RNA干扰能有效抑制SARS相关冠状病毒复制

基于RNA干扰可抑制HIV等病毒的事实[1],本课题组构建了针对SARS病毒的、能表达小发夹结构RNA的siRNA质粒,利用RNA干扰有效抑制了该病毒的复制.     

SARS冠状病毒全基因组突变初步分析

截至2003年5月12日，世界各地向GenBank已经提交了12条SARS冠状病毒的全基因组序列(新加坡5条、香港3条，北京1条，美国1条，加拿大1条，台湾1条)。我们收集了相关的数据，并对这12条序列(表1)做了比对分析，试图考察SARS冠状病毒自SARS流行以来有无大规模的转型，是否出现比较有意义的突变。     

体外转录法制备SARS冠状病毒RNA片段

目的通过体外转录获得SARS冠状病毒RNA片段,为建立RT-PCR和荧光定量PCR诊断方法提供阳性对照.方法根据GenBank登录SARS冠状病毒Tor2株基因组序列,选择基因组中18138-18327nt作为目的扩增序列,并将其分解为首尾重叠的3个片段,人工合成对应的单链DNA序列,通过退火延伸获得全长dsDNA片段,PCR扩增该片段后,连接至载体pMD18T上,筛选含目的插入片段的阳性重组质粒pMD 18T-SARS,用BamH Ⅰ和HindⅢ切出目的片段,连接至线性化表达性质粒pGEM上;筛选阳性重组质粒pGEM-SARS,测序鉴定后,经HindⅢ酶切线性化,用T7 RNA聚合酶进行体外转录,得到含SARS冠状病毒目的序列的RNA片段,转录产物经电泳观察后,用RT-PCR验证.结果获得含SARS冠状病毒目的基因序列的RNA片段.结论该RNA片段可用于SARS冠状病毒RT-PCR和荧光定量RT-PCR诊断方法的阳性对照.     

SARS冠状病毒可能编码蛋白质的三级结构预测

在本研究组稍早的工作中[1],我们已经基于基因组序列和蛋白质初步分析,完成了SARS冠状病毒(SARS Coronavirus, SARS CoV)所有推测蛋白质(putative protein)的二级结构分析 .     

SARS 冠状病毒全基因组突变初步分析

截至 2 0 0 3年 5月 12日 ,世界各地向GenBank已经提交了 12条SARS冠状病毒的全基因组序列 (新加坡 5条、香港3条 ,北京 1条 ,美国 1条 ,加拿大 1条 ,台湾 1条 )。我们收集了相关的数据 ,并对这 12条序列 (表 1)做了比对分析 ,试图考察SARS冠状病毒自SARS流行以来有无大规模的转型 ,是否出现比较有意义的突变。表 1　SARS基因组序列Table 1　GenomesequenceofSARScoronavirusSequenceName AccessionNoPlaceSARScoronavirusTW 1AY2 914 5 1TaiwanSARScoronavirusCUHK W 1AY2 785 5 4HongKongSARScoronavirusisolateSI…     

计算机分析SARS病毒可能含有Caveolin结合区

Caveolin(有多个译名包括陷窝蛋白、窖蛋白、凹陷蛋白等)是相对分子质量为21～24 kD 的膜蛋白,为caveolae的主要结构成分,参与许多细胞生命活动,包括细胞内吞(endocyt osis)、胆固醇运输、细胞膜组装、信号传导和肿瘤生成等[1],也参与一些病毒的感染过程,如HCV[2]、HIV 感染[3]等.Caveolin基因家族有3个成员:包括c aveolin-1(两种变异体α和β)caveolin-2和caveolin-3.     

SARS冠状病毒基因组初步分析

世界卫生组织(WHO)在今年3月12日发出关于非典型肺炎(atypica l pneumonia)的全球性警告 ,经过WHO的组织协调,3月17日成立了一个全球性的合作研究网络,由10个国家和地区的11个顶级实验室组成[1].中国疾病预防控制中心病毒研究所和广东省疾病预防控制中心也于3月28日加入该研究网络[2].该网络启动后,取得了一系列的进展.香港大学最先于 3月22日宣布分离出了引起SARS的一种未知冠状病毒[3].     

