耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药元件分析研究

目的探讨一组耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌获得性耐药基因及可移动遗传元件遗传标记的携带情况及关联性。方法收集2013年1-12月宁波市第二医院住院患者中分离到的20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌,用gyrA与parC测序确认菌种,再采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类共56种获得性耐药相关基因和12种可移动遗传元件遗传标记,最后对检测结果作指标聚类分析。结果 20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌每株均检出获得性耐药基因与可移动遗传元件标记,20株菌共检出6种β-内酰胺类获得性耐药基因、4种氨基糖苷类获得性耐药基因、1种16SrRNA甲基化酶基因、8种可移动遗传元件遗传标记,指标聚类分析提示bla KPC与ISKpn6相强关联,bla OXA-1与tnp513相强关联,17株bla KPC-2阳性菌bla KPC-ISKpn6连锁检测均为阳性。结论肺炎克雷伯菌中携带的耐药基因和耐药表表型相对应,携带bla KPC-2和bla IMP-4是该组菌耐碳青霉烯类的重要原因。     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药相关基因分析

目的探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药基因及可移动遗传元件遗传标记的携带,与菌株间的亲缘性。方法收集2014年1-12月住院患者中分离20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌,经gyrA测序比对确认菌种,再采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类共57种耐药相关基因与12种可移动遗传元件遗传标记,最后对检测结果作样本聚类分析。结果 20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌每株均检出β-内酰胺酶基因、氨基糖苷类修饰酶基因、喹诺酮类作用靶位基因gyrA突变以及可移动遗传元件标记;20株菌共检出4种β-内酰胺类耐药基因、4种氨基糖苷类耐药基因、1种16SrRNA甲基化酶基因、1种喹诺酮类耐药基因、6种可移动遗传元件遗传标记,阳性率非常高,且阳性基因可分为6种阳性模式;样本聚类分析发现,20株菌可区分为A、B两个家族,A家族中1号株为孤独株,A1(2和9号株)与A2(10、11、12、13、15、16、17和18号株)子家族均为克隆传播,A3子家族有2株菌;B家族(3、4、5、6、7、8和20号株)亦为克隆传播,并已构成暴发流行。结论本组肺炎克雷伯菌中携带的耐药基因与耐药表表型相对应,样本聚类分析提示本组菌有克隆传播,有的已构成暴发流行。     

基于耐药相关基因耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌亲缘关系分析

目的了解耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药相关基因与可移动遗传元件存在状况和菌株之间的亲缘关系。方法收集2014年1-12月浙江省磐安县人民医院住院患者标本中分离20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌,用gyrA测序后BLASTn比对确认菌种,再采用聚合酶链反应(PCR)法分析40种β-内酰胺酶获得性耐药基因、两种膜孔蛋白基因、12种氨基糖苷类获得性耐药基因、1种喹诺酮类作用靶位基因、4种喹诺酮类获得性耐药基因、12种可移动遗传元件遗传标记,并对检测结果作样本聚类分析。结果 20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌对β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药率很高,除未检出喹诺酮类药物获得性耐药基因外,其他基因均有阳性检出;共检出4种β-内酰胺类获得性耐药基因、两种膜孔蛋白基因、两种氨基糖苷类获得性耐药基因、1种喹诺酮类作用靶位基因、8种可移动遗传元件遗传标记,且阳性率较高;样本聚类分析提示20株菌可分为A与B两个簇群;A簇群5株,分别为1、2、3、4、16号株,为克隆传播;B簇群分B1、B2二亚簇群,B1亚簇群12株,分别为5、6、7、8、9、10、11、13、14、17、18、19号株,为克隆传播;B2亚簇群3株,分别为12、15、20号株,亦为克隆传播。结论肺炎克雷伯菌耐药表型与基因型结果相符,菌株呈3个克隆传播特征,为医院感染。     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌暴发流行研究

