川贝母转录组中SSR位点信息分析

目的:通过分析川贝母转录组简单重复序列标记(SSR)信息,为其分子标记辅助育种及种质资源保护提供技术支撑。方法:采用Illumina Hi Seq2000技术平台对川贝母鳞茎及叶片进行高通量测序,采用MISA对Unigene进行SSR位点分析。结果:从转录组得到44 973条,Unigene中共检测到3 817个SSR位点,分布于3 367条Unigene序列中,出现频率为8.49%,平均每10.37 kb序列出现1个SSR位点。其中重复类型最多的为三核苷酸和二核苷酸,所占比分别为56.51%和27.06%。三核苷酸重复基序CCG/CGG所占比率最大,其次为二核苷酸重复基序AG/CT。6种SSR重复类型的重复次数主要集中于4~12次,24.55%SSR的序列长度20 bp。结论:川贝母SSR位点出现频率较高,类型丰富,多态性较高,为其遗传多样性分析和遗传图谱构建及分子辅助育种提供了丰富的候选分子标记。     

多花黄精转录组SSR位点分析及分子标记开发

目的基于转录组测序数据鉴别和分析多花黄精EST-SSR位点,开发可用于多花黄精种质资源评价与利用的SSR标记。方法利用MISA工具从多花黄精转录组126 544条Unigenes中鉴定SSR位点并进行分析;利用Primer 3.0设计SSR引物,随机选择50对SSR引物进行有效性验证。结果从9 982条Unigenes中鉴定出12 317个包含2～6个核苷酸重复类型的SSR位点,SSR的分布频率为9.73%,发生频率为1/5.91 kb;SSR位点中的主导类型是二核苷酸重复,占总SSR的53.14%,其次是三核苷酸重复,占33.31%。SSR引物的有效性筛选显示,50个SSR引物对中有29个(58%)可从多花黄精中扩增出预期大小的SSR条带。SSR荧光标记的毛细管电泳检测显示在多花黄精的7个SSR位点共鉴定出了9种基因型,进一步验证了SSR引物的有效性。结论多花黄精转录组SSR位点出现频率高,重复类型丰富,多态性较高,这将为多花黄精遗传多样性分析和遗传图谱构建提供大量有价值的候选标记,也可为黄精属内种间物种的分子鉴别、多花黄精优良品种的分子辅助育种提供技术手段。     

厚朴转录组SSR标记的开发及功能分析

目的分析厚朴转录组中的SSR位点,并设计引物初步验证,对含SSR的序列进行功能分析,为厚朴分子辅助标记育种和资源保护提供了有利工具。方法将通过厚朴高通量转录组测序获得的Unigene序列进行SSR位点挖掘,利用Primer.03进行引物设计,随机挑选45对引物进行PCR,并利用Blast软件对含有SSR的Unigene进行功能分析。结果在16 369条厚朴转录组序列中共获得8 635个SSR位点,出现频率为52.75%。SSR序列中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,重复比例最高为10次,主导重复基元类型为A/T(47.16%)、AG/CT(31.74%)、AAG/CTT(6.53%)。45对引物中22对(48.89%)可以扩增出预期大小的条带。含SSR的Unigene与能量和氧化还原等代谢过程,以及RNA转运、剪接体和植物激素信号转导等通路有关。结论厚朴高通量转录组序列的SSR位点具有类型丰富、特异性强和潜能高等特点,同时SSR序列的功能分析将为厚朴基因挖掘和分子标记辅助育种提供有利的工具。     

鱼腥草转录组SSR位点信息分析及其多态性研究

目的分析鱼腥草Houttuynia cordata转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为鱼腥草分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了鱼腥草转录组测序获得的63 954条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer 3设计SSR引物,并随机选择50对SSR引物对16株不同来源的鱼腥草进行多态性扩增分析。结果在鱼腥草的转录组中,共搜索到4 800个SSRs,分布于4 413条unigenes,SSR位点出现频率为7.51%。SSRs位点中三核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的41.54%;其次是单核苷酸重复基序(占27.35%)。SSRs所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T是优势重复基元类型,占总SSRs的27.0%。利用Primer3共设计出3 068对SSR引物。随机选择50对引物进行PCR扩增,其中43对(86.0%)扩增出清晰、可重复的条带,且表现出多态性。利用UPGMA作图,将16个样品分为2类。结论鱼腥草转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建奠定基础。     

