基于网络药理学和分子对接的逍遥散治疗肝癌并抑郁症的潜在机制探讨

目的 通过网络药理学和分子对接方法,探讨逍遥散治疗肝癌并抑郁症的潜在机制。方法 通过 TCMSP 数据库,以逍遥散组方中药中文名称为检索词,设置口服生物利用度（OB）＞30% 和类药性（DL）＞0.18 为筛选条件获取中药活性成分与靶点,从 GeneCards 数据库中获取肝癌和抑郁症疾病相关靶点,并将疾病靶点与药物成分靶点相互交集,获取共同交集靶点后,导入 DAVID 数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路和基因本体（GO）功能的富集分析,并进行分子对接验证活性成分与关键靶点的亲和力。结果 获得逍遥散 161 个活性成分和 238 个靶点,而疾病靶点共计 11 204个;成分靶点和疾病靶点取交集得共同靶点 69 个;KEGG 通路富集在 AGEs-RAGE、癌症、HIF-1 等信号通路;分子对接显示核心成分 3β-乙酰氧基苍术酮与白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）等靶点结合活性良好。结论 逍遥散主要通过 3β-乙酰氧基苍术酮介导 ILIB、TNF、BCL2 等靶标,调节 AGEs-RAGE、癌症等信号通路,发挥抗炎、免疫调控、促进细胞凋亡等作用,从而改善肝癌和抑郁症的症状。     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学和分子对接探讨冬虫夏草抗肿瘤的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探究冬虫夏草抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP、CNKI、PubMed、Drugbank、Stitch和Swiss target prediction等平台检索冬虫夏草的化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库筛选肿瘤相关基因,运用Cytoscape 3.7.2构建冬虫夏草活性成分-靶点网络,通过String数据库对关键靶点构建网络互作(PPI)网络,并进行基因本体(GO)基因和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 共得到冬虫夏草22个化合物,86个抗肿瘤共同靶点,主要包括环加氧酶(PTGS)2、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、胱天蛋白酶3(CASP3)、JUN基因等关键靶点。GO分析与KEGG通路结果显示,冬虫夏草抗肿瘤涉及到多种生物学过程以及PPAR、花生四烯代谢、5-羟色胺信号通路等多种信号通路。将关键化合物和靶点进行分子对接,提示冬虫夏草抗肿瘤可能的前5个主要活性成分11,14-二十碳二烯酸、花生四烯酸、黄豆黄素、胆甾醇和豆甾醇与关键靶点PTGS2、PTGS1、PGR、HMGCR和CNR1均能自发结合。结论 初步探讨了冬虫夏草抗肿瘤的主要活性成分、相关靶点及相关通路,发现冬虫夏草可以通过多成分、多靶点、多通路抗肿瘤,为后期实验验证提供了参考依据。     

基于网络药理学研究淫羊藿抗骨质疏松的分子机制

目的基于网络药理学探讨淫羊藿可能的物质基础,并分析淫羊藿抗骨质疏松可能的分子机制。方法采用活性成分筛选、靶点预测技术,结合生物信息学手段,确定淫羊藿防治骨质疏松症的特异性靶点,并进行信号通路富集分析,以进一步分析其治疗骨质疏松症的分子机制。结果淫羊藿在TCMSP数据库中共检索到130个相应成分,根据OB和DL参数共筛选到23个入血活性成分,同时利用相关靶点预测技术,共获得101个预测靶点。通过对GEO芯片数据库的基因芯片进行二次挖掘分析,共获取124个明显的差异基因;在疾病基因相关数据库共检索到356个与骨质疏松症发生、发展密切相关的已知的相关靶点基因。利用cytoscape构建并合并活性成分及疾病的蛋白质相互作用关系网络,通过网络拓扑分析共筛选出221个关键基因;Clue GO富集分析显示,淫羊藿除与直接作用于骨质疏松症关键节点涉及的信号通路,如Wnt信号通路、TGF-β信号通路、Notch信号通路等有关,还对PI3K-Akt信号通路、VEGF信号通路、甲状腺素信号通路等同时进行调控。结论淫羊藿治疗骨质疏松症具有多成分、多靶点的特点;其主要通路不仅直接参与骨重建的细胞分化,调节成骨、破骨代谢平衡,还通过全身其他系统,如循环系统、神经系统等来干预和影响骨微环境,与目前抗骨质疏松的作用机制相符合。     

