实时荧光PCR技术定量检测乳腺癌患者血浆循环DNA

目的建立一种实时荧光定量PCR方法,并用该方法检测乳腺癌患者血浆循环DNA水平。方法用QIAamp血液DNA抽提试剂盒提取61例乳腺癌患者和25例健康妇女血浆循环DNA,用实时荧光定量PCR技术(SYBR Green I染料法)进行定量,结果用设定临界域值时的循环数的值(Ct值)表示,并对定量结果进行ROC曲线分析。结果:乳腺癌患者Ct值(27.71±1.41)显著低于健康对照(30.37±1.32,P<0.001),说明乳腺癌患者血浆循环DNA水平显著高于健康对照组;ROC曲线下面积为0.921。结论应用实时PCR技术检测乳腺癌患者血浆循环DNA水平有可能成为一种无创性乳腺癌分子诊断方法。     

SYBR GreenⅠ荧光定量PCR定性检验鼠疫样本材料的结果分析

目的利用SYBR GreenⅠ荧光定量PCR定性检验鼠疫样本材料,分析实验结果的差异。方法选取鼠疫菌质粒上的毒力基因caf1及染色体上的标识序列YP-LC为靶序列设计引物,利用SYBR GreenⅠ荧光定量PCR技术定性检测鼠疫样本,通过统计软件SPSS 21.0分析不同引物、不同浓度的模板DNA,Ct值的差异。结果 SYBR GreenⅠ荧光定量PCR定性检测感染不同浓度的鼠疫耶尔森菌的脏器材料,感染浓度越大,Ct值越小(t=26.817、27.782,P=0.003、0.005,均0.05),不同引物、不同脏器组织之间Ct值差异无统计学意义(t=28.828、25.242,P=0.714、0.132,均0.05),但以caf1为引物对应的Ct值较以YP-LC为引物对应的Ct值重现性好,数据稳定。结论不同脏器之间,肝脏的Ct值较脾脏的Ct值数据稳定,重现性好。不同引物之间,以fra为引物的Ct值较以YP-LC为引物的Ct值重现性好,数据稳定。     

宫颈癌p16基因甲基化研究新方法

目的建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测宫颈癌p16基因甲基化的方法，以期达到早期诊断宫颈癌。方法正常基因组DNA经修饰后进行PCR，构建含有DNA甲基化β-aetin的重组质粒，克隆阳性质粒作为标准品用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR进行检测，建立检测的标准曲线。利用建立好的方法进行检测临床60例宫颈癌组织中p16基因启动子区域5’CpG岛甲基化状态。结果结果显示正常对照组织及癌旁p16基因无甲基化，60例宫颈癌标本的甲基化率为28．33％（17／60）。结论SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR用于p16基因甲基化检测为宫颈癌的早期诊断提供了一种有效的方法。     

SYBR Green Ⅰ联合TaqMan荧光定量PCR检测HBV-DNA的意义

目的探索SYBR GreenI联合TaqMan荧光定量PCR检测HBV-DNA的意义。方法选择浓度为108.48、105.70和103.70copies/ml的3种HBV-DNA阳性血清和<1×103.0copies/ml的阴性血清各1份,在TaqMan-PCR混合反应体系中加入SYBR Green I组成双荧光PCR(TaqMan SYBR Green I组),同时进行TaqMan和SYBR Green I的单荧光PCR(分别为TaqMan组和SYBR Green I组),设置同一PCR和熔解曲线的循环参数,检测HBV-DNA含量及其Tm,每种方法一次检测每份血清5次。结果TaqMan SYBR Green I组检测的HBV-DNA阳性血清均为阳性,其平均含量为108.55±、105.79±、103.81±,与TaqMan组的108.49±、105.69±、103.72±copies/ml0.320.290.300.310.300.25对应浓度值取10对数比较,无统计学意义(t=0.31、0.54和0.27,P>0.05);与SYBR Green I组的108.41±、0.35105.21±和103.26±copies/ml(不含未检出的两次血清)比较,除高浓度外,中低浓度有统计学意义(t=2.90和0.340.262.62,P<0.05)。TaqMan SYBR Green I组和SYBR Green I组阳性血清均出现明显熔解曲线,熔解温度(Tm)分别为71.8℃、72℃和79.8℃,阴性血清未出现扩增曲线和Tm值。结论SYBR Green I联合TaqMan-PCR检测HBV-DNA时,具有能维持TaqMan-PCR的高灵敏度、特异性更强,并能同时检测HBV-DNATm的特点,为HBV的DNA多态性分析,尤其是在HBV基因分型方面提供了新的检测思路。     