SARS冠状病毒基因组及其编码蛋白生物信息学分析

目的：理论分析严重急性呼吸道综合征(SARS)冠状病毒基因组及其编码蛋白的分子生物学特征，为进一步研究SARS冠状病毒蛋白质功能提供信息资料。方法：利用生物信息学序列对比分析软件、蛋白氨基酸序列分析软件及蛋白质结构预测软件对GenBank公布的SARS冠状病毒基因序列及其编码的蛋白氨基酸序列进行分析。结果：SARS冠状病毒在基因结构上具有冠状病毒属的特征，而又与其他已知的冠状病毒编码序列存在明显的不同，与其他冠状病毒相比没有明显的基因重组、大片段插入或缺失的现象。来源于不同SARS冠状病毒株的基因序列变异速度较快。出现基因序列在不同区段同源性差异的现象。S蛋白氨基酸序列不存在与其他物种相同的连续性抗原决定簇序列。结论：SARS冠状病毒与其他冠状病毒的变异程度基本相同。SARS冠状病毒可能是自然界已经存在或变异产生的新的病毒株。近期世界范围流行的SARS是同一来源的病原体引起的，认为S蛋白氨基酸序列是SARS冠状病毒的主要抗原。     

采用RT-PCR技术进行SARS冠状病毒基因检测

目的 建立RT—PCR检测SARS冠状病毒基因的方法，用于早期诊断。方法 对临床确诊的20例SARS患的血、鼻拭子、咽拭子、尿、便等69份标本进行总RNA提取，反转录成cDNA后再以本研究室自行设计合成的一对特异引物进行PCR扩增，2％琼脂糖凝胶电泳分析PCR产物，出现140bp带为SARS病毒阳性。采用测序仪对140bp带进行特异性检测，并进行灵敏度试验。结果 140bp扩增序列与公布的SARS病毒的基因序列完全一致，灵敏度可达10个拷贝。SARS患II份尿标本中6份检出140bp阳性扩增带，8份便标本中检出3份阳性，从15份鼻拭子和15份咽拭子中分别检出6份和5份阳性标本，血清15份、白细胞5份分别检出2份阳性。20例SARS患中送检1至4种标本检测到SARS病毒阳性共15例(75％)。结论 本研究建立的RT—PCR方法灵敏、特异，可用于早期诊断。尿、便标本中的SARS病毒检出率较高且取材简便、病人无痛，是取材的极好选择。每例待测患最好同时取其尿、便、拭子、血等多种标本，可以提高SARS病毒检出率。     

SARS冠状病毒M基因膜内区的克隆、表达与鉴定

目的对SAILS冠状病毒M蛋白膜内部分（Mc蛋白）的基因（Mc区）进行克隆、表达及鉴定。方法采用PCR技术从SAILS-CoV GD322株M基因全长片段上扩增得到Mc区,克隆至pGEM-T载体。利用引物上的EcoR I／Xho I酶切位点切下Mc区插入至pET-32a（＋）表达载体,转化原核表达系统BL21,表达His-融合蛋白,利用SDS-PAGE和Western-blot对表达产物进行鉴定。结果扩增的Mc区长度为360bp,重组子经PCR,双酶切和测序鉴定,获得pET-32a（＋）／Mc原核表达菌株并可进行高效表达,表达产物经SDS-PAGE和Western-blot验证为相对分子质量约43000的融合蛋白,与预期理论值相符。结论实现了Mc蛋白的高效表达,为进一步研究SAILS冠状病毒Mc蛋白的生物学作用奠定了基础。     

RNA依赖的RNA聚合酶研究进展

RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase，RDRP)是模板依赖性的聚合酶家族成员之一，按其分子结构可分为两大类，RNA病毒RDRP和细胞RDRP。RDRP参与病毒感染和RNA沉默的许多环节，是目前病毒学研究的热点之一。     

SARS冠状病毒的研究现状

0引言 SARS(Severe Acute Respiratory Syndrome，严重急性呼吸综合征)目前已在全世界33个国家和地区广泛流行．由于其病原体扩增较快，又是新发现的传染病，目前世界上还来不及制备疫苗，也尚未找到特效的治疗药物，迄今为止，临床暂时试用的方法，如：①使用抗病毒药；②使用糖皮质激素；③使用持续气道正压通气；④使用IgM；⑤使用中医药等，疗效均不显。     

