基于网络药理学联合分子对接探究玉屏风散治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学联合分子对接探究玉屏风散治疗荨麻疹的分子作用机制.方法 经TCMSP数据库检索玉屏风散所有药物的成分并进行ADME筛选得到活性成分,在Uniport数据库检索其发挥治疗作用可能的基因靶点;借助GeneCards、PharmGKB等数据库检索荨麻疹相关基因靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性...     

基于网络药理学和分子对接探究斑蝥治疗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学分析和分子对接探究斑蝥治疗肝癌的分子作用机制.方法 结合查阅文献及中药系统药理学数据库与分析平台筛选出斑蝥活性成分,利用SwissTargetPrediction预测其作用靶点.采用GeneCards和OMIM数据库检索肝癌的疾病靶点.通过R软件绘制药物-疾病交集共同靶点的维恩图.使用Cytosac...     

基于网络药理学及分子对接探究血府逐瘀汤治疗原发性痛经作用机制

目的 利用网络药理学数据挖掘及分子对接技术探究血府逐瘀汤治疗原发性痛经(primary dysmenorrhea,PD)的作用机制.方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索血府逐瘀汤的有效成分和靶点,使用DisGeNET、GeneCards等数据库获取原发性痛经的靶点,利用String数据库及Cyto...     

基于网络药理学和分子对接探讨石菖蒲治疗阿尔茨海默病作用机制研究

目的 利用网络药理学联合分子对接探讨石菖蒲治疗阿尔茨海默病(alzheimer's disease,AD)的关键分子机制,以期为AD的治疗提供新的作用药物.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库分析石菖蒲的相关化学成分及作用靶点,检索GeneCards、Pharm Mapper、治疗靶标数据库(T...     

基于网络药理学及分子对接探究复方“仙灵骨葆”治疗骨质疏松分子机制

目的 通过构建仙灵骨葆成分与靶点网络和蛋白相互作用网络,从而进行富集分析确定涉及的生物过程和通路,研究复方仙灵骨葆治疗骨质疏松(osteoporosis,OP)的潜在作用机制.方法 通过检索TCMSP数据库筛选出仙灵骨葆的活性成分,并预测其靶点,并与TTD数据库、Genecards数据库、OMIM数据库以及PharmG...     

槲皮素治疗心力衰竭的分子机制:基于网络药理学与分子对接方法

目的 基于网络药理学和分子对接研究槲皮素治疗心力衰竭(HF)的分子机制。方法 利用TCMSP、PharmMapper、CTD和GeneCards数据库得到槲皮素和HF相关靶点,通过在线Venn网站得到槲皮素-HF交集靶点,构建蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.2得到槲皮素治疗HF的核心靶点。通过R包进行GO、KEGG通路富集分析,利用Auto Dock Vina进行分子对接。通过蛋白质免疫印迹检测槲皮素处理HF细胞模型的AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3的蛋白水平。结果 分析得到80个槲皮素-HF交集靶点,槲皮素治疗HF核心靶点5个：AKT1、CASP3、MAPK1、MMP9和MAPK8。GO分析中,生物过程集中在对肽类激素的反应、磷脂酰肌醇介导的信号传导、脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和炎症反应的调节等。KEGG通路富集分析表明富集最显著的信号通路为：脂质与动脉粥样硬化通路、癌症中的蛋白多糖、PI3K-AKT信号通路、糖尿病心肌病和MAPK信号通路。分子对接显示槲皮素对5个核心靶点具有良好的结合活性。蛋白质免疫印迹结果显示,100 μmol/L 槲皮素可明显降低心力衰竭细胞AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3水平（P<0.01）。结论 槲皮素可能通过调节AKT1-eNOS-MMP9通路抗凋亡从而改善心力衰竭的病理变化。     

