九江市HIV-流行毒株基因序列测定和亚型分析

目的：了解九江市HIV-1流行毒株的亚型分布情况。方法：对采集的6份九江市HIV-1感染者的血浆样品进行RT—PCR扩增，获得GAG基因的核酸片断进行核苷酸序列分析。结果：在6份样品中发现B’亚型HIV-1毒株四株，B亚型和A／E重组亚型HIV-1毒株各一株。结论：HIV-1流行毒株亚型在九江市分布情况复杂，防控形势严峻。     

浙江省HIV-I流行毒株GAG基因序列测定和亚型分析

〔目的〕利用分子生物学方法了解浙江省境内HIV -I流行毒株的亚型。〔方法〕采集 14份浙江省检出的HIV -I抗体阳性者的抗凝全血 ,从中提取前病毒DNA作为PCR扩增的模板 ,设计特异性引物对gag基因区进行扩增并测定其序列。所得序列与国际标准或参考序列进行比较 ,确定亚型。〔结果〕14份样本中有 9份扩增阳性并得到相应序列 ,扩增率为 6 4 .3%。经过离散率计算和系统树分析后证实 4份样本为A/E流行重组模式 ,3份样本为B亚型 ,1份样本为B/C流行重组模式 ,1份样本为G亚型。〔结论〕目前浙江省境内有多种亚型的HIV -I毒株存在。迫切需要对高危人群进行宣传教育和行为干预措施以阻断HIV/AIDS的流行和传播。     

河北省2007年HIV-1流行毒株基因序列测定及亚型分析

HIV具有基因易变性特点,为探讨河北省HIV-1感染人群传播特点,监测不同人群中亚型毒株的分布和基因变异规律,开展了此项研究.     

陕西省HIV-Ⅰ流行毒株亚型分析

目的了解陕西省近年来发现的人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者所携带毒株的基因序列特征、亚型种类和毒株来源以及在各高危人群中的分布,推断其传播来源和流行趋势,为本省艾滋病防治工作提供技术资料。方法对HIV感染者进行流行病学相关因素调查,无菌采集HIV感染者抗凝全血,提取前病毒DNA,应用套式聚合酶链式反应（nested-PCR）扩增其膜蛋白基因env,对其C2～V3区及邻区的核苷酸序列进行测定,用GCG软件（Wisconsin公司）进行亚型分析。结果35份样本PCR扩增阳性并得到相应序列。经基因离散率计算和系统树分析,共发现4种HIV-1基因亚型和重组毒株,即HIV-1 B’、C、CRF01-AE和CRF-BC重组型。其中泰国B’亚型为主要流行株,占82.35%（28/34）,主要来源于既往采供血者及其配偶;其次是CRF-BC重组型,占11.77%（4/34）,主要来源于吸毒人群：CRF01-AE和C亚型各1份,分别占2.94%,均来自劳务输出的归国人员。该组样本B’亚型内的基因离散率为5.2%（n=23）;而CRF-BC亚型内的基因离散率为0.9%（n=3）,彼此间显示出较近的传播关系。结论陕西省HIV-1流行株以泰国B’亚型为主,发生在与既往有偿采供血相关的地区和人群,已有6～7年的流行史;首次在当地吸毒人群中发现HIV-1 CRF-BC重组型,并且显示近期高度流行的趋势。加强对既往有偿献血人群和吸毒人群的行为干预,控制HIV病毒在家庭内和吸毒人群中的传播,将是今后本省艾滋病防治工作重点之一。     

湖北省HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析

１９９６年８月下旬采集２０份湖北省ＨＩＶ１感染者外周血，分离单个核细胞（ＰＢＭＣｓ）提取核酸使用ＰＣＲ进行扩增获得ＨＩＶ１膜蛋白（ｅｎｖ）基因的核酸片段，并对其Ｃ２Ｖ３及邻区３５０～４５０个核苷酸序列进行了测定和分析。研究结果表明，这２０份样品均为Ｂ亚型的ＨＩＶ１毒株序列，彼此间的基因离散率为１．９％。与国际ＡＥ亚型参考序列及部分地区Ｂ亚型代表株序列相比较，湖北的２０个毒株与流行与我国云南德宏、四川和河南等地的Ｂ亚型毒株序列十分接近，均属于泰国Ｂ亚型；它们的基因离散率在１．９％～３．２％的范围内。根据以上数据及其它资料提示，ＨＩＶ１在湖北的流行时间不长，该流行区毒株的传入与流行在云南德宏州的相同亚型ＨＩＶ１毒株密切相关。     

