庚型肝炎病毒非结构基因（NS）5区部分序列的一级结构及其变异

测定庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）非结构基因５（ＮＳ５）区部分基因序列。方法从３例献血员，２例肝硬化患者及１例非甲－戊型肝炎患者血清中通过逆转录－套式－聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增出长９９４ｂｐ的ｃＤＮＡ序列，ＰＣＲ产物纯化后以双脱氧末端终止法测定其序列。结果所分离的６株ＨＧＶＮＳ５区部分核苷酸序列与国外报道的３株（ＧＢＶ－Ｃ、ＰＮＦ２１６１、Ｒ１０２９１）比较，同源性为８７．２％～９３．９％；６株间同源性为９０．１％～９３．８％。根据所测得的６株ｃＤＮＡ序列推导出其编码的氨基酸序列，与国外发表的３株序列相比，同源性在９３．６％～９８．７％，６株之间为９３．６％～９８．４％。在此区内发现有１６个保守的脯氨酸残基及８个保守的半胱氨酸残基。结论从不同慢性肝脏疾病患者及献血员血清中分离出６株ＨＧＶ，其ＮＳ５区部分序列在核苷酸水平及氨基酸水平均较保守。可依赖此区序列设计诊断试剂     

中国人庚型肝炎病毒部分基因的克隆及序列分析

目的：分析中国人血清中庚型肝炎病毒（ＨＧＶ或ＧＢＶ－Ｃ）ＮＳ３区部分基因序列。方法：从个体供血者及肝硬化患者血清中，通过逆转录合成ｃＤＮＡ，设计特异性引物进行多聚酶链式聚合反应，将产物克隆于载体上，采用双脱氧核苷酸链终止法进行双向测序。结果：分离出的５株ＮＧＶ毒株的ＮＳ３区部分核苷酸序列之间同源性从８５％到９８％，与国外已发表的ＨＧＶ序列比较，同源性在７９％～９１％。推测的其编码氨基酸序列，５株之间１００％一致，与国外已报告的ＨＧＶ比较，同源性为９４．９％～１００％。结论：从中国人血清中分离出５株ＨＧＶ序列，其ＮＳ３区部分核苷酸存在着一定的变异性，但其编码的氨基酸非常保守。     

庚型肝炎病毒不同地理株5‘端非编码区序列的变异性分析

目的：为明确了解中国不同地区（广东，云南，香港）庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）株５‘端非编码区（ＮＣＲ）序列的差异。方法：采用逆转录巢式聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术，从广东省２例，云南省１例，香港３例共６例ＨＧＶ感染者血浆中扩增ＨＧＶ５’ＮＣＲ ｃＤＮＡ片段，为２３８ｂｐ，ＰＣＲ产物纯化后直接经对脱氧链末端终止法测定核苷酸序列。结果：中国ＨＧＶ株间５‘ＮＣＲ相应序列的同源性介乎９２．９３％￣９７．９８     

庚型肝炎病毒不同地理株5'端非编码区序列的变异性分析

目的：为明确了解中国不同地区（广东、云南、香港）庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）株５′端非编码区（ＮＣＲ）序列的差异。方法：采用逆转录巢式聚合酶链反应（ＲＴＰＣＲ）技术,从广东省２例、云南省１例、香港３例共６例ＨＧＶ感染者血浆中扩增ＨＧＶ５′ＮＣＲｃＤＮＡ片段,为２３８ｂｐ,ＰＣＲ产物纯化后直接经双脱氧链末端终止法测定核苷酸序列。结果：中国ＨＧＶ株间５′ＮＣＲ相应序列的同源性介乎９２９３％～９７９８％,与国外分离株比较,同源性介乎８６３６％～９１９２％。结论：中国ＨＧＶ株间５′ＮＣＲ相应序列的同源性较大,与国外分离株的同源性较小;碱基变异在序列中呈散在分布,部分区段变异较大;ＨＧＶ核酸变异与地域因素有关。     

