先心病相关微缺失的快速筛查和诊断方法

目的建立简便易行的用于筛查先心病病因的诊断技术平台。方法在单核苷酸多态数据库中选择先心病相关的22q11染色体区段内和锌指蛋白4基因编码区内的单核苷酸多态位点,采用多聚酶链式反应—限制性片段长度多态性法对单核苷酸多态标记在116个正常人群中基因型的杂合度进行测定,检测14例心脏畸形胎儿家系等位基因的基因型,并利用连锁分析间接诊断微缺失的发生情况。结果22q11染色体区段上的单核苷酸多态rs4819523基因型杂合度为0.431,锌指蛋白4基因单核苷酸多态基因型杂合度为0.569。筛查到1例锌指蛋白4单等位基因缺失的畸形胎儿。结论多聚酶链式反应-限制性片段长度多态性法应用于22q11染色体微缺失和锌指蛋白4基因缺失的检测方便快捷,适用于先天性心脏畸形病因的初步筛查和遗传诊断。     

一种选择性干扰锌指蛋白的结构与功能的钴化合物

锌指蛋白片段是许多ＤＮＡ结合蛋白进行序列识别的介导结构。这类片段由含有半胱氨酸和组氨酸残基的氨基酸序列组成,四面对称于一个锌离子。本文介绍一种方法,以Ｃｏ３＋Ｓｃｈｉｆ基因化合物选择性抑制一种锌指转录因子。ＨＮＭＲ谱证实,由于该种Ｃｏ３＋化合物轴向...     

2013-2014年杭州地区季节性A(H3N2)流感病毒PB1基因及其编码蛋白的遗传进化特征研究

目的分析2013-2014年杭州市季节性A(H3N2)流感病毒PB1基因及其编码蛋白的变异情况,揭示其分子特征与遗传进化趋势。方法对分离得到的78株流感病毒PB1基因进行扩增和测序,采用序列多重比对、突变位点比较分析和构建进化树等方法进行遗传进化分析。结果 78株流感病毒PB1基因的核苷酸序列和编码蛋白序列一致性分别为97.89%~100.00%和99.08%~100.00%,PB1-F2蛋白短肽的序列一致性为44.44%~100.00%;PB1蛋白氨基酸序列与参考株A/Texas/50/2012相比,在十多个位点均发生了氨基酸突变,其中V212M、R215K、E331D、A374S氨基酸突变频率较高;PB1-F2蛋白长度分析发现了5种不同的PB1-F2蛋白,其中3种为全长蛋白(90、87、79)aa,2种为截断型PB1-F2蛋白(52,24)aa;构建系统进化树发现78株H3N2毒株PB1基因及其编码蛋白均在同一个支系上,与同期流行季的疫苗株进化关系较近,第三个流行高峰(2014年6~10月)进化关系相对更集中。结论 2013-2014年季节性A(H3N2)流感病毒PB1蛋白氨基酸位点发生了部分重要突变,病毒PB1基因及其编码蛋白的遗传进化以及截断型PB1-F2蛋白的集中出现,可能促使病毒的复制能力和毒力发生变化,并最终导致其流行传播趋势的改变。     

霍乱弧菌2个染色体的DNA序列

John F.Heideberg等以全基因组随机测序法测定了革兰氏阴性的 γ-蛋白细菌埃尔托霍乱弧菌 N16 96 1的基因序列 ,其完整基因组序列有 40 33 46 0个碱基对。该基因组包括 2个大小不同的环状染色体 (大染色体和小染色体 ) ,分别有 296 1146和 10 72 314个碱基对 ,这些碱基对共同编码 3 885个开放读框 (见表 1)。大多数细胞功能所必需的 (如 DNA复制、转录、翻译和细胞壁生物合成 )和致病性(如毒素、表面抗原和粘附素 )基因位于大染色体上。但小染色体包含的假定基因(5 9%)比大染色体 (4 2 %)多 ,同时也含有更多的起源基因 ,这与 γ-蛋白细菌…     

044 锌指蛋白结构和功能研究进展

自1983年首次在转录因子ⅢA中发现锌指结构以来,现己发现10多种不同的锌指家族,约占人类基因产物的1%.锌指结构由多个半胱氨酸和/或组氨酸组成,通过锌离子来维持结构的稳定性.锌指通过与目的基因的DNA或RNA结合,或锌指之间的相互作用来调控基因表达.近年来国外学者对锌指的结构、功能做了大量研究,并不断地发现与基因调控相关的新的锌指蛋白.在体外细胞研究中成功设计了不同的锌指蛋白来特异地调节与疾病相关基因的表达.本文综述了近年来锌指蛋白的结构与功能、分类及其在基因治疗中应用的研究进展.     

