基于网络药理学及分子对接技术探讨黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探究黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中(IS)的作用机制。方法 通过中医药整合药理学研究平台(TCMIP)V 2.0获取黄芪与丹参的活性成分及靶点,利用GEO数据库检索IS的靶点信息,构建蛋白互作网络(PPI)、成分-靶点网络,筛选黄芪-丹参治疗IS的关键成分和核心靶点,并利用Autodock 4.2软件进行分子对接技术验证,GO和KEGG富集分析预测黄芪-丹参治疗IS的分子机制。结果 共筛选出黄芪-丹参治疗IS的7个核心靶点和6个关键成分。GO生物过程涉及脂质定位、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性调节、脂质转运、急性炎症反应正向调控、脂肪酸转运等,KEGG通路富集主要集中在抗叶酸剂、一碳单位池、脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路等。分子对接结果提示黄芪-丹参中关键成分与核心靶点存在结合位点。结论 黄芪-丹参中多种活性成分通过调控靶点蛋白,调节叶酸代谢、脂肪代谢、炎症反应等信号通路,发挥了对IS的治疗作用。     

基于网络药理学探究三物白散治疗胃癌的机制

目的基于网络药理学的方法,探讨三物白散治疗胃癌的作用机制。方法分别利用TCMSP、 BATMAN-TCM数据库结合文献筛选,获得三物白散的活性成分及相关靶点;利用Cytoscape构建成分-靶点网络图;利用GEO、Genecards、OMIM数据库获得胃癌相关靶点;在线分析工具制作韦恩图获得三物白散作用于胃癌的靶基因;利用String网站构建靶基因的PPI网络;利用R软件获得PPI网络中的关键基因。将三物白散中主要活性成分与PPI中的关键靶基因进行分子对接。利用Metascape在线工具对靶基因进行GO(基因本体论富集)、KEGG(通路富集)分析、蛋白互作网络构建及模块分析。结果筛选得到三物白散的活性成分46个,相关靶点387个,作用于胃癌的靶点289个,基因富集分析结果涉及激素水平调节、血液循环的正调节、脂质代谢调节等过程,涉及通路包括癌症通路、脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路、cAMP信号通路、细胞凋亡、HIF-1信号通路、TNF信号通路等。结论三物白散可能通过调节缺氧、炎症与代谢相关因子、通路,改善肿瘤微环境,从而发挥治疗胃癌作用。     

基于网络药理学探讨牛膝治疗骨关节炎的分子机制

目的基于网络药理学探讨牛膝可能的物质基础,分析牛膝治疗骨关节炎可能的分子机制。方法通过TCMSP数据库挖掘获取牛膝的活性成分、作用靶点,GeneCards和OMIM数据库预测和筛选牛膝活性成分治疗骨关节炎的作用靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-作用靶点网络,采用String 10.0构建蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络,最后通过GO分析和KEGG通路富集分析牛膝防治骨关节炎的作用机制。结果共筛选得到牛膝180个活性成分,涉及1035个作用靶点。结论网络分析结果表明,牛膝主要涉及细胞过程、代谢过程、对应激的应答等生物过程,通过调节AGE-RAGE、IL-17、TNF等信号通路来发挥治疗骨关节炎作用。研究体现了牛膝多成分-多靶点-多途径的作用特点,为进一步开展牛膝治疗骨关节炎作用机制的研究提供了新的思路与方法。     

基于网络药理学与分子对接探讨木瓜治疗膝骨关节炎的分子机制

目的:基于网络药理学探索木瓜治疗膝骨性关节炎的分子作用机制。方法:基于口服生物利用度(OB)及药物相似性(DL),通过中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选木瓜的主要活性成分。运用GeneCards、OMIM数据库建立膝骨性关节炎靶标数据库。通过Cytoscape 3.7.1软件构建"活性成分-作用靶标-疾病"可视化交互网络;运用STRING数据库构建蛋白互作网络,分析相关蛋白互作关系;对核心靶点进行京都基因与基因百科全书(KEGG)通路及基因本体(GO)生物过程富集分析。通过Discovery Studio软件对药物活性成分与疾病靶点进行分子对接验证。结果:筛选得到木瓜活性成分3个,涉及44个作用靶点。网络分析结果表明,靶点主要涉及调节细胞代谢、凋亡等生物学过程,通过调节细胞凋亡、肿瘤坏死因子(TNF)、p53、核转录因子-κB(NF-κB)、糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)等信号通路来发挥治疗膝骨关节炎的作用。分子对接结果表明,木瓜活性成分与膝骨性关节炎的血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-6(IL-6)、雌激素受体1(ESR1)等靶点对接吻合度较好。结论:木瓜治疗膝骨性关节炎具有多系统、多成分、多靶点的特点;其可能的作用机制包括控制炎症,调控关节软骨代谢、生长和修复,促进细胞增殖、分化,抑制细胞凋亡和抵抗氧化应激等以达到控制疾病发生发展的目的;木瓜中槲皮素、白桦脂酸、表儿茶酸等活性成分可能是其治疗膝骨性关节炎的物质基础。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗扩张型心肌病的机制研究