单纯疱疹病毒Ⅱ型糖蛋白D基因Sav株及野生株的克隆和序列分析

探讨我国单纯疱疹病毒Ⅱ型（ＨＳＶ－２）糖蛋白Ｄ（ｇＤ）基因结构和功能及与国外的病毒株之间的差异，为研制我国生殖器疱疹疫苗提供理论依据。方法利用聚合酶链反应从ＨＳＶ－２Ｓａｖ国际标准毒株及我国１例生殖器疱疹复发型野生株中扩增、克隆出糖蛋白Ｄ基因序列。结果将野生株和Ｓａｖ株ＤＮＡ序列及氨基酸序列同ＨＳＶ－２Ｇ株比较，发现其ＤＮＡ同源性为９９．２％，氨基酸同源性为９９．１％。结论我国ＨＳＶ－２野生株同国外的Ｓａｖ株及Ｇ株ｇＤ基因存在高度的同源性，同时也存在一定变异。     

庚型肝炎病毒"重庆株"NS3区核苷酸和氨基酸序列分析

目的：研究庚型肝炎病毒(HGV)“重庆株”(CHq)在NS3区与其它一些分离株之间核苷酸和氨基酸序列的同源性。方法：采用RT-套式PCR,从中国重庆市的庚型肝炎患血清中分离出HGV-NS3区基因cDNA并测序,然后经计算机软件对其核苷酸序列及由此推导的氨基酸序列进行分析。结果：HGV“重庆株”NS3区与HGV-l(U44402)、HGV-2(U45966)、GBV-C(U63715)及HGV C964 NS3区之间,核苷酸序列同源性分别为85．96％、83．67％、85．96％和96．28％;氨基酸序列同源性分别为97．4％、97．4％、97．4％和96．6％。结论：在NS3区核苷酸序列方面,“CHq”与HGVC964同源性最高,而在NS3区氨基酸序列方面,“CHq”与其它4株HGV的同源性均在96％以上,无明显差别。提示以NS3蛋白为抗原,对感染不同HGV株的患血清进行免疫学检测,其检出率应无显差异。     

几乎全长的CRISP90基因的扩增与克隆

以自行设计合成的一对引物（＃Ｐ５／＃７３１），应用聚合酶链反应技术（ＰＣＲ），从基因组ＤＮＡ中扩增了编码９０ＫＤａ的变异性表面特异蛋白的几乎全长的基因。ＰＣＲ产物被克隆到质粒中，并通过双脱氧链终止法将插入的基因片段进行了序列分析，推导出的氨基酸序列半胱氨酸含量为１１．８ｍｏｌ％，而且多数的半胱氨酸是以ＣＸＸＣ基序重复出现２６次，序列分析发现有２个天冬酰胺连接的糖基位点。基因序列显示出一个２０１９ｂｐ长的开放阅读框架。同源性比较发现它与编码７２ＫＤａ人的兰氏贾第鞭毛虫虫株的变异性表面蛋白基因，有相当强的同源性     

中国大陆基因2a/Ⅲ型丙型肝炎病毒部分基因的cDNA序列分析

目的分析来源于徐州的中国株２ａ／Ⅲ型丙型肝炎病毒（ＨＣ－ＸＺ）的部分核苷酸序列。方法以逆转录巢式聚合酶链反应获得位于７９１８位至８２９３位间的ｃＤＮＡ片段，聚合酶链反应直接序列分析技术测定核苷酸序列，计算机分析其特征。结果与日本株２ａ／Ⅲ型丙型肝炎病毒（ＨＣＪ６）及中国株１ｂ／Ⅱ型丙型肝炎病毒ＨＣＣ２相比，ＨＣＸＺ在核苷酸水平的同源性分别为８９．６０％与６８．００％，在氨基酸水平的同源性分别为９２．９２％与６９．０３％。ＨＣＸＺ与ＨＣＪ６在此区域的亲水性相仿。结论ＨＣＸＺ与ＨＣＪ６属于同一亚型，且亲缘性较高。     

