人类免疫缺陷病毒-1的核酸遗传学特点

目的研究人类免疫缺陷病毒（HIV）-1膜蛋白基因（env）的准种与变异特点.方法采用套式聚合酶链反应（PCR）对5例艾滋病患者血浆HIV-1 env基因C2～V3区进行PCR扩增,产物经纯化后克隆至pMD-18T载体中,每例患者分别挑取5～8个克隆,共34株,完成阳性克隆的鉴定、抽提纯化和测序,将获得的DNA序列及核苷酸序列进行分析,并计算其核苷酸同源替换率（ds）与非同源替换率（dn）的比值.结果同一患者体内HIV准种株平均为83.5%,各克隆株之间的核苷酸同源性在88%～99%之间;不同患者之间的核苷酸同源性在75%～91%;34株序列的V3区平均变异频率明显高于C2～C3区（P＜0.05）;而V3区和C2～C3区的ds/dn比值均＞1.结论艾滋病患者体内有大量HIV准种存在,基因的变异在V3区发生较频繁,免疫选择压力在该区变异中不起主要作用.     

广西地区人类免疫缺陷病毒-1流行毒株gag基因系统进化和基因变异特征分析北大核心CSCD

目的了解广西壮族自治区HIV-1流行毒株gag基因分子进化及遗传变异特征。方法收集2011年10月至2012年3月广西地区HIV-1感染者血液样本158份,采用反转录／套式PCR对HIV-1gag基因片段进行扩增并测序。运用MEGA5．03构建系统进化树,并计算gag区及各编码区段的基因离散率和选择压力（globleω）。两样本基因离散率的比较采用两独立样本t检验,多个样本的基因离散率比较采用单因素方差分析。结果158份样本中获得140条gag基因序列,存在4种亚型：CRF_01AE80份（57．1％）,CRF08BC46份（32．9％）,CRF07BC10份（7．1％）,B（B’）4份（2．9％）。gag基因离散率在CRF01AE亚型为0．036±0．001,CRF08BC亚型为0．031±0．002,CRF07-BC亚型为0．043±0．003,B（B’）亚型为0．102±0．006,差异有统计学意义（F=220．62,P〈0．01）。p17和p24编码区均受到负向选择压力作用,globlem〈1。各亚型p17编码区的globleω值相近,差异无统计学意义（F-0．761,P=0．469）,p24编码区的globlem值差异也无统计学意义（F=0．037,P=0．964）。结论广西地区HIV-1亚型以CRF_01AE为主,gag基因各编码区段在进化上相对保守,但HIV-1流行特征的变化可能会影响gag基因的遗传变异,应继续追踪检测。     

云南省红河州地区60例人类免疫缺陷病毒-1患者分子流行病学研究

目的 对云南省红河州地区部分HIV-1感染者进行分子流行病学调查,为确定该地区流行的HIV-1分子生物学特征提供监测依据.方法 应用反转录(RT)-PCR扩增HIV-1多聚酶基因,DNA测序后进行进化系统树分析,确定基因亚型,并与国际耐药数据库比对,辨别耐药性突变位点.结果 60例患者中,男39例,女21例,平均年龄35.5岁.静脉注射毒品感染34例,性传播感染12例,采供血和输血感染2例,感染途径不详12例.基因亚型分别为08-BC亚型53例,占88.3%;07-BC亚型6例,占10.0%;01-AE亚型1例,占1.7%.耐药相关基因总突变率为33.3%.与蛋白酶抑制剂(PRI)和反转录酶抑制剂(RTI)耐药相关的基因突变率分别为5.0%和31.7%;蛋白酶基因主突变位点为1541M、V82VFIL、M46MI,各占1例.反转录酶基因突变位点分别为T69D 4例,A62V 6例,D67DE 1例,E44D 1例,V179D 2例,V179E 1例,K238KN 1例,L234T+P236S 1例,V106E 1例.结论 云南省红河州地区HIV-1感染以静脉注射毒品为主.HIV-1基因亚型以08-BC亚型为主;已存在与PRI和RTI耐药相关的基因突变.     

