散发性结直肠癌染色体4p15等位基因杂合缺失的精细定位研究

目的通过在染色体4p15精细定位高频杂合缺失区域的范围．为筛选高频杂合缺失区内存在的散发性结直肠癌相关肿瘤抑制基因提供依据。方法7个荧光标记的微卫星引物与83例散发性结直肠癌的肿瘤和正常组织进行聚合酶链反应。微卫星之间的的平均遗传距离是1．02cM（centi—Morgon，里摩）。产物进行电泳、扫描及杂合缺失分析，并与临床、病理因素进行相关性检验。结果染色体4p15的平均杂合缺失率为21，34％，最高的是D4S3103位点（35．62％）；最低的是D4S2933位点（12．50％）。可能的肿瘤抑制基因的范围在D4S3017-D4S2933之间约1．7cM的遗传距离内，该区域内有PPARGC1A和GBA3两个基因。D4S1546位点杂合缺失与肿瘤直径显著相关（P〈0．05），其余位点与临床病理因索均无显著相关（P〉0．05）。结论染色体4p15精细定位后高频杂合缺失区域的范围限定在D4S3017-D4S2933之间约1．7cM的范围内。该区域内PPARGC1A和GBA3两个基因可能是散发性结直肠癌相关的肿瘤抑制基因。     

散发性结直肠癌4号染色体等位基因杂合缺失的研究

目的 通过在4号染色体寻找杂合缺失区域，为定位、筛选高频杂合缺失区存在的散发性结直肠癌相关肿瘤抑制基因提供依据。方法 20个荧光标记的微卫星引物与83例结、直肠癌的肿瘤和正常组织进行聚合酶链反应。微卫星的平均遗传距离是10．4里摩（cm01）。产物进行电泳、扫描及杂合缺失分析，并与临床、病理因素进行相关性检验。结果 短臂（4p）、长臂（4q）的平均杂合缺失率为24．25％、28．56％，可见3个最小的高频缺失区域（Region）：R1：在D4S405和D4s3013（4p14—15．2）之间；R2：在D4s3000和D4s2915位点之间（4q12—21．1）；R3：在D4S407和IMS2939位点之间（4q25—31．1）。D4S1534位点与肝脏转移有关（P〈0．05），其余位点与临床病理因素均无显著相关（P〉0．05）。结论 4号染色体的3个高频杂合缺失区域4p14—15．2、4q12—21．1、4q25—31．1存在散发性结直肠癌发生、发展相关的肿瘤抑制基因。     

散发性结肠直肠癌肿瘤分化及转移相关基因杂合缺失分析

目的：探讨散发性结肠直肠癌患者2号染色体上可能的肿瘤转移相关基因位点。方法：以2号染色体上30个不同荧光标记的高度多态性微卫星引物对83例散发性结肠直肠癌患者基因组DNA扩增相应的微卫星位点,用ABI PRISM 377测序仪进行基因扫描,检测各位点杂合缺失率,比较与肿瘤分期、分化的关系。结果：24个位点获得有效数据,平均遗传距离为11厘摩（cM),杂合缺失率平均为15．16％,较高的有2个们点：D2S206（2q33-37)的32．08％和D2S364（2q24.2)、31．03％,其余位点的杂合缺失率均小于20．00％;D2S142（2q24.1)、D2S126（2q35)、D2S2211（2q24.2)、D2S305（2q23.3)的杂合缺失率随着肿瘤恶性程度的增加而增高,后2个位点间的缺失有相关性。结论：已知几个错配修复基因位点附近的微卫星位点并无高频杂合缺失发生,D2S2305（2q23.3)到D2S2211（2q24.2)之间区域为整体性缺失,此区域和D2S142（2q24.1)、D2S126（2q35)2个位点与肿瘤的恶性程度相关,提示存在未知的肿瘤分化和转换相关基因的可能。     

