禽流感病毒分离株NS基因同源性及等位基因类型分析

目的　克隆测定国内具有代表性的禽流感病毒 (AIV)的非结构 (NS)蛋白基因核苷酸序列 ,分析其同源性和等位基因类型 ,为进一步探索禽流感NS蛋白抗体监测方法奠定基础。方法　经RT PCR扩增了国内 3株H9N2、2株H5N1、2株H7N2亚型AIV分离株的NS蛋白基因 ,并把扩增的基因片段克隆到pGEM T载体中测序 ,将测序结果与GenBank中的核苷酸序列进行同源性比较 ,绘制基因进化树。结果　经测序获得了各AIV分离株NS基因的完整编码序列。同源性分析表明 ,3株H9亚型AIV的NS基因之间的同源性为 96 %～ 98% ;两株H5亚型AIVNS基因同源性为 91 6 % ;两株H7亚型AIV的NS基因同源性为 98 9%。H5和H9亚型分离株的NS基因之间的同源性均高于 90 % ;而H7N2亚型分离株与其它两种亚型分离株的NS基因同源性约为 6 0 %～ 70 %。在AIVNS基因系统发育进化树中 ,H5、H9亚型分离株都处于等位基因A群内 ;3株H9亚型分离株的进化关系较近 ,与香港、广东的部分H5N1病毒株起源相同 ,而 2株H5病毒的NS基因则处于不同分枝内 ;2株H7亚型分离株的NS基因都处于等位基因B群内 ,进化关系较近。结论　这 7株国内AIV分离株的NS基因之间的同源性差异较大 ,约为 6 0 %～ 99% ,且包括A、B两种类型的等位基因     

一株TT病毒中国分离株结构区全基因的克隆及序列测定

目的 克隆和序列测定ＴＴ病毒（ＴＴＶ）中国分离株全国基因。方法 采用长片段ＰＣＲ技术从一例临床非甲－非庚型肝炎病人血清中扩增ＴＴＶ全基因,获得３个互相重叠的片段,分别为１９９、３２６９和４３４ｂｐ。用标准分离子生物学方法测定这３个片段的序列,从而得到全长ＴＴＶ基因序列。结果 ＴＴＶ中国分离株全基因长３７３９个核苷酸,含两个开放读码框架。第一个ＯＲＦ位于５８９至２９０１位核苷酸,编码７７０个氨基酸;     

我国人细小病毒B19VP1和VP2部分基因序列测定及变异分析

目的 探讨B19病毒中国株的基因变异。方法 采用长片段聚合酶链反应技术，从中国再障患儿血清中扩增HPVB19-XA2株的VP1独特区基因和VP1/VP2基因片段，进行核苷酸序列分析。结果 B19-XA2株的VP1独特区和VP1/VP2连接区基因大部分区域核苷酸序列被测定，其与国外Au株基因核苷酸序列比较，有4个核苷酸突变，并引起编码的2个氨基酸改变。结论 我国B19病毒VP1基因独特区和VP1/VP2连接区基因序列与Au株相比有变异。     

登革病毒1型和2型国内分离株NS1基因的扩增和克隆

登革病毒(DEN)为单链正股RNA病毒,其非结构蛋白NS1在病毒免疫反应中起重要作用。我们在NS1基因序列设计了一对通用引物,扩增序列长度为413bP。应用逆转录—聚合酶链反应成功地扩增了DEN1_-4型部分基因片段,采用该引物扩增国内分离株DEN1(GZ)和DEN2(HN91)同样出现一条特异扩增带,并发现国内分离株扩增产物的电泳迁移率与国际参考株有差别。因此我们应用低融点琼脂糖回收该DNA片段,并将DEN1(GZ)和DEN2((HN91)NS1基因部分片段分别克隆到Puc19质粒载体中。经Pst Ⅰ和Ecor Ⅰ双酶切分析和通用引物PCR鉴定证明重组质粒内含有NS1基因部分片段。并准备进行核苷酸序列分析,以进一步了解其核苷酸的变异与抗原性的关系,为我国登革热的预防和控制提供理论依据。     

广州地区呼吸道合胞病毒分离株G蛋白基因序列分析

目的：探讨广州地区呼吸道合胞病毒(RSV)G蛋白基因变异的生物学意义，为研究广州地区BSV感染特点及RSV疫苗提供依据。方法：用PT—PCR的方法从广州地区呼吸道合胞病毒分离株98159株的细胞培养物中扩增出编码其表面蛋白G的基因片段，克隆至pGEM—T载体中并进行序列测定。结果：序列测定结果与A亚型原型株A2抹、1990年中国北京地区分离株B79G蛋白的核苷酸序列比较核苷酸同源率分别为92．7％及98．4％；由核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源率分别为88.3％及97．0％。一些重要的免疫反应位点发生了变异。结论：RSVG蛋白抗原结构变异大，在研制疫苗时应注意选用株的地区性。     