北京市1株人狂犬病病毒分离鉴定及其分子特征

目的研究北京市一株人狂犬病病毒的N、G基因的分子特征,比较与全国流行株以及疫苗株之间的差异。方法以直接免疫荧光技术检测病人脑组织,昆明乳鼠颅内接种法分离病毒株。以RT-PCR方法扩增病毒的核蛋白及糖蛋白基因,克隆测序后进行遗传学分析。结果直接免疫荧光检测到病人脑组织中的病毒颗粒,用乳鼠颅内接种法分离到了毒株。命名为Beijing（H）株。遗传分析表明Beijing（H）株与目前我国的主要流行株N基因和G基因的核苷酸序列同源性分别是97．6％～99．1％和97．5％～99．7％。推导的氨基酸序列同源性分别是97．6％-99．2％和97．7％-99.8％。结论Beijing（H）株为基因1型狂犬病毒,属于我国目前的流行株,其与目前国内所使用的疫苗株存在一定的差异。     

七株急性散发性戊型肝炎病毒部分核苷酸序列分析

比较我国流行性和散发性戊型肝炎病毒（ＨＥＶ）的部分核苷酸和氨基酸序列及其与戊型肝炎流行的关系。方法应用逆转录套式聚合酶链反应法（ＲＴ－ｎＰＣＲ）从急性散发性戊型肝炎病人血清中扩增ＨＥＶ开放读码框架２（ＯＲＦ２）ｃＤＮＡ，并用ＳｅｑｕｅｎａｓｅＶｅｒｓｉｏｎ２．０ＤＮＡ序列分析试剂盒，经双脱氧核苷酸ＤＮＡ链末端终止直接测序法测定ＲＴ－ｎＰＣＲ扩增产物的核苷酸序列。结果从深圳、长春、杭州、西安、北京５个城市４１份急性散发性戊型肝炎病人血清中获得２８株ＨＥＶＯＲＦ２ｃＤＮＡ，对其中７株进行了核苷酸序列分析，表明它们与ＨＥＶ墨西哥株（Ｍ）的同源性为７８．９％～８０．２％；与ＨＥＶ缅甸（Ｂ）流行株（Ｅｐ）的同源性为９３．１％～９５．１％；与ＨＥＶ缅甸（Ｂ）散发株（Ｓｐ）的同源性为９２．３％～９４．２％；与ＨＥＶ中国新疆流行株ＣＨ１．１同源性为９６．５％～９８．９％；７株散发性ＨＥＶ间核苷酸序列的同源性为９５．７％～１００％。结论该７株散发性ＨＥＶ与ＨＥＶ（Ｂ）和ＨＥＶＣＨ１．１核苷酸序列的同源性较高，均属同一亚型。     

湖南狂犬病毒P基因和M基因分子遗传特征

目的了解湖南省狂犬病毒的分子流行病学特征以及其与疫苗株的差异。方法对4株湖南狂犬病病毒P和M基因同时进行了RT-PCR扩增、克隆和测序。结果同源性分析表明，4株湖南街毒P和M基因核苷酸同源性分别为97．3％-99．4％和98．4％-99．8％；与其它I型狂犬病病毒和疫苗株核苷酸同源性比较，P基因分别为78．4％-90．2％和81．8％-86．8％；M基因的分别为81．8％-92．1％和84．7％-90．6％。4株野毒P和M基因氨基酸同源性分别为98．0％-99．3％和98．5％-99．0％。结论4株病毒P基因和M基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与我国现用的人用及兽用疫苗株存在一定差异。进化关系表明，4株病毒均为基因I型狂犬病毒；与我国宁夏分离株最近；与其它I型毒株分离自菲律宾和泰国等东南亚的毒株亲缘关系较近；而与翼手目的毒株关系最远。     