夏枯草治疗甲状腺结节的网络药理学分析及分子对接验证

目的 基于网络药理学,采用数据挖掘的方法分析夏枯草治疗甲状腺结节(Thyroid nodules)的作用机制。方法 通过TCMSP平台获取夏枯草的活性成分及其作用靶点;在GeneCards和OMIM数据库中获取与甲状腺结节相关的基因靶点,与药物靶点相互映射,构筑共同作用靶点;利用Cytoscape 3.7.0软件和STRING数据库11.0获得相互作用(PPI)网络图并进行拓扑分析。进而对关键靶点行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,阐述夏枯草治疗甲状腺结节的作用机制。最后利用AUTODOCK 1.5.6软件进行分子对接可视化验证关键成分和蛋白的亲和力。结果 共筛选出夏枯草作用于甲状腺结节的有效成分11个：槲皮素、木犀草素、山奈酚等。获得PPI核心靶点有白介素(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、胱天蛋白酶3(CASP3)等共68个,涉及GO生物学功能96个;治疗甲状腺结节的作用机制与117条通路相关,主要涉及PI3K-Akt、MAPK、TNF等通路。而分子对接结果显示关键成分如槲皮素、木犀草素、山奈酚与核心靶点IL-6、VEGFA...     

基于网络药理学和分子对接技术探究骨疏灵治疗骨质疏松的有效成分及作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术探究由淫羊藿、牛膝、黄芪、牡蛎组成的骨疏灵治疗骨质疏松(Osteoporosis,OP)的有效成分及作用机制,为新药研发及院内复方制剂临床推广运用提供参考.方法 通过TCMSP、中药与化学成分数据库获取淫羊藿、牛膝、黄芪、牡蛎的主要化学成分及其靶点,根据ADME属性筛选各中药活性成分;...     

基于网络药理学和分子对接技术探究大黄素抗骨质疏松的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探究大黄素治疗骨质疏松的作用机制。方法 利用Pubchem数据库获取大黄素的化学代表结构,借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库检索获得大黄素的分子靶点,利用DisGenNet数据库获取骨质疏松的治疗相关靶点,利用Venny 2.1.0网站构建维恩图筛选大黄素潜在靶点与骨质疏松共有靶点,导入Cytoscape3.2.1软件构建“大黄素-靶点”网络图,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析大黄素治疗骨质疏松的作用机制,筛选结合能较低的靶标蛋白。结果 通过TCMSP数据库共检索到31个大黄素靶点,此外从DisGenNet中获得1084个骨质疏松作用靶点,其中共有靶点14个,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO分析与KEGG功能富集分析,大黄素可能通过调节IL-17信号通路、MAPK信号通路、肿瘤坏死因子信号通路和PPAR信号通路治疗骨质疏松。结论 大黄素能通过多途径、多靶点发挥抗骨质疏松的作用,并可能通过HSP90AA1、SLC2A1、PPARG和MYC等...     

基于网络药理学及分子对接探讨华蟾素注射液治疗结直肠癌的分子机制

目的:基于网络药理学的方法研究华蟾素注射液治疗结直肠癌的分子机制,并采用分子对接实验进行验证。方法:通过Pubmed,Embase和CNKI数据库筛选华蟾素注射液成分,通过Swiss Target Prediction和STITCH数据库筛选成分靶点;通过TCGA数据库数据,运用R软件进行结直肠癌差异表达基因分析;华蟾素注射液靶基因与结直肠癌差异表达基因取交集后进行GO、KEGG、PPI分析,并运用Cytoscape 3.6软件筛选Hub基因; Auto Dock Vina用于分子对接验证。结果:共获得华蟾素注射液23个成分,共筛选413个靶基因;通过生物信息学方法获得TCGA结直肠癌数据差异表达基因5 672个;取交集后共获得75个基因。KEGG通路主要富集在“癌性通路”等; Hub基因包括SRC、STAT3、SIRT1、PTGS2、CDK4、PTK2、ITGB1、CDK2、ITGB2和PTGER4。分子对接实验证实所有Hub基因均与成分存在较低的分子对接能。结论:基于网络药理学和分子对接实验初步证明华蟾素注射液通过多靶点、多途径、多通路在结直肠癌的治疗中发挥重要作用,为临床中华蟾素...     