陕西省HIV-Ⅰ流行毒株亚型分析

目的 了解陕西省近年来发现的人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者所携带毒株的基因序列特征、亚型种类和毒株来源以及在各高危人群中的分布,推断其传播来源和流行趋势,为本省艾滋病防治工作提供技术资料.方法 对HIV感染者进行流行病学相关因素调查,无菌采集HIV感染者抗凝全血,提取前病毒DNA,应用套式聚合酶链式反应(nested-PCR)扩增其膜蛋白基因env,对其C2～V3区及邻区的核苷酸序列进行测定,用GCG软件(Wisconsin 公司)进行亚型分析.结果 35份样本PCR扩增阳性并得到相应序列.经基因离散率计算和系统树分析,共发现4种HIV-1基因亚型和重组毒株,即HIV-1 B'、C、CRF01-AE和CRF-BC重组型.其中泰国B'亚型为主要流行株,占82.35%(28/34),主要来源于既往采供血者及其配偶;其次是CRF-BC重组型,占11.77%(4/34),主要来源于吸毒人群:CRF01-AE和C亚型各1份,分别占2.94%,均来自劳务输出的归国人员.该组样本B'亚型内的基因离散率为5.2%(n=23);而CRF-BC亚型内的基因离散率为0.9%(n=3),彼此间显示出较近的传播关系.结论 陕西省HIV-1流行株以泰国B'亚型为主,发生在与既往有偿采供血相关的地区和人群,已有6～7年的流行史;首次在当地吸毒人群中发现HIV-1 CRF-BC重组型,并且显示近期高度流行的趋势.加强对既往有偿献血人群和吸毒人群的行为干预,控制HIV病毒在家庭内和吸毒人群中的传播,将是今后本省艾滋病防治工作重点之一.     

辽宁省HIV-1株的基因序列测定和亚型分析

目的　通过DNA序列分析 ,确定辽宁省HIV -1流行毒株的亚型。方法　从辽宁省HIV -1抗体阳性者中选择 16例 ,其中经性接触感染者 8例 ,经静脉吸毒和血液途径感染者 7例 ,垂直传播者 1例 ,采集全血提取DNA作为PCR扩增的模板 ,套式引物扩增HIV -1前病毒DNA的C2～V 3区用于测序。所测序列与国际标准株及国内外参考序列进行比较 ,确定被检标本的亚型。结果　辽宁省流行的HIV -1病毒分属A、B、C、G4种亚型 ,其中经性途径传播者 8例分别为B′亚型和A亚型 ,静脉吸毒者 4皆为C亚型 ,经血途径感染者分别属B′和G亚型 ,垂直传播者为A亚型。亚型内基因离散率分别为 :A亚型 (7 5± 1 0 ) % ,B′亚型 (8 5± 0 9) % ,C亚型 (5 4± 0 9) % ,G亚型 (13 5±2 1) %。结论　辽宁省目前HIV -1的流行株亚型较为复杂 ,不同传播途径感染HIV毒株亚型有所不同 ,C亚型毒株只见于静脉吸毒者 ,经性途径和血途径感染主要为B′亚型 ,而A亚型和G亚型只见于非洲劳务输出人员及其配偶子女。     

四川省HIV- 1 流行毒株的基因序列测定和亚型分析

使用PCR对 9份采集于 1996年中旬的四川省经血液途径感染的HIV - 1阳性感染者外周血单个核细胞 (PBMCs)样品进行扩增 ,获得HIV - 1膜蛋白 (env)基因的核酸片段 ,并对其C2-V3及邻区 350～ 4 50个核苷酸序列进行了测定和分析。结果表明 ,9份样品中存在B和C两种亚型的HIV - 1毒株序列 ,其中B亚型 5份 ,彼此间的基因离散率为 1.4 % ;C亚型 4份 ,在不包括sc3号样品的情况下彼此间的基因离散率为 2 .6% ,而sc3号样品与其它 3份样品在核苷酸序列上的差异却达 11.5%。与A～E参考亚型及部分B和C亚型代表株序列相比较 ,属四川B亚型的 5个毒株与包括泰国、缅甸及中国云南德宏在内的B亚型毒株序列十分接近 ,基因离散率在 3.6%～4 .3%的范围内 ;属四川C亚型的 4个毒株除sc3外则与代表印度毒株的C亚型共享序列及德宏C亚型毒株序列十分相似 ,其基因离散率均为 3.1% ,与非洲C亚型毒株nof的基因离散率为13.1% ,而sc3号序列与印度、中国德宏和非洲C亚型HIV - 1的基因离散率却在 10 .1%～ 17.2 %的范围内。提示 ,HIV - 1在四川的流行时间不长 ,且其B和除sc3之外的C亚型毒株的传入与流行在云南德宏州的相同亚型HIV - 1毒株密切相关 ,而由sc3所代表的C亚型毒株则存在目前还尚不了解的其它传入来源。     