散发性结直肠癌患者18号染色体高频杂合缺失的研究

目的：探讨散发性结直肠癌患者18号染色体上抑癌基因相关的杂合缺失（LOH）情况，并探索新的抑癌基因位点。方法：对83例散发性结直肠癌患者基因组DNA用14个不同荧光标记的高度多态性微卫生引物，扩增相应的微卫星位点，平均距离为10厘摩（centi-morgan,cM）。用ABI PRISM377测序仪进行基因扫描，统计各位点杂合缺失率。结果：在12个获得有效数据的微卫星位点中，平均杂合缺失率为36．78％,18p中最高为D18S53（38．09％），18q中最高为D18S474（55．74％）。4位患者的18号染色体所有杂合位点都存在缺失，30位患者的杂合缺失位点不少于50％（平均6个／人）；缺失位点少于50％的有53人（平均1个／人）。结论：结直肠癌患者18号染色体存在高频的LOH，并以整体缺失为特点。存在高频LOH的区域定位有转化生长因子（TGF）信号传导相关基因、结直肠癌缺失基因（DCC）、Rb结合蛋白8(RbBP8），特别是TGF信号传导相关基因MADH2、4、转化生长因子－β1反应元件（TGF－β1）等的缺失可能对结直肠癌的发生有重要影响。18p也有存在未知抑癌基因的可能。     

散发性结直肠癌1号染色体等位基因杂合缺失精细定位研究

目的抑癌基因的杂合缺失（LOH）被认为是结直肠癌形成的通路之一。本实验通过对1号染色体1p36．33～36．31、1q31．1～32、1区域进行杂合缺失精细定位分析，以发现更精确的高频杂合缺失区域。方法在1p36．33～36．31、1q31．1～32．1区域分别选择7个、6个荧光标记微卫星引物与83例结直肠癌的肿瘤和正常组织进行聚合酶链反应（PCR）反应。产物在电泳后进行LOH分析。LOH结果与临床病理参数之间的关系比较采用X^2检验。结果1p36．33～36．31区域平均杂合缺失率是31．47％，以D1S243位点最高，为47．22％（34／72），最低是D1S1347，为7．35％（5／68）。存在两个高频杂合缺失区域：D1S243位点（1p36．33）以及D1S468-D1S2660区域（1p36．32～36．31）。1q31．1～32．1区域平均杂合缺失率是22．98％，以D1S2622位点最高，为36．73％（18／49），最低是D1S412，为16．42％（11／67）。更精确的缺失范围定位在D1S413和D1S2622之间（1q31．3—32．1），大约2cm的遗传距离范围内。1p36．33～36．31、1q31．1～32．1区域各位点的杂合缺失率与性别、年龄、肿瘤大小、生长方式以及Dukes分期无显著相关。提示该区域上的杂合缺失现象普遍存在于各种类型的散发性结直肠癌中。结论1号染色体上存在3个高频杂合缺失区域，D1S243位点（1cm）、D1S468和D1S2660位点之间（3cm）以及D1S413和D1S2622之间（2cm），提示在这些区域存在与结直肠癌相关的抑癌基因。     

散发性结直肠癌染色体7q21-22区杂合性缺失精细定位

目的 研究散发性结直肠癌7号染色体杂合性缺失,对7q21-22区精细定位,寻找新的结直肠癌抑癌基因.方法 采用15对微卫星DNA标记7号染色体,在高频杂合缺失区另取5对微卫星标记对83例结直肠癌病例的肿瘤和正常组织进行PCR反应.PCR产物在ABI Prism 377自动荧光测序仪进行电泳3 h,以GeneScan3.1和Genotyper 2.1软件进行基因分型.结果 在7号染色体上发现1个高频杂合缺失区即7q21-22区.对该区再用5对微卫星标记引物行精细定位,界定了1个跨越D7S657、D7S646位点精细的高频杂合缺失区域.结论 通过精细杂合缺失作图的研究,在7号染色体发现了1个跨越D7S657、D7S646位点的精细杂合缺失区,该区很可能存在1个或多个与结直肠癌相关的新的抑癌基因.     

散发性结直肠癌1号染色体1q31.1-32.1区域等位基因杂合缺失精细定位研究

目的 对染色体1q31.1-32.1区域进行杂合缺失(LOH)精细定位分析,探讨更为精确的高频LOH区域并筛选可能与结直肠癌相关的抑癌基因.方法 在1q31.1-32.1区域选择6对微卫星引物与83例结直肠癌的肿瘤和正常组织进行聚合酶链反应(PCR).产物在ABI Prism 377自动荧光测序仪进行电泳,以GeneScan 3.1和Genotyper 2.1软件进行扫描以及LOH分析.LOH结果与临床病理参数之间的关系比较采用χ2检验.结果 1q 31.1-32.1区域平均LOH率是22.98%.以D1S2622位点最高,为36.73%(18/49),最低是D1S412,为16.42%(11/67).结果 显示,更精确的缺失范围定位应该在D1S413和D1S2622之间(1q 31.3-32.1),约2 cM的遗传距离范围内.该区域各位点的LOH率与性别、年龄、肿瘤大小、生长方式以及肿瘤Dukes分期无明显相关.结论 将1q31.1-32.1区域高频等位基因缺失精细定位于D1S413和D1S2622位点之间,遗传学距离约2cM的区域内,提示在该区域存在与结直肠癌发生发展相关的抑癌基因.     

