基于网络药理学探讨苦参治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:运用网络药理学方法分析苦参治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的潜在作用机制,以期为苦参的进一步研究及UC的新药研发提供参考。方法:运用中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选苦参中有效成分作用靶点,通过TTD、Drugbank、Uniprot、DisGeNET数据库收集UC相关的靶点,使用R软件筛选出共同靶点,运用STRING数据库分析蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)关系,利用Cytoscape3.6.1软件中的Network Analyzer模块及cytoHubba App筛选出核心靶点。最后通过DAVID进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析研究其作用机制。结果:苦参中共有82个有效成分,对应靶点973个,与UC疾病靶标映射后获得108个共同靶点,主要富集在116个生物过程和55条信号通路中。结论:苦参可能通过IL1B、IL6、IL10、EGFR、TP53、CTNNB1、CAT、TNF、ESR1等多个靶点调控HIF-1、TNF、NF-κB、FoxO、NLRs、PI3K-Akt、VEGF、AA等多个通路,进而对消化系统、免疫系统等多系统进行干预,抑制UC炎症损伤。     

基于网络药理学的青黛治疗溃疡性结肠炎作用机制研究

目的:利用网络药理学方法探究青黛治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制,为临床上应用青黛治疗UC提供参考。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt、GeneCards、OMIM数据库,筛选出青黛治疗UC的有效化学成分及靶点,并建立可视化网络模型;利用Cytoscape 3.7. 0软件绘制成分-靶点网络关系图,并分析青黛治疗UC的核心靶点;采用Metascape基因注释工具对靶点进行生物通路富集分析。结果:共筛选出青黛化学成分29个,其中与UC相关的有效成分7个,分别是10H-吲哚并[3,2-b]喹啉、异靛蓝、靛蓝、6-(3-氧代吲哚-2-亚甲基)吲哚并[2,1-b]喹唑啉-12-酮、靛玉红、β-谷甾醇、异维他嗪;成分对应的治疗UC作用靶点18个,包括环加氧酶1 (PTGS1)、雌激素受体1 (ESR1)、丝氨酸蛋白酶1 (PRSS1)、雄激素受体(AR)、糖原合成酶激酶-3β(GSK3B)、细胞有丝分裂检验点激酶1 (CHEK1)、过氧化物酶增殖激活受体γ(PPARG)、乙酰胆碱酯酶(ACHE)、代谢活化酶细胞色素P450-1A1 (CYP1A1)、方烃受体(AHR)、B细胞淋巴瘤-2 (Bcl-2)、半胱氨酸蛋白酶-3 (CASP3)、半胱氨酸蛋白酶-8 (CASP8)、半胱氨酸蛋白酶-9 (CASP9)、蛋白激酶C-α(PRKCA)、对氧磷酶1 (PON1)、转录因子p65 (RELA)、B细胞κ轻肽基因增强子抑制因子激酶β(IKBKB);上述有效成分及靶点经Cytoscape 3.7. 0网络可视化后筛选出包括靛玉红、β-谷甾醇、异维他嗪在内的关键成分与PTGS1、ESR1、PRSS1、CASP3、CASP8、CASP9在内的核心基因;生物富集分析显示,青黛可能主要参与外源性凋亡信号通路、对有毒物质的反应、对有机环化合物的反应、对抗生素的反应、对类固醇激素的反应及参与调节外源性凋亡信号通路等生物过程,通过调控凋亡、p53、白细胞介素-17 (IL-17)等信号通路发挥治疗UC的作用。结论:通过网络药理学预测青黛可能是通过抑制肠道细胞凋亡、抑制肠道炎症症状、促进受损黏膜修复起到治疗UC的作用,为临床应用青黛治疗UC提供参考。     

基于网络药理学探讨清化肠饮治疗溃疡性结肠炎作用机制

目的 采用网络药理学探讨清化肠饮治疗溃疡性结肠炎(UC)作用机制.方法 运用TCMSP数据库筛选清化肠饮的活性成分及其作用靶点;通过DisGeNET和GeneCards数据库筛选疾病作用靶点,与活性成分作用靶点相映射得到二者共同靶点;将共同靶点导入String数据库中构建靶点相互作用(PPI)网络图,根据相互作用关系大...     

