耐药基因与管家基因的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌亲缘关系研究

目的探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药基因及可移动遗传元件遗传标记的携带情况及菌株之间的亲缘关系。方法收集2013年1-12月医院住院患者中分离到的20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌,用gyrA与parC基因测序确认菌种,再采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析56种获得性耐药基因、12种MGEs标记、膜孔蛋白基因(ompK35、ompK36)以及喹诺酮类作用靶位基因(gyrA、parC),最后对检测结果作样本聚类分析。结果 20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌共检出6种β-内酰胺类药物获得性耐药基因、2种膜孔蛋白基因、5种氨基糖苷类药物获得性耐药基因、2种喹诺酮类药物作用靶位基因、1种喹诺酮类药物获得性耐药基因、8种可移动遗传元件标记;样本聚类分析提示,10号为孤立株,其余19株呈明显的聚集性(A家族);A家族可分为A1和A2;A1又可分为A1-1和A1-2;A1-1再可分为A1-1-1和A1-1-2小家族;A1-1-1和A1-1-2小家族聚集性更为明显,并分别出现克隆播散。结论获得性耐药基因与管家基因检测结果提供了本组菌株耐药的遗传基础,并且与耐药表型相对应,样本聚类分析是监控医院感染实用手段。     

基于耐药相关基因耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌亲缘关系分析

目的了解耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药相关基因与可移动遗传元件存在状况和菌株之间的亲缘关系。方法收集2014年1-12月浙江省磐安县人民医院住院患者标本中分离20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌,用gyrA测序后BLASTn比对确认菌种,再采用聚合酶链反应(PCR)法分析40种β-内酰胺酶获得性耐药基因、两种膜孔蛋白基因、12种氨基糖苷类获得性耐药基因、1种喹诺酮类作用靶位基因、4种喹诺酮类获得性耐药基因、12种可移动遗传元件遗传标记,并对检测结果作样本聚类分析。结果 20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌对β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药率很高,除未检出喹诺酮类药物获得性耐药基因外,其他基因均有阳性检出;共检出4种β-内酰胺类获得性耐药基因、两种膜孔蛋白基因、两种氨基糖苷类获得性耐药基因、1种喹诺酮类作用靶位基因、8种可移动遗传元件遗传标记,且阳性率较高;样本聚类分析提示20株菌可分为A与B两个簇群;A簇群5株,分别为1、2、3、4、16号株,为克隆传播;B簇群分B1、B2二亚簇群,B1亚簇群12株,分别为5、6、7、8、9、10、11、13、14、17、18、19号株,为克隆传播;B2亚簇群3株,分别为12、15、20号株,亦为克隆传播。结论肺炎克雷伯菌耐药表型与基因型结果相符,菌株呈3个克隆传播特征,为医院感染。     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药元件分析研究

目的探讨一组耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌获得性耐药基因及可移动遗传元件遗传标记的携带情况及关联性。方法收集2013年1-12月宁波市第二医院住院患者中分离到的20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌,用gyrA与parC测序确认菌种,再采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类共56种获得性耐药相关基因和12种可移动遗传元件遗传标记,最后对检测结果作指标聚类分析。结果 20株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌每株均检出获得性耐药基因与可移动遗传元件标记,20株菌共检出6种β-内酰胺类获得性耐药基因、4种氨基糖苷类获得性耐药基因、1种16SrRNA甲基化酶基因、8种可移动遗传元件遗传标记,指标聚类分析提示bla KPC与ISKpn6相强关联,bla OXA-1与tnp513相强关联,17株bla KPC-2阳性菌bla KPC-ISKpn6连锁检测均为阳性。结论肺炎克雷伯菌中携带的耐药基因和耐药表表型相对应,携带bla KPC-2和bla IMP-4是该组菌耐碳青霉烯类的重要原因。     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌暴发流行研究

目的调查耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌中获得性耐药基因和可移动遗传元件的遗传标记的存在状况,通过对检测结果作样本聚类分析判断该组菌株间是否存在医院感染。方法收集2012年11-12月14株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌,采用聚合酶链反应(PCR)法分析5类耐药基因和可移动遗传元件遗传标记,再对检测结果作样本聚类分析。结果 14株肺炎克雷伯菌共检出3种β-内酰胺酶基因,2种氨基糖苷类修饰酶基因,1种氯霉素类获得性耐药基因,2种磺胺类获得性耐药基因,5种可移动遗传元件遗传标记;样本聚类分析提示2、3、4、5、6、7、8、10、11、12、13号株为同一克隆。结论通过样本聚类分析证明医院重症医学科发生了耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌暴发流行事件,需加强该科室的医院感染预防与控制。     