散发性结直肠癌相关半胱氨酸甘氨酸富集蛋白1抑癌基因的筛选

目的 本课题组前期研究对染色体1q31.1-32.1区域进行杂合缺失精细定位,发现D1S413-D1S2622区域存在高频杂合缺失现象,提示可能有抑癌基因的存在.本研究在此基础上,对该区域与散发性结直肠癌发生相关的抑癌基因开展筛选研究.方法 构建包含上述区域基因的基因芯片,对19例散发性结直肠癌标本进行基因芯片扫描,并与其临床病理特征进行统计学分析,筛选该区域与结直肠癌相关的未知抑癌基因,然后对筛选出的候选基因采用Real-time PCR进行初步验证.结果 根据前期实验结果,通过检索,挑选了25个基因进行散发性结直肠癌相关基因的筛选.结果发现半胱氨酸甘氨酸富集蛋白1 (cysteine and glycine-rich protein 1,CSRP1)、LMOD1 、PPP1R12B和CFHL3 4个基因表达显著下调.这4个基因表达情况与结直肠癌患者的临床病理特征无关.通过生物信息学分析,推测CSRP1基因可能是该区域中与结直肠癌相关的抑癌基因.通过Real-time PCR验证结果也发现CSRP1基因在结直肠癌组织中表达显著下调,与芯片结果相符.结论 CSRP1基因可能是一个与结直肠癌发生相关的新的抑癌基因.     

散发性结直肠癌中SMAD4基因的突变

目的观察SMAD4基因在散发性结直肠癌中的突变，并探讨其对散发性结直肠癌发生发展的意义。方法对本院83例散发性结直肠癌患者，应用聚合酶链反应-单链构象多态性（PCR—SSCP）分析癌组织中SMAD4基因各外显子的突变情况，基因突变率与临床病理参数间采用，检验；应用多态性微卫星标记研究SMAD4基因所在18q21区的杂合性缺失。结果SMAD4基因在83例散发性结肠癌的患者中共有9例发生突变，平均突变率为10．8％。经Χ^2检验SMAD4基因突变率在肿瘤的Dukes分期及有无远处转移间差异有统计学意义（P〈0．05），而与肿瘤的分化程度、发生部位及患者的性别差异无统计学意义（P〉0．05）。18q21区的杂合性缺失率为62．71％，其中发生突变的9例均存在18q21区的杂合性缺失。结论SMAD4基因的突变可能介导了散发性结直肠癌后期的发生发展。     

胃癌染色体1q43区域等位基因杂合缺失精细定位研究

目的 对胃癌1号染色体1q43区域的微卫星位点进行杂合缺失(LOH)研究,为筛选此区域内可能存在的胃癌相关抑癌基因提供依据.方法 4对荧光标记的微卫星引物(D1S1594、D1S2785、D1S304、D1S321)覆盖1q43区域与96例胃癌患者的肿瘤组织及正常组织进行多重聚合酶链反应(PCR).产物经毛细管电泳后进行LOH分析.结果 该区域所测位点平均杂合缺失率17.9%,其中D1S1594位点最高,杂合缺失率为26.5%;D1S2785位点杂合缺失率最低为7.7%.1q43区域各位点的杂合缺失率与性别、年龄、肿瘤大小及TNM分期无明显相关.结论 在1q43区域内发现一个高频LOH区域,即D1S1594及D1S2785位点之间约1 cm区域,提示该区域内存在与胃癌相关的抑癌基因.     

