基于网络药理学、分子对接和实验验证探讨固本解毒方治疗肺癌作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接方法探讨固本解毒方治疗肺癌的作用机制,并进行实验验证。方法 通过TCMSP、本草组鉴（HERB）、PubChem、SwissTargetPrediction、UniProt数据库筛选固本解毒方药物活性成分及其作用靶点。通过GEO、GeneCards、OMIM、Malacards数据库获取肺癌相关靶点,与固本解毒方活性成分靶点取交集。利用STRING数据库建立蛋白相互作用（PPI）网络,使用Cytoscape3.8.0软件CytoNCA插件筛选PPI网络核心靶点,利用DAVID6.8数据库进行GO和KEGG通路富集分析。使用AutoDock Vina软件进行分子对接,模拟主要活性成分与关键靶点的结合强度。采用MTT实验检测细胞存活率,Western blot检测固本解毒方对肺癌A549细胞Bax、Bcl2、p-Akt、p-GSK-3β蛋白的影响。结果 固本解毒方活性成分共237种,药物与肺癌交集靶点880个,PPI网络核心靶点有AKT1、EGFR、TNF、IL6、STAT3、PIK3CA、mTOR等,GO富集分析显示生物过程主要富集在蛋白酪氨酸/丝氨酸磷酸化...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨泽泻治疗动脉粥样硬化作用机制

目的：利用网络药理学及分子对接技术探讨泽泻治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、Swiss Target Prediction数据库筛选泽泻的活性成分及相关靶点。利用Gene Cards、OMIM、TTD等数据库检索动脉粥样硬化疾病相关靶点,最后得到泽泻与动脉粥样硬化的共同靶点,并进行GO生物进程及KEGG通路富集分析,应用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。结果：泽泻的10个主要活性成分和327个潜在靶点,可能通过调节磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）、白细胞介素（IL）、表皮生长因子等相关蛋白及PI3K-Akt、IL-17、AGE-RAGE等信号通路影响脂质代谢、类固醇代谢、炎症反应,分子对接验证结果提示泽泻醇B、泽泻醇C、泽泻醇A与核心靶点蛋白结合活性更显著。结论：泽泻通过调节脂质代谢、抗炎、抗氧化应激、调节内皮功能等反应发挥抗动脉粥样硬化的作用,为临床应用提供了药理依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨桂枝汤治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接研究桂枝汤治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)的分子机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获取桂枝汤组方中药的活性成分及相关靶点,通过Cytoscape 3.9.1构建“桂枝汤-活性成分-作用靶点”网络并进行拓扑分析,筛选桂枝汤治疗AS的关键活性成分。借助GeneCards、DisGeNET、DrugBank数据库筛选AS疾病靶点;将中药活性成分相关靶点与疾病靶点导入Venny 2.1.0软件,获取交集靶点,即为桂枝汤治疗AS的潜在靶点。将潜在靶点导入到STRING 11.0数据库构建蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)网络并进行拓扑分析筛选核心靶点。使用R软件对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes ...     

基于网络药理学及分子对接研究三七总皂苷治疗肾纤维化的作用机制

目的：本研究利用网络药理学及分子对接技术预测三七总皂苷入血成分的抗纤维化作用机制,探讨其药效物质基础及作用途径。方法：检测并确定三七总皂苷的主要入血成分为潜在活性成分,采用PharmMapper系统,结合CooLGeN及GeneCards服务器筛选成分的潜在靶点;通过DAVID平台进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用STRING数据库和Cytoscape软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及“入血成分-靶点-通路-疾病”网络;使用Autodock Vina软件对入血成分与潜在关键靶点进行分子对接。结果：确认三七总皂苷入血成分20个,得到入血成分治疗肾纤维化的潜在靶点31个,涉及细胞内信号转导、凋亡、增殖、基质分解等生物过程和PI3K-AKT、Rap1、HIF-1、FoxO等8个显著相关信号通路。网络分析表明,AKT1、SRC、CASP3、NOS2、EGFR等是抗肾纤维化的关键靶点。分子对接结果显示,入血成分人参皂苷Rh2、丙二酰人参皂苷Rb1、人参皂苷Rb1、人参皂苷Rg2、人参皂苷Rb3、人参皂苷Rb2、人参皂苷Rg3等与主...     