龙血竭联合思密达灌肠治疗溃疡性结肠炎39例

2000年1月-2004年4月，笔者采用龙血竭合思密达治疗溃疡性结肠炎患者39例，疗效较好，现报道如下。     

基于网络药理学探究马齿苋缓解结肠炎的作用机制

目的：利用网络药理学探究马齿苋活性成分缓解结肠炎的作用机制。方法：基于TCMSP数据库获得其活性成分和对应靶标,利用STRING进行靶标间互作分析并筛选核心靶标,经KEGG富集分析得到马齿苋治疗疾病的相关信号通路。基于Drugbank数据库获取结肠炎的相关疾病靶标,与马齿苋成分靶标进行映射,得到马齿苋治疗结肠炎的作用机制。结果：共筛选获得马齿苋活性成分花生四烯酸、β-谷甾醇、山柰酚、木犀草素、异甜菜素、槲皮素等10个,其对应靶标共187个,核心靶标共62个,经KEGG富集分析发现核心靶标与癌症、病毒感染、炎症性肠炎和免疫调节相关通路密切相关,并通过ABCC4、ABCG2、ACAT1、ALB、ALOX5、CYP3A4、IFNG、IKKA、MPO、NOS2、NQO1、NR1I2、PPARG、PTGS1、PTGS2、TNF、XDH起到治疗结肠炎的作用。结论：马齿苋可通过抗炎、抗氧化和调节细胞增殖与凋亡发挥多靶点、多通路缓解结肠炎的作用。     

基于GEO差异分析及网络药理学的四逆散治疗溃疡性结肠炎作用机制研究

目的:通过GEO差异基因分析及网络药理学方法探究四逆散治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制。方法:通过GEO数据库下载溃疡性结肠炎相关GSE、GPL文件,以R软件进行差异基因分析,得到潜在疾病靶点;利用TCMSP数据库分别检索四逆散中柴胡、白芍、枳实、甘草的化合物成分,以口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为标准筛选有效成分,并查找其对应靶点;将药物靶点基因与疾病差异基因取交集,通过Cytoscape 3.7.2软件构建\"药物-化合物-靶点\"调控网络并进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建及拓扑分析,利用R软件进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:筛选共得到差异基因910个,四逆散中有效成分144种,对应的靶基因239个;PPI核心网络共40个蛋白,关键蛋白涉及核仁磷酸蛋白(NPM1)、热休克蛋白8(HSPA8)、酪氨酸3/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白(YWHAZ)、泛素C(UBC)、含缬酪肽蛋白(VCP)等;GO富集分析主要富集于对脂多糖的反应、对细菌源分子的反应、白细胞迁移等生物过程;KEGG通路分析主要涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、Toll样受体信号通路、核转录因子-κB(NF-κB)通路等。结论:四逆散治疗UC具有多成分、多靶点、多通路的特点,可能通过作用于NPM1、HSPA8、YWHAZ、UBC、VCP等靶点,调控机体免疫与炎症反应而发挥治疗作用。     

基于网络药理学探讨茜草治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:运用网络药理学探讨茜草治疗溃疡性结肠炎的活性成分、作用靶点及信号通路等,解释其分子作用机制.方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选茜...     

基于网络药理学探讨加味十灰散治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的：利用网络药理学方法探究加味十灰散（JWSHS）治疗溃疡性结肠炎(UC)的分子机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台挖掘JWSHS中17味中药的作用靶点,通过DisGeNET数据库以及GeneCard数据库预测UC的作用靶点,利用Venny在线网站获取JWSHS与UC的交集靶点,将交集靶点导入STRING网站获取交集蛋白互作信息,并利用Cytoscape v3.7.2软件构建蛋白互作网络图,根据拓扑学参数筛选JWSHS治疗UC的核心靶点,运用Cytoscape v3.7.2软件构建成分-核心靶点网络图,根据度值筛选JWSHS作用于UC的关键成分。利用David网站对交集靶点进行生物学过程富集(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路注释分析,并利用R语言绘制可视化气泡图。结果：得到159个交集靶点,筛选得核心靶点27个,核心成分10个,AKT1、IL-6、VEGFA等可能为关键靶点,槲皮素、木犀草素、汉黄芩素等可能为关键成分。GO功能富集分析得到815个条目,KEGG富集筛选得到125条有关通路,癌症信号通路、乙型肝炎信号通路、PI3K/Akt信号通路等可能为关键...     

