新等位基因HLA-B~* 9537的确认和序列分析

目的识别并确认1个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对1份临床样本做HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的B*1504的差异。结果得到1份样本的序列与已知的所有HLA-B等位基因序列不一致,与B*1504的差异表现在第3外显子区域中的379G>C,409C>T,412G>A,419C>T,导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸(E103D),苏氨酸→赖氨酸(T113K),谷氨酰胺→谷氨酸(Q114E)和丝氨酸→苯氨酸(S116F)。结论该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9537     

DNA序列分析鉴定HLA-DRB1~*新等位基因DRB1~*1449

目的鉴定HLADRB1位点新等位基因。方法应用基因克隆和DNA测序技术对1例受检样本HLADRB1基因第2外显子(Exon2)作核苷酸序列分析,与已知等位基因序列比对并作血清学分型。结果基因组DNA和DNA克隆的测序结果一致;DRB1Exon2的核苷酸序列与已知等位基因序列均不相同,与同源性最高的HLADRB11432相比,存在4处碱基的改变;以Exon2的第1位碱基为记数起点,核苷酸71位C→>G,196位G→>A,244位T→>G和245位上G→>T,引起相应编码氨基酸28位上天门冬氨酸(Asp)→>谷氨酸(Glu),70位上精氨酸(Arg)→>谷氨酸盐(Gln),86位上缬氨酸(Val)→>氨基乙酸(Gly)。血清学分型结果表明新等位基因血清学特异性为DR14。结论被检标本HLADRB位点存在新等位基因,2005年2月WHOHLA命名委员会正式将其命名为HLADRB11449。     

HLA新等位基因DRB103:80的鉴定及其序列分析

本研究旨在分析鉴定中国人群HLA—DR位点1个新等位基因。应用LuminexPCR—SSO流式分型技术发现1例罕见等位基因组合样本,应用PCR-测序分型（sequence—basedtyping,SBT）及单等位基因特异性测序分型技术进行鉴定分析。结果表明,该样本DR位点1个等位基因序列与同源性最高的DRB1＊03：06等位基因相比,其第2外显子第239位核苷酸碱基由C→G,结果导致相应51位密码子编码的苏氨酸变为精氨酸。结论：确定了该样本含有1个HLA-DRB1新等位基因。该等位基因被WHOHLA因子命名委员会正式命名为DRB1＊03：80．     

HLA新等位基因A＊9217家系调查分析

背景：目前所发现的HLA等位基因是在人类进化过程中,为了适应某种外界环境过程中逐渐产生的,新近产生而不曾被人们发现的为新等位基因,这些新的等位基因产生诱因千变万化,在诱发因素消除之后这些突变是否持续存在,尚需进一步观察。目的：采用DNA测序技术确认聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸分型检测中的可疑结果,确认新的HLA等位基因,分析新等位基因HLA-A＊9217（WHO注册号：WHS10004629）的遗传方式。设计、时间及地点：以DNA为观察对象的开放性试验。其中常规初检聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法于2007-11在河南省红十字血液中心中华骨髓库河南分库人类白细胞抗原组织配型实验室完成,测序实验于2008-02在戴诺生物技术（北京）有限公司人类白细胞抗原实验室完成。材料：中华骨髓库志愿捐献者（编号：371xxxxx）及其直系3代亲属血样,受试者共9人在实验室逐个登记,采集静脉血5mL,EDTA抗凝。方法：用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸流式荧光微珠HLA分型方法、SBT测序分型方法,对A＊9217携带者家庭成员进行中低分辨,DNA测序高分辨检测分析,血清学方法检测ABO,MN,Rh血型系统,分析新基因的发现及遗传方式。主要观察指标：HLA新等位基因A＊9217携带者A位点外显子3序列对比。结果：通过受检者HLA分型结果和红细胞系统ABO,MN,Rh血型分析,先证者A＊9217应来自父方,但父方并没有检出A＊9217,而是检出了与之序列相近的A＊020301,与A＊9217在处显子3有3处碱基改变391T〉G,414C〉G,418T〉G,A＊9217携带者的2个孩子均检出A＊9217。结论：新基因A＊9217先证者父方产生突变所致,该突变能正常遗传给后代,该基因是否能稳定遗传下去有待进一步观察研究。     