低水平病毒载量长期不进展人类免疫缺陷病毒-1感染者的人类免疫缺陷病毒-1的遗传分析

目的 分析低水平病毒载量长期不进展(LTNP)HIV-1感染者HIV-1的遗传特征.方法 采用有限稀释套式PCR、终点PCR和序列确证分析等技术对5例低病毒载量LTNP HIV-1感染者不同随访时间点HIV-1前病毒enw基因c2-v3-c3区域和gag基因p17区域进行扩增和序列分析.分别计算不同时间点内以及不同时间点与用于分析的最早时间点之间上述两个基因区域的基因多样性和基因离散率,依据基因离散率计算基因的进化率,统计学分析用GraphPad Prism 5软件.结果 5例患者在21个随访时间点共获得115条c2-v3-c3序列和173条p17序列.进化树分析表明,不同患者的序列分开,同一患者的序列特异地聚集,序列质量可靠.5例患者env基因c2-v3-c3区域不同时间点基因多样性为0～6.38%,平均为2.1%,病例1、3和5基因多样性随感染时间的增加逐渐升高(r=0.7257、0.4954、0.3288),病例2和4基因多样性随感染时间的增加逐渐下降(r=-0.3759、-0.5028);基因离散率为0.1%～6.5%,平均为2.9%,除病例1外,基因离散率均随感染时间间隔的增加逐渐升高,进化率分别为每年每位点-0.13%、0.81%、0.09%、0.14%和0.16%,平均为0.21%.gag基因p17区域基因多样性为0～2.5%,平均为1.2%,基因离散率为0.2%～2.7%,平均为1.4%,除病例3基因多样性和基因离散率随感染时间或时间间隔的增加下降外,其余病例均随感染时间或时间间隔的增加而逐渐升高,进化率分别为每年每位点0.087%、0.064%、-0.014%、0.081%和0.087%,平均为0.061%.结论 低水平病毒载量LTNP HIV-1感染者HIV-1有复制能力,病毒基因维持较低水平的进化;HIV-1 env基因变化的程度大于gag基因.     

人类免疫缺陷病毒相关性肾病及其治疗

人类免疫缺陷病毒相关性肾病（human immunodeficiency virus-associatied nephrophath,HIVAN)是人类免疫缺陷病毒（humman immunodeficiency virus,HIV-1)感染导致的一种肾脏疾病,以蛋白尿、氮血症为主要病理改变,预后差,近年来,由于HIV的传播HIVAN的发病率也随之不断增加,已引起临床医师的高度重视,在过去几年中,人们对HIVAN的发病机制,临床过程和病理改变有了更新的认识,药理治疗也取得显著效果。本文将对HIVAN的现状及治疗进展进行综述。     

湖北地区人类免疫缺陷病毒-1主要流行株外膜蛋白基因V3-V4区序列变异分析

目的 分析湖北地区HIV-1主要流行株外膜蛋白V3-V4区序列特征,了解其流行特点和变异规律.方法 对湖北地区HIV-1主要流行区域进行流行病学调查,应用套式PCR对102例HIv-1感染者的env基因V3-V4区进行扩增,对阳性扩增样本进行基因测序和序列分析.比较基因距离的差异用卡方检验;基因距离的变异性分析使用描述性分析法.结果 湖北地区共发现4种HIV亚型和重组亚型,其中B'亚型占82.69%,B'/C重组毒株、CRF01_AE重组毒株各占7.69%,C亚型占1.92%.湖北地区HIV-1B'亚型与来源于云南和河南等地的HIV-1B'亚型代表株之间的基因距离分别为7.08±2.19和7.88±2.28.其流行时间约为10年;氨基酸序列变异分析显示,HIV-1B'亚型毒株env基因V3、C3、V4区域均发生不同程度变异,其中以V4区的变异程度最大,V3环顶端四肽表现为GPGR、GPGK、GPGQ和GQGR,分别占46.5%、30.2%、13.6%和9.3%;V3环辅助受体预测显示,其中16.28%为CCR5型,13.95%为CXCR4型,69.77%无法预测;糖基化位点分析显示.湖北地区HIV-1主要流行株env V3-V4区9个糖基化位点有8个存在不同程度丢失.结论 B'亚型仍是湖北地区HIV优势流行株,与来源于云南和河南等地的毒株有较高同源性.     

人类免疫缺陷病毒1储存库的研究进展

艾滋病是由人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染引起的一种致死率极高的传染病.高效抗反转录病毒治疗的出现已经使HIV感染成为一种慢性疾病.HIV DNA整合在CD4+T淋巴细胞基因组中形成HIV-1储存库,使部分HIV-1逃避了宿主免疫清除和抗病毒药物的治疗作用,导致患...     

