病机制研究中具有重要意义。     

1株九江分离的柯萨奇A6病毒VP1基因分析及B细胞表位预测

目的对1株在九江地区分离的柯萨奇A6病毒(CoxA6)VP1区域进行克隆,并对其编码蛋白的结构、功能及B细胞表位进行分析和预测,为CoxA6疫苗制备和诊断方法的研究提供理论基础。方法采用RT-PCR法对CoxA6分离株VP1区进行扩增和克隆、序列分析,应用SigaIP、TMPRED、TMHMM、Big-PI Predictor、Cell-Ploc、PSORT、NetNES、Netphos、SOPMA、NetNGlyc、MotifScan、InterProscan、SMART、PROSITE、GOR4、Bepipred Linear Epitope Prediction等生物信息学方法预测其VP1基因编码蛋白特性和潜在的B细胞表位。结果该CoxA6分离株VP1基因编码305aa的多肽,分子量为33.5kDa。该蛋白无信号肽、跨膜区,是亲水性蛋白;二级结构主要以无规则卷曲为主,其次为α-螺旋及β-片层。该蛋白共有7个可能的B细胞抗原表位,位于151~173aa区域内的表位分值最高为2.774。结论成功克隆了1株CoxA6的VP1基因,并对其进行序列分析、蛋白质结构和B细胞表位预测,为制备CoxA6疫苗和开发诊断方法提供了分子生物学基础。     

巨细胞病毒UL97／UL54基因突变与抗病毒药物的相关性

巨细胞病毒（ＣＭＶ）感染一般不引起人体明显的临床表现，但对骨髓移植和实体器官移植及艾滋病病人而言，即是引起发病和死亡的主要原因之一。抗 经物治疗严重ＣＭＶ感染需延长疗程，这往往会促使ＣＭＶ ＵＬ９７／ＵＬ５４基因 变，导致病毒对药物产生抗性，给治疗带来困难。本文从分子和基因水平对近年来有关ＣＭＶ ＵＬ９７／ＵＬ５４基因突变与抗病毒药物相关笥的研究进展予以综述。     

巨细胞病毒UL97/UL54基因突变与抗病毒药物的相关性

巨细胞病毒(CMV)感染一般不引起人体明显的临床表现,但对骨髓移植和实体器官移植及艾滋病病人而言,却是引起发病和死亡的主要原因之一。抗病毒药物治疗严重CMV感染需延长疗程,这往往会促使CMV UL97/UL54基因突变,导致病毒对药物产生抗性,给治疗带来困难。本文从分子和基因水平对近年来有关CMV UL97/UL54基因突变与抗病毒药物相关性的研究进展予以综述。     

引起新生儿晚期黄疸的巨细胞病毒UL144基因多态性研究

【目的】 研究引起新生儿晚期黄疸的人巨细胞病毒(cytomega lovirus, HCMV)UL144基因的多态性,探讨HCMV UL144基因多态性与致病性之间的关系。 【方法】 应用荧光定量PCR法检测本院新生儿科2008年1—12月98例晚期黄疸新生儿样本HCMV-DNA含量,采用巢式聚合酶链反应扩增阳性标本HCMV UL144基因开放读码框(ORF),结果进行双向DNA测序,通过BioEdit、DNAstar、GeneDoc等软件进行序列分析。 【结果】 1)30例晚期黄疸新生儿HCMV荧光定量PCR检测阳性,阳性率30.6%,其中2例UL144基因扩增阴性。2)28株UL144基因与Toledo株进行同源性比较,核苷酸水平为80.4%～99.2%,氨基酸水平为78.9%～98.8%。种系进化树分析将DNA序列分为3个基因型,其中G1型7株(25%),G2型7株(25%),G3型14株(50%)。3)ExPASy数据库预测分析UL144基因编码产物重要功能区包括2个半胱氨酸富集结构域(CRD1、CRD2)、1个跨膜区和1个胞浆区。G1-G3型蛋白质二级结构高变区主要分布在CRD1区,跨膜区和胞浆区结构高度保守。 【结论】 1)HCMV感染是导致新生儿晚期黄疸的原因之一;2) HCMV UL144基因编码跨膜区和胞浆区结构高度保守,CRD1呈高度多态性;3)晚期黄疸新生儿中HCMV感染以G3型为主。     

人巨细胞病毒糖蛋白B基因分型与婴幼儿感染致病的相关性研究

目的 探讨不同人巨细胞病毒糖蛋白B基因分型与婴幼儿感染致病间的关系. 方法 临床采集200例婴幼儿感染HCMV血液标本,采用巢式PCR检测130例婴儿肝病综合征患者、33例血小板减少症患者和37例神经性耳聋患者标本中HCMV的gB基因,并通过限制性片段长度多态性分析（RFLP）对gB基因进一步分型.分析HCMV及其不同gB基因型与上述婴幼儿感染致病的关系. 结果 婴儿肝病综合征患者中gB基因型主要以gB1型为主,占56.9％;血小板减少症患者中gB基因型分布较均衡,各gB分型无特异性;而在神经性耳聋患者中,gB基因型主要为gB4型,占40.5％,其次为gB1型占24.3％.不同gB基因型HCMV感染患者在婴儿肝病综合征和神经性耳聋中的分布差异有统计学意义（P＜0.05）. 结论 婴儿肝病综合征和神经性耳聋与HCMV的gB分型密切相关,而血小板减少症无直接关系.     