HLA-DRB1＊15与162例儿童急性淋巴细胞白血病发病的关系

为了研究HLA—DRB1＊15与儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）的关系,用特异性引物,对162例15岁以下儿童ALL患者进行HLA—DRB1＊15检测,对HLA—DRB5＊进行PCR扩增,并与1000份健康脐血做显著性比较,计算相对危险度。结果表明：儿童ALL患者DRB1＊15的抗原频率为40．12％,等位基因频率为22．62％;对照组抗原频率为30．8％,等位基因频率为16．81％。两组比较,差别有显著的统计学意义（χ^2=5．560,P=0．018,RR=1．506）。结论：儿童ALL患者HLA—DRB1＊15的抗原频率和等位基因频率均显著高于正常对照,此结果对儿童ALL的发病机制研究有重要意义。     

新等位基因HLA-B*56∶21的核苷酸序列分析

目的 确认HLA新等位基因HLA-B* 56∶21并分析其有异常反应格局的核苷酸序列.方法 标本DNA抽提采用美国Tiangen试剂盒,采用聚合酶链反应序列-特异寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSOP)进行HLA分型,发现1个与HLA -B*56相关的异常基因,使用DNA测序分型技术(PCR-SBT)直接测定其基因序列,并分析其与最接近的HLA-B* 56∶ 05∶02和HL4-B* 56∶07基因序列的差异.结果 新基因与所有已知的HLA-B等位基因序列均不相同,与HLA-B*56∶05∶02基因序列相比在第2外显子有6个碱基发生替代,导致5个氨基酸发生改变;与HLA-B*56∶07相比,在第2外显子序列仅有2个碱基被替代,第3外显子序列有6个碱基被替代,也导致5个氨基酸发生改变.结论 发现1个新的HLA-B等位基因,现已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 56∶21,新等位基因HLA -B*56∶21与HLA-B* 56∶ 05∶02、HLA-B* 56∶07均有很高相似性.     

新的HLA-B*4061等位基因的核苷酸序列分析

本研究探讨HLA新的等位基因HLA-B＊4061的分子基础。采用盐析法抽提样本DNA，利用PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第1-8外显子，PCR产物直接经TOPO克隆到质粒载体中得到单链，对所得克隆进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析。应用PCR-SSP方法证实测序所发现的突变。结果表明：先证者样本克隆测序得到2个等位基因，其中1个等位基因为B＋4601，另1个经blast验证其为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank（DQ089628，DQ089629，DQ089630）。与最接近的B＊400101等位基因序列相比，新的等位基因仅在第2外显子上有1个核苷酸不同，即第272位C→A，导致第67位氨基酸Ser→Tyr。结论：HLA-B＊4061等位基因为新的HLA-B等位基因，已荣获世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名。     

序列分析鉴定新等位基因HLA-B~*1316

目的分析鉴定HLA-B位点的1个新等位基因。方法应用DNA序列分析常规PCR-SSO基因分型时发现的疑似HLA新等位基因,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果发现1个HLA-B位点分型结果异常的样本,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列不一致,与同源性最高的等位基因B*1302的差异,是在第3外显子区域中的第184位碱基发生了T→A的替换,导致第62位密码子由GTG→GAG,其编码的氨基酸由缬氨酸→谷氨酸。结论确认了HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*1316。     

新等位基因HLA-A~*1127的确认和序列分析

目的识别确认临床样本中一个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的A*1104的差异。结果该序列与已知的所有HLA-A等位基因序列不一致,与A*1104的差异表现在第3外显子区域中的核苷酸570 G→C,571 T→G导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸,色氨酸→甘氨酸。结论该基因为HLA-A位点的一个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会于2007年8月正式命名为HLA-A*1127。     

