基于癌症基因组图谱肺鳞状细胞癌免疫细胞浸润图景及预后分析

目的 探讨肺鳞状细胞癌组织免疫细胞浸润全景,构建预后风险评估模型,分析并评估患者的预后.方法 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库肺鳞状细胞癌全转录组数据,通过R 4.0.3软件利用CIBERSORT反卷积算法计算不同免疫细胞浸润相对含量,用单因素和多因素Cox回归分析建立预后风险评估模型,并用ROC曲线评估模型效能,...     

基于TCGA数据库探讨宫颈癌免疫细胞浸润模式与临床特征和预后的相关性

目的:探讨宫颈癌免疫细胞浸润模式与临床特征和预后的相关性.方法:从公共数据库癌症基因组图谱(TCGA)中下载所有宫颈癌转录本数据及相关临床数据,通过Cibersort软件计算22种浸润性免疫细胞类型的相对比例.采用Perl评估宫颈癌免疫细胞浸润模式与临床特征(年龄、临床分期、肿瘤分级)的相关性,通过K-M Log-Ra...     

皮肤黑色素瘤免疫细胞浸润模式及其与预后的相关性分析

目的:研究皮肤黑色素瘤的免疫细胞浸润模式,以及免疫细胞浸润与患者预后的关系.方法:从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库下载皮肤黑色素瘤转录本数据及相关临床数据,使用Cibersort软件的反卷积法计算22种免疫细胞的占比,采用R编程语言计算免疫细胞占比与性别的相关性,采用K...     

肿瘤突变负荷与免疫细胞浸润联合分析在胃癌预后评估中的临床意义

目的 研究肿瘤突变负荷(TMB)对胃癌(GC)患者预后的影响,并进一步探讨TMB与免疫细胞浸润的关系。方法 从TCGA数据库中下载GC患者体细胞基因突变数据、转录组数据及临床数据,使用R语言“maftools”软件包分析基因突变概况,并计算每个样本的TMB。将样本按TMB的高低分为两组,进行生存分析。使用“limma”包对高、低TMB两组的表达谱进行差异分析,利用R语言对差异基因进行GO及KEGG通路富集分析。基于ImmPort数据库筛选出差异免疫基因共97个。通过Cox回归分析,筛选出4个预后相关基因构建预后模型。通过TIMER数据库进一步评估GC突变基因和免疫细胞浸润之间的相关性。最后,使用Cox回归模型与生存分析评估免疫细胞的预后价值。结果 通过TCGA数据库共筛选出胃癌样本375例,正常样本32例。其中375例样本中C>T单核苷酸突变发生次数最多,GC中突变率最高的三个基因是TTN、TP53和MUC16;使用Kaplan-Meier法进行生存分析,发现高TMB值与更好的生存结果相关;筛选出816个差异表达基因进行基因通路富集分析,发现这些基因主要在肌肉系统的形成与含胶原蛋...     

CD40LG是与浸润性乳腺癌肿瘤微环境中免疫和基质相关的预后标志物

目的 旨在寻找与浸润性乳腺癌（BRCA）发生相关的肿瘤微环境（TME）相关基因,以预测其预后并为临床提供治疗靶点。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中检索到RNA转录组数据和临床相关数据。利用ESTIMATE算法计算基质评分和免疫评分。然后通过取交集筛选出差异表达基因（DEGs）。利用蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和单变量COX回归分析来确定DEGs中的核心基因。选取一个核心基因进行GSEA集富集分析和CIBERSORT分析,以分别区分核心基因表达的功能和肿瘤浸润免疫细胞（TICs）的比例。最终用Western blot和qRT-PCR对CD40LG的表达水平进行临床验证。结果 从TCGA中提取了1222个样本（124个正常样本和1098个肿瘤样本）进行分析,共获得了487个DEG。这些基因主要富集在与免疫相关的途径中。进一步的交叉分析揭示了11个关键基因,包括CD40LG、ITK、CD5、CD3E、SPN、IL7R、CD48、CCL19、CD2、CD52和CD2711,这些基因被证明与乳腺癌TME状态相关。挑选了CD40LG进行进一步研究,结果表明,CD40LG高表达BR...     

基于TCGA在宫颈癌肿瘤微环境中挖掘免疫疗效相关的预后基因

目的 结合生物信息学方法,使用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中宫颈癌表达谱数据,通过ESTIMATE算法分析肿瘤微环境挖掘有价值的预测免疫治疗疗效相关的预后基因.方法 从TCGA数据库下载宫颈癌数据,运用R软件ESTIMATE包将宫颈癌基因表达谱数据分为高低免疫/高低基质评分组,通过limma包计算各组差异基因,最终...     