EMSY-BRCA2相互作用与散发性乳腺癌发生的关系

1 BRCA2基因与乳腺癌发生的关系 BRCA2是一种重要的抑癌原因,主要参与DNA的损伤修复和转录调控.1995年,wooster等克隆出BRCA2,并将其定位于13号染色体长臂12-13区.该基因全长约70kb,共有27个外显子;其mRNA长约10kb,所编码的BRCA2蛋白含有3 418个氨基酸.BRCA2蛋白与AD51的结合是染色体同源重组中的关键步骤,并直接与双链DNA损伤修复有关.Ratel等发现BRCA2基因缺陷的培养细胞具有染色体结构的缺陷以及基因组稳定缺乏.同时BRCA2基因也可与修补蛋白DSS1结合以稳定结构.这些相互作用反映在DNA双链修复过程中BRCA2可能通过染色质调节机制发挥作用.     

抗凋亡基因Bcl-2与肿瘤的研究进展

细胞的生长和增值依赖于基因的表达与调控 ,在细胞调亡过程中也一定涉及某些基因的活化 ,并且是受基因编码的 ,细胞内一定存在某种由遗传因素决定的细胞凋亡基因[1] 。随着细胞凋亡研究的不断深入 ,人们对肿瘤的发生、发展也有了新的认识。肿瘤的发生不仅与细胞过渡增值有关 ,也与细胞凋亡减少有关[2 ]。癌基因和抑癌基因的变化导致肿瘤的发生和发展 ,癌基因的激活是导致肿瘤发生的重要的分子生物学基础。bcl- 2 (Bcelllymphomaleukemia - 2 )基因是一类重要的原癌基因 ,是近年来发现的一类凋亡抑制基因 ,其主要作用是抑制细胞调亡和延长细胞存活。Bcl- 2基因已成为肿瘤分子生物学研究领域中的热点。1　bcl- 2基因及其表达产物的一般性质bcl- 2基因是 1984年由Tsujimoto等人在研究人类滤泡性淋巴瘤时首先发现 ,并于 1986年被克隆。其定位于 18号染色体q2 1,Bcl - 2基因阅读框有 717个核苷酸 ,编码产物有 2 39个氨基酸残基 ,有 3个外显子 ,2个开读框架。由于染色体 (14 ;18)易位 ,bcl- 2基因与免疫球蛋白位点并列 ,导致bcl - 2蛋白过渡...     

2010-2012年长沙市流感流行情况及B型流感病毒基因特性分析

目的分析2010-2012年长沙市流感流行情况,并探讨B型流感病毒分离株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子流行病学特征。方法采集长沙市流感网络监测哨点医院及暴发点流感样病例(ILI)咽拭子样本,狗肾传代细胞(MDCK)进行病毒分离,血凝和血凝抑制实验进行型别和亚型鉴定;提取B型流感病毒核酸,一步法RT-PCR扩增HA和NA基因片段,双向测定扩增产物核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列进行分析。结果 2010-2012年间,长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,流行高峰为冬春季。3年间共分离到B型流感病毒78株,其中79.5%为Victoria系,20.5%为Yamagata系,以Victoria系为主。与WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,HA基因的同源性在87.2%~98.4%之间,NA基因的同源性在94.5%~97.5%之间。氨基酸序列分析发现,与疫苗株相比,HA蛋白主要存在单个氨基酸的突变;种系进化分析发现,所有毒株HA和NA蛋白位于相应的谱系内,无抗原重排发生。结论 2010-2012年间长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,B型流感病毒HA基因出现抗原漂移,但无重组毒株的出现。     