Extensive analysis of the 13q14 region in human prostate tumors: DNA analysis and quantitative expression of genes lying in the interval of deletion

BACKGROUND: Loss of heterozygosity (LOH) on chromosome arm 13q14 is one of the most consistent genetic alterations in sporadic prostate cancer. This alteration may be involved in prostate oncogenesis through inactivation of one or more tumor suppressor genes (TSGs). Candidate gene expression is an approach to focus the search for TSGs in this region. METHODS: We tested 41 human sporadic prostate tumors for 13q14 LOH by using seven polymorphic markers overlapping the critical region and used a real-time quantitative RT-PCR assay to study the same tumors for expression of the 31 genes located in this genomic region (localized by the Human Genome Project Working Draft). RESULTS: Allelic loss on at least one locus was found in 18 (41%) of the 41 tumor DNAs. Only four genes (ITM2B, CHC1L, KIAA0970, and LOC51131), located in the region most frequently deleted in prostate carcinoma, showed a significant difference in expression between normal and neoplastic prostate tissues. CONCLUSIONS: Given their location in the LOH hotspot, as indicated by our genomic analysis, ITM2B, CHC1L, KIAA0970, and LOC51131 are candidate tumor suppressor genes in this region. ITM2B that showed a significant association (P < 0.005) between expression and LOH at the corresponding locus could, furthermore, be the main target of the observed LOH at 13q in prostate tumors.     

结直肠癌相关基因磷脂酶Cε1的筛选及初步验证

目的 筛选新的结直肠癌相关基因并初步验证,探讨结直肠癌的发生、发展机制.方法 在以往研究的基础上,采用基因芯片对既往发现的杂合缺失区域( 10q23.31-24.33)进行扫描,筛选结直肠癌相关候选基因,用real-time PCR初步分析候选基因的表达情况.扩大样本量,通过RT-PCR、免疫组化和Western blot的方法对筛选结果进行初步验证,并结合临床资料分析所筛选基因与结直肠癌发生的关系.结果 基因芯片显示10q23.31-24.33区域磷脂酶Cε1(phospholipase C,epsilon-1,PLCE1)、CPEB3、NKX2-3、SEMA4G 4个基因表达下调,real-time PCR与芯片结果基本一致.RT-PCR、免疫组化和Western blot结果显示PLCE1基因在46％结直肠癌组织中表达下调,年龄＜60岁和低分化腺癌与该基因表达下调相关(P＜0.05),其他临床病理因素与该基因表达下调无明显相关性.结论 PLCE1基因表达下调与结直肠癌的发生相关.PLCE1基因可能对结直肠癌的发生起抑制作用.     

Chromosome 22q a frequent site of allele loss in head and neck carcinoma

BACKGROUND: Loss of heterozygosity (LOH) correlates with inactivated tumor suppressor genes. LOH at chromosome arm 22q has been found in a variety of human neoplasms, suggesting that this region contains a tumor suppressor gene(s) other than NF2 important to tumorigenesis. The aim of this study was to evaluate the presence of LOH on chromosome 22q11.2-13 and determine whether there was a relationship between loss in this genomic region and tumor histologic parameters, anatomic site, and survival in patients with squamous cell carcinoma of the head and neck (HNSCC). METHODS: Fifty matched blood and HNSCC tumor samples taken at the time of surgical treatment were evaluated for LOH by use of four microsatellite markers mapping to 22q11.2-q13. Clinical information was available for all patients. The frequency and distribution of LOH was correlated with clinical (age, sex, use of tobacco and alcohol, site of primary tumor, clinical stage, adjuvant therapy and overall survival) and histologic parameters (histopathologic stage, tumor differentiation). RESULTS: LOH at 22q was found in 19 of 50 (38%) informative tumors. The respective incidence of allelic loss for the patients was as follows: 28% at D22S421, 10% at D22S277, 8% at D22S446, and 4% at D22S280. No statistical differences were apparent with a mean follow-up of 30 months. Laryngeal tumors showed a higher incidence of LOH compared with oral tumors. CONCLUSIONS: These results suggest that the D22S277 locus may be closely linked to a tumor suppressor gene (TSG) and involved in upper aerodigestive tract carcinogenesis. In particular, laryngeal tumors may harbor another putative TSG on 22q11.2-q12.3 that may play a role in aggressive stage III/IV disease.     