华南HCV 1b亚型NS5A插入式复制子重组质粒的构建和序列分析

目的构建来自华南不同慢性丙型肝炎(CHC)患者的HCV NS5A的复制子重组质粒并测序分析,探索HCV NS5A在抗病毒应答中生物学特性。方法以能够高效复制的1b型HCV复制子质粒为骨架,构成带有MIuⅠ和BclⅠ双酶切位点的开关质粒,采用逆转录-聚合酶链反应从不同CHC患者血清中扩增获得HCV 1b亚型NS5A全长片段,克隆到pMD-18载体中,测序分析其中的PKRBD、ISDR、V3和IRRDR区域的变异情况。扩增产物中无MIuⅠ和BclⅠ酶切序列的,在引物中引入相关酶切序列后再扩增,双酶切后将NS5A区段置换入HCV 1b复制子骨架中。结果成功扩增出NS5A全长片段并克隆测序,将NS5A区ISDR-V3区域置换入复制子中,测序结果正确。序列比对显示应答株的ISDR和PKRBD氨基酸变异数目比无应答株高;V3和IRRDR区域存在较高氨基酸突变率。结论成功构建包含华南HCV 1b亚型NS5A核心区域的复制子插入式重组质粒,为研究HCV NS5A生物学特性、干扰素抵抗的机制以及难治性CHC患者的个体化抗病毒治疗分析奠定了基础。     

散发性庚型肝炎病毒部分核苷酸序列分析

目的 获得散发性庚型肝炎病毒杭州株E2/NS1区部分核苷酸序列。方法 选择1例浙江杭州散发性庚型肝炎患者，从其血清中分离HGVRNA，通过逆转录-套式聚合酶链反应（RT-nPCR)法，扩增该散发性HGV（HZ-2株）E2/NS1区部分cDNA片段，然后克隆到质粒pGEX-4T-3中，并进行核苷酸序列分析结果 HGV杭州株与河北株（HGVC964）、美国株（HGU44402）的核苷酸同源性为92.5%和89.8%。氨基酸同源性为98.0%和93.9%。结论 该项研究将为HGV诊断试剂盒 的研制及基因工程疫苗的研制提供资料。     

丙型肝炎病毒NS5B区基因的扩增、克隆及序列分析

目的 对丙型肝炎病毒(HCV)NSSB区基因克隆并测序，研究其变异状况。方法 从HCV RNA阳性血清中抽提病毒RNA，利用巢式RT-PCR对NS5B区基因进行扩增，将扩增获得的靶cDNA克隆至P^KPL-3a质粒载体中，并以内引物为测序引物进行序列测定分析。结果 构建了已克隆HCVNS5B区基因的重组质粒KHC5—1；序列分析表明，与HCV-BDS株同源性最高，属于主要流行于我国的HCV 1b基因亚型。结论 证实了在NS5B区，与RNA依赖的RNA聚合酶(RDRP)活性密切相关的基元结构Gly-Asp-Asp及其相邻序列的同源性非常高。     

两株登革2型病毒E、NS1蛋白基因序列测定及其系统发生分析

目的 :对从登革出血热 (denguehemorrhagicfever ,DHF)病人血清分离到的一株登革 2型病毒 (denguevirustype 2 ,DEN 2B株 )和DEN 2NGC株作E、NS1蛋白部分基因序列测定并进行系统发生树分析 ,了解其变异及分子进化特证。方法 :利用RT PCR法扩增B株和NGC株E、NS1部分基因片段 ,PCR产物直接测序 ;利用DNAssist软件预测其氨基酸序列 ,以及PHYLIP软件的CLUSTAL方法绘制系统发生树。结果 :B株与NGC株E蛋白基因区第 1～ 4 76nt(4 76bp)碱基序列存在 8个位点的差异 ;编码氨基酸存在 4个位置的不同 ;NS1基因区第 5 89～ 1 0 0 …     

江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

目的:了解江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型(CA16)分离株VP1区基因特征?方法:选取江苏省2012年14株CA16病毒分离株,用1对特异性引物进行VP1区核苷酸序列扩增,对扩增产物进行测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,结果与CA16参考株序列进行同源性比较并构建基因进化树?结果:14株CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5%~100.0%和98.7%~100.0%,与CA16国际标准株G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5%~76.7%和91.6%~92.3%?江苏省2012年的CA16分离株全部属于B1基因亚型,同时包含B1a 和B1b 两条进化分支?结论:江苏省2012年有CA16病毒的B1a与B1b两种进化分支共同存在与循环,且呈现以B1b基因亚型为优势型别?B1a基因亚型为辅助型别的传播模式;无论是优势型别还是辅助型别,均各自呈现密切的亲缘关系?     