支气管哮喘HLA—DRB1等位基因研究

目的：研究山西汉族支气管哮喘患者的ＨＬＡ－ＤＲＢ１等位因基的频率。方法：采用顺序特异引物聚合酶链反应（ＰＣＲ／ＳＳＰ）技术检测山西汉族６４例支气管哮喘患者ＨＬＡ－ＤＲＢ１等位基因频率,并与山西正常人群进行比较分析。结果：支气管哮喘组ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１５０１／１５０２基在频率明显增高（Ｐ〈０．０５）,Ｏ ２３．４４％;其它等位基因频率在两组间无显著差异。结论：在山西汉族人群中ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１５     

HLA新等位基因A*3018的序列分析和确认

为了识别和确认中国汉族人群中的HLA新等位基因,使用PCR-SSP、FLOW-SSO以及PCR-SBT等HLA分型技术,发现样本A位点的杂合结果A*240201,300101在外显子2有3个位置与数据库不相符。用组特异性引物分别扩增A*24及A*30基因,对外显子2、3、4进行双向测序,发现1个与A*300101序列相近的新等位基因。分析该等位基因与A*300101序列的差异。用EB病毒感染外周血B淋巴细胞,建立该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系。结果表明:该基因与A*300101相比在外显子2有3个碱基的改变,碱基121A→C、123T→C导致密码子17AGT->CGC,17S(丝氨酸)→R(精氨酸);碱基126A→G导致密码子18GGA→GGG,18G(甘氨酸)→G(甘氨酸),该氨基酸是同义突变。成功建立了该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系,该基因序列已提交GenBank,编号为DQ872509。结论:该等位基因为新的HLA-A等位基因,已于2006年8月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*3018(上报编号HWS10004039)。     

四川骨髓库汉族人群HLAD-RB1~*14等位基因分布

目的研究四川骨髓库中四川籍汉族人群HLAD-RB1*14等位基因分布。方法在四川骨髓库8934名四川汉族造血干细胞捐献志愿者中随机筛选107例中低分辨为DRB1*14的样本,以PCR-SBT分型技术检测DRB1位点的第2外显子以鉴定HLAD-RB1*14等位基因。结果共检出6种DRB1*14等位基因,包括DRB1*140101/1454(56.0%),DRB1*1403(1.8%),DRB1*1404(11.0%),DRB1*140501(27.5%),DRB1*140701(1.8%)和DRB1*1425(1.8%);其中最主要的DRB1*140101/1454频率与美国亚裔/太平洋岛民接近,而与高加索人、非洲裔美国人、西班牙裔及韩国人和中国北方汉族中的分布有显著性差异;DRB1*140501和DRB1*1404则与中国北方汉族分布类似;本研究未检到的等位基因在四川汉族DRB1*14阳性个体中的频率低于3%。结论四川汉族人群HLA-DRB1*14等位基因呈现多样性并存在自身特点。     

HLA-B新等位基因B*3936的确认和测序分析

本研究确认HLA新等位基因HLA—B％3936并分析其序列。先证者为脐血造血干细胞捐献者，样本DNA抽提采用PEL—FREEZ抽提试剂盒，利用单链特异性引物PCR方法扩增先证者HLA—B基因的第2—4外显子，对PCR产物直接进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果显示：先证者样本中存在2个HLA—B等位基因，其中1个等位基因为HLA—B％4002，另1个经Blast验证确定为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank（DQ242650，DQ24265l，DQ242652）。与最接近的B％3901等位基因比较，新的等位基因在第3外显子上有4个核苷酸的差异，其中第527位T→A、第538位C→T、第539位T→G、第544位A→G，这引起氨基酸第152位缬氨酸（Val）→谷氨酸（Glu）、第156位异壳氨酸（Ile）→色氨酸（Trp）、第158位苏氨酸（Thr）→丙氨酸（Ala）。实验结果提示该等位基因为新的HLA-B等位基因，已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA—B％3936。     

