基于网络药理学探讨丹参-檀香治疗冠心病的作用机制

目的：应用网络药理学相应原理探讨丹参-檀香药对治疗冠心病（CHD）的作用机制。方法：在网络药理学的相应原理基础上,首先分别用“丹参”和“檀香”为关键词,在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中获取其活性成分和相应的靶点蛋白,在数据库检索“冠心病”,筛选出潜在的、可治疗CHD的“丹参-檀香”药对的靶点,然后在DAVID数据库和Matescape数据库中进行GO分析、KEGG的富集分析。结果：通过使用TCMSP进行检索,可得到檀香的有效成分有3个,丹参的有效成分有65个。在韦恩图中,筛选出的CHD与药对共有靶点27个。KEGG和GO富集分析表明丹参-檀香药对改善CHD可能与脂质与动脉粥样硬化途径、流体切应力和动脉粥样硬化途径有关。分子对接结果表明丹参-檀香能够与CHD相关靶点紧密结合。分析表明,丹参-檀香配伍后可能存在针对CHD的协同作用。结论：丹参-檀香药对治疗CHD的过程涉及多种有效成分、靶点和通路,该结果可进一步为研究丹参-檀香药对治疗CHD的作用机制提供相应参考。     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗冠心病的作用机制

目的:采用网络药理学方法解析丹参饮治疗冠心病的药理机制。方法:使用中药系统药理学分析平台(TCMSP),检索丹参、檀香、砂仁3味中药的有效成分和作用靶点。使用DisGeNET数据库检索冠心病靶基因。利用Cytoscape软件构建丹参饮化合物-冠心病靶点网络和靶点-通路网络。通过DAVID数据库进行生物功能和信号通路富集分析,预测丹参饮治疗冠心病的作用机制。结果:通过数据库筛选出丹参饮活性成分76个,相应靶基因156个,冠心病靶基因912个,丹参饮治疗冠心病靶点53个,核心作用靶点16个,相互作用节点96个,相互作用关系边838条,涉及生物过程84个,分子功能23个,信号通路11条。结论:丹参饮可能通过多靶点、多信号通路协同治疗冠心病。     

基于网络药理学探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制

目的：利用网络药理学的方法探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制。方法：运用TCMSP网络数据库对丹参-红花两味药主要有效成分及作用靶点进行筛选和挖掘,利用Cytoscape3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以OMIM在线分析平台挖掘冠心病的相关作用靶点,基于STRING数据库构建丹参-红花治疗CHD的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,然后进行拓扑分析,筛选出丹参-红花治疗冠心病的核心靶点。利用Metascape数据库对药物-疾病交集靶点进行生物通路及富集分析。结果：丹参-红花成分-靶点网络图包含87个有效成分,相对应靶点1 693个;核心靶点涉及TNF、白细胞介素-1B（IL-1B）、髓过氧化物酶（MPO）、血管细胞黏附蛋白1（VCAM1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、基质金属蛋白酶3(MMP3)等。结论：丹参-红花治疗冠心病主要靶点参与与流体剪切应力与动脉粥样硬化、活性氧代谢过程、DNA结合转录因子活性的正调控、蛋白质复合物装配的正调控、细胞活化的调节等相关,其中聚集在流体剪切应力与动脉粥样硬化的靶点最多。     