人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者结核菌素试验反应的研究

目的　探讨人类免疫缺陷病毒 (HIV)感染者结核菌素试验反应状况及与免疫系统的受损程度的联系。方法 采取前瞻性病例对照研究方法,同时在病例和对照间做结核菌素试验,并对HIV抗体阳性的病例进行细胞免疫水平的测定,采用的指标有：CD₄、CD₈计数及CD₄ CD₈比值等,观察反应情况。结果 55例人类免疫缺陷病毒感染者 (HIV +)结核菌素PPD阳性反应率 (9.8%),远比对照组 (28.2%)低得多 (P＜0.01),反应情况与患者的细胞免疫受损程度尚待研究,但当CD₄细胞计数＜200 (艾滋病患者)时,PPD均无反应 (0×0),当CD₄细胞计数＞300时有部分强阳性反应 (＞15mm)。结论 人类免疫缺陷病毒感染者 (HIV +)结核菌素PPD阳性反应率较常人低得多 (P＜0.01),其PPD无反应问题尚待解决。     

抗人类免疫缺陷病毒-1治疗现状及研究进展

获得性免疫缺陷综合征 (ＡＩＤＳ)是由ＨＩＶ感染引起的一种严重的疾病 ,当人类免疫缺陷病毒 (ＨＩＶ)侵入人体后借细胞表面的ＣＤ4分子及某些趋化因子受体侵犯宿主细胞 ,造成机体免疫功能破坏 ,进而引起严重的机会性感染及肿瘤。现就该病治疗的中心环节———抗病毒治疗的临床应用现状及研究进展作一介绍。一、抗ＨＩＶ 1化学药物的临床应用现状抗ＨＩＶ 1的化学药物主要作用于病毒生活周期中不同环节所必需的酶类如逆转录酶及蛋白酶。目前用于临床的药物主要有 :1.核苷类逆转录酶抑制剂 (ＮＲＴＩ) ,包括齐多夫定 (ＡＺＴ)、扎西他滨 (ｄ…     

人类免疫缺陷病毒耐药性的研究进展

人类免疫缺陷病毒（HIV）为艾滋病病原体,具有高度变异的特点。抗逆转录病毒药物在控制HIV进一步传播、延长患者寿命及提高生存质量方面有显著作用。目前,经过美国FDA批准的艾滋病抗病毒治疗药物共6大类32种,包括核苷类逆转录酶抑制剂（NRTI,8种）、非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTI,4种）、蛋白酶抑制剂（PI,9种）、融合抑制剂（FI,1种）、CCR5拮抗剂（1种）、整合酶抑制剂（II,1种）;     

中国部分地区应用高效抗逆转录病毒治疗HIV-1患者的耐药性检测

目的了解我国应用高效抗逆转录病毒治疗的人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者中耐药情况.方法收集我国上海、河南及安徽等地116份应用抗病毒治疗患者的血浆标本,采用逆转录聚合酶链反应扩增pol基因片段并进行序列测定,通过HIV耐药性数据库进行耐药相关性突变分析,并构建进化树.结果共获得44例HIV-1分离株的pol基因序列,有70%（31/44）的标本发现了针对常用的三类抗逆转录病毒药物的主要耐药性突变,其中有34%（15/44）的标本发现了针对核苷类逆转录酶抑制剂（NRTIs）的耐药性突变;有68%（30/44）的标本发现了针对非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTIs）的耐药性突变;仅有2%（1/44）的标本发现了对蛋白酶抑制剂（PIs）类药物的主要耐药性突变.亚型分析表明91%（40/44）为B亚型.结论在我国应用抗逆转录病毒治疗的患者中耐药性的产生已经十分严重,尤其是针对NNRTIs的高度耐药性较为突出,迫切需要应用耐药性检测进行指导.     