灯盏花转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究

目的： 通过对灯盏花转录组中SSR位点信息的分析,设计SSR引物,为开发新的SSR标记奠定了基础。方法：利用MISA工具筛选灯盏花转录组测序获得的52 060条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;Primer3设计SSR引物,随机选取36对引物对13株采自不同地方的灯盏花进行多态性扩增分析。结果：灯盏花转录组搜索到3 639个SSR位点,分布于3 260条unigenes上,SSR位点出现频率是6.99%。其中,二核苷酸重复是主要的类型,占总SSR的34.41%,其次是单核苷酸和三核苷酸重复基元,分别占总SSR的31.41%,30.04%。二核苷酸重复基元中以AT/AT和AC/GT为优势重复基元,占总SSRs的28.71%,三核苷酸重复基元以AAT/ATT为主,占7.94%。随机选取36对引物进行PCR扩增,其中34对（94.44%）扩增出清晰、可重复的条带,19对（52.78%）表现出多态性差异。利用UPGMA作图,将13个材料分为2类。结论：灯盏花转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。     

基于转录组的防风SSR分子标记开发及应用

采用转录组测序的方法挖掘防风SSR位点信息并设计特异引物,以期为防风的种质资源遗传多样性研究提供有力依据。对防风种子净度、千粒重、发芽率、活力等种子特性进行统计,并对转录组数据库中长度1 kb以上的12 606条unigene,利用MISA软件搜索SSR位点信息,使用Primer 3设计引物,以筛选得到的43对SSR引物分析28份不同来源防风材料的多态性。结果显示不同种源防风在净度、千粒重、发芽率、活力、种子长宽等方面存在差异,其中发芽率、活力的差异较为明显,HB-ZJK1、NMG-CF4、NMG-BT、NMG-HLE1、NMG-CF2的千粒重、发芽率、活力方面明显高于其他种源。在得到的86 233条unigene序列中利用MISA软件发现有12 606条unigene序列上共包含了15 958个SSR位点,SSR位点unigene数占unigene总数的14.62%,平均每5 009 bp出现1个SSR位点,SSR位点的重复类型以单核苷酸和二核苷酸为主,G/C、TC/AG是单核苷酸和二核苷酸的优势基元,利用28个不同产地防风材料对所有引物进行筛选,得到条带清晰、稳定多态性好的引物。聚...     

野三七转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究

目的 分析野三七Panax vietnamensis var. fuscidiscus（PVF）转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列（SSR）引物,以期为野三七分子标记辅助育种提供有力工具。方法 利用MISA工具筛选了野三七转录组测序获得的126 758条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer3设计SSR引物,并随机选择30对SSR引物对13株不同来源的野三七进行多态性扩增分析。结果 在野三七的转录组中,共搜索到21 320个SSRs,分布于17 780条unigenes,SSR位点出现频率为16.82%。SSRs位点中二核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的52.52%;其次是三核苷酸重复基序（28.08%）。SSRs所包含的重复基元中,二核苷酸重复基元AG/CT和AT/AT是优势重复基元类型,占总SSRs的46.25%。利用Primer3共设计出39 336对SSR引物。随机选择30对引物进行PCR扩增,其中29对（96.67%）扩增出清晰、可重复的条带,15对（50.00%）扩增条带表现出多态性。利用UPGMA作图,将13个材料分为2类。结论 野三七转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。     