目的运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗扩张型心肌病(DCM)的作用机制。方法通过网络药理学相关数据库获取黄芪主要活性成分及对应靶点,在疾病靶点数据库中获取DCM的疾病靶点。通过Cytoscape 3.6.0软件构建成分—靶点—通路—疾病网络,采用String数据库构建蛋白质相互作用网络,使用DAVID及Metascape数据库对相关靶点进行分析,探讨黄芪治疗DCM的作用机制。结果本次研究筛选到黄芪24种有效成分,49个潜在的作用靶点,其中黄酮类与皂苷类有效成分涉及49个靶点,其他类涉及5个作用靶点。通过生物信息学分析,潜在靶点涉及的生物过程主要包括血液循环系统、脂多糖介导的通路、一氧化氮生物合成、小分子代谢、活性氧的合成与代谢等,通过调节HIF-1、cGMP-PKG、cAMP、Apelin、心肌细胞肾上腺素能、MAPK、IL-17、钙信号等通路发挥治疗DCM的作用。结论黄芪中黄酮类、皂苷类活性成分可能是治疗DCM的物质基础,机制具有多成分—多靶点—多途径的特点,涉及改善能量代谢、抗细胞凋亡、抗心肌纤维化等。     

黄芪-党参药对治疗胃癌的网络药理学研究

目的运用网络药理学探讨黄芪-党参药对治疗胃癌的作用机制。方法通过DisGeNET数据库检索胃癌的相关靶点。使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄芪、党参的潜在活性成分和作用靶点,借助PubChem数据库,预测黄芪-党参药对活性成分的所有潜在靶点,并将活性成分预测的靶点与疾病靶点取交集,获取黄芪-党参药对治疗胃癌的靶点集。使用Auto Dockt Vina对筛选所得的主要活性成分及主要相关靶点进行分子对接验证。通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Cytoscape 3.7.1构建"药物-化合物-靶点-通路-疾病"网络及蛋白相互作用(PPI)网络,研究其作用机制。结果"药物-化合物-靶点-通路-疾病"网络包括52个活性化合物、62个作用靶点以及34条通路,关键化合物为3-β-Hydroxymethyllenetanshiquinone、黄芪皂苷Ⅰ、咖啡酸、异阿魏酸等,关键靶点涉及MAPK、PI3Ks、EGFR、NF-κB1等;PPI网络关键靶点主要为STAT3、PIK3CA、MAPK1、HRAS等。GO富集分析共涉及264个生物过程(BP),38个细胞组分(CC)以及57个分子功能(MF);KEGG通路富集分析筛选得到34条与胃癌相关的通路,主要为癌症通路、PI3K-Akt信号通路等。结论黄芪-党参药对可能是通过介导PI3K-Akt等信号通路调控肿瘤细胞的增殖、凋亡、迁移、失巢凋亡及血管生成等生物过程进而达到治疗胃癌的目的。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的作用机制

目的基于网络药理学探讨黄芪治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的潜在作用机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选出黄芪中的潜在活性成分,整合TCMSP数据库、靶点预测网站(Swiss Target Prediction)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GCBI文献数据库和人类基因数据库(Genecards),预测和筛选其治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的作用靶点,运用韦恩图(Venny 2.1.0)对药物靶点和疾病靶点进行匹配。通过Systems Dock Web Site对主要活性成分和作用靶点进行分子对接验证。运用String数据库和Cytoscape软件构建绘制蛋白质相互作用网络,并用DisGeNET数据库对作用靶点进行类型归属。采用DAVID数据库对黄芪核心作用靶点进行生物功能和代谢通路分析,借助Cytoscape软件构建"药物-活性成分-核心靶点-通路-疾病"网络。结果筛选得到黄芪25个潜在活性成分,涉及9个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分有3个,主要通过调控TNF、NF-κB、MAPK、Toll样受体、TGF-β信号通路发挥治疗作用。结论黄芪对类风湿关节炎合并肺间质纤维化的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的作用机制提供了科学依据。     

