低氧脂滴诱导相关蛋白在肝细胞癌中的表达情况及临床意义

目的 研究HILPDA基因在肝细胞癌(HCC)中的表达情况，探讨低氧脂滴诱导相关蛋白(HILPDA)潜在的临床应用价值。方法 从TCGA数据库中下载HCC的mRNA测序数据和病人的临床数据，分析肝癌及癌旁组织中HILPDA表达的差异，应用单因素分析、多因素Cox回归分析HILPDA的表达水平与病人预后的关系。应用基因集富集分析(GESA)方法探讨HILPDA的可能作用机制。应用TIMER数据库分析HILPDA基因表达与免疫细胞浸润分度的关系。结果 HILPDA基因在HCC组织中表达水平高于癌旁组织，HILPDA表达水平与肿瘤直径(P<0.001)、淋巴结是否转移(P<0.01)、病理学分级(P<0.05)和血清AFP水平(P<0.01)相关。单因素分析、多因素Cox回归方法分析表明，HILPDA表达水平是HCC病人独立预后因素，高表达的病人预后较差。应用TIMER数据库，HILPDA表达水平与Th1细胞和Macrophage细胞免疫浸润相关(P<0.001)。结论 HILPDA可能是HCC预后因子和潜在的分子治疗靶点。     

ACYP1在肝癌中的表达及其与预后和免疫浸润的相关性分析

目的探究酰基磷酸酶1(ACYP1)在肝癌中的表达、预后预测价值以及与免疫浸润的关系。方法利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中基因转录表达数据分析ACYP1在374例肝癌组织中的表达, 根据其中位表达水平将患者分为高表达组(187例)和低表达组(187例), 以50例正常肝组织样本的表达数据作为对照组。然后进行各组差异表达、Kaplan-Meier生存分析、单因素和多因素Cox分析, 评价ACYP1在肝癌诊断及生存预后中的作用。通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析ACYP1表达水平与免疫细胞浸润和免疫检查点之间的关系。结果 ACYP1在肝癌组织中的表达水平(2.18±0.69)高于正常肝组织(1.02±0.31), 差异有统计学意义(t=11.76, P<0.001)。ACYP1高表达组肝癌患者生存期短于低表达组, ACYP1高表达是肝癌患者预后差的独立危险因素(HR=2.402, 95%CI:1.483～3.891, P<0.05)。根据ACYP1表达水平诊断肝癌的曲线下面积为0.965。ACYP1表达水平还与免疫细胞浸润和免疫检查点程序性细胞死亡蛋白1(r=0....     

前列腺癌组织中酪氨酸硫酸化转移酶1(TPST1)的表达水平及临床意义

目的分析酪氨酸硫酸化转移酶1(TPST1)在前列腺癌(PCa)组织中的表达情况,并探讨其与前列腺癌患者临床病理特征和预后的关系。方法在肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库收集499例前列腺癌患者,分析TPST1 mRNA与PCa患者临床病理特征及预后的关系;采用免疫组织化学SP法检测前列腺组织芯片(TMA)中TPST1蛋白的表达,并分析其与PCa患者临床病理特征的关系。结果 TCGA数据库结果显示TPST1表达量与年龄具有显著相关性(P<0.05),与血清PSA、Gleason评分、临床T分期、淋巴结转移和远处转移相关性没有统计学意义(P>0.05);免疫组化结果显示,PCa癌组织中TPST1蛋白的高表达率为78.0%(39/50),明显高于非前列腺癌组织的46.67%(14/30),差异有统计学意义(P<0.05);TPST1的TMA分析结果显示,TPST1蛋白表达量与年龄、肿瘤分级、Gleason评分、临床T分期、淋巴结转移以及远处转移相关性没有统计学意义(P>0.05);TCGA数据库样本的Kaplan-Meier生存分析结果显示TPST1 mRNA高表达组的无生化复发生存情况和无病生存情况差于低表达组,差异有统计学意义(P<0.05);COX单因素和多因素分析结果显示,TPST1不是影响PCa患者生存预后的独立危险因素。结论 TPST1在PCa癌组织中呈高表达,TPST1高表达提示预后差,但其与PCa患者临床分期、淋巴结转移无明显相关性,不是影响PCa患者生存预后的独立危险因素。     

Runt相关转录因子2在人肾透明细胞癌组织的表达及其临床意义

目的探讨Runt相关转录因子2(RUNX2)在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达及其与患者预后和临床病理特征之间的关系。方法基于肾癌肿瘤基因组图谱(TCGA)数据, 分析RUNX2在癌和癌旁组织中的表达及其预后价值。采用多色免疫荧光标记(mIHC)技术分析RUNX2在癌和癌旁组织中的分布特征, 并结合临床资料进行χ2检验。单因素和拟合多因素Cox模型分析RUNX2及其他指标的预后价值。基于TCGA数据库, 探讨RUNX2与免疫细胞浸润的相关性。结果 TCGA数据分析结果显示, RUNX2在癌组织中的表达显著高于正常组织(P<0.001)。mIHC结果表明RUNX2在癌组织表达水平高于癌旁组织(Z=-2.123, P<0.05), 且其表达水平与患者总生存期呈负相关[P<0.01, 风险比(HR)=2.768, 95%可信区间(CI):1.120～6.838]。RUNX2表达水平与患者美国癌症联合委员会(AJCC)临床分期明显相关(χ2=4.505, P<0.05)。多因素Cox回归模型显示年龄(P<0.01, HR=1.068, 95%CI:1.024～1...     