基于网络药理学的安肠愈疡汤治疗溃疡性结肠炎作用机制研究

目的 基于网络药理学探讨安肠愈疡汤治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的作用机制.方法 通过中医药整合药理学研究平台构建安肠愈疡汤的潜在靶标与UC疾病靶标之间的相互作用网络.基于GO数据库和KEGG通路数据库进行基因功能和通路富集,采用Cytoscape3.6.1软件构建靶标-信号通路网络、药...     

基于网络药理学探讨虎地肠溶胶囊治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的：通过网络药理学探析虎地肠溶胶囊治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制。方法：基于TCMSP和台湾中医药数据库筛查药物的潜在活性成分及靶点;采用GeneCards数据库获取UC的已知靶点,运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;应用DAVID数据库对共同靶点基因进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过Cytoscape 3.7.2软件和R语言软件对数据进行可视化。结果：虎地肠溶胶囊治疗UC的活性成分143种,关键成分包括山柰酚、β-谷甾醇、槲皮素等;潜在作用靶点69个,主要有肿瘤蛋白P53(TP53)、原癌基因蛋白(MYC)、胱天蛋白酶3(CASP3)、人雌激素受体α(ESR1)等靶基因。晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路。GO功能富集分析结果显示主要涉及DNA转录调控、RNA聚合酶Ⅱ特异性、核受体调控、单加氧酶活性、氧化还原反应等。KEGG通路富集分析结果显示主要涉及疾病相关信号通路、炎症相关信号通路和细胞凋亡信号通路。结论：虎地肠溶胶囊的多种活性成分具有...     

基于网络药理学挖掘溃疡性结肠炎“扶正”治则的潜在机制

目的:通过数据库检索与网络药理学方法探讨溃疡性结肠炎\"扶正\"治则的潜在机制。方法:从中医E百数据库检索溃疡性结肠炎相关方剂,检索方式为\"主治肠澼/久痢/痢疾\",筛选所检索到的处方并进行药物种类、用药频次统计分析,选择溃疡性结肠炎治疗的常用扶正药物。将选择后的扶正药物输入中药系统药理学分析平台检索所有化学成分和作用靶点,构建化合物-靶点相互作用网络图;通过Digsee数据库筛选溃疡性结肠炎相关靶点,构建疾病-靶点相互作用网络图;筛选两个网络图的核心靶点,利用DAVID工具对核心靶点进行富集分析。结果:数据库共检索到溃疡性结肠炎相关方剂731首,根据纳入、排除标准筛选后获得处方304首,中药220味,经用药频次统计后,以甘草、人参、白术为溃疡性结肠炎扶正治则的代表药物。基于药代动力学ADME参数对上述药物的化学成分进行筛选和靶标预测,共得到136个蛋白靶点;将化合物-靶点、疾病-靶点的蛋白质—蛋白质相互作用网络图合并,以\"节点连接度\"\"节点介度\"和\"节点紧密度\"为评价标准,筛选共有靶点129个;对入选靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,以P值筛选出前20条通路在溃疡性结肠炎方面具有作用。结论:扶正药物治疗溃疡性结肠炎作用的发挥是多靶点、多通路的整体效应,挖掘了溃疡性结肠炎扶正治则的潜在机制,为进一步实验研究提供了理论基础。     