基于网络药理学、分子对接和动物实验探究壮药金缕半枫荷对抑郁症炎症的作用机制北大核心CSCD

目的 通过网络药理学及分子对接预测金缕半枫荷的关键靶点及信号通路等,并通过利血平诱导的抑郁大鼠模型验证金缕半枫荷对抑郁症炎症反应的作用机制。方法 通过网络药理学数据库预测药物及疾病的靶点,构建蛋白互作网络图,分析生物功能富集和通路,使用AGFR软件进行分子对接。基于利血平诱导的大鼠抑郁模型,通过行为学、分子生物学、病理学等手段验证金缕半枫荷对抑郁症炎症的作用。结果 共筛选得到活性成分13个,金缕半枫荷调控抑郁症的关键靶点11个,生物富集结果主要与认知、突触可塑性调节等有关,通路主要与Rap1信号通路、Toll样受体信号通路等有关。验证实验结果表明,金缕半枫荷提取物高、低剂量能明显缩短小鼠强迫游泳不动时间;明显减少大鼠圈内保留时间,升高血清中5-HT、DA的水平,降低血清中IL-6的水平,改善前额皮层炎性浸润情况,降低脑组织中IL-6、IL-1β、TNF-α mRNA的表达,升高脑组织中AKT1 mRNA的表达。结论 该研究揭示了金缕半枫荷可通过多成分、多靶点、多通路发挥抗抑郁作用,实验验证结果表明,金缕半枫荷可通过TOLL样信号通路改善抑郁症炎症反应,从而改善抑郁样症状。     

花椒治疗抑郁作用机制的网络药理学研究

目的 运用网络药理学预测花椒抗抑郁症有效成分的作用靶点及通路.方法 通过TCMSP数据库结合文献获取花椒有效成分,通过SwissTarget、Targetnet数据库获取花椒的作用靶点.GeneCards、OMIM、TTD数据库获取花椒治疗抑郁症的相关基因.运用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络.通过Cyto...     

基于网络药理学、分子对接和孟德尔随机化探讨拉莫三嗪抗重度抑郁症的作用机制

目的 探索拉莫三嗪抗重度抑郁症(MDD)的作用机制。方法 收集拉莫三嗪的药物靶点与MDD的治疗靶点信息进行交集靶点基因分析和蛋白质-蛋白质相互作用筛选,通过基因本体论和京都基因与基因组百科全书富集分析确定与拉莫三嗪抗MDD相关的各种生物途径,用分子对接技术对筛选的核心靶点进行初步验证,使用OpenGWAS数据库中的γ-氨基丁酸受体相关蛋白样1(GABARAPL1)和MDD的全基因组关联分析数据进行孟德尔随机化进一步验证。结果 确定了与拉莫三嗪抗MDD相关的生物途径,包括γ-氨基丁酸(GABA)能突触、尼古丁成瘾、谷氨酸能突触、逆行内源性大麻素信号传导等生物途径。分子对接显示：拉莫三嗪与GABRA1、GABRB2、GABRA6、GABRD、GABRG2、GABRG1、GABRA5、GABRA4、GABRB3和GABRA2受体的结合能均≤-5.8 kCal·mol^-1,其中GABRB3受体与拉莫三嗪的结合能最强,为-9.5 kCal·mol^-1。GABARAPL1全基因组关联分析数据中,303个单核苷酸多态性与GABARAPL1相关(P<5...     