基于免疫细胞浸润评分实现膀胱癌分型及预后风险评估

目的:基于免疫细胞浸润评分实现膀胱癌患者分型并构建预后风险评估模型。方法:首先从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载膀胱癌患者的转录组数据和临床数据。然后,采用单样本基因集富集分析方法计算16种免疫细胞的浸润评分。接着,通过无监督聚类实现膀胱癌患者的分型并分析不同分型的患者对免疫治疗和化疗药物敏感性的差异。随后,通过加权相关网络分析（WGCNA）识别与关键免疫细胞浸润显著相关的关键模块,并提取模块内的关键基因。最后,构建并验证膀胱癌预后相关的风险评分模型,并结合患者临床特征构建列线图并进行验证。结果:计算得到正常组织和肿瘤组织的免疫细胞浸润评分,确定B细胞、肥大细胞、中性粒细胞、辅助性T细胞和肿瘤浸润淋巴细胞为膀胱癌的关键免疫细胞。基于免疫细胞浸润评分将膀胱癌患者聚类为两类（聚类1′和聚类2）。与聚类1′患者比较,聚类2患者更能从免疫治疗中获益（P<0.05）,且聚类2患者对恩贝酸、多西他赛、环巴胺和阿卡地新更为敏感（P<0.05）。通过WGCNA筛选出35个与关键免疫细胞相关的基因,经LASSO Cox回归进一步筛选出四个与膀胱癌预后相关的基因（GPR171、HOXB3、...     

肿瘤浸润免疫细胞与乳腺癌新辅助化疗敏感性及预后关系的研究进展

乳腺癌在女性中已经成为发病率最高的癌症。现阶段对乳腺癌患者的主要治疗方案为局部手术治疗联合放化疗,而在实施手术治疗之前行新辅助化疗(NACT)已得到广泛应用。然而,只有小部分对NACT敏感的患者可从中获益,化疗耐药成为乳腺癌患者获得病理完全缓解亟需解决的问题之一。因此找到对乳腺癌NACT敏感性的新兴预测指标迫在眉睫,这将会对乳腺癌患者治疗方案的个性化制定大有裨益。研究表示,肿瘤周围浸润的免疫细胞的种类和数量与NACT疗效和预后密切相关,成为NACT敏感性和预后的重要预测因素。文章主要就乳腺癌中研究较多的几种肿瘤浸润免疫细胞对NACT的预测价值进行综述。     

宫颈癌中影响预后的生物分子及免疫细胞浸润

目的 探讨预测宫颈癌预后的潜在生物标志物和免疫浸润细胞,为宫颈癌治疗和预后研究提供理论依据和研究方向。方法 基因表达综合数据库下载宫颈癌组织的芯片数据集(GSE9750),R的“limma”包鉴定差异表达基因,使用R的“clusterProfiler”包进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书富集分析。用STRING构建蛋白-蛋白互作网络。利用基因表达谱交互式分析平台验证宫颈癌肿瘤组织和正常样品中抑制素βA(inhibin beta A,INHBA)的表达水平并预测预后。在R中经“e1071”、“parallel”和“preprocessCore”包用“CIBERSORT”软件获得宫颈癌组织样本的免疫浸润细胞表达情况。结果 最终鉴定出与宫颈癌预后高度相关的关键基因INHBA,宫颈癌组织中INHBA的表达水平明显升高,高表达组INHBA的生存周期明显短于低表达组。与正常宫颈组织样本相比,宫颈癌样本中初始CD4⁺ T细胞、未活化的自然杀伤细胞、M0和M1巨噬细胞均升高;而未活化的CD4⁺记忆性T细胞、单核细胞、未活化的树突状细胞在宫颈癌样本中表达...     

基于生物信息学分析SSX1与卵巢癌预后及免疫细胞浸润的关系

目的 探究SSX1在卵巢癌（OV）中的表达水平、预后价值及与免疫细胞浸润的相关性。方法 基于癌症基因组图谱数据库（TCGA）、基因型组织表达（GTEx）数据库分析SSX1 mRNA在卵巢癌组织及正常卵巢组织中的表达差异。利用Kaplan-Meier(KM)plotter及COX回归评估SSX1在卵巢癌中的预后价值,利用TIMER2.0网站分析SSX1与卵巢癌患者免疫细胞浸润的相关性。结果 SSX1 mRNA在卵巢癌的表达水平明显高于正常卵巢组织（P<0.01）;Kaplan-Meier plotter和COX回归模型分析显示高表达SSX1与OV患者预后不良存在相关性（P=0.0013）,且SSX1高表达是OV患者预后的独立危险因素。免疫浸润结果显示,SSX1表达与多种免疫浸润细胞呈负相关。结论 通过生物信息学的数据挖掘发现SSX1在OV中高表达,且与OV患者的预后及免疫细胞浸润存在相关性。     

膀胱癌免疫细胞浸润模式与临床特征和预后的相关性

目的 探讨膀胱癌免疫细胞浸润模式与临床特征和预后的相关性.方法 从公共数据库癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)中下载与膀胱癌基因表达数据及其相关临床数据,计算浸润性免疫细胞的比值,以及其与临床特征和生存预后的相关性.结果 共纳入样本433例.膀胱癌肿瘤组织与正常组织相比,M0巨噬...     