基于网络药理学的黄芪建中汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制研究

目的筛选黄芪建中汤中治疗慢性萎缩性胃炎的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点,建立单味药-活性成分-作用靶点网络,进一步探讨黄芪建中汤治疗慢性萎缩性胃炎的潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台(TCMSP)中的药动学参数[口服利用度(OB)和药物相似性(DL)]筛选黄芪建中汤的潜在活性成分,整合靶点预测网站服务器(STPD)与人类基因数据库(Genecard)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)预测和筛选其治疗慢性萎缩性胃炎的作用靶点,借助Cytoscape构建"单味药-活性成分-作用靶点"网络。通过Systems Dock Web Site对4个主要活性成分与作用靶点进行分子对接验证。采用String数据库与Cytoscape软件绘制蛋白质相互作用网络,并利用Dis Ge NET数据库对作用靶点类型进行归属。采用DAVID数据库对黄芪建中汤作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。结果通过OB和DL参数筛选得到118个潜在活性成分,共涉及16个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分为52个,主要通过调控癌症通路、病灶黏连、精氨酸和脯氨酸代谢、血管内皮生长因子(VEGF)信号转导与神经营养因子信号通路等发挥对慢性萎缩性胃炎的治疗作用。结论黄芪建中汤对慢性萎缩性胃炎的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制与物质基础提供了科学依据。     

基于肝气虚证与网络药理学探讨黄芪-柴胡干预肝炎的作用机制

目的：从肝气虚证角度并通过网络药理学探讨黄芪-柴胡干预肝炎的作用机制。方法：检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库,筛选黄芪-柴胡干预肝炎的活性成分和作用靶点。构建化合物-靶点-疾病网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,进行拓扑学分析,筛选关键药效分子和核心靶点。对作用靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并用Cytoscape软件构建化合物-靶点-通路网络。结果：黄芪-柴胡通过升补肝气治疗肝炎患者肝气虚证。经网络药理学分析,筛选出黄芪-柴胡14个关键药效分子,19个核心作用靶点与其干预肝炎密切相关。分子对接结果显示,度值前10的核心靶点能与黄芪-柴胡的关键活性成分形成较稳定的构象,具有良好的结合活性。GO和KEGG结果主要涉及炎症、氧化应激、细胞增殖等生物学过程。结论：黄芪-柴胡或通过槲皮素、山柰酚、芒柄花素等活性成分作用于Toll样受体、Th17细胞分化、Th1和Th2细胞分化、PI3K/AKT、MAPK、IL-17等信号通路,参与调节氧化应激反应、肝脏炎症反应、细胞增殖等生物学过程,发挥干预肝炎的作用。     

基于网络药理学和分子对接探究罗布麻叶抗高脂血症的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接方法探究罗布麻叶（Apocynum venetum L. leaves,AVL）抗高脂血症的 活性成分和分子作用机制。方法依据中药药理学技术平台（TCMSP）数据库、SuperPred webserver、STITCH、 SwissTargetPrediction 和PharmMapper 数据库,筛选罗布麻叶的潜在活性成分、预测潜在作用靶点。从OMIM、 DrugBank 和GeneCard 数据库搜索高脂血症疾病的相关靶点信息,由Cytoscape 生物信息分析软件构建“分子- 靶点-疾病”网络。在String 数据库中构建蛋白互作网络并在Cytoscape 中进行可视化。采用Cytoscape 和 Bioconductor 数据库分别对交集靶点进行GO 和KEGG 通路富集分析,最终采用分子对接进行初步验证。 结果筛选出罗布麻叶中金丝桃苷、槲皮素和山柰酚等28 个活性成分,作用于丝氨酸/苏氨酸蛋白激 酶（AKT1）、肿瘤蛋白P53（TP53）和丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3/ERK1）等129 个潜在靶点,GO 分析发现罗 布麻叶治疗高脂血症的潜在靶点主要参与压力应激、脂质代谢和类固醇代谢等生物过程,KEGG 通路分析主要 涉及流体剪切应力与动脉粥样硬化、IL-17 和AGE-RAGE 等信号通路。分子对接结果表明潜在活性成分和 AKT1、TP53 和MARK3 等关键靶蛋白均能稳定结合。结论本研究初步阐述了罗布麻叶抗高脂血症的作用机 制,发现其通过脂质生物合成、炎症反应调控和氧化应激等过程发挥治疗高脂血症的作用。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗糖尿病肾病作用机制