基于网络药理学的葶苈子潜在作用机制研究

目的:探讨葶苈子潜在的药理作用机制,为其进一步开发利用和临床应用提供参考。方法:利用中药系统药理学分析平台数据库和STRING数据库筛选并确认葶苈子的有效成分和相关靶标蛋白;运用Cytoscape 3.7.0软件构建葶苈子有效化合物-靶标蛋白可视化网络,并进行网络拓扑学分析;借助STRING数据库和Cytoscape 3.7.0软件构建并分析葶苈子靶标蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID生物信息学资源数据库对靶标蛋白进行KEGG通路富集分析。结果:共筛选获得葶苈子有效化合物9个,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等;获得靶标蛋白174个,主要包括人前列腺素内源性过氧化物合酶2(PTGS2)、核受体共激活因子2、孕酮受体等,其中转录因子AP-1(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)是PPI网络中的核心蛋白。KEGG富集通路包括磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、肿瘤坏死因子α(TNF-α)信号通路、缺氧诱导因子1信号通路、Toll样受体信号通路、甲状腺激素信号通路等。结论:葶苈子中的槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等有效化合物可能通过PI3K/Akt信号通路、TNF-α信号通路等作用于PTGS2、JUN、MAPK1等靶标蛋白,进而发挥泻肺平喘、利水消肿的功效。     

基于网络药理学分析越鞠丸治疗抑郁症的分子机制

目的通过分析越鞠丸的有效化学成分,研究其治疗抑郁症的分子机制。方法将越鞠丸中的5味中药通过中药系统药理学技术平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库检索化学活性物质,筛选出药物作用于人体的靶点蛋白。应用基因组注释数据库平台(Genecards)预测抑郁症的作用靶点。将所得活性成分与靶点应用uniprot数据库查询出相对应的基因名称,形成活性成分-靶点网络图。应用String数据库平台形成蛋白互作网络,然后分别通过Bioconductor平台、R语言GO富集分析、KEGG富集分析,形成靶点-通路网络图,分析越鞠丸治疗抑郁症的分子机制。结果越鞠丸治疗抑郁症的关键化学成分主要有26个,共同靶点90个,通过PPI蛋白互作关系,得到15个核心基因,分别为MAPK1、AKT1、HSP90AA1、IL6、FOS、MAPK14、MAPK8、ESR1、NR3C1、STAT1、VEGFA、EGF、IL1B、AR、IL2;GO富集分析结果包括调节神经递质水平、营养水平应答、膜筏、儿茶酚胺结合等;KEGG富集通路包括AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。结论越鞠丸可通过调节MAPK10、MAPK8、AKT1、MAPK1、MAPK14、FOS、IL6、CASP8、CASP3等靶点基因,调控AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等来实现调节神经递质水平、神经保护,从而起到抗抑郁作用。     

基于网络药理学和分子对接的苦参抗乳腺癌潜在机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接的方法分析苦参抗乳腺癌的主要活性成分及潜在分子机制。方法 采用TCMSP、ETCM数据库和查阅国内外文献收集筛选苦参化学成分,通过Swiss Target Prediction 数据库对有效活性成分的靶点进行预测,通过GeneCards、TTD、Drugbank、OMIM收集乳腺癌相关靶点,根据Venny 2.1.0软件筛选出苦参抗乳腺癌疾病靶点;采用Cytoscape软件构建苦参-核心活性成分-靶点网络图,用 STRING数据库分析共有靶点,构建PPI网络图,通过DAVID数据库和Hiplot平台对关键靶点蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接,同时采用分子生物学方法对关键靶点进行验证。结果 从苦参中共筛选出结构明确的活性成分36个,筛选出70个苦参抗乳腺癌的疾病靶点,其中EGFR、AKT1、ESR1、SRC、CYP19A1、AR、ABCB1等12个核心靶点参与乳腺癌中内分泌抵抗、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、雌激素等信号通路,且核心成分与关键靶点AR之间的结合能最高。体外细胞实验显示,苦参提取物可抑制乳腺癌细胞的增殖,诱导细胞凋亡,上调AR蛋白的表达。结论 苦参通过多成分作用于多靶点和多个信号通路,调节复杂的生物过程发挥抗乳腺癌的作用,苦参对AR蛋白的上调可能成为治疗乳腺癌新的治疗策略。     