基于TCGA数据库对胸腺上皮肿瘤免疫浸润模式及预后的相关性研究

目的 探讨胸腺上皮肿瘤（TETs）免疫细胞的浸润模式及其对预后的影响。方法 从公共数据库癌症基因组图谱中下载TETs的表达数据及其临床资料,采用CIBERSORT反卷积算法处理获得的数据,获得TETs微环境中的22种免疫细胞浸润占比、免疫细胞浸润与预后及其他临床生存信息的相关性。结果 共纳入样本92例,其中肿瘤组织90例,肿瘤旁组织2例。休眠记忆CD4 T细胞在肿瘤组织中表达低于肿瘤旁组织,7种免疫细胞浸润与患者预后相关,1种免疫细胞与患者年龄有关,4种免疫细胞与Masaoka-Koga分期有关,16种免疫细胞与患者病理学分型有关,无免疫细胞与患者性别有关。结论 TETs的免疫浸润模式与患者预后、病理分型、Masaoka-Koga分期及年龄有关,特别是巨噬细胞可视为一种潜在治疗TETs的靶向免疫细胞。     

探讨淋巴脉管间隙浸润对早期宫颈癌预后的影响

探讨淋巴脉管间隙浸润对早期宫颈癌预后的影响。查阅淋巴脉管间隙浸润(lymphovascular space invasion,LVSI)与早期宫颈癌相关文献,文献涉及早期宫颈癌保守性手术、根治术后长期随访观察LVSI与预后的影响。活检标本与根治术标本比较,分析其对淋巴转移、浸润深度的预测价值。共计34篇文献符合要求,部分文献显示淋巴脉管间隙浸润不是宫颈癌预后的独立危险因素,否定其作为早期宫颈癌保留生育功能的评价指标,而部分文献显示LVSI与预后相关。临床观察发现LVSI阳性患者保守性手术治疗仍应谨慎。淋巴脉管间隙浸润作为早期宫颈癌保留生育功能的评价指标尚存争议,其可能与淋巴转移有关,后者是宫颈癌不良预后的独立危险因素。     

基于缺氧相关基因甲状腺癌预后模型的研究

目的 通过检索肿瘤与癌症基因组图谱（TCGA）及hypoxiaDB数据库中甲状腺癌的相关数据,建立一个基于差异表达的缺氧相关基因模型。方法 比较TCGA数据库和hypoxiaDB数据库中的基因,获得与甲状腺癌缺氧相关的差异表达基因。随后进行基因功能富集分析、构建蛋白质-蛋白质相互作用网络、筛选出具有预后价值的缺氧相关基因来建立并验证预后模型。结果 共发现326个缺氧相关甲状腺癌基因。功能富集分析表明,这些基因主要参与生物功能调节。单因素Cox回归分析结果显示,共有23个基因与甲状腺癌预后相关,其中,11个基因通过多因素Cox分析构建了新的预后模型。结果显示,高风险评分（P <0.005）的患者总生存期比低风险评分的患者短。对甲状腺癌患者预后价值的单变量分析结果显示,构建的预后模型与患者的总体生存率显著相关。结论 本研究的模型对甲状腺癌的预后有很好的预测作用。     

补体C3a受体1与低级别胶质瘤预后及免疫细胞浸润的关系

目的 借助癌症基因组图谱(TCGA)数据库研究低级别胶质瘤(LGG)组织中补体C3a受体1(C3AR1)的表达水平及其与LGG患者预后及肿瘤免疫细胞浸润的关系.方法 从TCGA数据库下载514例LGG患者的基因表达谱数据和临床信息.比较C3AR1基因在LGG组织和正常组织中的表达水平,分析不同WHO分级LGG组织样本中...     

头颈鳞状细胞癌铁蛋白轻/重链基因和免疫细胞浸润的临床预后价值研究

目的:探究铁蛋白轻/重链(ferritin light chain/heavy chain 1,FTL/FTH1)基因在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma, HNSCC)中的临床预后价值。方法:利用UALCAN、GEPIA2、TISIDB、TIMER2.0及Linked Omics数据库分析FTL/FTH1在HNSCC中的表达与预后、临床特征(分期、分级、和淋巴结转移)和免疫细胞浸润的相关性。结果:FTL/FTH1在HNSCC组织中的表达水平显著上调,与癌症分期和B细胞等免疫细胞的浸润呈正相关,FTH1的高表达与患者总生存期呈负相关。结论:FTL/FTH1的表达水平具有分析HNSCC临床预后的潜在价值。     

肿瘤浸润淋巴细胞与胃癌预后关系的研究进展

胃癌是全球最常见的恶性肿瘤之一,影响胃癌预后的因素较多,患者的肿瘤局部免疫反应就是其中之一。近年来肿瘤浸润淋巴细胞成为胃癌预后的热点研究。本文介绍了胃癌肿瘤浸润淋巴细胞的亚型、临床分型及与患者预后关系的研究进展,认为胃癌内的调节性T细胞（Treg）通常与不利的预后相关,而肿瘤浸润的CD8+细胞毒性T细胞、CD45RO记忆T细胞、B淋巴细胞和淋巴小结通常与良好的胃癌预后相关,为进一步研究胃癌患者肿瘤局部免疫反应的关键机制和临床治疗提供了一定依据。