荧光染料SYBR GreenⅠ及EB在定量PCR中敏感性比较

目的比较荧光染料SYBR Green I及EB在定量PCR诊断中检测DNA的敏感性.方法分别用琼脂糖凝胶电泳SYBR Green I染色及EB染色,检测26例21-三体综合征患者及20例正常人DNA PCR扩增产物,并进行光密度分析比较.结果SYBR Green I染色于24个循环PCR产物带型清楚,可准确定量检测;EB染色则在28个循环才能进行定量分析.结论荧光染料SYBR Green I染色较EB染色测量DNA敏感、快捷,在定量PCR技术中值得推广应用.     

巴尔通体分离培养及生物学特性研究

目的研究巴尔通体的分离培养及生物学特性。方法采用含5％去纤维兔血脑心浸液琼脂培基对收集自云南省的16个县（市）的913份鼠类血液进行巴尔通体分离培养，对疑似菌落用巴尔通体属特异性引物进行聚合酶链反应（PCR）及进行枸橼酸合酶基因（gltA）的379bp片断扩增，从电泳图中出现目标带的阳性菌中随机选出菌株进行电镜检测，同时将其异gltA扩增产物行已序列测定并与已知菌株进行比较。结果从913份鼠类血液中分离到巴尔通体251份，分离率为27、5％（251／913）。阳性菌落长出时间最早为3d，菌落形态随培养时间延长而改变且特点多样；电镜扫描见多个菌缠绕成团，菌体密集，透射见菌细胞呈短杆状、菌壁较厚。核苷酸序列及相似性比较发现家鼠中巴尔通体有3个基因型。结论分离的巴尔通体种类多、生长特性不一、形态多样，呈高度流行及基因型的多样性，一些不明原因的疾病可能与之感染有关。     

实时定量PCR检测内质网应激相关基因方法的建立

从人外周血白细胞中扩增目的基因片段,构建标准品质粒,应用SYBR GreenⅠ荧光染料进行实时定量PCR,检测内质网应激相关基因的拷贝数。所建立的实时定量PCR方法在起始模板量106～1013拷贝/μl范围内,荧光信号达到阈值的循环数Ct值与模板浓度线性关系良好(R2=0.991 9),是检测内质网应激相关基因有效的手段。     

Quantitative PCR detection of endoplasmic reticulum stress associated genes

从人外周血白细胞中扩增目的 基因片段,构建标准品质粒,应用SYBR GreenⅠ荧光染料进行实时定量PCR,检测内质网应激相关基因的拷贝数.所建立的实时定量PCR方法在起始模板量106～1013拷贝/μl范围内,荧光信号达到阈值的循环数Ct值与模板浓度线性关系良好(R2=0.991 9),是检测内质网应激相关基因有效的手段.     

FQ-PCR检测小鼠肝癌模型中Cyclin E mRNA方法的建立

目的:建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测小鼠肝癌模型中细胞周期蛋白cyclin E mRNA的方法。方法:以cyclin E和β-actin的PCR产物为阳性模板,分别将二者cDNA产物进行10倍梯度稀释,建立双标准曲线,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测cyclin E和β-actin mRNA含量,对熔解曲线进行分析确定扩增产物的特异性。结果:建立的标准曲线线性关系良好,相关系数r均为-1.00,cyclin E和β-ac-tin扩增效率分别为0.91和0.93,熔解曲线分析显示均为单峰,特异扩增产物的Tm值分别为(81.84±0.28)℃和(89.15±0.26)℃。10-4Cyclin E和β-actin cDNA标本日间变异系数(CV)和批内CV分别为1.02%、1.45%和0.90%、1.48%。结论:SYBR Green I实时荧光PCR定量检测cyclin E mRNA是一种方便快捷、经济实惠、灵敏度高、特异性好的方法,为cyclin E的进一步研究奠定方法学基础。     

SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR法测定猴免疫缺陷病毒(SIV)前病毒DNA拷贝数方法的建立

目的建立SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量PCR方法，测定猴免疫缺陷病毒（SIV）前病毒DNA。方法巢式RT-PCR扩增SIVmac251病毒RNA gag基因上1360-1837之间的长度为477bp的片段，将该片段克隆到pGEMT载体上，构建pGEM-SIV gag477质粒。该质粒经大量扩增纯化后定量，10倍系列稀释后，做出标准曲线，作为SIV前病毒DNA荧光定量检测的外标准品。结果应用Roche公司FastStart DNA Master SYBR Green Ⅰ Kit，该标准品可精确定量到10copies／μL。结论制备的pGEM-SIV gag477质粒外标准品纯度高，SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量PCR法特异性、敏感性高，稳定性好，可用于定量测定猴免疫缺陷病毒（SIV）前病毒DNA载量。     

Development of Quantitative Real-time Polymerase Chain Reaction for the Detection of Vibrio vulnificus Based on Hemolysin （vvhA） Coding System

Objective To establish a TaqMan real-time fluorescent quantitative PCR to detect Vibrio vulnificus based on the hemolysin gene （vvhA） coding cytolysin. Methods Primers and probes in the conserved region of the vvhA gene sequence were designed for the TaqMan real-time PCR to detect 100 bp amplicon from V. vulnificus DNA. Recombinant plasmid pMD19-vvhA100 was constructed and used as a positive control during the detection. Minimal amplification cycles （Ct value） and fluorescence intensity enhancement （ARn value） were used as observing indexes to optimize the reaction conditions of TaqMan real-time PCR. The TaqMan assay for the detection of Vbirio vulnificus was evaluated in pure culture, mice tissue which artificially contaminated Vibrio vulnificus and clinical samples. Results The established TaqMan real-time PCR showed positive results only for Vibrio vulnificus DNA and pMD19-vvhA100. The standard curve was plotted and the minimum level of the vvhA target from the recombinant plasmid DNA was 103 copies with a Ct value of 37.94±0.19, as the equivalent of 0.01 ng purified genomic DNA of Vibrio vulnificus. The results detected by TaqMan PCR were positive for the 16 clinical samples and all the specimens of peripheral blood and subcutaneous tissue of mice which were infected with Vibrio vulnificus. Conclusion TaqMan real-time PCR is a rapid, effective, and quantitative tool to detect Vibro vulnificus, and can be used in clinical laboratory diagnosis of septicemia and wound infection caused by Vibrio vulnificus.     

Sybr greenⅠ实时定量PCR检测乙型肝炎病毒DNA的探讨

目的　选择以SybrgreenⅠ作为荧光指示剂做实时PCR (SYBR法 ) ,检测乙肝病毒 (hepatitisBvirus ,HBV )DNA ,并与国产TaqMan荧光实时定量PCR方法比较。 方法　对 189例临床血清标本DNA分别进行常规PCR和SybrgreenⅠ荧光PCR检测。 结果　使用国产TaqMan荧光实时定量PCR方法测得 10 6例HBVDNA阳性 ,67例阴性 ,16例判断困难。使用SybrgreenⅠ实时定量PCR方法测得 117例HBVDNA阳性 ,72例阴性 ,使用SybrgreenⅠ实时定量PCR方法测得HBVDNA阳性熔解曲线Tm值为 83 .67± 0 .95℃。其中 10 6例阳性和 67例阴性与使用国产TaqMan荧光实时定量PCR方法所测阴阳性一致 ,二者定量的回归系数为 0 .941。使用国产TaqMan荧光实时定量PCR方法判断困难的 16例中 ,11例SybrgreenⅠ实时定量PCR方法判断为阳性 ,但定量拷贝数很低 ,其中最大值为 1.68× 10 3 拷贝/ml,最小值为 4.3 7× 10 2 拷贝 /ml ,平均值为 83 9拷贝 /ml ;另 5例判断为阴性。结论　使用SybrgreenⅠ荧光素进行实时定量PCR检测HBVDNA的敏感度要高于国产TaqMan的荧光实时定量PCR方法 ,能够适合目前临床上及时有效准确检测标本的要求。     

