MYH9和ABI2基因SNP在2型糖尿病人群中与血糖、胰岛素抵抗和血压的相关性

目的:研究MYH9和ABI2基因的单核苷酸多态性(SNP)在2型糖尿病人群中与血糖、胰岛素抵抗及高血压的关系。方法:应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术,对773例天津地区的2型糖尿病患者的MYH9基因的8个SNP位点和ABI2基因的4个SNP位点进行基因分型,以PLINK软件进行数量性状的关联分析及基因型交互作用分析。结果:MYH9和ABI2基因SNP位点与血糖和胰岛素抵抗表型存在较广泛的关联,包括糖化血红蛋白、2 h血糖、空腹和2 h胰岛素及胰岛素抵抗指数(P<0.05)。ABI2基因SNP位点rs62183937(P=0.000),rs11675251(P=0.008)等均与血压相关。结论:MYH9和ABI2基因的多态性可能与2型糖尿病患者的血糖、胰岛素抵抗相关表型及2型糖尿病合并高血压的发病相关。     

TOX和SMAD3基因多态性与中国汉族人群2型糖尿病患者微血管病变的易感性相关

目的:初步探讨TOX和SMAD3基因多态性与中国汉族人群2型糖尿病患者微血管病变(包括糖尿病肾病和糖尿病视网膜病变)的易感性。方法:选取久居天津、彼此之间无血缘关系的汉族2型糖尿病患者1 090名,其中包括糖尿病肾病患者615人,糖尿病视网膜病变患者377人;同时罹患糖尿病肾病和视网膜病变者157人,糖尿病病程超过10年但无微血管病变者165人。对14个候选基因的23个单核苷酸多态性(SNPs)位点进行基因分型,以PLINK软件进行二分变量的关联分析。结果:TOX基因的SNP位点rs1526167(P=0.001)和SMAD3基因的SNP位点rs12102171(P=0.024)均与2型糖尿病患者的微血管病变相关。结论:TOX和SMAD3基因多态性与中国汉族人群2型糖尿病患者微血管病变的易感性相关,提示糖尿病微血管病变的遗传背景与糖尿病的遗传背景不同。     

染色体20q13区域SNP与中国人2型糖尿病的相关性

目的采用单核苷酸多态性(SNP)标记,在以往所发现的中国汉族2型糖尿病相关基因定位区域(20q13)内寻找疾病易感基因位点。方法选取70例散发糖尿病病人及其正常配偶作为研究对象,通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内11个候选基因的21个SNP位点,用等位基因专一性实时PCR方法进行分型,并做病例—配偶对照关联分析。结果21个SNP中有8个在中国人群中为常见SNP位点。病例—配偶对照关联分析结果显示,PRex1基因的SNP位点rs3936192的等位基因频率在2型糖尿病组和正常对照组间有显著性差异(P=0．0280)。结论上述SNP位点可能与中国汉族2型糖尿病相关,为进一步研究这一位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。     

ITGA1基因多态性与幽门螺杆菌感染的关联性分析

目的：探讨整联蛋白α亚基1（ITGA1）基因单核苷酸多态性（SNP）与幽门螺杆菌感染的关联性,为幽门螺杆菌感染相关疾病的防治提供依据。方法：选择体检者281人的血液样本,采用ELISA法确定体验者血液中幽门螺杆菌的感染状况,根据抗体滴度将样本分为幽门螺杆菌阴性组（n=159）和幽门螺杆菌阳性组（n=122）。采用TaqMan法对ITGA1基因的rs1862610、rs2432143和rs2447867位点进行基因分型,采用Haploview 4.0软件构建单体型,采用非条件性Logistic回归检测各等位基因、基因型的SNPs和单体型与幽门螺杆菌感染的关系。结果：ITGA1基因rs1862610和rs2432143位点的SNPs与幽门螺杆菌感染无关联（P>0.05）;ITGA1基因rs2447867位点的SNP与幽门螺杆菌感染有关联（P<0.05）,携带基因型CT可降低幽门螺杆菌感染风险（CT vs CC：OR=0.52,95% CI：0.31~0.86）。ITGA1基因rs1862610和rs2432143位点SNPs之间存在强连锁不平衡（D'=1）,构成单体型块,各单体型与幽门螺杆菌感染无关联（P>0.05）。结论：ITGA1基因rs2447867位点的SNP与幽门螺杆菌感染有关联,携带基因型CT可降低幽门螺杆菌感染风险。     