上海市闵行区甲型H1N1流感病毒株变异分析

目的:了解上海市闵行区人群中甲型H1N1流感病毒株基因特性及抗原变异情况,为甲型H1N1流感防控提供科学依据。方法:采集2009年8月-2011年3月闵行区哨点医院流感样患者鼻咽拭子标本,Real-time RT-PCR鉴定流感病毒亚型,犬肾细胞(MDCK)培养分离流感病毒,血凝抑制试验(HI)确定流感病毒型与亚型。对部分甲型H1N1流感病毒株进行血凝素(HA)、病毒聚合酶(PB2)片段全基因测序,分析基因和氨基酸位点变异情况。结果:闵行区于2009年8月-2010年3月发生第一波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例232例,占流感病例总数的54.33%。2010年12月-2011年3月发生第二波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例71例,占流感病例总数的62.83%。HA进化树分析发现,第二波分离的甲型H1N1流感毒株与大多数2009年第一波大流行分离毒株不位于同一主干上,说明HA基因发生了一定程度的变异;HA蛋白氨基酸位点分析显示,部分毒株在抗原决定位点上发生了变异。PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和701位点分别是谷氨酸和天冬氨酸,仍为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点,但第677位点出现E677G突变。结论:2011年冬春季闵行区人群中甲型H1N1流感流行毒株与2009年北美流行株比较已经有一定变异,出现了一些抗原漂移和适应性进化。     

bak基因干扰在铝致SH-SY5Y细胞凋亡中的作用

目的 以铝致神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)为模型,研究用RNA干扰的方法阻抑bak基因的表达,找到其最优的序列、最适的转染浓度和转染时间,以减少铝引起的神经细胞凋亡.方法 将三对bak基因小干扰RNA(siRNA)序列用不同浓度铝染毒细胞,分别测定不同的siRNA序列、不同的转染浓度及不同的转染时间对细胞活力的影响.用荧光染色法计数转染效率,用荧光定量PCR法检测干扰效率,用免疫组织化学染色法测定阻抑Bak蛋白表达效果.最后,用选定的bak siRNA1作用于染铝后的神经瘤细胞,并检测其对细胞的凋亡率及坏死率的影响.结果 siRNA1序列为最有效的序列,最适转染浓度为10 nmol/L,最适作用时间为转染后24 h.siRNA的转染效率＞90%,最大干扰效率为57.76%,并表现了对Bak蛋白表达的明显的阻抑效应.bak siRNA1作用于染铝后的神经瘤细胞,可以明显降低细胞的凋亡率,但对细胞的坏死率的影响并不明显.结论 凋亡是铝致SH-SY5Y细胞死亡的重要途径,针对bak基因,用化学法合成siRNA并将其导入神经细胞,可以有效降低bak基因和Bak蛋白的表达,提高细胞活力和降低细胞的凋亡率,为预防及治疗铝诱导的神经细胞凋亡及神经退行性变的发生发展提供理论依据.     

2006～2007年深圳市Victoria系B型流感病毒HA1基因特性的分析

目的：了解2006-2007年深圳市Victoria系B型流感病毒流行情况及HA1基因特性。方法：用狗肾传代细胞（MDCK）和鸡胚进行流感病毒分离,将分离到的Victoria系B型流感毒株进行血凝素HA片段核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,用SIMMONIC软件和Mega软件对其进行分析。结果：2006-2007年深圳分离培养到的Victoria系流感毒株与同时段的疫苗株B/Malaysia/2506/04、国内代表株B/Shenzhen/155/05的核苷酸同源性极高,没有发生较大的变异;2006-2007年深圳所有的Victoria系株均在134号位点上发生了Ser到Pro的替换。除此之外,还存在个别的氨基酸点变异,部分的变异位点处在HA1区的抗原表位,会导致病毒的抗原性改变。结论：本研究未发现2007年深圳流行的Vic-toria系B型流感毒株与2006年的流行株在HA1片段有明显的氨基酸变异。     

锌指蛋白结构和功能研究进展

自1983年首次在转录因子ⅢA中发现锌指结构以来，现己发现10多种不同的锌指家族，约占人类基因产物的1％。锌指结构由多个半胱氨酸和，或组氨酸组成，通过锌离子来维持结构的稳定性。锌指通过与目的基因的DNA或RNA结合，或锌指之间的相互作用来调控基因表达。近年来国外学对锌指的结构、功能做了大量研究，并不断地发现与基因调控相关的新的锌指蛋白。在体外细胞研究中成功设计了不同的锌指蛋白来特异地调节与疾病相关基因的表达。本综述了近年来锌指蛋白的结构与功能、分类及其在基因治疗中应用的研究进展。     