网络药理学联合分子对接技术分析高良姜治疗抑郁症的可能机制

目的　借助网络药理学联合分子对接技术探讨高良姜治疗抑郁症的作用机制。方法　通过TCMSP数据库检索高良姜有效成分及靶点,使用GeneCards数据库获取抑郁症疾病靶点基因,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1 软件构建PPI网络图并获取蛋白互作关系,筛选出高良姜治疗抑郁症的核心靶点;借助David数据库对相交靶点进行GO功能分析以及KEGG通路富集分析,得到高良姜治疗抑郁症的潜在作用通路。结果　筛选出高良姜 13 种活性成分和 169个高良姜治疗抑郁症的潜在作用靶点,包括JUN、MAPK1、AKT1、RELA、ESR1、IL6、MAPK14、MAPK8、RXRA等核心靶点;GO功能解析得到 654 个生物相关过程、85 个细胞组分及 147 个分子功能;KEGG富集解析获得 171 条相关通路,分子对接验证了核心靶点与高良姜主要成分具有较强结合力。结论　高良姜可通过多个靶点、多条通路治疗抑郁症。     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗肝癌的作用机制

目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点；在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点；通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点，并绘制韦恩图；在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图；应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图；通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；应用PubChem、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个，靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程，并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%，即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点，预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制，为后续进一步开发和应用提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探究肾苏合剂治疗糖尿病肾病的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接技术探究名老中医曹式丽教授“辛通畅络法”的代表方剂—肾苏合剂治疗糖尿病肾病（DN）的作用机制。[方法] 通过TCMSP、BATMAN平台筛选肾苏合剂的活性成分,通过R studio软件获取活性成分的相关靶点,并添加靶点名称的缩写,将方剂的靶点信息与Uniprot数据库信息进行规范化。通过 Gene Cards、OMIM、CTD数据库获取DN的相关靶点。运用韦恩图在线绘制平台获取药物、疾病的交集靶点,通过Cytoscape软件将“药物活性成分、疾病、靶点”可视化。将交集靶点输入STRING数据库进行分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,对交集靶点进行基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。[结果] 共获得肾苏合剂活性成分66个,靶点504个,DN靶点2 646个,交集靶点243个。共获得PPI靶点241个（2个游离节点被删去）,包括清蛋白基因（ALB）、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶（AKT1）、白介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、胰岛素基因（INS）、白介素-1β（IL-1β）等。GO富集分析主要涉及：DNA-转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ-特异性DNA-转录因子结合、受体配体活性等。KEGG富集分析主要涉及：脂质和动脉粥样硬化、人巨细胞病毒感染、流体剪切应力与动脉粥样硬化等。[结论] 肾苏合剂可能通过多个靶点、通路治疗DN,本研究为肾苏合剂的临床使用提供了理论依据。     

基于网络药理学及分子对接技术分析艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接技术对艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制进行初步探讨。方法：从TCMSP 及TCM Database@Taiwan 数据库中收集和分析艾迪注射液的有效化学成分,在TCMSP 和Swiss Target Prediction 网站预测作用靶点,在GeneCards、DisGeNET、OMIM 和TTD 数据库中检索鼻咽癌的相关靶点。绘制艾迪注射液治疗鼻咽癌的活性成分—靶点网络图,运用拓扑学方法筛选其核心化学成分。将二者交集靶点在STRING 数据库和Metascape 数据库分别进行蛋白质互作分析、GO 富集及KEGG 富集分析。最后运用Auto Dock软件对核心活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果：经筛选整理得到艾迪注射液有63 种活性成分和对应的852 个靶点,鼻咽癌有1989 个潜在靶点,其中二者共同靶点有308 个。应用GO 数据库功能富集分析得到310 个GO条目,应用KEGG 数据库富集筛选得到198 条有关通路,其中包含PI3K/AKT 信号通路、HIF-1α信号通路、TNF 信号通路等已报道与鼻咽癌相关的通路。分子对接结果显示,艾迪注射液的核心化学成分（quercetin、kaempferol、isorhamnetin、7-O-methylisomucronulatol 及Jaranol）对SRC、STAT3、MAPK1、PIK3R1 及RELA 蛋白具有良好的亲和力。结论：对艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制进行了初步探索,并对其药效物质基础进行了预测,为进一步明确艾迪注射液治疗鼻咽癌的有效成分和作用机制提供依据。     

痛风汤作用机制的网络药理学和分子对接探讨

目的 基于网络药理学和分子对接方法,探究痛风汤治疗痛风的可能作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中国中药整合数据库(TCMID)、Similarity Ensemble Approach数据库(SEA),检索并收集痛风汤的活性成分及其对应的靶点.通过人类基因组注释数据库(Genecards...     