染色体20q13区域SNP与中国人2型糖尿病的相关性

目的采用单核苷酸多态性(SNP)标记,在以往所发现的中国汉族2型糖尿病相关基因定位区域(20q13)内寻找疾病易感基因位点.方法选取70例散发糖尿病病人及其正常配偶作为研究对象,通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内11个候选基因的21个SNP位点,用等位基因专一性实时PCR方法进行分型,并做病例-配偶对照关联分析.结果 21个SNP中有8个在中国人群中为常见SNP位点.病例-配偶对照关联分析结果显示,PRex1基因的SNP位点rs3936192的等位基因频率在2型糖尿病组和正常对照组间有显著性差异(P＝0.0280).结论上述SNP位点可能与中国汉族2型糖尿病相关,为进一步研究这一位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据.     

CTLA4基因多态性与汉族人白癜风易感性相关分析

目的 研究汉族人CTLA4基因多态性与白癜风易感性的相关性.方法 利用Illumina 610-Quad芯片对1 123例白癜风患者和1 227例正常对照样本进行基因分型,提取CT-LA4基因的相关分型数据,用Plink 1.03软件进行统计分析.结果 CTLA4基因上2个SNP位点(rs733618和rs231726)的等位基因频率在病例组和对照组之间的差异无统计学意义(>P0.05).结论 CTLA4基因多态性与汉族人白癜风易感性可能无关联.     

中国汉族、日本、欧裔和非裔人群SNP始祖多态位点的鉴定

目的:应用全基因组单核苷酸多态性(SNP)基因分型数据及始祖多态位点(AIMs)推断区分人亚群.方法:从国际公共数据库中选取中国汉族、日本人、欧裔和非裔4个人群270个样本4 396 943个SNP位点的基因分型结果.用Perl语言编写数据提取程序,从中得到1 136个群体间等位基因频率差值大于0.3的SNP位点.根据每一个位点在不同人群之间多态性的差异,最终鉴定出44个始祖多态位点.结果:这44个位点联合应用,可以区分其归属于欧裔、非裔、中国汉族或日本人群,并可高度可信地区分中国汉族和日本人群.结论:这一套始祖构成位点的鉴定和应用,为中国人群的疾病关联分析研究、个体医疗、群体遗传学和法庭科学研究等相关科学提供了帮助.     

应用单核苷酸多态性技术筛查2型糖尿病易感基因

目的利用单核苷酸多态性(SNP)标记,在中国北方汉族2型糖尿病相关基因定位区域(1p36.33-p36.23、1q24.3-25.1及1q42.12-42.13)内寻找疾病易感基因位点以及与疾病相关的单倍型.方法通过公共SNP数据库和对样本库全基因测序寻找SNP位点的途径,在定位区域内选择了33个候选基因中的124个SNP位点,用测序法对236例北方汉族散发2型糖尿病患者及152例正常对照个体进行SNP基因分型及病例-对照关联分析,并对具显著性差异的SNP位点进行单倍型分析.结果124个SNP位点中有4个SNP位点的分布频率在病例组和正常对照组存在显著差异(P＜0.05),分别为sAC基因中的rs203849(P=0.005,OR=1.60)和rs203826(P=0.016,OR=1.60),PANK4基因中的rs7535528(P=0.028,OR=1.45)和CASP9基因中的rs884363(P=0.043,OR=1.37).在这4个SNP位点构成的组合型中发现,有2种组合型的频率分布在病例组与对照组之间差异有显著性(P＜0.001).此外,对sAC基因的单倍型分析发现,有4种单倍型与疾病发生相关.结论sAC、PANK4和CASP9基因为中国北方汉族人群2型糖尿病候选易感基因,这3个基因可能在2型糖尿病易感性上有协同作用.     