广西HIV-1基因亚型流行分布研究

分别采用血清学分型和基因序列分析方法对１９９６￣１９９７年收集的７２份标本进行人类免疫缺陷病毒１型（ＨＩＶ－１）亚型鉴别分析,证实我区存在着ＨＩＶ－１Ｂ‘,Ｃ,Ｄ和Ｅ４种基因亚型。在有偿供血者中以Ｂ’亚型感染为主和个别的Ｄ亚型感染,并散发于全区,而Ｃ亚型则在吸毒人群中流行,Ｅ亚型仅在中越边境地区吸毒人群中流行,形成我国新的ＨＩＶ－１基因亚型流行区。分析了我区ＨＩＶ－１的传染来源及不同亚型病毒混合流     

烟台市部分HIV-1流行毒株的基因特征和亚型分析

目的了解烟台市HIV-1流行毒株的流行情况和基因亚型特征.方法采集了7份HIV-1感染者的全血分离单个核细胞(PBMC),提取前病毒DNA,经nested-PCR扩增HIV-1膜蛋白(env)基因的核酸片段进行扩增,并测定和分析了C2-V3区及其邻区270个核苷酸序列.结果7份HIV-1感染者的PBMC样品中扩增到HIV1env基因片段,经序列分析发现7份样品中有A、B′和E亚型.5名有偿献血人员均为B′(泰国B)亚型,2名回国劳务人员分别为A、E亚型.结论烟台市目前存在HIV-1A、B′和E三种亚型毒株,感染情况复杂,因此应加强对献血者及回国劳务人员等高危人群的检测和控制,以防HIV-1各亚型毒株在烟台市的蔓延.     

江苏省艾滋病病毒流行毒株的基因序列测定和亚型分析

目的 :了解江苏省不同人群中HIV各亚型毒株的流行情况和传播规律。方法 :收集感染者及病人的流行病学资料 ;无菌采集HIV感染者或AIDS病人抗凝全血标本 5ml,提取前病毒DNA ,用套式聚合酶链反应扩增膜蛋白基因的C2 -V3区 ,进行序列测定 ,鉴定病毒亚型。用威斯康星GCG软件进行共享序列、基因离散率的计算和毒株的聚类分析。结果 :截止 2 0 0 1年 6月底 ,江苏省已发现HIV - 1中的A、B、B′、C、D、E 6种亚型 ,B′亚型 (占 4 1.6 7% )和C亚型 (占 2 5 % )为主要流行株 ;静脉吸毒感染人群中10 0 %为C亚型 ,采供血和受血感染人群中 87.5 %为B′亚型 ,在性途径传播人群中所有 6种亚型均有 ,且分布较为均一。结论 :多种亚型的并存说明江苏存在着适宜艾滋病流行的各种危险因素 ,提示今后在药物治疗、疫苗研制以及其它防制工作上将面临着更大的困难。因此在今后相当长的一段时间内 ,对高危人群进行行为干预将是江苏省艾滋病防制工作的重中之重。     

云南省2012—2014年HIV-1流行毒株亚型分布特征

分析2017—2019年云南省德宏傣族景颇族自治州（简称“德宏州”）新报告人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者基因亚型分布特征,探究HIV流行情况及亚型分布特征随时间的变化趋势。

对德宏州2017—2019年新报告且血浆量>200 μL的HIV感染者标本进行核酸抽提,使用反转录⁃聚合酶链反应（RT⁃PCR）方法对HIV的gag、env和pol基因进行逆转录扩增,并对扩增产物测序,根据上述3个基因测序结果进行亚型确定。