基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用机制。方法 利用TCMSP、GeneCards、OMIM数据库筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点;运用Cytoscape 3.7.1软件构建苍耳子散-活性成分-靶点网络,并筛选出苍耳子散治疗过敏性鼻炎的核心成分;将苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点导入STRING平台,通过通过Cytoscape 3.7.1软件构建蛋白相互作用(PPI)网络,并筛选出核心靶点。使用DAVID数据库对苍耳子散治疗过敏性鼻炎的潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键成分与关键靶点进行分子对接。结果 共收集苍耳子散的活性成分62个,苍耳子散与过敏性鼻炎的共同靶点214个,其中丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、信号传导与转录激活因子3(STAT3)、苏氨酸蛋白激酶(AKT1)等可能为治疗过敏性鼻炎的关键靶点。通过GO富集分析得到苍耳子散治疗过敏性鼻炎的作用基因靶点参与622个生物学过程、62个细胞成分、152个分子功能;KEGG分析得到162条通路,主要与免疫反应、细胞调控和受体等相关通路有关。分子对接证实核心靶点STAT3、MAPK3能自发地与关键成分芫花素、亚油酸乙酯等结合。结论 苍耳子散主要通过芫花素、亚油酸乙酯等与STAT3、MAPK3的结合来参与免疫、炎症相关信号通路和生物细胞过程的调节,最终起到治疗过敏性鼻炎的作用。     

四逆散冻干粉改善大鼠睡眠作用机制研究

目的研究四逆散冻干粉改善大鼠睡眠作用机制。方法按照随机数表法将SD雄性大鼠随机分为5组:空白对照组、阴性对照组、阳性对照组、四逆散冻干粉组,混合物组,每组10只。阴性对照组的大鼠灌胃0. 9%Na Cl;阳性对照组的大鼠灌胃盐酸帕罗西汀溶液4. 2 mg·kg^-1;四逆散冻干粉组的大鼠灌胃四逆散冻干粉水煎液2. 41 g·kg^-1;混合物组灌胃混合物(辛弗林-芍药苷-柴胡皂苷C-甘草次酸=8. 5∶1. 0∶1. 5∶6. 5) 206 mg·kg^-1。每日灌胃1次,连续给药1周。用高效液相色谱(HPLC)法测定脑脊液移行成分。结果四逆散冻干粉在脑脊液中除戊巴比妥钠成分外,并无血中移行成分的进入;给予四逆散冻干粉后,脑脊液中成分峰面积约是空白脑脊液峰面积的12. 5倍;血清中四逆散的移行成分(辛弗林、芍药苷、柴胡皂苷C、甘草次酸)均可以使脑脊液中该内源性物质峰面积高于空白脑脊液峰面积,但不如四逆散整方作用;混和物组增高脑脊液中内源性物质峰面积是四逆散组的3. 2倍,该内源性物质是5-羟色胺。结论四逆散冻干粉是通过促进脑脊液中内源性物质5-羟色胺的分泌达到改善睡眠作用的。     

基于网络药理学和分子对接法探讨柴胡疏肝散治疗功能性消化不良的作用机制

目的 探讨柴胡疏肝散治疗功能性消化不良的潜在分子机制.方法 通过TCMSP收集筛选柴胡疏肝散有效成分,通过PubChem和Swiss Target Prediction得到柴胡疏肝散的潜在靶点,利用GeneCards、OMIM、DisGeNET及DrugBank数据库得到功能性消化不良疾病靶点.采用Cytoscape ...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨当归四逆汤治疗系统性硬化症的作用机制