目的调查耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌中获得性耐药基因和可移动遗传元件的遗传标记的存在状况,通过对检测结果作样本聚类分析判断该组菌株间是否存在医院感染。方法收集2012年11-12月14株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌,采用聚合酶链反应(PCR)法分析5类耐药基因和可移动遗传元件遗传标记,再对检测结果作样本聚类分析。结果 14株肺炎克雷伯菌共检出3种β-内酰胺酶基因,2种氨基糖苷类修饰酶基因,1种氯霉素类获得性耐药基因,2种磺胺类获得性耐药基因,5种可移动遗传元件遗传标记;样本聚类分析提示2、3、4、5、6、7、8、10、11、12、13号株为同一克隆。结论通过样本聚类分析证明医院重症医学科发生了耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌暴发流行事件,需加强该科室的医院感染预防与控制。     

携带bla_(KPC-2)型碳青霉烯酶基因泛耐药肺炎克雷伯菌对喹诺酮类耐药机制研究

目的了解临床分离的携带blaKPC-2型碳青霉烯酶基因泛耐药肺炎克雷伯菌对喹诺酮类药物的耐药机制,为临床治疗提供参考依据。方法在2008年11月-2009年7月从住院患者中分离19株携带blaKPC-2型碳青霉烯酶基因泛耐药肺炎克雷伯菌,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析两种喹诺酮类药物作用靶位编码基因(gyrA、parC)和5种质粒介导的喹诺酮类耐药相关基因。结果 19株携带blaKPC-2型碳青霉烯酶基因泛耐药肺炎克雷伯菌gyrA和parC基因PCR扩增均阳性,1株(5.3%)aac(6′)-Ⅰb-cr基因阳性,qnrA、qnrB、qnrS和qepA基因均阴性;序列分析结果表明,19株gyrA和parC基因均发生突变,分别导致gyrA基因喹诺酮耐药决定区(QRDR)出现两个位点错义突变,导致第83位丝氨酸(Ser)被异亮氨酸(Ile)取代、第87位天冬氨酸(Asp)被甘氨酸(Gly)取代,parC基因QRDR出现1个位点错义突变,导致第80位丝氨酸被异亮氨酸取代。结论染色体介导的耐药机制仍是临床分离的携带blaKPC-2型碳青霉烯酶基因泛耐药肺炎克雷伯菌对喹诺酮类药物耐药主要机制。     

多药耐药肺炎克雷伯菌尿液分离株检出gyrA基因新亚型

目的了解1株多药耐药肺炎克雷伯菌的遗传学背景。方法采用聚合酶链反应(PCR)的方法分析1株多药耐药肺炎克雷伯菌可能存在的65种耐药相关基因:包括β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因及可移动的遗传元件(整合子、转座子、接合性质粒)遗传标记、抗菌制剂外排泵基因。结果该株多药耐药肺炎克雷伯菌耐β-内酰胺类药物基因检出blaTEM,耐氨基糖苷类药物基因检出aph(3′)-Ⅰ,耐喹诺酮类药物基因检出gyrA,Ⅰ类整合子遗传标记检出intⅠ1,转座子遗传标记检出tnp513,接合性质粒遗传标记检出trbC;抗菌制剂外排泵基因检出qacE△1-sul1,gyrA基因是新亚型(GenBank登录号:JN232083),83位密码子突变方式为TCG→TTC,导致氨基酸从丝氨酸(S)→苯丙氨酸(F);87位密码子突变方式为GAC→GCC,导致氨基酸从天冬氨酸(D)→丙氨酸(A)。结论携带多药耐药基因和抗菌制剂外排泵基因是这株肺炎克雷伯菌呈多药耐药的主要原因,携带多种可移动遗传元件使细菌的耐药性在同种细菌菌株之间,甚至不同种细菌菌株之间得以快速传播。     

耐碳青霉烯类与喹诺酮类肺炎克雷伯菌的耐药机制研究

目的研究20株耐碳青霉烯类与喹诺酮类肺炎克雷伯菌的耐药机制。方法 20株肺炎克雷伯菌分离自2012年1-6月医院住院患者的痰液样本,采用改良的Hodge试验检测碳青霉烯酶活性,再用PCR法检测A^D类40种β-内酰胺酶基因和喹诺酮类耐药基因。结果 20株肺炎克雷伯菌经改良的Hodge试验检测均有碳青霉烯酶活性,均检出TEM-1和KPC-2型β-内酰胺酶基因,出现gyrA基因第83位密码子TCC→ATC突变(氨基酸序列S→I),第87位密码子GAC→GGC突变(氨基酸序列D→G)。结论肺炎克雷伯菌携带KPC-2型β-内酰胺酶基因和存在gyrA基因QRDR区突变,其是碳青霉烯类与喹诺酮类药物的耐药机制,肺炎克雷伯菌药敏表型与耐药基因型相同疑似医院感染。     