2017—2019年德宏州共报告HIV感染者3 287例,其中成功获得HIV的gag、env和pol基因亚型者1 813例,主要优势亚型为C亚型（28.4%,515/1 813）、BC重组亚型（22.0%,398/1 813）和CRF01_AE亚型（18.1%,329/1 813）。在中国籍与缅甸籍HIV感染者中均表现为B亚型、C亚型和CRF01_AE亚型所占构成比逐年下降,01/BC重组亚型、CRF07_BC亚型及CRF08_BC亚型的构成比逐年上升（χ²=75.212,P<0.001）。中国籍与缅甸籍不同HIV基因亚型的HIV感染者性别、年龄、婚姻状态、民族、文化程度和传播途径方面的构成比差异均有统计学意义（均P<0.05）。

德宏州HIV基因亚型分布随时间变化表现出更为复杂多样的特点,表现为BC重组亚型和独特重组型所占构成比明显增加。

     

深圳市HIV-1流行毒株膜蛋白基因C2-V3区序列测定及亚型分析

目的对深圳市HIV-I流行毒株亚型监测分析。方法应用巢式PCR方法对26份1998年10月-1999年8月采集的深圳市HIV感染者的外周静脉血淋巴细胞样品的基因进行扩增,获得了HIV-1膜蛋白基因(env)的核进片段,并对其C2-V3区及邻近350-450个核苷酸序列进行了测定和分析。结果26份样品中,7份为B亚型、5份为C亚型、14份为E亚型。结论深圳地区人群中流行的HIV-1毒株归属于E、B、C三种亚型,尚未发现其它亚型。     

不同亚型的人类免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株混合感染分析

目的：了解我国人类免疫缺陷病毒（HIV）感染中是否存在不同HIV－1亚型混合感染,分析其传染来源,方法：应用巢式－PCR方法对3例HIV－1感染外周血单个核细胞的HIV－1膜蛋白基因进行扩增。并对C2－V3及其邻区360个核苷酸序列进行测定和分析,计算基因离散率和系统进行化树。结果：3例感染体内有B和C或B′和E2种不同HIV－1亚型毒株序列,各亚型毒株与相应的Bcon、Ccon、Econ国际亚型毒株序列间的基因离散率分别为5．07％－7．26％、3．23％、5．38％－5．99％;同一个体内不同亚型毒株序列间的基因离散率分别为23．52％、20．69％、28．44％;根据gp120V3环顶端四肽序列特征,发现有卖淫和静脉吸毒史妓女体内的sz46-1具有典型的欧美B亚型GPGR序列,sz8-2为GPGH,其他毒株均为泰国B（B′）和E亚型所特有的CPGQ序列;进一步系统树分析显示,sz12、sz46-1与Bcon丛集一起,sz1-1和sz8-2,sz46-2分别与Econ、Ccon丛集。结论同一个体可以同时感染不同亚型HIV－1毒株,多种高危行为可能是导致混合感染的主要原因。     

广东省HIV-1流行株的基因亚型分析

目的　了解广东省人免疫缺陷病毒 - 1(HIV - 1)感染毒株的亚型分布情况。方法　用巢式聚合酶链反应 (nPCR)技术 ,对 1998年初至 2 0 0 2年 2月间广东省内 13例HIV - 1感染者血标本进行膜蛋白基因 (env)部分片段扩增 ,将扩增产物克隆至T载体上并进行序列分析。结果　在 11例扩增成功的血标本中 ,B亚型 6例 ,其中 3例来自献血人员 ,1例为性乱人员和 2例为吸毒人员 ;E亚型 5例 ,其中 3例为性乱人员 ,1例来自吸毒人员 ,1例来自献血人员。 5例E亚型基因离散率为 ( 6 6± 3 8) % ;6例B亚型基因基因离散率为 ( 7 6± 1 9) % ,与来自泰国和国内的B亚型代表株最接近。结论　广东省至少有HIV - 1B和E亚型毒株流行 ,且分布广泛 ,来源复杂     