散发性胆管癌患者染色体3p21.3区段微卫星位点不稳定性分析

目的研究散发性胆管癌患者染色体3p21．3区段的微卫星不稳定性（MSI）及杂合性缺失（LOH），探讨染色体3p21．3区段遗传不稳定性与散发性胆管癌发生发展的关系，定位该区段上散发性胆管癌相关肿瘤基因。方法用聚合酶链反应一单链构象多态性分析（PCR—SSCP）方法检测24例散发性胆管癌患者染色体3p21．3区段上D3S1568、D3S1621、D3S1578和D3S1289四个微卫星位点的MSI和LOH发生率，分析其与临床病理因素之间的关系。结果24例散发性胆管癌组织中，4个微卫星位点的MSI和LOH平均发生率分别为7．23％和15．63％。其中D3S1621位点的LOH最高（45．83％，11／24），并与TNM分期、是否伴有局部／淋巴结转移相关（P〈0．05）。结论染色体3p21．3区段133S1621位点高频率杂合性缺失，提示3p21．3区段定位有散发性胆管癌的候选抑癌基因，并在散发性胆管癌的发生发展过程中发挥重要作用。     

染色体1pter-p36.21杂合性缺失与瘢痕疙瘩的关系

目的寻找瘢痕疙瘩1pter-36.21中可能存在的肿瘤抑制基因的杂合性丢失(LOH)区域,为发现和定位瘢痕抑制基因提供线索和依据。方法采用聚合酶链反应(PCR)-变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对25例瘢痕疙瘩组织和外周静脉血标本进行微卫星分析。结果瘢痕疙瘩组织在所选的位点上的LOH发生率为60%(15/25),明显高于正常对照组织的4%(1/25,P<0.05),在所选的位点上均未发现微卫星不稳定性(MSI)。D1S243位点、D1S468位点、D1S507位点、D1S199位点的LOH发生率分别为28%(7/25)、40%(10/25)、52%(13/25)、12%(3/25),其中D1S243、D1S468、D1S507的LOH发生率比较具有统计学意义(P<0.05)。结论发生在D1S243-D1S468-D1S507位点的LOH存在与瘢痕疙瘩有关的潜在瘢痕抑制基因(SSG),而1pter-36.21上LOH微卫星不稳定性与瘢痕疙瘩发生的关系不大。     

乳腺癌及癌前病变3号染色体短臂杂合性缺失的研究

目的研究乳腺癌及癌前病变中3号染色体短臂（3p）杂合性缺失（loss of heterozygosity,LOH）的发生情况。方法采用聚合酶链式反应及硝酸银染色等方法检测41例原发性乳腺癌及12例癌前病变中3p的11个微卫星位点LOH发生情况;用免疫组化方法检测40例乳腺癌中雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）、脆性组氨酸三联体（fragile histidine triad,FHIT）及人类MutL基因的同源基因（human MutL homologue,hMLH1）的表达情况。结果97％乳腺癌患者发生3p的LOH,检出率较高的位点是D3S1295（53．1％）、D3S1029（43．6％）和D3S1038（52．5％）,分别位于3p14、3021-p22和3p25。D3S1038位点LOH及hMLH1蛋白表达与部分临床病理学参数相关（P〈0．05）。D3S1295的LOH与FHIT蛋白表达负相关（P〈0．05）。癌前病变患者3pLOH发生率为41．7％,检出率较高的位点是D3S1295（27．3％）和D3S1029（16．7％）。最小共同丢失区位于3p14-p25。结论3p14-p25区段可能有与乳腺癌发生发展相关并影响乳腺癌生物学行为的候选抑癌基因,基因的部分缺失可影响其蛋白的表达。     

Prognostic significance of 18q LOH in sporadic colorectal carcinoma

Identification of molecular alterations with implication for prognosis and sensibility to chemotherapeutic agents represents a great challenge in colorectal carcinoma treatment. Controversial results have been reported on prognostic value of chromosome 18q loss. Ninety-seven unselected patients with sporadic colorectal carcinoma Stage II and III were investigated for loss of heterozygosity at 18q D18S58 and D18S61 loci. Molecular alterations were correlated with clinicopathological data and survival. 18q loss of heterozygosity (LOH) was present in 56 per cent cases of carcinoma and was not related either to the clinicopathological characteristics of the patients or to prognosis. However, patients with LOH at locus D18S61 showed a more favorable prognosis. This finding was especially true for Stage II and untreated carcinoma. Survival was not influenced by the status of D18S58 locus. In our series, LOH at chromosome 18q does not seem to predict an unfavorable outcome. It seems of special interest the benefit that D18S61 loss of heterozygosity confers to untreated patients and patients with Stage II colon carcinoma.