款冬叶不同发育阶段的转录组学分析

目的比较不同生长时期款冬叶中苯丙素类成分生物合成相关基因的表达,推测苯丙素类成分的最佳合成积累时期,为款冬叶资源的合理利用提供科学依据。方法利用Illumina Hi Seq2500测序技术对不同时期的款冬叶进行转录组测序,获得转录组数据后进行基因功能注释等生物信息学分析,对苯丙素类生物合成相关基因在不同时期的表达进行比较。结果通过转录组测序技术获得46 793个Unigenes,平均长度为952.144 8 bp,其中有4 774个可以被NR、Swiss-Prot、eggNOG、GO、KEGG等公共数据库共同注释。对注释得到的Unigenes进行KEGG代谢通路分析,结果显示款冬叶转录组中有144条Unigenes参与萜类、黄酮类和苯丙素类生物合成,其中萜类65条,苯丙素类64条,黄酮类15条。进一步对参与苯丙素类生物合成相关基因进行动态比较,发现其关键酶PAL、4CL、HCT、CCoAOMT等在9月的表达量最高,即苯丙素类成分在9月的生物合成量可能最高。结论为苯丙素类成分的生物合成途径及调控分析奠定了基础,也为款冬叶资源的开发利用奠定了科学依据。     

利用转录组分析款冬萜类化合物生物合成关键酶基因及表达特征

目的挖掘与款冬萜类化合物生物合成途径相关的关键酶基因。方法利用Illumina HiSeq2500测序平台对野生款冬花蕾和叶进行转录组测序,使用Trinity软件de novo从头组装,并通过基因功能注释、差异表达基因分析等生物信息学方法进行分析,挖掘款冬中萜类化合物生物合成途径相关的酶基因。结果转录组测序获得39 912 371条高质量reads(SRA号:SRR9113366,SRR9113367),组装获得91 118条Unigene,55 830条Unigene在NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG等数据库得到注释。鉴定出参与款冬萜类化合物生物合成相关酶基因的129个Unigene,包括91个参与三萜骨架生物合成酶基因,32个萜类合成酶基因,6个细胞色素P450基因,其中差异表达基因25个,涉及上游MVA途径的4个差异基因在花蕾中表达量高于叶,MEP途径的5个差异基因在叶中表达高于花蕾,另外还有10个基因在叶中高表达,9个基因在花蕾中高表达。根据差异基因HMGR、TPS、AS、CYP450基因在花蕾中高表达,推测可能与花蕾中萜类物质含量高有关。结论从款冬转录组数据库中初步获得了可能参与萜类化合物生物合成途径的候选关键酶基因,为进一步阐明款冬萜类化合物生物合成的分子机制奠定基础。     

南方红豆杉转录组SSR位点分析及其分子标记开发

目的 基于赤霉素（gibberellin A₃,GA₃）处理下的南方红豆杉Taxus chinensis var. mairei转录组数据鉴定和分析SSR位点,开发可用于南方红豆杉种质资源鉴定和遗传多样性分析的SSR标记。方法 使用MISA软件对南方红豆杉转录组数据进行SSR分析,搜索SSR位点。可搜索单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸,最小重复数分别设置为10、6、5、5、5、5次。采用Primer 3（2.3.5版,默认参数）进行SSR引物设计。通过毛细管荧光电泳检测,最终选定多态性好,扩增成功率高的SSR引物用于后续数据分析;通过MEGA进行UPGMA聚类分析,构建聚类树。结果 转录组测序共获得202 361条Unigene,采用MISA软件搜索出12 008个SSR位点,分布在10 894条Unigenes上,发生频率为5.38%,平均距离为1/7.64 kb。单核苷酸重复类型最丰富,占总SSR位点的51.74%,其次为三核苷酸（20.92%）和二核苷酸重复类型（20.88%）。A/T、AG/CT是优势重复基序,分别占总SSR重复类型的49.60%和10.93%。随机抽选96对SSR引物,以4个地区12份南方红豆杉种质进行引物有效性和多态性验证,筛选出13对具多态性的SSR引物,多态性引物比率为13.54%。13对引物在东北红豆杉Taxus cuspidata扩增效率高达100%,但在曼地亚红豆杉Taxus × media扩增效率仅为23.08%。聚类分析表明太行山地区南方红豆杉聚为一类,浙江、福建和湖南等南方来源的南方红豆杉聚为一类,后三者彼此之间遗传距离更近。结论 南方红豆杉转录组测序产生的Unigene信息可以用来开发SSR分子标记,开发的13个标记将有助于南方红豆杉物种遗传多样性、分子育种、资源保护等方面的研究。     

