石蜡包埋宫颈组织中三种DNA提取方法的比较

目的:通过比较了三种不同的DNA提取方法对DNA质量的影响,旨在寻找一种高效、简便、实用的石蜡组织中DNA提取方法.方法:取10%甲醛固定石蜡包埋的宫颈组织标本(宫颈癌及宫颈上皮内瘤变标本),分别以二甲苯脱蜡及酚氯仿法提纯DNA(方法1)、,IES水浴脱蜡及酚氯仿提纯DNA(方法2)、IES水浴脱蜡及试剂盒提纯DNA(方法3),然后进行电泳和聚合酶链反应扩增分析.结果:TES;水浴脱蜡及酚氯仿法提纯DNA所得样本·DNA的0D260/0D280比值为1.85±0.22,TES水浴脱蜡及试剂盒提纯DNA法为1.81±0.12,两者比较无显著差异(P>0.05);桓分别和二甲苯脱蜡及酚氯仿提纯DNA法相比较有显著差异(P>0.01).DNA电泳和PGR扩增结果示IES水浴脱蜡及酚氯仿提纯DNA、TES水浴脱蜡及试剂盒提纯DNA所得DNA质量均高于二甲苯脱蜡酚氯仿提纯DNA法.结论:TES水浴脱蜡及试剂盒提纯DNA法简便快捷,是理想的石蜡包埋组织DNA提纯方法.     

改良DNA提取法对皮肤结核PCR检出率的影响

目的探索适用于石蜡包埋皮肤组织的DNA提取方法,提高结核分支杆菌PCR检出率。方法选择明确诊断的结核性肉芽肿或怀疑结核性肉芽肿的皮肤病理标本46例,分别以二甲苯脱蜡-试剂盒法和TES脱蜡-改良试剂盒法提取总DNA,荧光PCR扩增后分析结核分支杆菌的阳性检出率,并与抗酸染色的结果进行比较。结果 TES脱蜡-改良试剂盒法提取的总DNA浓度显著高于二甲苯脱蜡-试剂盒法(P0.05),并且提取的DNA质量更好。TES脱蜡-改良试剂盒法所提DNA的PCR总体阳性率显著高于二甲苯脱蜡-试剂盒法(P0.05)。改进后的DNA提取方法荧光PCR的阳性检出率较抗酸染色高(P0.05)。抗酸染色阳性的标本与PCR检测结果有较好的一致性(Kappa=0.804),但抗酸染色阴性的标本与PCR检测结果的一致性较差(Kappa=0.257)。结论 TES脱蜡-改良试剂盒法提取石蜡包埋皮肤组织的总DNA提取率和提取质量高于二甲苯脱蜡-试剂盒法,显著提高了结核分支杆菌的PCR阳性检出率。     

两种石蜡包埋组织DNA提取方法的比较

目的 比较两种不同的DNA提取方法 对DNA质量的影响.方法 选取石蜡包埋的病理组织24例,采用二甲苯脱蜡法和改良TES水浴法提取DNA.通过对所提DNA的浓度、纯度及完整性的检测,比较两种DNA提取方法 的优劣.结果 二甲苯脱蜡法提取样品D260/D280比值在1.6～1.8之间的为62.5%,电泳条带清晰可见;改良TES水浴法提取样品D2eo/D280比值在1.6～1.8之间的为41.2%,电泳条带模糊不清.结论 二甲苯脱蜡法提取DNA简单快速,需要的组织样品少,是一个值得推荐的石蜡包埋组织DNA的提取方法 .     

一种从石蜡包埋组织中获取高质量基因组DNA的改良方法

目的:比较现有的DNA制备方法,建立一种从甲醛固定石蜡包埋组织(formalin-fixed paraffin-embedded tissues,FFPET)提取高质量基因组DNA的方法。方法:将传统基因组DNA提取方法与市场供应的DNA亲和层析柱结合在一起,以水浴脱腊法替代二甲苯脱腊法,设计一种改良的基因组DNA快速提取方法,从石蜡包埋宫颈癌组织标本提取基因组DNA,并用琼脂糖凝胶电泳法和聚合酶链式反应法进行鉴定。结果:改良的基因组DNA提取法整合了水浴脱蜡与DNA亲和层析柱的优点,从石蜡包埋宫颈癌组织中获得了高质量的基因组DNA,特别是能以很高的效率回收大于20 kb的基因组DNA大片段。结论:改良的基因组DNA提取方法简单快捷,是一种从石蜡包埋组织中回收高质量基因组DNA的有效途径。     