两所三级医院耐药鲍氏不动杆菌耐药元件检测研究

目的比较两所医院鲍氏不动杆菌临床分离株耐药表型及耐药元件的差异,了解两所医院鲍氏不动杆菌耐药表型及分子流行病学特性。方法收集2011年1-12月患者临床标本中分离的39株耐药鲍氏不动杆菌,其中A1~A19号株分离自浙江省宁波市第二医院(A院),B1~B20号株分离自江苏省无锡市人民医院(B院);先用16S~23SrDNA鲍氏不动杆菌种特异PCR扩增做菌种的分子鉴定,再采用聚合酶链反应(PCR)法分析33种β-内酰胺酶基因、8种氨基糖苷类修饰酶基因、6种16SrRNA甲基化酶基因、12种可移动遗传元件遗传标记、2种氟喹诺酮类药物作用靶位基因,测得结果作样本聚类分析(UPGMA法)。结果 A院菌株对氨基糖苷类药物仍有较高的敏感性,B院菌株对常用药物均耐药;A院19株菌株均检出β-内酰胺类药物获得性耐药基因、可移动遗传元件遗传标记以及氟喹诺酮类药物作用靶位基因均存在突变,只有14株菌株未检出氨基糖苷类药物获得性耐药基因;B院20株菌株均检出β-内酰胺类药物获得性耐药基因、氨基糖苷类药物获得性耐药基因、可移动遗传元件遗传标记以及氟喹诺酮类药物作用靶位基因均存在突变;两所医院菌株耐药元件检测结果的样本聚类分析显示:A、B两所医院的菌株因检出基因不同则分成两簇,A院的14株为同一克隆,而B院的20株为同一克隆。结论可移动遗传元件介导获得性耐药基因可在细菌间传播,两所医院菌株的耐药表型和基因型一一对应,A院5株菌的表型与B院20株菌相同,但获得性耐药基因检测结果不同。     

耐药肺炎克雷伯菌湖北襄阳分离株获得性耐药元件研究

目的调查耐药肺炎克雷伯菌获得性耐药元件基因的携带情况及菌株间的亲缘关系,为临床治疗提供参考依据。方法收集2016年1-10月医院住院患者痰液标本分离15株耐药肺炎克雷伯菌,用K-B法测定9种抗菌药物的敏感性,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析35种β-内酰胺类获得性耐药基因,21种氨基糖苷类获得性耐药基因和10种可移动遗传元件遗传标记;阳性耐药基因测序后直接作BLAST比对,耐药基因检测结果作样本聚类分析。结果 15株耐药肺炎克雷伯菌对β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药率高;15株菌每株均检出β-内酰胺酶基因,总阳性率达100.0%,共检出7种β-内酰胺酶基因,其中仅检出1种β-内酰胺酶基因1株,占6.7%,同时检出2种9株,占60.0%,同时检出3种5株,占33.3%;样本聚类分析可见有一定的聚集性,并可分为A与B二个群;除A群有2个菌株属克隆传播,其余菌株亲缘关系稍远。结论本组15株耐药肺炎克雷伯菌同时携带β-内酰胺类药物获得性耐药基因、氨基糖苷类药物获得性耐药基因和可移动遗传元件遗传标记,是对β-内酰胺类和氨基糖苷类产生耐药的重要原因。     