蛋白激酶Cξ亚型基因及UrotensinⅡ基因中各有一个单核苷酸位点与中国北方汉族人群2型糖尿病相关

目的采用单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)标记,在以往中国北方汉族人群2型糖尿病相关基因定位区域(1p36.33-p36.23)内寻找疾病易感基因位点。方法通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内10个候选基因中的23个SNP位点,用单碱基延伸反应(singlebaseextension,SBE)法对北方汉族人群散发2型糖尿病患者(192例)及对照组(172例)进行分型及病例-对照关联分析。结果23个SNP位点中有8个为中国北方人群常见SNP位点;对病例组和对照组分型分析显示,位于蛋白激酶Cξ亚型(PRKCZ)基因中的一个位点(rs436045)及urotensinⅡ(UTS2)基因中的一个位点(rs228648),其等位基因频率在两组的差异具有统计学意义(P<0.05)。结论上述两个SNP位点可能和中国北方汉族人群2型糖尿病相关,以上结果为进一步研究上述两个位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。     

CTLA4基因多态性与汉族人白癜风易感性相关分析

目的探讨CTLA4基因与汉族人白癜风发病之间的关联性。方法利用Illumina 610-Quad芯片对1123例白癜风患者和1227例正常对照样本进行基因分型,提取CTLA4基因的相关分型数据,用Plink 1.03软件进行统计分析。结果 CTLA4基因上2个SNP位点(rs733618和rs231726)的等位基因频率在病例组和对照组之间的差异无统计学意义。结论 CTLA4基因多态性与汉族人白癜风易感性可能无关联。     

GSTM1基因编码区SNP位点T1270533G与鼻咽癌的相关性

目的 通过筛查GSTM1基因SNPs位点,研究该基因编码区单核苷酸多态位点T1270533G与鼻咽癌易感性和临床表型的关系.方法 用PCR方法对中国人群27个个体DNA标本进行扩增、纯化及测序,从中获得GSTM1编码区、调控区和侧翼区及部分内含子区SNP位点,所获数据进行LD分析.选择编码区多态性位点T1270533G(该位点在中国人群罕见等位基因频率为22.2%),用tetra-PrimerARMS-PCR结合测序方法对鼻咽癌患者和对照人群进行相关性分析.结果 通过测序共获取29个SNPs;其中13个SNPs位点之间均呈高度连锁不平衡;编码区多态性位点T1270533G的变异与鼻咽癌临床表型之间无明显关联(RR=0.170,95%CI=0.95-0.306 for homozygote TT).结论 编码区多态位点T1270533G虽然发生了碱基颠换,产生了错义突变,导致了氨基酸的改变,但并没有影响其解毒功能.该位点在鼻咽癌患者和对照人群中等位基因型频率差别很小,与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联.     

FCGR2A基因多态性与汉族人系统性红斑狼疮易感性关联分析

目的研究汉族人FCGR2A基因多态性与系统性红斑狼疮(SLE)易感性的相关性。方法利用Illumina 610-Quad芯片在590例SLE患者和1135例正常对照中进行全基因组分型,选取芯片上覆盖FCGR2A基因的SNPs分型数据,用Plink 1.03软件进行统计学处理。结果 FCGR2A基因上分型成功的5个SNP位点rs1801274、rs4657039、rs6696854、rs10800309和rs511278的等位基因频率在SLE病例组和对照组之间的差异无统计学意义。结论 FCGR2A基因多态性可能与汉族人SLE易感性无关联。     