基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫的潜在作用机制,并通过动物实验验证其预测靶点的可靠性。方法：结合文献,借助TCMSP、CTD 数据库,获取风引汤的活性成分及其相关分子靶点;通过GeneCards、DisGeNET、TTD 和OMIM 数据库检索癫痫相关的基因,运用Cytoscape3.7.0 软件构建风引汤治疗癫痫的蛋白相互作用网络和成分-靶点网络,筛选出风引汤治疗癫痫的关键靶点;利用R 软件将关键靶点进行GO 功能和KEGG 通路富集分析;通过分子对接进行半柔性对接反向验证并运用实时荧光定量PCR法对关键靶点进行验证。结果：筛选出风引汤治疗癫痫的活性成分134 个,与癫痫的共有靶点46 个,其中风引汤抗癫痫的关键靶点主要包括半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）、转录因子AP-1（JUN）、Myc 原癌基因蛋白（MYC）、前列腺素G/H 合成酶2（PTGS2） 和过氧化氢酶（CAT） 等,涉及信号通路有AGE-RAGE 信号通路、p53 信号通路、神经退行性信号通路等。实时荧光定量PCR 实验证明风引汤能降低癫痫大鼠海马中CASP3、JUN mRNA 表达（P＜0.05）,升高CAT mRNA 表达（P＜0.05）。结论：风引汤治疗癫痫主要作用靶点与CASP3、JUN、CAT 有关,其作用机制可能与AGE-RAGE、p53、神经退行性等信号通路相关。     

基于网络药理学及分子对接探究胎元饮治疗先兆流产的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法探究胎元饮治疗先兆流产的药理机制,为其临床运用及进一步研究提供参考。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取胎元饮中的8味中药白芍、白术、陈皮、当归、杜仲、甘草、人参、熟地黄的主要化学成分及其靶点,根据药物药动学特征筛选中药活性成分;通过GeneCards数据库、DrugBank数据库、OMIM数据库、TTD数据库、PharmGKB数据库获取先兆流产的疾病靶点;利用R语言(R i386 4.0.5)将药物有效活性成分靶点与疾病靶点取交集并绘制韦恩图;通过Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图及分析;利用STRING 11.0数据库及Cytoscape 3.7.2软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建及分析;运用R语言对交集靶点进行靶点基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后运用AutoDock Tools 1.5.6软件对核心靶点蛋白及主要有效成分进行分子对接验证。结果 共获得胎元饮有效成分191个、作用靶点307个,先兆流产疾病相关靶点1849个,“药物-...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨鱼腥草治疗前列腺癌分子作用机制

目的 探究鱼腥草抗前列腺癌的作用机制、关键靶点及关键活性成分。方法 采用网络药理学方法,通过中药系统药理学分析平台、UniProt数据平台、GeneCards数据库、OMIM数据库、Drug Bank数据库、微生信息数据处理平台、String数据库、Cytoscape3.9.1软件、DAVID数据库等,筛选出鱼腥草的活性成分、对应靶点及相关信号通路,并运用Autodock Vina软件、Pymol软件对关键活性成分及核心靶点进行分子对接。结果 鱼腥草治疗前列腺癌的共同靶点有98个,PPI网络分析显示EGFR、AKT1、ESR1、HRAS等为关键靶点,KEGG富集分析显示癌症通路、前列腺癌通路、PI3K-Akt信号通路是鱼腥草作用于前列腺癌的关键通路。分子对接结果显示,鱼腥草治疗前列腺癌的主要活性成分菠菜甾醇、山奈酚、鱼腥草素等与核心蛋白AKT1、ESR1等存在较好的结合性。结论 鱼腥草可能通过作用于PI3K-Akt信号通路,影响下游HRAS相关蛋白表达,影响前列腺癌生长的效果,为后续探究鱼腥草治疗前列腺癌提供研究思路。     