葛根芩连汤异病同治牙周炎与溃疡性结肠炎的网络药理学及分子对接研究

目的:运用网络药理学及分子对接技术探讨葛根芩连汤异病同治牙周炎和溃疡性结肠炎的作用机制.方法:通过TCMSP数据库挖掘葛根芩连汤化学成分及作用靶点;利用GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库获取两种疾病靶点,对上述预测所得活性成分作用靶点及疾病相关靶点利用微生信绘图工具绘制Venn图取交集,获得药物与疾病共同作用靶点;基于Cytoscape 3.9.1软件构建药物-成分-靶点网络,利用STRING数据库分析共有靶点,建立蛋白互作网络(PPI)并进行可视化分析,在DAVID数据库对共有靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用AutoDock Tools软件对药物核心成分及关键靶点进行分子对接.结果:葛根芩连汤通过槲皮素、β-谷甾醇等核心成分作用于肿瘤坏死因子(TNF)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-1β(IL-1β)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等关键靶点,发挥抗氧化应激、抗细胞凋亡、调节糖脂代谢作用,涉及晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、癌症通路等;分子对接结果显示药物核心成分与关键靶点有良好的对接活性.结论:葛根芩连汤通过多靶点、多途径异病同治牙周炎和溃疡性结肠炎.     

PPs在免疫相关肠病中的病理机制及中药多糖的调控作用

肠道派氏结(PPs)是肠的局部免疫组织,被认为是肠道黏膜免疫反应的主要诱导部位,与免疫性相关肠病,如溃疡性结肠炎、肠道黏膜损伤等关系密切.近年来越来越多的学者想通过深入研究PPs与肠病的相关性,为临床干预作用非常有限的难治性肠病寻找新的突破口.中药多糖被认为是中药免疫调节的关键成分,现代研究显示中药多糖对PPs的结构和...     

当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的网络药理学研究

目的基于网络药理学研究当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法利用TCMSP数据库,得到当归-白芍药对化学成分的口服利用率和药物相似性等参数,并筛选药对的有效成分组。利用UniProt数据库找到当归-白芍药对有效靶点的官方基因名称,并利用CTD数据库进行靶点相关疾病注释。通过DisGeNET数据库得到溃疡性结肠炎的相关靶点,并与当归-白芍作用靶点取交集,得到其治疗溃疡性结肠炎的药效靶点。将上述靶点输入到String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络预测,最后利用DAVID数据库进行KEGG富集分析,揭示当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的潜在信号通路。结果筛选出了当归的2个活性成分和白芍的9个活性成分以及63个抗溃疡性结肠炎的靶点。通过蛋白质互作网络分析,当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎可能与MAPK14、PTSG2、PPARG、TNF、IL6、NOS3、BCL2等蛋白质有关。此外,当归-白芍药对治疗溃疡性结肠炎的靶点显著富集于HIF-1、TNF、NF-κB等信号通路中。结论当归-白芍药对具有多靶点、多途径、多通路的特点,其治疗溃疡性结肠炎的潜在生物学机制可能与以HIF-1、TNF、NF-κB等信号通路有关。     

化浊解毒方对溃疡性结肠炎的治疗作用及机制

目的探讨化浊解毒方治疗溃疡性结肠炎(UC)的治疗作用及机制。方法120例UC患者按照随机数字表法分为观察组、对照组各60例。观察组予中药化浊解毒方口服,每日1剂,早晚2次温服;对照组予美沙拉嗪肠溶片口服,1.0 g/次,3次/d。2组疗程均4周。对比2组治疗前后Geboes指数、结肠镜下黏膜表现、生活质量评分、疾病活动指数及血清炎性因子IL-8、IL-35水平,凝血指标血清FIB水平,统计治疗后1年内复发情况。结果治疗后,观察组Geboes指数、疾病活动指数及血清炎性因子IL-8水平、凝血指标血清FIB水平均较本组治疗前降低,生活质量评分、血清炎性因子IL-35水平升高(P<0.05);且观察组治疗后疾病活动指数及血清炎性因子IL-8水平、凝血指标血清FIB水平均低于对照组,生活质量评分、血清炎性因子IL-35水平均高于对照组(P<0.05)。与对照组相比,治疗组糜烂、溃疡改善不明显(P>0.05),充血水肿、颗粒样变等肠镜表现改善情况均优于对照组(P<0.05)。治疗结束1年观察组复发率为10.64%,对照组为23.53%,2组差异有统计学意义(P<0.05)。结论化浊解毒方能改善UC患者临床症状,修复肠黏膜病理损伤,降低复发率;其机制可能与调节血清炎性因子IL-8、IL-35和凝血因子FIB水平有关。     