基于网络药理学研究加味黄连饮子治疗冠心病的作用机制研究

目的:采用网络药理学方法筛选加味黄连饮子中药的有效成分和作用靶点,分析治疗冠心病的作用机制。方法:通过中药系统药理数据(TCMSP)检索加味黄连饮子中药的所有化学成分并筛选作用靶点,构建成分靶点PPI网络。通过PharmGkb数据库检索冠心病相关基因,采用Cytoscape软件绘制疾病靶点PPI网络。利用Cytoscape软件进行网络合并,筛选核心网络,进行基因GO功能和KEGG通路富集分析。进一步对冠心病大鼠血清炎症因子、脑源性营养因子、血脂进行实验验证。结果:检索黄连、栀子、薤白、大黄、莲子心5味中药的所有化学成分,共检索出266个化学成分,根据OB、DL值筛选出23个化合物作为有效成分候选化合物。通过检索中药系统药理数据(TCMSP)共检索出419个靶点蛋白,构建成分靶点网络和疾病靶点网络。基因GO功能分析提示涉及对血小板活化及血管紧张素的影响、对细胞连接及神经生长的影响、对表皮生长因子及各种酶的影响、对钙离子通道的影响、对细胞周期的影响。基因KEGG通路富集分析发现与炎症介质对瞬时感受器电位(transient receptor potential,TRP)通道的调节、神经营养素信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、粘合连接通路有关。实验验证加味黄连饮子与模型组比较,TNF-α、IL-6、hs-CRP、BDNF、TG、TC、LDL-C水平均有明显降低,HDL-C水平明显升高。结论:加味黄连饮子治疗冠心病的可能机制包括调节血流动力学、炎症相关通路、神经营养、钙离子通道等。通过实验验证加味黄连饮子能够降低血清炎症因子及脑源性营养因子,调节血脂。     

基于网络药理学探讨血府逐瘀汤治疗冠心病的作用机制

目的:分析血府逐瘀汤治疗冠心病的作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索血府逐瘀汤的化学成分和靶基因,利用GeneCards获得与冠心病相关的靶基因,采用Cytoscape 3.7.2绘制中药成分-疾病靶基因网络图,采用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将PP...     

基于网络药理学探讨活络效灵丹治疗冠心病的作用机制

目的基于网络药理学方法探讨活络效灵丹治疗冠心病的有效活性成分及靶点的作用机制。方法本研究运用TCMSP数据库结合筛选条件确定活络效灵丹的主要有效活性成分及其作用靶点。利用GeneCards数据库和OMIM数据库获取冠心病作用靶点,取活络效灵丹和冠心病作用靶点的交集,对交集靶点进行蛋白质互相作用网络分析、基因功能富集分析和信号通路富集分析。结果筛选主要有效活性成分118种,并获得药物靶点197个。通过GeneCards数据库和OMIM数据库共获得7266靶点,药物作用靶点与疾病作用靶点交集基因172个,PPI蛋白互作网络分析得出STAT3、AKT1、JUN、MAPK1、APP、ERLA、CXCL8、IL6、MAPK14、EGFR等可能是活络效灵丹治疗冠心病的核心靶点。GO功能富集分析得到163个条目,KEGG通路富集分析获得69条信号通路,其中富集排名靠前通路主要有IL-17信号通路TNF信号通路、HIF-1信号通路、内分泌抵抗、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、PI3K-Akt信号通路、铂耐药、细胞凋亡、C型凝集素受体信号通路、Th17细胞分化、Toll样受体信号通路等。结论活络效灵丹治疗动冠心病具有多途径、多靶点的作用特点,为探析中医治疗冠心病提供参考。     

基于网络药理学探讨丹参治疗肝纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学技术筛选丹参治疗肝纤维化的作用靶点,并探讨其治疗肝纤维化的作用机制.方法利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选丹参的主要活性成分及相应靶点,并检索OMIM、Genecard数据库以筛选肝纤维化的作用靶点.基于筛选结果,建立药物成分-靶点基因-疾病关系网络,进行基因GO功能和KEGG通路...     

基于网络药理学探讨补阳还五汤治疗冠心病的作用机制

目的：采用网络药理学方法探讨补阳还五汤治疗冠心病的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取补阳还五汤的有效成分并预测活性成分所对应的靶标;通过Genecards、OMIM数据库,收集冠心病相关的靶点,并利用Venn图与药物作用靶点取交集,筛选补阳还五汤治疗冠心病的关键靶点。利用STRING平台建立预测靶蛋白之间的相互关系网络,根据联系密切程度筛选出核心靶标。用R语言进行核心靶标的GO生物过程分析和KEGG通路富集分析。结果：收集到补阳还五汤符合筛选条件的活性成分11个,药物与冠心病共同靶点192个,主要作用于AKT1、JUN、MAP激酶(MAPK1、MAPK8、MAPK14)、RELA、APP、白细胞介素(IL-6、CXCL8)、FOS、CTNNB1、ESR1、表皮生长因子受体(EGFR)、PRKCA、血管内皮生长因子A(VEGFA)等多个靶基因,调控流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、人巨细胞病毒感染、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎、前列腺癌、Kaposi肉瘤相关疱疹病毒感染、白细胞介素-17信号通路、丙型肝炎、TNF...     