产ESBL肺炎克雷伯菌的β-内酰胺类与氨基糖苷类和磺胺类耐药元件分析

目的调查一组20株产ESBL肺炎克雷伯菌中β-内酰胺类、氨基糖苷类与磺胺类获得性耐药元件基因的携带状况,以及菌株间的亲缘关系。方法收集2015年1月-6月医院住院患者标本中分离的20株产ESBL肺炎克雷伯菌,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析23种β-内酰胺类耐药基因、11种氨基糖苷类耐药基因、5种磺胺类耐药基因、8种可移动遗传元件遗传标记,阳性耐药基因测序后直接作BLAST比对,耐药基因检测结果作样本聚类分析(UPGMA法)。结果 20株产ESBL肺炎克雷伯菌每株均检出β-内酰胺类耐药基因、磺胺类耐药基因和可移动遗传元件遗传标记基因,阳性率达100.0%,有19株检出氨基糖苷类药物获得性耐药基因,阳性率95.0%;20株菌共检出6种β-内酰胺酶类耐药基因、4种氨基糖苷类耐药基因、3种磺胺类耐药基因、6种可移动遗传元件遗传标记,且阳性率较高;样本聚类分析显示菌株有聚集性,共有12-14号株、7-20号株、15-18-19号株、8-9号株4个克隆传播。结论本组20株产ESBL肺炎克雷伯菌携带的β-内酰胺类耐药基因、氨基糖苷类耐药基因、磺胺类耐药基因和可移动遗传元件遗传标记是对β-内酰胺类、氨基糖苷类、磺胺类产生耐药的重要原因,本组菌检出的四个克隆高度疑似医院感染。     

质粒型AmpC酶DHA基因在耐药肺炎克雷伯菌中的流行研究

目的调查对常用抗菌药物耐药肺炎克雷伯菌(DRK)获得性耐药基因及相关可移动遗传元件的携带状况及菌株间的亲缘关系。方法 20株耐药肺炎克雷伯菌均分离自医院2015年1-12月住院患者痰标本,用K-B法测定抗菌药物的敏感性,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析24种β-内酰胺类获得性耐药基因、11种氨基糖苷类获得性耐药基因、10种可移动遗传元件遗传标记,阳性耐药基因测序后直接作BLAST比对,耐药基因检测结果作样本聚类分析(UPGMA法)。结果 20株耐药肺炎克雷伯菌对β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类均耐药,但对碳青霉烯类均敏感;20株菌均检出β-内酰胺类获得性耐药基因,阳性率为100.0%,共检出6种β-内酰胺酶基因,blaDHA群基因检出率为最高90.0%;每株也均检出氨基糖苷类修饰酶基因,阳性率为100.0%,共检出4种氨基糖苷类获得性耐药基因,ant(3″)-Ⅰ群基因检出率为最高90.0%,但16SrRNA甲基化基因未检出;可移动遗传元件标记基因每株也均有检出,共检出7种可移动遗传元件标记基因,其中tnp513、IS26、IS903、ISEcp1、intⅠ1阳性率均为100.0%,trbC阳性率95.0%;样本聚类分析显示,该组菌株有明显的聚集性,分A与B二个群,B群又可分为B-1、B-2两个亚群,B-2亚群存在二个克隆传播,其中5-6号株均携带10种基因,4-7-8-9-13-14-15-16-17-18-19-20号株均携带9种基因。结论 20株耐药肺炎克雷伯菌同时携带了β-内酰胺类获得性耐药基因、氨基糖苷类修饰酶基因和可移动遗传元件标记基因,是对β-内酰胺类和氨基糖苷类产生耐药的重要原因,该组菌检出的2个克隆高度疑似医院感染,同一克隆菌株携带相同基因。     

携带blaKPC基因肺炎克雷伯菌的氨基糖苷类耐药元件研究

目的调查宁波两家医院24株携带blaKPC基因耐碳青霉烯类抗菌药物肺炎克雷伯菌(CRKP)的氨基糖苷类耐药基因和可移动遗传元件遗传标记的存在状况,并分析其亲缘关系。方法收集两家医院2016年1月-12月分离出的24株携带blaKPC基因的CRKP菌,采用聚合酶链反应(PCR)法检测氨基糖苷类及可移动遗传元件标记基因,将氨基糖苷类耐药元件检测结果作样本聚类分析。结果 20株菌rmtB和ant(3")-Ⅰ基因均阳性,1株菌仅rmtB基因阳性,接合性质粒标记traA、trbC检出率分别为91.7%和95.8%,插入序列IS26、IS903、ISEcp1检出率分别为87.5%、91.7%和87.5%,样本聚类分析显示菌株分为A与B二群,A群菌株有明显的聚集性。结论本组CRKP菌株携带氨基糖苷类获得性耐药相关基因导致对氨基糖苷类抗菌药物耐药,指标聚类分析提示菌株之间存在克隆传播。     