高原鼠兔低氧诱导因子-2α基因的克隆

目的 克隆高原鼠兔(Ochotona curzoniae低氧诱导因子-2α(Hypoxia inducible factor-2,HIF-2α)基因的cDNA部分片段,以获得HIF-2α cDNA的全长序列和进行HIF-2α的表达研究.方法 从高原鼠兔肺组织中提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增出HIF-2α基因的c...     

嗜麦芽寡养单胞菌D2株Ⅱ型分泌系统F和E基因序列测定

目的克隆并测定嗜麦芽寡养单胞菌D2株Ⅱ型分泌系统部分编码基因GspF和Gsp E的完整基因序列。方法分别根据已获得的嗜麦芽寡养单胞菌D2株部分序列,以及GenBank收录的K279a和R551株的序列依次设计3组引物,移步法PCR扩增GspF和E基因,产物纯化后连接pMD18T载体,经EcoRⅠ和HindⅢ双酶切鉴定后进行测序分析,将获得各PCR片段进行拼接,最终获得GspF和E基因的完整编码基因,并在GenBank中进行对比分析。结果 PCR先后扩增获得的3段序列,测序并拼接后发现其含有两个完整开放读码框架,分别为长1200 bp的GspF基因(GenBank收录号为GU377212.1)和长1434 bp的GspE基因(GenBank收录号为HM151387)。在GenBank中BLAST分析发现,D2株与嗜麦芽寡养单胞菌R551-3菌株的GspF基因及氨基酸序列同源性分别为93%和98%;GspE基因及氨基酸序列同源性与同菌种菌分别为92%和99%。结论成功克隆出嗜麦芽寡养单胞菌D2株Ⅱ型分泌系统基因簇中的GspF和GspE完整编码序列;嗜麦芽寡养单胞菌GspF和GspE种内高度保守,而其他细菌差异显著,提示其Ⅱ型分泌机制可能与其他革兰阴性菌有一定差异。     

中国人丙型肝炎病毒囊膜蛋白2HVR1 cDNA的序列分析

目的：了解中国ＨＣＶ流行株高变区１（ＨＶＲ１）的特点。方法：对来自山东（ＳＤ）、上海（ＳＨ）两地患者血清ＲＮＡ进行逆转录－巢式ＰＣＲ，扩增ＨＣＶ囊膜蛋白２基因片段，用ＰＣＲ直接测序法对该片段进行序列测定。结果：（１）扩增片段（命名为Ｐ３８８）对应于日本ＨＣＶ－Ｊ株序列核苷酸１４３９￣１８２６位（氨基酸位３７１￣４９８）；（２）中国人ＨＣＶ ＨＶＲ１位于氨基酸位３８４￣４１０，与发表的ＨＣＶⅡ型ＨＶ     

狂犬病毒aG株糖蛋白膜外区基因克隆和序列分析

本文应用聚合酶链反应技术获得了狂犬病毒ａＧ株糖蛋白膜外区基因克隆并进行了序列分析。测出其核苷酸序列与其他株相应区序列的同源性在９０．１２％到９３．０３％之间，推导氮基酸序列的同源性在９１．４１％到９３％、２３％之间，经分析发现成熟肽推导氨基酸第１８２位的替代，导致了乙酰胆碱受体结合序列的构象改变，可能是造成ＲＶａＧ毒力减弱的分子基础。     

幽门螺杆菌cagA基因全长克隆及序列分析

目的探索扩增cagA基因全长的PCR方法,克隆中国2株胃癌幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)分离株和1株十二指肠溃疡分离株及国际标准株SS1的cagA基因,初步探讨cagA序列和磷酸化位点变异及其临床意义.方法针对已知cagA基因两侧及cag致病岛右侧反转重复序列设计PCR引物,扩增cagA基因并克隆测序,分析已知cagA序列同源性及其酪氨酸磷酸化位点.结果3株中国Hp分离株cagA氨基酸序列的同源性约为94%(93.9%、94%、94.5%),并都有pY117/118/122和EPIYA-A、B、D 4个酪氨酸磷酸化位点.SS1株cagA与西方菌株同源性大于85%,而与中国菌株的同源性小于80%,具有pY117/118/122和EPIYA-A、B、C 4个酪氨酸磷酸化位点.结论建立的PCR方法可扩增cagA基因全长.CagA序列变异和磷酸化位点具有地区聚类特征,但与Hp感染临床结局无特殊关联.     