中国部分甲型肝炎病毒流行株结构蛋白区基因特征分析

目的分析中国部分甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A Virus,HAV)流行株结构蛋白VP3~VP1编码区核苷酸及氨基酸序列特点,并比较与甲肝减毒活疫苗(Hepatitis A Attenuated Live Vaccine,Hep A-L)标本序列差别。方法收集39份甲肝病例急性期血清样本及2份市售Hep A-L标本,经核酸提取、逆转录及巢式聚合酶链反应,测得结构-非结构蛋白VP3~VP1-2A编码区序列,进行基因亲缘关系、氨基酸序列同源性等分析。结果检测到的部分HAV流行株序列均为IA亚型,其在结构-非结构蛋白VP3~VP1-2A编码区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为94.8%~100%和99.3%~100%,与检测的2份Hep A-L标本的核苷酸和氨基酸序列同源性为90.6%~91.9%和99.1%~99.4%。其中的1条序列在VP3-56位,发生丝氨酸(Serine,Ser)→脯氨酸(Proline,Pro)替代;3条序列在VP1-112位,发生苏氨酸(Threonine,Thr)→异亮氨酸(Isoleucine,Ile)替代,靠近中和抗原位点VP1-114位;所有序列在已发表的中和抗原位点处氨基酸无变化。选择压力分析表明,检测到的部分HAV流行株序列在VP3~VP1编码区处于负向选择。检测的2份Hep A-L标本序列均为IB亚型,在已发表的中和抗原位点处氨基酸无变化。结论HAV的结构蛋白编码区核苷酸序列存在一定差异,但其氨基酸序列相对保守。检测到的3条HAV流行株序列在中和抗原位点附近发生氨基酸替代,值得进一步研究。     

输入性甲型H1N1流感病毒M、NP、PB1基因进化特征

目的 分析口岸输入性甲型H1N1流感病毒的M、NP和PB1基因进化特征,及时发现变异株.方法 对广东口岸2009-2011年检测的甲型H1N1流感阳性病例进行M、NP和PB1基因的RT-PCR扩增和核苷酸序列测定.以2009年甲型H1N1流感代表株A/California/04/2009/H1 N1的M、NP和PB1基因作为参考序列,分析输入性病例的系统进化树、核苷酸及氨基酸序列同源性和变异位点.结果 M基因系统进化树分为4个分支,2009年病毒与2010年病毒主要分布在第Ⅰ分支,2011年检出的多数病毒聚集于第Ⅳ分支.同源性结果显示M基因高度保守,仅有5个核苷酸位点发生显著变异,对应的蛋白序列仅在氨基酸V80I位点出现突变.所有病毒NP蛋白均出现V100I突变,同时零星出现K452R突变.PB1蛋白氨基酸序列在G154D、I397M和I435T等位点发生较明显突变.结论 2009-2011年输入性甲型H1N1流感病毒M、NP、PB1基因已发生一定程度的变异,对口岸和国内流感防控提供了重要的理论依据.     

2013年-2014年江西省乙型流感病毒HA1基因特性分析

目的了解江西省2013年-2014年乙型流感病毒毒株HA1基因的变异特征。方法对狗肾传代细胞(MDCK)培养分离得到的乙型流感病毒进行核酸提取,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、Mega 4.0软件对测序结果进行分析,并将其氨基酸序列与WHO推荐的北半球乙型流感病毒疫苗株进行比对。结果2013年-2014年分离的乙型流感病毒均为Yamagata系病毒。19株乙型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为1 038 bp,未发现核苷酸的丢失和插入。所有毒株的氨基酸序列与北半球疫苗株B/Massachusetts/02/2012的同源性为95.1%~97.7%,有11个位点均发生了氨基酸变异,其中4个变异位于抗原决定簇。结论 2013年-2014年分离的乙型流感病毒HA1区域的氨基酸变异涉及4个抗原决定簇,故需要密切监测本省的乙型流感病毒变异情况,以判断WHO推荐的乙型流感疫苗株对本省的乙型流感病毒的保护作用。     

肝癌分子遗传学研究进展

肝细胞的恶性转化涉及到肝细胞基因内一系列基因的变异和积累。而且其发生与 HBV DNA、HCV RNA整合、癌基因及细胞凋亡基因的表达有关 ,本文就肝癌分子遗传学研究作一综述。1　乙型肝炎病毒与肝癌大多数与 HBV有关的肝癌 (HCC)中 ,包括了整合到肝细胞染色体中 HBV DNA序列。研究发现 ,HBV DNA整合在 HBV感染的早期阶段发生。目前尚未发现 HBV DNA整合到细胞基因组特定的部位 [1 ]。整合过程会引起细胞DNA缺失 ,某此整合似乎可引起染色体的重排。随机整合的靶序列和染色体部位发生插入和缺失变异。HBV DNA整合最重要的效…     