基于网络药理学和分子对接探究五指毛桃治疗重症肌无力的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接技术预测五指毛桃治疗重症肌无力(Myasthenia Gravis, MG)的活性成分和靶点,并探讨其潜在的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库平台(TCMSP)、SwissADME、OMIM、GeneCards等数据库获取五指毛桃作用靶点及MG的疾病靶点间的交集靶点,利用STRING数据库平台解析各靶点间的相互作用、构建PPI网络图。利用Cytoscape 3.9.0软件进行“活性成分-疾病靶点”网络分析,在此基础上采用David数据库进行GO与KEGG基因功能富集分析。筛选出五指毛桃关键活性成分和靶基因后,利用Autodock vina和PyMol软件将活性成分与重要靶点进行分子对接,验证结合活性。结果:从五指毛桃中筛选出具有作用靶点的8个有效活性成分,预测得到TNF、IL6、EGFR、IL1B等8个五指毛桃治疗重症肌无力的可能蛋白靶点,通过介导TNF、Toll样细胞受体、PI3K-Akt、MAPK等信号通路,产生抗炎、提高自身免疫能力的作用,从而达到对抗重症肌无力的发生及进展,且初步验证得到成分与靶点间活性皆较为良好。结论:通过网络药理学和分子对...     

基于网络药理学与分子对接探究桃红四物汤治疗糖尿病周围神经病变作用机制

目的 探索桃红四物汤治疗糖尿病周围神经病变的作用机制.方法 对桃红四物汤6味中药主要化学成分和作用的靶点进行检索,通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传(OMIM)、治疗靶点(TTD)、PharmGkb、DrugBank 5个数据库找出糖尿病周围神经病变相关靶点.取药物与疾病的共同靶点绘制韦恩图.利用Cytosca...     

基于网络药理学和分子对接探究枸杞子治疗膝骨关节炎的潜在作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法获取枸杞子有效成分靶点,探究其治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 利用TCMSP、Uniprot、Gene Cards、OMIM等数据库获取枸杞子有效成分的潜在靶点及KOA疾病相关靶点基因,在DAVID数据库进行GO富集分析与信号通路富集分析,利用微生信在线绘图软件进行可视化分析,借助String数据库及Cytoscape3.9.2软件构建枸杞子活性成分-疾病靶点网络、枸杞子治疗KOA蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,最后运用StoneMIND Collector和Discovery Studio Client 2019对有效成分及主要作用靶点进行分子对接。结果 网络药理学预测显示枸杞子治疗KOA主要活性成分可能为槲皮素、β-谷甾醇、黄豆黄素等,关键靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6 (IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (AKT-1),通过参与调控晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGEs-RAGE)信号通路、癌症信号通路、白细胞介素17 (IL-17)信号通路发挥治疗作用。分子对接结果提示关键活性成分与关键靶点具有较好的...     

基于网络药理学和分子对接探讨苦参治疗房颤的机制

目的 运用网络药理学方法探索苦参治疗房颤的作用靶点与通路及相关分子机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苦参的主要化学成分及作用靶点,根据ADME筛选中药活性组分和作用靶点基因,在Genecards和OMIM数据库中检索房颤(Atrial fibrillation)相关作用靶点基因,对二者进行比较分析,取重复值,得到苦参治疗房颤相关作用靶点;利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-疾病靶点-通路网络。以苦参活性成分及钠通道阻滞剂雷诺嗪为配体,通过CB-Dock网站分别与SCN5A进行分子对接。结果 苦参治疗房颤的主要靶点有IL-6、AKT1、VEGFA、CASP3、JUN、MAPK1、PTGS2、MMP9、IL-1β、SCN5A,苦参治疗房颤的生物学通路主要为AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。分子对接提示苦参活性成分芸豆球蛋白、大豆抗毒素、木犀草素与SCN...