简易提取石蜡包埋组织DNA

DNA的提取是 PCR成功与否的关键 ,而 DNA提取最好是用新鲜标本 ,但对回顾性研究只能从石蜡包埋组织中提取。传统的石蜡包埋组织 DNA提取是用二甲苯脱蜡 ,酚 -氯仿反复多次的抽提 ,这样使得 DNA不断破坏 ,大量丢失 ,操作非常繁琐 ,费时费试剂 ,不适宜处理大量标本 ,且试剂对人体有毒害作用 ,而得到的 PCR反应的结果阳性率低 ,污染严重。为此 ,本室将传统的石蜡包埋组织 DNA提取法进行改良 ,介绍如下。1　材料与方法1.1　材料　本室 1996～ 2 0 0 0年存档的手术切除的甲状腺癌标本 41例。水浴恒温振摇器 (SHA- C型 ,深圳天南海北实…     

4种提取口腔产黑色素细菌DNA方法的比较

目的 比较4种提取口腔产黑色素细菌中间普氏菌DNA的方法,即酚-氯仿法、溴化十六烷基三甲铵(CTAB)提取法、Chelex-100提取法及试剂盒.方法 分别记录OD260、OD230、OD280及OD340值;聚合酶链反应(PCR)电泳,检测提取DNA的浓度、纯度及对PCR反映体系的影响.结果 试剂盒及CTAB法去除黑色素比较差异无统计学意义(P＞0.05),两者与酚-氯仿及Chelex-100法比较差异有统计学意义(P＜0.05);CTAB法提取DNA的浓度及纯度的效果要优于试剂盒,差异有统计学意义(P＜0.05),PCR电泳条带清晰,无拖带.结论 CTAB法可有效去除黑色素及其他杂质,同时获得较高浓度的DNA样品;黑色素并不溶于氯仿/异戊醇混合液,对PCR反应体系有很大影响.     

提取陈旧血液标本中DNA的三种方法比较

目的寻找适合从陈旧全血中提取基因组DNA建立基因组库的方法。方法分别用改良的酚-氯仿法、SDS法、试剂盒法从陈旧全血中提取基因组DNA,采用聚合酶链反应（PCR）对提取的基因组DNA进行评估。结果提取的基因组DNA经统计学分析,3种提取基因组DNA的方法之间差异有统计学意义（P〈0.01）,以改良的酚-氯仿法提取的基因组DNA效率最高,试剂盒法次之,SDS法较差。结论建基因组库推荐改良的酚-氯仿法。     

经典酚/氯仿抽提法和纯化试剂盒法提取全血基因组DNA的比较

目的 比较经典酚/氯仿法和纯化试剂盒法抽提全血基因组DNA的差异.方法 分别对两种方法抽提的全血DNA产物进行紫外分光光度仪、琼脂糖凝胶电泳和体外聚合酶链锁反应（PCR）扩增.结果 两种方法DNA的提取效率相似,TaKaBa试剂盒法提取的纯度[光密度（OD）260nm/280nm]较常规酚/氯仿法明显提高.结论 TaKaBa试剂盒法较传统酚/氯仿提取基因组DNA法快速、简便、经济,可用于PCR模板DNA的制备.     

石蜡组织存放时间对提取DNA质量的影响

目的探讨储存时间对石蜡包埋组织提取DNA质量的影响。方法采用试剂盒方法,分别提取10例保存1~3a的石蜡组织样品DNA,NanoDrop-2000分光光度仪检测DNA浓度和OD260/OD280比值,质量分数2%琼脂糖进行电泳检测,采用单因素方差分析比较DNA质量。结果琼脂糖凝胶电泳显示:石蜡包埋组织提取DNA降解明显。储存1~3a的石蜡包埋组织提取DNA的浓度有明显差异(P=0.04),储存时间越长,DNA浓度越低,但提取DNA的纯度无明显差异(P>0.05)。结论石蜡包埋组织储存时间越长,提取DNA浓度越低,但纯度无明显差异。     

改良酚-氯仿法提取及不同试剂盒扩增检测陈旧性人骨DNA

目的：探讨改良酚-氯仿法提取及不同试剂盒扩增对陈旧性人骨DNA检测的效果。方法：用传统和改良的酚-氯仿法对30例陈旧性人骨进行DNA提取,用Identifiler-plus试剂盒、Minifiler试剂盒和GodeneyeTM 20A试剂盒行荧光标记和复合扩增,Genetic Analyzer软件对基因位点进行检测和分析。结果：改良酚-氯仿法提取及3种试剂盒对陈旧性人骨DNA基因位点检出469、262、588个,高于传统法的307、175、436个。结论：改良酚-氯仿法、3种试剂盒PCR复合扩增能对陈旧性人骨DNA进行有效提取和检测。