CNTNAP2基因与汉族儿童孤独症的病例对照研究

目的：探讨CNTNAP2基因的3个单核苷酸多态性（SNPs）位点rs10244837、rs7794745、rs10500171与汉族儿童孤独症之间的相关性。方法：应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法对汉族儿童孤独症患者及对照的rs10244837、rs7794745、rs10500171位点进行的基因分型,对所获分型数据进行病例对照关联分析。结果：孤独症病例和对照的CNTNAP2基因的3个SNPs的基因型频率分布均未偏离哈德温伯格平衡（P>0.05）;CNTNAP2基因的rs10244837、rs7794745、rs10500171位点的基因型频率和单体型频率在病例与对照间比较差异无统计学意义（P>0.05）。结论：CNTNAP2基因的rs10244837、rs7794745、rs10500171位点的单核苷酸多态性及其单体型与儿童孤独症不相关。     

PTPN22基因多态性与汉族人白癜风易感性关联分析

目的研究PTPN22基因多态性与汉族人白癜风易感性的相关性。方法利用Illumina 610Quad芯片在1 123例白癜风患者和1 227例正常对照中进行全基因组关联分型,选取芯片上覆盖PT-PN22基因的5个单核苷酸多态性(SNP)分型数据,用Plink 1.03软件进行分析处理。结果关联分析结果显示,PTPN22基因上的5个SNP位点rs3811021、rs2476599、rs3789607、rs1217407和rs1217418的等位基因频率在病例组和对照组之间无差异(P>0.05)。结论 PTPN22基因的5个SNP位点即rs3811021、rs2476599、rs3789607、rs1217407和rs1217418可能与汉族人白癜风易感性不相关。     

MYO9B基因多态性与中国北方汉族人群精神分裂症发病及其临床表型的关联性分析

目的：探讨肌球蛋白9B（MYO9B）基因多态性与中国北方汉族人群精神分裂症发病及其临床表型的关系,阐明精神分裂症发病的遗传学机制。方法：收集了427例中国北方汉族人群精神分裂症患者与439名健康对照者全血样品,提取基因组DNA,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法检测MYO9B基因rs2279007、rs8113494和rs1545620位点基因型和等位基因型。应用拟合优度χ2检验分析精神分裂症病例组和健康对照组研究对象各单核苷酸多态性(SNPs)位点的基因型频数分布是否符合Hardy-Weinberg平衡定律,各SNPs位点等位基因和基因型频数与精神分裂症及各种临床表型的关联性分析采用χ2检验。结果：病例组MYO9B基因各SNP位点等位基因、基因型频数分布与对照组比较差异无统计学意义（P>0.05）;临床表型分析,rs2279007位点基因型频数与幻觉妄想综合征有关联（χ2=4.160,P=0.041）;rs1545620位点基因型频数与意志缺乏有关联（χ2=10.768,P=0.013）。结论：MYO9B基因多态性与中国北方汉族人群精神分裂症发病无关联,但可能与精神分裂症患者幻觉妄想综合征和意志缺乏的临床表型有关联。     

慢白激酶Cζ亚型基因及Urotensin Ⅱ基因中各有一个单核苷酸位点与中国北方汉族人群2型糖尿病相关

目的 采用单核苷酸多态性（single mucleotide polymorphism,SNP)标记,在以往中国北方汉族人群2型糖尿病相关基因定位区域（1p36.33-p36.23)内寻找疾病易感基因位点。方法 通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内10个候选基因中的23个SNP位点,用单碱基延伸反应（single base extension,SBE)法对北方汉族人群散发2型糖尿病患者（192例）及对照组（172例）进行分型及病例－对照关联分析。结果 23个SNP位点中有8个为中国北方人群常见SNP位点;对病例组和对照组分型分析显示,位于蛋白激酶Cζ亚型（PRKCZ）基因中的一个位点（rs436045)及urotensin Ⅱ（UTS2）基因中的一个位点（rs228648),其等位基因频率在两组的差异具有统计学意义9P＜0．05）。结论 上述两个SNP位点可能和中国北方汉族人群2型糖尿病相关,以上结果为进一步研究上述两个位点所在的基因与2型糖尿病的关系提供了理论依据。     