茅苍术HMGR基因保守区片段的克隆与分析

目的对茅苍术3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA reductase,HMGR)进行基因克隆及序列分析。方法采用cDNA末端快速扩增技术,以茅苍术嫩叶总RNA的cDNA为模板扩增茅苍术HMGR基因的保守区片断。结果序列分析表明,所克隆的cDNA保守区序列长度为458bp,而且同时得到了两个核苷酸序列的同源性为84.28%的片段,相应的氨基酸序列的同源性为92.11%。分别命名为HMGRcr1,HMGR-cr2。推断这可能是该基因家族中的两个成员。而且同源序列比对发现,推断的HMGRcr1氨基酸序列和HMGRcr2氨基酸序列与其他植物都有较高的同源性。结论首次分离并报道了茅苍术HMGRcDNA克隆,为进一步研究萜类生物合成机制及其在提高植物药用价值方面提供理论依据。     

C57BL／6小鼠ZFP580C端编码基因的克隆及序列分析

【目的】克隆C57BL／6小鼠ZFP580C端编码基因cDNA序列，并进行序列测定和分析。【方法】参照GENBANK公布的C57BL／6小鼠ZFP580eDNA序列（注册号为AK005257），根据ZFP580C端编码基因eDNA序列设计1对引物，采用RT-PCR技术，从C57BL／6小鼠的肾脏组织中扩增ZFP580C端编码基因eDNA序列，回收纯化后与T载体连接，构建重组子pMD18-T-ZFP580，转化大肠杆菌DH5a。阳性克隆以限制性酶切分析与PCR法鉴定后，测定序列并分析。【结果】自C57BL／6小鼠肾脏组织获得总RNA，扩增出255bp的基因片段，成功构建阳性克隆重组子pMD-T-ZFP580，经双酶切和PCR鉴定与预期结果一致。所测定的C57BL／6小鼠ZFP580C端基因eDNA序列与13本RIKEN基因组中心于GENBANK注册（注册号为AK005257）的完全一致，与人ZNF580C端编码基因eDNA序列比较，核苷酸序列同源性为90％；该eDNA序列所编码的氨基酸序列与人ZNT580基因C端比较，同源性为100％，均编码有3个串联重复的C2H2型锌指蛋白主构域。其氨基酸序列与大鼠、犬、牛比较，同源性分别为100％、100％、98％。【结论】成功克隆C57BL／6小鼠ZFP580C端编码基因，该基因在不同种属间高度保守。     

梅花鹿两个管家基因部分 cDNA序列的克隆

目的 :开发吉林双阳梅花鹿的基因资源 ,在分子水平上揭示鹿药材的药理作用。方法 :从鹿脾脏细胞中提取总 RNA,逆转录成 c DNA,构建 c DNA质粒文库 ,从中克隆 2个管家基因并进行序列分析。结果 :成功克隆的管家基因的一个核酸序列及其对应的氨基酸序列与人、大鼠和小鼠蛋白酶体 α3型亚单位 c DNA序列及对应的编码氨基酸序列高度同源 ;另一个管家基因的序列及对应的氨基酸序列与人、大鼠和小鼠转录激活因子 - 4部分 c DNA序列及对应的编码氨基酸序列高度同源。结论 :新发现的双阳梅花鹿蛋白酶体α3型亚单位部分 c DNA序列和转录激活因子 - 4部分c DNA序列 ,已在 Genbank中登录 ( BG67371 3,BG67371 4 )。     

乳糖酶在大肠杆菌中的高效表达与纯化

目的克隆并分析乳酸菌LacZ基因,构建其原核表达质粒,在大肠杆菌中诱导融合蛋白表达,并纯化得到纯度较高的目的蛋白。方法采用PCR方法从乳酸菌中扩增出LacZ基因,测序和序列分析。将其克隆至克隆载体pGM-Tvector中,筛选阳性克隆后回收目的片段,将其克隆入原核表达质粒pGEX-6p-1,构建其重组表达质粒pGEX-6p-1/LacZ。以异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达,聚丙烯酰胺凝胶电泳及Western blot分析鉴定,最后通过纯化得到单一的目的蛋白。结果 PCR扩增获得3024bp的LacZ基因,测序得知序列与GeneBank报道的序列一致,序列分析表明,该序列开放读码框有3024bp,推测肽链具有1008个氨基酸,蛋白分子量为114KDa,等电点为4.9。构建了重组表达质粒pGEX-6p-1/LacZ,IPTG诱导其高效表达出融合蛋白,聚丙烯酰胺凝胶电泳及Western blot分析鉴定出所表达蛋白的分子量为140KD,与融合蛋白的分子量一致。最后利用Glutathione Sepharose 4B对表达产物进行纯化,得到单一的目的蛋白。结论成功地构建了乳酸菌LacZ基因的原核表达质粒,通过序列分析并诱导表达,最后纯化得到单一的目的蛋白,为进一步生产低乳糖奶奠定基础。