SARS相关冠状病毒的研究进展

冠状病毒和与SARS相关的冠状病毒：第一个冠状病毒是1937年从鸡身上分离出来的。由于在电子显微镜下其形态呈现日冕状或皇冠状而得名。此后至少有15种不同的冠状病毒被发现。根据目前所知，冠状病毒科只感染脊椎动物，与人和动物许多疾病相关。引起人类疾病的冠状病毒主要表现为呼吸道和消化道感染。冠状病毒感染非常普遍，虽然人冠状病毒感染可解释30％的普通感冒，但它们极少导致下呼吸道疾病，也从未造成SARS这么严重的后果。     

SARS冠状病毒Orf3和Orf4的克隆和分析

目的:克隆SARS冠状病毒的Orf3和Orf4两个开放性读框,并对其进行DNA序列和蛋白质结构分析.方法:通过RT-PCR,从SARS冠状病毒基因组中扩增得到特异性片段,利用TA克隆将PCR产物克隆入PUCm-T载体并进行测序、同源性比较和蛋白质结构分析.结果:RT-PCR扩增出的特异产物与预期长度相符,序列分析表明,其核苷酸序列与已发表的SARS病毒的Orf3和Orf4同源性在99%以上.结论:成功克隆SARS冠状病毒Orf3和Orf4两个开放性读框,为表达及功能研究奠定了基础.     

RT-PCR对SARS患者粪便SARS冠状病毒RNA的连续测定及其临床意义

目的采用RT-PCR方法,观察SARS冠状病毒(SARS-associatedcoronavirus,SARS-CoV)在SARS患者粪便中的排出状况。方法以2003年5月16日至23日在本院住院的46例临床确诊SARS患者为研究对象,连续留取粪便标本共103份,提取RNA后采用14对SARS-CoV特异性引物,对每份标本同时进行7次套式RT-PCR扩增,只要有1次RT-PCR结果阳性即判定该标本为阳性。结果在46例患者中,有17例(37.0%)患者的粪便SARS-CoV套式RT-PCR扩增结果为阴性,29例(63.0%)为阳性。粪便SARS-CoVRT-PCR结果阳性时SARS患者的病程为(31.76±10.78)d(12～64d),其中最长1例为64d,系2次连续留取的粪便标本均为阳性、每次标本用2个不同引物RT-PCR扩增结果均为阳性。结论SARS-CoV在患者粪便中排出的时间可长达发病后64d,平均32d,对SARS患者恢复期的消毒隔离应该予以足够的重视。     

SARS病例ICD—10编码分析

今年初SARS疾病的突然袭击,严重影响人们的身体健康,扰乱了人们的正常秩序。对某些医院是一个灾难性的打击,我院在抗击“SARS”时期,收治了“SARS”及“SARS疑似”患者共183例,其中临     

非SARS患儿体内SARS冠状病毒抗体的检测分析

目的 探讨非急性重症呼吸综合征(SARS)患儿体内是否存有SARS冠状病毒相关抗体。方法采用国家药品生物制品检定所正式检定通过的2种SARS抗体诊断试剂(间接免疫荧光检测试剂和双抗原夹心ELISA试剂)，对广州地区l060例非SARS患儿血清样本进行检测。结果 1060例非SARS患儿血清样本，间接免疫荧光法检测IgM、IgG均为阴性。双抗原夹心ELISA法检测也仅有2例出现弱阳性。结论 非SAILS患儿体内并未存在SAILS病毒相关抗体。     

SARS冠状病毒推定结构蛋白序列分析

2003年4月16日WHO正式宣布,蔓延全球的严重急性呼吸综合征 (Severe Acute Respiratory Syndrome ,SARS)的病原体是一类新的未知冠状病毒.并命名为SARS冠状病毒(SARS coronav irus, SARS CoV).     

编码RNA和非编码RNA在糖尿病足中调控机制的研究进展

在人类基因组中，具有蛋白质编码功能的RNA只有2%，大部分RNA不具有蛋白质编码功能，但其亦在生物学过程中发挥重要作用。糖尿病足是糖尿病的严重并发症，其源于周围神经病变、下肢血管病变等相关足部感染和溃疡。研究证实，编码RNA和非编码RNA与糖尿病足的发生、发展密切相关。本文对编码RNA和非编码RNA在糖尿病足中的调控机制进行综述，旨在为糖尿病足的防治提供理论依据。