基于网络药理学联合分子对接探究葛根芩连汤干预动脉粥样硬化的潜在分子机制

目的 基于网络药理学联合分子对接探究葛根芩连汤（GQL）干预动脉粥样硬化（AS）的潜在分子机制。方法 从中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选GQL中各药材的活性成分及靶点,从7个数据库中查找AS相关基因,确定GQL治疗AS的靶基因。利用Cytoscape 3.8.0构建“成分-靶点”网络。利用STRING建立蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并通过CytoNCA拓扑分析筛选核心靶点。运用R clusterProfiler对目标基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析,预测其富集的信号通路并以多种图可视化展示。最后将活性强度前10位的成分作为配体,与筛选得到AS核心靶点进行分子对接分析,并与阿托伐他汀的结合度进行对比。结果 得到GQL活性成分150个,AS疾病靶点20 289个,交集靶点213个。经过筛选,获取核心交集靶点48个,GO和KEGG富集分析发现其功能主要与细胞核受体活动、配体的激活、转录因子活动等有关,富集在流体剪切力与AS、晚期糖基化终产物及其受体（AGE/RAGE）、白细胞介素-17（IL-17）、肿瘤坏死因子（TNF）、Toll样受体通路等与AS关系密切的信号通路。分子对接结果显示GQL效应成分与AS核心靶点结合较好,甚至优于阿托伐他汀,结合度最好的5组关系分别是葛根素-TNF,黄芩素-诱导型一氧化氮合酶（NOS2）,葛根素-NOS2,芒柄花黄素-NOS2,汉黄芩素-NOS2。结论 以上研究为该经典名方日后进一步探索提供了新思路。     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制.通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点.使用Cytoscape软件,构建“活性成分-靶点”网络图,利用STRING平台绘制PP...     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS结合网络药理学及分子对接研究益母草水提物治疗动脉粥样硬化的作用机制

[目的] 本研究利用超高压液相色谱串联四级杆飞行时间质谱（UPLC-Q-TOF-MS/MS）技术结合网络药理学及分子对接的方法,探究益母草水提物抗动脉粥样硬化的物质基础与分子机制。[方法] 首先依据UPLC-Q-TOFMS/MS表征与鉴定益母草水提物主要化学成分,通过中药系统药理学数据库与分析平台、SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,并与在GeneCards数据库、OMIM数据库和DisGeNET数据库中获取的动脉粥样硬化相关靶点交集获得核心靶点。其次通过String数据库构建蛋白互作网络,导入Cytoscape3.7.1软件构建蛋白互作网络和“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并进行拓扑结构分析。通过DAVID数据库对靶点基因进行GO功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后通过AutoDockTools将关键活性成分与核心靶点进行分子对接。[结果] 本研究获得益母草水提物治疗动脉粥样硬化的可能相关活性成分7个,潜在作用靶点259个。益母草水提物活性成分可能通过调控白细胞介素（IL）-6、肿瘤坏死因子（TNF）、IL-1β、血管内皮生长因子A（VEGFA）和c-myc等核心靶点及磷脂酰肌醇3激酶蛋白激酶B（PI3K/Akt）、TNF、低氧诱导因子-1（HIF-1）等信号通路达到抗动脉粥样硬化的作用。[结论] 本研究基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术,通过网络药理学方法发现益母草抗动脉粥样硬化可能是通过多靶点、多成分起作用,为进一步开展相关实验提供依据。     

基于网络药理学方法探讨通塞脉片治疗动脉粥样硬化的作用机制

该研究利用网络药理学方法探索通塞脉片治疗动脉粥样硬化的药效物质和分子作用机制。经分子对接、分子-靶蛋白网络分析发现,通塞脉片中有97个分子可与动脉粥样硬化相关靶蛋白产生较好的相互作用(对接得分大于等于7),其中37个分子可作用于2个以上靶点,且具有较高的介数,推测这37个分子可能是通塞脉片治疗动脉粥样硬化的主要活性成分群。同时,所预测活性成分中含有较多的黄酮类和皂苷类化合物,提示该2类成分应在药效物质基础和质量标准研究中重点关注。靶点网络特征分析显示,通塞脉片主要活性成分可通过与Toll样受体(TLR1,TLR2)、基质金属蛋白酶(MMP1,MMP2,MMP3,MMP9)、血管紧张素转化酶(ACE)、白三烯A4水解酶(LTA4-H)、5-脂氧酶(5-LOX)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARα,PPARγ)等22个主要靶蛋白作用,起到调节炎症、增加斑块稳定性、保护内皮细胞、参与血脂调节及抗凝等作用,从而参与对动脉粥样硬化病理过程不同环节的调控,最终实现对动脉粥样硬化的治疗。该研究揭示了通塞脉片治疗动脉粥样硬化的主要药效物质及其可能的分子作用机制,印证了通塞脉片多成分、多靶点、整体调节的作用特点,为后续系统进行通塞脉片药效物质基础和作用机制实验研究提供了理论依据。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨清感冬饮治疗流行性感冒的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨清感冬饮治疗流行性感冒(简称流感)的作用机制.方法:查询TCMSP、ETCM及相关文献获取清感冬饮的药物成分,在Swiss Target Prediction预测筛选后药物成分的作用靶点;运用Genecards及OMIM获取流感的疾病靶点,利用Venny 2.1获取清感冬饮治疗流感...     