猴小肠结肠炎耶尔森氏菌实时荧光PCR快速检测方法的建立

目的 建立一种能快速检测猴小肠结肠炎耶尔森氏菌实时荧光PCR方法.方法 以小肠结肠炎耶尔森氏菌耐热肠毒素基因的保守区为靶区域设计特异引物和探针,建立一种能快速检测小肠结肠炎耶尔森氏菌的实时荧光PCR方法,并对方法的特异性、敏感性、线性相关性、重复性等因素进行试验.结果 建立的荧光PCR法对小肠结肠炎耶尔森氏菌具有特异的反应性,最低检出限为3.3×10 cfu/ml,菌液浓度在3.3×10〈＇7〉cfu/ml至3.3×10cfu/ml时与Ct值有较好的线性关系,试验重复性良好.结论 建立的小肠结肠炎耶尔森氏菌实时荧光PCR检测方法适用于猴小肠结肠炎耶尔森氏菌的快速检测.     

一步法实时荧光定量PCR检测白血病WT1基因mRNA

目的 构建RT-PCR一步法实时荧光定量PCR检测WT1基因mRNA表达的方法,准确定量检测白血病患者微小残留病,指导临床判断预后和早期预测复发.方法 从K562细胞提取的RNA用特异性引物扩增WT1基因,pMD18-T载体克隆法构建荧光定量PCR标准模板,建立RT-PCR一步法实时荧光定量PCR检测wTl基因方法,并对该方法的灵敏度、重复性和稳定性进行检测.结果 构建的RT-PCR一步法实时荧光定量PCR方法的灵敏度达10-4水平:以拷贝数为1.0x106～1.0×102 cps/ml的标准品,分别进行RT-PCR一步法实时荧光定量PCR扩增后,标准品的Ct值与该标准品模板起始浓度的对数存在线性关系,r值达0.998:管间和批间的变异系数均小于8%.结论 所建立RT-PCR一步法实时荧光定量PCR检测WT1基因方法的灵敏度、重复性和特异性好;RT和PCR反应过程一步完成,更简便快捷,减少加样和污染机会,更适合临床检测.     

TaqMan 探针荧光定量PCR支原体快速检测方法的建立及应用

目的： 在支原体16SrRNA的种属特异性区域设计一对引物及其相应的Taqman探针,建立荧光定量PCR方法,检测细胞培养物中支原体。方法：选择16srRNA支原体种属特异性区域作为扩增区,设计支原体通用引物,PCR扩增片段的预期大小为288 bp。回收PCR扩增产物,连接pMD-18T载体,转化JM109大肠杆菌,涂布Amp+琼脂平板,挑取阳性克隆进行PCR鉴定后提取质粒。构建荧光定量PCR绝对定量的标准品,设计荧光定量引物、探针,采用矩阵法对反应体系进行优化,建立绝对定量的标准曲线。利用十倍稀释法检验灵敏度并与普通PCR法及培养法进行比较;对支原体及其他5种革兰氏阳性杆菌进行特异性检验;对培养法、普通PCR法及荧光定量PCR法检测样本的灵敏度进行比较。结果：支原体PCR产物大小约为288 bp,质粒质量浓度为13.9 mg/L,A260/Ａ280 (Ratio)为1
.780,质粒溶液浓度为4.25×109拷贝/ μL。10 μmol/L的引物浓度和10 μmol/L-1探针浓度为最佳反应浓度,双温循环及60℃退火温度为最佳的循环条件。检测灵敏度为4.250×101 拷贝。拷贝数与Ct值之间的线性关系表达式：Ct= －2.916×log拷贝数+40.02。特异性检验中5种革兰氏阳性杆菌样本检测均为阴性,支原体样本为阳性,表明特异性好。准确性检测中变异系数小,表明稳定性好。组内及组间相同浓度样本检测具有相同的Ct值,表明重现性好。样本检验中,荧光定量PCR检测出的阳性样本高于普通PCR及培养法。结论：支原体荧光定量PCR法检测细胞样本及临床样本中支原体快速、特异性强、灵敏度高、稳定性好。     