目的利用网络药理学方法研究黄芪治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法以化合物的口服生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,依据中药药理学技术平台(TCMSP)数据库、小分子靶点预测平台(Swiss Target Prediction)、人类基因组注释数据库(Genecards)预测和筛选黄芪的活性成分及治疗DN的作用靶点。采用Metascape数据库对作用靶点的基因本体(GO)注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路进行富集分析和蛋白功能归属。结果从黄芪中筛选得到槲皮素、山柰酚、异鼠李素、芒柄花素、黄芪皂苷I～IV等24个活性成分,作用于172个DN靶点,筛选出表皮生长因子受体、血管内皮生长因子受体、丝裂原活化蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子等18个关键靶点。调节晚期糖基化终末产物及其受体(AGEs-RAGE)介导的信号通路、磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B/叉头框转录因子O(PI3K/Akt/Fox O)信号通路、核转录因子-κB(NF-κB)信号通路、Janus激酶/信号转导子和转录激活因子信号通路等关键代谢通路。参与物质代谢、氧化还原、信号转导、炎症反应等多种生物过程。结论黄芪及其活性成分通过多个靶点、多条通路发挥治疗DN的作用。     

基于网络药理学探讨黄芪-当归配伍活性成分改善血管内膜增生的作用机制

目的采用网络药理学方法探讨黄芪-当归配伍改善血管内膜增生的药效物质和可能的作用靶点。方法利用TCMSP数据库,获取黄芪-当归的有效成分,利用Pharmmaper数据库搜集活性成分所对应的靶标。通过Genecards、DigSeE和OMIM数据库,收集血管内膜增生相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。利用STRING获取预测靶蛋白之间的相互关系,根据相互关系大小筛选出核心靶标。利用Cytoscape 3.6.1软件,绘制"药物-成分-疾病-靶标"网络图、核心靶标相互作用网络图。用R语言进行核心靶标的KEGG通路富集分析和GO生物过程分析。结果收集到黄芪-当归药对的20个活性成分,共得到193个潜在药物作用靶点、487个潜在疾病靶点,主要作用于EGFR、ESR1、ALB、MAPK8、PGR等多个靶标,涉及PI3K-Akt、MAPK、Ras等多条信号通路以发挥抗血管内膜增生的作用。结论基于网络药理学方法,初步探讨了黄芪-当归配伍改善血管内膜增生可能的靶标和信号通路,可为黄芪-当归配伍作用机制的研究提供参考。     

中药治疗射血分数保留心衰的核心用药及其作用机制研究

目的 通过数据挖掘总结中药治疗射血分数保留心衰（heart failure with preserved ejection fraction,HFPEF）的核心用药,并使用网络药理学和分子对接的方法对核心中药的作用机制进行探索。方法 检索中国知网（CNKI）、万方数据（Wanfang）、维普网（VIP）、中国生物医学文献数据库（CBM）、PubMed、Cochrane Libarary和Embase数据库,收集治疗HFPEF疗效明确的方剂,使用R语言对方剂进行频次、关联规则和聚类分析,得到核心中药。通过TCMSP、GeneCards、GEO等数据库筛选核心中药有效成分和HFPEF相关靶点并取交集靶点,对交集靶点进行基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点网络和蛋白互作网络,并筛选关键成分和靶点。使用vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。结果纳入方剂103首,涉及中药131味,功效以补虚药和活血化瘀...     

基于分子对接技术虚拟筛选葛根治疗缺血性脑卒中的物质基础研究

目的在分子对接技术的基础上研究葛根治疗缺血性脑卒中的作用机制。方法采用分子对接技术将筛选出的葛根的活性分子与选取的21种缺血性脑卒中关键靶点进行对接,通过Cytoscape 3.1.1软件构建多成分-蛋白靶点网络模型。结果通过分子对接技术虚拟筛选,葛根中有28个活性小分子(比前期研究增加12个),其中有11种成分与10个或10个以上蛋白靶点有比较强烈的相互作用。结论分子对接技术有助于寻找葛根中治疗缺血性脑卒中的活性成分,同时也给中药复方的多成分、多靶点研究提供新的参考。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-R...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