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨当归四逆汤治疗系统性硬化症的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索当归四逆汤中的活性成分并以Swiss Target Prediction数据库预测各活性成分的靶点，采用GeneCards数据库收集系统性硬化症疾病靶点，取其中共同靶点作为潜在的作用靶点并导入String数据库建立蛋白相互作用（PPI）网络，以Cytoscape软件进行网络拓扑分析。将PPI靶点导入DAVID数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析并以OmicShare平台将结果可视化。构建“通路–靶点”网络并筛选其中关键靶点，并采用CB-Dock平台将作用靶点与活性成分进行分子对接以筛选潜在药效成分。结果 收集得到141个当归四逆汤活性成分及1 047个相关靶点，系统性硬化症疾病靶点1 568个。筛选出潜在作用靶点266个，其中关键靶点6个，分别为蛋白激酶B1（Akt1）、血管内皮生长因子受体2（KDR）、V-Ha-Ras肉瘤病毒癌基因同源物（HRAS）、促分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、促分裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、血管内皮生长因子A（VEGFA）。主要涉及MAPK信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路、Rap1信号通路、黏着斑、脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路的调节。分子对接结果显示，水鬼蕉宾碱、芍药苷、酸枣仁皂苷A等活性成分为治疗中的潜在药效成分。结论 当归四逆汤以多组分、多靶点、多通路干预系统性硬化症，其机制涉及免疫、血管损伤和细胞外基质合成等的调节。     

基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌的机制研究

目的基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌(LUAD)的机制研究。方法通过检索TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM和ETCM数据平台筛选出威麦宁(金荞麦根茎)主要活性成分,然后利用TCMSP和DrugBank平台预测其靶点,并根据文献补充成分及靶点;通过GEO数据库搜索并筛选LUAD表达数据集,用R语言分析获得差异表达基因;采用String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建药物疾病交集靶点PPI网络,利用Metascape平台对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;使用分子对接方法对核心成分与靶点进行对接验证。结果经过对OB、DL初步筛选,获得16个活性成分和353个潜在靶点,其中MMP-9、MMP-1、CAT等靶点与LUAD密切相关。威麦宁治疗LUAD主要涉及液体剪切应力和动脉粥样硬化、癌症通路、AGE-RAGE信号通路、p53信号通路等。结论探讨了威麦宁治疗LUAD主要有效成分、作用靶点,以及相关的通路,并为进一步的研究提供依据和思路。     

基于网络药理学和分子对接方法研究羚珠散抗小儿易感病毒的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术研究羚珠散抗小儿易感病毒的有效成分和作用机制。方法 利用TCMID数据库查找羚珠散的化学成分,利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction、SEA和STITCH数据获得羚珠散活性化合物的作用靶点;通过GeneCards数据库获得相关病毒性疾病靶点,取交集后得到共有靶点,即为羚珠散抗小儿易感病毒的潜在作用靶点。通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白质相互作用（PPI）网络,基于degree值筛选重要靶点。利用DAVID平台对重要靶点进行基因本体论（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。使用Cytoscape软件进行化合物–靶点网络拓扑分析,获得羚珠散抗小儿易感病毒的关键化合物和核心靶点。采用AutoDock Vina软件对筛选出的关键靶点和核心化合物进行分子对接验证。结果 共获得91个活性化合物以及184个药物–疾病交集靶点,经筛选获得羚珠散抗小儿易感病毒15个核心化合物（桉油烯醇、桉脂素、丁香烯、乙酸龙脑酯等）以及3个核心靶点[C反应蛋白（CRP）、趋化因子2(CCL2)、血红素加氧酶1(HM...     

四逆散对应激性肝郁小鼠的保护作用机制研究

目的利用小鼠拘束应激负荷模型评价四逆散汤剂的疏肝解郁作用,并通过检测应激性激素水平以及和肝脏炎症、氧化水平的变化探讨其可能的作用机制。方法建立小鼠拘束应激肝郁模型,测定血浆丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天门冬酸氨基转移酶（AST）、皮质酮（CORT）水平,检测肝组织激素受体（GR）基因表达水平、抗氧化能力指数（ORAC）、丙二醛（MDA）水平、一氧化氮（NO）水平、超氧化物歧化酶（SOD）及谷胱甘肽过氧化物酶（GSH—Px）的活性。结果与模型组相比,四逆散能显著降低应激小鼠血浆ALT和AST水平,并能降低拘束负荷小鼠血浆CORT水平和肝组织NO及MDA水平,提高ORAC水平、SOD及GSH—Px活性。结论四逆散的疏肝解郁作用可能与缓解应激负荷引起的肝损伤有关,其保护机制与抑制应激负荷引起的炎症发生以及氧化损伤作用有关。