聚合酶链反应和DNA探针杂交法检测沙眼衣原体的比较

目的：探讨聚合酶链反应（PCR）和DNA探针杂交法检测泌尿生殖道沙眼衣原体（Ct)的临床诊断价值。方法：应用这两种方法对未使用过抗衣原体药物的80例宫颈炎患者同时进行Ct检测。结果：PCR法检出Ct基因的阳性率（23．8％）高于探针杂交法（15．0％），两者比较有显著性差异。结论：PCR法检测Ct较DNA探针杂交法敏感，如将两法结合应用结果将更可信。     

树鼩巴尔通体PCR方法的建立及初步应用

目的建立有效的树鼩巴尔通体PCR检测方法,并进行初步应用。方法针对NCBI公布的巴尔通体序列设计3对引物,通过对我国主要流行菌株的扩增实验来确定1对引物,并进行体系优化、特异性和敏感性测试;运用该PCR方法对60份树鼩样品进行检测,阳性样本进行序列测定。结果所建树鼩巴尔通体PCR检测方法特异性良好,灵敏度较高(2.0×10-5μg/mL),60份树鼩样本中有15份阳性样本,通过序列测定证实树鼩巴尔通体感染率为25%,与扩增结果完全相符,验证了该方法的可行性。结论该方法的建立为树鼩巴尔通体的检测奠定了基础。     

浅部真菌病临床标本致病菌DNA提取方法的初步研究

目的初步建立直接从浅部真菌病临床标本中提取致病菌DNA的方法,为PCR技术快速诊断浅部真菌病及相关研究奠定基础。方法采用蛋白酶K消化法、煮沸法和冻融法处理直接镜检阳性的临床标本,以经典的酚-氯法抽提致病菌DNA,并用真菌通用引物ITS1进行PCR扩增检验。结果共收集标本61例,其中有44例PCR可扩增出特异性条带,甲屑的PCR检出率为81．0％,皮屑为69．2％;PER检测为阴性的17例中有7例标本量较少,有5例菌量较少。整个DNA提取过程约需3h。结论本研究初步建立的直接从浅部真菌病临床标本中提取致病菌DNA的方法能满足后续PCR反应的需要：DNA提取效率与标本量和菌量有关。     

FQ—PCR法与IBT法在人巨细胞病毒检测中的价值比较

目的对荧光定量聚合酶链反应（FQ—PCR）方法与免疫印迹法（IBT）检测人巨细胞病毒进行比较分析。方法分别应用FQ—PCR和IBT检测疑似人巨细胞病毒（HCMV）感染小儿和成人各42例尿HCMVDNA和血清HCMV IgM。结果42例小儿尿HCMVDNA阳性检出率为57．14％,血HCMV IgM阳性检出率为35．71％。前者的诊断阳性率高于后者（χ2=3．88,P〈0．05）,有统计学差异;42例成人尿HCMVDNA阳性检出率为14．29％,血HCMVIsM阳性检出率为71．43％。后者的诊断阳性率显著高于前者（χ2=28,P〈0．005）,有统计学差异;84例患者尿HCMVDNA阳性检出率为38．10％,血HCMVIgM阳性检出率为48．81％。2种方法检测HCMV活动性感染的差异无统计学意义（χ2=1．96,P〉0．1）。结论FQ—PCR检测HCMVDNA是早期诊断小儿HCMV感染的有效的方法;免疫印迹法检测血清HCMV IgM水平对于判断成人HCMV活动性感染具有一定意义;做人群HCMV普查时,免疫印迹法有较好的应用价值。     

16S rRNA在检测肺炎克雷伯菌引起血流感染中的应用

目的初步建立一种对肺炎克雷伯菌引起血流感染的快速检测方法。方法应用实时荧光定量PCR（Real-time PCR）,从血培养阳性瓶中提取细菌基因组DNA,以特异性引物扩增16S rRNA靶片段,同期进行细菌培养鉴定的对照。结果检测142份已知肺炎克雷伯阳性标本,65份非肺炎克雷伯阴性对照,52份双盲样本显示敏感性为100%（146/146）特异性为100%（113/113）,整个实验可在2h内完成。结论较传统的培养鉴定法而言,以16SrRNA作为实时荧光定量靶基因可快速检测肺炎克雷伯菌,具有很好的研究价值与应用前景。