HLA新等位基因HLA-A~*2451的认定

目的发现和认定1个HLA新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的HLA新等位基因,PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析基因序列及与最同源HLA等位基因序列的差异。结果检出1样本,其HLA-A位点显示出多种不一致的结果,其中包括与已知所有HLA-A等位基因谱型不一致的新谱型,其HLA-A位点第3外显子序列与所有已知HLA-A等位基因序列不一致。软件分析表明该基因序列与同源性最高等位基因A*2415的差异只是在外显子3区域中的363位碱基发生了G→A1个碱基替代,并导致相应的121密码子由ATG(M)→ATA(I)。结论该等位基因为HLA-A位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*2451。     

The HLA-DRB1*11 group-specific allele is a predictor for alloantibody production in the transfusion-dependent thalassemia patients

Background and ObjectivesRecently, researchers have shown an increased interest in thalassemia for detecting susceptible factors in alloimmunization development. Alloimmunization, especially against Rh and Kell blood, occurs in 30% of thalassemia dependent transfusion (TDT) patients. The aim of this study is to determine the role of HLA-DRB1*11 and HLA-DRB1*13 group-specific alleles in the production of Rh and Kell alloantibodies.Materials and Methods106 TDT patients were recruited for this study (54 responders and 52 non-responders). Responder patients developed Rh, Kell and/or specificities alloantibodies. HLA genotyping was done with Sequence-Specific Primers (SSP-PCR) and the results were compared between two groups.ResultsA significant association was found between anti-K (P=0.021, OR=2.546, 95%CI) and anti-E (P=0.049, OR=2.304, 95%CI) alloantibodies production with DRB1*11, respectively. Development of Anti-K and Anti-E alloantibodies were associated with DRB1*11 (P = 0.021, OR = 2.546, 95%CI) (P = 0.049, OR = 2.304, 95%CI), respectively. Further analysis showed that DRB1*11 is more frequent in multi responders (responder with both Rh and Kell alloantibodies) than mono-responders, 71% Versus 29%. There was not found any association between the DRB1*13 group-specific allele and the production of alloantibodies (P = 0.584, OR = 0.308, 95%CI).ConclusionsThe evidence from this study suggests that detecting the DRB1*11 group-specific allele before starting transfusion can be useful to identify susceptible patients, increase HSCT transplantation compatibility and blood transfusion management.     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B~*0740

目的确认一个中国人群中的新HLA等位基因。方法应用单倍型特异性分离(haplotype-specific ex-traction,HSE)技术和DNA序列分析技术鉴定HLA-B~*的新等位基因。结果被检标本HLA-B位点有一个等位基因的核苷酸序列与任何已知的HLA等位基因均不同,与同源性最高的B~*0705相比,在exon3区域中的605位碱基由A>T,引起编码178位的氨基酸由赖氨酸(K)变成甲硫氨酸(M)。血清学分型表明新等位基因的免疫学表型仍为HLA-B7。家系分析提示,HLA-B~*0740基因来源于其母亲。结论该等位基因序列为HLA-B位点的一个新等位基因,于2005年2月由WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B~*0740。     

中国汉族人群HLA新等位基因DRB1＊112802的确认

目的 识别确认中国汉族人群中的HLA新等位基因.方法 使用FLOW-SSO对骨髓库样本进行常规分型,发现一份样本DRB1位点的分型结果为DRB1*09,1109.用PCR-SBT方法对该样本进行确认,发现在外显子2有1个位置与数据库不相符.用组特异性引物分别扩增DRB1*09及DRB1*11基因,对外显子2进行双向测序,发现一个与DRB1*1128序列相近的新等位基因.分析该等位基因与DRB1*1128序列的差异.用EB病毒感染外周血B淋巴细胞,建立该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系.结果 该等位基因与DRB1*1128相比在外显子2有1个碱基的改变,碱基189A→G,导致密码子34 Q (CAA)→Q(CAG),该氨基酸是同义突变.成功建立了该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系.结论 该等位基因为新的HLA-DRB1等位基因,该基因序列已提交Genbank,注册号为FJ870104,已于2009年4月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*112802(上报编号HWS10006282).