河南及上海患者的HIV-1 gag基因p24蛋白编码序列及亚型初步分析

目的了解河南及上海地区人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者p24蛋白编码区的基因变异性以及亚型的分布状况.方法收集37份HIV-1感染患者的血浆标本,河南25份,感染途径主要是有偿供血;上海12份,主要是血制品感染及性接触感染.采用逆转录和套式聚合酶链反应(PCR)扩增并直接测序,然后进行序列比对及进化树分析.结果83.8%(31/37)为B亚型,河南患者中23例为B亚型,2例为A亚型;上海患者中8例为B亚型,1例为A亚型,2例为CRF01-AE亚型,1例为CRF02-AG亚型.与国际共享序列相比,B亚型p24编码区中发生核苷酸改变的位点比例河南为1.6%～4.2%,平均3 2%;上海为2.0%～3.8%,平均3.4%.在所有变异位点中均未发现连续G-＞A的高度突变.两组B亚型内平均基因离散率分别为3.7%和3.5%,B亚型与其他亚型之间的基因离散率则为11.1%～12.5%.河南及上海地区B亚型共享序列与国际共享序列进行比对,氨基酸变异的比例均为2.2%(5/231),其中有3个变异位点相同,分别为A14P、191V及E180D,而这两个共享序列之间的差异仅为0.9%(2/231).进化树分析亦表明所有样本中大多为B亚型,且与源自泰国的B'亚型相距较近.结论河南及上海地区的B亚型之间有较高的同源性,p24蛋白有共同的氨基酸变异位点.     

长期不进展人类免疫缺陷病毒-1感染者准种膜蛋白V3环氨基酸特点分析

目的 了解长期不进展HIV-1感染者HIV-1准种膜蛋白V3环氨基酸序列特征及变异特点.方法 应用终点有限稀释套式PCR方法,对5例长期不进展HIV-1感染者不同时间点单个HIV-1前病毒env基因c2-v3-c3区域进行扩增和序列测定,用序列确证分析技术分析env基因区V3环氨基酸序列特征.结果 5例患者不同随访时间点获得的准种序列中,V3环35个氨基酸中出现多样性的位点分别有1～10个不等,同一患者不同随访时间点准种优势株序列完全一致或仅有1～2个位点不同;4例患者V3环顶端四肽为GPGR,1例患者为GPGK,同一患者不同随访时间点V3环顶端四肽一致;根据V3环11和25位氨基酸及V3环的电荷推测HIV-1辅助受体均为趋化因子受体(CCR)5.结论 长期不进展HIV-1感染者V3环序列存在不同程度变异,顶端四肽稳定性高,感染的HIV-1毒株可能为非合胞体诱导型毒株.     

2009年上海地区甲型流行性感冒流行及甲型H1N1病毒分离株变异分析

目的 了解2009年上海地区人群流行性感冒(流感)的流行特征和流行期间甲型H1N1分离株基因和抗原的变异.方法 采集2009年上海地区哨点医院和学校聚集性流感样患者咽拭子标本,接种犬肾细胞(MDCK细胞)分离流感病毒,直接荧光免疫法鉴定流感病毒型,RT-PCR法鉴定亚型,对部分甲型H1N1流感病毒进行血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)等片段全基因测序,分析甲型H1N1流感病毒HA、NA等基因变异.结果 2009年上海地区冬春季人群流感中,季节性H1N1和H3N2流感同时存在,进入第32周时,甲型H1N1和季节性H3N2流感同时流行,第40周后主要是甲型H1N1流行.甲型H1N1流行株HA进化分析显示,不同区域、不同月份分离株互有穿插,上海地区分离株聚集成簇形成一个分枝,与西班牙、俄罗斯、丹麦等国的流行株接近.HA演绎推导氨基酸位点虽有变异,但都不位于抗原决定区域;NA基因演绎推导氨基酸位点未观察到274位点及与耐奥司他韦药物相关其他位点的变异;PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和第701位氨基酸分别是谷氨酸和天冬氨酸,为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点.结论 2009年上海地区冬春季人群流感,季节性H1N1和H3N2同时流行,夏秋季开始甲型H1N1、季节性H3N2在人群中同时流行,之后以甲型H1N1为主.甲型H1N1与早期分离株比较有一定变异,但尚未出现流行病学意义的抗原漂移株,仍表现为对人的高亲和力和低致病性特征.     