耐药肺炎克雷伯菌湖北襄阳分离株获得性耐药元件研究北大核心CSCD

目的调查耐药肺炎克雷伯菌获得性耐药元件基因的携带情况及菌株间的亲缘关系,为临床治疗提供参考依据。方法收集2016年1-10月医院住院患者痰液标本分离15株耐药肺炎克雷伯菌,用K-B法测定9种抗菌药物的敏感性,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析35种β-内酰胺类获得性耐药基因,21种氨基糖苷类获得性耐药基因和10种可移动遗传元件遗传标记;阳性耐药基因测序后直接作BLAST比对,耐药基因检测结果作样本聚类分析。结果 15株耐药肺炎克雷伯菌对β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药率高;15株菌每株均检出β-内酰胺酶基因,总阳性率达100.0%,共检出7种β-内酰胺酶基因,其中仅检出1种β-内酰胺酶基因1株,占6.7%,同时检出2种9株,占60.0%,同时检出3种5株,占33.3%;样本聚类分析可见有一定的聚集性,并可分为A与B二个群;除A群有2个菌株属克隆传播,其余菌株亲缘关系稍远。结论本组15株耐药肺炎克雷伯菌同时携带β-内酰胺类药物获得性耐药基因、氨基糖苷类药物获得性耐药基因和可移动遗传元件遗传标记,是对β-内酰胺类和氨基糖苷类产生耐药的重要原因。     

肺炎链球菌分离株的耐药性与毒力基因研究

目的探讨新生儿肺炎链球菌分离株耐药性、毒力基因的携带状况与菌株间的亲缘性。方法选择2012年1月-2016年12月期间于医院分娩的未曾出院的新生儿肺炎患儿分离出的39株肺炎链球菌,采用pbp2B种特异聚合酶链反应(PCR)检测判定肺炎链球菌,采用纸片扩散法(K-B法)测定药物敏感性,采用PCR及序列分析的方法分析5种耐药基因(pbp2B突变型、ermB、mefA、tetM、intTn)与10种毒力基因(pspA、pspC、rrgA、nanA、pavA、iga、hysA、lytA、lytB、ply),并对检测结果作样本聚类分析。结果 39株肺炎链球菌对青霉素、红霉素、阿奇霉素、四环素的耐药率均>89.0%,对头孢噻肟、万古霉素、替考拉宁均敏感;39株菌5种耐药基因均有检出,且检出率非常高,大环内酯类药物耐药基因总检出率达100.0%,并检出7种毒力基因;样本聚类分析提示39株菌存在9个小克隆,但具有多样性,9个小克隆分别为1-34-39号株、6-35号株、3-10-19号株、13-16-14号株、15-17-18号株、23-30号株、36-37号株、24-25-26号株、4-28号株。结论本组菌株中检出pbp2B突变型、ermB、mefA、tetM、intTn等5种耐药基因是导致本组菌对青霉素、大环内酯类药物和四环素耐药率高的重要原因,耐药表型与基因型基本对应;分离株携带的6种毒力基因有黏附、侵袭、自溶、细胞毒、生物膜形成等毒力作用。     

A mirage of genes

This paper examines the structure of popular conceptions of the new genetics, and assesses why genetics has been so readily accepted in medicine and in the public discourse. Adapting Rene Dubos' classic analysis, Mirage of Health, we examine the new genetics by comparing it to Dubos' analysis of the structure and limits of germ theory. Germ theory focuses on the internal rather than the external environment, emphasises a doctrine of specific aetiology, and adopts the metaphor of the body as a machine. The germ theory model narrowed our vision about disease aetiology, proved misleading in some cases, yet remained the basis for clinical medical models of disease. In recent years, genetics has moved to the cutting edge of medical research and thinking about disease and behaviour. The structure of popular conceptions of the new genetics shows remarkable parallels with germ theory. This has eased the acceptance of genetics but simultaneously raises questions about these genetic explanations. An appearance and allure of specificity privileges genetic explanations in the public discourse; on examination, this specificity may prove to be a mirage.     