多药耐药肺炎克雷伯菌尿液分离株检出gyrA基因新亚型

目的了解1株多药耐药肺炎克雷伯菌的遗传学背景。方法采用聚合酶链反应(PCR)的方法分析1株多药耐药肺炎克雷伯菌可能存在的65种耐药相关基因:包括β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因及可移动的遗传元件(整合子、转座子、接合性质粒)遗传标记、抗菌制剂外排泵基因。结果该株多药耐药肺炎克雷伯菌耐β-内酰胺类药物基因检出blaTEM,耐氨基糖苷类药物基因检出aph(3′)-Ⅰ,耐喹诺酮类药物基因检出gyrA,Ⅰ类整合子遗传标记检出intⅠ1,转座子遗传标记检出tnp513,接合性质粒遗传标记检出trbC;抗菌制剂外排泵基因检出qacE△1-sul1,gyrA基因是新亚型(GenBank登录号:JN232083),83位密码子突变方式为TCG→TTC,导致氨基酸从丝氨酸(S)→苯丙氨酸(F);87位密码子突变方式为GAC→GCC,导致氨基酸从天冬氨酸(D)→丙氨酸(A)。结论携带多药耐药基因和抗菌制剂外排泵基因是这株肺炎克雷伯菌呈多药耐药的主要原因,携带多种可移动遗传元件使细菌的耐药性在同种细菌菌株之间,甚至不同种细菌菌株之间得以快速传播。     

耐药大肠埃希菌湖北监利分离株常见耐药基因研究

目的调查一组耐药大肠埃希菌分离株中β-内酰胺类、氨基糖苷类耐药基因与可移动遗传元件遗传标记的携带状况及菌株间的亲缘关系。方法收集2016年1-6月医院住院患者痰液标本中分离的耐药大肠埃希菌20株,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析15种β-内酰胺酶基因、7种氨基糖苷类修饰酶基因、1种16SrRNA甲基化酶基因、4种可移动遗传元件遗传标记;阳性耐药基因测序后直接作BLAST比对,耐药基因检测结果作样本聚类分析(UPGMA法)。结果 20株耐药大肠埃希菌对头孢类、β-内酰胺类复合制剂、喹诺酮类均耐药,对碳青霉烯类均敏感;20株菌共检出4种β-内酰胺酶基因,4种氨基糖苷类修饰酶基因,4种可移动遗传元件遗传标记,且阳性率较高;样本聚类分析显示20株菌中的18株出现了明显的聚集性,出现4个克隆。结论 20株耐药大肠埃希菌携带的β-内酰胺酶基因、氨基糖苷类修饰酶基因和可移动遗传元件遗传标记是对β-内酰胺类和氨基糖苷类产生耐药的重要原因;本组菌检出的四个克隆高度疑似医院感染,同一克隆菌株携带相同基因。     

耐药肺炎克雷伯菌湖北襄阳分离株获得性耐药元件研究北大核心CSCD

目的调查耐药肺炎克雷伯菌获得性耐药元件基因的携带情况及菌株间的亲缘关系,为临床治疗提供参考依据。方法收集2016年1-10月医院住院患者痰液标本分离15株耐药肺炎克雷伯菌,用K-B法测定9种抗菌药物的敏感性,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析35种β-内酰胺类获得性耐药基因,21种氨基糖苷类获得性耐药基因和10种可移动遗传元件遗传标记;阳性耐药基因测序后直接作BLAST比对,耐药基因检测结果作样本聚类分析。结果 15株耐药肺炎克雷伯菌对β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药率高;15株菌每株均检出β-内酰胺酶基因,总阳性率达100.0%,共检出7种β-内酰胺酶基因,其中仅检出1种β-内酰胺酶基因1株,占6.7%,同时检出2种9株,占60.0%,同时检出3种5株,占33.3%;样本聚类分析可见有一定的聚集性,并可分为A与B二个群;除A群有2个菌株属克隆传播,其余菌株亲缘关系稍远。结论本组15株耐药肺炎克雷伯菌同时携带β-内酰胺类药物获得性耐药基因、氨基糖苷类药物获得性耐药基因和可移动遗传元件遗传标记,是对β-内酰胺类和氨基糖苷类产生耐药的重要原因。