WNT9B基因多态性与宁夏地区非综合征型唇腭裂的相关性及生物信息学分析

目的 探讨WNT9B单核苷酸多态性（SNP）与宁夏地区非综合征型唇腭裂（NSCL/P）的相关性。方法 收集宁夏医科大学总医院口腔颌面外科504例NSCL/P患儿的外周静脉血样本及本地区同期出生的正常新生儿血样455例。对WNT9B基因上常见的18个SNP进行基因分型及连锁不平衡和单倍型分析,筛选具有统计学差异的SNP位点;通过3DSNP、Regulome DB数据库对所筛选SNP位点的三维互作基因、三维互作SNPs、染色质状态进行分析总结。结果 WNT9B基因2个SNP位点的等位基因频率在病例组和对照组中的差异具有统计学意义（rs62071984,P=0.031 8,OR=1.477;rs1530364,P=0.028 4,OR=1.250）;连锁分析结果表明,18个SNP共形成3个Block,Block 2中的WNT9B AAGCGCAATCG单倍型在病例组和对照组间的差异具有统计学意义（P=0.047 8,OR=0.696）;三维互作分析结果发现,与差异性目标SNP位点相关的三维互作基因包括GOSR2和WNT9B;相关的三维互作SNPs包括rs4968282等11个SNP位点。染色...     

中国汉族儿童TIRAP基因单核苷酸多态性分析未显示其与结核病的易感相关

目的 探讨中国汉族儿童TIRAP基因Tag SNP位点的多态性与结核病易感性相关关系,以明确TIRAP基因在儿童结核病发病中的作用。方法 本课题组收集339名汉族儿童结核病患者,以同期查体的392名儿童作为对照,采用病例对照研究,应用高通量MassARRAY技术对于TIRAP基因的SNP位点进行基因分型研究。使用的是改进的盐析法进行基因组DNA的提取。结果 TIRAP基因的5个Tag SNPs(rs563011、rs8177400、rs1786704、rs8177375、rs8177352),除了1个SNP位点(rs563011)等位基因检出率<95%及1个(rs8177400)AA基因型在人群中的分布为0,另外3个SNPs位点(rs1786704、rs8177375、rs8177352)的等位基因、基因型以及单体型在结核病组和对照组的分布差异均无统计学意义(P>0.05)。结论 TIRAP基因多态性与中国汉族儿童结核病易感不存在相关性。     

COMT基因遗传多态性与汉族人白癜风易感性关联分析

目的 COMT基因多态性与汉族人白癜风易感性的相关性。方法利用Illumina 610-Quad芯片在1 123例白癜风患者和1 227例正常对照中进行全基因组关联分型,选取芯片上覆盖COMT基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)分型数据,用Plink 1.03软件进行分析处理。结果 COMT基因上分型成功的10个SNP位点rs1544325、rs165722、rs165774、rs174675、rs2239393、rs4646312、rs4646316、rs4680、rs5993883及rs737866的等位基因频率在病例组和对照组之间差异无统计学意义。结论 COMT基因的10个SNP位点即rs1544325、rs165722、rs165774、rs174675、rs2239393、rs4646312、rs4646316、rs4680、rs5993883及rs737866可能与汉族人白癜风易感性无关联。     

PXK基因多态性与汉族人系统性红斑狼疮易感性关联分析

目的研究PXK基因多态性与汉族人系统性红斑狼疮(SLE)易感性的相关性。方法利用Illumina 610-Quad芯片对590例SLE患者和1,135例正常对照样本进行基因分型,选取PXK基因的单核苷酸多态性(SNP)分型数据,用Plink 1.03软件进行统计分析。结果 PXK基因上7个SNPs(rs6445975、rs7622074、rs6786088、rs12637163、rs9817356、rs11710823和rs6767291)的等位基因频率在病例组和对照组间差异无统计学意义(P>0.05)。结论 PXK基因多态性可能与汉族人SLE易感性不相关。