钩藤散活性成分治疗阿尔茨海默病作用机制的网络药理学分析

目的利用网络药理学方法研究钩藤散治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法从中药系统药理学数据库(TCSMP)、中药信息数据库(TCMID)中筛选钩藤散治疗AD的活性成分,并构建药物-靶标-疾病网络、蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络,运用生物信息学分析方法进行GO分析、通路富集分析和PPI网络分析。结果通过网络药理学方法筛选出钩藤散活性成分65种,显示其活性化合物的预测靶点473个,215个靶点与AD相关,钩藤散活性化合物的药效作用靶点高度富集到与AD相关的信号通路和生物学过程,PPI网络结果显示JUN、TNF、VEGFA、ESR1、APP可能是钩藤散治疗AD的重要作用靶点。结论钩藤散活性化合物以协同的方式与多个靶点、多种途径相互作用,主要通过抗炎、抗凋亡、增强代谢和增强免疫系统等途径对AD产生重要的治疗作用。     

基于网络药理学的苓桂术甘汤治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制研究

目的利用网络药理学技术研究苓桂术甘汤治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)、Swiss、SuperPred和Stitch数据库寻找与苓桂术甘汤中4味中药相关的化学成分及其作用靶点,并以口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为阈值对化合物进行筛选,再通过文献查找加以补充;通过OMIM、TTD、GAD、Pharm Gkb数据库获取与AD疾病相关的靶标,并进一步筛选得到苓桂术甘汤治疗AD的潜在作用靶点;采用DAVID6.8数据库对相关潜在作用靶点进行GO分析及KEGG代谢通路富集分析;利用Cytoscape软件构建\"单味药-活性成分-作用靶点\"相互作用网络并进行度值和中介度分析,确认可能的关键靶点和关键通路。结果在苓桂术甘汤中,共筛选出126个与AD相关的潜在活性成分和120个潜在作用靶点;GO生物功能分析共包含565条富集结果,其中生物过程396条,分子功能121条,细胞组成48条,主要涉及蛋白结合、细胞、氧化还原过程等;KEGG富集得到67条代谢通路,主要包括神经活性配体-受体相互作用通路、癌症通路、5-羟色胺能突触通路和钙信号通路等。结论网络药理学研究结果揭示了苓桂术甘汤治疗AD的多成分、多靶点、多途径的作用特点,并预测了其可能的活性成分、作用通路和关键靶点,为其药效物质基础和作用机制研究提供了理论基础。     

从凋亡网络的调控研究地黄饮子治疗阿尔兹海默病的分子机制

目的 利用中药网络药理学和分子生物学从凋亡网络的调控研究地黄饮子（DHYZ）治疗阿尔兹海默病（AD）的分子机制。方法 利用网络药理学方法筛选和预测DHYZ的活性成分治疗AD的潜在作用靶点,构建药物-靶标-疾病网络和蛋白与蛋白相互作用网络,运用生物信息学分析DHYZ调控凋亡网络的主要靶点和信号途径;Aβ1-42处理构建AD细胞模型,使用不同浓度含药血清处理,运用MTT法检测细胞活率,流式细胞术检测细胞凋亡情况,qPCR和Western blotting检测细胞凋亡相关基因和蛋白的表达。结果 筛选出DHYZ中108种活性成分有222个AD的潜在治疗靶点,其中有202个靶点之间存在的3 737种蛋白蛋白相互作用关系,DHYZ对凋亡网络的调控是其防治AD的重要生物学途径,预测其核心调控靶点有TNF、AKT1、MAPK3、NFKB1、TP53、CASP3等,qPCR和Western blotting验证了预测结果。细胞实验证明不同浓度DYHZ含药血清呈浓度依赖性抑制Aβ1-42处理的SH-SY5Y细胞凋亡,且与调控细胞凋亡相关基因和蛋白有关。结论 DHYZ活性化合物对细胞凋亡相关的多个靶点和多条信号通路的调控是其防治AD的重要作用机制。