基于网络药理学的丹参治疗视网膜静脉阻塞作用机制研究

目的:探讨丹参治疗视网膜静脉阻塞(RVO)的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索丹参的有效化学成分,并收集其对应的作用靶点;使用GeneCards数据库检索与RVO相关的靶点;采用ClusterProfiler R软件绘制交集靶点的韦恩图;采用STRING 11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-活性成分-疾病-靶蛋白"相互作用网络;采用ClusterProfiler R软件对靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:得到丹参有效成分41个、药物靶点70个、RVO靶点1705个,最终获得丹参治疗RVO的潜在作用靶点46个,KEGG通路76条。结论:丹参可能通过调控炎症反应、血管生成、凝血过程和细胞凋亡等对RVO发挥治疗作用。     

基于网络药理学研究川芎治疗冠心病的作用机制

目的基于网络药理学研究川芎治疗冠心病的作用机制。方法以化合物口服药物生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,根据中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库预测和筛选川芎化合物及治疗冠心病的作用靶点。然后,Cytoscape 3.5.1软件构建川芎化合物-靶点网络,String平台构建靶点蛋白相互作用网络,生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点基因进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果从川芎中筛选得到7个化合物,作用于31个冠心病靶点,关键靶点包括血管性血友病因子、凝血因子2、跨膜受体蛋白1、心肌细胞增强因子2 A、超氧化物歧化酶1、氧化氮合酶2等,参与对缺氧的反应、对过氧化氢的反应、血压调节、心脏发育、凝血功能等生物过程,调节补体级联与凝血级联、缺氧诱导因子-1信号通路、过氧化物酶体等代谢通路。结论川芎可能主要通过抗氧化、抗炎、抗凝血、促进血管生成、扩张血管、调节血压等方面来治疗冠心病。     

基于网络药理学探讨脑出血方治疗脑出血的作用机制

目的 应用网络药理学方法探讨脑出血方对脑出血的作用机制.方法 借助中药系统药理学技术平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)和BATMAN-TCM数据库检索并收集水蛭、虻虫、大黄、蒲黄、三七、石菖蒲、瓜蒌和龟板的所有化学成分,并以口服生物利用度(OB)≥30％,类药性(DL)≥0.18为标准,筛选出活性化学成...     

基于网络药理学的黄芪抗疲劳作用机制研究

目的基于网络药理学方法探讨黄芪抗疲劳可能的作用机制。方法根据课题组前期研究并结合中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)指认黄芪中的活性成分,采用Pharm Mapper网络服务器预测其作用靶点;在GeneCards、OMIM数据库中搜索抗疲劳靶点,采用Cytoscape 3.6.0软件构件黄芪活性成分-抗疲劳靶点网络;使用String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,通过度值(degree)筛选关键靶点并进行归属;使用DAVID数据库对黄芪抗疲劳作用靶点进行基因本体(GO)富集分析和KEGG通路富集分析,以探究黄芪抗疲劳的作用机制。结果获得黄芪中11种活性成分,包括毛蕊异黄酮葡萄糖苷、毛蕊异黄酮、芒柄花苷、芒柄花素、异黄烷、紫檀烷6种黄酮类成分,黄芪皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ 4种皂苷类成分及蔗糖。黄芪抗疲劳作用预测靶点有76个,网络分析结果表明,黄芪主要涉及一氧化氮的生物合成、过氧化氢反应、棕色脂肪细胞分化的正调节、活性氧代谢等生物过程,通过调节癌症通路,FoxO、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、低氧诱导因子-1(HIF-1)、血管内皮生长因子(VEGF)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、Ca~(2+)信号通路、氧化应激反应等来发挥抗疲劳作用。结论本研究体现了黄芪多成分-多靶点-多途径的作用特点,为进一步开展黄芪抗疲劳作用机制的研究提供了新思路和新方法。     