血管生成因子AGGF1表达与肝细胞癌患者预后的关系

目的 :探讨肝细胞癌(HCC)患者肿瘤组织中血管生成因子AGGF1表达与肿瘤血管生成及HCC患者预后的相关性。方法:通过免疫组织化学方法检测183例HCC与癌旁组织中AGGF1蛋白的表达、癌组织中血管内皮生长因子(VEGF)和微血管密度(MVD),比较AGGF1蛋白表达与VEGF和MVD的相关性,探讨AGGF1蛋白表达与HCC患者无进展生存期(PFS)和总体生存期(OS)的相关性。结果:183例HCC癌组织中AGGF1阳性率显著高于癌旁组织(68.3%比14.2%,P0.001)。与AGGF1阴性组(58例)相比,AGGF1阳性组(125例)中多发肿瘤患者更多(13.6%vs 0.0%,P=0.003)、TNMⅢ～Ⅳ期患者更多(46.4%比25.9%,P=0.008)和BCLC分级为B级患者更多(57.6%比31.0%,P=0.001)。AGGF1阳性组的VEGF染色阳性率显著高于AGGF1阴性组(71.2%比22.4%,P0.001),MVD也显著高于AGGF1阴性组患者(32.6±8.4比16.5±5.5,P0.001)。Kaplan-Meier生存曲线证实AGGF1阳性患者的PFS和OS均显著短于AGGF1阴性患者(P0.001)。单因素及多因素Cox回归分析证实,TNMⅢ～Ⅳ期、AGGF1阳性是影响HCC患者OS的独立危险因素。结论:AGGF1蛋白水平是影响HCC患者术后OS的独立危险因素,提示AGGF1蛋白可作为HCC患者的预后有效标志物。     

跨膜蛋白201在肝细胞癌中的表达及其预后意义与作用机制

背景与目的 研究发现跨膜蛋白（TMEM）家族基因与肿瘤关系密切,TMEM201是TMEM家族的一员,其在肝细胞癌（HCC）中的表达与作用目前尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学方法分析TMEM201在HCC中的表达与作用,并预测其在HCC中可能作用的通路,进而探讨机制。方法 在TIMER中分析TMEM201在泛癌中的表达。下载TCGA与GEO数据库中HCC患者数据,并收集106例HCC患者的手术标本与临床信息,分析TMEM201在肝癌组织与癌旁组织中的表达情况,并绘制生存曲线,分析TMEM201表达与HCC患者的预后关系。用单因素与多因素Cox分析判断HCC相关危险因素。根据TCGA与临床数据,分析TMEM201的表达与HCC患者临床病理特征的关系。应用String和GeneMANIA数据库绘制与TMEM201及其相关基因的网络图谱。通过TCGA数据库分析TMEM201与免疫细胞的关系。通过LinkedOmics数据库分析与TMEM201相关的共表达基因,并对共表达基因进行GO功能分析与KEGG通路预测。结果 泛癌分析结果显示,TMEM201在绝大部分肿瘤中呈高表达。多数据库及临床HCC标本免疫组化分析显示,TMEM201在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织（均P<0.05）,且TMEM201高表达患者生存时间明显短于低表达患者。单因素与多因素Cox风险回归提示TMEM201的表达是HCC患者总体生存率的独立危险因素。蛋白质互作网络、GeneMANIA数据库分析显示,TMEM201与SUN1、SUN2、LMNB1、EMD等基因存在明显相互作用。免疫浸润分析结果显示,TMEM201表达与树突状细胞、细胞毒性细胞、Th2细胞等明显有关。此外,功能富集分析显示,TMEM201与共表达基因参与了许多HCC的生物学过程、细胞组成、分子功能和作用通路。通路结果及相关性热图提示TMEM201与细胞周期高度相关。结论 TMEM201在HCC组织中高表达,是影响HCC患者预后的独立危险因素,TMEM201在HCC中的作用机制可能与免疫浸润的调节、细胞周期的调控有关。     