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌耐药基因与毒力基因检测研究

目的调查耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)6种耐药基因与4种毒力基因的携带状况,分析其阳性率及阳性模式。方法收集2011年1-12月江苏省江阴市及浙江省宁波市2所三级医院住院患者临床标本中分离到的31株金黄色葡萄球菌,用聚合酶链反应(PCR)法分析6种耐药基因(mecA、aac(6′)/aph(2″)、aph(3′)-Ⅲ、ermA/B/C、tetM、qacA/B)与4种毒力基因(sasX、psm-mec、pvl、tst)。结果 31株金黄色葡萄球菌mecA、aac(6′)/aph(2″)、aph(3′)-Ⅲ、ermA/B/C、tetM、qacA/B、sasX、psm-mec、pvl、tst阳性率分别为100.0%、96.8%、77.4%、96.8%、90.3%、38.7%、74.2%、93.5%、96.8%、0,可分为7种阳性结果模式。结论对MRSA进行6种耐药基因及4种毒力基因检测研究尚为国内外首次;MRSA携带耐药基因和毒力基因,与人体感染性疾病的种类及与病程、转归有关,值得作多中心大规模调查。     

Screening the genes

Low- and middle-income countries are catching up on the use of screening for birth defects. Jane Parry reports.     

结核病易感基因研究进展

结核病研究虽然长达几个世纪之久,但到目前为止,仍然是由单一病原菌导致死亡人数最多的疾病,并且近年来呈现死灰复燃之势,为此WHO于1993年宣布结核病为新发的全球公共卫生事件.近年来,发达国家通过研制有效的抗菌药和改善社会经济条件以降低结核病发病率和死亡率,但是结核病仍为发展中国家的主要健康威胁之一.根据2009年WHO估计,2007年全球结核病新发病例为927万,其中我国约为130万[1].流行病学调查显示,不到10%的结核分枝杆菌感染者会发展成为活动性结核病,而大多数的感染者却能控制或者清除结核分枝杆菌[2].感染结核分枝杆菌能否发展成为临床症状的结核病与机体免疫状态相关,而机体的免疫状态很大程度上是由宿主基因决定的,一系列的研究已经证明宿主的遗传因素在结核病发展过程中发挥着重要的作用[3-6].     

泛耐药铜绿假单胞菌耐药与毒素基因的样本聚类分析

目的调查一组泛耐药铜绿假单胞菌的耐药基因与毒力基因存在状况和菌株间的亲缘关系。方法收集2010年1-12月分离自医院住院患者痰标本的泛耐药铜绿假单胞菌共25株,用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析23种β-内酰胺酶基因、膜孔蛋白oprD2基因、6种氨基糖苷类修饰酶基因、2种16SrRNA甲基化酶基因,2种可移动遗传元件遗传标记基因,再对检测结果作样本聚类分析。结果 25株泛耐药铜绿假单胞菌共检出7种耐药基因:包括2种β-内酰胺类耐药相关基因blaGES、blaVIM基因,阳性率分别为80.0%、20.0%,2种氨基糖苷类耐药相关基因aac(6′)-Ⅰb和ant(2″)-Ⅰ基因,阳性率分别为100.0%和20.0%,2种可移动遗传元件的遗传标记intⅠ、tnp513基因和外毒素toxA基因,阳性率分别为100.0%、20.0%和100.0%,部分菌株存在oprD2缺失阳性率20.0%;样本聚类将菌株分为大小两个簇群,均为克隆传播暴发。结论尽管泛耐药铜绿假单胞菌菌株药敏表型相同,但样本聚类分析将菌株分为两个簇群,研究耐药基因检测并同步解析了25株泛耐药铜绿假单胞菌对头孢类、氨基糖苷类药物耐药的遗传学背景。     

肠球菌属耐药基因检测

目的了解临床分离的肠球菌属抗菌药物耐药基因存在状况。方法采用聚合酶链反应(PCR)检测7种耐药相关基因。结果 20株粪肠球菌中,tetM基因阳性为40.0%,ermB基因为60.0%,aac(6′)/aph(2′)为75.0%,ant(6)-Ⅰ为50.0%,TEM为5.0%,aph(3′)-Ⅲ为50.0%;20株屎肠球菌tetM基因阳性为40.0%,ermB为65.0%,aac(6′)/aph(2′)为90.0%,ant(6)-Ⅰ为70.0%,TEM为25.0%,aph(3′)-Ⅲ为70.0%。结论临床分离的肠球菌属耐药相关基因携带率高,肠球菌属对多种抗菌药物耐药率高,注意消毒隔离。