基于模式生物斑马鱼的款冬叶肝肾毒性比较研究

目的采用斑马鱼模型比较款冬叶、花的肝脏、肾脏毒性,为款冬叶的资源利用提供实验依据。方法取3 dpf(day post fertilization)健康AB系及转基因系斑马鱼,将款冬叶、款冬花以及款冬叶、花分别与紫菀配伍后的4个样品溶于斑马鱼培养用水,分别以0.5、1.0、1.5 mg/mL给药,以培养用水为对照,处理72 h后观察各组样品对斑马鱼肝、肾形态及各指标的影响,以斑马鱼肝脏的荧光面积和肝脏丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)水平评价药物对肝脏的毒性,以斑马鱼表型变化结合培养液蛋白量评价药物的肾脏毒性。结果与对照组比较,各给药组对斑马鱼肝脏生化指标无显著影响,但在1.5 mg/mL剂量下,款冬花及款冬花+紫菀组斑马鱼的肝脏荧光面积减小。各药物处理组斑马鱼表型及培养液蛋白量无显著差异。结论款冬花及款冬花配伍紫菀在高剂量时对肝脏产生一定的毒性,而款冬叶及款冬叶配伍紫菀未表现出明显的肝肾毒性,即款冬叶入药的安全性风险不高于款冬花。研究结果为款冬叶的资源利用奠定了基础。     

款冬花、叶配伍紫菀的肝毒性研究

目的比较款冬花、叶与紫菀配伍后紫菀散的毒性,为款冬叶的资源利用提供依据。方法款冬花、叶分别与紫菀(1∶1)配伍,小鼠连续给药14 d(生药量40 g/kg),通过组织病理、血清生化指标以及基于1H-NMR的代谢组学技术对2个复方的毒性进行比较。结果生化指标和病理学结果显示给药后肝脏发生明显病变;多元统计结合KEGG代谢通路分析确定了血清和肝脏中15个与肝脏毒性相关的生物标志物;从散点图中给药组与对照组的距离及上述生物标志物的变化幅度来看,款冬花、叶配伍的紫菀散虽对机体的代谢影响不同,但未发现款冬叶配伍紫菀后的毒性强于款冬花配伍紫菀后的毒性。结论款冬叶配伍的紫菀散在毒性上与款冬花配伍的紫菀散相当,为款冬叶的资源利用奠定了研究基础。     

款冬叶柄愈伤组织培养与再生体系建立

以款冬幼嫩叶柄为材料,研究植物生长调节剂对其离休培养与植株再生的影响,建立了款冬离体快繁技术体系。结果表明:款冬叶柄切段较理想的灭菌方法为75%乙醇浸泡30 s,转入饱和漂白粉上清液浸泡15 min;适合愈伤诱导的培养基为MS+6-BA 3.0 mg·L~(-1)+2,4-D 2.0 mg·L~(-1),诱导率96.2%;在培养基MS+ZT 2.0 mg·L~(-1)+NAA 0.3 mg·L~(-1)上芽苗分化效果较好,分化率91%,平均芽数8.26个;较佳的不定芽增殖培养基为MS+KT 1.0 mg·L~(-1)+IBA 0.3 mg·L~(-1),增殖倍数为11.81,平均苗高4.9 cm;生根培养基为1/2MS+IBA 0.2 mg·L~(-1),生根数平均为5.68条,生根率为95.22%以上;瓶苗移栽于河沙-有机肥3∶1的基质中生长良好,成活率达90%以上;大田试验表明:同等栽培条件下款冬组培株、栽培株和野生株在生长量与花粒产量等方面存在显著差异,以组培株生长量与花粒产量相对较高。组培品与野生品有效成分含量基本一致。     