云南省2014―2018年HIV-1流行毒株遗传变异及基因亚型分布

  目的   调查云南省2014―2018年人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）毒株基因亚型和重组型流行分布情况及其原始传播溯源。   方法   收集2014―2018年云南省16个州（市）2 604例在定点医院随访的HIV感染者或艾滋病患者的血样及流行病学信息,扩增HIV-1pol区基因,应用Genotyping和BLAST在线分析工具及软件MEGA 6.06确定毒株亚型,通过计算基因距离和系统进化树分析鉴定HIV-1重组型,阐明云南省HIV-1基因亚型的地区和人群分布特征。   结果   经扩增后共获得1 843条pol区序列,云南省HIV-1毒株主要亚型占比为CRF08_BC 55.8%,CRF07_BC 13.4%,CRF01_AE 14.3%,C亚型3.1%,B（B'）亚型2.6%,独特重组型（unique recombinant forms,URFSs）8.1%,其他2.7%。其中,CRF08_BC为最常见亚型。HIV-1基因型分布在年龄,感染途径,民族上的差异均有统计学意义（均有P < 0.05）。16个州（市）各亚型的分布均有差异（均有P < 0.05）。其中,德宏、保山和怒江主要以CRF01_AE为主,丽江和迪庆主要以CRF07_BC为主,其余地州主要以CRF08_BC为主。   结论   云南省16个州（市）HIV-1亚型以CRF08_BC流行为主,各种常见亚型均存在,仍有新型流行重组型（circulating recombinant forms,CRFs）出现,与2012―2014年的资料相比较,在地区、民族、年龄和感染途径方面有变化,应密切监测。     

北京入境人员中HIV-1感染毒株的序列特征和亚型分析

[目的]了解北京入境人员中HIV-1型感染毒株的分子流行病学特征。[方法]采集12份确认为HIV-1型感染者的全血，分离单核细胞(PNMC)，提取前病毒DNA，通过套式PCR扩增得到12份样品的结果，并对其env C2-V3区进行序列测定和分析。[结果]得到的样品分别属于HIV-1型的A、B、C亚型和重组AE型流行株。[结论]北京口岸入境人员中HIV-1型毒株的感染情况比较复杂。提示应加强对入境人员的HIV-1的检测，防止其它亚型的HIV-1型毒株传人我国。     

济宁市2例艾滋病病毒感染者HIV—1毒株包膜蛋白基因序列测定

目的 了解济宁市HIV－1毒株亚型变异情况。方法 应用套式－PCR方法对2例HIV－1感染者的外周血单核细胞样本进行扩增,对C2－V3区核苷酸序列进行测定和分析。结果 所采样本均属HIV－1B亚型,与其他国际亚型的基因离散率在15％以上,与流行于云南省的B亚型毒株基因离散率为3.49%.结论 流行于济宁市的HIV－1毒株属B亚型,与云南省流行株密切相关,流行时间约3－4年。     

东莞市HIV-1流行株pol基因序列特征和亚型分析

目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者的流行病学特征及亚型的分布情况。方法 选取50例样本,收集流行病学资料,采用RT-PCR法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行序列分析。结果 收集的50例样本最终成功扩增得到32份样本的pol基因序列,其中CRF01_AE亚型12例;CRF_07BC亚型11例;B亚型7例;CRF55_01B亚型2例。各亚型基因离散率分别为CRF01_AE是（0.075±0.039）、CRF07_BC是（0.030±0.009）、B亚型是（0.073±0.022）,各亚型之间的基因离散率差异有统计学意义（F=41.055,P<0.001）,CRF01_AE亚型和B亚型内毒株间的基因离散率均大于与CRF07_BC亚型（P值均小于0.001）。结论 CRF01_AE和CRF_07BC亚型在东莞市HIV-1流行株中占优势,CRF07_BC亚型在各亚型之间的基因离散率最小。     

干血斑样本用于HIV-1基因序列测定和亚型分析的研究

目的 将干血斑样本用于HIV-1基因序列测定和哑型分析。方法采集20例静脉吸毒HIV-1感染者的EDTA抗凝静脉全血2ml，80μl制备干血斑样本。QIAamp Blood Mini试剂盒，10％Chelex 100树脂分别提取全血和干血斑中细胞DNA。HIV-1enu基因Gp41区2对外侧和内侧引物，按照巢式PCR方法，扩增Gp41区，PCR产物用内侧正反向引物测序。MEGA3．0等软件完成序列比对及亚型分析。结果18对符合要求的干血斑和全血样本进入研究。16对经序列分析归为中国流行的BC重组亚型，样本间的基因平均离散率为5．79％，与中国流行的BC重组业型的基因离散率为491％，与C亚型代表序列基因离散率为8．89％，与其他几个国际亚型代表株的基因离散率在15％～20％之间。另2对样本分别归属于泰国B’亚型和欧美B亚型。结论干血斑样本与全血样本HIV-1 DNAPCR产物亚型分析一致，氨基酸序列比对同义和非同义替换比例、位置和类型基本一致，其易采集，便于运输，保存条件和生物危险性低，费用低廉的优点适合作为实验条件较差的偏远地区HIV-1分子流行病学研究的一种样本采集手段。