获得性免疫缺陷综合征患儿抗病毒治疗后耐药基因变异分析

目的 观察接受联合抗病毒治疗获得性免疫缺陷综合征(AIDS)患儿人类免疫缺陷病毒(HIV)的蛋白酶、逆转录酶及蛋白酶切割位点的耐药基因变异。方法 利用套式逆转录聚合酶链反应(RT—PCR)从7例接受蛋白酶和逆转录酶抑制剂抗病毒治疗的AIDS患儿的血浆中扩增HIV的蛋白酶、逆转录酶、gag和部分pol基因，直接将PCR产物进行核苷酸序列测定或克隆后测序，分析测序结果，确定耐药基因变异。结果 有6例患者发生了多位点蛋白酶和逆转录酶耐药基因变异，其中2例患者在发生多位点蛋白酶和逆转录酶耐药基因变异的基础上出现了gag蛋白酶切割位点的耐药基因变异。结论 大部分长时间(33～106个月)接受蛋白酶和逆转录酶抑制剂联合抗病毒治疗的AIDS患儿体内HIV发生了蛋白酶和逆转录酶耐药基因变异，其中只有少数患儿的HIV发生了gag蛋白酶切割位点的耐药基因变异。     

中国人类免疫缺陷病毒-1感染者细胞毒性T淋巴细胞特异性应答

目的 探讨中国人类免疫缺陷病毒（HIV）／艾滋病（AIDS）患者HIV特异性细胞毒性T淋巴细胞（CTL）应答的特征。方法 以HIV-1 B、C亚型构建的2个全基因组肽库作为抗原，通过酶联免疫斑点（ELISPOT）法检测HIV／AIDS患者HIV特异性CTL应答。结果 无论HIV-1 B亚型还是HIV-1 C亚型所构建肽库的应答效应和频率主要集中在Gag和Nef蛋白，其他蛋白也有不同程度的应答。HIV-1 B、C亚型间应答比较，整体范围大致相同，但单个肽段水平还存在着一定差异，B亚型应答频率最高的是Nef的GPKEPFRDYVDRFYKTLR（5／17，29．4％）和Gag的LWVYHTQGYFPDWQNY（5/17，29．4％），C亚型应答频率最高的是Gag的GPKEPFRDYVDRFFKTLR应答频率为35．29％。结论 中国人群CTL应答多集中在Gag和Nef蛋白，B、C亚型在单个肽段水平略有差异。提示中国人群的CTL应答研究对设计针对中国人群的HIV疫苗有较重要的意义。     

长期不进展人类免疫缺陷病毒-1感染者准种膜蛋白V3环氨基酸特点分析

目的 了解长期不进展HIV-1感染者HIV-1准种膜蛋白V3环氨基酸序列特征及变异特点.方法 应用终点有限稀释套式PCR方法,对5例长期不进展HIV-1感染者不同时间点单个HIV-1前病毒env基因c2-v3-c3区域进行扩增和序列测定,用序列确证分析技术分析env基因区V3环氨基酸序列特征.结果 5例患者不同随访时间点获得的准种序列中,V3环35个氨基酸中出现多样性的位点分别有1～10个不等,同一患者不同随访时间点准种优势株序列完全一致或仅有1～2个位点不同;4例患者V3环顶端四肽为GPGR,1例患者为GPGK,同一患者不同随访时间点V3环顶端四肽一致;根据V3环11和25位氨基酸及V3环的电荷推测HIV-1辅助受体均为趋化因子受体(CCR)5.结论 长期不进展HIV-1感染者V3环序列存在不同程度变异,顶端四肽稳定性高,感染的HIV-1毒株可能为非合胞体诱导型毒株.     

长期不进展人类免疫缺陷病毒-1感染者准种膜蛋白V3环氨基酸特点分析

目的 了解长期不进展HIV-1感染者HIV-1准种膜蛋白V3环氨基酸序列特征及变异特点.方法 应用终点有限稀释套式PCR方法,对5例长期不进展HIV-1感染者不同时间点单个HIV-1前病毒env基因c2-v3-c3区域进行扩增和序列测定,用序列确证分析技术分析env基因区V3环氨基酸序列特征.结果 5例患者不同随访时间点获得的准种序列中,V3环35个氨基酸中出现多样性的位点分别有1～10个不等,同一患者不同随访时间点准种优势株序列完全一致或仅有1～2个位点不同;4例患者V3环顶端四肽为GPGR,1例患者为GPGK,同一患者不同随访时间点V3环顶端四肽一致;根据V3环11和25位氨基酸及V3环的电荷推测HIV-1辅助受体均为趋化因子受体(CCR)5.结论 长期不进展HIV-1感染者V3环序列存在不同程度变异,顶端四肽稳定性高,感染的HIV-1毒株可能为非合胞体诱导型毒株.