生品和蜜炙款冬花不同提取物的镇咳祛痰作用

目的:研究款冬花生品与蜜炙品不同溶媒提取物的镇咳、祛痰作用.方法:镇咳实验:昆明种小鼠,随机分成空白、阴性(溶剂)对照、阳性枸橼酸喷托维林对照组(0.01 g·kg-1)、生品和蜜炙款冬花(按生药量计,下同)水提物高、低剂量组(6.20,3.10 g·kg-1)、醇提取物高、低剂量组(6.0,3.0 g·kg-1)、乙酸乙酯和石油醚提取物高、低剂量组(0.5,0.25 g·kg-1).给药体积为25 mL·kg-1,连续ig给药5d,然后观察25％浓氨水定量喷雾后出现咳嗽的潜伏期及2 min内的咳嗽次数.祛痰实验:SD大鼠随机分成空白、阴性、阳性氯化铵对照组(0.16 g·kg-1)、生品和蜜炙款冬花水提物高、低剂量组(2.70,1.35 g·kg-1);醇提物高、低剂量组(3.0,1.5 g·kg-1)、乙酸乙酯和石油醚提取物高、低剂量组(0.25,0.125 g·kg-1).给药体积为25mL· kg-,连续ig给药3d,毛细玻管法记录末次给药后2h大鼠痰液分泌量.结果:与模型对照组相比,生品和蜜炙款冬花醇提物镇咳效果显著,咳嗽潜伏期明显延长(P＜0.05),咳嗽次数明显减少(P＜0.01).两者水提物也有部分镇咳作用.与模型对照组痰量相比,蜜炙款冬花水提物高、低剂量组,生款冬花乙酸乙酯提取低剂量组,蜜款冬花乙酸乙酯提取物高剂量组痰量明显增多(P＜0.05).此外,生款冬花各溶媒提取物组小鼠体重下降显著(P＜0.05).结论:款冬花具有镇咳、祛痰作用.其镇咳成分极性较大,易溶于水和乙醇;祛痰成分极性较小,脂溶性较大.生款冬花各溶媒提取物可能具有一定毒性.     

39个居群款冬花综合质量评价及影响因素分析

目的 基于干质量、活性物质含量以及抗氧化能力,对甘肃产不同居群款冬Tussilago farfara花进行综合质量评价,并分析环境因素对质量形成的影响。方法 利用分光光度计和HPLC对39个居群款冬花主要活性物质含量和抗氧化能力进行测定,采用模糊综合评价法（fuzzy comprehensive appraisal method,FCAM）对综合质量进行评价,并利用SPSS软件对综合质量与环境因子的关系进行分析。结果 甘肃省39个不同居群款冬花干质量、7个主要活性物质含量（绿原酸、芦丁、异槲皮苷、款冬酮、可溶性糖、总黄酮和总酚类）以及抗氧化能力[1,1-二苯基-2-三硝基苯肼（1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl,DPPH）抑制率和铁离子还原/氧化能力（ferricreducing/antioxidant power,FRAP）值]存在显著差异,综合质量评价值（D）范围0.10～0.61,其中,庄浪县水洛镇综合质量最高（D=0.61）,其次为积石山县吹麻滩镇（D=0.57）和成县小川镇（D=0.56）。相关性分析表明,活性物质含量和抗氧化能力与年平均气温和降雨量呈...     

正交试验法优选蜜炙款冬花的炮制工艺

目的:优选蜜炙款冬花的炮制工艺。方法:以性状、款冬酮和醇溶性浸出物的质量分数为综合评价指标,选取闷润时间、蜂蜜用量、炒炙温度及时间为考察因素,采用L9(34)正交试验优选蜜炙款冬花的炮制工艺。结果:最佳炮制工艺条件为加蜂蜜40%,闷润4 h,100～110℃温度下炒炙6 min。结论:优选的炮制工艺稳定可行,可用于款冬花的质量标准研究。