基于网络药理学的二陈汤治疗冠心病分子机制研究

目的应用网络药理学研究二陈汤治疗冠心病的作用靶点、代谢物、信号通路等,从而揭示其从痰瘀论治冠心病的分子机制。方法应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)、中药潜在靶点数据库(TCM-PTD)、中药综合数据库(TCMID),找到二陈汤的主要成分,并通过ChemMapper数据库进行靶点预测,筛选成分靶点。通过TTD、Drugbank、DisGeNET数据库进行检索,获得冠心病相关的疾病靶点。将疾病靶点与药物靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。应用STRING平台构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。应用Metabo Analyst数据库将上述筛选出成分进行代谢物分析,筛选出主要代谢物。采用Cytoscape的MetScape及ClueGO插件分别分析二陈汤治疗冠心病相关靶点的基因功能及代谢通路,构建二陈汤主要药物成分-代谢物-靶点-信号通路拓扑网络。结果经数据库分析共筛选出二陈汤的8种主要成分及与冠心病相关的靶点56个,同时筛选出与二陈汤主要成分相关的代谢物13个及相关信号通路13个;在此基础上构建了二陈汤的成分-靶点、成分-冠心病靶点及相关代谢及信号通路的共表达网络,发现二陈汤可能通过保护血管内皮、抗氧化应激、抗炎修复等多靶点、多途径发挥对冠心病的治疗作用。结论从多角度探索了二陈汤从痰瘀论治冠心病的潜在分子机制,揭示了二陈汤的药理作用,为其后续临床疗效评价指标的筛选提供了研究方向。     

基于网络药理学和生物信息学的丹参酮Ⅱ_A治疗冠心病的分子生物学机制分析

目的基于网络药理学和生物信息学方法分析丹参酮Ⅱ_A治疗冠心病(CHD)的分子生物学机制。方法利用Pharm Mapper数据库筛选出丹参酮Ⅱ_A的作用靶点,利用OMIM、GeneCards、CTD数据库筛选CHD疾病作用相关靶点。利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,利用Cytoscape构建蛋白相互作用网络,利用ClueGO插件进行GO分析和KEGG信号通路富集分析,利用Systemsdock数据库进行系统分子对接,利用i GEMDOCK软件进行分子对接来预测丹参酮Ⅱ_A对CHD作用靶点的结合性。结果筛选出丹参酮Ⅱ_A的潜在靶点173个;与CHD相关的靶点42个;信号通路49条。结论丹参酮Ⅱ_A治疗CHD具有多靶点、多通路作用的特点;其可能作用机制是通过调控CHD发展过程中的血压调节、细胞代谢、血管新生、内分泌、活性氧代谢等过程对CHD进行干预。     

基于数据挖掘和网络药理学的冠心病中医用药研究

目的:对冠心病中医病案进行用药规律的挖掘分析,运用网络药理学阐释作用机制.方法:运用Excel表格及Python软件将中国知网、万方数据及维普中文科技期刊数据库中收集的343例冠心病临床病案的证素以及用药进行频数统计、权值计算,获得核心中药.通过检索TCMSP、UniProt、TTD、Genecards、OMIM、DR...     

基于网络药理学探讨黄芪-当归配伍活性成分改善血管内膜增生的作用机制

目的采用网络药理学方法探讨黄芪-当归配伍改善血管内膜增生的药效物质和可能的作用靶点。方法利用TCMSP数据库,获取黄芪-当归的有效成分,利用Pharmmaper数据库搜集活性成分所对应的靶标。通过Genecards、DigSeE和OMIM数据库,收集血管内膜增生相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。利用STRING获取预测靶蛋白之间的相互关系,根据相互关系大小筛选出核心靶标。利用Cytoscape 3.6.1软件,绘制"药物-成分-疾病-靶标"网络图、核心靶标相互作用网络图。用R语言进行核心靶标的KEGG通路富集分析和GO生物过程分析。结果收集到黄芪-当归药对的20个活性成分,共得到193个潜在药物作用靶点、487个潜在疾病靶点,主要作用于EGFR、ESR1、ALB、MAPK8、PGR等多个靶标,涉及PI3K-Akt、MAPK、Ras等多条信号通路以发挥抗血管内膜增生的作用。结论基于网络药理学方法,初步探讨了黄芪-当归配伍改善血管内膜增生可能的靶标和信号通路,可为黄芪-当归配伍作用机制的研究提供参考。     