2016年6月至2017年4月辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 本文对2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因遗传进化特征分析。方法 使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对选取的4株H7N9禽流感病毒株HA和NA基因进行扩增并测序,用生物信息学软件分析其基因进化变异特征。结果 2016年6月至2017年4月辽宁省4株毒株的HA和NA基因与WHO最新推荐的A/Hunan/02650/2016疫苗株的同源性最高,其HA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为99.3%~99.6%,99.8%~100%;NA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为97.7%~99.7%;98.3%~99.6%。本省所有毒株均属长江三角洲谱系,但主要聚集在两个次分支。4株病毒HA蛋白裂解位点333-342氨基酸序列均为PEIPKGR↓GLF,在338-339位点无连续的多个氨基酸插入(KRTA),属于低致病性禽流感病毒分子特征。HA受体结合位点均出现S138A、G186V、Q226L、T221P氨基酸的突变,NA茎部区均出现“QISNT”缺失,且NA蛋白上相关耐药位点上的氨基酸并未发生突变,3株毒株NA蛋白上糖基化位点第42位发生氨基酸序列NCSH→NCTH突变。结论 2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因关键位点氨基酸发生突变,使病毒具有双受体结合特性以及毒力增强。     

南京地区鲍氏不动杆菌AmpC酶、β-内酰胺酶基因研究

目的了解南京地区多药耐药鲍氏不动杆菌（ABA）临床分离株AmpC酶和β-内酰胺酶基因存在状况。方法自2007年7-10月南京地区住院患者标本中分离出20株多药耐药鲍氏不动杆菌,微量肉汤稀释法测定11种抗菌药物的敏感性,聚合酶链反应（PCR）法测定多药耐药鲍氏不动杆菌2种AmpC酶及18种β-内酰胺酶基因。结果20株ABA AmpC染色体型基因阳性14株（70.0%）、AmpC质粒型基因阳性1株（5.0%）;TEM基因阳性12株（60.0%）、SHV基因阳性1株（5.0%）、CTX-M-1群基因阳性2株（10.0%）、OXA-23群基因阳性1株（5.0%）、OXA-24群基因阳性1株（5.0%）,经测序BLASTn比对为OXA-72型;16、17号株测得AmpC（染色体型）DNA序列翻译成氨基酸序列与美国核酸库已登录的AmpC（染色体型）序列比较分别有两个和1个氨基酸差别,均为新亚型。结论南京地区ABA除可携带TEM、VEB、GESI、MP、VIM、OXA-10、OXA-23基因外,还可携带AmpC染色体型及AmpC质粒型、SHV、CTX-M-1群、OXA-24群基因。同时进行AmpC活性与AmpC染色体型、质粒型基因配对检测为国内首次。     

我国首例输入性D_9基因型麻疹病毒的分离和鉴定

目的分离并鉴定我国首例输入性D9基因型麻疹病毒。方法使用Vero/SLAM细胞（非洲绿猴肾细胞/淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞）分离病毒,使用逆转录-聚合酶链反应扩增出编码核蛋白羧基末端450个核苷酸片段,通过对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,构建基因亲缘性关系树,进行遗传距离分析。结果四川省D9基因型麻疹病毒分离株MVi/Sichuan.CHN/07.09/1和世界卫生组织D9基因型代表株Victoria.AUS（维多利亚？澳大利亚）/12.99在基因亲缘性关系树上同属一个分支,核苷酸同源性为96.9%;和2008年流行于泰国和荷兰的D9基因型麻疹野病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.8%～100%和99.3%～100%;和中国大陆目前所使用的麻疹疫苗株沪191相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为92.3%和90.7%;和中国目前流行的麻疹病毒绝对优势本土基因型H1基因型代表株相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为90.8%和92.1%。结论输入中国四川省的麻疹病毒株为D9基因型。     

江苏省2014年流行性腮腺炎病毒基因特征分析

目的分析江苏省2014年流行性腮腺炎病毒(MuV)的基因特征。方法采用Vero/SLAM细胞分离流行性腮腺炎病毒,采用RT-PCR法对25株MuV分离株的小疏水蛋白(Small Hydrophobic Protein,SH)基因片段进行扩增和序列测定,结合WHO MuV参考株进行分子流行病学研究。结果通过比较核苷酸和氨基酸同源性和构建亲缘关系树发现,江苏省2014年25株MuV分离株同属F基因型,但序列间存在差异。核苷酸和氨基酸同源性分别为94.0%~100.0%和84.9%~100.0%。MuV分离株在SH基因编码的氨基酸保守位点也发生了变化。结论江苏省2014年流行的MuV基因型同属F基因型,为F基因型MuV的多个传播链引起,但与F基因型参考株序列差异较大,发生了一定程度变异。