SARS冠状病毒S基因序列及细胞抗原表位预测

目的 比较SARS冠状病毒各分离株S基因序列及氨基酸序列之间的差异，预测SARS-CoV的S蛋白的抗原表位。方法 利用Lasergene软件包中的EditSeq从21株SARS冠状病毒分离株截取S基因序列并翻译成氨基酸序列，然后用ClustalX软件对截取序列进行比较分析，确定基准株，最后用Protean软件对基准株进行抗原表位预测。结果 在21株分离株的S基因中有8株核苷酸序列、13株氨基酸序列没有发生点突变；预测出78个可能性抗原表位。结论 SARS-CoV的S蛋白相当保守，只发生个别点突变，可能性抗原表位多，且在其中的14个区域中可能性最显著。     

不孕女性中人巨细胞病毒包膜糖蛋白B基因的分型

目的:探讨不孕女性中人巨细胞病毒(HCMV)感染流行株的包膜糖蛋白B(gB)基因型分布及其与不孕的相关性。方法:采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测300例女性不孕患者血清中HCMV-IgM抗体,ELISA阳性的患者采集晨尿接种于人胚肺成纤维细胞(HELF),提取细胞病变(CPE)阳性培养液中的病毒DNA,以巢式PCR(nest PCR)法扩增HCMVgB基因,利用限制性核酸内切酶HinfΙ、RsaΙ对HCMV gB基因进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析判断基因型别;随机抽取11例送检测序,测序结果使用Clustal X软件与GenBank标准病毒株进行序列比对,用MEGA4.1构建核苷酸序列的基因树。结果:300例女性不孕患者中HCMV-IgM抗体阳性45例,阳性率为15.0%。45例患者晨尿接种HELF细胞,观察1月后检测到的病毒阳性37例,阳性率为12.3%。37例病毒阳性患者中最常见的基因型为gB 1型25例(67.6%),其次为gB 3型7例(18.9%)和gB 2型5例(13.5%),没有检测到gB4基因型。测序结果与GenBank标准病毒株HCMVADl69和Towne进行序列比对后,用MEGA4.1成功构建基因树。结论:女性不孕症的发生与HCMV感染有明显相关性,HCMV感染导致的不孕中最常见的gB基因型为gB 1型,其次是gB 3、gB 2型,未检测到gB 4型。     

血液中人巨细胞病毒DNA的检出与分析

本文采用聚合酶链反应对临床不同人群血液标本中人巨细胞病毒ＤＮＡ进行检测并分析其检出意义。１２９份献血员血液标本ＣＭＶ－ＤＮＡ阳性率为７９．８％；７８份临床血沉标本ＣＭＶ－ＤＮＡ检出阳性率为８３．３％；１２例烧伤患者轻输血治疗后ＣＭＶ－ＤＮＡ阳性率达１００％。本文还同时对ＨＣＭＶ－ＩｇＧ与ＨＣＭＶ－ＤＮＡ存在的关系，血沉值与ＨＣＭＶ－ＤＮＡ检出的关系以及烧伤患者ＣＭＶ－ＤＮＡ携带状态作了一些有益的探     

旋毛虫53kDa ES抗原蛋白二级结构及B细胞表位预测

目的　分析旋毛虫 5 3kDaES抗原蛋白二级结构及B细胞表位。方法　应用生物信息分析软件DNASTAR和Anthep ro5 .0 ,按照Kyte -Doolittle氨基酸亲水性标准对旋毛虫 5 3kDaES抗原的亲水性基序、二级结构及B细胞表位进行分析预测。结果　在旋毛虫 5 3kDaES抗原蛋白中 ,第 1 9- 2 5、4 0 - 5 1、6 1 - 6 7、99- 1 0 5、1 1 1 - 1 1 9、1 2 6 - 1 34、1 37- 1 5 2、1 79- 1 85、1 91 - 2 0 0、2 1 9- 2 38、2 6 1 - 2 6 7、2 81 - 2 95、31 2 - 32 3、331 - 343、36 7- 372、2 90 - 393位氨基酸残基具有较强的抗原性 ,第 1 9- 2 5、4 0 - 5 1、6 1 -6 7、99- 1 0 5、1 1 1 - 1 1 9、1 2 6 - 1 34、1 37- 1 5 2、1 79- 1 85、1 91 - 2 0 0、2 1 9- 2 38、2 6 1 - 2 6 7、2 81 - 2 95、31 2 - 32 3、331 - 343、36 7- 372、390- 393位氨基酸残基可能是B细胞的表位。结论　对旋毛虫 5 3kDaES抗原蛋白和B细胞表位的分析为研制旋毛虫病新的诊断抗原奠定了基础