基于生物网络探讨防治冠心病药物作用机制

该文以冠心病疾病相关基因和靶点以及防治冠心病药物作用靶点为研究对象,分别构建冠心病疾病网络和防治冠心病药物作用网络,并对网络的度分布、特征路径长度、连通情况和异质性等网络拓扑特征参数进行分析,验证了网络的可靠性;在此基础上对2个网络取Intersection计算,对二者的交集子网络进行药物作用机制解析。所构建的冠心病疾病网络含有15 221个节点和31 177条边、防治冠心病药物作用网络含有15 073个节点和32 376条边,2个网络的拓扑特征参数表明均具有无标度和小世界的整体结构特性。本文以交集子网络中降钙素基因相关肽和IL-6激活JAK/STAT 2个反应途径为例,探讨阐释了药物防治冠心病的间接作用机制。研究结果表明将疾病网络与药物作用网络相互结合的生物网络分析方法有助于进一步深入认识药物治疗的作用机制,对于疾病的预防和治疗具有重要价值。     

基于网络药理学的黄芪治疗肾病综合征的机制研究

目的运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗肾病综合征(NS)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取黄芪主要活性成分,利用Pharm Mapper服务器、GeneCards和CoolGeN数据库预测和筛选黄芪活性成分的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,通过Systems Dock Web Site对成分与靶点进行分子对接验证。借助DAVID数据库对靶点进行GO分析和KEGG通路分析,采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路-疾病网络。结果筛选得到黄芪25个活性成分,涉及47个作用靶点。网络分析结果表明,靶点主要涉及氧化应激、足细胞凋亡和脂质代谢等生物过程,通过调节Ras、Rap1、MAPK、PI3K-Akt和AGE-RAGE等信号通路来发挥治疗NS的作用。结论黄芪中黄酮类、皂苷类等活性成分可能是其治疗NS的物质基础,其作用机制涉及抗细胞凋亡、抗氧化应激和调节脂质代谢等。     

基于网络药理学方法研究枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的作用机制＊

目的 通过网络药理学方法，对枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的作用机制进行研究。方法 收集枳实薤白桂枝汤中5味药的有效化合物，预测这些化合物对冠心病的作用靶点，对这些靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络图构建、基因本体（gene ontology，GO）富集分析和KEGG通路注释分析，将这些化合物与靶点进行分子对接。结果 枳实薤白桂枝汤共收集到51个有效化合物，作用于31个冠心病相关靶点，PPI网络图显示ALB、ACE、REN、F2、NOS3、MAPK1、MMP9、MMP2、PPARG、SELE为10个联系最多的靶点，联系最密切的3组靶点为凝血组、斑块稳定组、其他保护组。GO富集分析显示出76个生物过程、26个分子功能、14个细胞成分，通路注释分析显示出19条通路，155组分子对接结果显示91组具有较好的结合活性。结论 枳实薤白桂枝汤治疗冠心病具有多成分、多靶点的特点，可能通过抗凝血、稳斑块、抗氧化、抗炎症、降血脂、抑制RASS系统、增加NO保护、促进雌激素保护8个方面发挥治疗冠心病的作用。     

基于网络药理学探究黄芪-桂枝药对防治化疗引起的神经毒性的作用机制

目的 基于网络药理学方法探究黄芪-桂枝药对防治化疗引起的神经毒性的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)在线平台获取黄芪与桂枝的潜在活性成分及及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索与化疗引起的神经毒性相关靶点,将上述二者共有的靶点输入STRING数据库,获取蛋白质-蛋白质相互作用(pro...