中国大陆柯萨奇病毒A组16型全基因参照序列的初步建立和分析

目的建立中国大陆柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)流行株的全基因参照序列。方法从GenBank中获得CoxA16中国大陆分离株的所有全基因序列和氨基酸序列,用DNAstar/MegAlign软件对所得序列进行多序列比对和进化分析,按照参照序列标准拟定CoxA16的全基因参照序列和氨基酸序列,并与参考序列进行比对分析。结果中国大陆分离的CoxA16毒株全基因序列共8株,分离于2005-2009年,其中2008年5株,广东省5株;通过序列比对获得了大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列;参考毒株间核苷酸序列同源性介于79.0%～98.8%,氨基酸序列同源性为94.3%～99.9%,与参照序列的核苷酸同源性为79.7%～97.0%,氨基酸同源性介于95.1%～99.5%之间,同源性最低的为2008年安徽阜阳的FY18株。结论比对分析了中国大陆CoxA16毒株全序列,成功建立了中国大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列。     

PCR技术在丙型肝炎病毒RNA聚合酶基因分析中的应用

目的研究本地区HCV病毒分离株的分型,为临床治疗提供依据。方法利用PCR技术克隆并测定NS5B基因片段的核苷酸序列,并对其核苷酸和氨基酸序列进行比较分析。结果克隆的NS5B片段的核苷酸和氨基酸序列与HCV-Ⅱ型代表株相应部分序列的同源性最高,而且氨基酸序列比较结果显示,37个分离株中RNA聚合酶结构及其相关序列无任何变异。结论该分离株应属HCV—Ⅱ型。NS5B基因片段可能在病毒复制中起重要作用。     

HIGH VARIABILITY OF HUMAN CYTOMEGALOVIRUS UL150 OPEN READING FRAME IN LOW-PASSAGED CLINICAL ISOLATES

HUMAN cytomegalovirus (HCMV) possesses alarge complex genome, containing approximate-ly240kb of DNA and over200open readingframes (ORFs)·1HCMV clinical isolates display geneticpolymorphisms, which are supposed to be implicated instrain-specific tissue tr…     

应用酵母单杂交体系筛选与大鼠谷胱甘肽S—转移酶P增？…

目的 探讨谷胱甘肽Ｓ－转移酶（ＧＳＴ－Ｐ）基因表达调控机制的多样性及其与化学致癌的关系,筛选与大鼠ＧＳＴ－Ｐ增强子元件ＧＰＥⅠ相互作用的调控因子。方法 采用酵母单杂交体系重申选与ＧＰＥⅠ核心序列相互作用的转录激活因子,应用ＤＮＡ序列测定及计算机分析等手段对所测的ＤＮＡ序列进行分析。结果 共获得两个阳性克隆ｐＹＧＰＥ１和ｐＹＧＰＥ２。ＤＮＡ测序分析表明：ｐＹＧＰＥ１的插入片段与大鼠原癌基因ｃ－ｊｕｎ     

狂犬病毒3aG株糖蛋白基因克隆及真核表达载体的构建

目的 构建含狂犬病毒３ａＧ株糖蛋白的重组质粒ｐＣＩ－ｎｅｏｒａｂＧ，为十冢ＤＮＡ免疫做准备。广阔地从感染了狂犬病毒３ａＧ株的鼠脑组织中提取总ＲＮＡ进行ＲＴ－ＰＣＲ，扩增出编码糖蛋白的基因片段，亚克隆入ｐＣＩ－ｎｅｏ真表达载体。结果 从３ａＧ株基因组中产出特异的糖蛋白基因片段，砍隆成功ｐＵＣ１９ｒａｂＧ；经亚克隆，筛选鉴定获得了ｐＣＩＩ－ｎｅｏｒａｂＧ重组质料。结论 构建成功狂犬病毒ｐＣＩ－ｎｅｏｒ     