基于网络药理学和分子对接研究当归四逆汤治疗原发性痛经的机制

采用网络药理学、分子对接和体内实验研究当归四逆汤治疗原发性痛经(primary dysmenorrhea,PD)的药效基础与潜在的作用机制.通过TCMSP数据库检索当归四逆汤组成药材当归、白芍、通草、细辛、桂枝、大枣、甘草的化学成分,通过Drug-Bank搜集当归四逆汤化学成分的作用靶点.以“primary dysme...     

基于网络药理学和分子对接探讨防己黄芪汤治疗肾性水肿的机制与通路

[目的]基于网络药理学探讨防己黄芪汤治疗肾性水肿的潜在作用机制,并通过分子对接技术进行验证.[方法]运用中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选防己黄芪汤所含有效化合物,分别运用Uniprot、Swiss target predic-tion数据库获取防己黄芪汤作用靶点,根据Gene Card和OMIM数据库获取肾性水肿...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨糖网明目颗粒治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

[目的] 通过网络药理学和分子对接技术研究糖网明目颗粒治疗糖尿病视网膜病变（DR）的潜在分子机制,为糖网明目颗粒防治DR新药研发提供方向。[方法] 在中药系统药理分析平台（TCMSP）检索糖网明目颗粒组成药物的化学成分信息,通过PharmMapper服务器,Disgenet和GeneCards数据库建立活性成分靶点数据库和DR靶基因数据库,进行靶点匹配获取药物-疾病共同靶点。随后构建PPI网络图,并筛选核心靶点,构建中药-活性成分-核心靶点网络图。用R-4.1.1对药物-疾病共同靶点进行GO和KEGG富集分析。最后使用AutoDock软件进行分子对接分析,并用Pymol和Discovery Studio软件将结果可视化。在此基础上通过体外细胞实验对上述结果进行验证。[结果] 本文筛选得到糖网明目颗粒-DR共同靶点62个;GO富集分析确定了226个项目,KEGG通路富集筛选得到163条信号通路,主要有糖尿病并发症中的晚期糖基化产物（AGE）-晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、FoxO信号通路等多种途径。分子对接结果显示糖网明目颗粒的有效成分木犀草素、表儿茶素及花生四烯酸等能与靶蛋白骨形态发生蛋白2（BMP2）、表皮生长因子受体（EGFR）和纤维连接蛋白1（FN1）等形成较为稳定的分子结合。在高糖诱导的人视网膜母瘤细胞Y79中,糖网明目颗粒能够抑制EGFR和丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）14的蛋白表达。[结论] 本研究初步探讨了糖网明目颗粒治疗DR的作用机制,结果表明糖网明目颗粒治疗DR具有多成分,多靶点,多途径协同发挥药效的特点,为后续深入研发提供指导与部分依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨石菖蒲治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的:借助网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲治疗缺血性脑卒中(CIS)的作用机制.方法:以"石菖蒲"为关键词在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索其活性成分和作用靶点,利用Uniprot数据库对靶点蛋白信息进行标准化,构建中药、成分、靶点网络.利用GeneCards、TTD、OMIM和DRUGBANK 4个...     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...     

基于网络药理学整合体内实验探究脉络舒通丸抗血栓性浅静脉炎的作用机制

目的 基于网络药理学整合体内实验方法探究脉络舒通丸抗血栓性浅静脉炎（superficial thrombophlebitis,STP）的作用机制。方法 借助网络药理学方法,从药物及疾病相关数据库筛选脉络舒通丸的成分作用靶点及STP疾病相关靶点,根据拓扑特征值筛选关键靶点后,进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。将日本大耳白兔随机分为对照组、模型组、地奥司明（0.168 g/kg）组和脉络舒通丸低、中、高剂量（0.56、1.68、5.04 g/kg）组。除对照组外,其余各组均采用耳缘iv 20%甘露醇建立STP兔模型。造模同时各给药组连续ig给药14 d。采用苏木素-伊红（HE）染色法检测各组兔耳组织病理变化;ELISA检测各组血清中白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)和IL-6水平;Western blotting检测耳组织蛋白激酶B(pr...