VAVs基因家族在肝癌中的表达及临床意义

目的 探究VAVs家族基因在肝细胞癌（HCC）患者中的表达水平及其在预后中的临床价值，并基于阳性作用基因建立肝癌的预后预测模型。方法 从肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库中下载并提取342例HCC癌组织和50例癌旁组织中VAVs家族基因mRNA测序表达数据及其临床信息。比较TCGA中VAVs mRNA在HCC癌组织和癌旁组织中的表达差异，并比较温州医科大学附属第一医院20例HCC患者的癌组织及癌旁组织中VAVs蛋白的表达差异。根据VAVs mRNA表达量中位值分为高表达组（n=171）和低表达组（n=171），比较两组的临床病理特征差异，采用Kaplan-Meier法分析比较两组的生存差异。采用单因素和多因素Cox分析筛选HCC患者预后的危险因素。基于VAV2 mRNA构建HCC生存预后列线图模型，采用受试者工作特征（ROC）曲线及校正曲线来评估模型的预测准确性。结果 对TCGA数据库分析显示，VAV2 mRNA在HCC癌组织中的表达量高于癌旁组织（P<0.05）；本中心免疫组化结果表明，VAV2蛋白在HCC癌组织中的表达量高于癌旁组织（P<0.05）。TCGA数据库分析结果...     

肝癌代谢重编程相关基因富集分析及ATP柠檬酸裂解酶表达的临床意义

目的 筛选参与肝细胞癌(HCC,简称肝癌)肿瘤进展的代谢重编程相关基因,明确HCC组织标本中ATP柠檬酸裂解酶(ACLY)表达情况,并纳入GEO数据,分析其与HCC临床病理指标的相关性及其在HCC生存预后中的作用.方法 下载TCGA数据库中的HCC表达数据,将50对癌组织与癌旁配对组织样本纳入差异表达基因分析,获得全基...     

利用加权基因共表网络识别肝细胞癌干细胞相关基因的研究

目的通过加权基因共表达网络(WGCNA)方法研究肝细胞癌(HCC)中肝癌干细胞(LSCS)相关基因表达及其与预后的相关性。方法首先从公共数据库癌症基因组图谱(TCGA)中下载HCC转录组测序(RNA-seq)及临床数据,下载并整理基于mRNA表达的肿瘤干细胞干性指数(mRNAsi)表,分析mRNAsi与肝癌病理学分级及预后的关系。然后利用WGCNA方法筛选与LSCS相关的关键模块,对关键模块基因(hub基因)进行功能注释(GO分析)及信号通路富集分析(KEGG分析),通过在线数据库STRING构建hub基因编码蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选关键基因。最后对关键基因进行表达差异分析及表达相关性分析,利用在线数据库Kaplan-Meier plotter进行生存分析并验证。结果HCC组织中的mRNAsi值显著高于正常肝组织(P<0.001),mRNAsi与高病理学等级之间存在正相关(P=0.001),高mRNAsi组的HCC患者死亡率高于低mRNAsi组(P=0.006)。GO分析结果显示,hub基因主要参与有丝分裂、DNA复制等生物过程;KEGG分析结果显示,hub基因富集在细胞周期、DNA错配修复、卵母细胞减数分裂等信号通路,其编码蛋白质之间有很强的相互作用(P<0.001)。本研究筛选了10个与LSCS相关的关键基因(包括CCNB1、CDC20、CDCA8、NDC80、KIF20A、CDC45、KIF15、MCM2、TTK及NCAPG),与正常肝组织样本相比,10个关键基因在HCC组织中均呈现高表达,在转录水平上也有很强的共表达关系且与肝癌患者的预后相关(P<0.05)。结论mRNAsi在HCC的发生发展中起着重要作用,基于WGCNA筛选的与LSCS相关的10个关键基因在LSCS的干性维持中发挥重要作用,有望作为抑制HCC干细胞特性的治疗靶标。     

基于TCGA数据库分析CD70在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤微环境的影响

目的:研究CD70及受体CD27在肝细胞癌(HCC)中的表达水平，及其与临床病理特征及预后的关系，并探讨CD70对肿瘤微环境可能的作用。方法:下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库中有关HCC的RNA测序数据，分析CD70和CD27在肿瘤组织和正常组织中的表达差异及其与临床病理特征的关系;采用Kaplan-Meier生存曲线比较CD70、CD27表达不同患者的生存率;分析CD70与其他影响肿瘤微环境基因表达间的相关性。结果:通过TCGA数据库共获得371例HCC肿瘤样本和50例正常组织样本信息;CD70在HCC肿瘤组织内的表达水平显著高于正常组织;CD70表达水平与年龄、性别、肿瘤分期、是否存在远处转移及生存无明显相关性( P>0.05);CD27在HCC肿瘤组织内的表达水平与正常组织无显著差异，但CD27高表达组的总生存率显著高于CD27低表达组患者;HCC肿瘤组织内CD70表达与 IL-12、 FOXP3、 CD25、 CD39、 CD27、 PD-1、 PD-L1、 LAG3、 CTLA4、 Tim3、 VEGF、 IDO、 CXCR4和 CCL2的表达呈显著正相关( P<0.05，| r|>0.3)。 结论:CD70在HCC患者肿瘤组织中异常表达，虽然CD70表达升高与患者病理分期和生存无显著相关，但是其与免疫抑制肿瘤微环境相关，可能是HCC形成免疫逃逸的机制之一。