高耐药洛菲不动杆菌分离株超广谱β内酰胺酶的基因变异

目的：探讨高度耐药的洛菲不动杆菌超广谱β内酰胺酶基因型及基因变异特征,分析基因变异对氨基酸序列及对超广谱β内酰胺酶可能产生的影响。方法：从下呼吸道感染的患者标本中分离得到3株高度耐药的洛菲不动杆菌超广谱β内酰胺酶阳性菌,PCR检测TEM、SHV、OXA、IMP、CTX-M耐药基因,并对耐药基因进行全序列测定,比较不同菌株耐药基因及其编码氨基酸序列的变异特征。结果：2株耐药基因为TEM型,SHV、OXA、IMP、CTX-M耐药基因均未检出,另1株5种耐药基因均未检出。2株TEM基因扩增序列分别长1012bp、1007bp,2株同源性为98.2%,在17个位点上存在碱基差异,TEM基因为832bp,编码277个氨基酸,两株间有8个氨基酸出现差异,差异主要位于天冬氨酸、甘氨酸和丝氨酸,这些氨基酸分别被组氨酸、精氨酸/丙氨酸、半胱氨酸取代。软件分析显示,2株TEM基因编码TEM型超广谱β内酰胺酶的等电点分别为5.479、5.083。 结论：山东济南地区高度耐药洛菲不动杆菌ESBLs耐药基因可见TEM型,不同临床分离株耐药基因存在不同程度的变异,这种变异使其编码的氨基酸序列发生改变,可能影响超广谱β内酰胺酶的某些特性,给耐药菌的检测带来影响。     

东莞市2015—2016年柯萨奇病毒A6型流行情况及特征分析

目的 研究东莞市2015—2016年手足口病(HFMD)病例中柯萨奇病毒A6型(CVA6)的流行情况及基因特征。方法 采用RT-PCR方法对HFMD疑似病例标本进行检测,CVA6阳性标本上送广东省疾病预防控制中心,进行病毒分离及鉴定,扩增并测定VP1基因序列。从GenBank中选取其他CVA6代表株进行参考比对,利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4.0.2软件构建亲缘性进化树。结果 在1 145份标本中检出CVA6阳性标本580份,阳性率为50.66%(580/1 145)。序列比对显示,20株CVA6分离株VP1基因之间核苷酸同源性为93.6%~100.0%,氨基酸同源性为97.7%~100.0%。东莞市CVA6分离株VP1与近年来全球各地流行株核苷酸和氨基酸的同源性分别为93.4%~98.5%和97.0%~99.7%,与CVA6原型株Gdula以及我国山东省1996年分离株核苷酸和氨基酸相似性仅为82.5%~85.8%和94.1%~96.4%。系统进化树分析显示,2015—2016年东莞地区CVA6与近年来流行于世界各地的CVA6分离株同源性较高,而与原型株进化距离较远。结论 2015—2016年东莞市HFMD病原以CVA6为主,流行株为近年来流行于全国各地的CVA6新变种。     

扬州地方株HPV16 L1基因的克隆及序列分析

目的：了解扬州地方株HPV16L1基因结构特点,为研制HPV16疫苗奠定基础。方法：从感染HPV16的宫颈癌组织中提取DNA,用PCR技术获得HPV16L1基因,以pGEM-Teasy为克隆载体构建重组质粒pGEM-T-L1,进行限制性核酸内切酶及核苷酸序列分析。结果：扬州地方株与德国标准株在核苷酸序列上有7处不同,其中4处由于核苷酸的改变,其编码氨基酸也相应发生变化,与标准株的同源性为99．7％;扬州地方株与中国株之间也存在1至2处核苷酸不同,但未造成氨基酸序列改变,其同源性为99．9％。结论：扬州地方株HPV16L1基因与标准株、中国株之间均存在差异,但与后者的差异极小,未造成氨基酸改变。