含黄芪方剂组方规律及核心药对“黄芪-当归”分子机制的研究

目的借助中医传承辅助平台和网络药理学对"黄芪-当归"治疗虚劳的分子机制进行探讨。方法通过中医传承辅助平台挖掘《中药成方制剂》数据库中含黄芪的方剂、配伍组合及其主治疾病;探究含黄芪并治疗虚劳的方剂及配伍组合,明确"黄芪-当归"这一核心配伍药对。采用Batman-TCM、Gene Cards和OMIM等网络药理学技术构建药材-成分-靶点网络,并对靶点进行拓扑属性分析、聚类分析、GO分析和KEGG通路分析。结果《中药成方制剂》数据库中共收录含黄芪方剂459条,涉及中药641味。其中,"黄芪-当归"为主治虚劳的核心药对组合,与古籍记载、临床用药相吻合。网络分析表明该药对主要涉及免疫应答、氧化应激、信号传导等生物过程,通过调节pathwaysincancer、PI3K-Akt等信号通路来发挥治疗虚劳的作用。结论揭示了"黄芪-当归"药对治疗虚劳的分子机制,为黄芪及其组方的后续研究提供理论依据及参考。     

红花调控皮肤色素沉着网络药理学分析及实验验证＊

目的 利用网络药理学预测分析和动物模型试验验证的方法，对红花调控皮肤色素沉着的调控机制进行研究。方法 利用TCMSP数据库筛选红花的有效成分和相应的作用靶点，在GeneCards数据库收集皮肤色素沉着疾病的靶点，通过String数据库分析潜在靶点的蛋白互作，并利用David数据库对通路进行富集分析，随后采用Cytoscape3.7.2 软件构建有效成分-靶点-通路的网络。通过UVB豚鼠动物模型和蛋白芯片技术检测MAPK通路中关键蛋白的含量。结果 网络药理学预测了红花有22个活性成分和351个靶点，色素沉着疾病有203个靶点，红花活性物调控色素沉着的交集靶点有26个。其中，红花调控皮肤色素沉着的主要活性成分为槲皮素、木犀草素、黄芩素等；潜在的靶点为AKT1、MAPK1、EGFR等；核心通路为黑色素瘤、P13K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。动物蛋白芯片的实验结果显示，红花提取物参与调控MAPK/MITF通路，可抑制p38、p-JNK、p-MAPK1、MITF的表达水平。结论 本研究预测了红花治疗皮肤色素沉着可能的作用机制，为红花治疗皮肤色素沉着的应用和研究提供了参考。     

基于网络药理学的黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化作用机制探析

目的：运用网络药理学方法研究黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化(pulmonary fibrosis,PF)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME、SwissTargetPrediction预测和筛选出黄芪和水蛭的活性成分及作用靶点。通过TTD、GeneCards、OMIM和DrugBank等数据库获取PF相关靶基因。采用Venny平台对药物靶基因和疾病靶基因映射筛选,得到黄芪-水蛭药对治疗PF的潜在靶标,进而用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络。通过STRING 10.0数据库和Cytoscape 3.7.2软件筛选并构建疾病靶点相互作用网络。采用DAVID数据库对黄芪-水蛭的作用靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果：筛选出黄芪-水蛭药对潜在活性成分共60个,治疗PF的活性成分44个,作用靶点95个,关键靶点18个,涉及血管内皮生长因子受体、表皮生长因子受体、肿瘤坏死因子、白细胞介素-6、白细胞介素-1、基质金属蛋白酶等;潜在调控通路包括磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B (PI3K...     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析黄芪内生细菌多样性

目的分析黄芪内生细菌群落多样性,为筛选菌种发酵转化黄芪中活性成分的定向炮制工艺研究提供参考依据。方法应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定黄芪内生细菌的16 S rDNA V3-V4区域序列并进行物种丰度等生物信息分析。结果获得有效序列40 051条,操作分类单元(OTUs)967个,测序数量接近于饱和,测序数据量合理。黄芪内生细菌主要分布于Anderseniella属、芽孢杆菌属Bacillus、伯克氏菌属Burkholderia、不动杆菌属Acinetobacter、寡养单胞菌属Stenotrophomonas、海洋芽胞杆菌属Oceanobacillus 6个属。结论黄芪内生细菌群落多样性较低,Anderseniella属和芽孢杆菌属Bacillus是黄芪内生细菌的优势种群。